L’impact de la commercialisation de la recherche académique sur les responsabilités du chercheur biomédical

Nous assistons depuis quelques années à une commercialisation de la recherche académique. Celle-ci est principalement due à une déficience marquée du financement public. Par conséquent,  les universités se tournent vers d’autres sources de financement, tels les brevets et l’industrie privée. En parallèle, les gouvernements et les organismes subventionnaires favorisent cette commercialisation par la promotion de programmes de partenariats université-industrie et par la mise en place de stratégies pour l’innovation et le transfert des technologies. Prenant comme modèle le chercheur académique dans le domaine de la santé, nous avons évalué l’impact de cette commercialisation sur les responsabilités du chercheur envers la science et la société. Ce nouveau mode de fonctionnement comporte certes des avantages. Par exemple, il résulte en une injection de fonds nouveaux pour la recherche, un développement des infrastructures universitaires et  un transfert de technologies plus efficace, permettant ainsi à la population de bénéficier plus rapidement des bienfaits de la recherche. Cependant, notre réflexion révèle que cette commercialisation comporte aussi des impacts négatifs sur la recherche académique. En effet, on observe l’apparition de conflits d’intérêts pour le chercheur. En plus de constituer une menace pour la sécurité de la population, ces situations causent l’effritement du lien de confiance entre la société et les chercheurs académiques, lien qui est essentiel pour assurer la progression du savoir humain. La commercialisation porte aussi atteinte à la liberté académique, effet que l’on peut observer tant au plan de l’orientation des recherches qu’à celui de la diffusion de ses résultats. Or, la liberté académique est une valeur fondamentale qui a été défendue depuis le Moyen Âge comme étant essentielle pour la progression du savoir humain. Le potentiel commercial devient un facteur dans l’évaluation des projets de recherche académique alors que, traditionnellement, l’avancement des connaissances la guidait essentiellement. Ainsi, la recherche appliquée devient favorisée au détriment de la recherche fondamentale. Ce virage commercial peut bénéficier à la société à court terme mais, à long terme, l’évolution de la société est menacée. La recherche appliquée et la recherche fondamentale sont toutes deux essentielles à l’avancement de la société, apportant chacune leur lot de bénéfices pour cette dernière. La commercialisation de la recherche académique ne doit donc pas résulter en une diminution progressive de la recherche fondamentale au profit de la recherche appliquée.  Bien que les chercheurs académiques soient conscients de l’importance de préserver la recherche fondamentale, cette protection ne peut s’opérer sans le support actif des organismes subventionnaires, des gouvernements et de la société en général.

Solution Methods for Service Network Design with Resource Management Consideration

