Feeding entrainment of locomotor activity and clock gene expression in Senegalese sole, Solea senegalensis

The present study was conducted to investigate the influence of restricted food access on Solea senegalensis behaviour and daily expression of clock genes in central (diencephalon and optic tectum) and pheripheral (liver) tissues. The Senegalese sole is a marine teleost fish belonging to the Class of Actinopterygii, Order Pleuronectiformes and Family Soleidae. Its geographical distribution in the Mediterranean sea is fairly broad, covering the south and east of the Iberian Peninsula, the North of Africa and Middle East until the coast of Turkey. From a commercial perspective Solea senegalensis has acquired in recent years, a key role in aquacolture industry of the Iberian Peninsula. The Senegalese sole is also acquiring an important relevance in chronobiological studies as the number of published works focused on the sole circadian system has increased in the last few years. The molecular mechanisms underlying sole circadian rhythms has also been explored recently, both in adults and developing sole. Moreover, the consideration of the Pleuronectiformes Order as one of the most evolved teleost groups make the Senegalese sole a species of high interest under a comparative and phylogenetic point of view. All these facts have reinforced the election of Senegalese sole as model species for the present study. The animals were kept under 12L:12D photoperiod conditions and divided into three experimental groups depending on the feeding time: fed at midlight (ML), middark (MD) or random (RND) times. Throughout the experiment, the existence of a daily activity rhythm and it synchronization to the light-dark and feeding cycles was checked. To this end locomotor activity was registred by means of two infrared photocells placed in pvc tube 10 cm below the water surface (upper photocell) and the other one was located 10 cm above the bottom of the tank (bottom photocell). The photocell were connected to a computer so that every time a fish interrupted the infrared light beam, it produced an output signal that was recorded. The number of light beam interruptions was stored every 10 minutes by specialized software for data acquisition.

Modifica dinamica del clock di Virtualbox

Tesi sullo studio del clock di Virtualbox e su un metodo per poterlo modificare dinamicamente.

Indagine delle proprietà statistiche di serie temporali di posizione applicata al caso della stazione permanente GPS della base Mario Zucchelli in Terra Vittoria (Antartide)

Da ormai sette anni la stazione permanente GPS di Baia Terranova acquisisce dati giornalieri che opportunamente elaborati consentono di contribuire alla comprensione della dinamica antartica e a verificare se modelli globali di natura geofisica siano aderenti all’area di interesse della stazione GPS permanente. Da ricerche bibliografiche condotte si è dedotto che una serie GPS presenta molteplici possibili perturbazioni principalmente dovute a errori nella modellizzazione di alcuni dati ancillari necessari al processamento. Non solo, da alcune analisi svolte, è emerso come tali serie temporali ricavate da rilievi geodetici, siano afflitte da differenti tipologie di rumore che possono alterare, se non opportunamente considerate, i parametri di interesse per le interpretazioni geofisiche del dato. Il lavoro di tesi consiste nel comprendere in che misura tali errori, possano incidere sui parametri dinamici che caratterizzano il moto della stazione permanente, facendo particolare riferimento alla velocità del punto sul quale la stazione è installata e sugli eventuali segnali periodici che possono essere individuati.

Evolution and historical biogeography of the Eastern Atlantic skates

In my thesis, I tested the hypothesis that the diversification of the Eastern Atlantic skate faunas arose through vicariance rather than dispersal, using combined approach of molecular phylogeny reconstruction and zoogeography (namely historical biogeography). This analyses have been carried out independently on four Rajidae genera belonging to two different tribes: Rajini (Raja and Dipturus) and Amblyrajini (Rajella and Leucoraja). These taxa were selected because they displayed high species diversity and richness of endemic species in the Eastern Atlantic and Mediterranean. The verification of this hypothesis was carried out by reconstructing the best phylogenetic relationships among four genera and 26 species (including several endemism) based on mtDNA and nuDNA gene variation and several statistical approaches. Divergence times of taxa have been estimated based on molecular clock and fossil calibration to explain evolutionary patterns in the context of geological framework. Main issues are (i) the evidence that Eastern Atlantic skate evolution and displacement of species diversity occurred from pulsed geographical speciation (i.e. repeated series of parallel and independent speciation events) started in the Late Eocene-Early Miocene and they have occurred prevalently during Miocene; (ii) such relatively ancient origin of diversification has been allowed the sympatric displacement and evolution of several congeneric taxa likely because they have accumulated huge differences in the genomic and physiological/behavioural phenotypic traits; (iii) recently diverged sister species and taxa showed allopatric or parapatric evolution by the presence of oceanographic or hydrogeographical barriers which likely prevent large mixing between parapatric sister species.

