Putative metabolic pathway of mannitol and sorbitol and in sugarcane

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Eucalyptus ESTs involved in mechanisms against plant pathogens and environmental stresses

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Transcript finishing initiative: contribuição do laboratório IL2

Pós-graduação em Ciências Biológicas (Biologia Celular e Molecular) - IBRC

Predição computacional de promotores em Xanthomonas axonopodis pv. citri

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Expressão gênica diferencial durante déficit hídrico em duas cultivares de cana-de-açucar

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Bioinformática estrutural aplicada ao estudo de proteínas alvo do genoma do Mycobacterium tuberculosis

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Anotação de 500 ESTs da saúva Atta laevigata

Leaf-cutting ants belonging to the genus Atta occur from the tropical to subtropical regions of the Americas. These insects are considered pests because they cause serious damage in agricultural areas. Among these, stands out Atta laevigata, species which the colony requires a huge amount of leaves to grow its symbiotic fungus which is the main food source of the nest. Thus, the study of the transcriptome of these ants becomes a useful tool, because it is possible to identify proteins potentially involved with their skills as insect pests and also those related to differences between the varieties present in the nests. In the present study we described results of the partial analysis of the transcriptome of the leaf-cutting ant pest A. laevigata, from cDNA sequences previously generated in the Laboratory of Evolution and Molecular (LEM). The results may also be used for molecular, ecological, metabolic and evolutionary studies about ants, and heterologous expression of important proteins as molecular targets for the control of some leafcutting agricultural pests.

Amplificação, clonagem e sequenciamento de promotores de café (Coffea arabica cv Mundo Novo) específicos de fruto e ubíquos

The Coffee Genome Project made available to the scientific community relevant information that made practical the identification and cloning of important genes, as well as the identification of the major sequences involved on their regulation. The aim of the present study was to amplify, clone and sequence coffee promoters with specific expression patterns. For that, coffee ESTs which known expression profiles were employed. First, the promoter regions of coffee genes showing, respectively, fruitspecific and ubiquitous expression were amplified using the Genome Walking strategy. Amplified sequences were then inserted in the pGEM-Teasy vector (Promega) and sequenced. Once completed the sequencing, an expression cassette was constructed using the binary vector pCAMBIA-1381z (Cambia). These expression cassettes were cloned into Agrobacterium tumefaciens, and transgenic tobacco plants were generated aiming the functional characterization of these promoters

Busca de novos alvos terapêuticos no tratamento de câncer de pulmão utilizando ferramentas de biologia de sistemas

A quimioterapia e uma das formas de tratamentos para o câncer, cujo processo e pela aplicação de medicamentos que alteram a síntese de DNA, interrompendo a divisão celular. No caso do câncer de pulmão, a difículdade está no fato de que as células cancerígenas criam quimiorresistência após um determinado período de tempo. Se o indivíduo desenvolver o câncer de pulmão novamente, deverá ser aplicado outro quimioterápico no paciente, e assim por diante. Nos tratamentos atuais são utilizados combinações de drogas para contornar o problema da quimiorresistência. Este trabalho utilizou a biologia de sistemas para encontrar novos alvos protéicos para auxiliar no desenvolvimento de novos quimioterápicos para o tratamento do câncer de pulmão. Foi construída uma rede baseada nos alvos protéicos já conhecidos. A rede foi expandida com o intuito de buscar quais são as proteínas que interagem com os alvos protéicos á conhecidos. Após a expansão, foram utilizadas análises de centralidades para evidenciar as proteínas mais importantes na rede, e correlacionamos com informação de expressão gênica para verificar se as proteínas mais importantes do ponto de vista topológico estão diferencialmente sub ou super expressas. A análise de centralidade junto a mostra dos dados de expressão gênica convergiu para um bom resultado, foi possível evidenciar algumas proteínas que podem ser utilizadas como novos alvos quimioterápicos

Brazilian coffee genome project: an EST-based genomic resource

O café é um dos principais produtos agrícolas, sendo considerado o segundo item em importância do comércio internacional de commodities. O gênero Coffea pertence à família Rubiaceae que também inclui outras plantas importantes. Este gênero contém aproximadamente 100 espécies, mas a produção comercial é baseada somente em duas espécies, Coffea arabica e Coffea canephora, que representam aproximadamente 70 % e 30 % do mercado total de café, respectivamente. O Projeto Genoma Café Brasileiro foi desenvolvido com o objetivo de disponibilizar os modernos recursos da genômica à comunidade científica e aos diferentes segmentos da cadeia produtiva do café. Para isso, foram seqüenciados 214.964 clones escolhidos aleatoriamente de 37 bibliotecas de cDNA de C. arabica, C. canephora e C. racemosa representando estádios específicos do desenvolvimento de células e de tecidos do cafeeiro, resultando em 130.792, 12.381 e 10.566 seqüências de cada espécie, respectivamente, após processo de trimagem. Os ESTs foram agrupados em 17.982 contigs e em 32.155 singletons. A comparação destas seqüências pelo programa BLAST revelou que 22 % não tiveram nenhuma similaridade significativa às seqüências no banco de dados do National Center for Biotechnology Information (de função conhecida ou desconhecida). A base de dados de ESTs do cafeeiro resultou na identificação de cerca de 33.000 unigenes diferentes. Os resultados de anotação das seqüências foram armazenados em base de dados online em http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe. Os recursos desenvolvidos por este projeto disponibilizam ferramentas genéticas e genômicas que podem ser decisivas para a sustentabilidade, a competitividade e a futura viabilidade da agroindústria cafeeira nos mercados interno e externo.

