Optimization of the Sybr Green real time PCR for the detection of Human Herpes Virus type 6 (HHV-6)

HHV-6 is the etiological agent of Exanthem subitum which is considered the sixth most frequent disease in infancy. In immuno-compromised hosts, reactivation of latent HHV-6 infection may cause severe acute disease. We developed a Sybr Green Real Time PCR for HHV-6 and compared the results with nested conventional PCR. A 214 pb PCR derived fragment was cloned using pGEM-T easy from Promega system. Subsequently, serial dilutions were made in a pool of negative leucocytes from 10-6 ng/µL (equivalent to 2465.8 molecules/µL) to 10-9 (equivalent to 2.46 molecules/µL). Dilutions of the plasmid were amplified by Sybr Green Real Time PCR, using primers HHV3 (5' TTG TGC GGG TCC GTT CCC ATC ATA 3)'and HHV4 (5' TCG GGA TAG AAA AAC CTA ATC CCT 3') and by conventional nested PCR using primers HHV1 (outer): 5'CAA TGC TTT TCT AGC CGC CTC TTC 3'; HHV2 (outer): 5' ACA TCT ATA ATT TTA GAC GAT CCC 3'; HHV3 (inner) and HHV4 (inner) 3'. The detection threshold was determined by plasmid serial dilutions. Threshold for Sybr Green real time PCR was 24.6 molecules/µL and for the nested PCR was 2.46 molecules/µL. We chose the Real Time PCR for diagnosing and quantifying HHV-6 DNA from samples using the new Sybr Green chemistry due to its sensitivity and lower risk of contamination.

FIRST REPORT OF METALLO-β-LACTAMASES PRODUCING Enterobacter spp. STRAINS FROM VENEZUELA

Clinical strains of Enterobacter were isolated from Cumana's Central Hospital in Venezuela, and classified as E. cloacae (21), E. aerogenes(7), E. intermedium (1), E. sakazakii (1) and three unclassified. The strains showed high levels of resistance, especially to SXT (58.1%), CRO (48.8%), CAZ (46.6%), PIP (46.4%), CIP (45.2%) and ATM (43.3%). This is the first report for South America of blaVIM-2 in two E. cloacae and one Enterobacter sp., which also showed multiple mechanisms of resistance. Both E. cloacaeshowed blaTEM-1, but only one showed blaCTX-M-15 gene, while no blaSHV was detected.

Brotes de leptospirosis humana en la provincia de Ciego de Ávila, Cuba

Se analizan los brotes de leptospirosis ocurridos en la provincia de Ciego de Ávila en el periodo de 1980 a 1995. En la etapa se notifican 40 brotes. Las actividades principales vinculadas a los mismos fueron la atención al cultivo de la caña de azúcar, al cultivo del plátano, el baño en río y las inundaciones. Se nota un incremento de brotes a partir del mes de junio. En los meses de octubre y noviembre se reportan las mayores incidencias. Los grupos de edades que más casos aportaron fueron de 10-14 años, 15-19 años y 30-34 años. El sexo más afectado fue el masculino. Los grupos más afectados fueron los estudiantes, pobladores urbanos y trabajadores agrícolas cañeros. De los 40 brotes, 21 fueron confirmados por medio de la prueba de microaglutinación y 19 por la prueba hemolitica, siendo los serogrupos más frecuentes Pomona y Australis.

O estado nutricional de crianças Yanomami do Médio Rio Negro, Amazônia

O estado nutricional de 290 crianças, desde o nascimento até a idade de uns seis anos, da população Yanomami do Médio Rio Negro, Amazonas, foi observado em 1998 e 1999. Essa população tem um modo de viver tradicional e dispõe de um largo espaço para as atividades de caça e de colheita. O índice peso/altura foi comparado aos valores de referência do National Center for Health Statistics. Todas essas crianças são de pequena morfologia. Uma desnutrição (índice <= -2 SD) foi observada em 20 delas, ou seja 7%, cinco apresentando uma forma grave (<= -3 SD). A importância dos contatos exteriores não parece influenciar significativamente nas diferenças que existem entre as comunidades. Esses dados descrevem uma situação sem penúria de alimentação. Os casos de desnutrição parecem ser o resultado conjunto de infecções e de uma situação particular de rejeição do grupo.

