899 resultados para Error correction methods
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The Baltic Sea is a unique environment that contains unique genetic populations. In order to study these populations on a genetic level basic molecular research is needed. The aim of this thesis was to provide a basic genetic resource for population genomic studies by de novo assembling a transcriptome for the Baltic Sea isopod Idotea balthica. RNA was extracted from a whole single adult male isopod and sequenced using Illumina (125bp PE) RNA-Seq. The reads were preprocessed using FASTQC for quality control, TRIMMOMATIC for trimming, and RCORRECTOR for error correction. The preprocessed reads were then assembled with TRINITY, a de Bruijn graph-based assembler, using different k-mer sizes. The different assemblies were combined and clustered using CD-HIT. The assemblies were evaluated using TRANSRATE for quality and filtering, BUSCO for completeness, and TRANSDECODER for annotation potential. The 25-mer assembly was annotated using PANNZER (protein annotation with z-score) and BLASTX. The 25-mer assembly represents the best first draft assembly since it contains the most information. However, this assembly shows high levels of polymorphism, which currently cannot be differentiated as paralogs or allelic variants. Furthermore, this assembly is incomplete, which could be improved by sampling additional developmental stages.
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Cette recherche a pour but d’évaluer le rôle de la vision et de la proprioception pour la perception et le contrôle de l’orientation spatiale de la main chez l’humain. L’orientation spatiale de la main est une composante importante des mouvements d’atteinte et de saisie. Toutefois, peu d’attention a été portée à l’étude de l’orientation spatiale de la main dans la littérature. À notre connaissance, cette étude est la première à évaluer spécifiquement l’influence des informations sensorielles et de l’expérience visuelle pour la perception et le contrôle en temps réel de l'orientation spatiale de la main pendant le mouvement d’atteinte naturel vers une cible stationnaire. Le premier objectif était d’étudier la contribution de la vision et de la proprioception dans des tâches de perception et de mouvement d’orientation de la main. Dans la tâche de perception (orientation-matching task), les sujets devaient passivement ou activement aligner une poignée de forme rectangulaire avec une cible fixée dans différentes orientations. Les rotations de l’avant-bras et du poignet étaient soit imposées par l’expérimentateur, soit effectuées par les sujets. Dans la tâche de mouvement d’orientation et d’atteinte simultanées (letter posting task 1), les sujets ont réalisé des mouvements d’atteinte et de rotation simultanées de la main afin d’insérer la poignée rectangulaire dans une fente fixée dans les mêmes orientations. Les tâches ont été réalisées dans différentes conditions sensorielles où l’information visuelle de la cible et de la main était manipulée. Dans la tâche perceptive, une augmentation des erreurs d’orientation de la main a été observée avec le retrait des informations visuelles concernant la cible et/ou ou la main. Lorsque la vision de la main n’était pas permise, il a généralement été observé que les erreurs d’orientation de la main augmentaient avec le degré de rotation nécessaire pour aligner la main et la cible. Dans la tâche de mouvement d’orientation et d’atteinte simultanées, les erreurs ont également augmenté avec le retrait des informations visuelles. Toutefois, les patrons d’erreurs étaient différents de ceux observés dans la tâche de perception, et les erreurs d’orientation n’ont pas augmenté avec le degré de rotation nécessaire pour insérer la poignée dans la fente. En absence de vision de la main, il a été observé que les erreurs d’orientation étaient plus petites dans la tâche de mouvement que de perception, suggérant l’implication de la proprioception pour le contrôle