Detection and quantification of staphylococcus aureus enterotoxin B in food product using isotopic dilution techniques and mass spectrometry

L’entérotoxine B staphylococcique (SEB) est une toxine entérique hautement résistante à la chaleur et est responsable de plus de 50 % des cas d’intoxication d’origine alimentaire par une entérotoxine. L’objectif principal de ce projet de maîtrise est de développer et valider une méthode basée sur des nouvelles stratégies analytiques permettant la détection et la quantification de SEB dans les matrices alimentaires. Une carte de peptides tryptiques a été produite et 3 peptides tryptiques spécifiques ont été sélectionnés pour servir de peptides témoins à partir des 9 fragments protéolytiques identifiés (couverture de 35 % de la séquence). L’anhydride acétique et la forme deutérée furent utilisés afin de synthétiser des peptides standards marqués avec un isotope léger et lourd. La combinaison de mélanges des deux isotopes à des concentrations molaires différentes fut utilisée afin d’établir la linéarité et les résultats ont démontré que les mesures faites par dilution isotopique combinée au CL-SM/SM respectaient les critères généralement reconnus d’épreuves biologiques avec des valeurs de pente près de 1, des valeurs de R2 supérieure à 0,98 et des coefficients de variation (CV%) inférieurs à 8 %. La précision et l’exactitude de la méthode ont été évaluées à l’aide d’échantillons d’homogénat de viande de poulet dans lesquels SEB a été introduite. SEB a été enrichie à 0,2, 1 et 2 pmol/g. Les résultats analytiques révèlent que la méthode procure une plage d’exactitude de 84,9 à 91,1 %. Dans l’ensemble, les résultats présentés dans ce mémoire démontrent que les méthodes protéomiques peuvent être utilisées efficacement pour détecter et quantifier SEB dans les matrices alimentaires. Mots clés : spectrométrie de masse; marquage isotopique; protéomique quantitative; entérotoxines

La réforme de l'université au Maroc vue par les acteurs universitaires : une étude de cas de l'Université Maohammed V, Rabat-Salé

