Investigating the spontaneous formation of SDS micelle in aqueous solution using a coarse-grained force field

A 1µs Molecular Dynamic simulation was performed with a realistic model system of Sodium Dodecyl Sulfate (SDS) micelles in aqueous solution, comprising of 360 DS-, 360 Na+ and 90000 water particles. After 300 ns three different micellar shapes and sizes 41, 68 and 95 monomers, were observed. The process led to stabilization in the total number of SDS clusters and an increase in the micellar radius to 2.23 nm, in agreement with experimental results. An important conclusion, is be aware that simulations employed in one aggregate, should be considered as a constraint. Size and shape distribution must be analyzed.

A complete molecular biology assay for hepatitis C virus detection, quantification and genotyping

Introduction Molecular biology procedures to detect, genotype and quantify hepatitis C virus (HCV) RNA in clinical samples have been extensively described. Routine commercial methods for each specific purpose (detection, quantification and genotyping) are also available, all of which are typically based on polymerase chain reaction (PCR) targeting the HCV 5′ untranslated region (5′UTR). This study was performed to develop and validate a complete serial laboratory assay that combines real-time nested reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) and restriction fragment length polymorphism (RFLP) techniques for the complete molecular analysis of HCV (detection, genotyping and viral load) in clinical samples. Methods Published HCV sequences were compared to select specific primers, probe and restriction enzyme sites. An original real-time nested RT-PCR-RFLP assay was then developed and validated to detect, genotype and quantify HCV in plasma samples. Results The real-time nested RT-PCR data were linear and reproducible for HCV analysis in clinical samples. High correlations (> 0.97) were observed between samples with different viral loads and the corresponding read cycle (Ct - Cycle threshold), and this part of the assay had a wide dynamic range of analysis. Additionally, HCV genotypes 1, 2 and 3 were successfully distinguished using the RFLP method. Conclusions A complete serial molecular assay was developed and validated for HCV detection, quantification and genotyping.

Cell-matrix interactions in Schistosomal portal fibrosis: a dynamic event

In recent years, one of the most significant progress in the understanding of liver diseases was the demonstration that liver fibrosis is a dynamic process resulting from a balance between synthesis and degradation of several matrix components, collagen in particular. Thus, fibrosis has been found to be a very early event during liver diseases, be it of toxic, viral or parasitic origin, and to be spontaneously reversible, either partially or totally. In liver fibrosis cell matrix interactions are dependent on the existence of the many factors (sometimes acting in combination) which produce the same events at the cellular and molecular levels. These events are: (i) the recruitment of fiber-producing cells, (ii) their proliferation, (iii) the secretion of matrix constituents of the extracellular matrix, and (iv) the remodeling and degradation of the newly formed matrix. All these events represent, at least in principle, a target for a therapeutic intervention aimed at influencing the experimentally induced hepatic fibrosis. In this context, hepatosplenic schistosomiasis is of particular interest, being an immune cell-mediated granulomatous disease and a model of liver fibrosis allowing extensive studies in human and animals as well as providing original in vitro models.

Integração de técnicas analíticas e proposta de experimentos para cursos de graduação em análise instrumental: uso de espectrômetro de absorção atômica para medidas de absorção molecular

Simple experiments are proposed for measuring molecular absorption of chromate and dichromate ions using an atomic absorption spectrometer. The experiments can help undergraduate students in instrumental analysis courses understand important aspects involving conceptual and instrumental similarities and differences between frequently used analytical techniques. Hollow cathode lamps were selected with wavelengths in the region of molecular absorption of chromate and dichromate. Calibration curves were obtained and the linear dynamic range was evaluated. Results were compared with those obtained in a molecular absorption spectrometer. The molar absorptivities obtained were also compared.

Eccentric and concentric cardiac hypertrophy induced by exercise training: microRNAs and molecular determinants

