2 resultados para Databases as Topic

em AMS Tesi di Laurea - Alm@DL - Università di Bologna


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Questo elaborato tratta dell'importanza dell'analisi testuale tramite strumenti informatici. Presenta la tecnica più utilizzata per questo tipo di analisi il: Topic Modeling. Vengono indicati alcuni degli algoritmi più sfruttati e si descrivono gli obiettivi principali. Inoltre introduce il Web Mining per l’estrazione di informazioni presenti nel web, specificando una tecnica particolare chiamata Web Scraping. Nell'ultima sezione dell’elaborato viene descritto un caso di studio. L’argomento dello studio è la Privatizzazione. Viene suddiviso in tre fasi, la primi riguarda la ricerca dei documenti e articoli da analizzare del quotidiano La Repubblica, nella seconda parte la raccolta di documenti viene analizzata attraverso l’uso del software MALLET e come ultimo passo vengono analizzati i topic, prodotti dal programma, a cui vengono assegnate delle etichette per identificare i sotto-argomenti presenti nei documenti della raccolta.

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Dato il recente avvento delle tecnologie NGS, in grado di sequenziare interi genomi umani in tempi e costi ridotti, la capacità di estrarre informazioni dai dati ha un ruolo fondamentale per lo sviluppo della ricerca. Attualmente i problemi computazionali connessi a tali analisi rientrano nel topic dei Big Data, con databases contenenti svariati tipi di dati sperimentali di dimensione sempre più ampia. Questo lavoro di tesi si occupa dell'implementazione e del benchmarking dell'algoritmo QDANet PRO, sviluppato dal gruppo di Biofisica dell'Università di Bologna: il metodo consente l'elaborazione di dati ad alta dimensionalità per l'estrazione di una Signature a bassa dimensionalità di features con un'elevata performance di classificazione, mediante una pipeline d'analisi che comprende algoritmi di dimensionality reduction. Il metodo è generalizzabile anche all'analisi di dati non biologici, ma caratterizzati comunque da un elevato volume e complessità, fattori tipici dei Big Data. L'algoritmo QDANet PRO, valutando la performance di tutte le possibili coppie di features, ne stima il potere discriminante utilizzando un Naive Bayes Quadratic Classifier per poi determinarne il ranking. Una volta selezionata una soglia di performance, viene costruito un network delle features, da cui vengono determinate le componenti connesse. Ogni sottografo viene analizzato separatamente e ridotto mediante metodi basati sulla teoria dei networks fino all'estrapolazione della Signature finale. Il metodo, già precedentemente testato su alcuni datasets disponibili al gruppo di ricerca con riscontri positivi, è stato messo a confronto con i risultati ottenuti su databases omici disponibili in letteratura, i quali costituiscono un riferimento nel settore, e con algoritmi già esistenti che svolgono simili compiti. Per la riduzione dei tempi computazionali l'algoritmo è stato implementato in linguaggio C++ su HPC, con la parallelizzazione mediante librerie OpenMP delle parti più critiche.