Extension and patterning of the vertebrate body

Dissertation presented to obrain the Ph.D degree in Biology. Developmental Biology

Caracterização de múltiplos polimorfismos de Pneumocystis Jirovecii por multiplex-PCR/Single base extension

Pneumocystis jirovecii é conhecido por causar infecções específicas no aparelho respiratório de seus hospedeiros, principalmente em doentes imunocomprometidos, manifestando-se por uma pneumonia grave e por vezes fatal, normalmente designada por pneumonia por Pneumocystis. A caracterização da diversidade genética de P. jirovecii tem demonstrado que determinados polimorfismos de base única poderão ser reconhecidos como marcadores moleculares de eleição para o estudo da distribuição geográfica, vias de transmissão, resistência/susceptibilidade a fármacos, factores de virulência e genética populacional de subtipos genéticos. Este estudo teve como objectivo a caracterização de polimorfismos de P. jirovecii, através da metodologia PCR multiplex/Extensão de base única (do inglês single base extension), com a principal finalidade de constatar eventuais associações entre polimorfismos de base única, genótipos multilocus, e dados clínicos e demográficos da infecção. Sessenta e seis espécimes pulmonares, previamente considerados positivos para P. jirovecii, obtidos entre 2001 e 2012, a partir de doentes portugueses imunocomprometidos, foram seleccionados de forma aleatória para este estudo multilocus. PCR multiplex foi utilizada para a amplificação simultânea de três regiões genómicas: subunidade grande do rRNA mitocondrial, superóxido dismutase e dihidropteroato sintetase. Cinco polimorfismos de base única, previamente correlacionados com parâmetros da doença, foram genotipados por extensão de base única: mt85, SOD110, SOD215, DHPS165 e DHPS171. Um total de 330 polimorfismos de base única e 29 genótipos multilocus putativos de P. jirovecii foram identificados e caracterizados nos espécimes pulmonares analisados. Os padrões de distribuição dos polimorfismos foram analisados, sendo considerada a variação temporal e/ou geográfica das suas formas alélicas. Constatou-se grande diversidade genotípica entre os isolados de P. jirovecii que poderá ter influência a nível epidemiológico. Foram observadas associações estatísticas entre mt85/genótipos multilocus e parâmetros demográficos e clínicos. A correlação mais importante verificou-se entre mt85C e cargas parasitárias baixas a moderadas, enquanto mt85T foi associado com cargas parasitárias altas; MLG5, MLG9 e MLG13 foram associados com cargas parasitárias baixas, moderadas e altas, respectivamente. Tais associações demonstram que potenciais marcadores moleculares da infecção por P. jirovecii poderão existir e que polimorfismos/genótipos específicos poderão determinar perfis epidemiológicos da pneumonia por Pneumocystis. A análise genética cruzada permitiu verificar associações entre polimorfismos de base única. Os polimorfismos SOD110T e SOD215C, SOD110C e SOD215T, DHPS165A e DHPS171C, DHPS165G e DHPS171T foram associados estatisticamente. Os genótipos multilocus mais prevalentes foram considerados para o teste recombinatório d1. Dois genótipos multilocus (MLG7 e MLG9) foram observados com elevada frequência, e a análise genética indicou que estes se encontravam sobre-representados na população de P. jirovecii estudada. Estas evidências indicam que o fenómeno de desequilíbrio de ligação e a propagação clonal de subtipos genéticos é frequente, considerando que a espécie P. jirovecii poderá ser representada por uma população com estrutura epidémica. O presente trabalho confirmou a importância do estudo de polimorfismos em P. jirovecii, sugerindo que a caracterização multilocus poderá fornecer informação relevante para a compreensão dos padrões, causas e controlo da infecção, melhorando assim a investigação deste importante patogéneo.

Regular = planeado versus irregular = espontâneo: nascimento e morte de uma relação dicotómica nos estudos históricos da forma urbana

Neste artigo analisa-se uma importante relação teórica nos estudos históricos sobre a forma urbana. Trata-se da relação que associa as formas urbanas regulares ao planeamento urbanístico e, pelo contrário, as formas urbanas irregulares à falta de planeamento urbanístico. Partindo da formulação inicial estabelecida nos textos inaugurais de história do urbanismo, procura-se verificar o impacto desta relação dicotómica na construção do conhecimento, para depois alcançar a transformação operada nas últimas décadas, que levou à sua refutação, utilizando para o efeito o contributo metodológico, teórico e conceptual de alguns estudos produzidos desde a segunda metade do século XX.

