Prise en charge actualisée en physiothérapie des individus porteurs de prothèse totale de genou

Travail d'intégration présenté à la Faculté de médecine en vue de l’obtention du grade de maîtrise professionnelle en physiothérapie

Élaboration d’un programme de formation continue en ligne sur les soins palliatifs aux personnes atteintes d’insuffisance cardiaque

Travail dirigé présenté à la Faculté des études supérieures et postdoctorales en vue de l’obtention du grade de Maître ès sciences (M.sc.) en soins infirmiers option formation

Le leadership interstitiel, le champ d'action des Amérindiens ou le pouvoir dans la marge : l'exemple de la communauté algonquine de Kitigan Zibi (Québec)

Quel est le champ d’action des Amérindiens dans le contexte politique canadien? Malgré les tentatives de l’État canadien de briser la structure politique traditionnelle des Autochtones en introduisant le système électif et politique du conseil de bande, ceux-ci sont loin d'avoir été des victimes passives. L'étude du leadership interstitiel est la ligne directrice de cette thèse car il est la clé d’une pratique politique « in the cracks » qui confère un pouvoir marginal aux Amérindiens. En s'intéressant aux conditions historiques et sociales de déploiement de l’arène politique en milieu de réserve, il est possible de comprendre la quotidienneté et la contemporanéité de l’exercice du pouvoir au sein d’une population minoritaire fortement politisée. La recherche ethnographique porte sur la politique locale de la communauté algonquine de Kitigan Zibi (Québec). L’analyse des acteurs anishnabeg a montré une variabilité du leadership politique chez les Algonquins et l’existence de différents types de leader malgré l’imposition d’une fonction de chef par la Loi sur les Indiens. Le contrôle des affaires politiques officielles d’une bande par les agents coloniaux, c'est-à-dire les missionnaires et les agents indiens, n’a pas donné lieu à un contrôle total de sa dynamique politique interne et de ses membres. L'enquête de terrain a dévoilé que les diverses manifestations et actions politiques menées par les Anishnabeg s’avèrent être des stratégies du pouvoir dans la marge, une forme quotidienne de résistance face aux nouvelles façons de faire la politique établies par les autorités canadiennes, des ruses et des tactiques employées pour tenter de changer le système formel en remettant en question le pouvoir des Affaires indiennes. La contestation et la résistance ne sont toutefois pas l’unique moteur du leadership et de la politique amérindienne. En fait, le leadership politique chez les Kitigan Zibi Anishnabeg est aussi basé sur diverses représentations (traditionnelles, spirituelles, symboliques) qui ont permis aux Algonquins de préserver une identité politique malgré certaines ruptures et transformations introduites dans leur société par les colonisateurs. Les ambiguïtés, les contradictions et les paradoxes de la quotidienneté politique d’une bande autochtone ne sont pas que le résultat de la rencontre d’un univers politique Autre, mais aussi l’aboutissement de l’évolution et de la reconstruction d’un système sociopolitique traditionnel et de ses dynamiques internes reliées au pouvoir, d’une redéfinition de l’autorité et de la légitimité du politique, de l'essor de leaders nouveau genre pour répondre adéquatement aux exigences politiques de la vie en réserve. La politique de réserve n’est pas une chose concrète mais plutôt une dynamique dans un temps et dans un lieu donné, au chevauchement culturel de diverses traditions politiques et formes d’autorité, au truchement de divers espaces (imposé ou symbolique) et institutions (formelle et informelle). Les Algonquins se renouvellent continuellement politiquement au sein de leur système. Ceci n’est pas un effet de l’acculturation, d’une hybridité ou de la modernité mais relève bien de la tradition. Le rattachement de fonctions et dynamiques traditionnelles à la structure formelle constitue un début de gouvernance « par le bas ». Cette dernière renouvelle de l’intérieur, par l’établissement d’un dialogue, la relation entre les leaders autochtones et les représentants de l’État, ce qui donne aux acteurs locaux une marge de manœuvre. Les Algonquins ont saisi les incompatibilités des deux systèmes – blanc et autochtone – pour définir un nouveau territoire, « in the cracks », qui devient leur domaine d’action. L'analyse de la flexibilité du leadership algonquin, de la vision eurocanadienne du leadership amérindien, de l’usage instrumental des exigences de l’État, des élections et des éligibles contemporains, de l'empowerment des femmes algonquines et du leadership féminin en milieu de réserve, a révélé que le leadership interstitiel est une force politique pour les Kitigan Zibi Anishnabeg. En portant un regard critique sur la politique locale dans le quotidien d'une bande et en incluant les voix autochtones, il est possible d’observer le processus de décolonisation et des formes embryonnaires de pratiques postcoloniales au sein des réserves. Cette recherche a démontré que le chef et les autres leaders sont au cœur de cette dynamique politique dans les marges, de l’essor et de l’émancipation politique de leur bande.