de l’orientation spatiale de la main lors des mouvements d’orientation et d’atteinte simultanées. Le deuxième objectif de cette recherche était d’étudier l’influence de la vision et de la proprioception dans le contrôle en temps réel de l’orientation spatiale de la main. Dans une tâche d’orientation de la main suivie d’une atteinte manuelle (letter posting task 2), les sujets devaient d’abord aligner l’orientation de la même poignée avec la fente fixée dans les mêmes orientations, puis réaliser un mouvement d’atteinte sans modifier l’orientation initiale de la main. Une augmentation des erreurs initiales et finales a été observée avec le retrait des informations visuelles. Malgré la consigne de ne pas changer l’orientation initiale de la main, une diminution des erreurs d’orientation a généralement été observée suite au mouvement d’atteinte, dans toutes les conditions sensorielles testées. Cette tendance n’a pas été observée lorsqu’aucune cible explicite n’était présentée et que les sujets devaient conserver l’orientation de départ de la main pendant le mouvement d’atteinte (mouvement intransitif; letter-posting task 3). La diminution des erreurs pendant l’atteinte manuelle transitive vers une cible explicite (letter-posting task 2), malgré la consigne de ne pas changer l’orientation de la main pendant le mouvement, suggère un mécanisme de corrections automatiques pour le contrôle en temps réel de l’orientation spatiale de la main pendant le mouvement d’atteinte naturel vers une cible stationnaire. Le troisième objectif de cette recherche était d’évaluer la contribution de l’expérience visuelle pour la perception et le contrôle de l’orientation spatiale de la main. Des sujets aveugles ont été testés dans les mêmes tâches de perception et de mouvement. De manière générale, les sujets aveugles ont présenté les mêmes tendances que les sujets voyants testés dans la condition proprioceptive (sans vision), suggérant que l’expérience visuelle n’est pas nécessaire pour le développement d’un mécanisme de correction en temps réel de l’orientation spatiale de la main basé sur la proprioception.
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The aim of this paper is to discuss the crisis of the international financial system and the necessity of reforming it by new anchor or benchmark for the international currency, a money-commodity. The need for understanding the definition of a numéraire is a first necessity. Although most economists reject any connection between money and a particular commodity (gold) – because of the existence of legal tender money in every country – it will be shown that it is equivalent to reduce the real space to an abstract number (usually assumed 1) in order to postulate that money is neutral. This is sheer nonsense. It will also be shown that the concept of fiat money or state money does not preclude the existence of commodity money. This paper is divided in four sections. The first section analyses the definition and meaning of a numéraire for the international currency and the justification for a variable standard of value. In the second section, the market value of the US dollar is analysed by looking at new forms of value -the derivative products- the dollar as a safe haven, and the role of SDRs in reforming the international monetary system. In the third and fourth sections, empirical evidence concerning the most recent period of the financial crisis is presented and an econometric model is specified to fit those data. After estimating many different specifications of the model –linear stepwise regression, simultaneous regression with GMM estimator, error correction model- the main econometric result is that there is a one to one correspondence between the price of gold and the value of the US dollar. Indeed, the variance of the price of gold is mainly explained by the Euro exchange rate defined with respect to the US dollar, the inflation rate and negatively influenced by the Dow Jones index and the interest rate.
