Morphology of the larvae, male genitalia and DNA sequences of Anopheles (Kerteszia) pholidotus (Diptera: Culicidae) from Colombia

Since 1984, Anopheles (Kerteszia) lepidotus has been considered a mosquito species that is involved in the transmission of malaria in Colombia, after having been incriminated as such with epidemiological evidence from a malaria outbreak in Cunday-Villarrica, Tolima. Subsequent morphological analyses of females captured in the same place and at the time of the outbreak showed that the species responsible for the transmission was not An. lepidotus, but rather Anopheles pholidotus. However, the associated morphological stages and DNA sequences of An. pholidotus from the foci of Cunday-Villarrica had not been analysed. Using samples that were caught recently from the outbreak region, the purpose of this study was to provide updated and additional information by analysing the morphology of female mosquitoes, the genitalia of male mosquitoes and fourth instar larvae of An. pholidotus, which was confirmed with DNA sequences of cytochrome oxidase I and rDNA internal transcribed spacer. A total of 1,596 adult females were collected in addition to 37 larval collections in bromeliads. Furthermore, 141 adult females, which were captured from the same area in the years 1981-1982, were analysed morphologically. Ninety-five DNA sequences were analysed for this study. Morphological and molecular analyses showed that the species present in this region corresponds to An. pholidotus. Given the absence of An. lepidotus, even in recent years, we consider that the species of mosquitoes that was previously incriminated as the malaria vector during the outbreak was indeed An. pholidotus, thus ending the controversy.

Whole-genome sequences of influenza A(H3N2) viruses isolated from Brazilian patients with mild illness during the 2014 season

The influenza A(H3N2) virus has circulated worldwide for almost five decades and is the dominant subtype in most seasonal influenza epidemics, as occurred in the 2014 season in South America. In this study we evaluate five whole genome sequences of influenza A(H3N2) viruses detected in patients with mild illness collected from January-March 2014. To sequence the genomes, a new generation sequencing (NGS) protocol was performed using the Ion Torrent PGM platform. In addition to analysing the common genes, haemagglutinin, neuraminidase and matrix, our work also comprised internal genes. This was the first report of a whole genome analysis with Brazilian influenza A(H3N2) samples. Considerable amino acid variability was encountered in all gene segments, demonstrating the importance of studying the internal genes. NGS of whole genomes in this study will facilitate deeper virus characterisation, contributing to the improvement of influenza strain surveillance in Brazil.

Full-genome sequences of hepatitis B virus subgenotype D3 isolates from the Brazilian Amazon Region

The Brazilian Amazon Region is a highly endemic area for hepatitis B virus (HBV). However, little is known regarding the genetic variability of the strains circulating in this geographical region. Here, we describe the first full-length genomes of HBV isolated in the Brazilian Amazon Region; these genomes are also the first complete HBV subgenotype D3 genomes reported for Brazil. The genomes of the five Brazilian isolates were all 3,182 base pairs in length and the isolates were classified as belonging to subgenotype D3, subtypes ayw2 (n = 3) and ayw3 (n = 2). Phylogenetic analysis suggested that the Brazilian sequences are not likely to be closely related to European D3 sequences. Such results will contribute to further epidemiological and evolutionary studies of HBV.

Draft genome sequences of three NDM-1-producing Enterobacteriaceae species isolated from Brazil

The emergence of multidrug-resistant Enterobacteriaceae strains producing carbapenemases, such as NDM-1, has become a major public health issue due to a high dissemination capacity and limited treatment options. Here we describe the draft genome of three NDM-1-producing isolates: Providencia rettgeri(CCBH11880), Enterobacter hormaecheisubsp. oharae(CCBH10892) and Klebsiella pneumoniae(CCBH13327), isolated in Brazil. BesidesblaNDM-1, resistance genes to aminoglycosides [aadA1, aadA2,aac(6’)-Ib-cr] and quinolones (qnrA1,qnrB4) were observed which contributed to the multidrug resistance profile. The element ISAba125 was found associated to theblaNDM-1 gene in all strains.

