Molecular and phylogenetic characterization based on the complete genome of a virulent pathotype of Newcastle disease virus isolated in the 1970s in Brazil

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Origin and Evolution of B Chromosomes in the Cichlid Fish Astatotilapia latifasciata Based on Integrated Genomic Analyses

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Evolutionary History of the PER3 Variable Number of Tandem Repeats (VNTR): Idiosyncratic Aspect of Primate Molecular Circadian Clock

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Karyotype diversity and patterns of chromosomal evolution in Eigenmannia (Teleostei, Gymnotiformes, Sternopygidae)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Taxonomia molecular e filogeografia de Hypostomus strigaticeps (Teleostei: loricariidae) na bacia do alto rio Paraná

Buscando identificar marcadores populacionais que indiquem supostos mecanismos de isolamento entre as populações, no presente trabalho foram realizadas análises filogenéticas e filogeográficas em populações de Hypostomus strigaticeps, com base em sequências de DNA mitocondrial do gene ATPase 8/6. Um total de 32 exemplares provenientes de 11 populações de quatro sub-bacias: rio Mogi-Guaçu (duas), rio Paranapanema (cinco), rio Tietê (três) e Rio do Peixe (um), tiveram DNA extraído e o gene ATPase 8/6 completamente amplificado (840 pares de base) e sequenciado. As sequências obtidas foram alinhadas com o programa Bioedit, as análises filogenéticas foram realizadas no programa MEGA 5.0 através do método de Neighbor-Joining, Máxima Parcimônia e Minimun-Evolution, com 1000 réplicas de boostrap. Para as análises filogeográficas as sequências foram analisadas no programa TCS. As análises filogenéticas mostraram que a espécie forma uma unidade monofilética composta por duas linhagens: “TG” com representantes das populações dos rios Tietê, Mogi-Guaçu e Rio do Peixe, e “PC” com representantes dos rios Paranapanema e reservatório de Chavantes. A divergência genética da linhagem “TG” é de 0,1% e da linhagem “PP” é de 0,2%, enquanto a divergência genética entre as duas linhagens é de cerca de 1%. Na análise filogeográfica observou-se a existência de seis haplótipos (A-H), sendo o haplótipo A considerado ancestral para as populações analisadas. Apenas os representantes da bacia do Tietê possuem o haplótipo ancestral. Os haplótipos A, B e F possuem a maior frequência (18,51%). Os resultados obtidos para uma população do Mogi-guaçu (Cachoeira de Emas), mostram que estes peixes são muito distantes das demais populações de H. strigaticeps, tanto no ponto de vista filogenético quanto no ponto de vista fitogeográfico... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Análise citogenética clássica, molecular e ultraestrutural em escorpiões da família Buthidae: um enfoque evolutivo

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

The evolution of phylogeographic data sets

Empirical phylogeographic studies have progressively sampled greater numbers of loci over time, in part motivated by theoretical papers showing that estimates of key demographic parameters improve as the number of loci increases. Recently, next-generation sequencing has been applied to questions about organismal history, with the promise of revolutionizing the field. However, no systematic assessment of how phylogeographic data sets have changed over time with respect to overall size and information content has been performed. Here, we quantify the changing nature of these genetic data sets over the past 20years, focusing on papers published in Molecular Ecology. We found that the number of independent loci, the total number of alleles sampled and the total number of single nucleotide polymorphisms (SNPs) per data set has improved over time, with particularly dramatic increases within the past 5years. Interestingly, uniparentally inherited organellar markers (e.g. animal mitochondrial and plant chloroplast DNA) continue to represent an important component of phylogeographic data. Single-species studies (cf. comparative studies) that focus on vertebrates (particularly fish and to some extent, birds) represent the gold standard of phylogeographic data collection. Based on the current trajectory seen in our survey data, forecast modelling indicates that the median number of SNPs per data set for studies published by the end of the year 2016 may approach similar to 20000. This survey provides baseline information for understanding the evolution of phylogeographic data sets and underscores the fact that development of analytical methods for handling very large genetic data sets will be critical for facilitating growth of the field.

Cytogenetic and molecular data demonstrate that the bryconinae (ostariophysi, bryconidae) species from southeastern Brazil form a phylogenetic and phylogeographic unit

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Molecular phylogeny of the highly diversified catfish subfamily Loricariinae (Siluriformes, Loricariidae) reveals incongruences with morphological classification

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Diversidade cariotípica e molecular de Leptodactylus (Anura, Leptodactylidae) e obtenção de sondas cromossomo-específicas de anfíbio por citometria de fluxo

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)