Cette étude est consacrée à l’université publique marocaine. Elle se situe dans le champ de l’enseignement supérieur public. Les chercheurs du secteur universitaire au Maroc qualifient la gestion de l’enseignement supérieur de centralisée, bureaucratisée, rigide et incapable de trouver des réponses efficaces à la société. L’université publique marocaine vit une crise : elle a fait l’objet de nombreux critiques sur la nature des services universitaires. Sur le plan académique, elle est inappropriée pour faire face à la demande sociale en matière de l’enseignement universitaire. Sur le plan interne, elle est inadaptée à cause de dysfonctionnement pédagogie, organisationnel et administratif. L’université publique n’a pas été apte à s’adapter au secteur privé en créant des débouchés viables pour ses diplômés. Devant la gravité de la situation de l’enseignement supérieur public marocain, une Commission Royale Spéciale a été créée, dont le mandat était de trouver une meilleure façon de rationaliser le système universitaire. C’est ainsi qu’en 1999, la Commission a établi une Charte nationale de l’éducation et de la formation. Les premiers éléments de la nouvelle réforme ont été mis en application dès la rentrée universitaire 2003-2004. Cette nouvelle réforme est perçue comme un moyen d’améliorer le fonctionnement des établissements universitaires publics. Son objectif principal est de réformer d’une manière globale le système universitaire public. Dans les recherches qui se sont intéressées à la réforme de l’université publique marocaine, nous avons constaté qu’il y a une absence de documentation en ce qui trait aux réactions des acteurs universitaires et professionnels face aux orientations de cette réforme. Dans le but d’apporter des éclaircissements, nous nous sommes fixé un double objectif : déterminer, à partir de la perception d’acteurs universitaires, les effets des orientations de la nouvelle réforme et de ses modalités; connaître les changements organisationnels et leurs exigences. La stratégie de recherche répondant le mieux à notre double objectif était la recherche exploratoire. La démarche que nous avons privilégiée fut celle d’une première étude avant l’implantation de la nouvelle réforme et d’une autre après trois semestres de son implantation. Les questions qui ont soutenu notre recherche sont les suivantes : les attitudes des acteurs universitaires ont-elles été modifiées par l’introduction de la nouvelle réforme? Si oui, dans quel sens ont-elles été modifiées? Est-ce que la nouvelle réforme a modifié les pratiques pédagogiques et financières dans le sens indiqué par la charte? Quelles formes de contribution des acteurs universitaires peuvent-ils apporter à une implantation efficace de la nouvelle réforme? Parmi les quatorze universités publiques que compte le Maroc, nous avons choisi l’Université Mohammed V de Rabat-Salé. Cet établissement est l'une des universités les plus anciennes au Maroc. Elle est caractérisée par un nombre significatif de départements qui ont un potentiel de recherche et une réputation nationale. Aucune université ne dispose d’autant de facultés et de différentes disciplines : lettres, sciences, économie, droit, médecine et pharmacie, médecine dentaire, ingénierie, technologie et autres. La démarche méthodologique retenue est axée sur des entrevues auprès des acteurs universitaires et professionnels de trois facultés : 1) faculté des Lettres et Sciences humaines, 2) faculté des Sciences juridiques, économiques et sociales, 3) faculté des Sciences. Celles-ci sont considérées comme des facultés pilotes par rapport à la nouvelle réforme. Nous avons entrepris deux séries d’entrevues : la première en 2001 avant l’implantation de la nouvelle réforme de l’université et la deuxième en 2005 après son implantation. Nous avons mené au total quarante-cinq (45) entrevues qui se sont déroulées en deux périodes : la première a eu lieu entre décembre 2000 et janvier 2001 et la deuxième entre décembre 2004 et janvier 2005. Lors de la première série d’entrevues, notre protocole était composé de questions spécifiques portant sur les initiatives inhérentes à la mise en application d’un système modulaire, sur les procédures pour restructurer la formation universitaire publique, sur le développement de projets spéciaux et de matériel didactique en rapport avec le nouveau système pédagogique et sur les propositions et les procédures pour la participation de l’université au marché du travail. Nous avons aussi posé des questions concernant les aspects financiers. Enfin, pour mieux comprendre le contexte, des questions portaient sur les évaluations et les recommandations de la nouvelle réforme de l’université publique. Au cours de la deuxième période d’entrevues, nous avons recueilli des données sur le soutien du département au pilotage des objectifs de la nouvelle réforme universitaire, le soutien des instances professionnelles à l’avancement de la réforme, la coopération des enseignants au plan de l’avancement des pratiques pédagogiques et les conditions nécessaires à une implantation efficace. Les réponses obtenues auprès des acteurs universitaires et professionnels ont été soumises à une analyse de contenu. Nous avons opté pour le modèle politique comme cadre conceptuel de notre recherche. Ce modèle nous a aidés à montrer l’importance des acteurs universitaires et professionnels dans les démarches pour l’application de la nouvelle réforme. Il nous a aidés également à comprendre comment les caractéristiques de la communauté universitaire peuvent faciliter ou bloquer la réussite de la réforme en cours. Cette recherche montre dans quelle mesure les objectifs de la nouvelle réforme fixés par la Commission Royale Spéciale sont en voie de réalisation. En ce sens, notre recherche pourrait être utile au plan national marocain : elle pourrait aider les responsables politiques et les administrateurs universitaires à prendre des décisions appropriées au processus d’implantation de la nouvelle réforme universitaire.

La dimension institutionnelle du développement durable

La Conférence des Nations Unies sur l’environnement et le développement qui s’est tenue à Rio de Janeiro en juin 1992 a été, sans aucun doute, un événement marquant de la coopération multilatérale contemporaine. Le plus grand rassemblement multilatéral jamais organisé auparavant, cet événement aura marqué d’une empreinte indélébile l’architecture institutionnelle du traitement de la question envionnementale et façonne les institutions issues de la Conférence de Stockholm sur l’environnement humain. La Conférence de Rio aura été, au bout du compte, le point de départ d’une ère institutionelle nouvelle et d’une nouvelle façon d’aborder la coopération multilatérale pour la protection de l’environnement. La dimension institutionnelle de la question du développement durable renvoie nécessairement aux progrès qui restent à accomplir en vue d’une meilleure compréhension de la façon dont le développement durable est perçu au niveau national.Cette question traduit aussi la difficulté qu’il y a à adapter le mandat originel des institutions existantes aux exigences multiformes de l’intégration de la question de l’environnement dans les processus de développement économique et social.Elle exige surtout une action concertée tendue en vue d’une plus grande cohérence de l’action internationale qui serait au service d’une nouvelle démarche muliforme à l’égard de l’environnement,au service d’un développement respectueux des équilibres écologiques de notre planète.