Variações induzidas de atributos químicos e sua influência na reflectância espectral de três solos do estado do Paraná

O objetivo deste trabalho foi verificar a influência de alterações induzidas em alguns atributos químicos da caulinita e dos solos Latossolo Roxo, Latossolo Bruno e Terra Bruna Estruturada, encontrados no Estado do Paraná, sobre a sua reflectância espectral. Foram realizados tratamentos para saturação das amostras dos solos e mineral de argila, com soluções de acetado de cálcio e acetato de sódio, bem como incubações com carbonato de cálcio e com bicarbonato de sódio. Dados espectrométricos das amostras de argila e de solos foram obtidos na faixa espectral entre 400 e 2.500 nm em laboratório. Os tratamentos com acetado de cálcio e com acetato de sódio, nas amostras dos três solos e nas amostras do mineral de argila caulinita, promoveram aumentos no teor de cálcio e de sódio em relação à testemunha, resultando numa maior reflectância. As incubações com carbonato de cálcio ou bicarbonato de sódio nas amostras de solos da camada de 40 a 60 cm promoveram aumentos nos teores de cálcio, sódio e CTC efetiva, decréscimo de matéria orgânica e precipitação de alumínio. Essas alterações contribuíram, conjuntamente, para um aumento na magnitude da reflectância em todo o espectro eletromagnético. Apesar disso, as feições espectrais de absorção dos solos não se alteraram. As análises estatísticas mostraram o nível de discriminância entre as curvas espectrais dos solos.

Comportamento espectral de materiais de solos e de estruturas biogênicas associadas

No presente estudo, verificou-se a interferência da macrofauna edáfica sobre os atributos físicos e químicos e sua relação com a reflectância espectral de um Latossolo Vermelho-Amarelo (LV), Terra Roxa Estruturada latossólica (TR) e Vertissolo (V). Esses solos localizam-se em três pontos ao longo de uma toposseqüência da região de Piracicaba (SP). As amostras foram direcionadas para os agregados formados pelas formigas cortadeiras (Atta sp.), cupins (Cornitermes cumulans) e minhocas (Pontoscolex corethrurus), os quais foram comparados com o solo-controle sem atividade visível e recente dos animais (testemunha). Foram avaliadas a granulometria e a composição química das amostras de solo. O comportamento espectral do solo foi obtido em laboratório, utilizando espectroradiômetro entre 400 e 2.500 nm. Os coprólitos de minhoca apresentaram 2 a 3 vezes mais fósforo e um incremento de 30 a 50% na matéria orgânica em relação ao horizonte superficial do solo. Os agregados de cupins e formigas apresentaram composição química semelhante à dos horizontes subsuperficiais dos solos. O comportamento espectral dos agregados biológicos variou conforme sua composição química e profundidade de ação dos animais. No caso da minhoca, as curvas de reflectância foram semelhantes às do horizonte superficial para os três solos. Para as estruturas de cupim e formiga, tanto a composição química como o comportamento espectral corresponderam ao horizonte subsuperficial no LV e TR.

Comportamento espectral dos solos na paisagem a partir de dados coletados por sensores terrestre e orbital

Parte da variabilidade dos índices de produção agrícola está associada com as características do solo e da paisagem. Dessa forma, práticas de manejo, como a adubação, devem levar em consideração esta variabilidade. O sensoriamento remoto é uma ferramenta que pode fornecer, de maneira rápida, informações para o manejo do solo, pois relaciona a radiação eletromagnética com os atributos do solo. Assim, este trabalho teve como objetivo avaliar o comportamento espectral, em dois níveis de aquisição de dados (terrestre e orbital), de diferentes classes de solos ao longo de toposseqüências na região de São Carlos e Ibaté, SP. Para isso, amostras de terra georreferenciadas foram coletadas em 319 pontos, em três profundidades. Em seguida, obtiveram-se os dados radiométricos em laboratório, na faixa espectral entre 450 e 2.500 nm. Os mesmos locais amostrados na camada superficial, no campo, foram avaliados na imagem de satélite. A partir dos resultados obtidos, pode-se concluir que: (a) teores de areia grossa, argila e matéria orgânica, e cor tiveram relação com a reflectância dos solos; (b) ao longo das vertentes ocorrem variações nos dados espectrais dos solos; e (c) solos da mesma ordem taxonômica, porém com classes texturais diferentes, apresentam diferentes comportamentos espectrais, podendo ser discriminados por sensoriamento remoto.