Pressions et stratégies dans la formation professionnelle universitaire : le cas de la formation des directions d’établissement scolaire du Québec (1988-1989 à 2008-2009)

La multiplication des formations professionnelles universitaires (FPU) a poussé plusieurs chercheurs à s’intéresser aux caractéristiques de ces formations, leur perméabilité à une multitude de pressions étant l’une des plus fréquemment relevées. Ainsi, les unités responsables de FPU sont confrontées à des pressions diverses et souvent contradictoires. Si les écrits scientifiques sur les FPU témoignent bien de cette réalité, ceux-ci nous informent moins bien de la manière dont les unités responsables de ce type de formation répondent à ces pressions. Cette thèse a donc fait appel à plusieurs concepts de l’approche institutionnelle issue de la sociologie des organisations pour analyser l’évolution récente de la FPU destinée aux directions d’établissement scolaire (DES) du Québec, un champ qui a connu d’importantes transformations au cours des vingt-cinq dernières années. Construite sur une étude de cas interprétative dite à « unités enchâssées » (Yin, 2003), cette thèse s’est intéressée à l’évolution de cette formation dans deux unités universitaires francophones : le Département d’administration et fondements de l’éducation de l’Université de Montréal et le Département de gestion de l’éducation et de la formation de l’Université de Sherbrooke. Couvrant la période allant des années universitaires 1988-1989 à 2008-2009, elle repose sur une analyse du discours produit par les deux unités sélectionnées, et, dans une moindre mesure, par les organisations qui composent le champ organisationnel de la formation des DES au Québec. Pour ce faire, trois corpus documentaires distincts ont été assemblés et une série d’entrevues (dix par unités) ont été réalisées auprès d’informateurs-clés (doyens, directeurs de département/section, responsables de formation). Les résultats montrent comment ces unités tendent à se rendre isomorphes à leur environnement, et comment cela se fait en réponse à des pressions institutionnelles et de compétition diverses émanant d’un champ organisationnel en pleine transformation. En fait, poussée par des changements plus profonds touchant l’administration scolaire, cette transformation amène un champ organisationnel plus structuré, où les attentes concernant la FPU destinée aux DES sont plus explicites. Cela n’est pas sans conséquence sur l’évolution de la formation dans les deux unités. En effet, celle-ci connaît des changements importants, dont plusieurs convergent autour d’une logique de professionnalisation, d’un archétype spécifique de formation (un continuum de formation de 2e cycle, au cœur duquel se trouve un diplôme de deuxième cycle) et d’outils conséquents (conditions d’admission et populations étudiantes élargies; flexibilité dans la structure du programme et professionnalisation des activités; équipes enseignantes plus diversifiées). Les deux unités n’apparaissent cependant pas impuissantes devant ces pressions. Les résultats témoignent d’un certain niveau d’agence des deux unités, qui déploient un éventail de stratégies en réaction à ces pressions. Ces stratégies évoluent au cours de la période observée et visent surtout à gérer la situation de « pluralisme institutionnel » à laquelle elles sont confrontées, notamment entre les pressions externes de nature plus professionnalisantes, et les pressions intraorganisationnelles de nature plus académisantes. Ainsi, plusieurs des stratégies et tactiques composant la typologie d’Oliver (1991) ont été observées, les stratégies de compromis et de manipulation occupant, dans les deux unités, une place de plus en plus importante au gré de l’évolution du champ. La mise en œuvre de ces stratégies vise surtout à maintenir la légitimité de leur offre de formation devant des pressions plurielles et parfois contradictoires. Les résultats montrent aussi que la nature de l’entrepreneuriat institutionnel en place détermine en grande partie les stratégies qu’elles déploient. Cet « entrepreneuriat » est au cœur de l’évolution de la formation. Cependant, les résultats montrent aussi comment celui-ci est en partie contraint ou, a contrario, stimulé par les choix historiques qui ont été faits par les unités et leur université, et par l’empreinte et les dépendances de sentier qui en découlent. Ces résultats apportent un éclairage « institutionnaliste » sur la manière dont deux unités universitaires ont réagi, à une période donnée, aux pressions diverses provenant de leur environnement. Ils brossent un portrait complexe et nuancé qui vient à la fois (1) approfondir notre compréhension de cette spécificité des FPU, (2) approfondir notre compréhension de l’évolution récente de la FPU destinée aux DES québécoises, et (3) confirmer la puissance d’analyse de plusieurs concepts tirés de l’approche institutionnelle.

