L'ambient urbà i la criminalitat. Robatoris contra el patrimoni a la ciutat de Girona

L’estudi de la criminalitat és multifactorial, cal destriar en la mesura del possible els factors ambientals, d’entorn urbà, que poden jugar el paper de facilitadors de la delinqüència. Les tipologies delictives són diverses i amb motivacions "mòbils" diferenciats, el que confereix dificultats a l’estudi de la criminalitat, és per aquesta raó que es trien dues tipologies de robatoris contra el patrimoni per ser analitzats: robatoris amb força a interior de domicili (vivenda) i els furts, en un marc de ciutat petita-mitjana, com és el cas de Girona. El coneixement per part de l’autor del marc urbà n’és un part essencial per desenvolupar l’estudi. Un dels objectius finalistes és aconseguir avançar en estudis de diagnosi criminal de les ciutats; així com en el coneixement dels patrons espaials que tenen les tipologies delictives i la influència de les característiques del disseny urbà sobre la criminalitat. La metodologia que s’implementarà serà: recerca bibliogràfica, estadística descriptiva i inferencial, sistemes d’informació geogràfica, així com la deducció a partir de la visualització de la cartografia generada i un treball de camp de les zones d’alta ocurrència delictiva dels delictes esmentats. Pel que fa a les hipòtesis principals: els robatoris contra el patrimoni no es concentren en àrees degradades urbanísticament sinó ans el contrari en ambients urbans cuidats. Aquesta hipòtesi es contraposa a la teoria criminal de la "Broken Windows", que esmenta que els espais urbans degradats és on hi ha menys ocupació d’espai públic i més delinqüència. Una altra hipòtesi important és que els espais percebuts com a segurs, respecte les tipologies delictives esmentades, són els més insegurs

La Integració de les TIC en la docència: teoria i pràctica

En el nou Espai Europeu d’Ensenyament Superior (EEES) les TIC (Tecnologies d’Informació i Comunicació) juguen un paper fonamental, donant suport a la docència dins i fora de l’aula. Dins de la Universitat Pompeu Fabra, la USQUID (Unitat de Suport a la Innovació i la Qualitat Docent) d’Humanitats, des de la seva creació el 1998, ha destacat per la integració de les TIC a la docència, arran sobretot dels canvis en els paradigmes educatius. Uns paradigmes que, en la nova societat de la informació, aposten per la imatge (hipervisualitat). La nova visualitat porta a l’individu a nous formats, a noves maneres d’entendre l’educació, l’aprenentatge i, en darrera instància, la docència. La hipervisualitat, alhora, ens remet a l’hipertext com a eina per tal de donar espai i contingut a les assignatures que s’imparteixen a les universitats. Assumir que passem d’una pedagogia, sovint anquilosada, a un nou estil docent dins de l’aula, és un dels reptes que el professorat –i en conseqüència l’alumnat– ha d’assumir. La USQUID d’Humanitats posa en pràctica els canvis que en els darrers anys han sorgit en la societat digital. D’aquesta manera s’ha dedicat a la creació de pàgines web d’assignatures i de llibres electrònics (e-books), com a eines importants per a la docència i l’aprenentatge. D’una banda, les pàgines web superen les restriccions d’espais digitals interns (intranet) i aporten un suport visual –i sovint auditiu– a la docència, que permeten als alumnes treballar els materials de classe d’una manera més àgil i que, en darrer terme, posa a les seva disposició recursos de tipus divers, per tal d’ampliar la informació donada a classe. En alguns casos, a més, la web esdevé un entorn essencial on professorat i alumnes troben els materials necessaris per a la docència i l’aprenentatge, on s’estableixen les pautes necessàries per a programes de seminaris i on s’intenta, curs a curs, anar cap a l’ideal de l’avaluació continuada. D’altra banda, els llibres electrònics ofereixen l'oportunitat de replantejar el format ja tradicional, dels arxiu en format Portable Document Format (PDF), i s’encaminen cap a la construcció d’hipertextos d’informació: eines i formats útils per a la docència i on l’alumne troba una informació de qualitat. Malgrat tot, aquesta posada en pràctica de la teoria necessita de millores en la confecció de les pàgines web, de més formació entre el professorat i del personal tècnic i de més suport del propi centre

El Cas integrat. Un aprenentatge integral i integrador. L'experiència de l'Escola Universitària d'Infermeria Sant Joan de Déu de Barcelona

