Utilisation des bases de données bibliographiques spécialisées en traduction médicale

Département de linguistique et de traduction

Les bases de données génétiques populationnelles : Un encadrement éthique Et juridique spécifique nécessaire ?

Les récentes avancées scientifiques et les nouveaux développements technologiques, notamment l’avènement de la bioinformatique, ont conduit à l’émergence de bases de données génétiques aux caractéristiques et structures différentes, et, parallèlement à la prolifération de textes éthiques et juridiques visant à en réglementer les aspects.

L’éthique de la valorisation des bases de données et des banques de matériel créées à des fins de recherche : une étude empirique et normative

La recherche du premier chapitre de ce mémoire a été menée en collaboration avec les co-chercheurs suivants: Catherine Olivier et Michel Bergeron.

Surveillance de maladies chroniques à l'aide des données administratives : cas de l'asthme au Québec

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Mesure de la mortalité des médecins au Québec à partir de données administratives

Ce mémoire de recherche a pour objectif d’obtenir une mesure approximative de la mortalité des hommes médecins au Québec retenus dans l’étude. En plus d’analyser l’évolution de la mortalité de ces médecins pendant les périodes 1993-1998, 1999-2004 et 2005-2010, leur mortalité est comparée à celle de l’ensemble de la population masculine québécoise. Nous comparons également la mortalité des médecins omnipraticiens à celle des médecins spécialistes. Les données utilisées dans le cadre de ce mémoire proviennent d’un fichier administratif du Collège des médecins du Québec, qui contient des informations concernant un certain nombre de médecins qui ont obtenu un permis pour pratiquer la médecine au Québec, sans égard à leur statut au sein du Collège à la date de l’émission du fichier. Ces données n’ont pas été collectées à des fins statistiques et ainsi le fichier présente certaines limitations qui ont restreint nos analyses de mortalité, notamment le fait qu’elles ne nous fournissent pas la population à risque de décéder durant chacune des périodes étudiées. Cependant, même étant consciente que des biais se produiraient, nous avons calculé deux estimations de l’exposition au risque de mourir chez les médecins, en essayant de pallier le plus possible les limites du fichier. À partir de la première méthode de calcul, nous avons estimé les taux de mortalité par groupes quinquennaux d’âge entre 40 et 75 ans pour les médecins inscrits au tableau des membres. En contrepartie, à partir de la deuxième méthode de calcul, nous avons obtenu des taux de mortalité pour les mêmes groupes d’âge pour les médecins de tous statuts confondus et enregistrés dans le fichier de données. Nous croyons à des mesures acceptables de la mortalité des hommes médecins en autant qu’elle soit analysée en tenant compte de toutes les limites des données. Les résultats obtenus démontrent une diminution de la mortalité des hommes médecins d’une période à l’autre, mais les différences ne sont significatives que pour les groupes d’âge à partir d’environ 60 ans, surtout lorsque les taux des périodes 1993-1998 et 2005-2010 sont comparés. De plus, pour toutes les périodes analysées, la mortalité de l’ensemble de la population masculine québécoise s’avère plus élevée que celle des hommes médecins enregistrés dans le fichier de données et cela pour les deux méthodes de calcul de l’exposition au risque de décéder considérées. Finalement, cette étude ne montre pas de différence significative entre la mortalité des hommes médecins omnipraticiens et celle des hommes médecins spécialistes.

Une analyse en milieu de travail : Étude de cas d'une firme de sondage

[français] L’objectif de cette recherche est d’analyser l’organisation interne d’une firme de sondage sous l’angle des sphères du milieu de travail telles qu’identifiées par Bélanger, Giles et Murray (2004), soient : la gestion de la production, l’organisation du travail et la relation à l’emploi. Plus spécifiquement, nous chercherons à savoir comment se comporte la firme enquêtée face à la gestion de la flexibilité organisationnelle et quel est l’impact de celle-ci sur les trois sphères du travail. L’analyse utilise la méthodologie de l’étude de cas et fait appel à divers types de matériaux : des observations ponctuelles, des entrevues informelles et les bases de données administratives ainsi que les rapports d’évaluation des entrevues téléphoniques effectuées par les intervieweurs. De même, l’analyse des résultats utilise à la fois des méthodes plus classiques telles que les corrélations ainsi que des représentations graphiques et des analyses qualitatives. L’analyse permet de repérer une logique de fonctionnement à l’œuvre dans les différentes sphères de l’emploi : l’importante standardisation des processus de travail (dans le champ de la gestion de la production), la réduction des marges de manœuvre (dans le champ de l’organisation du travail) et la non reconnaissance de l’expertise des intervieweurs (dans le champ de la relation à l’emploi). Les contradictions repérées dans l’analyse, entre les sphères de l’emploi et les objectifs de flexibilité, montrent que les structures mises en place bloquent, dans une certaine mesure, la capacité d’initiative et d’adaptation que la flexibilité exige. La recherche a montré que ce qu’on demande aux intervieweurs est à la fois le reflet des exigences de la flexibilité, tel que constaté dans ce mémoire, mais aussi, des exigences sociales face à la méthodologie de sondage. Tout porte à déduire que celles-ci peuvent engendrer un plafonnement de la performance des employés. Mots-clés : centres d’appels, intervieweurs, firmes de sondage, flexibilité organisationnelle, gestion de la production, organisation du travail, relation à l’emploi, travail émotionnel.