Rôles physiopathologiques du complément dans le syndrome coronarien aigu et implications thérapeutiques

Les efforts investis pour diminuer les risques de développer un infarctus du myocarde sont nombreux. Aujourd’hui les médecins prennent connaissance des divers facteurs de risque connus prédisposant aux syndromes coronariens aigus (SCA) dans le but de prendre en charge les patients «à risque» [1]. Bien que le suivi rigoureux et le contrôle de certains facteurs de risque modifiables aient permis une meilleure gestion des cas de SCA, les cas d’infarctus persistent de manière encore trop fréquente dans le monde. Puisque d’importantes études ont démontré que les SCA pouvaient survenir sans même la présence des facteurs de risque conventionnels [2, 3], les chercheurs se sont penchés sur un autre mécanisme potentiellement responsable de l’avènement des SCA : l’inflammation. L’inflammation joue un rôle prépondérant dans l’initiation, la progression et les complications de l’athérosclérose [4, 5] mais aussi dans les situations post-infarctus [6, 7]. Au cours des dernières années, le contrôle du processus inflammatoire est devenu une cible de choix dans la prévention et le traitement des SCA. Cependant, malgré les efforts investis, aucun de ces traitements ne s’est avéré pleinement efficace dans l’atteinte du but ultime visé par une diminution de l’inflammation : la diminution de la mortalité. Le complément est un système complexe reconnu principalement pour son rôle primordial dans l’immunité [2]. Cependant, lorsqu’il est activé de manière inappropriée ou excessive, il peut être à l’origine de nombreux dommages cellulaires caractéristiques de plusieurs pathologies inflammatoires dont font partie les complications de l’athérosclérose et des événements post-infarctus. Le travail effectué dans le cadre de mon doctorat vise à établir les rôles physiopathologiques du complément dans les interactions de l’axe thrombose-inflammation caractéristiques des SCA dans le but ultime d’identifier des cibles thérapeutiques permettant le développement de nouvelles approches pour la prévention et le traitement de ces pathologies. Les principaux résultats obtenus durant mon cursus suggèrent d’abord que la voie alterne du complément peut représenter une cible thérapeutique de choix dans les maladies coronariennes aiguës puisque l’activation terminale du complément semble y être principalement causée par l’activation du cette voie. De faibles niveaux sériques de MBL (mannan-binding lectin) et une activation terminale négligeable du complément caractérisent plutôt la maladie coronarienne stable. En comparant l’activité relative de chacune des voies du complément chez des cohortes de patients traités ou non par un anticorps spécifique à la protéine C5 du complément (pexelizumab), un second volet démontre quant à lui qu’une inhibition de l’activation du C5 n’a pas d’effet bénéfique majeur sur l’inhibition de la formation du complexe sC5b-9 ou sur les événements cliniques subséquents. Par conséquent, nous avons exploré, à l’aide d’un modèle in vitro, les raisons de l’inefficacité du traitement. Les résultats révèlent que le blocage du C5 avec le pexelizumab inhibe la production de l’anaphylatoxine pro-inflammatoire C5a et du complexe terminal du complément sans toutefois avoir d’effet sur l’apoptose des cellules endothéliales produites induite par le sérum des patients atteints de STEMI. Finalement, une autre section stipule que l’atorvastatine diminue l’activation du complément induite par les plaquettes sanguines chez des patients hypercholestérolémiques, mettant en évidence l’importance du rôle de cette statine dans la réduction des effets délétères de l’activation du système du complément médié par les plaquettes. Ensemble, l’étude du rôle spécifique des différentes voies d’activation du complément dans des contextes pathologiques variés, l’analyse des effets d’une inhibition spécifique de la protéine C5 du complément dans la progression des SCA et la mise en évidence des interactions entre l’activation du complément et les plaquettes activées ont contribué au développement d’une meilleure connaissance des rôles physiopathologiques du complément dans la progression de la maladie coronarienne.

