HLA-A Typing in formalin-fixed paraffin embedded tissue samples : towards potential retrospective analysis

El Antígeno Leucocitario Humano (HLA en inglés) ha sido descrito en muchos casos como factor de pronóstico para cáncer. La característica principal de los genes de HLA, localizados en el cromosoma 6 (6p21.3), son sus numerosos polimorfismos. Los análisis de secuencia de nucleótidos muestran que la variación está restringida predominantemente a los exones que codifican los dominios de unión a péptidos de la proteína. Por lo tanto, el polimorfismo del HLA define el repertorio de péptidos que se unen a los alotipos de HLA y este hecho define la habilidad de un individuo para responder a la exposición a muchos agentes infecciosos durante su vida. La tipificación de HLA se ha convertido en un análisis importante en clínica. Muestras de tejido embebidas en parafina y fijadas con formalina (FFPE en inglés) son recolectadas rutinariamente en oncología. Este procedimiento podría ser utilizado como una buena fuente de ADN, dado que en estudios en el pasado los ensayos de recolección de ADN no eran normalmente llevados a cabo de casi ningún tejido o muestra en procedimientos clínicos regulares. Teniendo en cuenta que el problema más importante con el ADN de muestras FFPE es la fragmentación, nosotros propusimos un nuevo método para la tipificación del alelo HLA-A desde muestras FFPE basado en las secuencias del exón 2, 3 y 4. Nosotros diseñamos un juego de 12 cebadores: cuatro para el exón 2 de HLA-A, tres para el exón 3 de HLA-A y cinco para el exón 4 de HLA-A, cada uno de acuerdo las secuencias flanqueantes de su respectivo exón y la variación en la secuencia entre diferentes alelos. 17 muestran FFPE colectadas en el Hospital Universitario de Karolinska en Estocolmo Suecia fueron sometidas a PCR y los productos fueron secuenciados. Finalmente todas las secuencias obtenidas fueron analizadas y comparadas con la base de datos del IMGT-HLA. Las muestras FFPE habían sido previamente tipificadas para HLA y los resultados fueron comparados con los de este método. De acuerdo con nuestros resultados, las muestras pudieron ser correctamente secuenciadas. Con este procedimiento, podemos concluir que nuestro estudio es el primer método de tipificación basado en secuencia que permite analizar muestras viejas de ADN de las cuales no se tiene otra fuente. Este estudio abre la posibilidad de desarrollar análisis para establecer nuevas relaciones entre HLA y diferentes enfermedades como el cáncer también.

Tissue- specific DNA methylation profiles in newborns

Experimental and epidemiological studies demonstrate that fetal growth restriction and low birth weight enhance the risk of chronic diseases in adulthood. Derangements in tissue-specific epigenetic programming of fetal and placental tissues are a suggested mechanism of which DNA methylation is best understood. DNA methylation profiles in human tissue are mostly performed in DNA from white blood cells. The objective of this study was to assess DNA methylation profiles of IGF2 DMR and H19 in DNA derived from four tissues of the newborn. We obtained from 6 newborns DNA from fetal placental tissue (n = 5), umbilical cord CD34+ hematopoietic stem cells (HSC) and CD34- mononuclear cells (MNC) (n = 6), and umbilical cord Wharton jelly (n = 5). HCS were isolated using magnetic-activated cell separation. DNA methylation of the imprinted fetal growth genes IGF2 DMR and H19 was measured in all tissues using quantitative mass spectrometry. ANOVA testing showed tissue-specific differences in DNA methylation of IGF2 DMR (p value 0.002) and H19 (p value 0.001) mainly due to a higher methylation of IGF2 DMR in Wharton jelly (mean 0.65, sd 0.14) and a lower methylation of H19 in placental tissue (mean 0.25, sd 0.02) compared to other tissues. This study demonstrates the feasibility of the assessment of differential tissue specific DNA methylation. Although the results have to be confirmed in larger sample sizes, our approach gives opportunities to investigate epigenetic profiles as underlying mechanism of associations between pregnancy exposures and outcome, and disease risks in later life.