Diversidade de Phytophthora parasitica isolados de Citrus usando seqüências de nucleotídeos da região ITS-5.8S rDNA

Realizou-se estudo para caracterização e verificação da diversidade genética de Phytophthora parasitica, agente causador da gomose dos citros. Quatorze isolados de Phytophthora parasitica, provenientes do Estado de São Paulo, foram seqüenciados a partir das regiões internas transcritas (ITS1 e ITS2) do gene 5.8S. Obtiveram-se seqüências de 812 pb a 860 pb que foram comparadas com seqüências de outras espécies de Phytophthora spp depositadas no NCBI. Foram feitos estudos filogenéticos, utilizando-se o método neighbor-joining com 1000 bootstrap e construído o dendrograma mais representativo. Obtiveram-se os resultados de 98,88% a 100% de similaridade genética entre os 14 isolados paulistas, e 99,5% a 98,8% entre estes e a seqüência de P. nicotianae (gi| 8927482) obtida do GenBank NCBI.

Satellyptus: analysis and database of microsatellites from ESTs of Eucalyptus

The main goal of our research was to search for SSRs in the Eucalyptus EST FORESTs database (using a software for mining SSR-motifs). With this objective, we created a database for cataloging Eucalyptus EST-derived SSRs, and developed a bioinformatics tool, named Satellyptus, for finding and analyzing microsatellites in the Eucalyptus EST database. The search for microsatellites in the FORESTs database containing 71,115 Eucalyptus EST sequences (52.09 Mb) revealed 20,530 SSRs in 15,621 ESTs. The SSR abundance detected on the Eucalyptus ESTs database (29% or one microsatellite every four sequences) is considered very high for plants. Amongst the categories of SSR motifs, the dimeric (37%) and trimeric ones (33%) predominated. The AG/CT motif was the most frequent (35.15%) followed by the trimeric CCG/CGG (12.81%). From a random sample of 1,217 sequences, 343 microsatellites in 265 SSR-containing sequences were identified. Approximately 48% of these ESTs containing microsatellites were homologous to proteins with known biological function. Most of the microsatellites detected in Eucalyptus ESTs were positioned at either the 5 or 3 end. Our next priority involves the design of flanking primers for codominant SSR loci, which could lead to the development of a set of microsatellite-based markers suitable for marker-assisted Eucalyptus breeding programs.

Formação de classes ordinais após a aprendizagem de seqüências independentes

A aquisição de relações ordinais entre estímulos arbitrários é uma importante habilidade comportamental, requisito para a aprendizagem de comportamentos acadêmicos, especialmente a alfabetização. O propósito deste estudo foi investigar o efeito do ensino de seqüências de dois termos com sobreposição na emergência de relações ordinais com mais de dois estímulos. A sobreposição ocorre quando o último estímulo em uma seqüência de dois estímulos é o primeiro de outra seqüência (e.g., S1 -> S2 e S2 ->S3, onde S2 é o estímulo sobreposto). Nas Etapas 1 e 2 de um experimento conduzido com cinco estudantes do ensino fundamental foram ensinadas seqüências de dois termos com os cinco estímulos de um conjunto A (A1 -> A2, A2 -> A3, A3 -> A4, A4 ->A5) e os cinco de um conjunto B (B1 -> B2, B2 ->B3, B3 -> B4, B4 -> B5). Estabelecida essa linha de base, foram conduzidos testes da emergência de relações ordinais com três, quatro e cinco termos dos conjuntos A e B, separadamente. A Etapa 3 avaliou se estímulos das seqüências ensinadas eram mutuamente substituíveis, com base na mesma função ordinal (primeiro, secundo, etc.). Os estudantes compuseram as relações ordinais ensinadas e apresentaram relações ordinais emergentes com estímulos dos conjuntos A e B, separadamente. Três estudantes também realizaram a substituição mútua entre estímulos dos conjuntos A e B na Etapa 3. Esses resultados sugerem a formação de cinco classes de estímulos (A1B1, A2B2, etc.), cada uma consistindo de estímulos que ocuparam a mesma função ordinal em diferentes seqüências. Os resultados têm implicações para a análise de comportamento simbólico complexo. Merecem consideração, também, aspectos metodológicos que favoreceram a aprendizagem relacional e a emergência de comportamento novo.

PR gene families of citrus: their organ specific-biotic and abiotic inducible expression profiles based on ESTs approach

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Eucalyptus ESTs related to genes for oxidative stress

Oxidative stress generating active oxygen species has been proved to be one of the underlying agents causing tissue injury after the exposure of Eucalyptus (Eucalyptus spp.) plants to a wide variety of stress conditions. The objective of this study was to perform data mining to identify favorable genes and alleles associated with the enzyme systems superoxide dismutase, catalase, peroxidases, and glutathione S-transferase that are related to tolerance for environmental stresses and damage caused by pests, diseases, herbicides, and by weeds themselves. This was undertaken by using the eucalyptus expressed-sequence database (https//forests.esalq.usp.br). The alignment results between amino acid and nucleotide sequences indicated that the studied enzymes were adequately represented in the ESTs database of the FORESTs project.