Full-genome sequences of hepatitis B virus subgenotype D3 isolates from the Brazilian Amazon Region

The Brazilian Amazon Region is a highly endemic area for hepatitis B virus (HBV). However, little is known regarding the genetic variability of the strains circulating in this geographical region. Here, we describe the first full-length genomes of HBV isolated in the Brazilian Amazon Region; these genomes are also the first complete HBV subgenotype D3 genomes reported for Brazil. The genomes of the five Brazilian isolates were all 3,182 base pairs in length and the isolates were classified as belonging to subgenotype D3, subtypes ayw2 (n = 3) and ayw3 (n = 2). Phylogenetic analysis suggested that the Brazilian sequences are not likely to be closely related to European D3 sequences. Such results will contribute to further epidemiological and evolutionary studies of HBV.

Draft genome sequences of three NDM-1-producing Enterobacteriaceae species isolated from Brazil

The emergence of multidrug-resistant Enterobacteriaceae strains producing carbapenemases, such as NDM-1, has become a major public health issue due to a high dissemination capacity and limited treatment options. Here we describe the draft genome of three NDM-1-producing isolates: Providencia rettgeri(CCBH11880), Enterobacter hormaecheisubsp. oharae(CCBH10892) and Klebsiella pneumoniae(CCBH13327), isolated in Brazil. BesidesblaNDM-1, resistance genes to aminoglycosides [aadA1, aadA2,aac(6’)-Ib-cr] and quinolones (qnrA1,qnrB4) were observed which contributed to the multidrug resistance profile. The element ISAba125 was found associated to theblaNDM-1 gene in all strains.

Whole-genome sequencing of a Plasmodium vivax isolate from the China-Myanmar border area

Currently, there is a trend of an increasing number of Plasmodium vivaxmalaria cases in China that are imported across its Southeast Asia border, especially in the China-Myanmar border area (CMB). To date, little is known about the genetic diversity of P. vivaxin this region. In this paper, we report the first genome sequencing of a P. vivaxisolate (CMB-1) from a vivax malaria patient in CMB. The sequencing data were aligned onto 96.43% of the P. vivaxSalvador I reference strain (Sal I) genome with 7.84-fold coverage as well as onto 98.32% of 14 Sal I chromosomes. Using the de novoassembly approach, we generated 8,541 scaffolds and assembled a total of 27.1 Mb of sequence into CMB-1 scaffolds. Furthermore, we identified all 295 known virgenes, which is the largest subtelomeric multigene family in malaria parasites. These results provide an important foundation for further research onP. vivaxpopulation genetics.

Parvovirus B19 1A complete genome from a fatal case in Brazil

Parvovirus B19 (B19V) infects individuals worldwide and is associated with an ample range of pathologies and clinical manifestations. B19V is classified into three distinct genotypes, all identified in Brazil. Here, we report a complete sequence of a B19V genotype 1A that was obtained by high-throughput metagenomic sequencing. This genome provides information that will contribute to the studies on B19V epidemiology and evolution.

Draft genome sequence of Bacillus thuringiensis 147, a Brazilian strain with high insecticidal activity

Bacillus thuringiensisis a ubiquitous Gram-positive and sporulating bacterium. Its crystals and secreted toxins are useful tools against larvae of diverse insect orders and, as a consequence, an alternative to recalcitrant chemical insecticides. We report here the draft genome sequence ofB. thuringiensis147, a strain isolated from Brazil and with high insecticidal activity. The assembled genome contained 6,167,994 bp and was distributed in seven replicons (a chromosome and 6 plasmids). We identified 12 coding regions, located in two plasmids, which encode insecticidal proteins.

Complete genome of a dengue virus serotype 4 strain from Amazonas, Brazil

Dengue virus (DENV) infections represent a significant concern for public health worldwide, being considered as the most prevalent arthropod-borne virus regarding the number of reported cases. In this study, we report the complete genome sequencing of a DENV serotype 4 isolate, genotype II, obtained in the city of Manaus, directly from the serum sample, applying Ion Torrent sequencing technology. The use of a massive sequencing technology allowed the detection of two variable sites, one in the coding region for the viral envelope protein and the other in the nonstructural 1 coding region within viral populations.

