13 resultados para MICROBIOTA REPRESENTATIVENESS

em Université de Montréal, Canada


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L’objectif général de cette thèse est d’examiner le lien entre l’attachement amoureux des conjoints, la satisfaction conjugale, le mandat thérapeutique et le résultat de la thérapie conjugale telle que conduite en milieu naturel. Afin d’atteindre cet objectif, des couples se présentant en thérapie conjugale ont d’abord complété une batterie de questionnaires comprenant l’Échelle d’ajustement dyadique (Spanier, 1976) et le Questionnaire sur les expériences d’attachement amoureux (Brennan, Clark, & Shaver, 1998). Les thérapeutes ont par la suite indiqué le mandat thérapeutique poursuivi avec chaque couple (réconciliation ou résolution de l’ambivalence), suivant la classification de Poitras-Wright et St-Père (2004). À la fin de la consultation, le jugement du thérapeute a été utilisé pour classer chacun des cas comme ayant abandonné ou complété le traitement. Les couples ayant complété la thérapie ont rempli l’Échelle d’ajustement dyadique au post-traitement. Dans le premier des articles composant cette thèse, le lien entre l’attachement amoureux et la satisfaction conjugale a été examiné auprès d’un échantillon de 172 couples en détresse débutant une thérapie conjugale, de même qu’auprès de 56 couples non en détresse débutant également une thérapie conjugale, pour fins de comparaison. Les résultats ont démontré que l’évitement de la proximité semble être une caractéristique distinctive des couples en détresse et que cette dimension de l’attachement est fortement liée à l’insatisfaction conjugale de ce même groupe. Dans le deuxième article, le mandat thérapeutique, l’attachement amoureux et la satisfaction conjugale ont été examinés en tant que prédicteurs de l’abandon de la thérapie conjugale, auprès de 141 couples. Les résultats ont notamment démontré qu’un mandat de résolution de l’ambivalence augmente les probabilités d’abandon de la thérapie conjugale. De plus, les prédicteurs du résultat de la thérapie ont également été examinés dans ce second article. Les résultats obtenus au moyen d’analyses acteur-partenaire ont démontré que la satisfaction conjugale pré-traitement apparaît comme le meilleur prédicteur de la satisfaction conjugale post-traitement, et ce, malgré l’inclusion de l’attachement amoureux parmi les variables investiguées. Considérés dans leur ensemble, les résultats de cette thèse suggèrent que l’insécurité d’attachement serait fortement associée à l’insatisfaction des couples en détresse, mais ne nuirait pas pour autant à l’obtention d’un résultat positif en thérapie conjugale. En somme, cette thèse contribue à l’avancement des connaissances en se penchant sur l’utilité de la théorie de l’attachement en thérapie conjugale et en soulignant la nécessité de tenir compte des mandats thérapeutiques dans les futures études en thérapie conjugale. Les implications cliniques des résultats et des recommandations pour la recherche clinique sont présentées dans la conclusion de l’ouvrage.

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Ayant en perspective la faible représentativité des élèves d’origine haïtienne issus des milieux défavorisés de la grande région de Montréal dans les filières scientifiques à l’école secondaire et dans les orientations de carrière, cette étude vise à examiner l’incidence de caractéristiques individuelles ainsi que de facteurs associés à l’environnement familial, scolaire, socioéconomique et culturel sur les attitudes de ces élèves envers les sciences. L’analyse des données est basée sur les résultats d’un questionnaire portant sur le profil sociodémographique d’un groupe d’élèves de quatrième et cinquième année fréquentant deux écoles secondaires multiethniques de la couronne-nord de Montréal ainsi que sur des entretiens avec quinze de ces élèves qui sont d’origine haïtienne. Des entretiens ont également été réalisés avec des parents, un membre d’un organisme communautaire, des membres du personnel des écoles ainsi que des professionnels et scientifiques haïtiano-québécois dans le but de porter un regard croisé sur les différentes positions exprimées par les quinze élèves. Le modèle écosystémique de Bronfenbrenner (1979, 1986) a servi de cadre de référence permettant de dégager les pôles les plus marquants dans les attitudes envers les sciences chez les élèves d’origine haïtienne. La synthèse des opinions exprimées par les différents répondants souligne l’existence d’un environnement peu valorisant des sciences autour des élèves d’origine haïtienne. Les conditions socioéconomiques, les pratiques familiales, le statut ethnoculturel ainsi que des représentations individuelles des sciences concourent à créer et à maintenir des attitudes très peu engageantes envers les sciences chez ces élèves. L’étude met en évidence l’urgence de démystifier les sciences en brisant certains stéréotypes qui empêchent certaines catégories d’élèves d’accéder aux sciences. Elle commande aussi les politiques en matière d’éducation d’être plus ouvertes aux différences ethnoculturelles et d’explorer des manières dynamiques de rendre la culture scientifique accessible à tous les groupes sociaux.

