51 resultados para Intergroup reconciliation
em Université de Montréal, Canada
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The Canadian Truth and Reconciliation Commission on Indian Residential Schools is a novel foray into a genre previously associated with so-called “transitional” democracies from the post-Communist world and the global South. This basic fact notwithstanding, a systematic comparison with the broader universe of truth commission-hosting countries reveals that the circumstances surrounding the Canadian TRC are not entirely novel. This article develops this argument by distilling from the transitional justice literature several bases of comparison designed to explain how a truth commission’s capacity to promote new cultures of justice and accountability in the wake of massive violations of human rights is affected by the socio-political context in which the commission occurs; the injustices it is asked to investigate; and the nature of its mandate. It concludes that these factors, compounded by considerations unique to the Canadian context, all militate against success. If Canadian citizens and policymakers fail to meet this profound ethIcal challenge, they will find themselves occupying the transition-wrecking role played more familiarly by the recalcitrant and unreformed military and security forces in the world’s more evidently authoritarian states.
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In 2008, the Truth and Reconciliation Commission of Canada (TRC) was initiated to address the historical and contemporary injustices and impacts of Indian Residential Schools. Of the many goals of the TRC, I focus on reconciliation and how the TRC aims to promote this through public education and engagement. To explore this, I consider two questions: 1) who does the TRC include in the process of reconciliation? And 2) how might I, as someone who is not Indigenous (specifically, as someone who is “white”), be engaged by the TRC? Ethical queries arise which speak to broader concerns about the TRC’s capability to fulfill its public education goals. I raise several concerns about whether the TRC’s plan to convoke the col- lective will result in over-simplifying the process by relying on blunt, poorly defined identity categories that erase the heterogeneity of those residing in Canada, as well as the complexity of the conflict among us. I attempt to situate myself in-between proclamations of “success” or “failure” of the TRC, to better understand what can be learned from contested truths and experiences of uncertainty.
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Depuis des années, le Kenya avait donné l’impression d’être un pays relativement stable dans la région d’Afrique sub-saharienne, régulièrement secouée par les conflits, et un « centre » autour duquel la communauté internationale coordonne ses missions vers certains pays d’Afrique comme ceux faisant partie de la Région des Grandes Lacs (Burundi, Rwanda, Ouganda, République démocratique du Congo, Kenya et Tanzanie) et ceux de la Corne de l’Afrique (Kenya, Somalie, Éthiopie, Djibouti et Ouganda). Toutefois, les élections présidentielles très contestées en 2007 et les conflits qui se sont enchaînés ont entrainé de nombreuses préoccupations en ce qui concerne la stabilité du Kenya à l’ère de l’insécurité globale. Alors que le rétablissement de la paix continue, la coexistence entre groupes est toujours délicate car le Kenya compte au moins quarante-deux ethnies qui sont toutes distinctes les unes par rapport aux autres. Par ailleurs, l’ouverture d’une enquête judiciaire, par la Cour Pénale Internationale (CPI), contre quatre des six personnes présumées être les principaux auteurs des violences postélectorales de 2007/08, s’ajoute aux problèmes liés à la coexistence pacifique entre les différents groupes avant les prochaines élections. Cette thèse examine les politiques relatives à l’accommodation des différents groupes à travers les radios vernaculaires et comment ces politiques ont influencé les relations entre les groupes lors des conflits de 2007/08 au Kenya. Partant du constat qu’un conflit est un processus communicatif, elle intègre le concept d’encadrement médiatique à la théorie de Protracted Social Conflict (PSC) définie par Azar (1990) pour tracer non seulement les changements dans les discours d’encadrement de ces conflits, mais aussi pour illustrer les mutations des attitudes à l’égard des relations entre groupes survenues avant, durant et après ces conflits. Cette étude emploie principalement les méthodes qualitatives pour rassembler les données issues des trois régions au Kenya qui sont ethniquement et linguistiquement divergentes: Nyeri (la majorité Kikuyu), Kisumu (la majorité Luo) et Eldoret (la majorité Kalenjin). L’argument central de cette thèse est que l’encadrement des relations entre groupes, notamment lors des conflits, est soit différencié soit concerté dépendamment du stade auquel le conflit se manifeste. Alors que dans l’encadrement différencié, les discours médiatiques sont articulés de façon à ce que ceux-ci soient susceptibles d’entrainer une polarisation entre groupes, l’encadrement concerté décrit les discours médiatiques négociés de manière à ce que ceux-ci reflètent les valeurs partagées au travers des différents groupes, et donc sont susceptibles d’engendrer une coopération entre groupes. J’argumente que les changements dans le discours des radios vernaculaires prennent effet lorsque de nouveaux éléments sont ajoutés aux discours caractérisant un conflit déjà existant, et les « nouveaux significations » que ces éléments apportent à la compréhension du conflit en question. J’argumente également que le changement du l’encadrement différentiée à l’encadrement concerté (et vice-versa) dépende du degré de résonance de ces discours avec la population cible. De façon générale, cette étude suggère que le langage de diffusion et la proximité culturelle induisent l’encadrement entre groupes à travers les radios vernaculaires au Kenya. La force de cette thèse se trouve donc dans les perspectives analytiques qu’elle propose pour localiser les discours changeants lors des conflits, plus particulièrement dans les états multiethniques où les politiques d’accommodation entre les différents groupes demeurent toujours fragiles et conditionnelles.
