Produção de vetores recombinantes para expressão de diferentes formas da proteína K1 do herpesvírus associado ao Sarcoma de Kaposi (KSHV)

Kaposi´s sarcoma associated herpesvirus (KSHV) or human herpesvirus 8 (HHV-8) is a gammaherpesvirus essential for the development of all forms of Kaposi´s sarcoma (KS). The KSHV’s life cycle is basically divided into latent and lytic phases, which have distinct viral gene expression profiles. Some important oncogenic products of KSHV are expressed during the lytic phase, including the viral K1 protein. As an effect of interfer-ence with intracellular signaling, K1 expression increases proliferation and survival of KSHV-infected cells. Due to its high level of genetic variability compared to other re-gions of the viral genome, the K1-encoding ORF (ORF-K1) is commonly evaluated for KSHV genotyping. It remains unclear whether different viral genotypes have particular biological effects that might modify the KSHV oncogenicity. The present study aimed to contribute to the establishment of an experimental in vitro model for evaluation of the K1 protein from common KSHV genotypes. Recombinant expression vectors with the ORF-K1 from KSHV genotypes A, B and C were prepared by genetic cloning. The recombi-nant vectors pKSHVOK1 obtained by cloning were sequenced for structural validation. After that, HEK293 cell line was transfected with the recombinant vectors, and proteins were extracted for expression analysis by Western blot technique, for K1 functional vali-dation. Results showed that ORF-K1 vectors containing KSHV ORF-K1 from the A, B and C genotypes were produced and structurally validated by DNA sequencing. The K1 expression at the protein level was also confirmed by immunoblots using an antibody for FLAG detection, an epitope from the vector that binds to K1. Based on presented re-sults, it´s possible to conclude that the recombinant vectors will be able to be used in future studies of K1 protein biological properties from distinct KSHV genotypes

Clonagem e caracterização do promotor de um gene com expressão em folha de Eucalipto (Eucalyptus grandis)

Uma das principais estratégias de ação da biotecnologia na área vegetal trata da produção de plantas geneticamente modificadas com transgenes de interesse. Entretanto, para garantir a correta expressão de tais transgenes em plantas de interesse agronômico e florestal, como é o caso do eucalipto, a identificação e caracterização de seqüências promotoras com padrões conhecidos de expressão gênica se fazem necessárias. Nesse contexto, o presente trabalho objetivou clonar e sequenciar a região promotora de um gene com expressão em folha de Eucalyptus grandis. Em seguida, um cassete de expressão contendo o gene repórter GUS sobre controle do referido promotor foi construído e introduzido em vetor binário. O referido cassete foi então inserido em agrobactéria visando a futura transformação de plantas modelo para a realização de estudos funcionais

Clonagem de sequências codificantes de citocinas felinas para construção de curva padrão para PCR em tempo real

A quantificação de citocinas felinas possibilita uma avaliação do sistema imune do animal em diferentes doenças, permite também a identificação de diferentes fatores que alteram sua secreção, e colabora na compreensão da patogênese das enfermidades. Em humanos e camundongos essa mensuração é feita principalmente pelo método de ELISA, mas para os felinos há uma menor disponibilidade de kits específicos para determinadas citocinas, e estes possuem um custo elevado. Assim, uma alternativa é utilizar a reação de PCR em tempo real com transcrição reversa (RT-qPCR) para quantificação absoluta dos RNAs mensageiros das citocinas felinas, uma técnica bastante sensível e específica para analisar a expressão desses genes. Com esse intuito, esse trabalho teve como objetivo clonar as sequências gênicas codificantes de citocinas, para construir uma curva padrão para a qPCR. Assim, foi feita extração de RNA de amostras de sangue total de gatos domésticos, e estes foram tratados com DNAse para evitar contaminação por DNA genômico. O cDNA foi sintetizado, e amplificado com os primers específicos para cada fragmento codificante de citocina e o GAPDH felino. Cada amplicon purificado foi inserido em um plasmídeo comercial, e introduzido em bactérias E. coli cepa DH5. Os clones recombinantes foram sequenciados para confirmar a inserção do fragmento no vetor. As curvas padrão da qPCR foram construídas com cada plasmídeo recombinante numa de 106 a 101 cópias por reação. O sequenciamento mostrou que todos os clones eram semelhantes àqueles encontrados no GenBank. A eficiência das amplificações, baseado no slope das curvas padrão foram: 101,3% para GAPDH, 99,1% para IL-1, 83,2% para IL-6, 94,4% para IL-10, 105,5% para IL-12, 83,4% para IFN- e 83,8% para TNF-. O valor de r2 foi de 0,99 em todas as reações. Dessa forma, com a clonagem dos fragmentos... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Avaliação in vivo do potencial estrogênico de amostra de água para consumo humano produzida por estação de tratamento do estado de São Paulo

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Padronização da técnica de PCR em tempo-real na avaliação da pluripotência de células-tronco mesequimais caninas

