Identification of plasmodium vivax proteins with potential role in invasion using sequence redundancy reduction and profile hidden markov models

Background: This study describes a bioinformatics approach designed to identify Plasmodium vivax proteins potentially involved in reticulocyte invasion. Specifically, different protein training sets were built and tuned based on different biological parameters, such as experimental evidence of secretion and/or involvement in invasion-related processes. A profile-based sequence method supported by hidden Markov models (HMMs) was then used to build classifiers to search for biologically-related proteins. The transcriptional profile of the P. vivax intra-erythrocyte developmental cycle was then screened using these classifiers. Results: A bioinformatics methodology for identifying potentially secreted P. vivax proteins was designed using sequence redundancy reduction and probabilistic profiles. This methodology led to identifying a set of 45 proteins that are potentially secreted during the P. vivax intra-erythrocyte development cycle and could be involved in cell invasion. Thirteen of the 45 proteins have already been described as vaccine candidates; there is experimental evidence of protein expression for 7 of the 32 remaining ones, while no previous studies of expression, function or immunology have been carried out for the additional 25. Conclusions: The results support the idea that probabilistic techniques like profile HMMs improve similarity searches. Also, different adjustments such as sequence redundancy reduction using Pisces or Cd-Hit allowed data clustering based on rational reproducible measurements. This kind of approach for selecting proteins with specific functions is highly important for supporting large-scale analyses that could aid in the identification of genes encoding potential new target antigens for vaccine development and drug design. The present study has led to targeting 32 proteins for further testing regarding their ability to induce protective immune responses against P. vivax malaria.

Option pricing in market models driven by telegraph processes with jumps

Esta tesis está dividida en dos partes: en la primera parte se presentan y estudian los procesos telegráficos, los procesos de Poisson con compensador telegráfico y los procesos telegráficos con saltos. El estudio presentado en esta primera parte incluye el cálculo de las distribuciones de cada proceso, las medias y varianzas, así como las funciones generadoras de momentos entre otras propiedades. Utilizando estas propiedades en la segunda parte se estudian los modelos de valoración de opciones basados en procesos telegráficos con saltos. En esta parte se da una descripción de cómo calcular las medidas neutrales al riesgo, se encuentra la condición de no arbitraje en este tipo de modelos y por último se calcula el precio de las opciones Europeas de compra y venta.

Characterizing PvARP, a novel Plasmodium vivax antigen

Background Plasmodium vivax continues to be the most widely distributed malarial parasite species in tropical and sub-tropical areas, causing high morbidity indices around the world. Better understanding of the proteins used by the parasite during the invasion of red blood cells is required to obtain an effective vaccine against this disease. This study describes characterizing the P. vivax asparagine-rich protein (PvARP) and examines its antigenicity in natural infection. Methods The target gene in the study was selected according to a previous in silico analysis using profile hidden Markov models which identified P. vivax proteins that play a possible role in invasion. Transcription of the arp gene in the P. vivax VCG-1 strain was here evaluated by RT-PCR. Specific human antibodies against PvARP were used to confirm protein expression by Western blot as well as its subcellular localization by immunofluorescence. Recognition of recombinant PvARP by sera from P. vivax-infected individuals was evaluated by ELISA. Results VCG-1 strain PvARP is a 281-residue-long molecule, which is encoded by a single exon and has an N-terminal secretion signal, as well as a tandem repeat region. This protein is expressed in mature schizonts and is located on the surface of merozoites, having an apparent accumulation towards their apical pole. Sera from P. vivax-infected patients recognized the recombinant, thereby suggesting that this protein is targeted by the immune response during infection.

Diseño de una vía clínica para la vigilancia de hepatocarcinoma y evaluación económica

El carcinoma Hepatocelular (HCC) representa la sexta causa más frecuente de cáncer, y la tercera causa de muerte relacionada con cáncer en el mundo con aproximadamente 600.000 muertes anuales. En el 70 % de los casos, este se desarrolla en presencia de una enfermedad crónica del hígado como la cirrosis u otras enfermedades inflamatorias, por lo que practicar métodos de tamizaje para su diagnóstico precoz, pudieran establecer un mejor pronóstico. El objetivo de este trabajo es diseñar una vía clínica capaz de homogenizar el proceso de tamizaje de HCC, soportando su realización con la realización de una evaluación económica de esta intervención. Se realiza una búsqueda sistemática de literatura y se propone una vía clínica para la vigilancia de HCC en Colombia. A esta propuesta se aplica una evaluación económica tipo costo-efectividad mediante un modelo de Markov de la intervención propuesta, comparando la aplicación de la vía clínica propuesta frente al manejo actual en 100 pacientes considerados con riesgo (cirrosis, portadores de HBV y/o portadores de HCV) con un horizonte de tiempo de 30 años analizando como desenlace los años de vida salvados (LYS) desde la perspectiva del tercero pagador para Colombia a precios de 2009. El análisis determina una disminución de la mortalidad en un 40%, y un valor ICER de US$ 1,438 por LYS, por lo cual se concluye que resulta costo efectivo la aplicación de esta propuesta de tamizaje. Es necesario realizar una prueba para la aplicación de la vía clínica.