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Cette thèse vise à mieux comprendre les tensions ethniques. Ceci est fait en explorant, dans une étude en quatre parties, l'une de ses caractéristiques les plus importantes mais sévèrement négligées: la langue. S’inspirant des traditions de recherche de la sociolinguistique, de la psychologie sociale et de la science politique, cette thèse fournit une analyse en profondeur de l'influence de la langue sur les relations intergroupes. Elle le fait, spécifiquement, en se concentrant sur l'influence que la vitalité linguistique, la santé sociale d'une langue, a sur les tensions sociales. Cette thèse propose un cadre théorique dans lequel le niveau de vitalité linguistique contribue à générer des griefs culturels qui ont une incidence par la suite sur les relations intergroupes. Le premier article explore la relation macro entre la vitalité linguistique et l'intensité des conflits intergroupes. Les résultats, dérivés de données de l'Atlas UNESCO des langues en danger dans le monde et du projet Minorities at Risk (MAR), démontrent une relation curvilinéaire où les niveaux bas et élevé de vitalité linguistique génèrent une intensité inférieure au niveau modéré de vitalité. Ces résultats confirment que la vitalité linguistique est un déterminant important des tensions ethniques fondées sur la langue d'une manière générale, mais encore davantage pour les pays ayant plusieurs minorités linguistiques. Le deuxième article explore l'influence de la vitalité linguistique sur la confiance politique. Il utilise des données de l'Atlas UNESCO des langues en danger dans le monde ainsi que des données du European Social Survey (ESS). Les résultats soutiennent un modèle de médiation dans lequel la vitalité linguistique influence positivement la confiance politique d'une manière directe ainsi qu’indirectement par le biais de la discrimination perçue. Le troisième article cherche à isoler la séquence socio-psychologique qui relie la vitalité linguistique aux tensions intergroupes. Des données de sondage originales ont été recueillies auprès de francophones du Québec, de l'Ontario, du Nouveau-Brunswick et du Manitoba. Les résultats d’analyses de régression multiple soutiennent une séquence socio-psychologique dans laquelle la menace endogroupe influence les attitudes envers l’exogroupe par le biais de la menace perçue comme étant causée par l’exogroupe. Ainsi, ces constats soulignent l'importance des perceptions de la vitalité linguistique pour les attitudes intergroupes. Le quatrième article, produit en collaboration avec Patrick Fournier et Veronica Benet-Martinez, utilise un protocole expérimental pour déterminer le rôle causal de la vitalité linguistique sur les attitudes intergroupes. Les résultats démontrent que le type d'information, positif ou négatif, au sujet de la vitalité linguistique influence les perceptions de menace envers une langue. Cependant, les résultats quant à l'impact de l’information à propos de la vitalité linguistique sur les attitudes envers l’exogroupe, l’appui à la souveraineté et l'identité subjective sont moins évidents. Cette thèse permet de mieux comprendre les tensions intergroupes en démontrant le rôle important que joue la vitalité linguistique sur des phénomènes macros ainsi que sur les attitudes des individus.