Prisons provinciales : regards sur les pratiques professionnelles médicales à l’égard de la santé des détenus

Ce mémoire a pour objectif de comprendre la prise en charge médicale des détenus à partir des pratiques professionnelles du personnel médical. Une méthodologie qualitative comprenant 14 entretiens semi-dirigés menés auprès d’infirmières et de médecins œuvrant dans six établissements québécois de détention provinciale a été utilisée pour réaliser cette étude. Notre recherche apporte une compréhension du regard que posent les professionnels de la santé sur leurs rôles et leurs fonctions mais également sur leurs patients détenus. Sur le plan professionnel, elle met en lumière l’autonomie d’action du personnel infirmier, ses avantages dans l’exercice de leur profession, mais elle fait également ressortir les contraintes qu’impose la prison comme milieu de travail. L’éclatement du mandat professionnel entre le soin, la relation d’aide et la surveillance ainsi que la dichotomie dans les représentations du patient détenu, entre risque et protection, font également partie de nos analyses. De plus, nos résultats ont permis de dresser des parallèles avec la gestion du risque et la nouvelle santé publique sous l’angle de la responsabilisation des détenus. Enfin, nous proposons que la responsabilisation du patient détenu est intégrée au sein des pratiques médicales malgré le fait que certains éléments de l’environnement carcéral et de la relation thérapeutique font obstacle à sa pleine réalisation. Le caractère toujours coercitif de la prison nous questionne à savoir si la période d’incarcération peut vraiment constituer un « moment privilégié » de responsabilisation du détenu face à sa santé.

L’accès aux ressources alimentaires : facteurs prédicteurs de l’insécurité alimentaire sévère parmi les ménages bénéficiers des programmes communautaires en sécurité alimentaire à Montréal

Objectif : Examiner la relation entre l’accès aux ressources alimentaires et le degré de l’insécurité alimentaire du ménage parmi les nouveaux utilisateurs des organismes communautaires d’intervention en sécurité alimentaire de Montréal. Méthode : Étude observationnelle transversale. Elle consiste en une analyse secondaire de données (n=785) qui proviennent du premier temps de mesure de l’enquête sur les effets des interventions en sécurité alimentaire à Montréal menée entre 2011 et 2012. La variable dépendante a été l’insécurité alimentaire. Les variables indépendantes ont été le mode de transport utilisé pour transporter les aliments, l’emplacement de l’épicerie la plus fréquentée par le participant, la distance entre l’organisme communautaire fréquenté par le participant et son domicile, la proximité de l’épicerie la plus fréquentée, la satisfaction quant à l’acceptabilité et le caractère abordable des aliments dans l’épicerie la plus fréquentée, et les difficultés d’accès aux aliments. Des régressions logistiques furent effectuées afin d’évaluer la relation entre les variables indépendantes et le degré de l’insécurité alimentaire, en utilisant l’insécurité sévère comme catégorie de référence. Résultats : Nos données suggèrent que la sévérité de l’insécurité alimentaire est associée à la difficulté d’accès aux aliments à cause de la cherté des aliments (pour la sécurité alimentaire, OR=0.13; CI : 0.07-0.25 et pour l’insécurité alimentaire modérée, OR=0.42; CI : 0.28-0.63), au fait de faire l’épicerie à l’extérieur du quartier ou de faire rarement l’épicerie (pour l’insécurité alimentaire modérée, OR=0.50, CI : 0.30-0.84), au fait d’avoir accès au transport collectif (pour l’insécurité alimentaire modérée, OR=1.73; CI : 1.09-2.73), au fait de résider à une distance moyenne (soit entre 1000 et 2000 mètres) d’un organisme communautaire en sécurité alimentaire (pour l’insécurité alimentaire modérée, OR=1.83; CI : 1.14-2.92), et à la difficulté d’accès aux aliments à cause de contraintes de transport (pour la sécurité alimentaire, OR=0.18, CI : 0.06-0.52). Conclusion : L’accès aux ressources alimentaires est associé au degré de l’insécurité alimentaire des nouveaux ménages participant aux interventions en sécurité alimentaire à Montréal.

Solution Methods for Service Network Design with Resource Management Consideration

