Metodologie per l'analisi statistica di dati di sequencing relativi a un esperimento di rna interference

La RNA interference è un processo attraverso il quale alcuni piccoli frammenti di RNA (19-25 nucleotidi) sono in grado di silenziare l'espressione genica. La sua scoperta, nel 1998, ha rivoluzionato le concezioni della biologia molecolare, minando le basi del cosiddetto Dogma Centrale. Si è visto che la RNAi riveste ruoli fondamentali in meccanismi di regolazione genica, nello spegnimento dell'espressione e funziona come meccanismo di difesa innata contro varie tipologie di virus. Proprio a causa di queste implicazioni richiama interesse non solo dal punto di vista scientifico, ma anche da quello medico, in quanto potrebbe essere impiegata per lo sviluppo di nuove cure. Nonostante la scoperta di tale azione desti la curiosità e l'interesse di molti, i vari processi coinvolti, soprattutto a livello molecolare, non sono ancora chiari. In questo lavoro si propongono i metodi di analisi di dati di un esperimento prodotto dall'Istituto di Biologia molecolare e cellulare di Strasburgo. Nell'esperimento in questione vengono studiate le funzioni che l'enzima Dicer-2 ha nel pathway - cioè la catena di reazioni biomolecolari - della RNA interference durante un'infezione virale nel moscerino della frutta Drosophila Melanogaster. Per comprendere in che modo Dicer-2 intervenga nel silenziamento bisogna capire in quali casi e quali parti di RNA vengono silenziate, a seconda del diverso tipo di mutazione dell'enzima stesso. Dunque è necessario sequenziare l'RNA nelle diverse condizioni sperimentali, ottenendo così i dati da analizzare. Parte dei metodi statistici che verranno proposti risultano poco convenzionali, come conseguenza della peculiarità e della difficoltà dei quesiti che l'esperimento mette in luce. Siccome le tematiche affrontate richiedono un approccio sempre più interdisciplinare, è aumentata considerevolmente la richiesta di esperti di altri settori scientifici come matematici, informatici, fisici, statistici e ingegneri. Questa collaborazione, grazie a una diversità di approccio ai problemi, può fornire nuovi strumenti di comprensione in ambiti che, fino a poco tempo fa, rientravano unicamente nella sfera di competenza dei biologi.

Applicazione di tecniche di analisi statistica e texture analysis all'imaging di risonanza magnetica di pazienti affetti da glioblastoma multiforme

Il seguente lavoro di tesi si è concentrato sull'analisi statistica dei dati prodotti dall'imaging di risonanza magnetica di pazienti affetti da tumori di alto grado, in particolare glioblastoma multiforme. Le tipologie di acquisizione d'immagine utilizzate sono state l'imaging pesato in T1 e il Diffusion-Weighted Imaging (DWI). Lo studio è stato suddiviso in due fasi: nella prima è stato considerato un campione di pazienti affetti da glioblastoma multiforme che, dopo il trattamento, avessero manifestato una ricaduta della malattia; per questi pazienti è stato quantificato in che modo la dose erogata durante la terapia si sia distribuita sul target del trattamento, in particolare nella porzione di tessuto in cui andrà a svilupparsi la recidiva. Nella seconda fase, è stato selezionato un campione più ristretto che disponesse, per entrambe le modalità di imaging, di un'acquisizione pre-terapia e di un numero sufficiente di esami di follow up; questo al fine di seguire retrospettivamente l'evoluzione della patologia e analizzare tramite metodi statistici provenienti anche dalla texture analysis, i dati estratti dalle regioni tumorali. Entrambe le operazioni sono state svolte tramite la realizzazione di software dedicati, scritti in linguaggio Matlab. Nel primo capitolo vengono fornite le informazioni di base relative ai tumori cerebrali, con un'attenzione particolare al glioblastoma multiforme e alle sue modalità di trattamento. Nel secondo capitolo viene fatta una panoramica della fisica dell'imaging di risonanza magnetica e delle tecniche di formazione delle immagini, con un'ampia sezione è dedicata all'approfondimento dell'imaging in diffusione. Nel terzo capitolo viene descritto il progetto, i campioni e gli strumenti statistici e di texture analysis utilizzati in questo studio. Il quarto capitolo è dedicato alla descrizione puntuale dei software realizzati durante questo lavoro e nel quinto vengono mostrati i risultati ottenuti dall'applicazione di questi ultimi ai campioni di pazienti esaminati.