Agir autrement! Programme visant à prévenir l'intimidation en stimulant le développement de l'empathie et les stratégies de résolution de conflits

Rapport d'analyse d'intervention présenté à la Faculté des arts et sciences en vue de l'obtention du grade de Maîtrise ès sciences (M. Sc.) en psychoéducation.

Estimation du modèle GARCH à changement de régimes et son utilité pour quantifier le risque de modèle dans les applications financières en actuariat

Le modèle GARCH à changement de régimes est le fondement de cette thèse. Ce modèle offre de riches dynamiques pour modéliser les données financières en combinant une structure GARCH avec des paramètres qui varient dans le temps. Cette flexibilité donne malheureusement lieu à un problème de path dependence, qui a empêché l'estimation du modèle par le maximum de vraisemblance depuis son introduction, il y a déjà près de 20 ans. La première moitié de cette thèse procure une solution à ce problème en développant deux méthodologies permettant de calculer l'estimateur du maximum de vraisemblance du modèle GARCH à changement de régimes. La première technique d'estimation proposée est basée sur l'algorithme Monte Carlo EM et sur l'échantillonnage préférentiel, tandis que la deuxième consiste en la généralisation des approximations du modèle introduites dans les deux dernières décennies, connues sous le nom de collapsing procedures. Cette généralisation permet d'établir un lien méthodologique entre ces approximations et le filtre particulaire. La découverte de cette relation est importante, car elle permet de justifier la validité de l'approche dite par collapsing pour estimer le modèle GARCH à changement de régimes. La deuxième moitié de cette thèse tire sa motivation de la crise financière de la fin des années 2000 pendant laquelle une mauvaise évaluation des risques au sein de plusieurs compagnies financières a entraîné de nombreux échecs institutionnels. À l'aide d'un large éventail de 78 modèles économétriques, dont plusieurs généralisations du modèle GARCH à changement de régimes, il est démontré que le risque de modèle joue un rôle très important dans l'évaluation et la gestion du risque d'investissement à long terme dans le cadre des fonds distincts. Bien que la littérature financière a dévoué beaucoup de recherche pour faire progresser les modèles économétriques dans le but d'améliorer la tarification et la couverture des produits financiers, les approches permettant de mesurer l'efficacité d'une stratégie de couverture dynamique ont peu évolué. Cette thèse offre une contribution méthodologique dans ce domaine en proposant un cadre statistique, basé sur la régression, permettant de mieux mesurer cette efficacité.

Les autotransporteurs auto-associatifs d’Escherichia coli : de facteurs de virulence à déterminants sociaux