La gestion des ressources, équipements, équipes de travail, et autres, devrait être prise en compte lors de la conception de tout plan réalisable pour le problème de conception de réseaux de services. Cependant, les travaux de recherche portant sur la gestion des ressources et la conception de réseaux de services restent limités. La présente thèse a pour objectif de combler cette lacune en faisant l’examen de problèmes de conception de réseaux de services prenant en compte la gestion des ressources. Pour ce faire, cette thèse se décline en trois études portant sur la conception de réseaux. La première étude considère le problème de capacitated multi-commodity fixed cost network design with design-balance constraints(DBCMND). La structure multi-produits avec capacité sur les arcs du DBCMND, de même que ses contraintes design-balance, font qu’il apparaît comme sous-problème dans de nombreux problèmes reliés à la conception de réseaux de services, d’où l’intérêt d’étudier le DBCMND dans le contexte de cette thèse. Nous proposons une nouvelle approche pour résoudre ce problème combinant la recherche tabou, la recomposition de chemin, et une procédure d’intensification de la recherche dans une région particulière de l’espace de solutions. Dans un premier temps la recherche tabou identifie de bonnes solutions réalisables. Ensuite la recomposition de chemin est utilisée pour augmenter le nombre de solutions réalisables. Les solutions trouvées par ces deux méta-heuristiques permettent d’identifier un sous-ensemble d’arcs qui ont de bonnes chances d’avoir un statut ouvert ou fermé dans une solution optimale. Le statut de ces arcs est alors fixé selon la valeur qui prédomine dans les solutions trouvées préalablement. Enfin, nous utilisons la puissance d’un solveur de programmation mixte en nombres entiers pour intensifier la recherche sur le problème restreint par le statut fixé ouvert/fermé de certains arcs. Les tests montrent que cette approche est capable de trouver de bonnes solutions aux problèmes de grandes tailles dans des temps raisonnables. Cette recherche est publiée dans la revue scientifique Journal of heuristics. La deuxième étude introduit la gestion des ressources au niveau de la conception de réseaux de services en prenant en compte explicitement le nombre fini de véhicules utilisés à chaque terminal pour le transport de produits. Une approche de solution faisant appel au slope-scaling, la génération de colonnes et des heuristiques basées sur une formulation en cycles est ainsi proposée. La génération de colonnes résout une relaxation linéaire du problème de conception de réseaux, générant des colonnes qui sont ensuite utilisées par le slope-scaling. Le slope-scaling résout une approximation linéaire du problème de conception de réseaux, d’où l’utilisation d’une heuristique pour convertir les solutions obtenues par le slope-scaling en solutions réalisables pour le problème original. L’algorithme se termine avec une procédure de perturbation qui améliore les solutions réalisables. Les tests montrent que l’algorithme proposé est capable de trouver de bonnes solutions au problème de conception de réseaux de services avec un nombre fixe des ressources à chaque terminal. Les résultats de cette recherche seront publiés dans la revue scientifique Transportation Science. La troisième étude élargie nos considérations sur la gestion des ressources en prenant en compte l’achat ou la location de nouvelles ressources de même que le repositionnement de ressources existantes. Nous faisons les hypothèses suivantes: une unité de ressource est nécessaire pour faire fonctionner un service, chaque ressource doit retourner à son terminal d’origine, il existe un nombre fixe de ressources à chaque terminal, et la longueur du circuit des ressources est limitée. Nous considérons les alternatives suivantes dans la gestion des ressources: 1) repositionnement de ressources entre les terminaux pour tenir compte des changements de la demande, 2) achat et/ou location de nouvelles ressources et leur distribution à différents terminaux, 3) externalisation de certains services. Nous présentons une formulation intégrée combinant les décisions reliées à la gestion des ressources avec les décisions reliées à la conception des réseaux de services. Nous présentons également une méthode de résolution matheuristique combinant le slope-scaling et la génération de colonnes. Nous discutons des performances de cette méthode de résolution, et nous faisons une analyse de l’impact de différentes décisions de gestion des ressources dans le contexte de la conception de réseaux de services. Cette étude sera présentée au XII International Symposium On Locational Decision, en conjonction avec XXI Meeting of EURO Working Group on Locational Analysis, Naples/Capri (Italy), 2014. En résumé, trois études différentes sont considérées dans la présente thèse. La première porte sur une nouvelle méthode de solution pour le "capacitated multi-commodity fixed cost network design with design-balance constraints". Nous y proposons une matheuristique comprenant la recherche tabou, la recomposition de chemin, et l’optimisation exacte. Dans la deuxième étude, nous présentons un nouveau modèle de conception de réseaux de services prenant en compte un nombre fini de ressources à chaque terminal. Nous y proposons une matheuristique avancée basée sur la formulation en cycles comprenant le slope-scaling, la génération de colonnes, des heuristiques et l’optimisation exacte. Enfin, nous étudions l’allocation des ressources dans la conception de réseaux de services en introduisant des formulations qui modèlent le repositionnement, l’acquisition et la location de ressources, et l’externalisation de certains services. À cet égard, un cadre de solution slope-scaling développé à partir d’une formulation en cycles est proposé. Ce dernier comporte la génération de colonnes et une heuristique. Les méthodes proposées dans ces trois études ont montré leur capacité à trouver de bonnes solutions.