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Ce mémoire porte sur la constitution du tiers secteur français en tant qu’acteur social et politique. Dans de nombreux pays, les relations entre l’État et les organismes mutualistes, coopératifs et associatifs de la société civile (un ensemble hétérogène qu’on appelle ici le « tiers secteur ») ont été récemment formalisées par des partenariats. En France, cette institutionnalisation s’est concrétisée en 2001 par la signature d’une Charte (CPCA). Nous explorons l’hypothèse qu’à travers l’institutionnalisation, le tiers secteur français se construit en tant qu’acteur –ayant une (ou des) identités propres de même qu’un projet de société relativement bien défini. La perspective dominante présente dans la littérature internationale traitant de l’institutionnalisation des rapports entre l’État et le tiers secteur est celle d’une instrumentalisation des organisations du tiers secteur au détriment de leurs spécificités et de leur autonomie. Cette perspective nous semble limitative, car elle semble être aveugle à la capacité d’action des organisations. Par conséquent, dans ce mémoire, nous cherchons à comprendre si une transformation identitaire a eu lieu ou est en cours, au sein du tiers secteur français, et donc s’il se transforme en acteur collectif. Pour apporter certains éléments de réponse à nos hypothèses et questions de recherche, nous avons effectué une analyse des discours via deux sources de données; des textes de réflexion rédigés par des acteurs clés du tiers secteur français et des entretiens effectués avec certains d’entre eux au printemps 2003 et à l’automne 2005. Sur la base de deux inspirations théoriques (Hobson et Lindholm, 1997 et Melucci, 1991), notre analyse a été effectuée en deux étapes. Une première phase nous a permis d’identifier deux cadres cognitifs à partir desquels se définissent les acteurs du tiers secteur français, les cadres « association » et « économie solidaire ». Une deuxième phase d’analyse consistait à déterminer si les deux cadres cognitifs pouvaient être considérés comme étant des tensions existant au sein d’un seul et même acteur collectif. Nos résultats nous permettent de conclure que les organisations du tiers secteur français ne se perçoivent pas globalement comme un ensemble unifié. Néanmoins, nous avons pu dégager certains éléments qui démontrent que les cadres sont partiellement conciliables. Cette conciliation est grandement subordonnée aux contextes sociopolitiques et économiques français, européen et international et est également conditionnelle à la découverte d’un mode de fonctionnement convenant à tous les acteurs.
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Le présent mémoire est consacré à l'étude de l'obligation faite à l'État canadien de consulter les autochtones lorsqu'il envisage de prendre des mesures portant atteinte à leurs droits et intérêts. On s'y interroge sur le sens que peut avoir cette obligation, si elle n'inclut pas celle de s'entendre avec les autochtones. Notre étude retrace d'abord l'évolution de l'obligation de consulter dans la jurisprudence de la Cour suprême du Canada, pour se pencher ensuite sur l'élaboration d'un modèle théorique du processus consultatif. En observant la manière dont la jurisprudence relative aux droits ancestraux a donné naissance à l'obligation de consulter, on constate que c'est en s'approchant au plus près de l'idée d'autonomie gouvernementale autochtone - soit en définissant le titre ancestral, droit autochtone à la terre elle-même - que la Cour a senti le besoin de développer la consultation en tant que véritable outil de dialogue entre l'État et les Premières nations. Or, pour assurer la participation réelle des parties au processus de consultation, la Cour a ensuite dû balancer leur rapport de forces, ce qu'elle a fait en admettant le manque de légitimité du pouvoir étatique sur les autochtones. C'est ainsi qu'après avoir donné naissance au processus de consultation, la jurisprudence relative aux droits ancestraux pourrait à son tour être modifiée substantiellement par son entremise. En effet, l'égalité qu'il commande remet en question l'approche culturaliste de la Cour aux droits ancestraux, et pourrait l'amener à refonder ces droits dans le principe plus égalitaire de continuité des ordres juridiques autochtones. Contrairement à l'approche culturaliste actuelle, ce principe fait place à la reconnaissance juridique de l'autonomie gouvernementale autochtone. La logique interne égalitaire du processus de consultation ayant ainsi été exposée, elle fait ensuite l'objet d'une plus ample analyse. On se demande d'abord comment concevoir cette logique sur le plan théorique. Ceci exige d'ancrer la consultation, en tant qu'institution juridique, dans une certaine vision du droit. Nous adoptons ici celle de Lon Fuller, riche de sens pour nos fins. Puis, nous explicitons les principes structurants du processus consultatif. Il appert de cette réflexion que l'effectivité de la consultation dépend de la qualité du dialogue qu'elle engendre entre les parties. Si elle respecte sa morale inhérente, la consultation peut générer une relation morale unique entre les autochtones et l'État canadien. Cette relation de reconnaissance mutuelle est une relation de don.