Potenciar una Europa del coneixement on l’aprenentatge continuat durant la vida és un element essencial per a obtenir una major competitivitat Europea, a l’hora que es promociona la cooperació i mobilitat entre universitats, és l’objectiu principal de l’Espai Europeu d’Educació Superior. Sota aquesta directriu, és necessari potenciar la reflexió i la capacitat crítica de les persones en formació. Crear espais on l’alumne/a passi a ser el centre dels processos d’ensenyança-aprenentatge, on es faciliti que reflexioni sobre allò que està fent i com ho fa, quins processos segueix per entendre situacions i com les interpreta. Potenciar que l’alumne/a aprengui a aprendre, aprendre per la vida, perquè sigui una persona amb ment oberta i capaç d’adaptar-se i modificar la realitat quan sigui necessari. L’EUI Sant Joan de Déu, que es caracteritza pel seu esperit innovador i la sensibilitat envers els canvis, implanta una nova metodologia docent anomenada Cas Integrat (C.I.). El Cas Integrat és una activitat docent que facilita a l’estudiant comprendre les diferents temàtiques que el composen de forma integrada i a la vegada integradora amb l’equip, posicionant-se activament en el seu aprenentatge. És un mètode que es nodreix dels principis de l’aprenentatge basat en problemes (ABP). Es tracta de la descripció d’una situació hipotètica construïda a través de les aportacions dels diferents professors que participen en el cas. És una metodologia docent que es diferencia de les que s’havia utilitzat fins ara. En aquest mètode s’aglutinen continguts de diferents assignatures, que comporta un treball conjunt i continuat del professorat. Ressaltem que el C. I. fomenta el treball en equip, la responsabilitat en l’aprenentatge, augmenta la relació entre els tutors i els estudiants i també potencia la visió integral dels continguts curriculars. També és cert que ens hem trobat amb dificultats com limitacions per part d’alguns estudiants a l’hora de buscar informació, reticències per part d’alguns estudiants en la manera com hem construït els grups, la complexitat a l’hora d’avaluar ja que s’avaluen molts ítems i el fet de compaginar horaris

La Participació dels i de les estudiants en l'organització de la 2a edició de la Fira de la Ciència: una reflexió centrada en la tutorització i el voluntariat

Aquesta comunicació té com a objectiu exposar una experiència docent innovadora en els estudis de mestre de la Universitat de Girona basada en la participació dels estudiants en el disseny, realització i avaluació de tallers de ciència per a nens i nenes d’Infantil i Primària en el marc del projecte d'educació científica 'Pol·len', concretament en la 2a edició de la Fira de la Ciència. Aquesta experiència es basa per una banda en el treball pràctic inclòs dins de dues assignatures dels estudis de mestre en educació infantil i d'educació primària. Per altra banda, una part essencial de l'experiència rau en la col·laboració voluntària d'estudiants de 2n i 3r curs dels estudis de mestre en educació infantil, desenvolupant tasques molt diverses durant tot el curs acadèmic i més específicament i de manera concreta en la Fira de la Ciència. L’objectiu principal de la innovació docent i del programa de voluntariat que es presenten és doble, per una banda es volen potenciar algunes competències que creiem indispensables pels futurs mestres (autogestió de l’aprenentatge, treball en equip i competència científica) i per altra banda es pretén enfortir el lligam entre la Universitat i la comunitat educativa de les etapes d’educació infantil i primària, creant espais comuns d’intercanvi i treball col·laboratiu. La descripció i la reflexió que segueixen a continuació es centren en el primer objectiu de l’experiència. Concretament, l’anàlisi realitzat posa l’èmfasi en l’acció tutorial i en l'autogestió dels estudiants i es realitza des dels dos punts de vista implicats de manera prioritària: el del professorat i el de l'estudiantat. Per aquesta raó, s’han utilitzat diferents instruments per recollir les dades que són objecte d’anàlisi i també volem destacar que entre els autors de la comunicació, a més a més del professor i professores implicades en la innovació, també ha participat de manera molt activa un estudiant del grup de voluntaris de 2n curs d’educació infantil

El Diari de classe: projecte i eina de desenvolupament competencial

L’estudi es centra en l’anàlisi i valoració que fan els propis estudiants universitaris amb qui s’interactuà en un projecte d’integrar l’ús del diari escolar, com a un element essencial del portafoli personal per tal que actuï com a recurs potenciador de l’aprenentatge dels continguts conceptuals i procedimentals de les assignatures de Didàctica de la Matemàtica, alhora que element transcendental per l’adquisició de competències professionals (treball cooperatiu, millora de la capacitat comunicativa, ús de recursos de noves tecnologies, dissenys avaluatius; capacitat de reflexió i anàlisi de concepcions i filosofia educativa; ...) i de competències de millora personal (capacitat crítica, autoconeixement; solidaritat i respecte a les diferències personals; ...) i, per altre costat, eina de revisió de la docència impartida i, recurs avaluatiu per a la millora i innovació didàctica. L’experiència s’ha portat a terme al llarg de nou cursos a la Facultat d’Educació i Psicologia de l’UdG en els estudis de mestre de primària i a l’assignatura de Didàctica de la Matemàtica I i Didàctica de la Matemàtica II. La recerca que es descriu es centra exclusivament en un dels grups on s’ha aplicat aquesta experiència, els estudiants de segon del curs 2008-09. Es tracta de sintetitzar i exemplificar en un cas concret el treball i enfoc desenvolupat. L’objectiu de la recerca ha pretès detectar i avaluar els resultats obtinguts atenent els criteris i consideracions dels propis estudiants que han estat els subjectes actius de l’experimentació del projecte. A nivell metodològic s’ha utilitzat una estratègia d’anàlisi qualitativa feta a partir del test CVUDE (Criteris i Valoracions de l’Ús del Diari Escolar) on de manera lliure i oberta cada estudiant ha valorat els aspectes que al seu entendre ha comportat el Diari Escolar. Fruit del buidat d’aquest test, s’elaborà el test ICVUDE (Incidència dels Criteris i Valoracions de l’Ús del Diari Escolar) per tal d’analitzar quantitativament el grau d’incidència i interiorització personal de cada un dels diferents criteris establerts per CVUDE. L’anàlisi dels resultats demostra que l’experiència resulta plenament satisfactòria i que els objectius establerts com a base del projecte han estat assolits en bona mesura de manera que el diari escolar resulta ser un excel·lent recurs per ajudar a desenvolupar competències professionalitzadores, personals i d’aprenentatges específics de la matèria