La gestion des ressources, équipements, équipes de travail, et autres, devrait être prise en compte lors de la conception de tout plan réalisable pour le problème de conception de réseaux de services. Cependant, les travaux de recherche portant sur la gestion des ressources et la conception de réseaux de services restent limités. La présente thèse a pour objectif de combler cette lacune en faisant l’examen de problèmes de conception de réseaux de services prenant en compte la gestion des ressources. Pour ce faire, cette thèse se décline en trois études portant sur la conception de réseaux. La première étude considère le problème de capacitated multi-commodity fixed cost network design with design-balance constraints(DBCMND). La structure multi-produits avec capacité sur les arcs du DBCMND, de même que ses contraintes design-balance, font qu’il apparaît comme sous-problème dans de nombreux problèmes reliés à la conception de réseaux de services, d’où l’intérêt d’étudier le DBCMND dans le contexte de cette thèse. Nous proposons une nouvelle approche pour résoudre ce problème combinant la recherche tabou, la recomposition de chemin, et une procédure d’intensification de la recherche dans une région particulière de l’espace de solutions. Dans un premier temps la recherche tabou identifie de bonnes solutions réalisables. Ensuite la recomposition de chemin est utilisée pour augmenter le nombre de solutions réalisables. Les solutions trouvées par ces deux méta-heuristiques permettent d’identifier un sous-ensemble d’arcs qui ont de bonnes chances d’avoir un statut ouvert ou fermé dans une solution optimale. Le statut de ces arcs est alors fixé selon la valeur qui prédomine dans les solutions trouvées préalablement. Enfin, nous utilisons la puissance d’un solveur de programmation mixte en nombres entiers pour intensifier la recherche sur le problème restreint par le statut fixé ouvert/fermé de certains arcs. Les tests montrent que cette approche est capable de trouver de bonnes solutions aux problèmes de grandes tailles dans des temps raisonnables. Cette recherche est publiée dans la revue scientifique Journal of heuristics. La deuxième étude introduit la gestion des ressources au niveau de la conception de réseaux de services en prenant en compte explicitement le nombre fini de véhicules utilisés à chaque terminal pour le transport de produits. Une approche de solution faisant appel au slope-scaling, la génération de colonnes et des heuristiques basées sur une formulation en cycles est ainsi proposée. La génération de colonnes résout une relaxation linéaire du problème de conception de réseaux, générant des colonnes qui sont ensuite utilisées par le slope-scaling. Le slope-scaling résout une approximation linéaire du problème de conception de réseaux, d’où l’utilisation d’une heuristique pour convertir les solutions obtenues par le slope-scaling en solutions réalisables pour le problème original. L’algorithme se termine avec une procédure de perturbation qui améliore les solutions réalisables. Les tests montrent que l’algorithme proposé est capable de trouver de bonnes solutions au problème de conception de réseaux de services avec un nombre fixe des ressources à chaque terminal. Les résultats de cette recherche seront publiés dans la revue scientifique Transportation Science. La troisième étude élargie nos considérations sur la gestion des ressources en prenant en compte l’achat ou la location de nouvelles ressources de même que le repositionnement de ressources existantes. Nous faisons les hypothèses suivantes: une unité de ressource est nécessaire pour faire fonctionner un service, chaque ressource doit retourner à son terminal d’origine, il existe un nombre fixe de ressources à chaque terminal, et la longueur du circuit des ressources est limitée. Nous considérons les alternatives suivantes dans la gestion des ressources: 1) repositionnement de ressources entre les terminaux pour tenir compte des changements de la demande, 2) achat et/ou location de nouvelles ressources et leur distribution à différents terminaux, 3) externalisation de certains services. Nous présentons une formulation intégrée combinant les décisions reliées à la gestion des ressources avec les décisions reliées à la conception des réseaux de services. Nous présentons également une méthode de résolution matheuristique combinant le slope-scaling et la génération de colonnes. Nous discutons des performances de cette méthode de résolution, et nous faisons une analyse de l’impact de différentes décisions de gestion des ressources dans le contexte de la conception de réseaux de services. Cette étude sera présentée au XII International Symposium On Locational Decision, en conjonction avec XXI Meeting of EURO Working Group on Locational Analysis, Naples/Capri (Italy), 2014. En résumé, trois études différentes sont considérées dans la présente thèse. La première porte sur une nouvelle méthode de solution pour le "capacitated multi-commodity fixed cost network design with design-balance constraints". Nous y proposons une matheuristique comprenant la recherche tabou, la recomposition de chemin, et l’optimisation exacte. Dans la deuxième étude, nous présentons un nouveau modèle de conception de réseaux de services prenant en compte un nombre fini de ressources à chaque terminal. Nous y proposons une matheuristique avancée basée sur la formulation en cycles comprenant le slope-scaling, la génération de colonnes, des heuristiques et l’optimisation exacte. Enfin, nous étudions l’allocation des ressources dans la conception de réseaux de services en introduisant des formulations qui modèlent le repositionnement, l’acquisition et la location de ressources, et l’externalisation de certains services. À cet égard, un cadre de solution slope-scaling développé à partir d’une formulation en cycles est proposé. Ce dernier comporte la génération de colonnes et une heuristique. Les méthodes proposées dans ces trois études ont montré leur capacité à trouver de bonnes solutions.

