Caractérisation structurale et fonctionnelle des interactions impliquant TFIIH et la machinerie de réparation de l’ADN

La réparation de l’ADN par excision des nucléotides (NER) est un mécanisme capable de retirer une large variété de lésions causant une distorsion de la double hélice, comme celles causées par les rayons ultraviolets (UV). Comme toutes les voies de réparation de l’ADN, la NER contribue à la prévention de la carcinogénèse en prévenant la mutation de l’ADN. Lors de ce processus, il y a d’abord reconnaissance de la lésion par la protéine XPC/Rad4 (humain/levure) qui recrute ensuite TFIIH. Ce complexe déroule l’ADN par son activité hélicase et recrute l’endonucléase XPG/Rad2 ainsi que d’autres protéines nécessaires à l’excision de l’ADN. Lors de son arrivée au site de lésion, XPG/Rad2 déplace XPC/Rad4. TFIIH agit également lors de la transcription de l’ADN, entre autres par son activité hélicase. Outre cette similarité de la présence de TFIIH lors de la transcription et la réparation, il est possible de se demander en quoi les deux voies sont similaires. Nous nous sommes donc intéressés aux interactions impliquant TFIIH et la machinerie de réparation de l’ADN. Nous avons donc entrepris une caractérisation structurale et fonctionnelle de ces interactions. Nous avons découvert que Rad2 et Rad4 possèdent un motif d’interaction en nous basant sur d’autres interactions de la sous-unité Tfb1 de TFIIH. Par calorimétrie à titrage isotherme, nous avons observé que les segments de ces deux protéines contenant ce motif interagissent avec une grande affinité au domaine PH de Tfb1. Le site de liaison de ces segments sur Tfb1PH est très semblable au site de liaison du domaine de transactivation de p53 et au domaine carboxy-terminal de TFIIEα avec Tfb1PH, tel que démontré par résonance magnétique nucléaire (RMN). De plus, tous ces segments peuvent faire compétition les uns aux autres pour la liaison à Tfb1PH. Nous avons aussi démontré in vivo chez la levure qu’une délétion de Tfb1PH crée une sensibilité aux radiations UV. De plus, la délétion de multiples segments de Rad2 et Rad4, dont les segments d’interaction à Tfb1PH, est nécessaire pour voir une sensibilité aux rayons UV. Ainsi, de multiples interactions sont impliquées dans la liaison de Rad2 et Rad4 à TFIIH. Finalement, les structures des complexes Rad2-Tfb1PH et Rad4-Tfb1PH ont été résolues par RMN. Ces structures sont identiques entre elles et impliquent des résidus hydrophobes interagissant avec des cavités peu profondes de Tfb1PH. Ces structures sont très semblables à la structure de TFIIEα-p62PH. Ces découvertes fournissent ainsi un lien important entre la transcription et la réparation de l’ADN. De plus, elles permettent d’émettre un modèle du mécanisme de déplacement de XPC/Rad4 par XPG/Rad2 au site de dommage à l’ADN. Ces connaissances aident à mieux comprendre les mécanismes de maintient de la stabilité génomique et peuvent ainsi mener à développer de nouvelles thérapies contre le cancer.

La géographie du dollar et la Chine : analyse géoéconomique d'une sédition monétaire

L’équilibre économique mondial repose sur une asymétrie structurelle dont les pôles antagonistes principaux sont les États-Unis et l’Asie orientale. À la base de cet axe de tension géographique se trouve la question de la représentation mondiale de la richesse. La domination du dollar permet aux États-Unis un accès disproportionné aux ressources planétaires. Les pays créanciers, dont fait partie la Chine, hésitent à laisser flotter leur monnaie et attaquer l’hégémonie du dollar. Entre temps, les déséquilibres s’intensifient, tout comme les tensions politiques, par l’effet de ce système monétaire qui participe au maintien d’un monde unipolaire. Le système monétaire actuel n’offre aucune perspective endogène quant à la résolution des déséquilibres que son équilibre requiert. Ce mémoire cherche à identifier les stratégies géoéconomiques de la Chine pour se soustraire de l’emprise du dollar.

