Structure and dynamics of supramolecular assemblies studied by advanced solid-state NMR spectroscopy

Ziel der vorliegenden Arbeit ist die Aufklärung von Struktur und Dynamik komplexer supramolekularer Systeme mittels Festkörper NMR Spektroskopie. Die Untersuchung von pi-pi Wechselwirkungen, welche einen entscheidenden Einfluss auf die strukturellen und dynamischen Eigenschaften supra- molekularer Systeme haben, hilft dabei, die Selbst- organisationsprozesse dieser komplexen Materialien besser zu verstehen. Mit dipolaren 1H-1H and 1H-13C Wiedereinkopplungs NMR Methoden unter schnellem MAS können sowohl 1H chemische Verschiebungen als auch dipolare 1H-1H und 1H-13C Kopplungen untersucht werden, ohne dass eine Isotopenmarkierung erforderlich ist. So erhält man detaillierte Informationen über die Struktur und die Beweglichkeit einzelner Molekül- segmente. In Verbindung mit sogenannten nucleus independent chemical shift (NICS) maps (berechnet mit ab-initio Methoden) lassen sich Abstände von Protonen relativ zu pi-Elektronensystemen bestimmen und so Strukturvorschläge ableiten. Mit Hilfe von homo- und heteronuklearen dipolaren Rotationsseitenbandenmustern könnenaußerdem Ordnungs- parameter für verschiedene Molekülsegmente bestimmt werden. Die auf diese Weise gewonnenen Informationen über die strukturellen und dynamischen Eigenschaften supramolekularer Systeme tragen dazu bei, strukturbestimmende Molekül- einheiten und Hauptordnungsphänomene zu identifizieren sowie lokale Wechselwirkungen zu quantifizieren, um so den Vorgang der Selbstorganisation besser zu verstehen.

Patient-Therapeut-Bindung bei Drogenabhängigen: Instrumentenvalidierung und Therapieevaluation

In der vorliegenden Arbeit wird zum einen ein Instrument zur Erfassung der Patient-Therapeut-Bindung validiert (Client Attachment to Therapist Scale, CATS; Mallinckrodt, Coble & Gantt, 1995), zum anderen werden Hypothesen zu den Zusammenhängen zwischen Selbstwirksamkeitserwartung, allgemeinem Bindungsstil, therapeutischer Beziehung (bzw. Therapiezufriedenheit), Patient-Therapeut-Bindung und Therapieerfolg bei Drogen-abhängigen in stationärer Postakutbehandlung überprüft. In die Instrumentenvalidierung (einwöchiger Retest) wurden 119 Patienten aus 2 Kliniken und 13 Experten einbezogen. Die Gütekriterien des Instrumentes fallen sehr zufriedenstellend aus. An der naturalistischen Therapieevaluationsstudie (Prä-, Prozess-, Post-Messung: T0, T1, T2) nahmen 365 Patienten und 27 Therapeuten aus 4 Kliniken teil. Insgesamt beendeten 44,1% der Patienten ihren stationären Aufenthalt planmäßig. Auf Patientenseite erweisen sich Alter und Hauptdiagnose, auf Therapeutenseite die praktizierte Therapierichtung als Therapieerfolgsprädiktoren. Selbstwirksamkeitserwartung, allgemeiner Bindungsstil, Patient-Therapeut-Bindung und Therapiezufriedenheit eignen sich nicht zur Prognose des Therapieerfolgs. Die zu T0 stark unterdurchschnittlich ausgeprägte Selbstwirksamkeits-erwartung steigert sich über den Interventionszeitraum, wobei sich ein Moderatoreffekt der Patient-Therapeut-Bindung beobachten lässt. Es liegt eine hohe Prävalenz unsicherer allgemeiner Bindungsstile vor, welche sich über den Therapiezeitraum nicht verändern. Die patientenseitige Zufriedenheit mit der Therapie steigt von T1 zu T2 an. Die Interrater-Konkordanz (Patient/Therapeut) zur Einschätzung der Patient-Therapeut-Bindung erhöht sich leicht von T1 zu T2. Im Gegensatz dazu wird die Therapiezufriedenheit von Patienten und Therapeuten zu beiden Messzeitpunkten sehr unterschiedlich beurteilt. Die guten Testgütekriterien der CATS sprechen für eine Überlegenheit dieses Instrumentes gegenüber der Skala zur Erfassung der Therapiezufriedenheit. Deshalb sollte die Patient-Therapeut-Bindung anhand dieses Instrumentes in weiteren Forschungsarbeiten an anderen Patientenkollektiven untersucht werden, um generalisierbare Aussagen zur Validität treffen zu können.