Among the molecular, biochemical and cellular processes that orchestrate the development of the different phenotypes of cardiac hypertrophy in response to physiological stimuli or pathological insults, the specific contribution of exercise training has recently become appreciated. Physiological cardiac hypertrophy involves complex cardiac remodeling that occurs as an adaptive response to static or dynamic chronic exercise, but the stimuli and molecular mechanisms underlying transduction of the hemodynamic overload into myocardial growth are poorly understood. This review summarizes the physiological stimuli that induce concentric and eccentric physiological hypertrophy, and discusses the molecular mechanisms, sarcomeric organization, and signaling pathway involved, also showing that the cardiac markers of pathological hypertrophy (atrial natriuretic factor, β-myosin heavy chain and α-skeletal actin) are not increased. There is no fibrosis and no cardiac dysfunction in eccentric or concentric hypertrophy induced by exercise training. Therefore, the renin-angiotensin system has been implicated as one of the regulatory mechanisms for the control of cardiac function and structure. Here, we show that the angiotensin II type 1 (AT1) receptor is locally activated in pathological and physiological cardiac hypertrophy, although with exercise training it can be stimulated independently of the involvement of angiotensin II. Recently, microRNAs (miRs) have been investigated as a possible therapeutic approach since they regulate the translation of the target mRNAs involved in cardiac hypertrophy; however, miRs in relation to physiological hypertrophy have not been extensively investigated. We summarize here profiling studies that have examined miRs in pathological and physiological cardiac hypertrophy. An understanding of physiological cardiac remodeling may provide a strategy to improve ventricular function in cardiac dysfunction.

Dynamic expression of desmin, α-SMA and TGF-β1 during hepatic fibrogenesis induced by selective bile duct ligation in young rats

We previously described a selective bile duct ligation model to elucidate the process of hepatic fibrogenesis in children with biliary atresia or intrahepatic biliary stenosis. Using this model, we identified changes in the expression of alpha smooth muscle actin (α-SMA) both in the obstructed parenchyma and in the hepatic parenchyma adjacent to the obstruction. However, the expression profiles of desmin and TGF-β1, molecules known to be involved in hepatic fibrogenesis, were unchanged when analyzed by semiquantitative polymerase chain reaction (RT-PCR). Thus, the molecular mechanisms involved in the modulation of liver fibrosis in this experimental model are not fully understood. This study aimed to evaluate the molecular changes in an experimental model of selective bile duct ligation and to compare the gene expression changes observed in RT-PCR and in real-time quantitative PCR (qRT‐PCR). Twenty-eight Wistar rats of both sexes and weaning age (21-23 days old) were used. The rats were separated into groups that were assessed 7 or 60 days after selective biliary duct ligation. The expression of desmin, α-SMA and TGF-β1 was examined in tissue from hepatic parenchyma with biliary obstruction (BO) and in hepatic parenchyma without biliary obstruction (WBO), using RT-PCR and qRT‐PCR. The results obtained in this study using these two methods were significantly different. The BO parenchyma had a more severe fibrogenic reaction, with increased α-SMA and TGF-β1 expression after 7 days. The WBO parenchyma presented a later, fibrotic response, with increased desmin expression 7 days after surgery and increased α-SMA 60 days after surgery. The qRT‐PCR technique was more sensitive to expression changes than the semiquantitative method.

Genética molecular da deficiência auditiva não-sindrômica

Aproximadamente 1/1000 recém-nascidos apresentam deficiência auditiva congênita, sendo 60% dessas de etiologia genética. Na maioria dos casos, a deficiência auditiva é uma doença multifatorial causada por ambos os fatores, genéticos e ambientais. A genética molecular da deficiência auditiva tem apresentado grandes avanços na última década, pois os genes responsáveis pela deficiência auditiva hereditária vêm sendo progressivamente mapeados e clonados. Esta revisão enfatiza a deficiência auditiva não-sindrômica, uma vez que, os genes envolvidos nesse tipo de deficiência foram identificados recentemente.

Estudo molecular em crianças candidatas e submetidas ao implante coclear

OBJETIVOS: recentes progressos obtidos na biologia molecular vêm possibilitando a identificação da etiologia da surdez. A alta prevalência de mutações no gene da conexina 26 e sua facilidade de estudo possibilitam o diagnóstico. A mutação mais freqüente neste gene é a chamada 35delG. O objetivo do presente trabalho foi averiguar a incidência da mutação 35delG em crianças candidatas e submetidas ao implante coclear que tiveram a surdez diagnosticada como, supostamente idiopática. MATERIAL E MÉTODO: Estudo realizado no Setor de Implantes Cocleares da Disciplina de Otorrinolaringologia e no Laboratório Genética Humana-CBMEG, UNICAMP-SP. Foram avaliadas 32 crianças candidatas e usuárias de implante coclear, apresentando perda auditiva neurossensorial severa a profunda bilateral. Para a detecção da mutação 35delG foi utilizada a técnica de PCR alelo-específico (AS-PCR), usando primers e reação em cadeia da polimerase. RESULTADOS: 69% apresentaram exame normal, 12% foram homozigotos e 19% dos casos foram heterozigotos. A mutação 35delG em heterozigose não diagnostica a causa da surdez apenas comprova que o paciente é portador dessa mutação. CONCLUSÃO: No presente estudo, os dados obtidos confirmaram a alta prevalência da mutação 35delG no gene GJB2 em casos de perda auditiva neurossensorial não-sindrômica bilateral profunda, resultado que concorda com a literatura. Foi possível, também, diagnosticar como genética a causa da surdez em uma parcela significativa de crianças. Estes dados reforçam a importância do estudo molecular em pacientes com surdez de origem supostamente idiopática, uma vez que esse exame possibilita esclarecer a etiologia da perda auditiva.

