Amélioration de l'exactitude de l'inférence phylogénomique

L’explosion du nombre de séquences permet à la phylogénomique, c’est-à-dire l’étude des liens de parenté entre espèces à partir de grands alignements multi-gènes, de prendre son essor. C’est incontestablement un moyen de pallier aux erreurs stochastiques des phylogénies simple gène, mais de nombreux problèmes demeurent malgré les progrès réalisés dans la modélisation du processus évolutif. Dans cette thèse, nous nous attachons à caractériser certains aspects du mauvais ajustement du modèle aux données, et à étudier leur impact sur l’exactitude de l’inférence. Contrairement à l’hétérotachie, la variation au cours du temps du processus de substitution en acides aminés a reçu peu d’attention jusqu’alors. Non seulement nous montrons que cette hétérogénéité est largement répandue chez les animaux, mais aussi que son existence peut nuire à la qualité de l’inférence phylogénomique. Ainsi en l’absence d’un modèle adéquat, la suppression des colonnes hétérogènes, mal gérées par le modèle, peut faire disparaître un artéfact de reconstruction. Dans un cadre phylogénomique, les techniques de séquençage utilisées impliquent souvent que tous les gènes ne sont pas présents pour toutes les espèces. La controverse sur l’impact de la quantité de cellules vides a récemment été réactualisée, mais la majorité des études sur les données manquantes sont faites sur de petits jeux de séquences simulées. Nous nous sommes donc intéressés à quantifier cet impact dans le cas d’un large alignement de données réelles. Pour un taux raisonnable de données manquantes, il appert que l’incomplétude de l’alignement affecte moins l’exactitude de l’inférence que le choix du modèle. Au contraire, l’ajout d’une séquence incomplète mais qui casse une longue branche peut restaurer, au moins partiellement, une phylogénie erronée. Comme les violations de modèle constituent toujours la limitation majeure dans l’exactitude de l’inférence phylogénétique, l’amélioration de l’échantillonnage des espèces et des gènes reste une alternative utile en l’absence d’un modèle adéquat. Nous avons donc développé un logiciel de sélection de séquences qui construit des jeux de données reproductibles, en se basant sur la quantité de données présentes, la vitesse d’évolution et les biais de composition. Lors de cette étude nous avons montré que l’expertise humaine apporte pour l’instant encore un savoir incontournable. Les différentes analyses réalisées pour cette thèse concluent à l’importance primordiale du modèle évolutif.

L’influence de la violation des conditions d’emploi constitutives du contrat psychologique et des conditions d’exercice de la profession, sur l’intention de quitter : le cas des professionnels de la gestion des ressources humaines

Au cours de la dernière décennie, les changements observés sur le marché amènent les organisations à améliorer leurs conditions de travail afin d’être en mesure d’attirer et de retenir des travailleurs performants. Les PRH n’y font pas exception. En effet, les PRH présentent des attentes bien précises et développent un contrat psychologique qui leur est propre. Cette recherche porte sur l’intention de quitter des PRH. Plus précisément, elle vise à identifier à travers la théorie du contrat psychologique, les conditions d’emploi et d’exercice de la profession qui, lorsqu’elles ne sont pas respectées, influencent positivement l’intention de quitter des PRH. Il ressort de nos analyses statistiques que la violation du contrat psychologique, notamment des conditions d’emploi et des conditions d’exercice de la profession, influence positivement l’intention de quitter des PRH. Nos analyses nous ont permis d’identifier les différentes conditions d’emploi et d’exercice de la profession qui ont une influence sur l’intention de quitter des PRH. En ce qui concerne les conditions d’emploi, il s’agit de celles reliées au développement de carrière, à l’atmosphère au travail et au contenu de l’emploi. Du côté des conditions d’exercice de la profession, il s’agit du rôle d’agent de changement et de partenaires d’affaires qui ont une influence positive, tandis que le rôle d’expert fonctionnel influence négativement les intentions de quitter des PRH. Nos analyses mettent en évidence l’importance du respect des conditions d’emploi comparativement à celles associées aux conditions d’exercice de la profession. En effet, on constate que les trois conditions d’emploi qui ont une influence positive sur les intentions de quitter des PRH peuvent, sans contredit, être associées au développement professionnel, une valeur importante chez les PRH.