Patterns and quality of object-oriented software systems

Lors de ces dix dernières années, le coût de la maintenance des systèmes orientés objets s'est accru jusqu' à compter pour plus de 70% du coût total des systèmes. Cette situation est due à plusieurs facteurs, parmi lesquels les plus importants sont: l'imprécision des spécifications des utilisateurs, l'environnement d'exécution changeant rapidement et la mauvaise qualité interne des systèmes. Parmi tous ces facteurs, le seul sur lequel nous ayons un réel contrôle est la qualité interne des systèmes. De nombreux modèles de qualité ont été proposés dans la littérature pour contribuer à contrôler la qualité. Cependant, la plupart de ces modèles utilisent des métriques de classes (nombre de méthodes d'une classe par exemple) ou des métriques de relations entre classes (couplage entre deux classes par exemple) pour mesurer les attributs internes des systèmes. Pourtant, la qualité des systèmes par objets ne dépend pas uniquement de la structure de leurs classes et que mesurent les métriques, mais aussi de la façon dont celles-ci sont organisées, c'est-à-dire de leur conception, qui se manifeste généralement à travers les patrons de conception et les anti-patrons. Dans cette thèse nous proposons la méthode DEQUALITE, qui permet de construire systématiquement des modèles de qualité prenant en compte non seulement les attributs internes des systèmes (grâce aux métriques), mais aussi leur conception (grâce aux patrons de conception et anti-patrons). Cette méthode utilise une approche par apprentissage basée sur les réseaux bayésiens et s'appuie sur les résultats d'une série d'expériences portant sur l'évaluation de l'impact des patrons de conception et des anti-patrons sur la qualité des systèmes. Ces expériences réalisées sur 9 grands systèmes libres orientés objet nous permettent de formuler les conclusions suivantes: • Contre l'intuition, les patrons de conception n'améliorent pas toujours la qualité des systèmes; les implantations très couplées de patrons de conception par exemple affectent la structure des classes et ont un impact négatif sur leur propension aux changements et aux fautes. • Les classes participantes dans des anti-atrons sont beaucoup plus susceptibles de changer et d'être impliquées dans des corrections de fautes que les autres classes d'un système. • Un pourcentage non négligeable de classes sont impliquées simultanément dans des patrons de conception et dans des anti-patrons. Les patrons de conception ont un effet positif en ce sens qu'ils atténuent les anti-patrons. Nous appliquons et validons notre méthode sur trois systèmes libres orientés objet afin de démontrer l'apport de la conception des systèmes dans l'évaluation de la qualité.

Investigating active transportation to and from school : identification of predictors and health benefits

Funding support for this doctoral thesis has been provided by the Canadian Institutes of Health Research-Public Health Agency of Canada, QICSS matching grant, and la Faculté des études supérieures et postdoctorales-Université de Montréal.

The institutional choices of politicians : how and why legislators shape Lower Chambers

Cette thèse s’intéresse aux choix institutionnels des législateurs. Elle propose une analyse diachronique et comparative du développement des Chambre Nationale des Députés argentines et chiliennes des années 1940 aux années 2000. Inspiré de la théorie du Cartel (Cox et McCubbins, 1993), ce travail se concentre sur le rôle des partis politiques dans ce développement institutionnel. Il montre qu’en dépit de leurs différences, les partis uniques, coalitions, forces majoritaires ou minoritaires qui ont dirigé ces chambres ont adopté un large éventail de règles et de normes organisationnelles qui les avantagent. Ils se sont, en un mot, comportés comme des coalitions procédurales. L’analyse des modifications des règles de fonctionnement de ces chambres et de leurs systèmes de direction et de commissions montre que les partis et coalitions au pouvoir ont, pendant cette période, renforcé leur pouvoir, contrôlé l’agenda législatif, structuré les systèmes de commission et adopté des règles qui leur ont profité. Les résultats obtenus suggèrent en particulier que les coalitions qui ont dirigé la chambre Chilienne ont installé certains de leurs membres à plusieurs postes comme les présidences d’assemblée et de commissions. Ils montrent l’existence d’un pouvoir de véto sur l’agenda législative plus importante au Chili qu’en Argentine. L’étude du cas argentin montre que les partis au pouvoir ont, en particulier depuis les années 1960, conservé le contrôle de la chambre, non seulement en modifiant les règles et les structures du système de commissions, mais également en créant et distribuant à l’opposition des postes permanents mais sans réel pouvoir. Cette analyse confirme également les résultats obtenus par de récentes études concernant ce champ de recherche, notamment le professionnalisme du système de commission chilien et le caractère amateur des législateurs argentins. A l’inverse, elle met à jour des différences, négligées jusqu’alors, entre l’Argentine et le Chili concernant le contrôle de l’agenda législatif. Cette thèse est divisée en sept chapitres. Le premier introduit le sujet, l’hypothèse générale et les questions posées par la thèse, en expliquant également pourquoi les choix institutionnels des législateurs importent. Le chapitre II présente la théorie et la méthodologie. Il propose une définition du développement institutionnel et explicite les prédictions et critères permettant de tester l’hypothèse générale. Les chapitre III et IV, qui concernent respectivement l’Argentine et le Chili, décrivent le système politique de chaque pays et l’organisation des chambres durant la période étudiée. Les chapitre IV et VI, respectivement pour l’Argentine et le Chili, analysent les réformes des règles régissant les chambres, l’évolution de l’autorité qui les dirige et celle du système de commission. Ces chapitres se concluent par un résumé des différents schémas mis en évidence et une évaluation préliminaire de l’hypothèse générale. En conclusion, le chapitre VII résume les découvertes, donne un verdict global sur la fécondité de la théorie et suggère de nouvelles pistes de recherche.