Repensar la relació pedagògica a la universitat des de la carpeta d’aprenentatge i la tutoria

L’objectiu essencial de l’estudi va ser el procés d’aprenentatge d’estudiants en l’àmbit de la formació universitària, de professors a partir d’activitats vinculades a la disciplina «Didàctica General i Atenció a la Diversitat»

Modificacions en la dinàmica de processat i en les característiques finals de productes carnis amb contingut reduït de sodi

In recent years, several studies have linked sodium intake to hypertension, and the consequent mortality risk due to vascular diseases. Several UE member states and the WHO recommend reducing the salt intake level to a maximum of 5 g per day. Salt is a useful ingredient for meat product processing. A reduction of added salt provokes a decrease in the quality of meat products. As a technological strategy, the reduction of the amount of added salt and the addition of potassium lactate, until a 30% molar substitution (taking into account the salt standard amount (30 g/kg)), have been proposed. This substitution could modify the product evolution during its processing. The knowledge of these effects could make the optimization of the process easier. In dry-cured meat products with a reduced salt content, it could be concluded that the proposed strategy reduces the processing period, as well as the anomalous texture risk; it increases the product safety and it does not modify the visual attributes.

El virus de l'hepatitis C i la ribonucleasa Phumana: aspectes biològics i terapèutics