Whole genome sequence of Klebsiella pneumoniae U25, a hypermucoviscous, multidrug resistant, biofilm producing isolate from India

Klebsiella pneumoniae U25 is a multidrug resistant strain isolated from a tertiary care hospital in Chennai, India. Here, we report the complete annotated genome sequence of strain U25 obtained using PacBio RSII. This is the first report of the whole genome of K. pneumoniaespecies from Chennai. It consists of a single circular chromosome of size 5,491,870-bp and two plasmids of size 211,813 and 172,619-bp. The genes associated with multidrug resistance were identified. The chromosome of U25 was found to have eight antibiotic resistant genes [blaOXA-1,blaSHV-28, aac(6’)1b-cr,catB3, oqxAB, dfrA1]. The plasmid pMGRU25-001 was found to have only one resistant gene (catA1) while plasmid pMGRU25-002 had 20 resistant genes [strAB, aadA1,aac(6’)-Ib, aac(3)-IId,sul1,2, blaTEM-1A,1B,blaOXA-9, blaCTX-M-15,blaSHV-11, cmlA1, erm(B),mph(A)]. A mutation in the porin OmpK36 was identified which is likely to be associated with the intermediate resistance to carbapenems in the absence of carbapenemase genes. U25 is one of the few K. pneumoniaestrains to harbour clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) systems. Two CRISPR arrays corresponding to Cas3 family helicase were identified in the genome. When compared to K. pneumoniaeNTUHK2044, a transposase gene InsH of IS5-13 was found inserted.

Complete genome sequence of Deltapapillomavirus 4 (bovine papillomavirus 2) from a bovine papillomavirus lesion in Amazon Region, Brazil

The complete genome sequence of bovine papillomavirus 2 (BPV2) from Brazilian Amazon Region was determined using multiple-primed rolling circle amplification followed by Illumina sequencing. The genome is 7,947 bp long, with 45.9% GC content. It encodes seven early (E1, E2,E4, E5, E6,E7, and E8) and two late (L1 and L2) genes. The complete genome of a BPV2 can help in future studies since this BPV type is highly reported worldwide although the lack of complete genome sequences available.

Draft genome of the Leptospira interrogans strains, Acegua, RCA, Prea, and Capivara, obtained from wildlife maintenance hosts and infected domestic animals

In the present paper, we announce new draft genomes of four Leptospira interrogans strains named Acegua, RCA, Prea, and Capivara. These strains were isolated in the state of Rio Grande do Sul, Brazil, from cattle, dog, Brazilian guinea pig, and capybara, respectively.

Complete genome of the multidrug-resistant Acinetobacter baumannii strain KBN10P02143 isolated from Korea

Acinetobacter baumannii, a strictly aerobic, non-fermentative, Gram-negative coccobacillary rod-shaped bacterium, is an opportunistic pathogen in humans. We recently isolated a multidrug-resistant A. baumannii strain KBN10P02143 from the pus sample drawn from a surgical patient in South Korea. We report the complete genome of this strain, which consists of 4,139,396 bp (G + C content, 39.08%) with 3,868 protein-coding genes, 73 tRNAs and six rRNA operons. Identification of the genes related to multidrug resistance from this genome and the discovery of a novel conjugative plasmid will increase our understanding of the pathogenicity associated with this species.

Biomassa microbiana e atividade enzimática em solos sob vegetação nativa e sistemas agrícolas anuais e perenes na região de Primavera do Leste (MT)

Primavera do Leste é um dos pólos de produção de grãos e fibras do Mato Grosso, com lavouras altamente tecnificadas. Este estudo foi realizado num Latossolo Vermelho-Amarelo da região de Primavera, com objetivo de avaliar a biomassa e a atividade microbiana de solos sob vegetação nativa e sistemas agrícolas anuais e perenes. As amostras de solo foram coletadas em duas profundidades (0-5 e 5-20 cm), no início da estação chuvosa, em áreas sob cultivo de videira (Vitis vinifera), entrelinha e linha, cultivos anuais (soja) e em uma área de vegetação nativa de Cerradão. Foram avaliados o carbono da biomassa microbiana (CBM), carbono prontamente mineralizável e as atividades das enzimas beta-glucosidase, fosfatase ácida e arilsulfatase. Nas duas profundidades avaliadas, os sistemas de uso do solo com culturas perenes e anuais apresentaram reduções médias de 70 % no CBM, em relação à área sob vegetação nativa. O manejo diferenciado na entrelinha do parreiral e a utilização do capim-pé-de-galinha (Eleusine indica), como cobertura viva, proporcionaram aumentos no C mineralizável e na atividade das enzimas beta-glucosidase e arilsulfatase nas duas profundidades. Os níveis médios de P no solo sob Cerradão resultaram em valores de atividade da fosfatase ácida inferiores aos dos observados em outros locais do Cerrado. Mesmo assim, na profundidade de 0-5 cm, a atividade da fosfatase ácida no Cerradão foi superior à da entrelinha do parreiral (VE) e à da área com culturas anuais, demonstrando a sua importância na mineralização do fósforo orgânico em áreas sob vegetação nativa. Os resultados obtidos confirmaram a sensibilidade dos parâmetros microbiológicos e bioquímicos para identificar alterações no solo de acordo com os diferentes sistemas de uso da terra.