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Objectif: Définir l’effet des lipides et du traitement de la dyslipidémie sur les cancers de la prostate et de la vessie en utilisant différents devis d’étude et en tenant compte de la présence de plusieurs biais, particulièrement le biais du temps immortel. Devis: Le premier volet utilise un devis rétrospectif de type cas témoins. Un questionnaire semi-quantitatif de fréquence de consommation alimentaire validé a été utilisé. Le génotype COX2 de neuf polymorphisme nucléotidique unique (SNP) a été mesuré avec une plateforme Taqman. Des modèles de régression logistique non conditionnelle ont été utilisés pour comparer le risque de diagnostic d’un cancer de la prostate et l’interaction. Le deuxième volet utilise un devis rétrospectif de type cohorte basée sur les données administratives de la Régie de l’assurance-maladie du Québec (RAMQ). Des modèles de régression de Cox ont été employés pour mesurer l’association entre les statines et l’évolution du cancer de la vessie. Le troisième volet, porte un regard méthodologique sur le biais du temps immortel en examinant sa présence dans la littérature oncologique. Son importance est illustrée avec les données de la cohorte du deuxième volet, et les méthodes de correction possibles son appliquées. Résultats: L’étude du premier volet démontre qu’une diète riche en acides gras oméga-3 d’origine marine était fortement associée à un risque diminué de cancer de la prostate agressif (p<0.0001 pour la tendance). Le ratio de cote pour le cancer de la prostate du quartile supérieur d’oméga-3 était de 0.37 (IC 95% = 0.25 à 0.54). L’effet diététique était modifié par le génotype COX-2 SNP rs4648310 (p=0.002 pour l’interaction). En particulier, les hommes avec faible apport en oméga-3 et la variante rs4648310 avait un risque accru de cancer de la prostate (ratio de cote = 5.49, IC 95%=1.80 à 16.7), effet renversé par un apport en oméga-3 plus grand. L’étude du deuxième volet a observé que l’utilisation de statines est associée à une diminution du risque de progression du cancer de la vessie (risque relatif = 0.44, IC 95% = 0.20 à 0.96, p=0.039). Cette association était encore plus forte pour le décès de toute cause (HR = 0.57, 95% CI = 0.43 to 0.76, p=0.0001). L’effet des statines semble être dose-dépendant. L’étude du troisième volet démontre que le biais du temps immortel est fréquent et important dans les études épidémiologiques oncologiques. Il comporte plusieurs aspects dont certains sont mieux prévenus au stade du choix du devis d’étude et différentes méthodes statistiques permettent un contrôle de ce biais. Conclusion: 1) Une diète riche en oméga-3 aurait un effet protecteur pour le cancer de la prostate. 2) L’utilisation de statines aurait un effet protecteur sur la progression du cancer non invasif de la vessie. Les lipides semblent avoir un effet sur les cancers urologiques.
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Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal
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Cette étude quasi-expérimentale a pour but de 1) comparer la prise en compte et les effets de trois conditions rétroactives, à savoir la reformulation, l’incitation et un mélange des deux techniques, 2) déterminer le lien entre la prise en compte et l’apprentissage, et 3) identifier l’effet des perceptions des apprenants quant à la rétroaction corrective sur la prise en compte et l’apprentissage. Quatre groupes d’apprenants d’anglais langue seconde ainsi que leurs enseignants provenant d’un CEGEP francophone de l’île de Montréal ont participé à cette étude. Chaque enseignant a été assigné à une condition rétroactive expérimentale qui correspondait le plus à ses pratiques rétroactives habituelles. La chercheure a assuré l’intervention auprès du groupe contrôle. L’utilisation du passé et de la phrase interrogative était ciblée durant l’intervention expérimentale. Des protocoles de pensée à haute voie ainsi qu’un questionnaire ont été utilisés pour mesurer la prise en compte de la rétroaction corrective. Des tâches de description d’images et d’identification des différences entre les images ont été administrées avant l’intervention (pré-test), immédiatement après l’intervention (post-test immédiat) et 8 semaines plus tard (post-test différé) afin d’évaluer les effets des différentes conditions rétroactives sur l’apprentissage des formes cibles. Un questionnaire a été administré pour identifier les perceptions des apprenants quant à la rétroaction corrective. En termes de prise en compte, les résultats indiquent que les participants sont en mesure de remarquer la rétroaction dépendamment de la forme cible (les erreurs dans l’utilisation du passé sont détectées plus que les erreurs d’utilisation de la phrase interrogative) et de la technique rétroactive utilisée (l’incitation et le mélange d’incitation et de reformulations sont plus détectés plus que la reformulation). En ce qui a trait à l’apprentissage, l’utilisation du passé en général est marquée par plus de développement que celle de la phrase interrogative, mais il n'y avait aucune différence entre les groupes. Le lien direct entre la prise en compte et l’apprentissage ne pouvait pas être explicitement établi. Pendant que la statistique inférentielle a suggéré une relation minimale entre la prise en compte du passé et son apprentissage, mais aucune relation entre la prise en compte de la phrase interrogative et son apprentissage, les analyses qualitatives ont montrés à une association entre la prise en compte et l’apprentissage (sur les deux cibles) pour certains étudiants et augmentations sans prise en compte pour d'autres. Finalement, l’analyse factorielle du questionnaire indique la présence de quatre facteurs principaux, à savoir l’importance de la rétroaction corrective, la reformulation, l’incitation et les effets affectifs de la rétroaction. Deux de ces facteurs ont un effet modérateur sur la prise en compte de la rétroaction sans, toutefois, avoir d’impact sur l’apprentissage.