Crop sequences in no-tillage system: effects on soil fertility and soybean, maize and rice yield

Decomposing crop residues in no-tillage system can alter soil chemical properties, which may consequently influence the productivity of succession crops. The objective of this study was to evaluate soil chemical properties and soybean, maize and rice yield, grown in the summer, after winter crops in a no-tillage system. The experiment was carried out in Jaboticabal, SP, Brazil (21 ° 15 ' 22 '' S; 48 ° 18 ' 58 '' W) on a Red Latosol (Oxisol), in a completely randomized block design, in strip plots with three replications. The treatments consisted of four summer crop sequences (maize monocrop, soybean monocrop, soybean/maize rotation and rice/bean/cotton rotation) combined with seven winter crops (maize, sunflower, oilseed radish, pearl millet, pigeon pea, grain sorghum and sunn hemp). The experiment began in September 2002. After the winter crops in the 2005/2006 growing season and before the sowing of summer crops in the 2006/2007 season, soil samples were collected in the layers 0-2.5; 2.5-5.0; 5-10; 10-20; and 20-30 cm. Organic matter, pH, P, K+, Ca2+, Mg2+, and H + Al were determined in each soil sample. In the summer soybean/maize rotation and in maize the organic matter contents and P levels were lower, in the layers 0-10 cm and 0-20 cm, respectively. Summer rice/bean/cotton rotation increased soil K levels at 0-10 cm depth when sunn hemp and oilseed radish had previously been grown in the winter, and in the 0-2.5 cm layer for millet. Sunn hemp, millet, oilseed radish and sorghum grown in the winter increased organic matter contents in the soil down to 30 cm. Higher P levels were found at the depths 0-2.5 cm and 0-5 cm, respectively, when sunn hemp and oilseed radish were grown in the winter. Highest grain yields for soybean in monoculture were obtained in succession to winter oilseed radish and sunn hemp and in rotation with maize, after oilseed radish, sunn hemp and millet. Maize yields were highest in succession to winter oilseed radish, millet and pigeon pea. Rice yields were lowest when grown after sorghum.

Avaliação espectral de solos desenvolvidos em uma toposseqüência de diabásio e folhelho da região de Piracicaba, SP

Este trabalho teve como objetivo estudar as alterações de solosdesenvolvidos numa toposseqüência composta por diabásio e folhelho (Piracicaba, SP), e sua relação com os dados espectrais. Ocorrem na toposseqüência os solos Latossolo Roxo (LR), Latossolo Vermelho-Escuro (LE), Podzólico Vermelho-Escuro (PE), Litossolo (Li) e Aluvial (Al) dos quais foram coletadas amostras a três profundidades. Foram obtidos dados de reflectância bidirecional dessas amostras em laboratório com espectrorradiômetro na faixa de 350 a 2.500 nm. As alterações da reflectância das amostras de solo das camadas superficiais e subsuperficiais foram relacionadas às diferenças nos teores de matéria orgânica e argila, que foram parâmetros importantes na caracterização espectral dos solos. Ao longo da toposseqüência, ocorreram alterações nas características dos solos, principalmente nos teores de ferro e silte e na mineralogia, que influenciaram nos dados espectrais. Os solos desenvolvidos de diabásio apresentaram altos teores de ferro, o que refletiu em concavidades mais acentuadas nas curvas espectrais em 850 nm, e intensidades de reflectância menores, ao contrário dos solos desenvolvidos de folhelho. A reflectância do PE apresentou-se mais intensa do que o LR e LE. Os solos menos intemperizados Li e Al apresentaram intensidades de reflectância mais elevadas que os mais intemperizados, LR e LE.