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La maladie de Crohn (MC) et la colite ulcéreuse (CU) sont des maladies inflammatoires chroniques du tube digestif qu’on regroupe sous le terme maladies inflammatoires de l’intestin (MII). Les mécanismes moléculaires menant au développement des MII ne sont pas entièrement connus, mais des études génétiques et fonctionnelles ont permis de mettre en évidence des interactions entre des prédispositions génétiques et des facteurs environnementaux - notamment la flore intestinale – qui contribuent au développement d’une dérégulation de la réponse immunitaire menant à l’inflammation de la muqueuse intestinale. Des études d’association pangénomiques et ciblées ont permis d’identifier plusieurs gènes de susceptibilité aux MII mais les estimations de la contribution de ces gènes à l’héritabilité suggèrent que plusieurs gènes restent à découvrir. Certains d’entre eux peuvent se trouver dans les régions identifiées par des études de liaison génétique. L’objectif de mon projet de doctorat était d’identifier un ou des facteurs de risque génétique dans la région chromosomale 19p (identifiée comme région de liaison IBD6) et de le/les caractériser au niveau fonctionnel. Nous avons d’abord entrepris une cartographie d’association de la région 19p. À la suite du génotypage successif de deux cohortes indépendantes, nous avons identifié un SNP intronique et quatre SNP codants dont un non-synonyme, rs8108738, tous localisés dans le gène microtubule associated serine threonine kinase gene-3 (MAST3) et associés aux MII. Peu d’information fonctionnelle sur MAST3 était disponible. Par contre MAST2, une protéine encodée par un gène de la même famille, régule l’activité du facteur de transcription inflammatoire NF-kappaB. Nous avons confirmé l’implication de MAST3 dans l’activité de NF-kappaB via un knockdown de MAST3 et des essais gène-rapporteur. Pour poursuivre la caractérisation fonctionnelle de MAST3, nous avons choisi une approche non ciblée pour étudier les effets de la variation des niveaux d’expression de MAST3 sur la cellule. C’est-à-dire que nous avons créé un 1er modèle cellulaire de surexpression du gène MAST3 dans les cellules HEK293 et analysé l’expression pangénomique endogène. La validation de l’expression génique dans un 2e modèle cellulaire de knockdown et de type cellulaire différent (THP1), nous a permis d’identifier et de contrer les effets non-spécifiques dus aux niveaux non-physiologiques. Notre étude d’expression a mené à l’identification d’un groupe de gènes dont l’expression est régulée par MAST3. Ces gènes sont majoritairement impliqués dans des fonctions immunitaires (cytokines pro-inflammatoires, régulateurs de NF-kappaB, migration cellulaire, etc.) et une forte proportion est régulée par NF-kappaB. Nous avons évalué l’importance du groupe de gènes régulés par MAST3 dans la présentation clinique des MII à travers des études d’expression dans des biopsies intestinales de patients atteints de CU. Nous avons constaté que l’expression de ces gènes est significativement supérieure dans les régions enflammées par rapport aux régions saines de la muqueuse intestinale des patients atteints de CU. Globalement, les résultats de nos études suggèrent que le facteur de risque aux MII MAST3 agit via la voie du facteur de transcription NF-kappaB pour influencer l’expression d’un groupe de gènes impliqués dans l’inflammation intestinale typique des MII. Chaque étude génétique sur les MII a le potentiel d’orienter les recherches fonctionnelles vers de nouvelles voies biologiques causales. Le dévoilement des mécanismes moléculaires sous-jacents à ces voies permet d’augmenter les connaissances sur le développement de ces maladies vers une compréhension plus complète de la pathogenèse qui permettra d’optimiser le diagnostic et le traitement de ces maladies.