Prédiction structurale de biomolécules à l'aide d'une construction d'automates cellulaires simulant la dynamique moléculaire

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Rôle du récepteur EphA4 dans la plasticité structurale neurono-gliale du noyau supraoptique à la suite d’un régime à l’eau salée

Les noyaux supraoptiques (NSO) et paraventriculaires (NPV) de l’hypothalamus montrent un phénomène réversible de plasticité structurale neurono-gliale dans diverses conditions physiologiques telles que la parturition, l’allaitement ou lors d’une surcharge en sel. En effet, les feuillets astrocytaires qui enveloppent normalement les somas et dendrites des neurones à ocytocine (OT) ou à vasopressine (AVP) se rétractent alors, autour des neurones à OT, laissant place à la formation de nouvelles synapses, surtout GABAergiques. Nous avons émis l’hypothèse voulant que ces mouvements cellulaires soient régulés par des molécules connues pour leurs rôles dans l’adhérence et la motilité cellulaires, notamment les récepteurs Eph et les éphrines (Efn). Nous avons étudié le rôle de l’un de ces récepteurs, EphA4, un récepteur à tyrosine kinase reconnaissant l’ensemble des Efn, A ou B, puis tenté d’identifier les Efn partenaires dans le NSO, à la suite d’une surcharge en sel. Pour démontrer la présence d’EphA4 dans le NSO et déterminer l’effet d’une surcharge en sel sur son expression et sa localisation, nous avons utilisé l’hybridation in situ et l’immunohistochimie en microscopie électronique, sur des coupes de cerveaux de souris ou rats traités ou non à l’eau salée pendant 1-7 j, avec des ribosondes ou des anticorps spécifiques pour EphA4. Ces travaux ont démontré une augmentation de l’expression d’EphA4 dans le NSO, notamment dans des dendrites, après le régime salé. La distribution de cette expression correspondait à celle des neurones OT et était absente de la glia limitans. Nous avons ensuite déterminé l’effet d’une absence d’EphA4 sur les mouvements astrocytaires et la synaptogènese autour des dendrites à OT et AVP, en utilisant des souris EphA4 knockouts et des souris de type sauvage des mêmes portées. Nous avons ainsi mesuré la couverture astrocytaire des dendrites OT ou AVP, identifiées par immunocytochimie anti-OT ou anti-AVP, en microscopie électronique. Ces mesures ont confirmé la rétraction des feuillets astrocytaires et la synaptogenèse autour des dendrites OT, mais pas autour des dendrites AVP, chez les souris de type sauvage, et démontré que la rétraction des feuillets astrocytaires et la synaptogenèse sur les dendrites OT ne se produisait pas chez les souris knockouts soumises à la surcharge en sel. L’ensemble de ces résultats démontre un rôle d’EphA4 dans cette plasticité structurale neurono-gliale. Afin d’identifier l’Efn partenaire d’EphA4 dans cette fonction, nous avons utilisé l’hybridation in situ et l’immunohistochimie pour les EfnB3 et -A3. L’hybridation in situ n’a pas démontré d’expression de l’EfnB3 dans le NSO, tandis que les résultats pour l’EfnA3 restent à quantifier. Cependant, l’immunohistochimie anti-EfnA3 montre un marquage d’astrocytes dans le NSO et la glia limitans, marquage qui semble augmenter après surcharge en sel, mais il reste à démontrer que l’anticorps anti-EfnA3 est bien spécifique et à quantifier les éventuels changements sur un plus grand nombre d’animaux. L’ensemble de ces observations démontre un rôle du récepteur EphA4 dans les mécanismes à la base des changements structuraux neurono-gliaux du NSO et pointe vers l’EfnA3 comme partenaire d’EphA4 dans ce modèle.

Caractérisation structurale et fonctionnelle des interactions impliquant TFIIH et les domaines de transactivation viraux

Le facteur de transcription IIH (TFIIH) joue un rôle crucial dans la transcription et dans la réparation de l’ADN. La sous-unité Tfb1/p62 (levure et humain) de TFIIH interagit avec de nombreux facteurs de transcription (p53, NFκB, TFIIEα) et de réparation (Rad2/XPG and Rad4/XPC) (1). La majorité des interactions avec Tfb1/p62 requiert le domaine d’homologie à la Pleckstrin (PH) localisé dans la région N-terminal de la protéine (2, 3). Ce domaine PH forme des complexes avec des domaines de transactivation acide provenant de protéines cibles impliquées dans la transcription et la réparation de l’ADN. De récentes études ont montré que Tfb1/p62 est une cible pour les protéines virales telles que la protéine VP16 du virus de l’herpès simplex (HSV) de type 1, la protéine E1 du virus du papillome humain (VPH) et la protéine EBNA-2 du virus Epstein-Barr (EBV) (4, 5). Ces protéines virales interagissent avec la sous-unité Tfb1/p62 par un domaine de transactivation acide suggérant une interaction similaire à ce qui est observé chez les facteurs de transcription humains comme p53. Ce mémoire présente une caractérisation structurelle et fonctionnelle du complexe formé par la protéine virale EBNA2 et la protéine humaine Tfb1/p62. L’analyse est faite en utilisant le titrage calorimétrique isotherme (ITC), la résonance magnétique nucléaire (RMN) et une expérience de transactivation chez la levure. Cette étude amène une plus grande compréhension des protéines impliquées dans les maladies comme le lymphome de Burkitt et le lymphome de Hodgkin qui sont souvent associées à l’infection à l’EBV (revue dans (6)) et caractérise une cible potentielle pour un antiviral.

