The biological and structural characterization of Mycobacterium tuberculosis UvrA provides novel insights into its mechanism of action

Mycobacterium tuberculosis is an extremely well adapted intracellular human pathogen that is exposed to multiple DNA damaging chemical assaults originating from the host defence mechanisms. As a consequence, this bacterium is thought to possess highly efficient DNA repair machineries, the nucleotide excision repair (NER) system amongst these. Although NER is of central importance to DNA repair in M. tuberculosis, our understanding of the processes in this species is limited. The conserved UvrABC endonuclease represents the multi-enzymatic core in bacterial NER, where the UvrA ATPase provides the DNA lesion-sensing function. The herein reported genetic analysis demonstrates that M. tuberculosis UvrA is important for the repair of nitrosative and oxidative DNA damage. Moreover, our biochemical and structural characterization of recombinant M. tuberculosis UvrA contributes new insights into its mechanism of action. In particular, the structural investigation reveals an unprecedented conformation of the UvrB-binding domain that we propose to be of functional relevance. Taken together, our data suggest UvrA as a potential target for the development of novel anti-tubercular agents and provide a biochemical framework for the identification of small-molecule inhibitors interfering with the NER activity in M. tuberculosis.

Mammalian neuronal sodium channel Blocker mu-conotoxin BuIIIB has a structured N-terminus that influences potency

Among the mu-conotoxins that block vertebrate voltage-gated sodium channels (VGSCs), some have been shown to be potent analgesics following systemic administration in mice. We have determined the solution structure of a new representative of this family, mu-BuIIIB, and established its disulfide connectivities by direct mass spectrometric collision induced dissociation fragmentation of the peptide with disulfides intact The major oxidative folding product adopts a 1-4/2-5/3-6 pattern with the following disulfide bridges: Cys5-Cys17, Cys6-Cys23, and Cys13-Cys24. The solution structure reveals that the unique N-terminal extension in mu-BuIIIB, which is also present in mu-BuIIIA and mu-BuIIIC but absent in other mu-conotoxins, forms part of a short a-helix encompassing Glu3 to Asn8. This helix is packed against the rest of the toxin and stabilized by the Cys5-Cys17 and Cys6-Cys23 disulfide bonds. As such, the side chain of Val1 is located close to the aromatic rings of Trp16 and His20, which are located on the canonical helix that displays several residues found to be essential for VGSC blockade in related mu-conotoxins. Mutations of residues 2 and 3 in the N-terminal extension enhanced the potency of mu-BuIIIB for Na(v)1.3. One analogue, D-Ala2]BuIIIB, showed a 40-fold increase, making it the most potent peptide blocker of this channel characterized to date and thus a useful new tool with which to characterize this channel. On the basis of previous results for related mu-conotoxins, the dramatic effects of mutations at the N-terminus were unanticipated and suggest that further gains in potency might be achieved by additional modifications of this region.

Aptamers as Theranostic Agents: Modifications, Serum Stability and Functionalisation

Aptamers, and the selection process known as Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment (SELEX) used to generate them, were first described more than twenty years ago. Since then, there have been numerous modifications to the selection procedures. This review discusses the use of modified bases as a means of enhancing serum stability and producing effective therapeutic tools, as well as functionalising these nucleic acids to be used as potential diagnostic agents.

How much land-based greenhouse gas mitigation can be achieved without compromising food security and environmental goals?

Feeding 9-10billion people by 2050 and preventing dangerous climate change are two of the greatest challenges facing humanity. Both challenges must be met while reducing the impact of land management on ecosystem services that deliver vital goods and services, and support human health and well-being. Few studies to date have considered the interactions between these challenges. In this study we briefly outline the challenges, review the supply- and demand-side climate mitigation potential available in the Agriculture, Forestry and Other Land Use AFOLU sector and options for delivering food security. We briefly outline some of the synergies and trade-offs afforded by mitigation practices, before presenting an assessment of the mitigation potential possible in the AFOLU sector under possible future scenarios in which demand-side measures codeliver to aid food security. We conclude that while supply-side mitigation measures, such as changes in land management, might either enhance or negatively impact food security, demand-side mitigation measures, such as reduced waste or demand for livestock products, should benefit both food security and greenhouse gas (GHG) mitigation. Demand-side measures offer a greater potential (1.5-15.6Gt CO2-eq. yr(-1)) in meeting both challenges than do supply-side measures (1.5-4.3Gt CO2-eq. yr(-1) at carbon prices between 20 and 100US$ tCO(2)-eq. yr(-1)), but given the enormity of challenges, all options need to be considered. Supply-side measures should be implemented immediately, focussing on those that allow the production of more agricultural product per unit of input. For demand-side measures, given the difficulties in their implementation and lag in their effectiveness, policy should be introduced quickly, and should aim to codeliver to other policy agenda, such as improving environmental quality or improving dietary health. These problems facing humanity in the 21st Century are extremely challenging, and policy that addresses multiple objectives is required now more than ever.