El virus de l'hepatitis C (VHC) provoca una hepatitis crònica que afecta a més de 170 milions de persones d'arreu del món. És un virus petit que es classifica dins de la família Flaviviridae i és un virus d'RNA de cadena positiva amb un genoma d'aproximadament 9.600 nucleòtids. A l'extrem 5' del genoma viral s'hi troba una regió no codificant (5'NCR) que comprèn els primers 341 nucleòtids i la seva funció està relaciona amb la traducció. Immediatament després hi ha una pauta de lectura oberta ORF que acaba en un únic codó d'aturada i codifica una poliproteïna de 3.010 aminoàcids. A continuació l'extrem 3' no codificant (3'NCR), que malgrat es desconeixen les seves funcions exactes, s'ha demostrat que és essencial per a la replicació vírica. La única poliproteïna generada és processada co- i postraduccionalment mitjançant proteases de l'hoste i víriques, donant lloc a les proteïnes estructurals (Core, E1 i E2-p7) i no estructurals (NS2-NS5B). Igual que la majoria de virus RNA, el VHC es caracteritza per tenir una taxa de mutació elevada. De fet, el genoma del virus no es pot definir com una única seqüència sinó per una població de variants molt relacionades entre sí. A aquesta manera d'organitzar la informació genètica se l'anomena quasiespècie viral i una de les seves implicacions principals és la facilitat amb què sorgeixen resistents al tractament. Els tractaments disponibles són llargs, cars, provoquen efectes secundaris considerables i només es resolen completament el 40% dels casos. Per aquesta raó es busquen altres solucions terapèutiques per combatre el virus entre les quals s'hi inclouen diferents estratègies. Una de les més innovadores i prometedores és la utilització de ribozims dirigits directament contra el genoma del virus. Aquest treball es centra en l'estudi de les noves estratègies terapèutiques basades en ribozims, concretament la ribonucleasa P. La ribonucleasa P és un ribozim que està present en tots els organismes ja que és l'enzim responsable de la maduració dels precursors d'RNA de transferència. El més interessant a nivell terapèutic és que s'ha demostrat que es pot dirigir la seva activitat cap a qualsevol RNA utilitzant una seqüència guia d'RNA que quan hibrida amb l'RNA diana, l'híbrid imita l'estructura secundària del substrat natural. En el cas del VHC, s'han estudiat ribozims dependents de seqüència (ribozims derivats d'RNAs satèl·lits i de viroides de plantes), sempre dirigits contra la regió més conservada del virus per evitar una disminució de l'eficiència del ribozim deguda a la variació de la diana. La ribonucleasa P és una endonucleasa d'activitat molt específica i es diferencia dels altres ribozims naturals en el sistema de reconeixement del substrat, reconeix elements estructurals i no de seqüència. L'objectiu final del treball és tallar in vitro l'RNA del VHC aprofitant la propietat que presenta aquest ribozim de reconèixer elements estructurals i no de seqüència ja que per a un mateix nombre de seqüències, el nombre d'estructures viables que pot adoptar l'RNA genòmic és molt més petit i per tant la variabilitat de la diana disminueix. S'han estudiat dos models d'RNasa P, la RNasa P humana guiada per seqüència guia externa (EGS) i l'RNA M1 de l'RNasa P d'E.coli unit a la seqüència guia per l'extrem 3' (ribozim M1GS). Abans però de dirigir el ribozim, s'han estudiat l'estructura i la variabilitat d'una regió del genoma del virus ja que s'ha descrit que són factors que poden limitar l'eficiència de qualsevol ribozim. Derivat d'aquests estudis s'aporten dades sobre accessibilitat i variabilitat d'una regió interna del genoma del virus de l'hepatitis C, la zona d'unió de la regió E2/NS2 (regió 2658-2869). L'estudi d'accessibilitat revela que la regió 2658-2869 del genoma del virus conté dominis oberts i tancats i que la transició entre uns i altres no és brusca si es compara amb altres regions d'estructura coneguda (regió 5' no codificant). Els resultats dels assajos in vitro amb els dos models de RNasa P mostren que s'ha aconseguit dirigir tant la ribonucleasa P humana com el ribozim M1GS cap a una zona, predeterminada segons l'estudi d'accessibilitat, com a poc estructurada i tallar l'RNA del virus. De l'anàlisi de mutacions, però, es dedueix que la regió estudiada és variable. Tot i dirigir el ribozim cap a la zona més accessible, la variació de la diana podria afectar la interacció amb la seqüència guia i per tant disminuir l'eficiència de tall. Si es proposés una estratègia terapèutica consistiria en un atac simultani de vàries dianes.D'altra banda i derivat d'un resultat inesperat on s'ha observat en els experiments control que l'extracte de RNasa P humana tallava l'RNA viral en absència de seqüències guia externes, s'ha caracteritzat una nova interacció entre l'RNA del VHC i la RNasa P humana. Per a la identificació de l'enzim responsable dels talls s'han aplicat diferents tècniques que es poden dividir en mètodes directes (RNA fingerprinting) i indirectes (immunoprecipitació i inhibicions competitives). Els resultats demostren que la ribonucleasa P humana, i no un altre enzim contaminant de l'extracte purificat, és la responsable dels dos talls específics observats i que es localitzen, un a l'entrada interna al ribosoma (IRES) i molt a prop del codó AUG d'inici de la traducció i l'altre entre la regió codificant estructural i no estructural. La ribonucleasa P és un dels enzims del metabolisme del tRNA que s'utilitza per identificar estructures similars al tRNA en substrats diferents del substrat natural. Així doncs, el fet que la ribonucleasa P reconegui i talli el genoma del VHC en dues posicions determinades suggereix que, a les zones de tall, el virus conté estructures semblants al substrat natural, és a dir estructures tipus tRNA. A més, tot i que el VHC és molt variable, els resultats indiquen que aquestes estructures poden ser importants per el virus, ja que es mantenen en totes les variants naturals analitzades. Creiem que la seva presència podria permetre al genoma interaccionar amb factors cel·lulars que intervenen en la biologia del tRNA,particularment en el cas de l'estructura tipus tRNA que es localitza a l'element IRES. Independentment però de la seva funció, es converteixen en unes noves dianes terapèutiques per a la RNasa P. S'ha de replantejar però l'estratègia inicial ja que la similitud amb el tRNA les fa susceptibles a l'atac de la ribonucleasa P, directament, en absència de seqüències guia externes.

Estudi d'un receptor quinasa atípic (Mark) i de les proteïnes que interaccionen amb el seu domini intracel·lular. Transducció del senyal i desenvolupament en blat de moro (Zea mays)