Resolución espontánea de reflujo vesicoureteral primario en niños: factores predictores y nomograma de predicción

Introducción: Determinamos la proporción de resolución espontánea de RVU primario en una población de niños menores de 5 años así como los factores que influyen y predicen tal resolución, con base en lo cual diseñamos un nomograma que permite determinar la posibilidad de resolución espontánea de cada grado de reflujo a los 3 años de su diagnóstico Metodología: Incluimos 407 niños con diagnóstico de RVU primario en un periodo de 10 años. Mediante análisis de asociación y comparaciones de promedios se determinaron las variables que se comportaron como factores de riesgo para fallar en obtener resolución espontanea y por un modelo de regresión logística binomial se confirmaron asociaciones. Se practicaron comparaciones mediante ANOVA o t-test y así como análisis de sobrevida mediante Log Rank Test para determinar las variables que influían también en el tiempo necesario para obtener resolución espontánea. Resultados: Las tasas de resolución espontánea fueron 92%, 85%, 56.4%, 21% y 5% para los grados I a V de reflujo respectivamente. En el análisis multivariado, Las variables nefropatía por reflujo (sig=0,000), Síndrome de evacuación disfuncional (SED) (sig=0,000) y bilateralidad (sig=0,006) fueron los factores de riesgo independientes para la falla del RVU en resolver espontáneamente. Sin embargo, en los análisis de sobrevida solo la variable SED demostró influir en el tiempo necesario para obtener resolución espontanea (sig=0,002). Discusión: Los hallazgos de este estudio ratifican la importancia de incluir variables como SED, nefropatía por reflujo y lateralidad en los modelos de predicción de resolución espontánea del RVU.

Sostenibilidad fiscal: una aproximación con datos panel para 8 países Latinoaméricanos

Este documento examina la hipótesis de sostenibilidad fiscal para 8 países de Latinoamérica. A partir de un modelo de datos panel, se determina si los ingresos y gasto primario de los Gobiernos entre 1960 - 2009 están cointegrados, es decir, si son sostenibles a largo plazo. Para esto, se utilizaron pruebas de raíz unitaria y cointegración de segunda generación con datos panel macroeconómicos, lo que permite tener en cuenta la dependencia cruzada entre los países, así como los posibles quiebres estructurales en la relación que estén determinados de manera endógena; en particular, se usan la prueba de estacionariedad de Hadri y Rao (2008) y la prueba de cointegración de Westerlund (2006). Como resultado del análisis se encontró evidencia empírica de que en el período bajo estudio el déficit primario en los 8 países latinoamericanos es sostenible pero en sentido débil.

Ahorro para el retiro en Colombia: patrones y determinantes

La decisión de los individuos acerca del ahorro para el retiro ha sido abordada teóricamente bajo la hipótesis de que el sistema de seguridad social se comporta como un sustituto de otros mecanismos de ahorro. Este documento presenta evidencia de los patrones y determinantes del ahorro para el retiro en Colombia a partir de la Gran Encuesta Integrada de Hogares de 2007. Los resultados muestran que el 63% de los ocupados declaran no ahorrar para su vejez. A partir de modelos de selección discreta se encuentra que individuos jóvenes, de sexo masculino, con menor nivel educativo, residentes en zonas rurales, y trabajadores cuenta propia, presentan menores probabilidades de ah orrar para el retiro; además las características socioeconómicas resultan significativas en la determinación del mecanismo de ahorro utilizado.

The persistent colombian conflict bubnational analysis of the duration of violence

The growing empirical literature on the analysis of civil war has recently included the study of conflict duration at the cross-country level. This paper presents, for the first time, a within-country analysis of the determinants of violence duration. I focus on the experience of the Colombian armed conflict. While the conflict has been active for about five decades, local violence ebbs and flows and areas experiencing continuous conflict coexist with places that have been able to resile and where violence is mostly absent. I examine a wide range of factors potentially associated with violence duration at the municipal level, including scale variables, geographical conditions, economic and social variables, institutions and state presence, inequality, government intervention, and victimization variables. I characterize a few variables robustly correlated with the persistence of localized conflict, both across specifications and using different econometric models of duration analysis.

Natural resource windfalls and efficiency of local government expenditures: evidence from Peru

We study the role of natural resource windfalls in explaining the efficiency of public expenditures. Using a rich dataset of expenditures and public good provision for 1,836 municipalities in Peru for period 2001-2010, we estimate a non-monotonic relationship between the efficiency of public good provision and the level of natural resource transfers. Local governments that were extremely favored by the boom of mineral prices were more efficient in using fiscal windfalls whereas those benefited with modest transfers were more inefficient. These results can be explained by the increase in political competition associated with the boom. However, the fact that increases in efficiency were related to reductions in public good provision casts doubts about the beneficial effects of political competition in promoting efficiency.