Représentation et recherche de motifs cycliques et structuraux d’ARN connus dans les structures secondaires

L'acide désoxyribonucléique (ADN) et l'acide ribonucléique (ARN) sont des polymères de nucléotides essentiels à la cellule. À l'inverse de l'ADN qui sert principalement à stocker l'information génétique, les ARN sont impliqués dans plusieurs processus métaboliques. Par exemple, ils transmettent l’information génétique codée dans l’ADN. Ils sont essentiels pour la maturation des autres ARN, la régulation de l’expression génétique, la prévention de la dégradation des chromosomes et le ciblage des protéines dans la cellule. La polyvalence fonctionnelle de l'ARN résulte de sa plus grande diversité structurale. Notre laboratoire a développé MC-Fold, un algorithme pour prédire la structure des ARN qu'on représente avec des graphes d'interactions inter-nucléotidiques. Les sommets de ces graphes représentent les nucléotides et les arêtes leurs interactions. Notre laboratoire a aussi observé qu'un petit ensemble de cycles d'interactions à lui seul définit la structure de n'importe quel motif d'ARN. La formation de ces cycles dépend de la séquence de nucléotides et MC-Fold détermine les cycles les plus probables étant donnée cette séquence. Mon projet de maîtrise a été, dans un premier temps, de définir une base de données des motifs structuraux et fonctionnels d'ARN, bdMotifs, en terme de ces cycles. Par la suite, j’ai implanté un algorithme, MC-Motifs, qui recherche ces motifs dans des graphes d'interactions et, entre autres, ceux générés par MC-Fold. Finalement, j’ai validé mon algorithme sur des ARN dont la structure est connue, tels que les ARN ribosomaux (ARNr) 5S, 16S et 23S, et l'ARN utilisé pour prédire la structure des riborégulateurs. Le mémoire est divisé en cinq chapitres. Le premier chapitre présente la structure chimique, les fonctions cellulaires de l'ARN et le repliement structural du polymère. Dans le deuxième chapitre, je décris la base de données bdMotifs. Dans le troisième chapitre, l’algorithme de recherche MC-Motifs est introduit. Le quatrième chapitre présente les résultats de la validation et des prédictions. Finalement, le dernier chapitre porte sur la discussion des résultats suivis d’une conclusion sur le travail.

Les limites de l'évaluation économique de la biodiversité

Devant le constat du déclin toujours plus rapide de la diversité biologique et les limites des ressources disponibles pour l’enrayer, il est nécessaire de déterminer quels moyens devraient être engagés dans sa protection. Pour ce faire, une méthode efficace serait d’évaluer les bénéfices tirés de la biodiversité afin d’estimer rationnellement les coûts légitimes de sa protection. L’évaluation économique, qui se présente d’emblée sur un mode quantitatif, serait alors un outil précieux. Dans ce texte, nous présentons différentes méthodes d’évaluation économique de la biodiversité ainsi que certaines de leurs limites méthodologiques. Par la suite, nous montrons qu’en dépit de ses avantages pratiques, l’évaluation économique échoue à représenter l’ensemble des valeurs en jeu dans la protection de la biodiversité. Nous décrivons alors trois types de valeurs incommensurables avec des bénéfices économiques : la valeur de legs, qui renvoie aux obligations de transmission du patrimoine naturel dont nous avons hérité ; la valeur d’existence, qui renvoie à la considération morale d’intérêts autres que ceux des êtres humains ; la valeur de transformation, qui renvoie à la capacité d’examiner et de critiquer nos préférences et inclinaisons afin d’inclure celles-ci dans une vision du monde rationnelle et cohérente. Pour conclure, nous plaidons en faveur de l’élaboration de méthodes de concertation et d’évaluation participatives et pluralistes permettant de rendre compte de la diversité et de l’hétérogénéité des valeurs de la biodiversité.

Agir de manière appropriée: la participation des jeunes à l'aménagement

La réflexion sur l’éthique et la participation des jeunes et des enfants à l’aménagement comporte au moins deux dimensions : d’une part, les justifications d’une telle participation ; d’autre part, les problèmes que la pratique participative fait émerger et face auxquels les cadres de référence conventionnels (non participatifs) ne sont pas toujours utiles. Le présent article aborde ces deux dimensions et explore leurs liens à la lumière de trois méthodes distinctes en matière de théorie morale, soit l’éthique déontologique, l’éthique conséquentialiste et l’éthique de la vertu. Sur la base d’une expérience participative d’aménagement inscrite dans le programme Grandir en Ville de l’UNESCO, certaines contradictions entre les principes d’une pratique participative avec des enfants et la manière dont les problèmes éthiques sont parfois gérés sont mises en évidence.

Swimming upstream: navigating ethical practices in the creation of a participatory youth media workshop

Despite the growing popularity of participatory video as a tool for facilitating youth empowerment, the methodology and impacts of the practice are extremely understudied. This paper describes a study design created to examine youth media methodology and the ethical dilemmas that arose in its attempted implementation. Specifically, elements that added “rigor” to the study (i.e., randomization, pre- and post-measures, and an intensive interview) conflicted with the fundamental tenets of youth participation. The paper concludes with suggestions for studying participatory media methodologies that are more in line with an ethics of participation.

Growing up expectations. Better understanding the expectations of community partners in participatory action research projects

This paper challenges the assumption that youth and youth agencies are in a condition of equality when entering a participatory action research (PAR). By asserting that it is not a state of equality that practitioners nor youth should assume nor be immediately striving for, but a consistently equitable process, this article draws from and reflects on the relationship between young people and researchers who have used a PAR methodology in action oriented projects. Using the UNESCO Growing up in Cities Canada project as a case example, this review extrapolates from and reflects on challenges faced by the project as a whole. Using semi-structured interviews to explore the roles of adults and youth, a number of strategies are highlighted as the techniques used to overcome these challenges. The discussion concludes with further reflection on the complexities of equality and equity, recommending a number of actions that have the potential to create an equitable environment in PAR projects similar to the one examined.