Aquesta tesi doctoral s'engloba dins d'un projecte general d'estudi de gens implicats en l'embriogènesi del blat de moro. L'embriogènesi del blat de moro, i en general la de totes les plantes superiors, es dóna en tres etapes: una primera etapa on es diferencien tots els diversos teixits que formaran l'embrió, una segona etapa on l'embrió acumula productes de reserva i un tercer període, la dormància, que finalitza quan les condicions ambientals són les idònies per a la germinació. En el laboratori estàvem interessats, concretament, en l'estudi de gens implicats en la primera etapa morfogenètica, on els diferents teixits i estructures embrionàries queden definides. Per tal d'estudiar gens que s'expressaven en aquest període, una de les estratègies que es va realitzar fou un crivellat diferencial entre teixit embrionari i teixit de planta adulta. D'entre els diferents clons obtinguts, un corresponia a un clon parcial que presentava similitud amb receptors quinasa i que fou objecte d'estudi. A partir d'aquest clon es va obtenir el clon complet i es va anomenar MARK (per Maize Atypical Receptor Kinase). MARK presenta una estructura típica d'un receptor quinasa amb un domini extracel.lular, que conté 6 còpies imperfectes de LRR (Leucine- Rich Repeats), un únic domini transmembrana i un domini quinasa intracel.lular. El domini quinasa de MARK presenta, però, algunes variacions en els residus aminoacídics que es consideren claus per a la funció catalítica dels dominis quinasa. En concret cinc dels aminoàcids considerats essencials per a la fosforilació es troben substituits en el domini quinasa de MARK (DK-MARK). Els experiments de fosforilació in vitro que es van realitzar al laboratori, van mostrar com MARK era incapaç de fosforilar in vitro. Aquesta característica no és, però, exclusiva de MARK. Una búsqueda en les bases de dades ens van permetre identificar altres seqüències que també presentaven els mateixos o altres canvis en aquestes posicions aminoacídiques. En les bases de dades de plantes es van identificar un conjunt de seqüències genòmiques o ESTs amb aquestes característiques i només una d'elles, la proteïna TMKL1 d'Arabidopsis, ha sigut descrita com un receptor quinasa incapaç de fosforilar in vitro. Respecte a la búsqueda de receptors similars a MARK en les bases de dades d'animals, es van identificar també un conjunt de proteïnes que, en alguns casos, s'ha descrit que no tenen activitat quinasa in vivo. Per exemple, un dels casos més ben estudiats és el del receptor erbB3 que forma part de la família de receptors del EGF (Epidermal Growth Factor). Aquesta família de receptors està formada per 4 receptors: erbB1, erbB2, erbB3 i erbB4, dels quals només l'erbB3 no presenta activitat catalítica. S'ha descrit que erbB3 és capaç, tot i no fosforilar in vivo, de participar activament en la transducció del senyal formant heterodímers amb els altres membres de la família. Així, erbB3 és fosforilat pel seu partner i pot iniciar la cascada de transducció del senyal. La participació d'erbB3 en la transducció del senyal és essencial ja que embrions de ratolí knock-out pel gen erbB3 són inviables. Així doncs, el fet que receptors quinasa catalíticament inactius participin en les cascades de transducció del senyal, suggereix l'existència de nous mecanismes d'acció per a la transducció del senyal. Per tant, l'objectiu d'aquest treball fou l'estudi del mecanisme d'acció de MARK mitjançant la caracterització les proteïnes capaces d'interaccionar amb el seu domini quinasa. Per tal d'assolir aquest objectiu, es va realitzar un crivellat de doble-híbrid amb una llibreria de cDNA d'embrions de blat de moro de 7 DAP. D'aquest crivellat es va obtenir un conjunt de possibles clons positius que foren seqüenciats i entre els quals es van escollir per un estudi més detallat aquells que s'havien obtingut més vegades com a clons independents. Aquests clons codificaven per: una SAMDC (S-Adenosil Descarboxilasa), una eIF5 (Eukaryotic translation initiation), una hypothetical protein, una unknown protein, una gamma-adaptina i una MAP4K. Amb aquests 6 clons es van fer estudis in vitro i in vivo per tal de confirmar al seva interacció amb DK-MARK. Els estudis in vivo es van realitzar amb la soca de llevat AH109, una soca més astringent que la utilitzada en el crivellat, ja que presenta tres gens marcadors: Histidina, Adenina i Lacz. Els resultats obtinguts van mostrar que els clons codificants per SAMDC i eIF5 no van créixer en un medi selectiu per His i Ade i, per tant o es tracta de falsos positius del sistema o la seva interacció amb DK-MARK és dèbil. D'altra banda, la resta dels clons analitzats (proteïna hipotètica, una proteïna de funció desconeguda, la gamma-adaptina i una MAP4K) van créixer en medis en absència de Histidina i Adenina. Els assatjos de b-galactosidasa van ser tots positius a excepció de la proteïna hipotètica suggerint que potser aquesta interacció sigui més feble. D'altra banda també es van realitzar estudis in vitro amb la tècnica del pull-down. Els resultats obtinguts amb aquesta tècnica van recolzar els obtinguts en cèl.lules de llevat, ja que tots els clons analitzats a excepció dels codificants per SAMDC i eIF5 van donar un resultat d'interacció amb KD-MARK in vitro positiu. Davant aquests resultats ens vam centrar en l'estudi de la proteïna similar a MAP4K, doncs algunes proteïnes de la seva família s'han relacionat amb receptors de membrana. Els clons que es va obtenir del crivellat codificaven per una proteïna similar amb el domini C-terminal a les proteïnes BnMAP4Ka1 i a2 de Brassica napus. Aquestes proteïnes presenten una forta similitud de seqüència amb proteïnes de la família GCK/SPS1 que formen part d'un grup particular de MAPK relacionades amb la proteïna Ste20 (sterile 20 protein) de llevat. Ste20p activa la MAP3K de llevat Ste11 directament per fosforilació, transduint d'aquesta manera el senyal del receptor de feromones de creuament de les cèl.lules de llevat i es pot, doncs, considerar com una proteïna del tipus MAP4K (mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase). En els darrers anys, s'han identificat un gran nombre de proteïnes similars a Ste20: fins a una trentena en mamífers, en Drosophila, en Caenorhabditis elegans i en altres organismes. Segons la seva estructura aminoacídica, la família Ste20 s'ha classificat en dues subfamílies: les proteïnes STE20/PAK (p21-activated kinases) i la subfamília GCK/SPS1 (germinal center kinases). Les dues subfamílies estan formades per proteïnes que contenen un domini quinasa i un domini regulador, però, mentre que les proteïnes PAK presenten el domini quinasa en la part C-terminal, les GCKs el presenten en la regió N terminal. Les proteïnes GCK presenten una elevada diversitat estructural en el domini regulador permetent la seva classificació en 6 subfamílies. Mitjançant la tècnica del RACE es va obtenir el clon de cDNA complet que es va anomenar MIK (MARK Interacting Kinase). Amb la tècnica del Southern blot es va poder determinar que el gen MIK és un gen de còpia única en el genoma de blat de moro. Per tal d'analitzar la possible interacció entre DK-MARK i MIK, es va estudiar tant el patró d'expressió d'ambdós gens com el seu patró d'acumulació d'ambdues proteïnes durant l'embriogènesi del blat de moro. El patró d'expressió, analitzat per Northen blot va mostrar uns patrons coincidents al llarg de l'embriogènesi des del seu inici fins als 20 DAP amb una acumulació màxima de mRNA en embrions de 15 DAP. D'altra banda per tal d'estudiar el patró d'acumulació de la proteïna MIK així com per comparar-lo amb el de MARK, es van realitzar estudis de Westerns blot. Els resultats també van mostrar una coincidència en el temps de l'acumulació de les proteïnes MARK i MIK durant l'embriogènesi de blat de moro amb una major acumulació en embrions de 15 i 20 DAP. Es van dur a terme també estudis d'immunolocalitzacions sobre embrions de blat de moro de 15 DAP per tal d'estudiar en quins teixits s'acumulaven ambdues proteïnes. Les immunolocalitzacions van mostrar una major acumulació tant de MARK com de MIK en les zones meristemàtiques i en el teixit vascular sobretot del coleòptil on s'aprecia una forta co-localització de MARK i MIK. Totes aquestes dades són compatibles, doncs, amb una possible interacció de les proteïnes MARK i MIK, tot i que no la demostren. Per tal de demostrar la interacció es van realitzar experiments d'immunoprecipitació in vivo a partir d'extractes d'embrions. Malauradament, els resultats no són clars i en aquests moments en el laboratori s'estan posant a punt aquests experiments. També es van realitzar estudis comparatius de seqüència amb diferents proteïnes de la família GCK, mostrant una major similitud amb les proteïnes de la subfamília GCK-III. La subfamília GCK-III ha estat molt poc estudiada i en formen part un conjunt de proteïnes amb funcions molt diverses des de l'apoptosi, la citoquinesi o l'anòxia cel.lular. Per tant, la similitud de seqüència possiblement fa referència a una conservació en el mecanisme d'acció més que no pas a una conservació funcional. La possible interacció de MARK amb el domini C-terminal de MIK (el domini regulador) podria activar aquesta última iniciant una cascada de transducció del senyal en un model en el que una proteïna del tipus GCK-III faria de lligam directa entre un receptor de membrana i una cascada de senyalització intracel.lular. Aquest tipus de lligam entre un recepctor de membrana i mòduls intracel.lulars de senyalització s'ha descrit per a altres proteïnes GCK, si bé no directament sinó a través de proteïnes adaptadores. D'altra banda, la interacció directa de MARK, un receptor quinasa atípic que no té activitat catalítica, amb MIK suggereix un mecanisme on receptors atípics podrien interaccionar en la transducció del senyal activant la via de les MAPK.