Les autotransporteurs monomériques représentent le système de sécrétion le plus simple et le plus utilisé chez les bactéries à Gram négatif. Les autotransporteurs monomériques sont des protéines modulaires qui contiennent toute l’information pour leur sécrétion dans leur séquence. Les phénotypes associés à l’expression d’un autotransporteur peuvent être très variés et, souvent, les autotransporteurs sont des protéines multifonctionnelles. C’est le cas notamment des autotransporteurs AIDA-I, TibA et Ag43 d’Escherichia coli qui promouvoient l’adhésion et l’invasion de cellules épithéliales, l’auto-agrégation des bactéries et la formation de biofilm. Ces trois autotransporteurs ont d’ailleurs été regroupés dans une même famille, appelée les autotransporteurs auto-associatifs (SAATs). À cause de leur fonctionnalité, les SAATs sont considérés comme étant d’importants facteurs de virulence d’Escherichia coli. Toutefois, il existe plusieurs différences entre les SAATs qui ne sont pas bien comprises, si bien que leur rôle pour les bactéries n’est toujours pas bien compris. Nous avons donc d’abord caractérisé TibA, le membre des SAATs le moins bien étudié à l’aide d’une étude structure-fonction. Nous avons observé que TibA était une protéine modulaire et que son domaine fonctionnel était composé de deux modules : un module d’auto-agrégation en N-terminal et un module d’adhésion en C-terminal. En comparant nos résultats avec ceux obtenus pour les autres SAATs, nous avons réalisé que l’organisation des trois SAATs était très variée, c’est-à-dire que les trois SAATs sont composés de modules différents. Nous avons par ailleurs observé cet arrangement en modules lorsque nous avons analysé plusieurs séquences d’aidA, suggérant qu’un mécanisme d’échange et d’acquisition de modules était à la base de l’évolution des SAATs. Sans surprise, nous avons aussi observé que la famille des SAATs ne se limitait pas à AIDA-I, TibA et Ag43 et ne se limitait pas à Escherichia coli. La comparaison a aussi révélé l’importance du phénotype d’auto-agrégation dans la fonctionnalité des SAATs. Nous avons donc entrepris une étude du mécanisme d’auto-agrégation. Nos résultats on montré que l’auto-agrégation était le résultat d’une interaction directe SAAT/SAAT et ont mis en évidence un mécanisme similaire à celui utilisé par les cadhérines eucaryotes. De plus, nous avons observé que, comme les cadhérines, les SAATs étaient impliqués dans des interactions homophiliques; un SAAT interagit donc spécifiquement avec lui-même et non avec un différent SAAT. Finalement, les SAATs font parties des quelques protéines qui sont glycosylées chez Escherichia coli. Nous avons déterminé que le rôle de la glycosylation de TibA était de stabiliser la protéine et de lui donner la flexibilité nécessaire pour moduler sa conformation et, ainsi, être pleinement fonctionnelle. Globalement, nos résultats suggèrent que les SAATs sont des molécules « cadhérines-like » qui permettent la reconnaissance de soi chez les bactéries. Une telle habilité à discriminer entre le soi et le non-soi pourrait donc être utilisée par les bactéries pour organiser les communautés bactériennes.

Régulation juridique du travail, pouvoir stratégique et précarisation des emplois dans les réseaux : trois études de cas sur les réseaux de services d’aide à domicile au Québec

L’expansion de l’organisation de la production des biens et services sous forme de réseau, découlant de la recherche de flexibilité face à une concurrence économique accrue, soulève des enjeux importants pour les relations industrielles. Notre thèse s’intéresse au processus de précarisation des emplois dans les segments externalisés des réseaux de production. Elle se base sur trois études de cas portant sur les réseaux de services publics et privés d’aide à domicile au Québec. Les études en droit critique ont montré que le droit du travail, fondé sur le modèle de l’entreprise intégrée et de la relation d’emploi bipartite, ne parvient pas à identifier comme employeurs certaines organisations dont l’action a pourtant un effet déterminant sur les conditions de travail dans les réseaux. Notre thèse visait donc à mettre en lumière la réalité empirique des relations de pouvoir qui traversent les réseaux et leurs effets et ce à partir d’un modèle analytique transdisciplinaire intégrant les dimensions juridiques et sociologiques. Les résultats nous amènent d’abord à constater que l’employeur juridique des travailleuses employées par les prestataires privés intégrés aux réseaux – une majorité de femmes – est le plus souvent une agence de location de personnel, une entreprise d’économie sociale ou même l’usager-ère des services d’aide à domicile. Cet employeur est rarement identifié aux organismes publics, donc sous l’égide de l’État, qui exercent un pouvoir prépondérant dans ces réseaux. Le décalage entre la régulation juridique du travail et la réalité empirique du pouvoir intra-réseau entraîne une précarisation de la protection sociale et des conditions de travail de ces travailleuses. Ainsi, la faible protection de leurs droits de représentation et de négociation collectives facilite l’imposition de la « disponibilité permanente juste-à-temps », combinant les logiques du lean et du travail domestique, ainsi qu’une déqualification sexuée et racialisée de leurs emplois par rapport à la situation dans le secteur public. Notre étude montre néanmoins que certaines pratiques innovatrices d’action collective réticulaire ont pu influencer la dynamique de pouvoir, en particulier celles portées par des associations locales de personnes handicapées recourant aux services et par un syndicat de travailleuses d’agence.