Caractérisation structurale et thermodynamique de la reconnaissance du substrat par le ribozyme VS de Neurospora

Les interactions ARN/ARN de type kissing-loop sont des éléments de structure tertiaire qui jouent souvent des rôles clés chez les ARN, tant au niveau fonctionnel que structural. En effet, ce type d’interaction est crucial pour plusieurs processus dépendant des ARN, notamment pour l’initiation de la traduction, la reconnaissance des ARN antisens et la dimérisation de génome rétroviral. Les interactions kissing-loop sont également importantes pour le repliement des ARN, puisqu’elles permettent d’établir des contacts à longue distance entre différents ARN ou encore entre les domaines éloignés d’un même ARN. Ce type d’interaction stabilise aussi les structures complexes des ARN fonctionnels tels que les ARNt, les riborégulateurs et les ribozymes. Comme d’autres ARN fonctionnels, le ribozyme VS de Neurospora contient une interaction kissing-loop importante. Celle-ci est impliquée dans la reconnaissance du substrat et se forme entre la tige-boucle I (stem-loop I, SLI) du substrat et la tige-boucle V (stem-loop V, SLV) du domaine catalytique. Des études biochimiques ont démontré que l’interaction kissing-loop I/V, dépendante du magnésium, implique trois paires de bases Watson-Crick (W-C). De plus, cette interaction est associée à un réarrangement de la structure du substrat, le faisant passer d’une conformation inactive dite unshifted à une conformation active dite shifted. Les travaux présentés dans cette thèse consistent en une caractérisation structurale et thermodynamique de l’interaction kissing-loop I/V du ribozyme VS, laquelle est formée de fragments d’ARN représentant les tige-boucles I et V dérivées du ribozyme VS (SLI et SLV). Cette caractérisation a été réalisée principalement par spectroscopie de résonance magnétique nucléaire (RMN) et par titrage calorimétrique isotherme (isothermal titration calorimetry, ITC) en utilisant différents complexes SLI/SLV dans lesquels l’ARN SLV est commun à tous les complexes, alors que différentes variations de l’ARN SLI ont été utilisées, soit en conformation shiftable ou preshifted. Les données d’ITC ont permis de démontrer qu’en présence d’une concentration saturante de magnésium, l’affinité d’un substrat SLI preshifted pour SLV est extrêmement élevée, rendant cette interaction plus stable que ce qui est prédit pour un duplexe d’ARN équivalent. De plus, l’étude effectuée par ITC montre que des ARN SLI preshifted présentent une meilleure affinité pour SLV que des ARN SLI shiftable, ce qui a permis de calculer le coût énergétique associé au réarrangement de structure du substrat. En plus de confirmer la formation des trois paires de bases W-C prédites à la jonction I/V, les études de RMN ont permis d’obtenir une preuve structurale directe du réarrangement structural des substrats SLI shiftable en présence de magnésium et de l’ARN SLV. La structure RMN d’un complexe SLI/SLV de grande affinité démontre que les boucles terminales de SLI et SLV forment chacune un motif U-turn, ce qui facilite l’appariement W-C intermoléculaire. Plusieurs autres interactions ont été définies à l’interface I/V, notamment des triplets de bases, ainsi que des empilements de bases. Ces interactions contribuent d’ailleurs à la création d’une structure présentant un empilement continu, c’est-à-dire qui se propage du centre de l’interaction jusqu’aux bouts des tiges de SLI et SLV. Ces études de RMN permettent donc de mieux comprendre la stabilité exceptionnelle de l’interaction kissing-loop I/V au niveau structural et mènent à l’élaboration d’un modèle cinétique de l’activation du substrat par le ribozyme VS. En considérant l’ensemble des données d’ITC et de RMN, l’étonnante stabilité de l’interaction I/V s’explique probablement par une combinaison de facteurs, dont les motifs U-turn, la présence d’un nucléotide exclu de la boucle de SLV (U700), la liaison de cations magnésium et l’empilement de bases continu à la jonction I/V.