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This is the full audio recording of the "Breaking the silence : International conference on the Indian residential schools commission of Canada" that took place at the University of Montreal on September 26-27, 2008. Enregistrement audio complets du colloque "Briser le silence" sur la Commission de vérité et de réconciliation sur les pensionnats indiens, ayant eu lieu à Montréal les 26 et 27 septembre 2008.
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Le phénomène de la mort a été et sera toujours présent au sein des sociétés. Bien que la mort soit une étape triste et pénible à vivre, elle n’en demeure pas moins un événement inévitable et bien réel. Cependant, il existe des moyens, comme la pratique des rites, permettant d’atténuer la souffrance causée par un décès. Malgré tout, il n’est pas rare de constater l’absence ou le peu de temps consacré aux rites lors d’un décès en milieu hospitalier (O’Gorman, 1998; Lemieux, 1991; Leonetti, 2004; Hamonet, 1992; Piquet, 1999; Hanus, 1999; Vachon, 2007; Hasendhal, 1998). Les raisons susceptibles d’être à l’origine de cette situation peuvent découler du fait que les progrès de la médecine et des technologies amènent à croire que l’être humain est invulnérable face à la mort et que celle-ci représente un échec vis-à-vis la maladie. Le manque de formation des soignants par rapport à la mort (Leonetti, 2004; Goopy, 2005; Blum, 2006) est aussi à considérer. Finalement, la tendance de certaines sociétés occidentales qui occultent et nient la mort (O’Gorman, 1998; Piquet, 1999; Matzo et al., 2001; MSSS, 2004; Leonetti, 2004; SFAP, 2005; Goopy, 2005) constitue une autre possibilité. Pourtant, offrir la possibilité aux familles de réaliser leurs rites en signe d’amour pour le défunt fait partie de la composante du soin spirituel lequel, est intégré dans les soins infirmiers. À notre connaissance, peu d’études ont exploré les rites dans un contexte de décès en milieu hospitalier, d’où la pertinence de s’y attarder. Ainsi, le but de la recherche consistait à décrire et à comprendre la signification des rites associés au décès de la personne soignée, pour des infirmières œuvrant en milieu hospitalier. Pour ce faire, l’étudiante-chercheuse a réalisé auprès de neufs infirmières, une étude qualitative de type phénoménologique, ayant comme perspective disciplinaire, la philosophie du caring de Watson (1979, 1988, 2006, 2008). L’analyse des verbatim, réalisée selon la méthodologie de Giorgi (1997), a permis d’obtenir 28 sous-thèmes émergeant des six thèmes suivant soit : a) accompagnement empreint de caring; b) respect incontesté de la dignité humaine et du caractère sacré des rites; c) réconfort spirituel des personnes, des familles et du personnel; d) conciliation des croyances culturelles et religieuses; e) mort comme phénomène existentiel; f) barrières face aux rites. Par la suite, a émergé de ces thèmes, l’essence de la signification des rites associés au décès de la personne soignée, pour des infirmières œuvrant en milieu hospitalier. L’essence correspond à : un hommage essentiel envers le défunt et sa famille, en dépit des nombreuses barrières qui freinent sa pratique. Plusieurs thèmes et sous-thèmes corroborent les résultats de quelques études et les propos théoriques de différents auteurs. Toutefois, le caractère inédit de quelques unes de nos conclusions révèle la nature novatrice de la présente recherche. Par conséquent, les résultats de cette étude peuvent sensibiliser les infirmières à comprendre les rites en milieu hospitalier et offrir des pistes d’interventions pouvant contribuer au renouvellement des pratiques de soins offerts en fin de vie. Enfin, accompagner les familles dans leur pratique des rites concourt certainement à promouvoir l’humanisation des soins.