Essais sur des questions internationales en économie des ressources naturelles

Cette thèse s'articule autour de trois essais portant sur des questions internationales en économie des ressources naturelles. Le premier essai examine la production et l'échange des ressources non-renouvelables dans un modèle spatial et souligne le rôle de la superficie des pays et du coût des transports dans la détermination du sens de l'échange. Le deuxième essai considère le tarif d'extraction de la rente de rareté liée aux ressources naturelles non-renouvelables avec le modèle spatial développé dans premier essai. Le cadre spatial (plus général) permet de représenter des pays qui sont à la fois importateurs et producteurs de la ressource, ce qui n'est pas possible dans les modèles traditionnels de commerce international où les pays sont traités comme des points (sans dimension). Le troisième essai aborde la question des droits de propriétés sur les zones maritimes et examine l'allocation d'une population de pêcheurs entre les activités productives et non-productives dans une communauté côtière. Le premier chapitre propose un modèle spatial de commerce international des ressources non-renouvelables. Le cadre spatial considère explicitement la différence de taille géographique (superficie) entre les pays et permet ainsi de tenir compte du fait que les gisements naturels et leurs utilisateurs soient dispersés dans l'espace, même à l'intérieur d'un pays. En utilisant un modèle spatial à la Hotelling, nous examinons l'évolution dans le temps du sens de l'échange entre deux pays (ou régions) qui diffèrent du point de vue de leur technologie de production, de leur superficie et de leur dotation en gisement d'une ressource naturelle non-renouvelable. Le chapitre met en évidence le rôle de la taille géographique dans la détermination du sens de l'échange, à côté des explications traditionnelles que sont l'avantage comparatif et les dotations des facteurs. Notre analyse est fondamentalement différente des autres contributions dans la littérature sur le commerce international des ressources naturelles parce qu'elle souligne l'importance de la taille géographique et du coût de transport par rapport à d'autres facteurs dans la détermination des flux de ressource à l'équilibre. Le coût unitaire de transport joue un rôle capital pour déterminer si la différence de superficie entre les pays influence le sens de l'échange à l'équilibre plus que les autres facteurs. Le chapitre discute aussi du caractère régional des échanges qui a été observé pour certaines ressources telles que le minerai de fer et la bauxite. Le chapitre deux aborde la question de la répartition de la rente de rareté liée aux ressources naturelles non-renouvelables entre les pays producteurs et les pays consommateurs. Cette question a été abordée dans la littérature sous une hypothèse quelque peu restrictive. En effet, dans la plupart des travaux portant sur ce sujet le pays importateur est automatiquement considéré comme dépourvu de gisement et donc non producteur de la ressource. Pourtant la réalité est qu'il existe des ressources pour lesquelles un pays est à la fois producteur et importateur. Le cadre d'analyse de ce second essai est le modèle spatial développé dans le premier essai, qui permet justement qu'un pays puisse être à la fois importateur et producteur de la ressource. Le pays importateur détermine alors simultanément le tarif optimal et le taux d'extraction de son propre stock. Nous montrons que le tarif optimal croît au taux d'intérêt et de ce fait, ne crée aucune distorsion sur le sentier d'extraction de la ressource. Le tarif optimal permet de récupérer toute la rente lorsque le pays exportateur ne consomme pas la ressource. Néanmoins, la possibilité pour le pays exportateur de consommer une partie de son stock limite la capacité du pays importateur à récupérer la rente chez le pays exportateur. La présence de gisements de la ressource dans le pays importateur réduit la rente du pays exportateur et de ce fait renforce la capacité du pays importateur à récupérer la rente chez le pays exportateur. Le tarif initial est une fonction décroissante du stock de ressource dans le pays importateur. Cet essai aborde également la question de la cohérence dynamique du tarif obtenu avec la stratégie en boucle ouverte. Le troisième chapitre examine un problème d'allocation de l'effort entre les activités productives (par exemple la pêche) et les activités non productives (par exemple la piraterie maritime) dans une population de pêcheurs. La répartition de la population entre les activités de pêche et la piraterie est déterminée de façon endogène comme une conséquence du choix d'occupation. Nous établissons l'existence d'une multiplicité d'équilibres et mettons en évidence la possibilité d'une trappe de piraterie, c'est-à-dire un équilibre stable où une partie de la population est engagée dans les actes de piraterie. Le modèle permet d'expliquer l'augmentation significative des attaques de piraterie dans le Golfe d'Aden au cours des dernières années. Le chapitre discute aussi des différents mécanismes pour combattre la piraterie et souligne le rôle crucial des droits de propriété.