Determinazione sperimentale del coefficiente d'attrito di collegamenti bullonati e relativa analisi statistica

Nel presente documento verrà affrontata la messa a punto del banco di prova per la caratterizzazione del coefficiente d’attrito globale dei collegamenti bullonati, analizzando i parametri che influenzano la buona o cattiva realizzazione della prova e verrà stabilito se essi hanno influenza oppure no sulla prova; una volta ricavati e analizzati i parametri che influenzano la prova verranno effettuate prove per vedere l’intervallo di incertezza della misura del coefficiente d’attrito per comprendere l’affidabilità della prova; successivamente verrà studiata la differente lubrificazione nelle viti e analizzata quale zona di attrito ha un’incidenza maggiore e se è significativa, poi verranno analizzati due tipi di lubrificante e stabilito quale dei due da un migliore effetto e infine verranno analizzati alcuni parametri per vedere la loro influenza sul coefficiente d’attrito, verrà valutata se è significativa oppure no, e si valuterà quale ha più o meno effetto sul coefficiente d’attrito.

Tecniche di analisi statistica sull'attività di lobbying negli Stati Uniti usando il software R

La tesi fornisce una panoramica delle principali metodologie di analisi dei dati utilizzando il software open source R e l’ambiente di sviluppo integrato (IDE) RStudio. Viene effettuata un’analisi descrittiva e quantitativa dei dati GICS, tassonomia industriale che cataloga le principali aziende per il processo di gestione e ricerca degli asset di investimento. Sono stati studiati i principali settori del mercato USA considerando il fatturato, le spese per il lobbying e tre indici che misurano il grado di collegamento fra industrie. Su questi dati si sono svolte delle analisi quantitative e si sono tentati alcuni modelli nell’ambito della regressione lineare semplice e multipla. Tale studio ha il compito di verificare eventuali interazioni fra le variabili o pattern di comportamento strategico societario durante il periodo 2007 - 2012, anni di rinnovo e miglioramento delle regolamentazioni in materia di lobbying negli Stati Uniti. Più nello specifico vengono presi in esame tre settori: IT, Health Care e Industrial dove viene studiato l’andamento del reddito medio e la spesa media in attività di lobbying dei settori. I risultati ottenuti mostrano l’utilità dei pacchetti di R per l’analisi dei dati: vengono individuati alcuni andamenti che, se confermati da ulteriori e necessarie analisi, potrebbero essere interessanti per capire non solo i meccanismi impliciti nell’attività di lobbying ma anche comportamenti anomali legati a questa attività.

Analisi statistica sull'esposizione media di operatori di radiologia interventistica

Questo lavoro si pone l'obiettivo di fornire stime della dose efficace annua e della dose al cristallino annua per operatori di radiologia interventistica. Ci si concentra inoltre sulla dose al cristallino vista la recente direttiva EURATOM che dovrà essere recepita dalla normativa italiana entro febbbraio 2018. Ci si è occupati di una equipe di tre medici radiologi operanti presso il reparto di Neuroradiologia dell'Ospedale Bellaria di Bologna che lavora principalmente con un angiografo biplanare. Il lavoro sperimentale ha avuto inizio delineando il campo di radiazione presente nella sala operatoria ed in particolare, nei pressi del primo medico operatore che è risultato essere quello più esposto alle radiazioni. Il campo di radiazione è stato definito tramite misurazioni con camera a ionizzazzione utilizzando dei fantocci in PMMA simulanti un paziente. Determinati i valori del campo di radiazione e stabiliti alcuni parametri fissi si è cercato un parametro (possibilmente registrato dalla macchina) che permettesse una correlazione tra il carico di lavoro degli operatori e la dose da essi ricevuta in modo da ricavare stime sul lungo periodo. Questo è stato individuato nel DAP totale (registrato automaticamente dopo ogni intervento e presenti nei report) grazie alla presenza di mappe isokerma fornite dalla ditta costruttrice dell'angiografo. Tali mappe forniscono una relazione tra Kerma e DAP al variare di alcuni parametri di macchina. Affinchè fosse possibile utilizzare le mappe isokerma ne è stata necessaria la verifica tramite ulteriori misure sperimentali (nelle stesse condizioni operative definite nelle mappe). Effettuata la verifica si è determinato il carico di lavoro degli operatori per quattro mesi, assunto come periodo sufficientemente lungo per una stima sulla dose assorbita annua. Combinando i carichi di lavoro con i valori di dose assorbita rilevati si sono ottenute le stime obiettivo della tesi che vengono discusse sotto vari aspetti.