Correlación entre saturación venosa, ruptura de anastomosis y formación de fístulas en pacientes con trauma abdominal en el Hospital Occidente de Kennedy

El manejo del trauma abdominal supone el reto de realizar una anastomosis o sutura intestinal en pacientes comprometidos hemodinámicamente. La decisión de cirugía de control de daños ante la presencia de acidosis, hipotermia y coagulopatía es evidente, sin embargo la situación no siempre es tan clara. En individuos con trauma se desarrollan cambios moleculares e inflamatorios por inadecuado balance entre aporte y demanda de oxígeno, que afectan el proceso de reparación de los tejidos con el riesgo de aparición de fístulas. Una forma rápida y práctica de detectar esta hipoperfusión es midiendo la saturación venosa de oxígeno (SVO2) y el Lactato Sérico. OBJETIVOS: Establecer correlación entre los valores de SVO2 transoperatorio y la aparición de fístulas intestinales en pacientes intervenidos por trauma abdominal. MATERIALES Y METODOS: Estudio de cohorte prospectivo que analiza diferentes variables en relación con la aparición de fistulas en pacientes con trauma abdominal que requieren suturas en el tracto gastrointestinal, haciendo énfasis en los niveles de SVO2. RESULTADOS: Los pacientes con falla anastomótica, presentaron un promedio de SVO2 más baja (60.0% ± 2.94%), versus los no fistulizados (69.89% ± 7.21%) (p =0.010). Todos los pacientes de la cohorte expuesta (SVO2<65%), presentaron dehiscencia de la anastomosis (RR =39.8, IC95%: 2.35,659.91, p<0.001, Test exacto de Fisher). El valor predictivo positivo de la saturación (<65%) fue de 57.14% (IC 95%: 13.34%, 100%) y el valor predictivo negativo fue de 100% (IC 95%:81.75%, 100%). La sensibilidad fue de 100% (IC 95%:87.50%, 100%) y especificidad de 91.89% (IC 95%: 81.75%, 100%). En el análisis bivariante determinó que el índice de trauma abdominal, el nivel de hemoglobina y el requerimiento de transfusión de glóbulos rojos, son factores de riesgo directamente relacionados con la falla de la anastomosis en pacientes con trauma abdominal CONCLUSIONES: - Hay una fuerte relación entre la falla en la reparación intestinal y SVO2 < 65%. - El pronóstico de una anastomosis intestinal está directamente relacionada con el estado hemodinámico y la perfusión tisular al momento de la intervención quirúrgica. - El nivel de SVO2 puede apoyar al cirujano en la decisión de realizar o no una reparación en víscera hueca al momento de intervención quirúrgica en un paciente con trauma abdominal.

Factores asociados con la duración del circuito extracorpóreo en terapias continúas de reemplazo renal en la Fundación Cardioinfantil

Introducción: las terapias continuas de reemplazo renal son una importante medida a utilizar en los pacientes con lesión renal aguda que ingresan a la unidad de cuidado intensivo, la pérdida temprana del circuito por coagulación del mismo es una situación que afecta a este grupo de pacientes. Materiales y métodos: se realizo un estudio de casos y controles de una duración de tres meses tomando los pacientes que eran sometidos a terapia continua de reemplazo renal en la fundación Cardioinfantil, se eligieron como casos aquellos pacientes que no lograban completar 72 horas de terapia por perdida del circuito relacionada con coagulación, y aquellos que si se tomaron como controles, se analizaron ambos grupos en función de diferentes variables demográficas, clínicas y del circuito, tomando como análisis primario el primer filtro utilizado y haciendo un análisis secundario incluyendo todos los filtros. Resultados: se recolectaron 24 pacientes para el análisis primario y 101 filtros para el análisis secundario, el 37,5% de los filtros duró > 72 horas y 62,5%, menos de este tiempo. El puntaje APACHE II (OR: 0,76, p 0.003) y sitio de inserción femoral derecho (OR: 0.14, p 0.007) se encontraron protectoras para la disfunción temprana. Discusión: aunque no se alcanzó la muestra total, se encontró asociación protectora del acceso femoral derecho, que fue novedosa, pero requiere confirmación. El APACHE II, también protector, puede corresponder a un sesgo, se necesitan más estudios para aclarar estos hallazgos y determinar la presencia de otras variables que intervengan.