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Cet article se penche sur le rapport de la conception républicaine de la liberté comme non-domination défendue par P. Pettit avec la conception de la liberté comme capabilité proposée par A. Sen. L’usage que fait Pettit de la conception défendue par Sen lui permet d’avancer une conception plus réaliste des préférences des individus en contexte social. Cette définition des «préférences décisives» guide toute sa démonstration de la compatibilité de la liberté comme capabilité avec la théorie néorépublicaine. Elle lui permet en outre de donner une valeur particulière à l’objectif social de lutte contre la précarité, précarité comprise comme situation dans laquelle un individu est placé sous la dépendance arbitraire d’un autre en l’empêchant de se mouvoir à sa guise dans le jeu social. Nous examinons les enjeux de cette articulation à la lumière de la réponse critique qui a été formulée par Sen à l’effet que la conception néorépublicaine limitait trop la pluralité sociale de la liberté. Enfin, nous esquissons une manière de réconcilier l’approche par les capabilités avec la conception républicaine.
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La tolérance et la neutralité sont habituellement considérées comme des réponses interchangeables ou du moins complémentaires à des situations de conflit et de désaccord moral. Malgré cette association traditionnelle, plusieurs auteurs ont récemment contesté la complémentarité, voire même la compatibilité, de ces deux notions. Cet article examine tout d’abord deux arguments qui visent à établir l’incompatibilité de la tolérance et de la neutralité. Il montre ensuite que si ces arguments ne sont pas probants, en ce sens qu’ils ne parviennent pas à montrer l’impossibilité d’une conciliation entre tolérance et neutralité, ils mettent néanmoins en évidence deux difficultés qui se dressent sur le chemin d’une telle conciliation. Il introduit enfin une conception particulière de la tolérance fondée sur l’idée de justice et indique comment elle permet de remédier aux difficultés précédemment mises en évidence.
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Cette thèse porte sur les conceptions d’Egon Bahr dans le domaine de la politique à l’Est (Ostpolitik) de la République fédérale d’Allemagne (RFA) entre 1945 et 1975. L’analyse se concentre sur le lien entre l’Ostpolitik et l’idée que Bahr se fait de la place et du rôle de l’Allemagne en Europe. Plus précisément, cette étude veut cerner les buts poursuivis par Bahr dans le cadre de la politique orientale. La première partie traite du développement conceptuel de l’Ostpolitik (1945-1969), tandis que la seconde examine sa mise en application entre l’élection de Willy Brandt comme chancelier de la RFA et la conclusion des accords d’Helsinki (1969-1975). Les principales sources utilisées sont les écrits de Bahr ainsi que des documents inédits se trouvant dans divers centres d’archives non seulement en Allemagne, mais aussi aux États-Unis, en France et en Grande-Bretagne. Pour Bahr, l’Ostpolitik ne saurait se résumer à l’élimination des obstacles qui gênent la diplomatie ouest-allemande durant la guerre froide. Bahr poursuit plutôt un projet nationaliste ambitieux dans le contexte des relations avec le bloc soviétique : créer les conditions d’une redéfinition de la place de l’Allemagne en Europe. Pour lui, l’Ostpolitik constitue un instrument idéal pour faire de l’Allemagne la puissance prépondérante dans un nouvel ordre de paix européen. Trois éléments complémentaires participent à l’accomplissement de cette vision : 1) la consolidation de la paix et de la sécurité continentales; 2) la réunification allemande et 3) l’émancipation de la politique étrangère (ouest-)allemande. Cette thèse éclaire la pensée politique de Bahr et contribue à une meilleure compréhension de la signification de l’Ostpolitik dans le contexte plus large de la politique étrangère de la RFA. Les conceptions de Bahr sont uniques dans l’Allemagne de la guerre froide parce qu’elles sont centrées sur les notions de puissance, d’intérêt national et de « normalité ». En même temps, Bahr comprend que la coopération doit toujours rester l’instrument diplomatique privilégié des Allemands vu leur position géographique centrale. À travers le prisme des conceptions de son « architecte », l’Ostpolitik apparaît comme un véritable effort de réconciliation entre la paix en Europe et l’affirmation de l’influence allemande sur la scène internationale.