Le valutazioni esterne degli apprendimenti in matematica: un confronto tra Italia e Svizzera italiana

Questa tesi ha lo scopo di confrontare le valutazioni esterne che il nostro Paese e la Svizzera italiana (Canton Ticino) mettono in atto nell'arco del segmento secondario di primo grado dell'istruzione. Allo scopo sono state analizzate parallelamente le prove Invalsi e le Prove Cantonali svizzere. Dallo studio dei risultati degli allievi, italiani e svizzeri, ho cercato di capire a cosa sono dovutele differenze che si sono evidenziate. Si è condotta così una somministrazione incrociata: la Prova Cantonale è stata somministrata in alcune classi seconde e terze italiane e la Prova Nazionale Invalsi in alcune classi terze ticinesi. I dati sono poi stati raccolti ed elaborati in una semplice analisi statistica e didattica. Ho intervistato gli insegnanti italiani e ticinesi per capire come vengono viste e utilizzate le prove di valutazione esterna, quanto peso hanno nella vita scolastica e se vengono sfruttate come strumenti di indagine quali sono. Tutto questo affinchè i dati e le osservazioni raccolti possano orientare possibili miglioramenti futuri del processo di insegnamento-apprendimento della matematica nell'allievo.

Andamenti temporali, display comportamentali, attività respiratoria e profili endocrini in Odobenus rosmarus presso l'Oceanogràfic di Valencia

Il presente studio è stato progettato e articolato includendo tre approcci disciplinari sviluppati parallelamente al fine di ottenere dati etologici, endocrinologici, e respiratori riguardo cinque esemplari di trichecho del pacifico (Odobenus rosmarus) ospitati presso l’Oceanografic di Valencia. Il periodo di campionamento si è sviluppato in un lasso di tempo di 12 settimane durante le quali sono stati raccolti dati riguardo i tre ambiti di studio. La raccolta di dati etologici è stata effettuata per mezzo di supporto video il quale ha permesso di generare un totale di 72 ore di filmato. Attraverso l’analisi del materiale multimediale è stato possibile elaborare un catalogo comportamentale con annesso un catalogo video atto alla semplificazione di riconoscimento dei vari moduli comportamentali; la revisione della documentazione video è stata effettuata mediante il software Noldus “Observer 5.0” che si è resa necessaria per la quantificazione dei singoli comportamenti osservati durante il periodo di studio. Succesivamente i dati ottenuti sono stati sottoposti ad analisi statistica al fine di poter valutare le differenze e le analogie comportamentali dei due soggetti principali nell’arco della singola giornata e durante le dodici settimane di analisi. In concomitanza col campionamento video, si è proceduto ialla raccolta dei dati relativi ai pattern respiratori al fine di valutare la durata delle apnee in ambiente controllato. In seguito è stato effettuato un approccio endocrinologico al fine di valutare la possibilità di rilevare e quantificare glucorticoidi quali cortisolo, testosterone e progesterone presenti nei campioni. Si è ricorso alla raccolta di materiale salivare in alternativa al campionamento ematico in modo da stabilire l’effettiva efficacia del metodo. I campioni sono stati poi processati mediante RIA e i livelli ormonali ottenuti sono stati utilizzati per effettuare una comparazione con il manifestarsi dei moduli comportamentali osservati è analizzarne le correlazioni presenti e osservarne gli effetti sull’espressione etologica.