Effects of an exercise program on the functional capacity of patients with chronic Chagas' heart disease, evaluated by cardiopulmonary testing

INTRODUCTION: Despite all efforts to restrict its transmission, Chagas' disease remains a severe public health problem in Latin America, affecting 8-12 million individuals. Chronic Chagas' heart disease, the chief factor in the high mortality rate associated with the illness, affects more than half a million Brazilians. Its evolution may result in severe heart failure associated with loss of functional capacity and quality of life, with important social and medical/labor consequences. Many studies have shown the beneficial effect of regular exercise on cardiac patients, but few of them have focused on chronic Chagas' heart disease. METHODS: This study evaluated the effects of an exercise program on the functional capacity of patients with chronic Chagas' disease who were treated in outpatient clinics at the Evandro Chagas Institute of Clinical Research and the National Institute of Cardiology, Rio de Janeiro, Brazil. The exercises were performed 3 times a week for 1 h (30 min of aerobic activity and 30 min of resistance exercises and extension) over 6 months in 2010. Functional capacity was evaluated by comparing the direct measurement of the O2 uptake volume (VO2) obtained by a cardiopulmonary exercise test before and after the program (p < 0.05). RESULTS: Eighteen patients (13 females) were followed, with minimum and maximum ages of 30 and 72 years, respectively. We observed an average increase of VO2peak > 10% (p = 0.01949). CONCLUSIONS: The results suggest a statistically significant improvement in functional capacity with regular exercise of the right intensity.

Calibração de filtros de fator de transmissão regular em espectrofotometria

A garantia de exatidão e de precisão, assim como da reprodutibilidade, da repetibilidade e da produtividade dos processos de medição, tornaram-se metas da metrologia, visando desta forma uma garantia da qualidade de produtos e serviços. A presente dissertação foi desenvolvida no âmbito de estágio curricular realizado no Departamento de Metrologia (DMET) do Instituto Português da Qualidade (IPQ). O objetivo inicial do estágio visava a participação na calibração de espectrofotómetros. Entretanto, no decorrer do estágio, também foi possível elaborar uma proposta de melhoria aos procedimentos técnicos de calibração existentes na altura, para medições de fatores de transmissão regular, com dois instrumentos de medição de elevada qualidade. Esta proposta de melhoria integra-se na busca de melhoria contínua dos processos no Laboratório de Espectrofotometria (LE), pertencente ao Laboratório Central de Metrologia (LCM) do IPQ. Visando a rastreabilidade metrológica dos resultados obtidos, foi feita a adaptação dos procedimentos existentes. Para a calibração de ambos os espectrofotómetros, utilizaram-se filtros padrão de vidro de tamanho standard (33 mm x 10 mm) e de tamanho superior ao standard (50 mm x 50 mm) certificados pelo Laboratório Primário de Espectrofotometria do Instituto Nacional de Metrologia do Reino Unido, o National Physical Laboratory (NPL). Com o objetivo de otimização de tempo, procedeu-se também à comparação entre resultados obtidos de fator de transmissão para os materiais de referência de tamanho superior, quando corrigidos de acordo com a reta de calibração obtida com filtros padrão de tamanho idêntico, e quando corrigidos de acordo com a reta de calibração obtida com filtros padrão de tamanho standard. No decurso do estágio, surgiu ainda a oportunidade de aplicar a experiência obtida ao caso prático de um filtro de opacímetro fornecido pelo LabMetro do ISQ. Assim, na presente dissertação, apresentam-se também os resultados de medição de fator de transmissão, para esse filtro, obtidos com ambos os espectrofotómetros.