General-Purpose Computing on Graphic Processing Unit (GPGPU): metodi e tecnologie per lo sviluppo di applicazioni

Microprocessori basati su singolo processore (CPU), hanno visto una rapida crescita di performances ed un abbattimento dei costi per circa venti anni. Questi microprocessori hanno portato una potenza di calcolo nell’ordine del GFLOPS (Giga Floating Point Operation per Second) sui PC Desktop e centinaia di GFLOPS su clusters di server. Questa ascesa ha portato nuove funzionalità nei programmi, migliori interfacce utente e tanti altri vantaggi. Tuttavia questa crescita ha subito un brusco rallentamento nel 2003 a causa di consumi energetici sempre più elevati e problemi di dissipazione termica, che hanno impedito incrementi di frequenza di clock. I limiti fisici del silicio erano sempre più vicini. Per ovviare al problema i produttori di CPU (Central Processing Unit) hanno iniziato a progettare microprocessori multicore, scelta che ha avuto un impatto notevole sulla comunità degli sviluppatori, abituati a considerare il software come una serie di comandi sequenziali. Quindi i programmi che avevano sempre giovato di miglioramenti di prestazioni ad ogni nuova generazione di CPU, non hanno avuto incrementi di performance, in quanto essendo eseguiti su un solo core, non beneficiavano dell’intera potenza della CPU. Per sfruttare appieno la potenza delle nuove CPU la programmazione concorrente, precedentemente utilizzata solo su sistemi costosi o supercomputers, è diventata una pratica sempre più utilizzata dagli sviluppatori. Allo stesso tempo, l’industria videoludica ha conquistato una fetta di mercato notevole: solo nel 2013 verranno spesi quasi 100 miliardi di dollari fra hardware e software dedicati al gaming. Le software houses impegnate nello sviluppo di videogames, per rendere i loro titoli più accattivanti, puntano su motori grafici sempre più potenti e spesso scarsamente ottimizzati, rendendoli estremamente esosi in termini di performance. Per questo motivo i produttori di GPU (Graphic Processing Unit), specialmente nell’ultimo decennio, hanno dato vita ad una vera e propria rincorsa alle performances che li ha portati ad ottenere dei prodotti con capacità di calcolo vertiginose. Ma al contrario delle CPU che agli inizi del 2000 intrapresero la strada del multicore per continuare a favorire programmi sequenziali, le GPU sono diventate manycore, ovvero con centinaia e centinaia di piccoli cores che eseguono calcoli in parallelo. Questa immensa capacità di calcolo può essere utilizzata in altri campi applicativi? La risposta è si e l’obiettivo di questa tesi è proprio quello di constatare allo stato attuale, in che modo e con quale efficienza pùo un software generico, avvalersi dell’utilizzo della GPU invece della CPU.

Molecular phylogeny and historical zoogeography of four genera of Eastern Atlantic skates (Rajiformes, Rajidae)