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L’effervescence religieuse et politique au Cameroun engendre progressivement la fragmentation ethnique du peuple chrétien camerounais. Face à la manipulation politique, l’autre nom de l’injustice ethnique, la plupart des Camerounais et Camerounaises y compris les chrétiens réagissent désormais par le tribalisme, l’autre nom de la résignation ou mieux du déchirement social. Les Camerounais et Camerounaises donnent l’impression d’avoir perdu l’esprit de résistance/dissidence qui leur a valu la liberté ou mieux l’indépendance. Comment ignorer que de s’accoutumer au drame de la dérive ethnique, en s’installant, pour des raisons de survie, dans l’éclatement le plus abject, c’est opter pour l’asservissement volontaire d’un peuple qui mène inexorablement au génocide collectif ? Notre recherche repose sur l’hypothèse que les conflits ethniques ont pénétré la sphère du christianisme et font désormais partie des dysfonctionnements de l’Église du Cameroun. Ces dysfonctionnements internes nuisent à la crédibilité de l’Église. Il y a un lien entre les défaillances observées dans l’Église et les défaillances de la société Camerounaise. De plus, le rapport de convergence entre les rivalités ethniques et la religion, provoque un questionnement théologique inévitable : comment amener les différentes ethnies qui forment la plupart des États africains à un harmonieux vivre - ensemble inspiré par le mode de vie et de fonctionnement des Églises chrétiennes, au Cameroun en l'occurrence ? Faut-il se limiter à l’adoption d’une nouvelle image de l’Église par exemple l’Église-famille-de-Dieu, ou bien faut-il prendre le taureau par les cornes et éduquer les peuples africains à une culture de la paix ? La démarche de cette thèse s’inspire de la méthode adoptée par la théologie pratique, c’est-à-dire la praxéologie1, en relation avec la théologie contextuelle2, au niveau du lien avec les méthodes d’analyses des sciences sociales et sciences humaines, et au niveau de sa dimension prophétique créatrice. Elle est construite autour de quatre coordonnées: observation (médiation sociale), interprétation (médiation herméneutique), intervention pastorale (médiation pratique) et prospective. 1 Cf. G. ROUTHIER, et M.VIAU, (dir.), Précis de théologie pratique, Montréal/Bruxelles, Novalis/Lumen Vitae, 2004, 819 p. 2 Cf. C. BOFF, Théorie et pratique . La méthode des théologies de la libération, Paris, Cerf, 1990, 400 p. ii La thèse comporte quatre parties. La première partie (chapitres 1, 2 et 3) consacrée à l’observation cerne la problématique du vivre ensemble multiethnique, pour permettre de mieux percevoir la manifestation du phénomène du tribalisme dans l’Église (les Églises) et la société camerounaise. Elle montre que des situations dramatiques, de malheurs, de pauvreté, de famine, de conflits et de guerres sont causées en partie par le tribalisme exclusif. La deuxième partie (chapitres 4 et 5) porte sur la question du sens. Elle analyse et met à l’épreuve la compréhension du phénomène du tribalisme et des conflits ethniques dans la société et dans les Églises du Cameroun. Sont ainsi abordés, successivement, les principales articulations du tribalisme, la stratégie mise sur pied (diviser pour mieux régner) pour la transformation des structures sociales au Cameroun pendant la colonisation, puis récupérée par les politiciens comme idéologie politique depuis les indépendances. Nous en sommes arrivés à constater que cette idéologie a conduit à une profonde déstructuration de la société camerounaise jusque dans l’Église (les Églises). La troisième partie (chapitres 6 et 7) est consacrée à la pratique ecclésiale du dialogue de la diversité ethnique africaine pour la paix ; nous y montrons comment les solidarités ethniques purifiées au feu de l’Évangile peuvent avoir une influence sur la pratique chrétienne. Nous cherchons ensuite à démontrer que le dialogue interethnique bien articulé est le chemin de la réconciliation. La quatrième partie (chapitre 8) est un effort pour passer de l’utopie mise en pratique à une pratique en forme d’utopie. Nous cherchons à montrer que le dialogue pastoral enrichi par la diversité ethnique et religieuse entraînera la transformation de l’Église locale dans son interaction avec les différentes ethnies du Cameroun et d’Afrique.
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Avant-propos: La résolution de conflits s’est installée dans les cursus universitaires comme une discipline à part entière sinon comme une orientation au sein de plusieurs sciences sociales. En effet, ce champ d’étude fait de plus en plus l’objet de réflexions en sciences politiques, en sociologie, en anthropologie, etc, et ce, de par l’interdisciplinarité des questionnements qui en relèvent. Toutefois, la dimension religieuse, souvent considérée comme source de conflits, est quasi inexistante lorsqu’il est question d’approches de résolution. Nous nous proposons donc d’examiner la solha, une pratique proche orientale au sein de laquelle le fait religieux est une composante essentielle à la réconciliation escomptée. Note concernant la translittération: Les termes provenant de l’arabe feront l’objet d’une translittération phonétique basée sur le français. Notez que les translittérations en langue française sont différentes de celle en langue anglaise. Par exemple, le terme solha trouvera son équivalent anglais dans le terme sulha (d’où la différence d’orthographe entre le contenu de cette étude et les citations qui proviennent d’articles anglophones). De plus, notez que le genre (féminin, masculin) des termes translittérés reprendra celui de la langue d’origine, l’arabe. Ainsi, solha sera féminin, jaha aussi, etc… Finalement, pour des raisons de clarté, les termes translittérés seront tous en italique dans le texte.