Creating a specialist protein resource network: a meeting report for the protein bioinformatics and community resources retreat

During 11-12 August 2014, a Protein Bioinformatics and Community Resources Retreat was held at the Wellcome Trust Genome Campus in Hinxton, UK. This meeting brought together the principal investigators of several specialized protein resources (such as CAZy, TCDB and MEROPS) as well as those from protein databases from the large Bioinformatics centres (including UniProt and RefSeq). The retreat was divided into five sessions: (1) key challenges, (2) the databases represented, (3) best practices for maintenance and curation, (4) information flow to and from large data centers and (5) communication and funding. An important outcome of this meeting was the creation of a Specialist Protein Resource Network that we believe will improve coordination of the activities of its member resources. We invite further protein database resources to join the network and continue the dialogue.

A preliminary classification of lake types in Northern Ireland

The EC Water Framework Directive (WFD) introduces the concept of the ecological status of surface waters. The WFD requires that water bodies within an ecoregion are divided into waterbody "types" or "ecotypes". The waterbody type is determined by physico-chemical descriptors. A group of representatives from two government environmental agencies (Environment and Heritage Service and the Industrial Research and Technology Unit) and the two universities (Queen's University Belfast and the University of Ulster) in Northern Ireland, has been established to develop methods for measuring the ecological status of lakes, for the purposes of the WFD. The work here is that contributing to the first objective classification into waterbody types.

An assessment of post-plague reintroduced native white-clawed crayfish, a Ustropotamobius pallipes, in the Sherston Avon and Tetbury Avon, Wiltshire

This article reports on the success of reintroducing native crayfish (Austropotamobius pallipes) in the Sherston and Tetbury Avon, following extinction of the population from crayfish plague. The authors describe and review the survey methods that were used and identify a survey technique that was found to be the most rapid and robust for monitoring crayfish populations. Such a survey technique could be adopted as a standard method.

Proyecto de instalaciones del Polígono Agote II en Zestoa

El presente proyecto tiene como objetivo la definición y cálculo de las Instalaciones de abastecimiento, saneamiento, electricidad y telecomunicaciones del sector AG.I.2 Agote II del polígono Agote, en el término municipal de Zestoa. La ejecución de las instalaciones en el polígono industrial AG.I.2 Agote II supone beneficios de índole urbanística para el municipio y en especial para el polígono industrial Agote. En este documento se definen todos los detalles necesarios para definir a nivel constructivo todos los elementos que constituyen el proyecto de instalación del polígono Agote.

The current distribution of signal and native crayfish in the Broadmead Brook, Wiltshire

Signal crayfish (Pacifastacus leniusculus) have existed in the upper reaches of Broadmead Brook in Wiltshire since 200 individuals were introduced at West Kington in 1981. The population has expanded upstream and downstream since this introduction, however, giving rise to concerns that it may potentially threaten the native crayfish population further downstream. Signal crayfish can act as a vector of crayfish plague - a disease caused by the fungus Aphanomyces astaci Schikora which results in almost complete mortality to the native, white-clawed crayfish Austropotamobius pallipes. The native crayfish in Broadmead Brook have not yet succumbed to crayfish plague and are currently free of the disease. However, as signal crayfish appear to out-compete the native species, the native population could still be under threat. In this article, we highlight the findings of previous crayfish surveys on Broadmead Brook and describe work undertaken in summer 2001 to map the current distribution of native and signal crayfish. Finally, options for controlling the spread of signal crayfish are discussed.

Modelos de leitura em sites de FLE: reflexões sobre adequação e seleção de atividades para o desenvolvimento da autonomia leitora em aulas de francês