The aim of this study was to reconstruct a solid phylogeny of four genera of the Rajidae family (Chondrichthyans: Batoidea) using a concatenated alignment of mtDNA genes. Then use the resultant tree to estimate divergence time between taxa based on molecular clock and fossil calibration and conduct biogeographic analysis. The intent was to prove that the actual distribution of species of Eastern Atlantic and Mediterranean skates is due to a series of vicariant events. The species considered belongs to two different tribe: Rajini (Raja and Dipturus) and Amblyrajini (Leucoraja and Rajella). The choice of this genera is due to their high presence in the area of interest and to the richness of endemic species. The results show that despite the ancient origin of Rajidae (97 MYA), the Eastern Atlantic and Mediterranean faunas originated more recently, during Middle Miocene-Late Pliocene, after the closure of connection between these areas and the Indo-Pacific ocean (15 MYA). The endemic species of the Mediterranean (Raja asterias, R. radula, R. polystigma and Leucoraja melitensis) originated after the Messinian salinity crisis (7-5 MYA), when the recolonization of the basin occurred, and are still maintained in allopatric distribution by the presence of biogeographic barriers. Moreover from 4 to 2.6 MYA we can observe the formation of sister species for Raja, Leucoraja and Rajella, one of which has a Northern distribution, and the other has a Southern distribution (R. clavata vs R. straeleni, L. wallacei vs L. naevus, R. fyllae vs R. caudaspinosa and R. kukujevi vs R. leopardus + R. barnardi). The Quaternary and present oceanographic discontinuities that occur along the western African continental shelf (e.g., Cape Blanc and the Angola–Benguela Front) might contribute to the maintenance of low or null levels of gene flow between these closely related siblings species. Also sympatric speciation must be invoked to explain the evolution of skates, for example for the division between R. leopardus and R. barnardi. The speciation processes followed a south-to-north pathways for Dipturus and a north-to-south pathways for Raja, Leucoraja and Rajella underling that the evolution of the genera occurred independently. In the end, it is conceivable that the evolutionary pathways of the tribes followed the costal line during the gondwana fragmentation. The results demonstrate that the evolution of this family is characterized by a series of parallel and independent speciation events, strictly correlated to the tectonic movement of continental masses and paleogeographic and paleoclimatic events and so can be explained by a panbiogeographical (vicariance) model.

Implementazione su fpga di un pre-distorsore digitale a banda larga per sistemi a microonde di backhaul

The development of next generation microwave technology for backhauling systems is driven by an increasing capacity demand. In order to provide higher data rates and throughputs over a point-to-point link, a cost-effective performance improvement is enabled by an enhanced energy-efficiency of the transmit power amplification stage, whereas a combination of spectrally efficient modulation formats and wider bandwidths is supported by amplifiers that fulfil strict constraints in terms of linearity. An optimal trade-off between these conflicting requirements can be achieved by resorting to flexible digital signal processing techniques at baseband. In such a scenario, the adaptive digital pre-distortion is a well-known linearization method, that comes up to be a potentially widely-used solution since it can be easily integrated into base stations. Its operation can effectively compensate for the inter-modulation distortion introduced by the power amplifier, keeping up with the frequency-dependent time-varying behaviour of the relative nonlinear characteristic. In particular, the impact of the memory effects become more relevant and their equalisation become more challenging as the input discrete signal feature a wider bandwidth and a faster envelope to pre-distort. This thesis project involves the research, design and simulation a pre-distorter implementation at RTL based on a novel polyphase architecture, which makes it capable of operating over very wideband signals at a sampling rate that complies with the actual available clock speed of current digital devices. The motivation behind this structure is to carry out a feasible pre-distortion for the multi-band spectrally efficient complex signals carrying multiple channels that are going to be transmitted in near future high capacity and reliability microwave backhaul links.

Rhythms of anorexigenic neuropeptides in senegalese sole: Effects of light, feeding regimes and developmental stage.

Increasing knowledge on the endocrine mechanisms that regulate feeding and growth in cultured fish can contribute to make improvement in fish holding conditions and feeding strategies, supporting the development of new techniques that could ameliorate feeding, food conversion efficiency and growth in aquaculture practice. The main objective of this study was to investigate how daily mRNA expression of three specific anorexigenic hormones, i.e. the corticotropin-releasing hormone (CRH) and the paralogues α- and β- proopiomelanocortin (POMC), is modulated by different photoperiods, light spectra and feeding regimes, in both adult and larvae of Solea senegalensis. In addition, as Senegalese sole exhibits a shift from diurnal to nocturnal in locomotor activity and feeding habits during metamorphic process, we tried to elucidate if this shift is accompanied by relevant daily variations in the expression of these anorexigenic hormones before, during and after the completion of metamorphosis. In order to reach this main objective, three main experiments were developed. In a first experiment, adults were reared under LD (12 h light: 12h dark) cycle and fed at mid-light (ML), mid-dark (MD) and at random (RND). In a second experiment, adult specimens were reared in constant darkness (DD) and fed at subjective mid-light (sML) or at RND. Larvae of Senegalese sole were reared under LD cycle with white, blue or red light for 40 days. Our results show an independence of crh mRNA expression from the feeding time and suggest an endogenous control of crh expression in sole. Both pomc paralogues showed significant daily rhythms under LD conditions. The rhythms were maintained or were even more robust under DD conditions for pomc_a, but were completely abolished for pomc_b. Our results indicate an endogenous control of pomc_a expression by the molecular clock in telencephalon and diencephalon, but not in the pituitary gland. Our findings confirm for the first time the significant influence that ambient lighting has on larval growth and development in Senegalese sole, revealing an important effect of light spectra upon functional elements of this species. Our results also emphasize the importance of maintaining cycling light-dark conditions of the adequate wavelengths in aquaculture practices during early development of sole.