El procés de gramaticalització en l'adquisició del llenguatge: la categoria formal de verb

Des de diverses perspectives, alguns autors han remarcat la importància del verb en l'adquisició del llenguatge (Bloom, 1991; Pinker, 1989; Tomasello, 1992). Donat que la seva estructura semàntica proporciona un marc conceptual per incloure-hi estructures lingüistiques més àmplies, esdevé un element clau en el pas a una fase de parla organitzada gramaticalment. Es per aquest motiu que l'adquisició de la categoria formal de verb és essencial per poder entendre com els nens arriben a ser gramaticalment competents. En aquest estudi pretenem explorar com s'adquireix la classe formal de verb tenint en compte les diferents propostes que intenten explicar el procés de gramaticalització i, en concret, l'adquisició de les categories de mot. En les dades sobre l'adquisició inicial dels verbs, es troba que a partir dels tres anys hi ha un ús consistent del elements verbals, però abans d'aquesta edat alguns autors han descrit un ús dels marcadors morfològics limitat a alguns verbs (Bloom, 90) i també que la utilització de l'estructura argumental inicial sembla anar lligada a verbs individuals (Tomasello, 92, Olguin i Tomasello, 93). Aquestes dades apunten que en un principi els verbs serien utilitzats de forma lexicalitzada, de manera que s'adquiririen individualment.