Resposta espectral de solos em razão do ângulo de visada, da umidade e da rugosidade superficial

Este trabalho teve por objetivo avaliar as variações do fator de refletância bidirecional (FRB) de três séries de solo (McAllister, Stronghold e Epitaph) da microbacia experimental de Walnut Gulch (Arizona, EUA) em razão do ângulo de visada, da rugosidade superficial e do teor de umidade. Foram consideradas as faixas espectrais do visível e do infravermelho próximo e médio presentes no sensor TM, e os resultados foram expressos em termos de FRB em relação à resposta no Nadir (FRB relativo). O anisotropismo variou de solo para solo e foi maior nas menores faixas espectrais, nos ângulos de visada maiores localizados na direção do retroespalhamento, nos ângulos solar-zenitais maiores, e na condição de solo seco. No solo Epitaph (único solo submetido ao estudo de rugosidade) o anisotropismo foi também maior na superfície mais rugosa. Entretanto, uma melhor diferenciação entre as superfícies lisa e rugosa do solo Epitaph foi obtida na direção do espalhamento da energia refletida. Diferenças na escala e nos métodos de obtenção dos dados são apontadas como causas do realce do comportamento anisotrópico dos dados obtidos em condições de laboratório, em comparação com os dados de campo.

Identificação de impurezas e misturas em pó de café por meio de comportamento espectral e análise de imagens digitais

Para eliminar divergências na interpretação dos resultados e agilizar os atuais métodos de detecção de fraudes em café torrado e moído, foi estabelecido um método baseado na análise por imagem e fundamentado no princípio de que diferentes materiais de origem orgânica, como o pó de café, podem apresentar reflectâncias distintas em diferentes comprimentos de onda do espectro eletromagnético. Partiu-se da hipótese de que o pó de café adulterado, quando submetido a uma fonte artificial de iluminação, apresenta uma reflectância, nos canais vermelho (R), verde (G) e azul (B), diferente em relação à do pó de café não-adulterado. Após as etapas de limpeza, secagem e homogeneização, foram geradas imagens multiespectrais das amostras de café, por meio de uma lupa acoplada a uma câmara CCD (Charge Coupled Device). A quantificação das impurezas na amostra foi obtida utilizando-se curvas de calibração entre a área relativa obtida pela classificação supervisionada de imagens e a porcentagem de impurezas presentes nas amostras. Esse novo método permite agilidade da resposta, ausência de subjetividade nos resultados e não-destruição das amostras analisadas, e assegura um patamar mínimo de detecção de 95% das impurezas do produto.

Caracterização espectral de Paspalum notatum em diferentes níveis de adubação nitrogenada

As propriedades espectrais da vegetação podem ser utilizadas para o monitoramento das condições de crescimento da vegetação ao longo do ano, assim como a estimativa da produtividade das espécies, por meio de técnicas de sensoriamento remoto. Para tanto, é necessário, primeiramente, caracterizar espectralmente as espécies que compõem a vegetação de um ecossistema. O objetivo deste trabalho foi caracterizar a reflectância do Paspalum notatum Flügge var. notatum crescendo em diferentes níveis de adubação nitrogenada. Foi realizado um experimento de campo na Estação Experimental Agronômica da Universidade Federal do Rio Grande do Sul (30º5'22'' S e 51º39'8'' W), utilizando-se um espectrorradiômetro portátil, em parcelas de P. notatum adubadas com 0, 200 e 400 kg ha-1 de N. A resposta espectral do P. notatum foi alterada pelas variações na quantidade de biomassa do dossel, provocadas por diferenças nos níveis de adubação nitrogenada. Os aumentos na quantidade de biomassa provocaram diminuição da reflectância na porção visível do espectro e aumento na porção infravermelho, o que mostra que a análise da reflectância é um bom indicador das mudanças que ocorrem em um dossel.