Esta pesquisa tem por objetivo discutir os modelos de leitura subjacentes ao trabalho proposto em sites de ensino de Francês de Língua Estrangeira (FLE). Para compreender como se apresentam os modelos de leitura nesses contextos, consideramos como base teórica de partida a concepção sócio-interacional da língua. Para tal, contextualizamos a necessidade de uma constante reflexão acerca do processo de ensino/aprendizagem de FLE. Em seguida, apresentamos a motivação para desenvolver a pesquisa e apresentamos, resumidamente, o nosso percurso metodológico. Destacamos a revisão bibliográfica, apresentando os modelos de leitura e as estratégias que envolvem essa atividade em meio virtual. O primeiro momento de nossa pesquisa foi de cunho exploratório porque não tínhamos conhecimento do universo de sites voltados para o ensino de FLE. A pesquisa é, também, de natureza documental uma vez que trabalhamos com sites tomados como documentos. Optamos pelo caráter descritivo pois, a partir da descrição, baseada nos critérios de análise, do material retirado dos sites que fazem parte do nosso corpus, é que respondemos e confirmamos nossas hipóteses. Nosso método de análise é o qualitativo porque buscamos interpretar, a partir de nossas observações dos documentos selecionados em um primeiro momento. Após estabelecer os critérios, partimos para a discussão e análise dos dados e, em seguida, fazemos algumas orientações aos professores que quiserem utilizar o material disponibilizado pelos sites analisados. No capítulo final, fazemos considerações sobre a pesquisa, apresentamos os resultados das análises, explicitamos a importância do trabalho para a construção do conhecimento acerca da leitura em meio virtual, e, finalmente, recomendamos novos estudos, diante do que encontramos, para que o ensino da leitura em Língua Estrangeira contribua para a formação de leitores autônomos

A represntação social de perfeição na memória das personalidades do espiritismo

Este trabalho aproxima as contribuições da teoria das representações sociais e dos estudos em memória social para a compreensão do campo religioso, especificamente o Espiritismo, reconhecendo a importância da recordação de personalidades para a dinâmica religiosa. Esta pesquisa objetiva analisar o conteúdo da representação social de perfeição, o conteúdo e estrutura da memória de personalidades do Espiritismo e a relação entre ambos. Trata-se de estudo descritivo, desenvolvido em duas etapas. Participaram 75 participantes auto-declarados espíritas - 38 na primeira etapa e 37 na segunda, sendo entrevistados 24 desses. Os participantes, em média, possuíam 37,3 anos de idade e 16,7 anos como espíritas. Na primeira fase aplicou-se, através da Internet, a técnica de evocações livres com o termo indutor espíritos superiores, na qual os participantes respondiam que pessoas se associavam ao termo. Na segunda, prosseguiu-se com as evocações livres e questionário, para caracterização dos participantes. A partir das doze personalidades mais lembradas, realizou-se entrevista semi-estruturada, com questões sobre características, virtudes, lembranças, hierarquia das personalidades, e questões sobre o significado da perfeição e como alcançá-la. Os dados das evocações foram analisados através das técnicas do quadro de quatro casas e construção de árvore máxima de similitude. As entrevistas foram analisadas mediante análise categorial temática. Assim, verificou-se que as personalidades mais recordadas foram: Chico Xavier, Jesus, Allan Kardec, Emmanuel, Bezerra de Menezes, Madre Teresa de Calcutá, Joanna de Ângelis, Gandhi, André Luiz, Francisco de Assis, Maria de Nazaré e Divaldo P. Franco. A representação social de perfeição foi expressa, de modo simplificado, na sentença: um caminho, difícil e longo, em que o ser humano sai da sua condição de inferioridade para a perfeição, através do conhecimento (proveniente do trabalho, do estudo e do auto-conhecimento), livrando-se do seu egoísmo e expressando o amor, tal como demonstrado e vivido por Jesus. Verificou-se, ainda, que essas memórias se organizam, principalmente, em dois modelos de valores complementares no Espiritismo: 1) conhecimento, inteligência, razão, estudo, livro e 2) amor, vivência, fé, trabalho, exemplo. Eles se constituem nas duas condições essenciais para se alcançar essa perfeição. O primeiro modelo está principalmente personificado na figura de Allan Kardec e o segundo, em Jesus. Nesse sentido, o Espiritismo opera na mente dos fiéis, uma síntese entre ambos os modelos, tendo em Chico Xavier a personificação dessa síntese, constituindo-se como tipo ideal de espírita.

Níveis de TSH e sintomas depressivos em mulheres acima de 35 anos do Município do Rio de Janeiro