Étude structurale et fonctionnelle du canal potassium dépendant du voltage KvAP

Les canaux ioniques dépendants du voltage sont responsables de l'initiation et de la propagation des potentiels d'action dans les cellules excitables. De nombreuses maladies héréditaires (channelopathies) sont associées à un contrôle défectueux du voltage par ces canaux (arythmies, épilepsie, etc.). L’établissement de la relation structure-fonction exacte de ces canaux est donc crucial pour le développement de nouveaux agents thérapeutiques spécifiques. Dans ce contexte, le canal procaryote dépendant du voltage et sélectif au potassium KvAP a servi de modèle d’étude afin d’approfondir i) le processus du couplage électromécanique, ii) l’influence des lipides sur l’activité voltage-dépendante et iii) l’inactivation de type closed-state. Afin de pallier à l’absence de données structurales dynamiques du côté cytosolique ainsi que de structure cristalline dans l’état fermé, nous avons mesuré le mouvement du linker S4-S5 durant le gating par spectroscopie de fluorescence (LRET). Pour ce faire, nous avons utilisé une technique novatrice du contrôle de l’état conformationnel du canal en utilisant les lipides (phospholipides et non phospholipides) au lieu du voltage. Un modèle dans l’état fermé a ainsi été produit et a démontré qu’un mouvement latéral modeste de 4 Å du linker S4-S5 est suffisant pour mener à la fermeture du pore de conduction. Les interactions lipides - canaux jouent un rôle déterminant dans la régulation de la fonction des canaux ioniques mais ne sont pas encore bien caractérisées. Nous avons donc également étudié l’influence de différents lipides sur l’activation voltage - dépendante de KvAP et mis en évidence deux sites distincts d’interactions menant à des effets différents : au niveau du senseur de voltage, menant au déplacement de la courbe conductance-voltage, et du côté intracellulaire, influençant le degré de la pente de cette même courbe. Nous avons également démontré que l’échange de lipides autour de KvAP est extrêmement limité et affiche une dépendance à l’état conformationnel du canal, ne se produisant que dans l’état ouvert. KvAP possède une inactivation lente particulière, accessible depuis l'état ouvert. Nous avons étudié les effets de la composition lipidique et de la température sur l'entrée dans l'état inactivé et le temps de récupération. Nous avons également utilisé la spectroscopie de fluorescence (quenching) en voltage imposé afin d'élucider les bases moléculaires de l’inactivation de type closed-state. Nous avons identifié une position à la base de l’hélice S4 qui semble impliquée à la fois dans le mécanisme responsable de ce type d'inactivation et dans la récupération particulièrement lente qui est typique du canal KvAP.

Analyse de la transnationalisation de l’action collective : proposition pour une géographie des solidarités transnationales.

Cet article propose une réflexion théorique autour de l’analyse des phénomènes de transnationalisation de l’action collective. L’approche du processus politique, approche dominante dans le champ de la transnationalisation, limite notre compréhension des pratiques de transnationalisation par sa conception du politique, du pouvoir et du changement social (partie I). Ces limites conceptuelles, qui ne sont pas nouvelles, prennent cependant une couleur particulière dans le cas des actions qui transcendent le territoire national et font resurgir la nécessité de penser l’action collective par le biais d’une « géographie » des solidarités transnationales (partie II). Finalement, nous décrivons le cas exemplaire de transnationalisation des solidarités que représente la Marche mondiale des femmes, qui contraste les apports respectifs de l’approche des processus politiques et celle proposée ici (partie III).