Análise espectral e temporal da cultura do café em imagens Landsat

A definição da resposta espectral da cultura do café é uma das etapas na identificação de lavouras cafeeiras em imagens de satélites de sensoriamento remoto, para fins de mapeamento e estimativa de área plantada. O objetivo deste trabalho foi avaliar o potencial das imagens adquiridas pelos satélites da série Landsat, no mapeamento da cultura do café para a previsão de safras. Foi feita uma análise temporal do comportamento espectral de lavouras de café-formação e café-produção por meio de imagens livres de nuvens adquiridas nos anos de 1999 e 2001. Também foi analisado o comportamento espectral das classes pastagem e mata, que compõem os alvos de maior ocupação na área de estudo. As imagens do período seco foram mais eficientes no mapeamento de lavouras de café-formação e café-produção. As imagens da banda 4 dos dois sensores apresentaram melhor diferenciação espectral entre café e os demais alvos da cena. A reflectância do café-produção apresentou grande variabilidade entre lavouras, que pode ser atribuída à idade, espaçamento de plantas, cultivar, indicando a necessidade de trabalho em campo para a correta identificação das lavouras de café nas imagens Landsat.

Análise discriminante dos solos por meio da resposta espectral no nível terrestre

O objetivo deste trabalho foi desenvolver e avaliar um método para discriminação das classes de solos a partir de suas respostas espectrais, utilizando-se um sensor em laboratório. Os dados espectrais foram utilizados no desenvolvimento de modelos estatísticos para discriminar as classes de solos de uma área no sudoeste do Estado de São Paulo. Equações discriminantes foram desenvolvidas para as 18 classes. A resposta espectral foi obtida em amostras da porção superficial e da porção subsuperficial dos solos da área de estudo, num total de 370 amostras. As amostras foram coletadas em 185 ha, com uma tradagem por ha. Os resultados demonstraram que as classes de solos podem ser individualizadas e distinguidas pela análise discriminante. A análise registrou índices de acerto acima de 80% de determinação da classe de solo avaliada. O acerto global foi de 90,71% quando se utilizaram todas as classes para a geração dos modelos, e 93,44% quando se utilizaram as dez classes com maior número de indivíduos. O teste estatístico simulado mostrou-se eficiente na análise discriminante, com taxa média de acerto acima de 91%, com erro global de 8,8%. A análise demonstrou redução na qualidade do modelo quando aplicado para um subconjunto de 20% das amostras, com erro global de 33,9%. O método auxilia na discriminação de classes de solos pela sua reflectância, devido às interações físicas com a energia eletromagnética.

Comparação entre mapas de solos obtidos por sensoriamento remoto espectral e pelo método convencional

O meio científico carece de métodos que efetivem a utilização da espectroradiometria em mapeamentos de solos. O objetivo deste trabalho foi comparar o uso do sensoriamento remoto espectral com o método convencional, na obtenção de mapas de solos. Utilizando o mapa planialtimétrico como base, trinta pontos de amostragem foram demarcados na área de estudo. As amostras foram coletadas a 0-20, 40-60 e 80-100 cm de profundidade em cada ponto, todos georreferenciados, totalizando noventa amostras nas quais foram feitas as análises químicas, físicas e radiométricas. Os dados radiométricos foram obtidos em laboratório usando o espectrorradiômetro IRIS, na faixa de 400-2.500 nm. Pela análise e interpretação dos dados espectrais juntamente com as curvas de nível, obteve-se um mapa espectral detalhado de solos. Na mesma área foi obtido um mapa de solos detalhado pelo método convencional. Foram identificadas quatro classes de solos em ambos os mapas, com boa correlação, demonstrando que os dados espectrais podem ser utilizados como instrumento no mapeamento de solos. A utilização conjunta dos dados de sensoriamento remoto espectral, curvas de nível e trabalho de campo permite a obtenção do mapa detalhado de solos.