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Le diabète de type 2 (DT2) est caractérisé par une résistance des tissus périphériques à l’action de l’insuline et par une insuffisance de la sécrétion d’insuline par les cellules β du pancréas. Différents facteurs tels que le stress du réticulum endoplasmique (RE) et l’immunité innée affectent la fonction de la cellule β-pancréatique. Toutefois, leur implication dans la régulation de la transcription du gène de l’insuline demeure imprécise. Le but de cette thèse était d’identifier et de caractériser le rôle du stress du RE et de l’immunité innée dans la régulation de la transcription du gène de l’insuline. Les cellules β-pancréatiques ont un RE très développé, conséquence de leur fonction spécialisée de biosynthèse et de sécrétion d’insuline. Cette particularité les rend très susceptible au stress du RE qui se met en place lors de l’accumulation de protéines mal repliées dans la lumière du RE. Nous avons montré qu’ATF6 (de l’anglais, activating transcription factor 6), un facteur de transcription impliqué dans la réponse au stress du RE, lie directement la boîte A5 de la région promotrice du gène de l’insuline dans les îlots de Langerhans isolés de rat. Nous avons également montré que la surexpression de la forme active d’ATF6α, mais pas ATF6β, réprime l’activité du promoteur de l’insuline. Toutefois, la mutation ou l’absence de la boîte A5 ne préviennent pas l’inhibition de l’activité promotrice du gène de l’insuline par ATF6. Ces résultats montrent qu’ATF6 se lie directement au promoteur du gène de l’insuline, mais que cette liaison ne semble pas contribuer à son activité répressive. Il a été suggéré que le microbiome intestinal joue un rôle dans le développement du DT2. Les patients diabétiques présentent des concentrations plasmatiques élevées de lipopolysaccharides (LPS) qui affectent la fonction de la cellule β-pancréatique. Nous avons montré que l’exposition aux LPS entraîne une réduction de la transcription du gène de l’insuline dans les îlots de Langerhans de rats, de souris et humains. Cette répression du gène de l’insuline par les LPS est associée à une diminution des niveaux d’ARNms de gènes clés de la cellule β-pancréatique, soit PDX-1 (de l’anglais, pancreatic duodenal homeobox 1) et MafA (de l’anglais, mammalian homologue of avian MafA/L-Maf). En utilisant un modèle de souris déficientes pour le récepteur TLR4 (de l’anglais, Toll-like receptor), nous avons montré que les effets délétères des LPS sur l’expression du gène de l’insuline sollicitent le récepteur de TLR4. Nous avons également montré que l’inhibition de la voie NF-kB entraîne une restauration des niveaux messagers de l’insuline en réponse à une exposition aux LPS dans les îlots de Langerhans de rat. Ainsi, nos résultats montrent que les LPS inhibent le gène de l’insuline dans les cellules β-pancréatiques via un mécanisme moléculaire dépendant du récepteur TLR4 et de la voie NF-kB. Ces observations suggèrent ainsi un rôle pour le microbiome intestinal dans la fonction de la cellule β du pancréas. Collectivement, ces résultats nous permettent de mieux comprendre les mécanismes moléculaires impliqués dans la répression du gène de l'insuline en réponse aux divers changements survenant de façon précoce dans l’évolution du diabète de type 2 et d'identifier des cibles thérapeutiques potentielles qui permettraient de prévenir ou ralentir la détérioration de l'homéostasie glycémique au cours de cette maladie, qui affecte plus de deux millions de Canadiens.

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Le Québec est une immense province à l’intérieur de laquelle existe une grande diversité de conditions bioclimatiques et où les perturbations anthropiques et naturelles du couvert végétal sont nombreuses. À l’échelle provinciale, ces multiples facteurs interagissent pour sculpter la composition et la distribution des paysages. Les objectifs généraux de cette recherche visaient à explorer et comprendre la distribution spatiale des patrons des paysages du Québec, de même qu’à caractériser les patrons observés à partir d’images satellitaires. Pour ce faire, les patrons des paysages ont été quantifiés avec un ensemble complet d’indices calculés à partir d’une cartographie de la couverture végétale. Plusieurs approches ont été développées et appliquées pour interpréter les valeurs d’indices sur de vastes étendues et pour cartographier la distribution des patrons des paysages québécois. Les résultats ont révélé que les patrons de la végétation prédits par le Ministère des Ressources naturelles du Québec divergent des patrons de la couverture végétale observée. Ce mémoire dresse un portrait des paysages québécois et les synthétise de manière innovatrice, en plus de démontrer le potentiel d’utilisation des indices comme attributs biogéographiques à l’échelle nationale.