Attention! Prêt? On s’enTraine! Étude d’efficacité d’un programme d’entraînement intensif des processus attentionnels chez des jeunes ayant subi un traumatisme craniocérébral

Les dysfonctions attentionnelles suivant un traumatisme craniocérébral (TCC) compliquent souvent la reprise des activités de la vie quotidienne et influencent négativement le pronostic de réinsertion socio-académique et professionnelle. Or, les cliniciens de réadaptation disposent d’un nombre limité d’outils de remédiation cognitive dont l’efficacité est démontrée et qui sont adaptés à une population francophone. Cette étude vise à démontrer l’efficacité d’un protocole d’entrainement intensif des fonctions attentionnelles : « Attention! Prêt? On s’enTraine! » (Séguin, Lahaie & Beauchamp, 2012), basé sur une adaptation française de l’« Attention Process Training-I » (APT-I; Sohlberg & Mateer, 1987). Dix-sept participants ayant subi un TCC et présentant des déficits attentionnels ont reçu 15 séances d’entrainement attentionnel avec le programme « Attention! Prêt? On s’enTraine! » (n = 8) ou de l’aide aux devoirs (n = 9). Suite à l’intervention, les participants du groupe expérimental ont amélioré leur rendement dans plusieurs fonctions ciblées par l’intervention attentionnelle, notamment au niveau du balayage visuel, de l’attention sélective et de l’alternance attentionnelle. De plus, les gains se sont généralisés à des fonctions connexes, puisqu’une meilleure performance a été retrouvée dans des tâches de mémoire de travail, d’inhibition, de flexibilité cognitive et de planification visuoconstructive. La démonstration de l’effet positif d’un entrainement intensif sur le rendement attentionnel pourrait inciter les cliniciens et chercheurs à développer et à valider d’autres protocoles de remédiation cognitive francophones, pour les fonctions attentionnelles ou d’autres sphères de la cognition. Par le fait même, le pronostic fonctionnel de la clientèle pédiatrique en traumatologie en sera potentialisé.

Étude empirique du contexte d’utilisation des interfaces de vidéocommunication mobile

Ce document présente les résultats d’une étude empirique sur l’utilisation de la vidéoconférence mobile selon le contexte de l’usager afin de proposer des lignes directrices pour la conception des interfaces des dispositifs de communication vidéo mobile. Grâce à un échange riche d’informations, ce type de communication peut amener un sentiment de présence fort, mais les interfaces actuelles manquent de flexibilité qui permettrait aux usagers d’être créatifs et d’avoir des échanges plus riches lors d’une vidéoconférence. Nous avons mené une recherche avec seize participants dans trois activités où leurs conversations, leurs réactions et leurs comportements ont été observés. Deux groupes de discussion ont aussi servi à identifier les habitudes développées à partir de leur utilisation régulière de la vidéoconférence. Les résultats suggèrent une différence importante entre l’utilisation de la caméra avant et la caméra arrière de l’appareil mobile, et la nécessité de fournir des outils qui offrent plus de contrôle sur l’échange dans la conversation. L’étude propose plusieurs lignes directrices de conception pour les interfaces de communication vidéo mobiles, concernant la construction du contexte mobile de l’utilisateur.

Le droit du travail américain : un droit plus favorable à l’investissement que le droit du travail québécois ? Une étude de la question...

