Estudo de fluxos metabólicos na produção de Cefamicina C por Streptomyces clavuligerus

Pós-graduação em Biotecnologia - IQ

Estrutura e mecanismo de um peptídeo célula-penetrante extraído do veneno da serpente brasileira Crotalus durissus terrificus

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Produção de vetores recombinantes para análise das propriedades biológicas e cancerígenas da proteína K1 do herpesvírus associado ao sarcoma de Kaposi (KSHV/HHV-8)

Pós-graduação em Patologia - FMB

Análise in silico de uma pirofosfatase e de uma tiosterase de uma biblioteca metagenômica de solo de Eucalipto spp

Pós-graduação em Microbiologia Agropecuária - FCAV

Detecção de DNA de micobactérias dos complexos M. tuberculosis e M. avium em amostras parafinadas de pacientes transplantados renais

Introduction: Tuberculosis (TB) is a granulomatous disease caused by Mycobacterium tuberculosis. The genus Mycobacteriumhas two different complexes: M. tuberculosis Complex and M. avium Complex. This is a global health epidemic and remains a major global health problem, besides, the clinical severity of TB is significantly higher in transplanted patients. The detection of these mycobacteria complexes in transplanted patients, by molecular methods, is fundamental for quick treatment of patients and can contribute for rapid and accuracy of diagnosis. Objective: To detect mycobacteria DNA of M. tuberculosis and M. avium Complexes in formalin fixed paraffin-embedded samples (FFPE) of two patients groups: non transplanted and transplanted. Materials and Methods: The study includes 40 FFPE biopsies separated in four groups: NTP – presence of epithelioid granuloma and positive ZN, non-transplanted patients – 9 samples; NTN - presence of epithelioid granuloma and negative ZN, non-transplanted patients – 10 samples; TP – positive ZN, transplanted patients – 9 samples; TN – negative ZN, transplanted patients – 7 samples. Sections were cut for DNA extraction. Samples were submitted to PCR for amplification of: a) β-actin, b) IS6110 insertion and c) IS1245 insertion. DNA evaluation was made by spectrophotometry and efficiency and PCR analysis was made by agarose gels under UV light. Results: In all samples processed, 97.1% were positive for human β-actin gene. In22.2% of NTP group were found the IS6110 insertion sequencebut the IS1245 wasn´t. In the NTN group was not found any sequence. In theTP group, 11.1% of the samples were positive for IS6110 and also 11,1% werepositive for IS1245. In the TN group, 14.3% of the samples were positive forIS6110 and for IS1245, 14.3% was also positive. Conclusion: Although factors such as DNA degradation after formalin fixation and paraffin embedding, were possible to detect DNA from the human gene ...

Pesquisa do Paracoccidioides brasiliensis em aerossóis ambientais: padronização de metodologia e avaliação de amostras relacionadas ao habitat de tatus positivos

P.brasiliensis é o agente etiológico da Paracoccidioidomicose, micose sistêmica mais importante na América Latina. A fase saprofítica produtora dos propágulos infectantes e outros aspectos ecológicos deste patógeno são ainda pouco conhecidos, o que impede a adoção de medidas preventivas. Diversas evidências indicam que o fungo se desenvolve no solo, porém o seu isolamento a partir destes materiais é raro e apenas eventual. O presente projeto visou desenvolver uma metodologia para obtenção de amostras ambientais na forma de aerossóis em locais onde a ocorrência do fungo já foi evidenciada pelo seu isolamento em tatus Dasypus novemcinctus e avaliar a ocorrência do patógeno nestes materiais por cultura direta e por biologia molecular em reações de PCR com “primers” específicos, já desenvolvidos em nosso laboratório. Para tal, avaliamos o padrão de crescimento do P. brasiliensis em quatro diferentes meios ditos como seletivos. Entre estes meios, encontra-se o Meio Sólido de amônia que, por nunca ter sido testado em P. brasiliensis, necessitava de testes quanto à viabilidade de uso e ajuste de concentração. Depois de testado a funcionalidade dos meios e observado o padrão de crescimento que o fungo exibe nesses diferentes meios, partimos para a tentativa de isolamento ambiental do P. brasiliensis através de amostras de solo em forma de aerossóis com o auxílio deles. Tendo em vista os resultados obtidos, optamos, também, por realizar a coleta de teias de aranhas, devido a grande aderência que exerce sobre aerossóis ambientais. Os isolados de P. brasiliensis cultivados apresentaram desenvolvimento semelhante nos quatro meios utilizados, indicando a possibilidade de uso destes meios seletivos para estudos ambientais. P.brasiliensis não foi isolado nestas amostras ambientais... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Avaliação do potencial mutagênico do biodiesel e de misturas de biodiesel/diesel, por meio do teste do micronúcleo em sangue periférico e de histologia de brânquias de Oreochromis niloticus