Este relatório final tem como objetivo apresentar as atividades desenvolvidas no período de janeiro/2009 a março/2010, pela aluna Thaila Isabel Wodewotzky, relativas ao projeto de conclusão de curso intitulado “Padronização da Técnica de PCR em tempo-real na Avaliação da Pluripotência de Células-tronco Mesenquimais Caninas”, para fins de obtenção do título de Bacharel em Ciências Biológicas. O referido projeto objetiva avaliar a quantificação e relevância dos níveis de expressão gênica do fator de transcrição Oct4 em CTM´s, por meio da padronização da técnica de PCR em tempo-real. Para tanto, o RNA total das CTM´s obtidas, isoladas e cultivadas a partir da medula óssea de cães foi extraído a partir da medula óssea de cães a fim de avaliar a quantificação e relevância dos níveis de expressão gênica do Oct4 por meio da utilização da técnica de PCR em tempo-real com transcrição reversa (RT-qPCR). O RNA total foi extraído e submetido à reação de transcriptase reversa, para a obtenção do cDNA. Posteriormente esse cDNA foi utilizado na padronização da técnica de qPCR utilizando primers desenhados a partir de sequências obtidas no genebank. . Como normalizador utilizou-se o RNA codificante de GAPDH.Verificou-se desempenho satisfatório dos primers para Otc4 na avaliação de CTM´s de cães. Também o RNAm do GAPDH foi adequado como normalizador. Dessa forma, esse sistema pode ser utilizado na realização de testes quantitativos utilizando amostras de células-tronco embrionárias caninas

Transcriptoma da interação de tangerina satsuma (Citrus unshiu) e laranja doce Hamlin (Citrus sinensis) infectadas com Xanthomonas citri subsp. citri, agente causal do cancro cítrico

Pós-graduação em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas) - FCAV

Caracterização funcional da proteína XAC1201 envolvida na patogenicidade de Xanthomonas citri subsp. citri

Pós-graduação em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas) - FCAV

Avaliação fenotípica e genotípica de segregantes de uma linhagem industrial de Saccharomyces cerevisiae

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Respostas inflamatórias sistêmica, do casco e do cólon menor submetido à distensão em equinos

Pós-graduação em Medicina Veterinária - FCAV

Mediadores da via intrínseca da morte celular programada relacionados à infecção in vitro pelo herpesvirus bovino tipo 5

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Avaliação da expressão proteica de PTEN, MDM2, P53 e AR em lesões proliferativas da próstata canina

Pós-graduação em Medicina Veterinária - FCAV

Análise da variabilidade genética e expressão de HPV em papilomatose de laringe

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

A tecnologia de microarray no estudo do câncer de cabeça e pescoço

(Microarray technology in study of head neck cancer). The microarray technology is a tool for global analysis of gene expression that allows investigating hundreds or thousands of genes in a sample using a hybridization reaction. This technology is based on hybridization between labeled targets derived from biological samples and an array of many DNA probes immobilized on a solid matrix, representing the genes of interest. The simultaneous study of hundreds of genes became the microarray technique a very important tool of global analysis, with applications in several areas, including the study of the development of cancer. Head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) is the fifth most common cancer worldwide, with a global annual incidence of 780,000 new cases. Large-scale studies involving microarrays have identified specific gene expression signatures associated with expression changes in HNSCC samples compared to normal tissue, as well as genes involved in clinical outcome and metastasis. However, the considerable heterogeneity among these studies occurs due to experimental design, number of samples, disease sites and stage, choice of microarray platform and results validation. Thus, there is much to be validated, before the technique has clinical utility. In relation to head and neck neoplasia, the large-scale gene analysis is very important, since the clinical and histopathological methods currently used appear to be insufficient to predict clinical progression and response to treatment. Thus, this approach could result in more effective diagnostic and prognostic and most appropriate therapy for this neoplasia.

O papel da proteína TET2 no enriquecimento do DNA genômico em 5-hidroximetilcitosina em lesões elanocíticas pré-malignas e pré-metastáticas com fenótipo stem cell-like

Durante a transformação maligna dos melanócitos, padrões de metilação do DNA encontram-se alterados, afetando a expressão gênica. As citosinas metiladas (5mC) podem ser hidroxiladas pelas dioxigenases dependentes de 2-oxoglutarato e Fe(II), Tet1, 2 e 3, resultando na formação de 5-hidroximetilcitosina (5hmC) (Globisch et al., 2010; Ko et al., 2010). A 5hmC pode agir tanto como um produto intermediário na desmetilação ativa do DNA quanto na desmetilação passiva ao longo de sucessivas replicações, o que pode contribuir com a dinâmica da metilação do DNA (Tahiliani et al., 2009). Além disso, demonstrou-se que Tet1 e Tet2 são expressas em células tronco embrionárias (Ito et al., 2010) e que 5hmC desempenha importante papel na manutenção e diferenciação destas células (Koh et al., 2011). No entanto, o papel da 5hmC e das proteínas Tet tanto na fisiologia normal quanto em doenças como o câncer ainda não está claro. Utilizando um modelo linear de progressão do melanoma, observamos aumento na expressão gênica de Tet1 nas linhagens celulares correspondendo a melanócitos pré-malignos (4C) e células de melanoma não metastático (4C11-), comparado a melanócitos não tumorigênicos (melan-a) e células de melanoma metastático (4C11+). Em relação à expressão proteica, há um aumento da expressão de Tet1 nas linhagens 4C e 4C11+, o que pode ser relacionado às fases de transição epitélio-mesênquima (EMT) e mesênquima-epitélio (MET), respectivamente. Além disso, constatamos aumento na expressão gênica e proteica de Tet2 na linhagem metastática 4C11+, o que pode indicar diferenças funcionais entre as proteínas Tet1 e Tet2. Também verificamos aumento significativo do conteúdo de 5hmC na linhagem 4C11+, o que se correlaciona com maior expressão gênica e proteica de Tet2. Por fim, linhagens humanas de melanoma metastático menos agressivas apresentaram aumento significativo na expressão dos genes TET1 ...

Expressão de genes no embrião e endosperma durante a germinação de sementes de lobeira (Solanum lycocarpum St. Hill)

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)