Sécurité nationale vs. immigration: une violation du principe de non-discrimination

"L'intersection entre la sécurité de l'État et corollairement celle de ses ressortissants d’un côté, et la protection des droits des personnes qui se trouvent sur son territoire de l’autre, génère une situation antagonique : les prérogatives régaliennes et wébériennes d'utilisation de la force au nom de la sécurité nationale entrent en collision avec le respect des dispositions juridiques, telles que prescrites dans de nombreux instruments du droit international. Terre d’immigration, les États-Unis sont le reflet de ce paradoxe qui existe entre une vision qui place l’individu et ses libertés au centre de ses préoccupations, versus une conceptualisation étato-centrique de la sécurité. Mais le renvoi de l’immigration dans le registre sécuritaire ne relève pas forcément d’une réalité objective. L’analyse critique des manifestations d’(in)sécurité considère en effet ce concept comme n’étant plus exclusivement stato-centrée, élargissement conceptuel auquel s'associe une autre mutation conceptuelle : la securitization, qui postule que la menace n'est pas uniquement objective mais également subjective. Considérant cette ""évolution"" théorique, l’auteur analyse dans cet article l’immigration aux États-Unis au travers d’un processus de périodisation ­des mythes fondateurs aux mesures prises dans la foulée du 11 septembre 2001- pour démontrer que la gestion des flux migratoires en direction des États-Unis a toujours été considérée comme une question de sécurité nationale. Retenant à titre illustratif trois groupes de personnes, les Périls Jaune, puis Rouge et aujourd’hui Vert, vont permettre d’illustrer que les mesures restrictives règlementant l’immigration ­prisent au nom de la sacro-sainte sécurité nationale- constituent de facto, si ce n’est de jure, des atteintes au principe de non-discrimination. Mais tout en soulignant la pérennité du lien qui est effectué entre immigration et sécurité nationale, l’instrumentalisation de ce lien contribue à un renforcement des pratiques régulatrices et à la criminalisation accrue des mouvements transfrontaliers, qui risquent bien d’être contreproductifs par rapport à l’objectif de sécurité recherché !"

Robustesse du modèle de Rasch unidimensionnel à la violation de l’hypothèse d’unidimensionnalité.

Le logiciel de simulation des données et d'analyse est Conquest V.3

Prédiction de la violation d’un seuil de 400 000 cellules/mL au réservoir de lait à l’aide du portrait et de la dynamique de santé du pis des troupeaux laitiers québécois

Avec la mise en place de la nouvelle limite maximale de 400 000 cellules somatiques par millilitres de lait (c/mL) au réservoir, le mois d’août 2012 a marqué une étape importante en termes de qualité du lait pour les producteurs de bovins laitiers du Canada. L’objectif de cette étude consistait en l’établissement d’un modèle de prédiction de la violation de cette limite au réservoir à l’aide des données individuelles et mensuelles de comptages en cellules somatiques (CCS) obtenues au contrôle laitier des mois précédents. Une banque de donnée DSA comprenant 924 troupeaux de laitiers québécois, en 2008, a été utilisée pour construire un modèle de régression logistique, adapté pour les mesures répétées, de la probabilité d’excéder 400 000 c/mL au réservoir. Le modèle final comprend 6 variables : le pointage linéaire moyen au test précédent, la proportion de CCS > 500 000 c/mL au test précédent, la production annuelle moyenne de lait par vache par jour, le nombre de jours en lait moyen (JEL) au test précédent ainsi que les proportions de vaches saines et de vaches infectées de manière chronique au test précédant. Le modèle montre une excellente discrimination entre les troupeaux qui excèdent ou n’excèdent pas la limite lors d’un test et pourrait être aisément utilisé comme outil supplémentaire de gestion de la santé mammaire à la ferme.

La compétence internationale des tribunaux dans les poursuites civiles contre les sociétés transnationales pour violation des droits humains : une critique de la jurisprudence québécoise

Aucune instance spécifique n’existe sur le plan international pour les litiges civils impliquant la violation par les sociétés transnationales (ci après, STN) des normes de droits humains. Les tribunaux nationaux représentent l’instance compétente afin d’entendre ces causes de droit international privé. Cependant, les tribunaux originaires des STN manifestent leur réticence à exercer leur compétence, alors que les États où sont commises les violations souffrent parfois d’un important déficit de gouvernance. Les victimes se retrouvent ainsi fréquemment sans forum adéquat où adresser leur requête pour les dommages subis. L’objectif du mémoire est de rechercher puis d’élaborer différents arguments afin de faire évoluer l’interprétation de la compétence des tribunaux québécois actuellement préconisée dans le cadre de deux jurisprudences phares en matière d’activité des STN à l’étranger, soit Association canadienne contre l’impunité (ACCI) c. Anvil Mining Ltd., et Recherches Internationales Québec c. Cambior Inc. Le premier chapitre porte sur les règles fondant la compétence des autorités québécoises et les principes les sous-tendant. Notre deuxième chapitre se consacrera à la recherche d’arguments au sein de la jurisprudence étrangère. Notre troisième chapitre présentera les arguments de nature politique, sociale, éthique et théorique rencontrés dans le domaine du droit global. Nous verrons alors plusieurs propositions théoriques afin de mieux appréhender les problèmes liés au vide juridictionnel dont souffrent les victimes demanderesses. Cet éclairage théorique contribuera à justifier l’apport du droit international privé dans le contrôle du respect par les STN des normes de droits humains.