Não disponível

Caracterização topológica dos motivos das redes biológicas integradas da Escherichia coli e da Saccharomyces cerevisiae

The reducionism method has helped in the clari cation of functioning of many biological process. However, such process are extremely complex and have emergent properties that can not be explained or even predicted by reducionism methods. To overcome these limits, researchers have been used a set of methods known as systems biology, a new area of biology aiming to understand the interactions between the multiple components of biological processes. These interactions can be represented by a mathematical object called graph or network, where the interacting elements are represented by a vertex and the interactions by edges that connect a pair of vertexes. Into graphs it is possible to nd subgraphs, occurring in complex networks at numbers that are signi cantly higher than those in randomized networks, they are de ned as motifs. As motifs in biological networks may represent the structural units of biological processess, their detection is important. Therefore, the aim of this present work was detect, count and classify motifs present in biological integrated networks of bacteria Escherichia coli and yeast Saccharomyces cere- visiae. For this purpose, we implemented codes in MathematicaR and Python environments for detecting, counting and classifying motifs in these networks. The composition and types of motifs detected in these integrated networks indicate that such networks are organized in three main bridged modules composed by motifs in which edges are all the same type. The connecting bridges are composed by motifs in which the types of edges are diferent

Estudo das interações in vivo entre as proteínas teloméricas LaRPA-1 e LaRbp38 usando o sistema do duplo híbrido

A leishmaniose é um conjunto de doenças infecciosas causadas por parasitas do gênero Leishmania, que afligem milhões de pessoas no mundo, tendo a cada ano dois milhões de novos casos e 70 mil mortes. As drogas utilizadas no tratamento das diferentes formas clínicas da doença apresentam alta toxicidade e baixa eficácia, além de apresentarem muitos efeitos colaterais e colaborarem com o aparecimento de parasitas e vetores resistentes. Devido a estas adversidades, o desenvolvimento de novas terapias para o tratamento desta parasitose é incentivada pela Organização Mundial da Saúde (OMS) e um maior conhecimento sobre a biologia molecular destes protozoários poderá facilitar estas descobertas. Ultimamente, os telômeros, estruturas nucleoproteícas nos terminais dos cromossomos de eucariotos, têm sido alvo intenso de estudos, que visam utilizá-los como alvo terapêutico contra tumores malignos e microrganismos patogênicos. Os telômeros geralmente se apresentam como estruturas dinâmicas onde ocorrem interações entre o DNA e proteínas, resultando na formação do complexo telomérico, que é responsável pela proteção e manutenção dos cromossomos e estabilidade do genoma, caracterizando uma função imprescindível para viabilidade celular. Componentes do complexo telomérico de Leishmania amazonensis foram identificados por ensaios bioquímicos em extratos positivos para a atividade de telomerase. Entre estes componentes identificou-se as proteínas LaRPA-1 (L. amazonensis Replication Protein A-1) e a LaRbp38 (L. amazonensis RNA binding protein) as quais mostraram habilidade de interagir com o DNA telomérico in vitro e in vivo. Mais recentemente, utilizando-se ensaios de imunoprecipitação e de captura por “pull-down” foi demonstrado que estas proteínas fazem parte de um mesmo complexo nos telômeros do parasita. Este trabalho pretende confirmar estas possíveis interações entre as proteínas teloméricas LaRPA-1 e ...