Le risque de mortalité périnatale associé à l’asthme et à l’utilisation de corticostéroïdes inhalés pendant la grossesse

L’asthme maternel complique environ 3,4% à 12,4% des grossesses dans les pays développés ce qui en fait une des maladies chroniques les plus fréquentes pouvant engendrer de sérieux problèmes médicaux chez la mère et le fœtus. D’autre part, un taux relativement important de femmes enceintes, soit 4 à 7%, utilisent des médicaments anti-asthmatiques. La mortinaissance, la mortalité néonatale et/ou la mortalité périnatale sont les issues de grossesses les plus dramatiques pour l’enfant et la famille. Toutefois, l’effet de l’asthme et de l’utilisation des corticostéroïdes inhalés (CSI) pendant la grossesse sur ces complications a été inadéquatement évalué. La majorité des études qui ont évalué ces associations souffraient d’un manque de puissance statistique et/ou d’une absence ou d’un ajustement inadéquat pour les variables potentiellement confondantes. Les travaux présentés dans cette thèse ont donc pour objectif d’évaluer le risque de mortalité périnatale chez les femmes asthmatiques comparativement aux femmes non- asthmatiques. Cette thèse vise également à évaluer si les femmes asthmatiques exposées aux CSI courent plus de risque de mortalité périnatale que les femmes asthmatiques non exposées et si le risque de mortalité périnatale varie en fonction de la dose quotidienne de CSI utilisée par la mère pendant la grossesse. À l’aide du croisement de trois bases de données administratives du Québec, une large cohorte de femmes asthmatiques et non-asthmatiques qui ont eu au moins une grossesse entre 1990 et 2002 a été construite (n=41 142). À partir de cette cohorte, deux cohortes de grossesses ont été constituées. Les deux premières études présentées dans cette thèse sont basées sur toute la cohorte alors que la dernière étude est basée uniquement sur les grossesses de femmes asthmatiques. Une étude de cohorte a d’abord été réalisée afin d’évaluer l’effet de l’asthme maternel sur le risque de mortalité périnatale permettant l’ajustement pour les variables provenant des bases de données administratives. Afin de mieux estimer le risque de mortalité périnatale chez les femmes asthmatiques une étude de cohorte comprenant deux phases d’échantillonnage a ensuite été réalisée à l’aide d’informations additionnelles sur le tabagisme, l’utilisation de drogue illicite et l’histoire de mortinaissances, colligées à partir du dossier médical de la mère. Finalement, le risque de mortalité périnatale chez les femmes asthmatiques qui ont utilisé des CSI pendant la grossesse et le risque de mortalité périnatale en fonction de la dose moyenne quotidienne de CSI consommée par la mère pendant la grossesse ont été investigués à l’aide d’une étude de cohorte à deux phases d’échantillonnage chez les femmes asthmatiques uniquement. Nous avons premièrement observé que l’asthme pendant la grossesse pourrait augmenter le risque de mortalité périnatale due à l’augmentation du risque de bébés de petits poids et de bébés prématurés chez les femmes asthmatiques (OR=1,30; IC 95%: 1,05-1,57). Toutefois, après avoir ajusté pour le tabagisme pendant la grossesse, le risque relatif de mortalité périnatale a diminué à 12% et l’association n’est pas demeurée statistiquement significative (OR= 1,12; IC 95%: 0,87-1,45). Finalement, l’utilisation de CSI pendant la grossesse, lorsque la dose n’a pas été considérée, n’a pas été associé à une augmentation significative du risque de mortalité périnatale (OR= 1,07; IC 95% : 0,70-1,61) et un effet protecteur non-significatif de l’utilisation de doses de CSI de 250 ug ou moins par jour a été observé (OR=0,89; IC 95%: 0,55 -1,44). Toutefois, les femmes qui ont pris des doses >250 ug/jour avaient un risque accru de mortalité périnatale de 52%, mais cette association n’était pas statistiquement significative (OR=1,52; IC 95%: 0,62-3,76). Cette augmentation du risque pourrait toutefois résulter d’un ajustement imparfait pour la sévérité et le contrôle de l’asthme (les femmes asthmatiques qui ont utlisé >250 ug/jour sont susceptibles d’avoir un asthme plus sévère ou inadéquatement maîtrisé). Les conclusions de nos travaux qui sont plutôt rassurantes pourront contribuer à une meilleure prise en charge des femmes enceintes asthmatiques, à aider les médecins dans la prescription de CSI pendant la grossesse et à rassurer les femmes enceintes souffrant d’asthme et les femmes enceintes qui doivent utiliser des CSI. Toutefois, des études supplémentaires sont nécessaires afin de pouvoir conclure que l’utilisation de doses plus élevées de CSI (>250 ug/jour) pendant la grossesse sont sécuritaires.