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Dans le contexte actuel de l’éducation, l’enfant est davantage placé au cœur des relations entre la famille, l’école et la communauté, et les parents sont invités à accompagner leur enfant tout au long de son parcours scolaire. Quant aux enseignants, ils sont conviés à collaborer de façon systématique avec les familles. La collaboration entre les enseignants et les parents devient donc une condition essentielle à la réussite scolaire des élèves, notamment avec ceux qui éprouvent des difficultés d’apprentissage. Actuellement, dans nos écoles, la collaboration se situe principalement au niveau des communications obligatoires de base prescrites par le Régime pédagogique. En ce sens, Kalubi et Lesieux (2006) soulignent que le partenariat tant souhaité dans les documents officiels des ministères concernés ne transparaît pas toujours dans les pratiques quotidiennes. D’ailleurs, la littérature scientifique montre qu’il existe de nombreux obstacles liés à la collaboration école-famille-communauté, tout particulièrement lorsqu’il s’agit d’entretenir des relations harmonieuses avec les parents d’élèves à risque. À cet égard, une plus grande participation parentale est sollicitée en vue d’intensifier la collaboration entre l’école et la famille. Effectivement, les enseignants désirent que les parents s’impliquent davantage auprès de leur enfant dans les travaux et les devoirs à la maison et, du côté des parents, ils se demandent souvent comment agir pour aider encore mieux leurs enfants dans leur apprentissage (Gouvernement du Québec, 2000). Le plan d’intervention est un outil reconnu par les milieux scolaires pour aider l’élève à risque dans son cheminement scolaire puisqu’il sollicite la participation des parents et encourage la collaboration école-famille-communauté. De fait, il s’inscrit dans une démarche dynamique et prend appui sur une vision systémique de la situation de l’élève, ce qui permet de mieux identifier les besoins de l’élève à risque et d’y répondre adéquatement (Gouvernement du Québec, 2004). En prolongement à ce que l’on connaît déjà sur la participation parentale et la collaboration école-famille-communauté, nous orientons cette recherche sur les perceptions et les attentes d’enseignants au primaire en classe ordinaire et de parents d’élèves à risque à l’égard de la participation parentale et de la collaboration école-famille dans le cadre de l’élaboration et du suivi du plan d’intervention. Cette étude emprunte une approche de recherche qualitative de type exploratoire et elle est menée auprès de huit enseignants au primaire et de sept parents d’élèves à risque. Les participants ont délibérément été choisis pour leur représentativité par rapport à l’objet d’étude (Mongeau, 2009). Une procédure d’échantillonnage par volontariat a été appliquée et les données ont été recueillies par le biais d’entrevues semi-dirigées. L’analyse des entrevues révèle que les parents participent au plan d’intervention parce qu’ils veulent soutenir et aider leur enfant dans leur cheminement scolaire. Il existe cependant de multiples façons pour les parents de participer à la réussite scolaire de leur enfant, celles-ci variant particulièrement selon leurs intérêts, leurs compétences et leurs disponibilités. En ce qui concerne les enseignants, les entrevues nous dévoilent qu’ils ont globalement des perceptions positives à l’égard des parents, ce qui favorise grandement l’établissement de relations harmonieuses. Par contre, ils s’attendent à une plus grande participation parentale dans le suivi scolaire de l’enfant à la maison. Tant d’un côté que de l’autre, les résultats indiquent qu’il faut favoriser davantage la participation des parents à l’élaboration et au suivi du plan d’intervention de l’élève à risque. Idéalement, les enseignants et les parents devraient s’enrichir mutuellement de leurs ressources et de leurs expertises complémentaires en créant des relations collaboratives plutôt que hiérarchiques. Ce niveau de collaboration est sans aucun doute celui qui favoriserait avantageusement la réussite scolaire des élèves à risque.