La Géographie française et le risque d'inondation: de la géographie physique à la géographie humaine

Les inondations, comme tous les risques naturels, ont été un thème qui est revenu souvent au long de l'histoire de la géographie française, mais toujours — et contrairement à ce qui se passe dans la géographie anglo-saxonne —, en relation à la géographie physique. Dans cet article, nous voulons expliquer les raisons de la présence de la géographie physique dans le traitement du risque d'inondation : nous mettons en relation les différents moments de la géographie française avec l'analyse du risque d'inondation et révisons le contenu des références aux inondations entre les géographes ou écoles géographiques les plus représentatifs

El Lloc dels riscos naturals als Annales de Géographie (1891-1991)

L'étude des risques naturels est devenu un sujet de débat entre les géographes physiques français, de plus en plus conscients de l'exposition croissante des sociétés aux risques naturels et du besoin d'évaluer leurs compétences et leurs moyens d'intervention. Mais l'étude des risques naturels a aussi été un sujet récurrent dans l'histoire de la géographie française. Cet article prétend être une approche au traitement qu'a reçu ce thème dans les Annales de Géographie depuis sa création jusqu'h aujourd’hui. Après avoir distingué trois étapes (1891-1930, 1930-1975 et 1975-1991) on a établi les rapports existants entre les différents moments de la géographie française et l'étude des risques naturels et on a analysé autant le contenu des notices sur les divers évènements catastrophiques que les travaux des auteurs les plus représentatifs. I1 s'agit, en résumé, de proposer une réflexion sur la façon dont la géographie française a abordé ce sujet

[Ressenya del llibre Géographies des colonisations: XVe-XXe siècles: Actes du colloque Géographie, colonisations, décolonisations XVe-XXe siècles, Talence mars 1992, organisé par le Centre d'Etudes de Géographie Tropicale (CNRS)]

Ressenya del llibre Géographies des colonisations: XVe-XXe siècles. L’obra recull les actes del col•loqui “Géographie, colonisations, décolonisations. XV-XX siècles” en el que es van manifestar dos grans temes d’investigació, per una banda, establir l’articulació de relacions històriques, sociològiques i epistemològiques de les geografies colonials, dels geògrafs de la colonització i dels coneixements que han produït i/o vehiculat, i, per l’altra banda, l’anàlisi geogràfic del fet colonial quan determina una configuració específica de territoris a totes les escales

Des éléments didactiques qui traversent les disciplines. Des exemples en mathématiques et en géographie

Le cahier des charges français de la formation des maîtres a introduit en 2007 (BOEN n°1, 4 janvier 2007) un référentiel de compétences pour l’ensemble des métiers de l’enseignement. Outre la définition de dix compétences, appuyée sur des listes de ressources (capacités, connaissances et attitudes), ce cahier des charges a introduit l’évaluation professionnelle par compétences, évaluation à laquelle participe l’ensemble des intervenants dans la formation initiale des professeurs-stagiaires. L’évaluation est opérée au vu de situations d’enseignement-apprentissage préparées, réalisées, analysées par les stagiaires. La réflexivité est par conséquent une disposition à construire chez les professeurs-stagiaires, grâce à des dispositifs de formation par alternance entre situations de formation et situations d’enseignement

Ethnic Identity in an Intercultural Geography: an Empirical Study = L’identité ethnique dans une géographie interculturelle: une étude empirique

This study explored the ethnic identity among 331 emerging adults (144 mestizos and 187 indigenous) from the Intercultural University of Chiapas (México). Scholars suggest that ethnicity is much more salient for ethnic minority adolescents than for adolescents who are members of the ethnic majority. Our aim was to compare the results of the Multigroup Ethnic Identity Measure (MEIM) between the majority ethnic group and the minority group studied. Specifically, the following hypothesis was examined: adolescents who are members of the ethnic minority group (indigenous) will score significantly higher on ethnic identity than adolescents who are members of the ethnic majority group (mestizos). The results supported these hypothesis. We suggest that the effect of an intercultural educative model could explain these results

La vraie "géographie fausse" du Cycle Indien

Malgré les nombreuses revendications de Duras à la véracité historique mais fort ambigüe, de son œuvre, les critiques ont toujours tendance à souscrire à l'affirmation influente de l’auteur selon laquelle «toutes les références à la géographie physique, humaine, politique, d’India Song, sont fausses. » Cet article se donne pour objectif de démontrer, à la lumière d’une perspective postcoloniale, que l’écriture durassienne est en effet loin d’être divorcée des réalités historiques et politiques de son époque. Il examine donc la nature des représentations géographiques dans son « Cycle indien » en répondant à la question centrale : Quelle est la relation entre les noms de lieux évoqués dans l’imaginaire « indien » de Duras et les réalités historiques de la région géographique que ceux-ci désignent ? Une telle relecture du territoire bien battu du Vice-Consul et d’India Song, révèle un croisement dense et complexe d’histoires coloniales oubliées, négligées ou occultées qui mérite d’être enfin mis au jour.