Valutazione della stabilità motoria in soggetti post-stroke tramite misure inerziali

I test clinici e i questionari generalmente non sono in grado di fornire una valutazione predittiva e quantitativa della stabilità motoria. Permettono al clinico di esaminare la forza muscolare del paziente, il grado di spasticità, la funzionalità motoria e l'autonomia nello svolgimento delle normali attività, ma non di capire quanto il soggetto sia stabile. Sono stati esaminati diciotto pazienti con esiti di stroke in fase post acuta ed il 38% ha affermato di essere caduto almeno una volta nell'arco degli ultimi dodici mesi. Adottando una politica di prevenzione delle cadute si potrebbero limitare questi eventi che vanno ad aggravare un quadro clinico già compromesso. Per tale motivo sono attualmente oggetto di studio misure biomeccaniche, eseguite in laboratorio, atte a definire metodi con alta sensibilità e specificità per la valutazione della stabilità del cammino. Nel presente lavoro le misure strumentali sono state ottenute partendo dal segnale di accelerazione del centro di massa corporeo. Servendosi di un'unità inerziale munita di accelerometro triassiale è stato possibile, durante il cammino, ricavare l'andamento delle accelerazioni antero-posteriore, medio-laterale e verticale. Grazie ad un algoritmo, messo a punto nel Laboratorio di Bioingegneria della Facoltà di Cesena dall'Ing. Federico Riva, sono stati estrapolati gli indici strumentali. Il corpo centrale di questa tesi consiste nell'analisi statistica condotta tramite modelli di regressione lineare che mettono in correlazione parametri clinici (acquisiti per mezzo di test e questionari) abitualmente usati in ospedale e indici strumentali.

Valutazione sperimentale della stabilita motoria tramite misure inerziali in soggetti con esito di ictus

L’ictus rappresenta una delle principali cause di invalidità poiché compromette la deambulazione, incrementando l’incidenza di cadute nei soggetti colpiti. Lo studio della stabilità motoria è fondamentale per l’identificazione dei soggetti a rischio di caduta. I diversi indicatori clinici attualmente utilizzati negli ospedali non sono in grado di fornire una valutazione quantitativo predittiva della stabilità della deambulazione. Lo scopo di questa tesi è indagare una serie di misure sperimentali e valutarne il possibile utilizzo ad integrazione o sostituzione di scale cliniche per l’analisi della stabilità motoria e la prevenzione del rischio di cadute. Analizzando il segnale di accelerazione del centro di massa corporeo di 33 soggetti post stroke sono stati ottenuti gli indici strumentali di interesse. Il corpo centrale di questa tesi consiste nell'analisi statistica condotta tramite modelli di regressione lineare che mettono in correlazione parametri clinici (acquisiti per mezzo di test e questionari) e indici strumentali. Lo studio presente ha reso note importanti correlazioni tra parametri clinici e strumentali, che permettono di affermare l’utilità di tali indici strumentali per una valutazione dei soggetti a rischio di caduta.

Implementazione di protocolli automatici per la caratterizzazione di microchip mediante interfaccia labview

Uno dei principali passi della catena di produzione di circuiti integrati è quello di testare e valutare una serie di chip campione per verificare che essi rientrino nei valori e nelle specifiche scelte. Si tratta di un passaggio molto importante che determina le caratteristiche del prodotto nella realtà, mostrando le proprie capacità o i propri limiti, permettendo così di valutare un’eventuale produzione su larga scala. Ci permette inoltre di stimare quali dei chip rispetto agli altri presi in esame è migliore in alcuni aspetti, oppure quale risulta più lontano dalle specifiche volute. Il lavoro alle spalle di questa tesi è proprio questo: si è cercato di caratterizzare un microchip chiamato Carbonio, nato nei laboratori della II Facoltà di Ingegneria di Cesena, creando un banco di misura automatico, tramite l’ausilio del software Labview e di una scheda hardware realizzata ad hoc, che desse la possibilità di eseguire alcuni test consecutivi su ogni singolo circuito integrato in modo da caratterizzarlo estrapolando tutte le informazioni cercate e verificandone il funzionamento. Tutti i valori estratti sono stati poi sottoposti a una breve analisi statistica per stabilire per esempio quale circuito integrato fosse meno immune ai disturbi dovuti al rumore elettrico oppure per eseguire un’indagine al fine di vedere come i valori dei parametri scelti si disponessero rispetto ai lori rispettivi valori medi.