L’auteur s’intéresse à la question de savoir si le droit du travail américain est plus favorable à l’investissement direct étranger (IDE) que le droit du travail québécois dans le contexte de l’ALENA. Pour ce faire, il fait une revue de littérature sur les déterminants de la localisation de l’IDE afin de clarifier l’importance du droit du travail national dans les décisions d’investissement des entreprises multinationales. Celle-ci révèle que la localisation de l’IDE est un processus complexe et multidimensionnel impliquant un grand nombre de facteurs, dont certains sont associés à la demande, d’autres aux coûts, d’autres aux caractéristiques des pays-hôtes, et d’autres, enfin, au risque. Le droit du travail national, bien que revêtant une certaine importance, n’est qu’un facteur parmi d’autres. Elle révèle également que l’importance relative des déterminants de la localisation de l’IDE, incluant le droit du travail national, varie elle-même en fonction d’autres facteurs, comme le secteur d’activité de l’entreprise, sa stratégie, sa taille et la motivation de l’IDE. Ensuite, il fait une étude de droit comparé entre le Québec et le Massachusetts afin d’identifier les principales différences qui existent entre les deux régimes de droit du travail. Cette étude a permis d’identifier des différences importantes entre les deux systèmes étudiés. Ainsi, dans l’ensemble, le droit du travail applicable au Massachusetts se fonde davantage sur les principes de la liberté contractuelle et du laisser-faire que le droit du travail québécois, qui est beaucoup plus interventionniste. Enfin, l’auteur analyse les différences observées dans le cadre de l’étude de droit comparé à la lumière des conclusions de sa revue de littérature sur les déterminants de la localisation de l’IDE. Il en vient à la conclusion que bien qu’à de nombreux égards le droits du travail québécois s’avère plus avantageux que le droit du travail applicable au Massachusetts aux fins de la localisation de l’IDE, c’est plutôt ce dernier qui, de façon générale, s’avère le plus avantageux à ce chapitre. En effet, dans l’ensemble, le droit du travail québécois est susceptible d’imposer des coûts de main-d’œuvre supérieurs et de réduire la flexibilité du marché du travail davantage que le droit du travail applicable au Massachusetts. Or, considérant que le droit du travail national n’est qu’un facteur parmi d’autres dans la décision de localisation de l’IDE, le Québec n’est pas sans moyens. En effet, il possède d’autres avantages comparatifs qu’il peut faire valoir auprès des entreprises qui œuvrent dans des secteurs d’activités où ces avantages concurrentiels sont valorisés et susceptibles d’être exploités. De plus, considérant que le droit du travail national a un importance relative qui varie elle-même en fonction d’autres facteurs, le droit du travail québécois n’a pas nécessairement le même effet sur tous les investisseurs. Enfin, considérant que le droit du travail remplit des fonctions sociales autant que des fonctions économiques, c’est un faux débat que de mettre l’accent uniquement sur les conséquences « négatives » du droit du travail national sur l’IDE. En effet, c’est faire complètement abstraction de la question des coûts sociaux que le droit du travail permet de prévenir au sein d’une société.

Sels d’imidazolium avec des anions catalytiques : vers le développement de nouveaux catalyseurs bio-hybrides actifs en milieu liquide ionique

Les liquides ioniques connaissent depuis quelques décennies un essor particulier en raison de leurs nombreuses propriétés physico-chimiques intéressantes, telles qu’une faible pression de vapeur saturante, une viscosité limitée, une faible miscibilité avec la plupart des solvants communs, ou encore des propriétés d’agencement supramoléculaire, qui en font des outils puissants dans de nombreux domaines de la chimie. Les sels d’imidazolium représentent la plus grande famille de liquides ioniques à ce jour. Leur modulabilité leur permet d’être dérivés pour de nombreuses applications spécifiques, notamment en synthèse organique, où ils sont utilisés majoritairement comme solvants, et plus récemment comme catalyseurs. Les travaux présentés dans cette thèse se concentrent sur leur utilisation en synthèse organique, à la fois comme solvants et principalement comme catalyseurs chiraux, catalyseurs pour lesquels l’anion du sel est l’espèce catalytique, permettant d’ajouter de la flexibilité et de la mobilité au système. En tirant parti de la tolérance des liquides ioniques envers la majorité des macromolécules naturelles, l’objectif principal des travaux présentés dans cette thèse est le développement d’un nouveau type de catalyseur bio-hybride reposant sur l’encapsulation d’un sel d’imidazolium dans une protéine. Par le biais de la technologie biotine-avidine, l’inclusion supramoléculaire de sels d’imidazolium biotinylés portant des contre-anions catalytiques dans l’avidine a été réalisée et exploitée en catalyse. Dans un premier temps, le développement et l’étude de deux sels de 1-butyl-3-méthylimidazolium possédant des anions chiraux dérivés de la trans-4-hydroxy-L-proline sont rapportés, ainsi que leur comportement dans des réactions énantiosélectives d’aldol et d’addition de Michael. Ces types de composés se sont révélés actifs et performants en milieu liquide ionique. Dans un second temps, la préparation de sels d’imidazolium dont le cation est biotinylé et portant un contre-anion achiral, a été réalisée. Le comportement de l’avidine en milieu liquide ionique et son apport en termes de chiralité sur le système bio-hybride ont été étudiés. Les résultats montrent le rôle crucial des liquides ioniques sur la conformation de la protéine et l’efficacité du catalyseur pour des réactions d’aldol. Dans un dernier temps, l’influence de la structure du cation et de l’anion sur le système a été étudiée. Différents espaceurs ont été introduits successivement dans les squelettes cationiques et anioniques des sels d’imidazolium biotinylés. Dans le cas du cation, les résultats ne révèlent aucune influence majeure sur l’efficacité du catalyseur. La structure de l’anion se montre cependant beaucoup plus importante : la préparation de différents catalyseurs bio-hybrides possédant des anions aux propriétés physico-chimiques différentes a permis d’obtenir de plus amples informations sur le mode de fonctionnement du système bio-hybride et de la coopérativité entre l’avidine et l’anion du sel d’imidazolium.La nature ionique de la liaison cation-anion offrant une liberté de mouvement accrue à l’anion dans la protéine, la tolérance à différents substrats a également été abordée après optimisation du système.

