Prevalência de subtipos do HIV-1 em amostra de pacientes de um centro urbano no sul do Brasil

OBJETIVO: Estimar a prevalência dos subtipos do HIV-1 e analisar fatores associados. MÉTODOS: Foi realizado um estudo transversal com amostra de conveniência de 80 pacientes adultos HIV-positivos atendidos em serviço especializado em DST/Aids em Canoas, RS, no período de julho de 2008 a janeiro de 2009. A determinação dos subtipos do HIV foi realizada por amplificação de fragmento do genoma viral pela reação em cadeia da polimerase seguida do seqüenciamento dos fragmentos amplificados. Variáveis sociodemográficas, clínicas e comportamentais foram coletadas em questionário estruturado. Foi realizada análise estatística univariada utilizando os testes de qui-quadrado e t de Student. RESULTADOS: Foi observada uma prevalência maior do subtipo C (43,8%; IC 95%: 32,9;54,6), seguida pelo CRF31_BC (35,0%; IC 95%: 24,6;45,5) e subtipos B (18,8%; IC 95%: 10,2;27,3) e F (2,4%; IC 95%: 0;5,9). Outros subtipos de HIV-1 não foram observados. Pacientes infectados com CRF31_BC apresentaram diagnóstico mais recente do que os pacientes infectados com o subtipo B (p < 0,05). Observou-se também maior freqüência de co-infecção com outros vírus (hepatites B e C e T-linfotrópicos humanos) nos indivíduos portadores do CRF31_BC do que nos demais subtipos. Com relação aos aspectos sociodemográficos, não foram observadas diferenças na distribuição dos subtipos e formas recombinantes quanto ao sexo e práticas sexuais. CONCLUSÕES: Os resultados obtidos indicam uma freqüência maior do subtipo C e do CRF31_BC nesse centro urbano do sul do Brasil, com possíveis vias de transmissão diferentes.

A complete molecular biology assay for hepatitis C virus detection, quantification and genotyping

Introduction Molecular biology procedures to detect, genotype and quantify hepatitis C virus (HCV) RNA in clinical samples have been extensively described. Routine commercial methods for each specific purpose (detection, quantification and genotyping) are also available, all of which are typically based on polymerase chain reaction (PCR) targeting the HCV 5′ untranslated region (5′UTR). This study was performed to develop and validate a complete serial laboratory assay that combines real-time nested reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) and restriction fragment length polymorphism (RFLP) techniques for the complete molecular analysis of HCV (detection, genotyping and viral load) in clinical samples. Methods Published HCV sequences were compared to select specific primers, probe and restriction enzyme sites. An original real-time nested RT-PCR-RFLP assay was then developed and validated to detect, genotype and quantify HCV in plasma samples. Results The real-time nested RT-PCR data were linear and reproducible for HCV analysis in clinical samples. High correlations (> 0.97) were observed between samples with different viral loads and the corresponding read cycle (Ct - Cycle threshold), and this part of the assay had a wide dynamic range of analysis. Additionally, HCV genotypes 1, 2 and 3 were successfully distinguished using the RFLP method. Conclusions A complete serial molecular assay was developed and validated for HCV detection, quantification and genotyping.

HIV-1 epidemiology and circulating subtypes in the countryside of South Brazil

INTRODUCTION: Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) has spread worldwide, with several subtypes and circulating recombinant forms. Brazil has an incidence of 20.5 HIV-1/acquired immunodeficiency syndrome (AIDS) patients per 100,000 inhabitants; however, the Southernmost State of Rio Grande do Sul (RS) has more than twice the number of HIV-1-infected people (41.3/100,000 inhabitants) and a different pattern of subtype frequencies, as previously reported in studies conducted in the capital (Porto Alegre) and its metropolitan region. This study examined HIV-1/AIDS epidemiological and molecular aspects in the countryside of Rio Grande do Sul. METHODS: Socio-demographic, clinical and risk behavioral characteristics were obtained from HIV-1-positive adult patients using a structured questionnaire. HIV-1 subtypes were determined by nested-polymerase chain reaction (PCR) and sequencing of the pol and env genes. RESULTS: The study sample included 149 (55% women) patients with a mean age of 41.8 ± 11.9 years. Most (73.8%) patients had a low education level and reported heterosexual practices as the most (91.9%) probable transmission route. HIV-1 subtypes were detected in 26 patients: 18 (69.2%) infected with subtype C, six (23.1%) infected with subtype B and two (7.7%) infected with BC recombinant forms. CONCLUSIONS: These data highlight the increasing number of HIV-1 subtype C infections in the countryside of South Brazil.