Use of anti-infective drugs during pregnancy : prevalence, predictors of use and the risk of preterm birth and small-for-gestational-age newborns

Résumé: Les anti-infectieux sont parmi les médicaments les plus utilisés pendant la grossesse. Les indications pour l’utilisation de ces médicaments, telles que les infections bactériennes, figurent parmi les facteurs de risque les plus importants pour la prématurité et les enfants nés petits pour l'âge gestationnel («Small-for-gestational-age », SGA). Ces complications de la grossesse peuvent avoir des incidences sur la santé du nouveau né et sur son développement futur. Compte tenu des impacts sur la santé de la mère et de l’enfant, la prise en charge et le traitement efficace de ces infections sont impératifs. Cependant, l'utilisation des anti-infectieux, pour éviter des issues de grossesse défavorables, fait l’objet d’une controverse dans la littérature. Cette controverse est en partie liée à la qualité méthodologique discutable des études disponibles sur le sujet. Les quatre études présentées dans cette thèse ont donc pour objectif d’investiguer l’utilisation des anti-infectieux durant la grossesse ainsi que d’évaluer le risque de prématurité et de SGA après utilisation de ces médicaments en période gestationnelle. Une révision systématique de la littérature sur l’utilisation du métronidazole durant la grossesse est également présentée. Nous avons utilisé, comme source de données le Registre des Grossesses du Québec, une cohorte longitudinale conçue à partir du jumelage de trois bases de données administratives de la province du Québec (RAMQ, Med-Echo et ISQ). Le registre fournit des informations sur les prescriptions, les services pharmaceutiques et médicaux, ainsi que des donnés sur les soins d’hospitalisation de courte durée et démographiques. Les deux premières études présentées dans cette thèse ont eu pour objectif d’évaluer la prévalence, les tendances, les indications et les prédicteurs de l’utilisation des anti-infectieux dans une cohorte, extraite du registre, de 97 680 femmes enceintes. A l’aide d’un devis cas-témoins, les 2 dernières études ont mesuré l’association entre l’utilisation d’anti-infectieux durant les 2 derniers trimestres de grossesse et le risque de prématurité et de SGA, respectivement. Un cas de prématurité a été défini comme un accouchement survenu avant 37 semaines de gestation. Un cas de SGA a été défini comme l’accouchement d’un enfant dont le poids à la naissance se situe sous le 10ème percentile du poids normalisé à la naissance (compte tenu de l’âge gestationnel et du sexe du bébé). Les données ont été recueillies pour les agents systémiques oraux, ainsi que pour les classes et les agents individuels. Nos résultats ont montré que la prévalence de l’utilisation des anti-infectieux durant la grossesse était comparable à celle d’autres études déjà publiées (25%). Nous avons observé une augmentation de l’utilisation des agents plus anciens et ayant des profils d’innocuité connus. Les prédicteurs de l’usage en début de grossesse identifiés sont : avoir eu plus de deux différentes prescriptions (OR ajusté = 3,83, IC 95% : 3,3-4,3), avoir eu un diagnostic d’infection urinaire (OR= 1,50, IC 95% : 1,3-1,8) et un diagnostic d’infection respiratoire (OR= 1,40, IC 95% : 1,2-1,6). L’utilisation des macrolides a été associée à une diminution du risque de prématurité (OR =0,65, IC 95% : 0,50-0,85). En revanche, les femmes ayant été exposées au métronidazole ont vu leur risque augmenté de 80% (OR=1,81, IC 95% : 1,30-2,54). L’utilisation d’azithromycine a été associée à une diminution importante du risque chez les femmes ayant un diagnostic de rupture prématurée des membranes (OR=0,31, IC 95% : 0,10-0,93). Cependant, l'utilisation de sulfaméthoxazole-triméthoprime (SXT) a été significativement associée à une augmentation du risque de SGA (OR= 1,61, IC 95% : 1,16-2,23), tandis que celle des anti-infectieux urinaires a été associée à une diminution du risque (OR= 0,80, 95%CI : 0.65-0.97). Les conclusions de nos travaux suggèrent que l’utilisation des macrolides et des pénicillines diminuent le risque de prématurité et de SGA. Nous devons considérer l'utilisation de différents choix thérapeutiques tels que l’azithromycine, lors de la prise en charge des infections pouvant induire la prématurité et le SGA.