Versão brasileira do Dynamic Gait Index

O Dynamic Gait Index (DGI) é um teste que avalia o equilíbrio e marcha do corpo humano. OBJETIVOS: Os objetivos deste estudo foram adaptar culturalmente o DGI para o português e avaliar a sua confiabilidade. MATERIAL E MÉTODO: Seguiu-se o método de Guillemin et al. (1993) para a adaptação cultural do instrumento. Trata-se de estudo prospectivo em que 46 pacientes foram avaliados na fase de adaptação cultural e os itens que apresentaram 20% ou mais de incompreensão foram reformulados e reaplicados. A versão final do DGI em português foi aplicada em 35 idosos para examinar a confiabilidade intra e inter-observadores. O coeficiente de Spearman foi utilizado para correlacionar os escores inter e intra-observador e o teste de Wilcoxon para comparar as pontuações. A consistência interna foi analisada pelo coeficiente alfa de Cronbach. RESULTADOS: Houve correlações estatisticamente significantes entre os escores obtidos às avaliações inter e intra-observadores para todos os itens (p<0,001), classificadas como boa a muito forte (com de variação de r=0,655 a r=0,951). O DGI mostrou alta consistência interna entre seus itens nas avaliações inter e intra-observadores (variação de µ ou = 0,820 a a=0,894). CONCLUSÃO: O DGI foi adaptado culturalmente para o português brasileiro, mostrando-se um instrumento confiável.

Interação entre audiologia e genética no estudo de uma família: a complexidade do diagnóstico molecular e do aconselhamento genético

A deficiência auditiva como déficit sensorial mais comum tem dentre suas diferentes etiologias as alterações genéticas. Assim, é importante que a investigação audiológica se associe à busca do diagnóstico etiológico. OBJETIVO: Relatar o perfil audiológico e genético de três irmãos portadores de deficiência auditiva neurossensorial não-sindrômica. MATERIAL E MÉTODO: Estudo de caso de três irmãos, do sexo masculino, com 3, 5 e 16 anos, respectivamente, submetidos à avaliação audiológica comportamental e eletrofisiológica, e estudo molecular. RESULTADOS: Os achados audiológicos mostraram: audiometria do tipo neurossensorial, bilateral, simétrica, de grau moderado a moderadamente severo e configuração descendente acentuada. EOAT e EOAPD ausentes nos dois irmãos mais novos. PEATE compatível com perda auditiva moderadamente severa a severa. Presença do P300 com latências dentro da normalidade bilateralmente no irmão mais velho. Os achados do exame molecular mostraram que as duas crianças mais novas eram heterozigotos para a mutação 35delG no gene GJB2 e o mais velho não apresentava essa mutação. CONCLUSÃO: A associação das avaliações fonoaudiológicas e genéticas permite o diagnóstico etiológico de perdas auditivas que à primeira vista são semelhantes, mas que não obedecem à mesma estrutura genética. Os estudos moleculares devem ser abrangentes, evitando diagnósticos precipitados que prejudiquem o aconselhamento genético.

Ensuring dynamic strategic fit of firms that compete globally in alliances and networks: proposing the Global SNA - Strategic Network Analysis - framework

In order to sustain their competitive advantage in the current increasingly globalized and turbulent context, more and more firms are competing globally in alliances and networks that oblige them to adopt new managerial paradigms and tools. However, their strategic analyses rarely take into account the strategic implications of these alliances and networks, considering their global relational characteristics, admittedly because of a lack of adequate tools to do so. This paper contributes to research that seeks to fill this gap by proposing the Global Strategic Network Analysis - SNA - framework. Its purpose is to help firms that compete globally in alliances and networks to carry out their strategic assessments and decision-making with a view to ensuring dynamic strategic fit from both a global and relational perspective.