Firmware development and testing for L1/L2 IBL upgrade

Il lavoro di questa tesi riguarda principalmente l'upgrade, la simulazione e il test di schede VME chiamate ReadOut Driver (ROD), che sono parte della catena di elaborazione ed acquisizione dati di IBL (Insertable B-Layer). IBL è il nuovo componente del Pixel Detector dell'esperimento ATLAS al Cern che è stato inserito nel detector durante lo shut down di LHC; fino al 2012 infatti il Pixel Detector era costituito da tre layer, chiamati (partendo dal più interno): Barrel Layer 0, Layer 1 e Layer 2. Tuttavia, l'aumento di luminosità di LHC, l'invecchiamento dei pixel e la richiesta di avere misure sempre più precise, portarono alla necessità di migliorare il rivelatore. Così, a partire dall'inizio del 2013, IBL (che fino a quel momento era stato un progetto sviluppato e finanziato separatamente dal Pixel Detector) è diventato parte del Pixel Detector di ATLAS ed è stato installato tra la beam-pipe e il layer B0. Questa tesi fornirà innanzitutto una panoramica generale dell'esperimento ATLAS al CERN, includendo aspetti sia fisici sia tecnici, poi tratterà in dettaglio le varie parti del rivelatore, con particolare attenzione su Insertable B-Layer. Su quest'ultimo punto la tesi si focalizzerà sui motivi che ne hanno portato alla costruzione, sugli aspetti di design, sulle tecnologie utilizzate (volte a rendere nel miglior modo possibile compatibili IBL e il resto del Pixel Detector) e sulle scelte di sviluppo e fabbricazione. La tesi tratterà poi la catena di read-out dei dati, descrivendo le tecniche di interfacciamento con i chip di front-end, ed in particolare si concentrerà sul lavoro svolto per l'upgrade e lo sviluppo delle schede ReadOut Drivers (ROD) introducendo le migliorie da me apportate, volte a eliminare eventuali difetti, migliorare le prestazioni ed a predisporre il sistema ad una analisi prestazionale del rivelatore. Allo stato attuale le schede sono state prodotte e montate e sono già parte del sistema di acquisizione dati del Pixel Detector di ATLAS, ma il firmware è in continuo aggiornamento. Il mio lavoro si è principalmente focalizzato sul debugging e il miglioramento delle schede ROD; in particolare ho aggiunto due features: - programmazione parallela delle FPGA} delle ROD via VME. IBL richiede l'utilizzo di 15 schede ROD e programmandole tutte insieme (invece che una alla volta) porta ad un sensibile guadagno nei tempi di programmazione. Questo è utile soprattutto in fase di test; - reset del Phase-Locked Loop (PLL)} tramite VME. Il PLL è un chip presente nelle ROD che distribuisce il clock a tutte le componenti della scheda. Avere la possibilità di resettare questo chip da remoto permette di risolvere problemi di sincronizzazione. Le ReadOut Driver saranno inoltre utilizzate da più layer del Pixel Detector. Infatti oltre ad IBL anche i dati provenienti dai layer 1 e 2 dei sensori a pixel dell’esperimento ATLAS verranno acquisiti sfruttando la catena hardware progettata, realizzata e testata a Bologna.