Rios da bacia amazônica II. Os afluentes do rio Branco (*)

Foram coletadas amostras de água em 13 rios pertencentes a bacia do Rio Branco e analizados, quanto aos seguintes parêmetros físico-químicos: pH, condutibilidade elétrica, Ca, Mg, Na, K, Fe solúvel, Fe complexado e total, Mn, P tota, N-Kjedahl, NH4, N-orgânigo, SO4, Côr, Material Húmico, Cl, Si e Al total. Foram analizados os resultados estatísticos do coeficiente de correlação a 5%. Essa bacia possui rios com relativas concentrações de sais minerais no que é muito bem demonstrado pelo PROJETO RADAM BRASILvol. 8 1975, e rios bastantes pobres em eletrólitos. Três desses rios, o Uraricoera, Mucajaí e o Branco, possuem várzeas agricultáveis, principalmente a região do baixo Rio Branco, que deveria ser melhor aproveitada para cultura de subsistência do Território de Roraima.

CONSUMO DE PESCADO E OUTROS ALIMENTOS PELA POPULAÇÃO RIBEIRINHA DO LAGO GRANDE DE MONTE ALEGRE, PA - BRASIL.

O presente artigo apresenta resultados sobre o consumo de pescado e outros alimentos pela população ribeirinha do Lago Grande de Monte Alegre, no Estado do Pará, Brasil. Os dados foram coletados mensalmente, por um período de dois anos juntos a 35 famílias de 17 comunidades, que praticam a pesca com fins comerciais e de subsistência, bem como as famílias que nào pescam. O consumo médio de pescado foi de 369 g/capita/dia, complementado com 6,lg/capita/dia de farinha de peixe (piracuí). As espécies mais consumidas foram: curimatá (Prochilodus nigricans) e acarí-bodó (Liposarcus partialis). Em média, as famílias tiveram alguma refeição constituída de pescado em 6 dias de cada semana. Extrapolando para toda a população do Lago, o consumo diário de pescado é pouco mais de 3 t, chegando a 1.114 t/ano.

Análise da estrutura e do estoque de fitomassa de uma floresta secundária da região de Manaus AM, dez anos após corte raso seguido de fogo

Na Amazônia, o fogo é ainda o principal trato cultural utilizado no preparo de solo para agricultura e pecuária, tanto pelos pequenos como pelos grandes fazendeiros. Combinando à baixa fertilidade do solo e ao baixo preço da terra, assim que as fontes naturais de nutrientes são exauridas, as áreas são abandonadas e novas florestas primárias são derrubadas e queimadas. Por conta disso, grandes extensões de área da Amazônia são cobertas por florestas secundárias originadas de áreas abandonadas pela agricultura ou pastagem. Este estudo foi conduzido em uma área experimental usada em uma pesquisa sobre eficiência de combustão e emissão de gás carbônico da floresta amazônica, localizada aproximadamente 50 km ao norte de Manaus. A vegetação da área experimental foi derrubada e queimada em 1991, simulando as condições em que o pequeno agricultor prepara o solo para plantios de subsistência. Dez anos após a queimada, a floresta secundária ainda é bastante diferente da floresta original. As espécies vegetais dominantes são, principalmente, das famílias botânicas Annonaceae, Arecaceae, Burseraceae, Cecropiaceae, Euphorbiaceae, Fabaceae, Lecythidaceae, Melastomataceae, Mimosaceae, Sapindaceae e Sterculiaceae. O estoque de biomassa recuperado, dez anos após a formação da capoeira estudada, é de aproximadamente 16%, ou seja, a capoeira apresenta um estoque médio de 56,2 t.ha-1 ± 12 (IC 95%), enquanto que o estoque da floresta primária é de 339,7 t.ha-1 ± 66,7 (IC 95 %).