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Dans ce mémoire, nous nous pencherons tout particulièrement sur une primitive cryptographique connue sous le nom de partage de secret. Nous explorerons autant le domaine classique que le domaine quantique de ces primitives, couronnant notre étude par la présentation d’un nouveau protocole de partage de secret quantique nécessitant un nombre minimal de parts quantiques c.-à-d. une seule part quantique par participant. L’ouverture de notre étude se fera par la présentation dans le chapitre préliminaire d’un survol des notions mathématiques sous-jacentes à la théorie de l’information quantique ayant pour but primaire d’établir la notation utilisée dans ce manuscrit, ainsi que la présentation d’un précis des propriétés mathématique de l’état de Greenberger-Horne-Zeilinger (GHZ) fréquemment utilisé dans les domaines quantiques de la cryptographie et des jeux de la communication. Mais, comme nous l’avons mentionné plus haut, c’est le domaine cryptographique qui restera le point focal de cette étude. Dans le second chapitre, nous nous intéresserons à la théorie des codes correcteurs d’erreurs classiques et quantiques qui seront à leur tour d’extrême importances lors de l’introduction de la théorie quantique du partage de secret dans le chapitre suivant. Dans la première partie du troisième chapitre, nous nous concentrerons sur le domaine classique du partage de secret en présentant un cadre théorique général portant sur la construction de ces primitives illustrant tout au long les concepts introduits par des exemples présentés pour leurs intérêts autant historiques que pédagogiques. Ceci préparera le chemin pour notre exposé sur la théorie quantique du partage de secret qui sera le focus de la seconde partie de ce même chapitre. Nous présenterons alors les théorèmes et définitions les plus généraux connus à date portant sur la construction de ces primitives en portant un intérêt particulier au partage quantique à seuil. Nous montrerons le lien étroit entre la théorie quantique des codes correcteurs d’erreurs et celle du partage de secret. Ce lien est si étroit que l’on considère les codes correcteurs d’erreurs quantiques étaient de plus proches analogues aux partages de secrets quantiques que ne leur étaient les codes de partage de secrets classiques. Finalement, nous présenterons un de nos trois résultats parus dans A. Broadbent, P.-R. Chouha, A. Tapp (2009); un protocole sécuritaire et minimal de partage de secret quantique a seuil (les deux autres résultats dont nous traiterons pas ici portent sur la complexité de la communication et sur la simulation classique de l’état de GHZ).