Periodic dynamic systems for infected hosts and mosquitoes

A mathematical model for the purpose of analysing the dynamic of the populations of infected hosts anf infected mosquitoes when the populations of mosquitoes are periodic in time is here presented. By the computation of a parameter lambda (the spectral radius of a certain monodromy matrix) one can state that either the infection peters out naturally) (lambda <= 1) or if lambda > 1 the infection becomes endemic. The model generalizes previous models for malaria by considering the case of periodic coefficients; it is also a variation of that for gonorrhea. The main motivation for the consideration of this present model was the recent studies on mosquitoes at an experimental rice irrigation system, in the South-Eastern region of Brazil.

Identificação do papilomavírus humano por biologia molecular em mulheres assintomáticas

OBJETIVO: Verificar a associação entre fatores epidemiológicos e infecção genital pelo papilomavírus humano (HPV). MÉTODOS: Realizou-se estudo transversal com 975 mulheres atendidas em um serviço público de rastreamento para o câncer cervical, em Porto Alegre, Brasil. As mulheres foram consideradas infectadas pelo HPV quando apresentaram o teste de DNA positivo para esse vírus, tanto pelo método de captura híbrida II (CH II) como pelo método de reação em cadeia da polimerase (PCR). Mulheres infectadas pelo HPV foram comparadas com mulheres não infectadas oriundas da mesma população. RESULTADOS: Foram estudadas 975 mulheres. A prevalência observada de HPV (pela combinação dos métodos de DNA) foi de 27%. Quando a análise de cada método de DNA foi feito isoladamente, a prevalência de HPV-DNA foi de 15% para a CH II e de 16% para PCR. Regressão logística múltipla incondicional foi utilizada na identificação dos fatores associados à infecção pelo HPV. Foi encontrada associação positiva com as seguintes variáveis: anos de escolaridade (11 anos: OR=2,05; IC95%=1,31; 3,20; referência: até oito anos de escolaridade); ser casada (OR=1,69; IC95%=0,78; 2,00; referência: ser solteira); parceiros sexuais ao longo da vida (dois parceiros: OR=1,67; IC95%=1,01; 2,77; quatro ou mais: OR=2,18; IC95%=1,15; 4,13; referência: um parceiro); idade da primeira relação sexual (15-16 anos: OR=4,05; IC95%=0,89; 18,29; referência: > ou = 22 anos). CONCLUSÕES: Vários fatores parecem estar associados à presença de infecção genital pelo HPV, especialmente aqueles referentes ao comportamento sexual (idade da primeira relação sexual, número de parceiros sexuais ao longo da vida e estado marital) e aqueles relacionados à situação socioeconômica (escolaridade).

Tuberculose resistente: revisão molecular

O progresso na compreensão dos mecanismos de resistência aos fármacos usados no tratamento da tuberculose tem permitido o desenvolvimento de novos métodos para a detecção da tuberculose resistente. A resistente aos fármacos representa uma ameaça para os programas de controle da tuberculose. Para tanto, é necessário conhecer o padrão de sensibilidade das linhagens para fornecer o tratamento adequado. Os estudos moleculares dos mecanismos de ação dos fármacos antituberculose têm elucidado as bases genéticas da resistência aos fármacos em Mycobacterium tuberculosis. Os mecanismos de resistência aos fármacos na tuberculose são causados por mutações cromossomais em diferentes genes da bactéria. Durante a exposição aos fármacos, há uma pressão seletiva favorecendo o desenvolvimento de linhagens resistentes. A tuberculose multirresistente é um problema nacional e internacional que traz sérias dificuldades para o controle global da doença. Realizou-se uma revisão sobre os mecanismos moleculares associados à resistência aos fármacos com ênfase nas novas perspectivas para detectar os isolados resistentes.

Worldwide molecular epidemiology of HIV

Human immunodeficiency virus (HIV) is the worldwide disseminated causative agent of acquired immunodeficiency syndrome (AIDS). HIV is a member of the Lentivirus genus of Retroviridae family and is grouped in two types named HIV-1 and HIV-2. These viruses have a notable ability to mutate and adapt to the new conditions of human environment. A large incidence of errors at the transcriptional level results in changes on the genetic bases during the reproductive cycle. The elevated genomic variability of HIV has carried important implications for the diagnosis, treatment and prevention as well as epidemiologic investigations. The present review describes important definitions and geographical distribution of subtypes, circulating recombinant forms and other genomic variations of HIV. The present study aimed at leading students of Biomedical Sciences and public health laboratory staff guidance to general and specific knowledge about the genomic variability of the HIV.