Busca de parceiros físicos da proteína CRABP2, utilizando o sistema de duplo-híbrido em Saccharomyces cerevisae

A metilação de ilhas CpG em regiões regulatórias de vários genes tem sido descrita como um processo importante no silenciamento de genes supressores de tumor e diretamente envolvida no processo de carcinogênese de uma série de tumores. O estudo desses genes afetados pela metilação em tumores visa à procura de marcadores moleculares para o diagnóstico, prognóstico e tratamento de tumores, e também a caracterização do seu papel no processo biológico do câncer. O nosso grupo de pesquisa participou de um Projeto Temático que visa a identificação de genes metilados em tumores de cabeça e pescoço (processo 03/09497-3) e foi então proposta a utilização do sistema de duplo-híbrido de levedura como ferramenta no início da análise funcional destes genes. Dessa maneira, utilizando como isca o gene CRABP2 identificado como diferencialmente metilado em câncer de cabeça e pescoço, foi realizado o rastreamento de duplo-híbrido para a identificação de interações físicas proteína-proteína. Foram rastreados aproximadamente 2,1x105 transformantes neste sistema, dos quais 550 foram inicialmente positivos para His+. Desses, 182 transformantes confirmaram a marca His+ e foram testados para -galactosidase. Em seguida, 19 foram selecionados para passar pela etapa do “plasmid linkage”. Após esse teste, 9 clones confirmaram a ligação dos marcadores His+ e β-gal+ com a presença do plasmídeo LEU2 . Assim, após o sequenciamento dos insertos contidos nos clones identificados, ciclina D3 (CCND3), alfa-macroglobulina 2 (A2M) (2 clones), canal aniônico dependente de voltagem 2 (VDAC2), tubulina alfa 1 (TUBA1), tubulina alfa 2 (TUBA2), tubulina beta (TUBB), fator de ligação ao “enhancer” do gene interleucina 2 (ILF2) e desoxi-hipusina sintase (DHPS) emergiram como ligantes de CRABP2

Avaliação do metabolismo oxidativo em cepas de Trypanosoma cruzi naturalmente resistentes ao benzonidazol

O agente etiológico da doença de Chagas, Trypanosoma cruzi, é responsável pela infecção de milhões de pessoas na América Latina. No momento há apenas dois fármacos disponíveis, o nifurtimox (5-nitrofurano), teve o uso descontinuado no Brasil, e o benzonidazol (2-nitroimidazole), embora ambos possuam ações limitadas, visto que dependem da fase da doença, das condições fisiológicas do hospedeiro, da suscetibilidade e variabilidade genética da cepa. Assim, a busca de novas moléculas torna-se urgente e necessária, bem como a compreensão do mecanismo de resistência aos fármacos tripanocidas. Alguns estudos relatam aumento na produção de enzimas que atuam na defesa celular, as quais, provavelmente, poderiam ser responsáveis pela resistência de certas cepas do parasita. Tais enzimas têm funções importantes na sobrevivência e crescimento dos parasitas: superóxido dismutase (SOD), uma metaloenzima que elimina radicais superóxido ao convertê-los em peróxido de hidrogênio e oxigênio molecular; old yellow enzyme (OYE), que é uma NADPH flavina oxidoredutase e pode estar envolvida na redução de substâncias tripanocidas; e, peroxiredoxina (Prx), que catalisa a redução de peróxidos. O objetivo deste projeto é avaliar a suscetibilidade de diferentes cepas ao benzonidazol, clonar, sequenciar e expressar enzimas possivelmente envolvidas na resistência a este fármaco e realizar análises morfológicas serão nos parasitos após serem expostos à substância em questão. Futuramente os anticorpos policlonais obtidos a partir das proteínas recombinantes de Prx, SOD e OYE serão empregados para avaliar o nível de expressão das mesmas em parasitas tratados e não tratados com o benzonidazol.

Comparação da sensibilidade da técnica parasitológica (OPG) e da PCR para o diagnóstico de Strongyloides venezuelensis em fezes de ratos (Rattus norvegicus) da linhagem Lewis infectados experimentalmente

Espécies do gênero Strongyloides são importantes parasitas de humanos e animais domésticos e aquelas que parasitam roedores são freqüentemente utilizadas como modelos experimentais para o estudo da estrongiloidíase. S. venezuelensis parasita ratos (Rattus norvegicus) e seu estudo tem permitido o entendimento de mecanismos imunológicos envolvidos na relação parasita–hospedeiro da estrongiloidíase humana e animal. O diagnóstico parasitológico de S. venezuelensis pode ser realizado pela detecção de ovos embrionados nas fezes, com o uso do OPG (ovos por grama de fezes), também empregado no monitoramento da infecção. Entretanto, essa técnica se mostra pouco sensível quando a carga parasitária é leve. Os métodos moleculares aumentam a sensibilidade e a especificidade das análises. A PCR tem se mostrado como uma técnica sensível e precisa na detecção de parasitas em tecidos e fezes de hospedeiros infectados. A fim de comparar a sensibilidade das técnicas de OPG e PCR em ratos Lewis infectados por S. venezuelensis, foram realizados dois protocolos no presente estudo. No Protocolo I foi comparada a sensibilidade das duas técnicas em amostras de ratos Lewis com diferentes cargas parasitárias. A PCR com o emprego par de primers descrito por Dorris et al. (2002) obteve melhores resultados que o OPG nos grupos inoculados com 40 L3, considerada como infecção leve. Entretanto, não foi verificada diferença estatística significativa entre as técnicas (P>0,05), provavelmente por terem sido utilizados poucos animais (n=10). O outro par de primers utilizado foi desenhado a partir de uma seqüência parcial do gene do rDNA de S. venezuelensis e não foi capaz de detectar a presença do DNA do helminto em nenhuma amostra desse grupo. Já nos grupos inoculados com 400 e 4000 L3, tanto a PCR com...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Associação entre mesoplasma sp e formigas da tribo Attini (Hymenoptera, formicidae)