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L’hypothèse générale de ce projet soutient que le système moteur doit performer des transformations sensorimotrices afin de convertir les entrées sensorielles, concernant la position de la cible à atteindre, en commande motrice, afin de produire un mouvement du bras et de la main vers la cible à atteindre. Ce type de conversion doit être fait autant au niveau de la planification du mouvement que pour une éventuelle correction d’erreur de planification ou d’un changement inopiné de la position de la cible. La question de recherche du présent mémoire porte sur le ou les mécanismes, circuits neuronaux, impliqués dans ce type de transformation. Y a-t-il un seul circuit neuronal qui produit l’ensemble des transformations visuomotrices entre les entrées sensorielles et les sorties motrices, avant l’initiation du mouvement et la correction en temps réel du mouvement, lorsqu’une erreur ou un changement inattendu survient suite à l’initiation, ou sont-ils minimalement partiellement indépendants sur le plan fonctionnel? L’hypothèse de travail suppose qu’il n’y ait qu’un seul circuit responsable des transformations sensorimotrices, alors l’analyse des résultats obtenus par les participants devrait démontrer des changements identiques dans la performance pendant la phase de planification du mouvement d’atteinte et la phase de correction en temps réel après l’adaptation à des dissociations sensorimotrices arbitraires. L’approche expérimentale : Dans la perspective d’examiner cette question et vérifier notre hypothèse, nous avons jumelé deux paradigmes expérimentaux. En effet, les mouvements d’atteinte étaient soumis à une dissociation visuomotrice ainsi qu’à de rares essais composés de saut de cible. L’utilisation de dissociation visuomotrice permettait d’évaluer le degré d’adaptation des mécanismes impliqués dans le mouvement atteint. Les sauts de cible avaient l’avantage de permettre d’examiner la capacité d’adaptation à une dissociation visuomotrice des mécanismes impliqués dans la correction du mouvement (miroir : sur l’axe y, ou complète : inversion sur les axes x et y). Les résultats obtenus lors des analyses effectuées dans ce mémoire portent exclusivement sur l’habileté des participants à s’adapter aux deux dissociations visuomotrices à la première phase de planification du mouvement. Les résultats suggèrent que les mécanismes de planification du mouvement possèdent une grande capacité d’adaptation aux deux différentes dissociations visuomotrices. Les conclusions liées aux analyses présentées dans ce mémoire suggèrent que les mécanismes impliqués dans la phase de planification et d’initiation du mouvement parviennent relativement bien à s’adapter aux dissociations visuomotrices, miroir et inverse. Bien que les résultats démontrent une certaine distinction, entre les deux groupes à l’étude, quant aux délais nécessaires à cette adaptation, ils illustrent aussi un taux d’adaptation finale relativement similaire. L’analyse des réponses aux sauts de cible pourra être comparée aux résultats présentés dans ce mémoire afin de répondre à l’hypothèse de travail proposée par l’objectif initial de l’étude.
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In face of the global food crisis of 2007-2008, severe concerns arose about how developing countries would be affected by the extreme short-term fluctuations in international commodity prices. We examine the effects of the crisis on Bolivia, one of the poorest countries of the Americas. We focus on the effectiveness of the domestic policy interventions in preventing spillovers of the development of international food prices to domestic markets. Using a cointegration model, we study price interdependencies of wheat flour, sunflower oil and poultry. The analysis suggests that the policy measures taken had little effect on food security during the food crisis. Throughout the entire period, perfect price transmission between the Bolivian poultry and sunflower oil markets and the respective international reference markets existed. Bolivian prices were determined by international prices and the policy interventions in the markets of these two commodities were not found to have had an effect. The government's large-scale wheat flour imports did not shield Bolivian consumers from the shocks of international prices.
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Brazil has been increasing its importance in agricultural markets. The reasons are well known to be the relative abundance of land, the increasing technology used in crops, and the development of the agribusiness sector which allow for a fast response to price stimuli. The elasticity of acreage response to increases in expected return is estimated for Soybeans in a dynamic (long term) error correction model. Regarding yield patterns, a large variation in the yearly rates of growth in yield is observed, climate being probably the main source of this variation which result in ‘good’ and ‘bad’ years. In South America, special attention should be given to the El Niño and La Niña phenomena, both said to have important effects on rainfalls patterns and consequently in yield. The influence on El Niño and La Niña in historical data is examined and some ways of estimating the impact of climate on yield of Soybean and Corn markets are proposed. Possible implications of climate change may apply.
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En este trabajo se analiza el impacto en la cartera bruta del sector nanciero colombiano ante un choque en las variables macroeconómicas ó viceversa. Lo anterior se realizó a través de un modelo de correción de errores vectorial (VECM). Inicialmente, los resultados señalan que existe una relación de causalidad y de largo plazo entre la cartera neta real del sector nanciero, el Producto Interno Bruto, la DTF Real y el Índice de la Tasa de Cambio Real. Finalmente, se encontró que los impulsos respuesta de las variables mencionadas están acordes con la teoría económica y los hechos estilizados.