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Background/Aims: There are compelling reasons to ensure participation of ethnic minorities and populations of all ages worldwide in nutrigenetics clinical research. If findings in such research are valid for some individuals, groups, or communities, and not for others, then ethical questions of justice – and not only issues of methodology and external validity – arise. This paper aims to examine inclusion in nutrigenetics clinical research and its scientific and ethical challenges. Methods: 173 publications were identified through a systematic review of clinical studies in nutrigenetics published between 1998 and 2007 inclusively. Data such as participants' demographics as well as eligibility criteria were extracted. Results: There is no consistency in the way participants’ origins (ancestry, ethnicity or race) and ages are described in publications. A vast majority of the studies identified was conducted in North America and Europe and focused on “white” participants. Our results show that pregnant women (and fetuses), minors and the elderly (≥75 years old) remain underrepresented. Conclusion: Representativeness in nutrigenetics research is a challenging ethical and scientific issue. Yet, if nutrigenetics is to benefit whole populations and be used in public and global health agendas, fair representation, as well as clear descriptions of participants in publications are crucial.

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L’hypertension artérielle essentielle (HTA) est une pathologie complexe, multifactorielle et à forte composante génétique. L’impact de la variabilité dans le nombre de copies sur l’HTA est encore peu connu. Nous envisagions que des variants dans le nombre de copies (CNVs) communs pourraient augmenter ou diminuer le risque pour l’HTA. Nous avons exploré cette hypothèse en réalisant des associations pangénomiques de CNVs avec l’HTA et avec l’HTA et le diabète de type 2 (DT2), chez 21 familles du Saguenay-Lac-St-Jean (SLSJ) caractérisées par un développement précoce de l’HTA et de la dyslipidémie. Pour la réplication, nous disposions, d’une part, de 3349 sujets diabétiques de la cohorte ADVANCE sélectionnés pour des complications vasculaires. D’autre part, de 187 sujets de la cohorte Tchèque Post-MONICA (CTPM), choisis selon la présence/absence d’albuminurie et/ou de syndrome métabolique. Finalement, 134 sujets de la cohorte CARTaGENE ont été analysés pour la validation fonctionnelle. Nous avons détecté deux nouveaux loci, régions de CNVs (CNVRs) à effets quantitatifs sur 17q21.31, associés à l’hypertension et au DT2 chez les sujets SLSJ et associés à l’hypertension chez les diabétiques ADVANCE. Un modèle statistique incluant les deux variants a permis de souligner le rôle essentiel du locus CNVR1 sur l’insulino-résistance, la précocité et la durée du diabète, ainsi que sur le risque cardiovasculaire. CNVR1 régule l’expression du pseudogène LOC644172 dont le dosage est associé à la prévalence de l’HTA, du DT2 et plus particulièrement au risque cardiovasculaire et à l’âge vasculaire (P<2×10-16). Nos résultats suggèrent que les porteurs de la duplication au locus CNVR1 développent précocement une anomalie de la fonction bêta pancréatique et de l’insulino-résistance, dues à un dosage élevé de LOC644172 qui perturberait, en retour, la régulation du gène paralogue fonctionnel, MAPK8IP1. Nous avons également avons identifié six CNVRs hautement hérités et associés à l'HTA chez les sujets SLSJ. Le score des effets combinés de ces CNVRs est apparu positivement et étroitement relié à la prévalence de l’HTA (P=2×10-10) et à l’âge de diagnostic de l’HTA. Dans la population SLSJ, le score des effets combinés présente une statistique C, pour l’HTA, de 0.71 et apparaît aussi performant que le score de risque Framingham pour la prédiction de l’HTA chez les moins de 25 ans. Un seul nouveau locus de CNVR sur 19q13.12, où la délétion est associée à un risque pour l’HTA, a été confirmé chez les Caucasiens CTPM. Ce CNVR englobe le gène FFAR3. Chez la souris, il a été démontré que l’action hypotensive du propionate est en partie médiée par Ffar3, à travers une interférence entre la flore intestinale et les systèmes cardiovasculaire et rénal. Les CNVRs identifiées dans cette étude, affectent des gènes ou sont localisées dans des QTLs reliés majoritairement aux réponses inflammatoires et immunitaires, au système rénal ainsi qu’aux lésions/réparations rénales ou à la spéciation. Cette étude suggère que l’étiologie de l’HTA ou de l’HTA associée au DT2 est affectée par des effets additifs ou interactifs de CNVRs.