Proposta de uma máquina para colheita mecanizada de babaçu (Orbignya phalerata Mart.) para a agricultura familiar

O babaçu é uma planta de importância capital na economia de subsistência do norte do Brasil. Sua configuração sócio-ambiental o torna destaque na situação regional amazônica, onde os produtos advindos do babaçu possibilitam renda para a camada mais pobre da população amazônica, além da questão ambiental que é conotada à preservação dos babaçuais naturais. Um dos gargalos técnicos da produção do babaçu, em especial visando a extração do óleo de babaçu, é a colheita feita de forma manual e no sistema extrativista. O objetivo deste trabalho é propor o conceito de uma colhedora de babaçu moto-mecanizada, capaz de trabalhar em cultivos artificiais, assim como em florestas naturais. Foi utilizada a metodologia de projeto da matriz morfológica, onde foram elencadas as possíveis combinações de mecanismos e elementos para uma colhedora de babaçu. Como resultado foi obtido um conceito teórico, sendo concluída a viabilidade técnica de tal projeto, em estudos futuros pretende-se desenvolver estudos de viabilidade técnica detalhados, assim como estudos de viabilidade econômica.

Os sistemas agroflorestais como alternativa de sustentabilidade em ecossistemas de várzea no Amazonas

Os sistemas agroflorestais (SAFs) representam uma alternativa agroecológica de produção, sob regime sustentável, para os agricultores familiares na várzea dos Rios Solimões/Amazonas, principalmente no que se refere ao manejo florestal, à diversidade de produtos e à geração de renda. Diante disso, o objetivo deste trabalho foi compreender as diferentes formas de apropriação e de manejo dos recursos naturais através dos SAFs, nos subsistemas roça, sítio e lagos, como componente para a sustentabilidade dos agricultores familiares da localidade Costa da Terra Nova, município do Careiro da Várzea, Amazonas. O método empregado foi o Estudo de Caso com aplicação de questionários, entrevistas e observação participante. A produção familiar na Costa da Terra Nova é representada pelos SAFs, constituído pelos os subsistemas: roça quintal e lago, que proporcionam produtos tanto para subsistência quanto para comercialização local, e estabelecendo a agricultura como fundamental atividade na localidade. O principal produto para comercialização é obtido das hortaliças cultivadas na época da vazante no subsistema roça nas comunidades São Francisco e Nossa Senhora da Conceição; e do extrativismo pesqueiro no subsistema lago, na época da cheia, principalmente na comunidade São José. A criação de animal se dá no subsistema sítio e é apenas para subsistência, sendo as aves e os suínos os principais animais domésticos criados nas três comunidades. Portanto os SAFs tradicionais, constituídos pelos subsistemas, roça, sitio e lago, são responsáveis pela sustentabilidade socioeconômica da localidade pesquisada, servindo, como alternativa agrícola melhor adaptada às condições locais das áreas de várzea na Amazônia.

Estudos etnoictiológicos sobre o pirarucu Arapaima gigas na Amazônia Central

O presente estudo visou identificar saberes comuns entre o conhecimento científico e o conhecimento local sobre a ecologia e biologia do pirarucu (Arapaima gigas), contribuindo com informações úteis para a implementação e consolidação de projetos de manejo participativo pesqueiro na região. Foram realizadas 57 entrevistas semi-estruturadas, com pescadores profissionais de Manaus e pescadores de subsistência de Manacapuru durante o período de junho a dezembro do ano de 2002. Foi observado que os pescadores profissionais possuem informações igualmente precisas e abrangentes em relação aos saberes dos pescadores ribeirinhos de subsistência nos aspectos de reprodução, predação, migração, crescimento e mortalidade. Os aspectos que não são equivalentes entre os pescadores profissionais comerciais citadinos e ribeirinhos de subsistência são nos aspectos de tipo de alimentação e no tamanho de recrutamento pesqueiro. Concluímos que os pescadores da Amazônia central possuem os conhecimentos necessários que possibilitam o manejo participativo do pirarucu, como um profundo saber nos aspectos comportamentais, biológicos e ecológicos desta espécie, podendo assim contribuir de fato com a participação de gestão nos recursos pesqueiros locais.