Features of neighbourhood environments associated with obesity and related health behaviours in children: using multiple statistical approaches to identify obesogenic environments

Contexte: L'obésité chez les jeunes représente aujourd’hui un problème de santé publique à l’échelle mondiale. Afin d’identifier des cibles potentielles pour des stratégies populationnelles de prévention, les liens entre les caractéristiques du voisinage, l’obésité chez les jeunes et les habitudes de vie font de plus en plus l’objet d’études. Cependant, la recherche à ce jour comporte plusieurs incohérences. But: L’objectif général de cette thèse est d’étudier la contribution de différentes caractéristiques du voisinage relativement à l’obésité chez les jeunes et les habitudes de vie qui y sont associées. Les objectifs spécifiques consistent à: 1) Examiner les associations entre la présence de différents commerces d’alimentation dans les voisinages résidentiels et scolaires des enfants et leurs habitudes alimentaires; 2) Examiner comment l’exposition à certaines caractéristiques du voisinage résidentiel détermine l’obésité au niveau familial (chez le jeune, la mère et le père), ainsi que l’obésité individuelle pour chaque membre de la famille; 3) Identifier des combinaisons de facteurs de risque individuels, familiaux et du voisinage résidentiel qui prédisent le mieux l’obésité chez les jeunes, et déterminer si ces profils de facteurs de risque prédisent aussi un changement dans l’obésité après un suivi de deux ans. Méthodes: Les données proviennent de l’étude QUALITY, une cohorte québécoise de 630 jeunes, âgés de 8-10 ans au temps 1, avec une histoire d’obésité parentale. Les voisinages de 512 participants habitant la Région métropolitaine de Montréal ont été caractérisés à l’aide de : 1) données spatiales provenant du recensement et de bases de données administratives, calculées pour des zones tampons à partir du réseau routier et centrées sur le lieu de la résidence et de l’école; et 2) des observations menées par des évaluateurs dans le voisinage résidentiel. Les mesures du voisinage étudiées se rapportent aux caractéristiques de l’environnement bâti, social et alimentaire. L’obésité a été estimée aux temps 1 et 2 à l’aide de l’indice de masse corporelle (IMC) calculé à partir du poids et de la taille mesurés. Les habitudes alimentaires ont été mesurées au temps 1 à l'aide de trois rappels alimentaires. Les analyses effectuées comprennent, entres autres, des équations d'estimation généralisées, des régressions multiniveaux et des analyses prédictives basées sur des arbres de décision. Résultats: Les résultats démontrent la présence d’associations avec l’obésité chez les jeunes et les habitudes alimentaires pour certaines caractéristiques du voisinage. En particulier, la présence de dépanneurs et de restaurants-minutes dans le voisinage résidentiel et scolaire est associée avec de moins bonnes habitudes alimentaires. La présence accrue de trafic routier, ainsi qu’un faible niveau de prestige et d’urbanisation dans le voisinage résidentiel sont associés à l’obésité familiale. Enfin, les résultats montrent qu’habiter un voisinage obésogène, caractérisé par une défavorisation socioéconomique, la présence de moins de parcs et de plus de dépanneurs, prédit l'obésité chez les jeunes lorsque combiné à la présence de facteurs de risque individuels et familiaux. Conclusion: Cette thèse contribue aux écrits sur les voisinages et l’obésité chez les jeunes en considérant à la fois l'influence potentielle du voisinage résidentiel et scolaire ainsi que l’influence de l’environnement familial, en utilisant des méthodes objectives pour caractériser le voisinage et en utilisant des méthodes statistiques novatrices. Les résultats appuient en outre la notion que les efforts de prévention de l'obésité doivent cibler les multiples facteurs de risque de l'obésité chez les jeunes dans les environnements bâtis, sociaux et familiaux de ces jeunes.