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La moyenne pancanadienne des infirmières qui quittent leur emploi dans la première année d’embauche est de 19,9% (O’Brien-Pallas, 2010). Ce taux représente un coût important puisqu’on estime que l’embauche d’une nouvelle infirmière engendre des frais de formation de l’ordre de 30 000$ (Hayes, 2007). Le présent mémoire repose sur l’idée que le leadership des infirmières chefs et la nature de leurs interventions de gestion jouent un rôle important dans la rétention des infirmières sur les unités ce qui, à son tour, contribue à l’amélioration et au maintien d’un environnement de travail sain qui favorise l’adaptation aux changements organisationnels et opérationnels (Cummings, 2005). Selon une perspective environnementale d’analyse des systèmes organisationnels, cette situation implique que le bon fonctionnement de l’établissement de santé dépend de la capacité à « acquérir et maintenir les ressources », (Pfeffer, 2003 p.2) incluant les ressources humaines. L’objectif de ce mémoire est d’analyser l’influence de la culture organisationnelle et du type de leadership des infirmières chefs sur deux variables soit l’intention de quitter le poste actuel et la qualité perçue du milieu des infirmières soignantes. Cette étude quantitative s’appuie sur un devis corrélationnel. Afin d’assurer la représentativité, un échantillonnage probabiliste a été utilisé. Le biostatisticien de l’Ordre des Infirmières et Infirmiers du Québec (OIIQ) a fourni les noms et coordonnées de 1000 infirmières qui travaillent sur les unités de soins des quatre hôpitaux ciblés par l’étude. L’analyse des données a permis d’identifier quatre relations causales. Une relation a ainsi été établie entre la culture organisationnelle et le type de leadership utilisé. Ensuite une relation a été établie entre la culture organisationnelle et la qualité perçue du milieu. La relation suivante est entre le type de leadership utilisé et la qualité perçue du milieu par les infirmières soignantes. Finalement, l’effet médiateur du leadership résonnant entre la culture organisationnelle et la qualité perçue du milieu a été démontré. Des suggestions d’améliorations aux niveaux organisationnel et académiques ainsi que des recommandations au niveau de la gestion et de la pratique infirmière découlent de l’analyse des données.

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Consumers are legitimate stakeholders but are unevenly active and powerful in the dynamics that can lead companies to a more socially responsible behaviour. This article proposes to test the relevance, across the struggles of consumers, of the well-known opposition in business ethics between ethics of justice and ethics of care. Relying on a semi-participant direct and webnographic observation of a wide citizen movement that arose in Spain, questioning banks and mortgage regulation, after the explosion of the housing bubble in 2008, this article strives to highlight the permanent dual approach to ethics at all levels of the movement, from spokespersons to supporters, in speech and in actions. One approach is more focused on laws and principles, whereas the other is more focused on direct support to people affected by foreclosures. This article demonstrates the continuities between these two registers of justice and care and their functional complementarities in the dynamics of mobilization. A discussion will then follow on the substance of the opposition between the ethics of justice and the ethics of care as well as on the possible representativeness of this case: behind the singularities of the mortgage issue or of Spanish political culture, one cannot but observe the challenging mobilizing process that comprises a human rightist activism combined with a feminist approach to social issues.