Il ruolo del verde indocianina per la valutazione del linfonodo sentinella

Obiettivo: dimostrare l'equivalenza tra la sensibilità del Verde Indocianina e quella del Tecnezio radioattivo nella detezione del linfonodo sentinella(LS), nei pazienti affetti da carcinoma mammario allo stadio iniziale. Metodi: linfoscintigrafia con Tc99m-marcato, attraverso Gammacamera e con Verde Indocianina, attraverso Photo Dinamic Eye, per la detezione del LS. Utilizzo della sonda Gamma Probe per la discriminazione dei linfonodi radioattivi da quelli non radioattivi. Analisi statistica dei dati. Risultati: sono stati studiati 200 pazienti per un totale di 387 linfonodi asportati; la sensibilità del ICG risulta essere del 98,09%. Studi statistici hanno confermato la non significatività dei parametri di BMI, taglia mammaria, dose iniettata, tempo iniezione-incisione per il rintracciamento del numero corretto di linfonodi (al massimo 2). Conclusioni: l'elevata sensibilità del ICG permette di affermare l'equivalenza tra la capacità di detezione dei LS con le due sostanze(Tc e ICG). A livello operativo la tecnica con ICG facilita l'asportazione del LS. Data la non significatività della dose di ICG iniettata per la detezione del numero corretto di linfonodi, clinicamente conviene iniettare sempre la dose minima di farmaco.

Una applicazione context aware per il riconoscimento del tipo di mobilità

Con l'aumento del numero di sensori e ricevitori presenti sui dispositivi mobili attuali, è possibile lo sviluppo di nuove applicazioni in grado di fornire dati utili sul contesto in cui si trova un utente in un determinato momento. In questa tesi viene descritta la realizzazione di un servizio per dispositivi Android in grado di riconoscere il tipo di mobilità dell'utente. La motivazione principale di questo progetto è stata la scarsità di soluzioni specifiche per questo tipo di riconoscimento contestuale. Sono state quindi realizzate una libreria Java e un'applicazione Android in grado di fornire tale funzionalità. La tecnica impiegata per il riconoscimento è derivata da una ricerca dei dottori Luca Bedogni e Marco Di Felice e del professore Luciano Bononi, dell'Università di Bologna. Tale tecnica sfrutta le misurazioni di accelerometro e giroscopio del dispositivo per rilevare pattern di movimento e associarli ai vari tipi di mobilità dell'utente. Per mostrare un possibile impiego di questo servizio, è stata realizzata un'applicazione che sfrutta i dati forniti dal servizio di riconoscimento per la gestione dello stato di alcune funzionalità del dispositivo. Inoltre, è stata effettuata una analisi statistica della precisione effettiva di questo sistema di riconoscimento, per evidenziarne i punti di forza e i limiti rispetto alle soluzioni già esistenti. E' stato osservato che il consumo energetico di questo sistema è minore rispetto ad applicazioni basate su servizi di geolocalizzazione, e che la sua precisione è accettabile rispetto ad altre soluzioni già esistenti.

Prove sperimentali su componenti di condensatori e messa a punto di una nuova cella di carico

Allestimento di un banco prova e progettazione di una nuova cella di carico estensimetrica per determinare la resistenza meccanica di alcuni tipi di giunzione su componenti di condensatori. Segue un analisi statistica sui risultati ottenuti con esecuzione di analisi della varianza.

Confronto tra la direzione di arrivo dei neutrini di ANTARES e IceCube

[Abstract]. Questo lavoro è finalizzato al confronto delle rivelazioni di canditati eventi di neutrino cosmico da parte di due esperimenti ANTARES ed ICECUBE. I due apparati, entrambi basati sulla rivelazione di radiazione Cherenkov generata da prodotti di interazione CC dei neutrini, si differenziano per la geometria del detector e per il mezzo in cui viene prodotta la radiazione, e hanno quindi sensibilità e risoluzione diverse. L'analisi dei dati è basata sulla rappresentazione delle direzioni di arrivo degli eventi su mappa celeste nei due sistemi di coordinate galattico ed equatoriale. La sovrapposizione della distribuzioni degli eventi ha permesso di evidenziare le zone di visibilità sulla mappa celeste caratteristiche di ciascun esperimento. Una successiva analisi statistica ha analizzato la frequenza delle occorenze di eventi del dataset di ANTARES in intorni di raggio crescente di eventi di ICECUBE, per valutare eventuali eventi identificabili nei due dataset. Questa analisi ha evidenziato la necessità di una selezione preventiva degli eventi del dataset di ANTARES, in base a criteri non solo topologici, in modo da permettere una eventuale identificazione di eventi coincidenti.