Millennium BCP- The almond hill credit extension proposal

This Work Project is a case study on the credit lending process and loan pricing policy of Millennium bcp, one of the main Portuguese banks. The goal of the case study is to provide an opportunity to understand the above mentioned process and policy in a major bank and to explore the issues and interests at play when a relevant credit decision must be taken. I would like to thank Dr. José Miguel Pessanha without whom this project would not have been possible.

Product extension services deployment platform

Due to the progresses made in the branch of embedded technologies, manufacturers are becoming able to pack their shop floor level manufacturing resources with even more complex functionalities. This technological progression is radically changing the way production systems are designed and deployed, as well as, monitored and controlled. The dissemination of smart devices inside production processes confers new visibility on the production system while enabling for a more efficient and effective management of the operations. By turning the current manufacturing resources functionalities into services based on a Service Oriented Architecture (SOA), in order to expose them as a service to the user, the binomial manufacturing resource/service will push the entire manufacturing enterprise visibility to another level while enabling the global optimization of the operations and processes of a production system while, at the same time, supporting its accommodation to the operational spike easily and with reduced impact on production. The present work implements a Cloud Manufacturing infrastructure for achieving the resource/service value-added i.e. to facilitate the creation of services that are the composition of currently available atomic services. In this context, manufacturing resource virtualization (i.e. formalization of resources capabilities into services accessible inside and outside the enterprise) and semantic representation/description are the pillars for achieving resource service composition. In conclusion, the present work aims to act on the manufacturing resource layer where physical resources and shop floor capabilities are going to be provided to the user as a SaaS (Software as a Service) and/or IaaS (Infrastructure as a Service).

Unusual abdominal tumors with intracardiac extension. Two cases with successful surgical resection

Abdominal tumors that can grow through vascular lumen and spread to the right heart are rare. Although these tumors have different histologic aspects, they may cause similar abdominal and cardiac symptoms and are a serious risk factor for pulmonary embolism and sudden death when they reach the right atrium and tricuspid valve. The best treatment is radical surgical resection of the entire tumor using cardiopulmonary bypass with or without deep hypothermia and total circulatory arrest. We report the cases of two patients, the first with leiomyosarcoma of the inferior vena cava and the other with intravenous leiomyomatosis of the uterus that showed intravascular growth up to right atrium and ventricle, who underwent successful radical resection in a one-stage procedure with the use of cardiopulmonary bypass. We discuss the clinical and histologic aspects and imaging diagnosis and review the literature.

Perspetivas de pais acerca da inclusão de alunos com transtornos do espectro do autismo na escola regular, da rede estadual de ensino da zona leste da cidade de Manaus - Amazonas, Brasil

Dissertação de mestrado em Educação Especial (área de especialização em Dificuldades de Aprendizagem Específicas)

A perceção dos alunos sobre a Educação Física à entrada do ensino secundário: um estudo comparativo entre o ensino regular e profissional

Relatório de estágio de mestrado em Ensino de Educação Física nos Ensinos Básico e Secundário

A GIS extension model to calculate urban heat island intensity based on urban geometry

This paper presents a simulation model, which was incorporated into a Geographic Information System (GIS), in order to calculate the maximum intensity of urban heat islands based on urban geometry data. The method-ology of this study stands on a theoretical-numerical basis (Okeâ s model), followed by the study and selection of existing GIS tools, the design of the calculation model, the incorporation of the resulting algorithm into the GIS platform and the application of the tool, developed as exemplification. The developed tool will help researchers to simulate UHI in different urban scenarios.

A sixth-order finite volume method for the 1D biharmonic operator: application to intramedullary nail simulation

A new very high-order finite volume method to solve problems with harmonic and biharmonic operators for one- dimensional geometries is proposed. The main ingredient is polynomial reconstruction based on local interpolations of mean values providing accurate approximations of the solution up to the sixth-order accuracy. First developed with the harmonic operator, an extension for the biharmonic operator is obtained, which allows designing a very high-order finite volume scheme where the solution is obtained by solving a matrix-free problem. An application in elasticity coupling the two operators is presented. We consider a beam subject to a combination of tensile and bending loads, where the main goal is the stress critical point determination for an intramedullary nail.

A escolha do direito aplicável ao mérito do litígio na arbitragem comercial internacional

Dissertação de mestrado em Direito dos Contratos e da Empresa