Correlates of protective immunity against hepatitis C virus

Le virus de l’hépatite C (VHC) infecte ~185 millions d’individus dans le monde. Malgré le développement des nouvelles thérapies dirigées contre le VHC, on compte deux millions de nouvelles infections chaque année, en particulier dans les pays sous-développés et les populations marginalisées. Comme pour la plupart des virus à infection chronique, le développement d’un vaccin prophylactique efficace est limité par le manque de caractérisation des déterminants de la mémoire immunitaire protectrice lors des épisodes de réinfection naturelle chez les êtres humains. Le VHC représente un modèle unique au sein des virus à infection chronique pour étudier l’immunité protectrice. En effet ~30% des patients infectés par le VHC peuvent être guéris suite à un premier épisode d’infection spontanément. Dans cette thèse, nous avons étudié l’immunité protectrice contre le VHC dans une cohorte d’utilisateurs de drogues par injection qui sont à risque d’être infectés ou réinfectés. Notre hypothèse est que la majorité des patients qui ont résolu une première infection par le VHC sont protégés contre le développement d’une infection chronique s’ils sont réexposés. Cette immunité protectrice est associée à la présence des cellules T CD4 et CD8 polyfonctionnelles qui possèdent des fréquences, magnitudes et avidités élevées. La capacité protectrice des cellules T mémoire contre les séquences variables du VHC est dépendante de la diversité et flexibilité du répertoire de leurs récepteurs de cellules T (TCR), qui reconnaissent les séquences variables des épitopes ciblés. Notre premier objectif était de définir et détailler les déterminants de l’immunité protectrice conférée par les cellules T spécifiques du VHC. Nos résultats ont montré que la protection pendant l’épisode de réinfection était associée à une augmentation de la magnitude et du spectre des réponses spécifiques par les cellules T CD4 et CD8 polyfonctionnelles, ainsi que par l’apparition d’une population de cellules T tétramère+ CD8+ effectrices qui expriment faiblement le marqueur CD127 (CD127lo) lors du pic de la réponse. Chez les patients qui ont développé une infection chronique pendant l’épisode de réinfection, nous avons observé une expansion très limitée des cellules T CD4 et CD8. Le séquençage des épitopes ciblés par les cellules T CD8 chez ces patients qui sont non-protégés a montré que les séquences de ces épitopes sont différentes des séquences de référence qui étaient utilisées pour tous les essais immunologiques de cette étude. Le deuxième objectif était d’analyser la dynamique du répertoire des TCRs des cellules T CD8 spécifiques chez les patients protégés versus les patients non-protégés. Nos résultats ont montré que le répertoire des cellules T CD8 spécifiques est plus focalisé que chez les patients protégés. En plus, nous avons observé que les clonotypes qui forment le répertoire chez les patients protégés sont distincts de ceux chez les patients non-protégés. Ces clonotypes chez les patients protégés ont montré de plus grandes avidité et polyfonctionnalité que leurs homologues chez les patients non-protégés. En conclusion, nos résultats suggèrent que la protection contre le développement d’une infection chronique pendant l’épisode de réinfection par le VHC est associée à une augmentation de la magnitude, du spectre et de la fonctionnalité des réponses des cellules T spécifiques, ainsi qu’à un répertoire des TCRs plus focalisé composé des clonotypes distincts qui possèdent de plus grandes avidité et polyfonctionnalité que chez les patients non-protégés. L’homologie des séquences des souches virales entre les différents épisodes de l’infection est un déterminant majeur de l’établissement d’une protection efficace. Ces résultats ont donc des implications très importantes pour le développement d’un vaccin prophylactique contre le VHC et d’autres virus à infection chronique.