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[Français] Une fraction importante des génomes eucaryotes est constituée de Gènes Répétés en Tandem (GRT). Un mécanisme fondamental dans l’évolution des GRT est la recombinaison inégale durant la méiose, entrainant la duplication locale (en tandem) de segments chromosomiques contenant un ou plusieurs gènes adjacents. Différents algorithmes ont été proposés pour inférer une histoire de duplication en tandem pour un cluster de GRT. Cependant, leur utilisation est limitée dans la pratique, car ils ne tiennent pas compte d’autres événements évolutifs pourtant fréquents, comme les inversions, les duplications inversées et les délétions. Cette thèse propose différentes approches algorithmiques permettant d’intégrer ces événements dans le modèle de duplication en tandem classique. Nos contributions sont les suivantes: • Intégrer les inversions dans un modèle de duplication en tandem simple (duplication d’un gène à la fois) et proposer un algorithme exact permettant de calculer le nombre minimal d’inversions s’étant produites dans l’évolution d’un cluster de GRT. • Généraliser ce modèle pour l’étude d’un ensemble de clusters orthologues dans plusieurs espèces. • Proposer un algorithme permettant d’inférer l’histoire évolutive d’un cluster de GRT en tenant compte des duplications en tandem, duplications inversées, inversions et délétions de segments chromosomiques contenant un ou plusieurs gènes adjacents.
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Une réconciliation entre un arbre de gènes et un arbre d’espèces décrit une histoire d’évolution des gènes homologues en termes de duplications et pertes de gènes. Pour inférer une réconciliation pour un arbre de gènes et un arbre d’espèces, la parcimonie est généralement utilisée selon le nombre de duplications et/ou de pertes. Les modèles de réconciliation sont basés sur des critères probabilistes ou combinatoires. Le premier article définit un modèle combinatoire simple et général où les duplications et les pertes sont clairement identifiées et la réconciliation parcimonieuse n’est pas la seule considérée. Une architecture de toutes les réconciliations est définie et des algorithmes efficaces (soit de dénombrement, de génération aléatoire et d’exploration) sont développés pour étudier les propriétés combinatoires de l’espace de toutes les réconciliations ou seulement les plus parcimonieuses. Basée sur le processus classique nommé naissance-et-mort, un algorithme qui calcule la vraisemblance d’une réconciliation a récemment été proposé. Le deuxième article utilise cet algorithme avec les outils combinatoires décrits ci-haut pour calculer efficacement (soit approximativement ou exactement) les probabilités postérieures des réconciliations localisées dans le sous-espace considéré. Basé sur des taux réalistes (selon un modèle probabiliste) de duplication et de perte et sur des données réelles/simulées de familles de champignons, nos résultats suggèrent que la masse probabiliste de toute l’espace des réconciliations est principalement localisée autour des réconciliations parcimonieuses. Dans un contexte d’approximation de la probabilité d’une réconciliation, notre approche est une alternative intéressante face aux méthodes MCMC et peut être meilleure qu’une approche sophistiquée, efficace et exacte pour calculer la probabilité d’une réconciliation donnée. Le problème nommé Gene Tree Parsimony (GTP) est d’inférer un arbre d’espèces qui minimise le nombre de duplications et/ou de pertes pour un ensemble d’arbres de gènes. Basé sur une approche qui explore tout l’espace des arbres d’espèces pour les génomes considérés et un calcul efficace des coûts de réconciliation, le troisième article décrit un algorithme de Branch-and-Bound pour résoudre de façon exacte le problème GTP. Lorsque le nombre de taxa est trop grand, notre algorithme peut facilement considérer des relations prédéfinies entre ensembles de taxa. Nous avons testé notre algorithme sur des familles de gènes de 29 eucaryotes.