Impact de la non-adhésion aux statines sur la survenue d'événements coronariens en prévention primaire dans un contexte réel d'utilisation

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Pour une utilisation optimale des données personnelles à des fins de recherche : vers un réseau de ressources collectives

Thèse par articles. Articles (4) annexés à la thèse en fichiers complémentaires.

Favoriser le développement du rôle des infirmières chefs afin d'accroître les pratiques basées sur des résultats probants en centre hospitalier

Travail dirigé présenté à la Faculté des sciences infirmières en vue de l'obtention du grade de maître ès Sciences (M.Sc.)

Typage de la classe génotypique du gène PRDM9 à partir de données de séquençage de Nouvelle Génération

Les positions des évènements de recombinaison s’agrègent ensemble, formant des hotspots déterminés en partie par la protéine à évolution rapide PRDM9. En particulier, ces positions de hotspots sont déterminées par le domaine de doigts de zinc (ZnF) de PRDM9 qui reconnait certains motifs d’ADN. Les allèles de PRDM9 contenant le ZnF de type k ont été préalablement associés avec une cohorte de patients affectés par la leucémie aigüe lymphoblastique. Les allèles de PRDM9 sont difficiles à identifier à partir de données de séquençage de nouvelle génération (NGS), en raison de leur nature répétitive. Dans ce projet, nous proposons une méthode permettant la caractérisation d’allèles de PRDM9 à partir de données de NGS, qui identifie le nombre d’allèles contenant un type spécifique de ZnF. Cette méthode est basée sur la corrélation entre les profils représentant le nombre de séquences nucléotidiques uniques à chaque ZnF retrouvés chez les lectures de NGS simulées sans erreur d’une paire d’allèles et chez les lectures d’un échantillon. La validité des prédictions obtenues par notre méthode est confirmée grâce à analyse basée sur les simulations. Nous confirmons également que la méthode peut correctement identifier le génotype d’allèles de PRDM9 qui n’ont pas encore été identifiés. Nous conduisons une analyse préliminaire identifiant le génotype des allèles de PRDM9 contenant un certain type de ZnF dans une cohorte de patients atteints de glioblastomes multiforme pédiatrique, un cancer du cerveau caractérisé par les mutations récurrentes dans le gène codant pour l’histone H3, la cible de l’activité épigénétique de PRDM9. Cette méthode ouvre la possibilité d’identifier des associations entre certains allèles de PRDM9 et d’autres types de cancers pédiatriques, via l’utilisation de bases de données de NGS de cellules tumorales.

Dépistage du décrochage scolaire à l’aide d’informations administratives ou auto-rapportées

Les adolescents qui décrochent de l’école secondaire arrivent difficilement à s’intégrer dans une économie axée sur le savoir et éprouvent plusieurs problèmes d’ajustement à l’adolescence et à l’âge adulte. Pour prévenir le décrochage scolaire, une étape cruciale consiste à dépister efficacement les élèves les plus à risque. Deux formes de dépistage axées sur des données peuvent être utilisées en milieu scolaire: une forme utilisant des informations auto-rapportées par les élèves à partir de questionnaires, et une autre fondée sur des informations administratives consignées au dossier des élèves. Toutefois, à notre connaissance, l’efficacité de ces différentes modalités n’a jamais été comparée directement. De plus, il est possible que l’efficacité relative de ces outils de dépistage soit différente selon le sexe de l’élève. Cette étude vise à comparer différents outils de dépistage pour prédire le décrochage scolaire, en tenant compte de l’effet modérateur du sexe. Les outils utilisés seront a) un questionnaire auto-rapporté validé (Archambault et Janosz, 2009) et b) un outil conçu à l’aide de données administratives, créé par une commission scolaire du Québec. La comparaison de ces outils est effectuée en termes de qualités psychométriques et d’aspect pratique pour le milieu scolaire. Pour ce faire, un échantillon de 1557 élèves (50% de garçons), âgé entre 14 et 18 ans est utilisé. Les résultats indiquent que l’indice administratif possède une capacité discriminante adéquate, mais inférieure à celle de l’indice auto-rapportée, jugée excellente. L’effet modérateur du sexe n’a pas été confirmé. Les avantages et inconvénients respectifs de ces deux modes de dépistage sont discutés.

La physiothérapie aux soins intensifs basée sur les données probantes

Dans le cadre du cours PHT-6123 : Travail d’intégration