As formigas da tribo Attini apresentam reconhecida simbiose com microrganismos: fungos mutualistas basidiomicetos nas famílias Lepiotaceae e Pterulaceae cultivados pelas formigas, bactérias actinomicetas ou no gênero Burkholderia produtoras de antibióticos contra fungos entomopatogênicos, fungos ascomicetos do gênero Escovopsis micófagos para o mutualista, e comensais como fungos, leveduras e bactérias que degradam celulose. Um novo mutualista é descrito no presente trabalho: uma espécie de bactéria no gênero Mesoplasma, detectada via PCR para 16S no DNA genômico de Attini derivadas (gêneros Acromyrmex, Atta, Serycomyrmex e Cyphomyrmex), intermediárias (Trachymyrmex) e basais (Apterostigma, Mycetarotes, Mycocepurus e Mycetagroicos). Uma única linhagem de Mesoplasma com baixíssima diversidade 16S esteve presente nas Attini, mas não em formigas de tribos filogeneticamente próximas a Attini, como Dolichoderini (Tapinoma sp), Camponotini (Camponotus sp), Cephalotini (Cephalotes sp), Crematogastrini (Crematogaster sp), Pheidolini (Pheidole sp) e Ponerini (Pachycondyla sp), indicando uma simbiose Mesoplasma-Attini recente e específica.

Enfermidades genéticas com mutações caracterizadas em bovinos

The genetic inheritance, beyond determining the regular features of all the live beings, can also be the cause of diseases, called as hereditary or genetic diseases. In the case of livestock, especially cattle, little genetic variation, by the use of the same sires for a long time, can facilitate the emergence of problems. In this study, we reviewed eight of the most important genetic diseases in cattle herds around the world, whose mutation has already been characterized. Some of these diseases are reported in Brazil, but there are few studies and articles on this subject, due to the difficulty of a definitive diagnosis, which often is only possible with the use of molecular biology techniques. The knowledge of the disorders and the correct diagnosis are essential to initiate an action plan aimed at eradicating them

Cultivo celular in vitro: importância para a pesquisa biomédica e dimensão da problemática de autenticação de linhagens celulares

Experimental models composed by human and animal cell lines are simplified and informative, allowing them to be widely used for biomedical research. Most laboratories that use in vitro cultivated cells maintain a variation of cell lines stored and cultivated. Therefore, misidentification and cross-contamination events can happen during cell lines handling. This problem can generate a repertoire of dubious results and papers, which may prejudice biomedical research. Recently it was created the International Cell Line Authentication Committee (ICLAC), which aims to spread knowledge about cross-contamination and misidentification of in vitro cell lines. Despite of the efforts spent trying to aware scientific community about the importance of the correct identification of cells, the number of papers based on misidentified cell lines it´s still worrying, compromising the reliability of out coming results and conclusions regarding them. The present study aims to analyze and discuss the main advantages and limitations of eukaryote in vitro cell lines use, characterizing the cell lines authentication problems. Therefore, compilation and critical analyses of literature data was realized, aiming to improve the understanding about this subject. Based on information about 445 cell lines with issues published by ICLAC it´s clear that contamination in human cell lines represented 89,2 % of mentioned problems. HeLa cell line was the responsible for most contamination, especially in 92 normal tissue cell lines, representing 44,6% of the contamination. These results reinforce the importance of periodic maintenance of cell lines cultures by labs and implementation of authentication methods as polymorphic STRs, besides obtaining cell lines from reliable sources and cell banks