Automatic induction of lexical features

This thesis concerns artificially intelligent natural language processing systems that are capable of learning the properties of lexical items (properties like verbal valency or inflectional class membership) autonomously while they are fulfilling their tasks for which they have been deployed in the first place. Many of these tasks require a deep analysis of language input, which can be characterized as a mapping of utterances in a given input C to a set S of linguistically motivated structures with the help of linguistic information encoded in a grammar G and a lexicon L: G + L + C → S (1) The idea that underlies intelligent lexical acquisition systems is to modify this schematic formula in such a way that the system is able to exploit the information encoded in S to create a new, improved version of the lexicon: G + L + S → L' (2) Moreover, the thesis claims that a system can only be considered intelligent if it does not just make maximum usage of the learning opportunities in C, but if it is also able to revise falsely acquired lexical knowledge. So, one of the central elements in this work is the formulation of a couple of criteria for intelligent lexical acquisition systems subsumed under one paradigm: the Learn-Alpha design rule. The thesis describes the design and quality of a prototype for such a system, whose acquisition components have been developed from scratch and built on top of one of the state-of-the-art Head-driven Phrase Structure Grammar (HPSG) processing systems. The quality of this prototype is investigated in a series of experiments, in which the system is fed with extracts of a large English corpus. While the idea of using machine-readable language input to automatically acquire lexical knowledge is not new, we are not aware of a system that fulfills Learn-Alpha and is able to deal with large corpora. To instance four major challenges of constructing such a system, it should be mentioned that a) the high number of possible structural descriptions caused by highly underspeci ed lexical entries demands for a parser with a very effective ambiguity management system, b) the automatic construction of concise lexical entries out of a bulk of observed lexical facts requires a special technique of data alignment, c) the reliability of these entries depends on the system's decision on whether it has seen 'enough' input and d) general properties of language might render some lexical features indeterminable if the system tries to acquire them with a too high precision. The cornerstone of this dissertation is the motivation and development of a general theory of automatic lexical acquisition that is applicable to every language and independent of any particular theory of grammar or lexicon. This work is divided into five chapters. The introductory chapter first contrasts three different and mutually incompatible approaches to (artificial) lexical acquisition: cue-based queries, head-lexicalized probabilistic context free grammars and learning by unification. Then the postulation of the Learn-Alpha design rule is presented. The second chapter outlines the theory that underlies Learn-Alpha and exposes all the related notions and concepts required for a proper understanding of artificial lexical acquisition. Chapter 3 develops the prototyped acquisition method, called ANALYZE-LEARN-REDUCE, a framework which implements Learn-Alpha. The fourth chapter presents the design and results of a bootstrapping experiment conducted on this prototype: lexeme detection, learning of verbal valency, categorization into nominal count/mass classes, selection of prepositions and sentential complements, among others. The thesis concludes with a review of the conclusions and motivation for further improvements as well as proposals for future research on the automatic induction of lexical features.

Einstellungen zur Demokratie in Kambodscha : Niveau und Determinanten der Demokratieunterstützung

Die vorliegende Arbeit beschäftigt sich mit der Frage, wie stark die Unterstützung eines demokratischen politischen Systems in der kambodschanischen Bevölkerung ist und welche Faktoren auf der Mikroebene die Demokratieunterstützung in Kambodscha beeinflussen. Hierfür werden das Unterstützungsmodell von Dieter Fuchs und die Modernisierungstheorie von Seymour Lipset für die Analyse von Einstellungen in einem autoritären politischen System modifiziert und entsprechend angepasste Hypothesen [zum Einfluss der Modernisierungsfaktoren auf die Demokratieunterstützung] formuliert. Nachdem die im Datensatz vorhandenen Einzelindikatoren zu Faktoren verdichtet und Probleme des Demokratieverständnisses und der Item-Nonresponse diskutiert wurden, werden Daten der zweiten Welle der Asian Barometer Survey 2008 analysiert. Die empirischen Ergebnisse zeigen zwar, dass eine substantielle Minderheit das autoritäre Regime des Landes und seine Entscheidungsträger kritisch betrachtet, die Bindung an liberal-demokratische Werte aber eher schwach ausgeprägt ist. Bi- und multivariate Analysen deuten auf einen Einfluss von Faktoren wie Bildung, Einkommen und Wohnort hin und bestätigen somit weitgehend die Modernisierungstheorie, allerdings mit einer bedeutsamen Abweichung: Größere Zufriedenheit mit der eigenen wirtschaftlichen Lage führt zwar zu einer stärkeren Bindung an demokratische Werte, gleichzeitig aber auch zu einer größeren Unterstützung des autoritären Regimes und seiner Entscheidungsträger.