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Les Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC) représentent un problème majeur de santé publique dans les pays développés. Les EHEC sont régulièrement responsables de toxi-infections alimentaires graves chez l’humain et causent des colites hémorragiques et le symptôme hémolytique et urémique, mortel chez les enfants en bas âge. Les EHEC les plus virulents appartiennent au sérotype O157:H7 et le bovin constitue leur réservoir naturel. À ce jour il n’existe aucun traitement pour éviter l’apparition des symptômes liés à une infection à EHEC. Par conséquent, il est important d’augmenter nos connaissances sur les mécanismes employés par le pathogène pour réguler sa virulence et coloniser efficacement la niche intestinale. Dans un premier temps, l’adaptation de la souche EHEC O157:H7 EDL933 à l’activité métabolique du microbiote intestinal a été étudiée au niveau transcriptionnel. Pour se faire, EDL933 a été cultivée dans les contenus caecaux de rats axéniques (milieu GFC) et dans ceux provenant de rats colonisés par le microbiote intestinal humain (milieu HMC). Le HMC est un milieu cécal conditionné in vivo par le microbiote. Dans le HMC par rapport au GFC, EDL933 change drastiquement de profile métabolique en réponse à l’activité du microbiote et cela se traduit par une diminution de l’expression des voies de la glycolyse et une activation des voies de l’anaplérose (voies métaboliques dont le rôle est d’approvisionner le cycle TCA en intermédiaires métaboliques). Ces résultats, couplés avec une analyse métabolomique ciblée sur plusieurs composés, ont révélé la carence en nutriments rencontrée par le pathogène dans le HMC et les stratégies métaboliques utilisées pour s’adapter au microbiote intestinal. De plus, l’expression des gènes de virulence incluant les gènes du locus d’effacement des entérocytes (LEE) codant pour le système de sécrétion de type III sont réprimés dans le HMC par rapport au GFC indiquant la capacité du microbiote intestinal à réprimer la virulence des EHEC. L’influence de plusieurs composés intestinaux présents dans les contenus caecaux de rats sur l’expression des gènes de virulence d’EDL933 a ensuite été étudiée. Ces résultats ont démontré que deux composés, l’acide N-acétylneuraminique (Neu5Ac) et le N-acétylglucosamine (GlcNAc) répriment l’expression des gènes du LEE. La répression induite par ces composés s’effectue via NagC, le senseur du GlcNAc-6-P intracellulaire et le régulateur du catabolisme du GlcNAc et du galactose chez E. coli. NagC est un régulateur transcriptionnel inactivé en présence de GlcNAc-6-P qui dérive du catabolisme du Neu5Ac et du transport GlcNAc. Ce travail nous a permis d’identifier NagC comme un activateur des gènes du LEE et de mettre à jour un nouveau mécanisme qui permet la synchronisation de la virulence avec le métabolisme chez les EHEC O157:H7. La concentration du Neu5Ac et du GlcNAc est augmentée in vivo chez le rat par le symbiote humain Bacteroides thetaiotaomicron, indiquant la capacité de certaines espèces du microbiote intestinal à relâcher les composés répresseurs de la virulence des pathogènes. Ce travail a permis l’identification des adaptations métaboliques des EHEC O157:H7 en réponse au microbiote intestinal ainsi que la découverte d’un nouveau mécanisme de régulation de la virulence en réponse au métabolisme. Ces données peuvent contribuer à l’élaboration de nouvelles approches visant à limiter les infections à EHEC.

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Mise en garde : Ce mémoire a été réalisé grâce au soutien financier du Fonds d’éducation et de saine gouvernance de l'Autorité des marchés financiers. Les informations, opinions et avis exprimés n'engagent que la responsabilité de Marie-Annick Laurendeau.

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La présence d’Escherichia coli pathogènes en élevages porcins entraine des retards de croissance et la mortalité. La transmission des E. coli pathogènes entre les élevages et l'abattoir d’un même réseau de production n'est pas bien décrite. La détection des gènes de virulence des E. coli pathogènes pourrait permettre d’identifier un marqueur de contamination dans le réseau. L’objectif de cette étude a été d’identifier un marqueur de contamination E. coli dans un réseau de production porcine défini afin de décrire certains modes de transmission des E. coli pathogènes. Pour ce faire, une région géographique comprenant 10 fermes d’engraissement, un abattoir et un réseau de transport a été sélectionnée. Trois lots de production consécutifs par ferme ont été suivis pendant 12 mois. Des échantillons environnementaux ont été prélevés à l’intérieur et à l’extérieur des fermes (3 visites d’élevage), dans la cour de l’abattoir (2 visites lors de sorties de lot) et sur le camion de transport. La détection des gènes de virulence (eltB, estA, estB, faeG, stxA, stx2A, eae, cnf, papC, iucD, tsh, fedA) dans les échantillons a été réalisée par PCR multiplexe conventionnelle. La distribution temporelle et spatiale des gènes de virulence a permis d’identifier le marqueur de contamination ETEC/F4 défini par la détection d’au moins un gène d’entérotoxine ETEC (estB, estA et eltB) en combinaison avec le gène de l’adhésine fimbriaire (faeG). La distribution des échantillons positifs ETEC/F4 qualifie la cour de l’abattoir comme un réservoir de contamination fréquenté par les transporteurs, vecteurs de contamination entre les élevages. Ceci suggère le lien microbiologique entre l’élevage, les transporteurs et l’abattoir jouant chacun un rôle dans la dissémination des microorganismes pathogènes et potentiellement zoonotiques en production porcine.