Estructura computacional i aplicacions de la semblança molecular quàntica

La tesis tracta diferents aspectes relacionats amb el càlcul de la semblança quàntica, així com la seva aplicació en la racionalització i predicció de l'activitat de fàrmacs. Es poden destacar dos progressos importants en el desenvolupament de noves metodologies que faciliten el càlcul de les mesures de semblança quàntica. En primer lloc, la descripció de les molècules mitjançant les funciones densitat aproximades PASA (Promolecular Atomic Shell Approximation) ha permès descriure amb suficient precisió la densitat electrònica dels sistemes moleculars analitzats, reduint substancialment el temps de càlcul de les mesures de semblança. En segon lloc, el desenvolupament de tècniques de superposició molecular específiques de les mesures de semblança quàntica ha permès resoldre el problema de l'alineament en l'espai dels compostos comparats. El perfeccionament d'aquests nous procediments i algoritmes matemàtics associats a les mesures de semblança molecular quàntica, ha estat essencial per poder progressar en diferents disciplines de la química computacional, sobretot les relacionades amb les anàlisis quantitatives entre les estructures moleculars i les seves activitats biològiques, conegudes amb les sigles angleses QSAR (Quantitative Structure-Activity Relationships). Precisament en l'àrea de les relacions estructura-activitat s'han presentat dues aproximacions fonamentades en la semblança molecular quàntica que s'originen a partir de dues representacions diferents de les molècules. La primera descripció considera la densitat electrònica global de les molècules i és important, entre altres, la disposició dels objectes comparats en l'espai i la seva conformació tridimensional. El resultat és una matriu de semblança amb les mesures de semblança de tots els parells de compostos que formen el conjunt estudiat. La segona descripció es fonamenta en la partició de la densitat global de les molècules en fragments. S'utilitzen mesures d'autosemblança per analitzar els requeriments bàsics d'una determinada activitat des del punt de vista de la semblança quàntica. El procés permet la detecció de les regions moleculars que són responsables d'una alta resposta biològica. Això permet obtenir un patró amb les regions actives que és d'evident interès per als propòsits del disseny de fàrmacs. En definitiva, s'ha comprovat que mitjançant la simulació i manipulació informàtica de les molècules en tres dimensions es pot obtenir una informació essencial en l'estudi de la interacció entre els fàrmacs i els seus receptors macromoleculars.

A study on the phylogeny and the ecology of ammonia-oxidizing bacteria using a new molecular marker based on the gene amoB

L'agricultura i la industrialització han causat un augment significatiu del nombre d'ambients rics en amoni. La presència de compostos nitrogenats redueix la qualitat de l'aigua, causant problemes de toxicitat, deteriorant el medi ambient i fins i tot afectant la salut humana. En conseqüència, la nitrificació s'ha convertit en un procés global que afecta al cicle del nitrogen a la biosfera. Els bacteris oxidadors d'amoni (AOB) són els responsables de l'oxidació de l'amoni a nitrit, i juguen un paper essencial en el cicle del nitrogen. Els primers oxidadors d'amoni foren aïllats a finals del segle XIX, però la lentitud del seu creixement i les dificultats per cultivar-los feren que fins als anys 80, amb els primers estudis emprant el gen 16SrDNA, no s'assolís un coneixement complert d'aquest grup bacterià. Actualment les bases de dades contenen multitud d'entrades amb seqüències corresponents a AOB. L'objectiu d'aquest treball era trobar, desenvolupar i avaluar eines útils i fiables per a l'estudi dels AOB en mostres ambientals. En aquest treball primer descrivim la utilització de la hibridació in situ amb fluorescència (FISH), mitjançant l'aplicació de sondes amb diana en el 16SrRNA dels AOB. La FISH ens va permetre detectar i recomptar aquest grup bacterià; no obstant, aquest mètode no permetia la detecció de noves seqüències, pel que es necessitava una nova eina. Amb aquesta intenció vam aplicar la seqüència de la sonda Nso1225 en una PCR. El fet d'amplificar específicament un fragment del 16SrDNA dels AOB va suposar el desenvolupament d'una nova eina molecular que permetia detectar la presència i diversitat d'aquests bacteris en ambients naturals. Malgrat tot, algunes seqüències pertanyents a bacteris no oxidadors d'amoni del subgrup β dels proteobacteris, eren també obtingudes amb aquesta tècnica. Així mateix, un dels inconvenients de l'ús del 16SrDNA com a marcador és la impossibilitat de detectar simultàniament els AOB que pertanyen als subgrups β i γ dels proteobacteris. El gen amoA, que codifica per la subunitat A de l'enzim amoni monooxigenasa (AMO), era aleshores àmpliament utilitzat com a marcador per a la detecció dels AOB. En aquest treball també descrivim la utilització d'aquest marcador en mostres procedents d'un reactor SBR. Aquest marcador ens va permetre identificar seqüències de AOB en la mostra, però la necessitat de detectar amoA mitjançant clonatge fa que l'ús d'aquest marcador requereixi massa temps per a la seva utilització com a eina en estudis d'ecologia microbiana amb moltes mostres. Per altra banda, alguns autors han assenyalat l'obtenció de seqüències de no AOB en utilitzar amoA en un protocol de PCR-DGGE. Amb la finalitat d'obtenir una eina ràpida i rigorosa per detectar i identificar els AOB, vam desenvolupar un joc nou d'oligonucleòtids amb diana en el gen amoB, que codifica per a la subunitat transmembrana de l'enzim AMO. Aquest gen ha demostrat ser un bon marcador molecular pels AOB, oferint, sense tenir en compte afiliacions filogenètiques, una elevada especificitat, sensibilitat i fiabilitat. En aquest treball també presentem una anàlisi de RT-PCR basada en la detecció del gen amoB per a la quantificació del gènere Nitrosococcus. El nou joc d'oligonucleòtids dissenyat permet una enumeració altament específica i sensible de tots els γ-Nitrosococcus coneguts. Finalment, vam realitzar un estudi poligènic, comparant i avaluant els marcadors amoA, amoB i 16SrDNA, i vàrem construir un arbre filogenètic combinat. Com a resultat concloem que amoB és un marcador adequat per a la detecció i identificació dels AOB en mostres ambientals, proporcionant alhora agrupacions consistents en fer inferències filogenètiques. Per altra banda, la seqüència sencera del gen 16S rDNA és indicada com a marcador en estudis amb finalitats taxonòmiques i filogenètiques en treballar amb cultius purs de AOB.