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Objetivo: Analizar los resultados de 111 pacientes pediátricos sometidos a enucleación o evisceración en la Clínica Barraquer durante 11 años (1990-2000), determinando tipo de corrección realizada y complicaciones asociadas al procedimiento quirúrgico. Métodos: Estudio retrospectivo de las historias clínicas de todos los pacientes menores de 18 años que fueron sometidos a los procedimientos mencionados, obteniendo datos demográficos,diagnóstico, cirugías oftalmológicas asociadas, características de implantes o injertos, seguimiento y complicaciones postoperatorias en todos los pacientes. Resultados: Se realizaron 55 enucleaciones y 56 evisceraciones. Sólo en un caso no se colocó algún implante o injerto. Durante los primeros 4 años del análisis los injertos lipodérmicos correspondían a un 25,45% y los implantes de Nylon a un 72,72% de las correcciones realizadas, mientras que en los últimos 7 años el implante de hidroxiapatita constituyó el 78,57% de los casos intervenidos. En 17 (15,32%) pacientes se observaron complicaciones que requirieron algún tipo de corrección quirúrgica, sin diferencias estadísticamente significativas entre las distintas correcciones utilizadas. Conclusiones: Para la población pediátrica los implantes de hidroxiapatita, además de brindar una excelente reconstrucción de la órbita anoftálmica, mejoran los resultados estéticos y de motilidad. Sin embargo otro tipo de correcciones como los injertos lipodérmicos siguen constituyendo una excelente alternativa en nuestro medio, teniendo en cuenta que sus costos son mucho menores. Aunque se observaron algunas complicaciones con los diferentes tipos de corrección, muy pocas requirieron una nueva intervención quirúrgica. La tasa de complicaciones se incrementa en pacientes de menos edad.
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El presente documento se propone estimar y analizar la existencia de una relación de equilibrio de largo plazo entre la producción industrial y la importación de bienes de capital y materias primas para el período enero de 1993 - abril de 2005, que resulta útil para monitorear la dinámica industrial en el corto plazo y las complementariedades que pueden existir entre los factores productivos del mercado interno con el externo. Para tal efecto, se desarrolla un análisis econométrico de la metodología de cointegración con componentes estacionales aplicado a las variables índice de producción real (IPR), importación de bienes de capital e importación de materias primas de la industria colombiana. A partir de un modelo de cointegración estacional se evidencia empíricamente la existencia de una relación de equilibrio de largo plazo entre estas variables durante el período analizado. Adicionalmente, se utiliza el modelo estimado para realizar ejercicios de impulso-respuesta para analizar la trayectoria futura de las variables de interés cuando son afectadas por choques exógenos en el tiempo.
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We examine the long-run relationship between the parallel and the official exchange rate in Colombia over two regimes; a crawling peg period and a more flexible crawling band one. The short-run adjustment process of the parallel rate is examined both in a linear and a nonlinear context. We find that the change from the crawling peg to the crawling band regime did not affect the long-run relationship between the official and parallel exchange rates, but altered the short-run dynamics. Non-linear adjustment seems appropriate for the first period, mainly due to strict foreign controls that cause distortions in the transition back to equilibrium once disequilibrium occurs
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Threshold Error Correction Models are used to analyse the term structure of interest Rates. The paper develops and uses a generalisation of existing models that encompasses both the Band and Equilibrium threshold models of [Balke and Fomby ((1997) Threshold cointegration. Int Econ Rev 38(3):627–645)] and estimates this model using a Bayesian approach. Evidence is found for threshold effects in pairs of longer rates but not in pairs of short rates. The Band threshold model is supported in preference to the Equilibrium model.