Performance of direct immunofluorescence assay for the detection of human metapneumovirus under clinical laboratory settings

ABSTRACT INTRODUCTION: Human metapneumovirus (hMPV) is an emergent human respiratory pathogen. This study aimed to evaluate the performance of direct immunofluorescence (DIF) to detect hMPV in a clinical laboratory setting. METHODS: Nasopharyngeal aspirate samples (448) of children and adults with respiratory illness were used to detect hMPV by using DIF and real time quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction (qRT-PCR) assays. RESULTS: In all, 36 (8%) samples were positive by DIF and 94 (21%) were positive by qRT-PCR. Direct immunofluorescence specificity was 99% and sensitivity was 38%. CONCLUSIONS: DIF is not very sensitive under clinical laboratory settings.

Contribuição ao conhecimento dos Bulimulidae: cochlorina aurisleporis (Bruguiére, 1792) (Gastropoda, Pulmonata)

Die Autoren bearbeiten in der vorliegenden Arbeit die bulimuliden Pulmonaten Cochlorina aurisleporis (Bruguiére, 1792), wobei sie insbesondere auf die anatomischen und histologischen Verhaeltnisse des Geschlechtsapparates eingehen und Schale, Kiefer und Lunge mit in die Betrachtung einbeziehen, um die Charaktere der Art anatomisch zu festigen.

Oseltamivir-resistant influenza A(H1N1)pdm09 virus in southern Brazil

The neuraminidase (NA) genes of A(H1N1)pdm09 influenza virus isolates from 306 infected patients were analysed. The circulation of oseltamivir-resistant viruses in Brazil has not been reported previously. Clinical samples were collected in the state of Rio Grande do Sul (RS) from 2009-2011 and two NA inhibitor-resistant mutants were identified, one in 2009 (H275Y) and the other in 2011 (S247N). This study revealed a low prevalence of resistant viruses (0.8%) with no spread of the resistant mutants throughout RS.

Caracterização antigênica e fenotípica de cepas de Pasteurella multocida isoladas de pulmões de suínos com pneumonia e/ou pleurite

Foi analisada a variabilidade antigênica e fenotípica de 22 cepas de Pasteurella multocida isoladas de pulmões de suínos com pneumonia e/ou pleurite. Os testes fenotípicos foram realizados pela determinação de características bioquímicas e sensibilidade a agentes antimicrobianos. Todos os isolados fermentaram manitol e sorbitol, mas nenhum arabinose; 14 foram capazes de metabolizar xilose, quatro trealose, dois dulcitol e um maltose. A análise destas características permitiu agrupar os isolados em 5 padrões bioquímicos distintos. Quanto à sensibilidade a nove agentes antimicrobianos, verificou-se grande variação, com apenas 50% dos isolados sensíveis a pelo menos sete dos nove antibióticos testados. Nenhum princípio ativo foi capaz de inibir todos os isolados. A melhor eficiência foi observada com a amoxicilina (30 mg); 72,7% dos isolados se mostraram sensíveis. A menor eficiência foi demonstrada pela espectinomicina (100 mg) com 45,5%. A caracterização antigênica consistiu na sorotipagem capsular e determinação de variabilidade do gene de proteína de membrana externa (ompH) pela reação em cadeia da polimerase (PCR) e digestão com cinco enzimas de restrição. Das 22 cepas, 21 foram compatíveis com sorotipo capsular A e uma com D. A caracterização do gene ompH agrupou os isolados em sete padrões distintos que apresentaram boa correlação com os testes bioquímicos.