Desenvolupament, implementació i aplicació de noves metodologies per a l'estudi de la reactivitat química i de les propietats òptiques no lineals

El coneixement de la superfície d'energia potencial (PES) ha estat essencial en el món de la química teòrica per tal de discutir tant la reactivitat química com l'estructura i l'espectroscòpia molecular. En el camp de la reactivitat química es hem proposat continuar amb el desenvolupament de nova metodologia dins el marc de la teoria del funcional de la densitat conceptual. En particular aquesta tesis es centrarà en els següents punts: a) El nombre i la naturalesa dels seus punts estacionaris del PES poden sofrir canvis radicals modificant el nivell de càlcul utilitzats, de tal manera que per estar segurs de la seva naturalesa cal anar a nivells de càlcul molt elevats. La duresa és una mesura de la resistència d'un sistema químic a canviar la seva configuració electrònica, i segons el principi de màxima duresa on hi hagi un mínim o un màxim d'energia trobarem un màxim o un mínim de duresa, respectivament. A l'escollir tot un conjunt de reaccions problemàtiques des del punt de vista de presència de punts estacionaris erronis, hem observat que els perfils de duresa són més independents de la base i del mètode utilitzats, a més a més sempre presenten el perfil correcte. b) Hem desenvolupat noves expressions basades en les integracions dels kernels de duresa per tal de determinar la duresa global d'una molècula de manera més precisa que la utilitzada habitualment que està basada en el càlcul numèric de la derivada segona de l'energia respecte al número d'electrons. c) Hem estudiat la validesa del principis de màxima duresa i de mínima polaritzabiliat en les vibracions asimètriques en sistemes aromàtics. Hem trobat que per aquests sistemes alguns modes vibracionals incompleixen aquests principis i hem analitzat la relació d'aquest l'incompliment amb l'efecte de l'acoblament pseudo-Jahn-Teller. A més a més, hem postulat tot un conjunt de regles molt senzilles que ens permetien deduir si una molècula compliria o no aquests principis sense la realització de cap càlcul previ. Tota aquesta informació ha estat essencial per poder determinar exactament quines són les causes del compliment o l'incompliment del MHP i MPP. d) Finalment, hem realitzat una expansió de l'energia funcional en termes del nombre d'electrons i de les coordenades normals dintre del conjunt canònic. En la comparació d'aquesta expansió amb l'expansió de l'energia del nombre d'electrons i del potencial extern hem pogut recuperar d'una altra forma diferent tot un conjunt de relacions ja conegudes entre alguns coneguts descriptors de reactivitat del funcional de la densitat i en poden establir tot un conjunt de noves relacions i de nous descriptors. Dins del marc de les propietats moleculars es proposa generalitzar i millorar la metodologia pel càlcul de la contribució vibracional (Pvib) a les propietats òptiques no lineals (NLO). Tot i que la Pvib no s'ha tingut en compte en la majoria dels estudis teòrics publicats de les propietats NLO, recentment s'ha comprovat que la Pvib de diversos polímers orgànics amb altes propietats òptiques no lineals és fins i tot més gran que la contribució electrònica. Per tant, tenir en compte la Pvib és essencial en el disseny dels nous materials òptics no lineals utilitzats en el camp de la informàtica, les telecomunicacions i la tecnologia làser. Les principals línies d'aquesta tesis sobre aquest tema són: a) Hem calculat per primera vegada els termes d'alt ordre de Pvib de diversos polímers orgànics amb l'objectiu d'avaluar la seva importància i la convergència de les sèries de Taylor que defineixen aquestes contribucions vibracionals. b) Hem avaluat les contribucions electròniques i vibracionals per una sèrie de molècules orgàniques representatives utilitzant diferents metodologies, per tal de poder de determinar quina és la manera més senzilla per poder calcular les propietats NLO amb una precisió semiquantitativa.