Indicativos de descontinuidade litológica de regolitos derivados de granitos em uma microbacia sob floresta Amazônica, em Juruena - MT

As paisagens tropicais são caracterizadas por possuírem complexas coberturas superficiais que trazem consigo os registros de processos que ocorreram durante os períodos geológicos antecedentes. Porém, é comum as camadas verticais de uma paisagem apresentarem características morfológicas aparentemente homogêneas, dificultando, assim, a identificação da natureza do material de origem dos seus estratos. Objetivou-se estudar regolitos (solum + saprolito) derivados de granitos do Complexo Xingu em uma microbacia sob vegetação de floresta amazônica, a partir de atributos indicadores de sua formação. Predominam na área estudada Latossolos Vermelho-Amarelos e Plintossolos. Foram coletadas amostras em quatro pontos da paisagem: um no platô, dois na encosta e um no sopé; as profundidades de coleta foram de 0-0,6, 0,6-1,0 m e, a partir de 1,0 m, a cada metro de profundidade até atingir 8,0 m, ou a rocha. Os resultados das relações Ki, Kr, Zr/Ti e areia fina/areia grossa (AF/AG) foram discutidos, permitindo identificar alguns aspectos dos processos de formação dos regolitos da microbacia. Os regolitos dos pontos 1 (platô) e 3 (encosta 2) possuem material de origem ex-situ; o ponto 2 (encosta 1) possui a sua gênese dentro de uma sequência normal de intemperismo, sem aporte de material externo; e o ponto 4, localizado no sopé da paisagem, apresentou algumas diferenças nos materiais próximos da superfície - indicativo de deposição de material das partes mais altas do relevo. Dos atributos utilizados, a relação Zr/Ti, juntamente com a relação AF/AG, foi mais eficiente na identificação de descontinuidades de material de origem dos regolitos.

Criação de produtos de informação: a experiência do Sebrae/MT

Relato de experiência do Centro de Documentação e Informação do Sebrae/MT referente à criação de produtos informacionais. Aborda os desafios e o novo conceito que está permeando os centros de documentação. Apresenta o processo de criação de produtos informacionais, desde a sua concepção até a sua execução, com depoimentos de clientes que já estão utilizando o produto.

Efeito de sistemas de cultivo na estabilidade de agregados de um Latossolo Vermelho-Amarelo em Querência, MT

Avaliou-se o efeito de diferentes sistemas de cultivo na estabilidade de agregados em água de um Latossolo Vermelho-Amarelo de textura média, no Município de Querência, Mato Grosso. Foram selecionadas nove áreas contíguas: uma coberta com vegetação de mata natural de transição de cerrado para mata amazônica e as outras com sistemas de cultivos anuais. Coletaram-se amostras indeformadas de solo, para a determinação de estabilidade dos agregados em água, da granulometria, e da matéria orgânica. Ocorreram modificações na estrutura e matéria orgânica do solo, causadas pelos diferentes sistemas de cultivo, a partir do preparo da área para o primeiro plantio. Os maiores fracionamentos de agregados ocorreram nas áreas preparadas com grade aradora e grade niveladora para o monocultivo da soja durante quatro e seis anos. O plantio direto da soja sobre a palhada do milheto, por dois anos consecutivos, proporcionou maior estabilidade de agregados do solo. A porcentagem de matéria orgânica correlacionou-se positivamente com a porcentagem de agregados estáveis em água maiores que 2 mm, com o diâmetro médio ponderado dos agregados e com o grau de floculação.