Assembleias de peixes associadas aos bancos de macrófitas aquáticas em lagos manejados da Amazônia Central, Amazonas, Brasil

O co-manejo dos recursos pesqueiros que vem sendo desenvolvido pelos ribeirinhos da Amazônia têm a preocupação de assegurar ambientes adequados para a conservação dos estoques. Esta estratégia de co-manejo é baseada em regras de acesso e uso dos recursos pesqueiros. Nesse estudo, foi investigada a influência do tipo de uso de lagos (preservados e manejados para subsistência) e a sua distância do rio (próximos e distantes) na estrutura das assembleias de peixes associadas aos bancos de macrófitas aquáticas em lagos de várzea, Amazônia Central. Os peixes foram capturados na cheia com rede de cerco em seis lagos com distância do rio variando de 0,87 a 10,9 km. Nas macrófitas aquáticas e capins flutuantes dos lagos foram capturados um total de 623 exemplares de peixes, distribuídos em 56 espécies. A análise de covariância (ANCOVA) indica que o co-manejo dos lagos e distância não influenciaram significativamente nos atributos ecológicos das assembleias (abundância, riqueza, peso total, diversidade de Shannon-Weaver, diversidade Berger-Parker, equitabilidade e dominância). A análise de similaridade (ANOSIM) também mostrou que não existe diferença na composição de espécies entre os tipos de lago. Estes resultados sugerem outros fatores, como o pouco tempo de manejo efetivo, a agricultura como sendo a principal atividade econômica de subsistência, inexistência de pescarias em larga escala que produzam alterações ambientais significativas e a existência de um fator ecológico de grande intensidade, o pulso de inundação, sobrepondo a outros de menor intensidade.

Densidade e tamanho populacional de mamíferos cinegéticos em duas Unidades de Conservação do Estado do Rio de Janeiro, Brasil

A Mata Atlântica, apesar de ainda sofrer uma intensa devastação, abriga 261 espécies de mamíferos, sendo 73 endêmicos. Mamíferos de grande porte estão entre os mais vulneráveis à caça, perda de habitat e tráfico de animais. No Estado do Rio de Janeiro existem somente duas Reservas Biológicas de Mata Atlântica de baixada, a Reserva Biológica de Poço das Antas e a Reserva Biológica União. O presente estudo teve como objetivo avaliar a influência da prática da caça ilegal sobre a fauna de mamíferos nestas duas Unidades de Conservação. O levantamento populacional foi realizado utilizando o método de transecção linear e 375 quilômetros foram percorridos durante o período de dezembro de 2003 a janeiro de 2005. Os dados de estimativa de densidade populacional foram analisados no programa DISTANCE 5.0. Através de encontros visuais foram confirmadas 12 espécies durante o levantamento, sendo estas regularmente caçadas na região. As espécies que apresentaram maior densidade nas duas Unidades de Conservação foram o macaco-prego (Cebus nigritus Erxleben, 1777), o bugio (Alouatta guariba Lacépède, 1799), tatu-galinha (Dasypus novemcintus Linnaeus, 1758) e o tatu (Dasypus septemcinctus Linnaeus, 1758). As espécies mais raras ou ausentes foram a anta (Tapirus terrestris Brünnich, 1771), o veado (Mazama americana Rafinesque, 1817) e o queixada (Tayassu pecari Link, 1795). Evidências diretas e indiretas da ação da caça ilegal foram observadas nas duas áreas de estudo, indicando que a caça é uma prática comum nessas Reservas Biológicas. A sobrevivência a longo prazo dessas espécies é questionável, já que as populações remanescentes em fragmentos são pequenas e isoladas, o que as tornam muito susceptível à extinção mesmo sob uma baixa pressão de caça.