The study of RNA tertiary interactions in tRNA structure and function

Le rôle des deux paires de bases universelles inverse Hoogsteen U : A ( RHUAs ) présentent chez les ARNt standards , une dans la boucle T et l'autre dans le noyau de la forme en L , a été étudiée. Pour chacun des RHUAs , un criblage génétique spécialisé in vivo chez les bactéries , le système suppresseur ambre ( pour l'étude de la RHUA dans la boucle T ) et le système d'ARNt de la sélénocystéine ( tRNASec ) ( pour l'étude de la RHUA dans le noyau ) , ont été utilisé pour générer des variants fonctionnels à partir de multiples librairies combinatoires . Ces variants ont ensuite été séquencé et soumis à une analyse systématique qui comprend la modélisation informatique et un type d'analyse phylogénétique. Les résultats du système suppresseur ambre ont montré un ensemble de variants fonctionnels qui ne nécessitent pas le motif RHUA dans la boucle T et qui ont remplacé la méthode standard de l'interaction entre les boucles D et T avec une double hélice interboucle , ILDH . D'autres études ont abouti à la détermination d'un modèle In silico de l'alternative à la norme standard de la boucle T, sous le nom de type III . Les résultats du système tRNASec ont révélé que pour cette ARNt exceptionnel, l'absence de RHUA ( dans le noyau ) assure une flexibilité accrue qui est spécifiquement nécessaire pour la fonction de tRNASec . Ainsi, les ARNt standards , à la différence de tRNASec , avec la présence universelle de RHUA dans le noyau , a été naturellement sélectionnée pour être rigide . Pris ensemble, la RHUA joue un rôle essentiel dans la stabilisation des interactions tertiaires.

Modeling High-Dimensional Audio Sequences with Recurrent Neural Networks

Cette thèse étudie des modèles de séquences de haute dimension basés sur des réseaux de neurones récurrents (RNN) et leur application à la musique et à la parole. Bien qu'en principe les RNN puissent représenter les dépendances à long terme et la dynamique temporelle complexe propres aux séquences d'intérêt comme la vidéo, l'audio et la langue naturelle, ceux-ci n'ont pas été utilisés à leur plein potentiel depuis leur introduction par Rumelhart et al. (1986a) en raison de la difficulté de les entraîner efficacement par descente de gradient. Récemment, l'application fructueuse de l'optimisation Hessian-free et d'autres techniques d'entraînement avancées ont entraîné la recrudescence de leur utilisation dans plusieurs systèmes de l'état de l'art. Le travail de cette thèse prend part à ce développement. L'idée centrale consiste à exploiter la flexibilité des RNN pour apprendre une description probabiliste de séquences de symboles, c'est-à-dire une information de haut niveau associée aux signaux observés, qui en retour pourra servir d'à priori pour améliorer la précision de la recherche d'information. Par exemple, en modélisant l'évolution de groupes de notes dans la musique polyphonique, d'accords dans une progression harmonique, de phonèmes dans un énoncé oral ou encore de sources individuelles dans un mélange audio, nous pouvons améliorer significativement les méthodes de transcription polyphonique, de reconnaissance d'accords, de reconnaissance de la parole et de séparation de sources audio respectivement. L'application pratique de nos modèles à ces tâches est détaillée dans les quatre derniers articles présentés dans cette thèse. Dans le premier article, nous remplaçons la couche de sortie d'un RNN par des machines de Boltzmann restreintes conditionnelles pour décrire des distributions de sortie multimodales beaucoup plus riches. Dans le deuxième article, nous évaluons et proposons des méthodes avancées pour entraîner les RNN. Dans les quatre derniers articles, nous examinons différentes façons de combiner nos modèles symboliques à des réseaux profonds et à la factorisation matricielle non-négative, notamment par des produits d'experts, des architectures entrée/sortie et des cadres génératifs généralisant les modèles de Markov cachés. Nous proposons et analysons également des méthodes d'inférence efficaces pour ces modèles, telles la recherche vorace chronologique, la recherche en faisceau à haute dimension, la recherche en faisceau élagué et la descente de gradient. Finalement, nous abordons les questions de l'étiquette biaisée, du maître imposant, du lissage temporel, de la régularisation et du pré-entraînement.