Impact de la chirurgie bariatrique sur la santé et la qualité de vie du patient obèse [Impact of bariatric surgery on health and quality life of obese patients]

The important weight loss due to bariatric surgery allows to improve and even correct, a great part of the comorbidities induced by obesity, as well as quality of life, and to reduce the coming out of cardiovascular and metabolic diseases in operated patients. The impact of surgical treatment on the patient's health and quality of life also allows to reduce direct and indirect costs of morbid obesity. However, its effects on mortality have not yet been clearly proved. The preoperative evaluation and the long term follow-up by a skilled team are essential to reduce potential complications, especially on the nutritional field and the risks of recovered weight linked to binge eating disorders.

La qualité des soins dans les consultations ambulatoires pédopsychiatriques du canton de Vaud: résultats d'une enquête de satisfaction

It is common knowledge that patients' satisfaction influences their compliance with the proposed treatment and their future use of health services, and that the therapeutic alliance represents a recognised factor in the success of psychotherapeutic management. In May and June 2011 we conducted an enquiry in all the paedopsychiatric outpatient units of the Canton of Vaud in Switzerland, from which we gathered 1261 questionnaires from consulting children and their parents. The questions covered inter alia overall satisfaction concerning the quality of the care on off er, perception of the therapeutie alliance and the helpfulness of the varions types of treatment. The instruments used are recognised and validated internationally (HAQII and CSQS). The results reve al a high degree of satisfaction and a good perception of the therapeutic alliance's quality: an average of 4.9 for children and 5.9 for parents concerning the therapeutic alliance, on a scale from 1 (totally disagree) to 6 (totally agree), and concerning patient satisfaction an average of 3.2 for children and 3.4 for parents on a scale of 1 to 4. Regarding perception of the benefit derived from different forms of treatment, individual and family interviews were overwhel~ningly approved (3.2 out of 4), while compliance with drug treatment was less recognised as helpful to children (2.3 out of 4).

Contrôle de qualité en urologie [Quality assessment in urology].

Quality control (QuaCo) in urology is mandatory to standardize or even increase the level of care. While QuaCo is undertaken at every step in the clinical pathway, it should focus on the patient's comorbidities and on the urologist and its complication rate. Resulting from political and economical pressures, comparing QuaCo and outcomes between urologists and institutions is nowadays often performed. However, careful interpretation of these comparisons is mandatory to avoid potential discriminations. Indeed, the reader has to make sure that patients groups and surgical techniques are comparable, definitions of complications are similar, classification of complications is standardized, and finally that the methodology in collecting data is irreproachable.

KCM, a general framework for codon-based model of evolution

With the advancement of high-throughput sequencing and dramatic increase of available genetic data, statistical modeling has become an essential part in the field of molecular evolution. Statistical modeling results in many interesting discoveries in the field, from detection of highly conserved or diverse regions in a genome to phylogenetic inference of species evolutionary history Among different types of genome sequences, protein coding regions are particularly interesting due to their impact on proteins. The building blocks of proteins, i.e. amino acids, are coded by triples of nucleotides, known as codons. Accordingly, studying the evolution of codons leads to fundamental understanding of how proteins function and evolve. The current codon models can be classified into three principal groups: mechanistic codon models, empirical codon models and hybrid ones. The mechanistic models grasp particular attention due to clarity of their underlying biological assumptions and parameters. However, they suffer from simplified assumptions that are required to overcome the burden of computational complexity. The main assumptions applied to the current mechanistic codon models are (a) double and triple substitutions of nucleotides within codons are negligible, (b) there is no mutation variation among nucleotides of a single codon and (c) assuming HKY nucleotide model is sufficient to capture essence of transition- transversion rates at nucleotide level. In this thesis, I develop a framework of mechanistic codon models, named KCM-based model family framework, based on holding or relaxing the mentioned assumptions. Accordingly, eight different models are proposed from eight combinations of holding or relaxing the assumptions from the simplest one that holds all the assumptions to the most general one that relaxes all of them. The models derived from the proposed framework allow me to investigate the biological plausibility of the three simplified assumptions on real data sets as well as finding the best model that is aligned with the underlying characteristics of the data sets. -- Avec l'avancement de séquençage à haut débit et l'augmentation dramatique des données géné¬tiques disponibles, la modélisation statistique est devenue un élément essentiel dans le domaine dé l'évolution moléculaire. Les résultats de la modélisation statistique dans de nombreuses découvertes intéressantes dans le domaine de la détection, de régions hautement conservées ou diverses dans un génome de l'inférence phylogénétique des espèces histoire évolutive. Parmi les différents types de séquences du génome, les régions codantes de protéines sont particulièrement intéressants en raison de leur impact sur les protéines. Les blocs de construction des protéines, à savoir les acides aminés, sont codés par des triplets de nucléotides, appelés codons. Par conséquent, l'étude de l'évolution des codons mène à la compréhension fondamentale de la façon dont les protéines fonctionnent et évoluent. Les modèles de codons actuels peuvent être classés en trois groupes principaux : les modèles de codons mécanistes, les modèles de codons empiriques et les hybrides. Les modèles mécanistes saisir une attention particulière en raison de la clarté de leurs hypothèses et les paramètres biologiques sous-jacents. Cependant, ils souffrent d'hypothèses simplificatrices qui permettent de surmonter le fardeau de la complexité des calculs. Les principales hypothèses retenues pour les modèles actuels de codons mécanistes sont : a) substitutions doubles et triples de nucleotides dans les codons sont négligeables, b) il n'y a pas de variation de la mutation chez les nucléotides d'un codon unique, et c) en supposant modèle nucléotidique HKY est suffisant pour capturer l'essence de taux de transition transversion au niveau nucléotidique. Dans cette thèse, je poursuis deux objectifs principaux. Le premier objectif est de développer un cadre de modèles de codons mécanistes, nommé cadre KCM-based model family, sur la base de la détention ou de l'assouplissement des hypothèses mentionnées. En conséquence, huit modèles différents sont proposés à partir de huit combinaisons de la détention ou l'assouplissement des hypothèses de la plus simple qui détient toutes les hypothèses à la plus générale qui détend tous. Les modèles dérivés du cadre proposé nous permettent d'enquêter sur la plausibilité biologique des trois hypothèses simplificatrices sur des données réelles ainsi que de trouver le meilleur modèle qui est aligné avec les caractéristiques sous-jacentes des jeux de données. Nos expériences montrent que, dans aucun des jeux de données réelles, tenant les trois hypothèses mentionnées est réaliste. Cela signifie en utilisant des modèles simples qui détiennent ces hypothèses peuvent être trompeuses et les résultats de l'estimation inexacte des paramètres. Le deuxième objectif est de développer un modèle mécaniste de codon généralisée qui détend les trois hypothèses simplificatrices, tandis que d'informatique efficace, en utilisant une opération de matrice appelée produit de Kronecker. Nos expériences montrent que sur un jeux de données choisis au hasard, le modèle proposé de codon mécaniste généralisée surpasse autre modèle de codon par rapport à AICc métrique dans environ la moitié des ensembles de données. En outre, je montre à travers plusieurs expériences que le modèle général proposé est biologiquement plausible.