Estimativas de parâmetros populacionais e demográficos de Ozotoceros bezoarticus (Artiodactyla, Cervidae) em Piraí do Sul, Paraná, sul do Brasil

Este estudo foi realizado em duas propriedades particulares, situadas no município de Piraí do Sul, sul do Brasil. Foram realizadas 16 fases de campo mensais, com três dias de duração, no período compreendido entre fevereiro de 2001 e maio de 2002, com o objetivo de obter informações sobre a biologia do veado-campeiro (Ozotoceros bezoarticus Linnaeus, 1758) e identificar os principais fatores de impacto sobre o mesmo. Foram computadas 1.065 observações, estimando-se 71,45 indivíduos na população, sendo o tamanho médio dos grupos de 2,29 (DV ± 0,55), e a razão sexual de 0,83. Indivíduos isolados corresponderam a 40% das observações, sendo o maior grupo composto por 10 indivíduos. Registrou-se um pico de nascimentos entre setembro e novembro, embora esses tenham acontecido ao longo de todo o estudo. Foram registrados 34 óbitos, correspondendo a uma mortalidade de 47,6%, sendo as principais causas a predação por Puma concolor (Linnaeus, 1771), a caça e os atropelamentos. A população estudada encontra-se severamente ameaçada, e não sobreviverá por muito tempo a menos que políticas que garantam a sua conservação sejam adotadas. Estas políticas devem incluir o manejo adequado das áreas e o controle dos vetores de pressão.

Comparación ontogénica de la frecuencia de muda en Rhinella marina (Anura, Bufonidae)

La muda es un proceso de renovación de la capa externa de la epidermis (estrato corneo) de los anfibios, la cual suministra protección contra daños, patógenos y pérdida de agua. Este trabajo evalúa la frecuencia de muda entre juveniles y adultos de Rhinella marina (Linnaeus, 1758) y la tasa de ocurrencia entre el día y la noche. Para esto, se realizaron dos observaciones diarias (7 am y 7 pm), entre Octubre de 2011 y Marzo de 2012, a tres grupos de individuos clasificados según su tamaño longitud rostro-cloaca, como adultos (promedio=80 mm), juveniles medianos (promedio=19 mm) y juveniles pequeños (promedio=13 mm). Estos animales fueron colocados en terrarios en el laboratorio y marcados en el dorso a través de un punto hecho con un corrector de tinta. La muda se determinó por la pérdida total de la marca y una coloración brillante en el dorso. Se encontró una diferencia significativa (Kruskal-Wallis, H=19.84, p<0.0001) en el periodo de muda entre los tres grupos de estudio: adultos=7.5 días, juveniles medianos=5.4 días, juveniles pequeños=5.3 días. También, en la frecuencia de animales que mudaron en el día y la noche (Ji-cuadrado, χ2=7.891, p=0.019), particularmente en los dos grupos de juveniles, quienes lo hicieron en la noche, ya que en los adultos no hubo una diferencia clara. Posiblemente, la mayor frecuencia de la muda en los juveniles puede relacionarse con su condición ontogénica, de un menor tamaño corporal, alta tasa metabólica y mayor tasa de desarrollo.

The susceptibility of adult schistosomes to immune attrition

Mouse infection models are described that demonstrate reduction of egg production in Schistosoma haematobium infections and both worm loss and reduced fecundity in S. bovis infections. Neither phenomenum could be shown in S. mansoni infected mice. The immunological basis for these anti-adult responses was inferred by comparison with infections in T-cell deprived mice and by the serum transfer of the ability to reduce a S. bovis worm burden into immunocompromised hosts. Vaccination with irradiation attenuated parasites was also shown to have consequences for the adults of a challenge infections of S. haematobium and S. bovis specifically. Prior vaccination resulted in an abrogation of the anti-fecundity and adult worm elimination that occurred in non-vaccinated similary infected mice. hese models are being used to define the targets and mechanisms involved in anti-adult attrition. A serological assay, quantitation of a circulating antigen (CAA) has been assessed for its ability to measure worm burdens of different species of schistosome in mice. This assay will be used to question whether anti-adult immunity contributes to the pattern of infection with S. mansoni and S. haematobium in man.