Na +-coupled betaine symporters involved in osmotic stress response in prokaryotes and eukaryotes

The betaine/GABA transporter BGT1 is one of the most important osmolyte transporters in the kidney. BGT1 is a member of the neurotransmitter sodium symporter (NSS) family, facilitates Na+/Cl--coupled betaine uptake to cope with hyperosmotic stress. Betaine transport in kidney cells is upregulated under hypertonic conditions by a yet unknown mechanism when increasing amounts of intracellular BGT1 are inserted into the plasma membrane. Re-establishing isotonicity results in ensuing depletion of BGT1 from the membrane. BGT1 phosphorylation on serines and threonines might be a regulation mechanism. In the present study, four potential PKC phosphorylation sites were mutated to alanines and the responses to PKC activators, phorbol 12-myristate acetate (PMA) and dioctanoyl-sn-glycerol (DOG) were determined. GABA-sensitive currents were diminished after 30 min preincubation with these PKC activators. Staurosporine blocked the response to DOG. Three mutants evoked normal GABA-sensitive currents but currents in oocytes expressing the mutant T40A were greatly diminished. [3H]GABA uptake was also determined in HEK-293 cells expressing EGFP-tagged BGT1 with the same mutations. Three mutants showed normal upregulation of GABA uptake after hypertonic stress, and downregulation by PMA was normal compared to EGFP-BGT1. In contrast, GABA uptake by the T40A mutant showed no response to hypertonicity or PMA. Confocal microscopy of the EGFP-BGT1 mutants expressed in MDCK cells, grown on glass or filters, revealed that T40A was present in the cytoplasm after 24 h hypertonic stress while the other mutants and EGFP-BGT1 were predominantely present in the plasma membrane. All four mutants co-migrated with EGFP-BGT1 on Western blots suggesting they are full-length proteins. In conclusion, T235, S428, and S564 are not involved in downregulation of BGT1 due to phosphorylation by PKC. However, T40 near the N-terminus may be part of a hot spot important for normal trafficking or insertion of BGT1 into the plasma membrane. Additionally, a link between substrate transport regulation, insertion of BGT1 into the plasma membrane and N-glycosylation in the extracellular loop 2 (EL2) could be revealed. The functional importance of two predicted N-glycosylation sites, which are conserved in EL2 within the NSS family were investigated for trafficking, transport and regulated plasma membrane insertion by immunogold-labelling, electron microscopy, mutagenesis, two-electrode voltage clamp measurements in Xenopus laevis oocytes and uptake of radioactive-labelled substrate into MDCK cells. Trafficking and plasma membrane insertion of BGT1 was clearly promoted by proper N-glycosylation in both, oocytes and MDCK cells. De-glycosylation with PNGase F or tunicamycin led to a decrease in substrate affinity and transport rate. Mutagenesis studies revealed that in BGT1 N183 is the major N-glycosylation site responsible for full protein activity. Replacement of N183 with aspartate resulted in a mutant, which was not able to bind N-glycans suggesting that N171 is a non-glycosylated site in BGT1. N183D exhibited close to WT transport properties in oocytes. Surprisingly, in MDCK cells plasma membrane insertion of the N183D mutant was no longer regulated by osmotic stress indicating unambiguously that association with N-glycans at this position is linked to osmotic stress-induced transport regulation in BGT1. The molecular transport mechanism of BGT1 remains largely unknown in the absence of a crystal structure. Therefore investigating the structure-function relationship of BGT1 by a combination of structural biology (2D and 3D crystallization) and membrane protein biochemistry (cell culture, substrate transport by radioactive labeled GABA uptake into cells and proteoliposomes) was the aim of this work. While the functional assays are well established, structure determination of eukaryotic membrane transporters is still a challenge. Therefore, a suitable heterologous expression system could be defined, starting with cloning and overexpression of an optimized gene. The achieved expression levels in P. pastoris were high enough to proceed with isolation of BGT1. Furthermore, purification protocols could be established and resulted in pure protein, which could even be reconstituted in an active form. The quality and homogeneity of the protein allowed already 2D and 3D crystallization, in which initial crystals could be obtained. Interestingly, the striking structural similarity of BGT1 to the bacterial betaine transporter BetP, which became a paradigm for osmoregulated betaine transport, provided information on substrate coordination in BGT1. The structure of a BetP mutant that showed activity for GABA was solved to 3.2Å in complex with GABA in an inward facing open state. This structure shed some light into the molecular transport mechanisms in BGT1 and might help in future to design conformationally locked BGT1 to enforce the on-going structure determination.