Alguns estudos vêm apontando o hipotireoidismo como um fator de risco para depressão; entretanto, esta associação é ainda controversa. Como objetivo o presente estudo estimou a prevalência de sintomas depressivos numa amostra probabilística de mulheres e investigou se existe uma associação entre níveis de TSH e a presença de sintomas depressivos. Conduzimos um estudo transversal de base populacional onde avaliou-se uma amostra de mulheres com 35 anos ou mais anos de idade, residentes no município do Rio de Janeiro (RJ), que foram entrevistadas e tiveram amostras de sangue coletadas. O desenho de amostra proposto para a pesquisa seguiu um modelo de amostragem probabilística por conglomerado, em três estágios de seleção, tendo por base os setores censitários do município. A função tireoidiana foi medida pelo TSH sérico, a partir das amostras coletadas no domicílio. Para avaliação da presença/ausência de sintomas depressivos utilizou-se um instrumento padronizado e validado (PRIME-MD). Foram também coletados dados sócio demográficos e outras informações de saúde da participante. A prevalência de sintomas depressivos, frequências e associações foram calculadas levando-se em conta o desenho de amostra complexo, utilizando procedimentos específicos do pacote SAS (versão 9.1). Da amostra de 1500 mulheres, 1298 foram entrevistadas, sendo o percentual de não-resposta igual a 13,5%. A amostra final foi composta por 1249 participantes, onde foi encontrada uma prevalência de sintomas depressivos igual a 45,9%. Em relação aos níveis de TSH, 4,8% da amostra apresentaram-se acima do ponto de corte adotado (≥6,0 mUl/ml). Destas, 61,9% apresentaram sintomas depressivos, contra 44,9% entre as mulheres com TSH<6,0 (p=0,04). A análise ajustada mostrou que mulheres com nível de TSH≥6,0 tiveram uma chance duas vezes maior de apresentarem sintomas depressivos do que aquelas com TSH normal (OR=2,04). Ao excluir da análise as participantes que auto-referiram diagnóstico prévio de doença tireoidiana, a associação entre níveis de TSH e sintomas depressivos perdeu a significância. Concluindo, foi observada alta prevalência de sintomas depressivos na amostra, especialmente entre o grupo com níveis elevados de TSH. Os resultados chamam atenção para a importância de se investigar em pacientes deprimidos a comorbidade tireoidiana.

Ação do Glucantime sobre macrófagos de camundongos

Os antimoniais pentavalentes, tais como o Glucantime, são geralmente usados como fármacos de primeira escolha para o tratamento das leishmanioses, no entanto seu mecanismo de ação não é completamente esclarecido. Atua contra formas amastigotas intracelulares de Leishmania sp, comprometendo o potencial redox levando danos ao DNA do parasito. Alguns trabalhos sugerem que o Glucantime aumenta a capacidade fagocítica e a produção de TNF-alfa por fagócitos. O objetivo deste estudo foi avaliar a capacidade do Glucantime modular a atividade do macrófago, a principal célula hospedeira da Leishmania. Inicialmente, a toxicidade do Glucantime foi testada sobre macrófagos peritoneais de camundongos BALB/c, tratando as monocamadas in vitro por 48 horas. A viabilidade celular foi avaliada pelo método do MTT. A capacidade do Glucantime (0,1, 1 e 10 mg/ml) modular os macrófagos foi avaliada tratando as monocamadas de macrófagos peritoneais por 24 horas antes da infecção com Leishmania braziliensis. Após 48 horas de incubação com meio de cultura foi avaliado o índice de infecção por contagem. Antes e após a infecção foram analisados a produção de óxido nítrico (NO) pelo método de Griess, espécies reativas de oxigênio (EROS) por fluorimetria usando a sonda H2DCFDA e a produção de citocinas por ELISA. Para avaliar se o Glucantime seria capaz de modular macrófagos in vivo, camundongos suíços foram tratados por 5 dias consecutivos com 8 mg de Glucantime pela via intraperitoneal. Macrófagos peritôneais foram avaliados quanto a sua capacidade de controlar a infecção in vitro com L. braziliensis. Os resultados mostraram que nas concentrações até 10 mg/ml, o Glucantime não alterou a viabilidade dos macrófagos in vitro. O pré-tratamento dos macrófagos com Glucantime nas concentrações de 0.1mg/mL, 1mg/mL e 10mg/mL, foi capaz de reduzir o índice de infecção em 49%, 74% e 85%, respectivamente. Em macrófagos não infectados a produção de NO foi aumentada na concentração de 10mg/ml de Glucantime. O tratamento com 1 e 10 mg/ml de Glucantime foi capaz de aumentar significativamente a produção de EROs (p<0,05 e p<0.01, respectivamente) e a produção IL-12 (p<0,05), mas a IL-10 não foi alterada. Não houve alterações significativas desses parâmetros em relação ao controle após a infecção com L. braziliensis. Os macrófagos oriundos dos animais tratados com Glucantime foram capazes de reduzir o índice de infecção por L. braziliensis (p<0,05). Esses resultados sugerem que o Glucantime é capaz de ativar os macrófagos e esse efeito pode contribuir para o mecanismo de ação desse fármaco.

A review of the effectiveness and meaningfulness of education interventions to enable children, young people and their families to self-care for their gastrostomy tubes in the community.

A systematic review of qualitative and quantitative evidence of the effectiveness and meaningfulness of education interventions to enable children, young people and their families to self-care for their gastrostomy tubes in the community