Recherche qualitative des enjeux de la mise en lumière urbaine : création d’un modèle opératoire pour la conception des projets d’éclairage

Cette étude traite de la complexité des enjeux de la mise en lumière urbaine et de sa conception. Le but est de déceler les mécanismes opératoires du projet d’éclairage afin de générer une analyse et une compréhension de ce type d’aménagement. Cette recherche met à jour les enjeux lumineux à différents niveaux comme l’urbanisme, l’environnement, la culture, la communication, la vision et la perception mais aussi au niveau des acteurs et de leurs pratiques sur le terrain. En utilisant une approche qualitative déductive, cette recherche théorique cherche à mieux comprendre les différentes significations du phénomène lumineux : comment dans la réalité terrain ces enjeux de la lumière sont compris, interprétés et traduits au travers de la réalisation des projets et des processus mis en place pour répondre aux besoins d’éclairage ? La pertinence de cette recherche est de questionner les enjeux complexes de la mise en lumière afin de savoir comment concevoir un « bon éclairage ». Comment se déroule un projet d’éclairage de sa conception à sa réalisation ? Quels sont les différents acteurs, leurs modes d’intervention et leurs perceptions du projet d’éclairage ? Le but est de vérifier comment ces enjeux se concrétisent sur le terrain, notamment au travers de l’activité et de l’interprétation des professionnels. Nous souhaitons créer un modèle opératoire qui rende compte des enjeux et du processus de ce type de projet. Modèle qui servira alors de repère pour la compréhension des mécanismes à l’œuvre comme le contexte, les acteurs, les moyens et les finalités des projets. Une étude des recherches théoriques nous permettra de comprendre la polysémie du phénomène lumineux afin d’en déceler la complexité des enjeux et de créer une première interprétation de ce type de projet. Nous déterminerons théoriquement ce que recouvre la notion de « bon éclairage » qui nous permettra de créer une grille analytique pour comparer notre approche avec la réalité sur le terrain. Ces recherches seront ensuite confrontées au recueil des données des études de cas, des stages en urbanisme et en conception lumière, et des interviews de professionnels dans le domaine. Nous confronterons les enjeux définis théoriquement aux collectes de données issues du terrain. Ces données seront collectées à partir de projets réalisés avec les professionnels durant la recherche immersive. La recherche-action nous permettra de collaborer avec les professionnels pour comprendre comment ils sélectionnent, déterminent et répondent aux enjeux des projets d’éclairage. Nous verrons grâce aux entretiens semi-dirigés comment les acteurs perçoivent leurs propres activités et nous interprèterons les données à l’aide de la « théorisation ancrée » pour dégager le sens de leurs discours. Nous analyserons alors les résultats de ces données de manière interprétative afin de déterminer les points convergeant et divergent entre les enjeux théoriques définis en amont et les enjeux définis en aval par la recherche-terrain. Cette comparaison nous permettra de créer une interprétation des enjeux de la mise en lumière urbaine dans toutes leurs complexités, à la fois du point de vue théorique et pratique. Cette recherche qualitative et complexe s’appuie sur une combinaison entre une étude phénoménologique et les méthodologies proposées par la « théorisation ancrée ». Nous procéderons à une combinaison de données issues de la pratique terrain et de la perception de cette pratique par les acteurs de l’éclairage. La recherche d’un « bon éclairage » envisage donc par une nouvelle compréhension l’amélioration des outils de réflexion et des actions des professionnels. En termes de résultat nous souhaitons créer un modèle opératoire de la mise en lumière qui définirait quels sont les différents éléments constitutifs de ces projets, leurs rôles et les relations qu’ils entretiennent entre eux. Modèle qui mettra en relief les éléments qui déterminent la qualité du projet d’éclairage et qui permettra de fournir un outil de compréhension. La contribution de ce travail de recherche est alors de fournir par cette nouvelle compréhension un repère méthodologique et analytique aux professionnels de l’éclairage mais aussi de faire émerger l’importance du phénomène de mise en lumière en suscitant de nouveaux questionnements auprès des activités liées au design industriel, à l’architecture et à l’urbanisme.

Papyres : un système de gestion et de recommandation d’articles de recherche

Les étudiants gradués et les professeurs (les chercheurs, en général), accèdent, passent en revue et utilisent régulièrement un grand nombre d’articles, cependant aucun des outils et solutions existants ne fournit la vaste gamme de fonctionnalités exigées pour gérer correctement ces ressources. En effet, les systèmes de gestion de bibliographie gèrent les références et les citations, mais ne parviennent pas à aider les chercheurs à manipuler et à localiser des ressources. D'autre part, les systèmes de recommandation d’articles de recherche et les moteurs de recherche spécialisés aident les chercheurs à localiser de nouvelles ressources, mais là encore échouent dans l’aide à les gérer. Finalement, les systèmes de gestion de contenu d'entreprise offrent les fonctionnalités de gestion de documents et des connaissances, mais ne sont pas conçus pour les articles de recherche. Dans ce mémoire, nous présentons une nouvelle classe de systèmes de gestion : système de gestion et de recommandation d’articles de recherche. Papyres (Naak, Hage, & Aïmeur, 2008, 2009) est un prototype qui l’illustre. Il combine des fonctionnalités de bibliographie avec des techniques de recommandation d’articles et des outils de gestion de contenu, afin de fournir un ensemble de fonctionnalités pour localiser les articles de recherche, manipuler et maintenir les bibliographies. De plus, il permet de gérer et partager les connaissances relatives à la littérature. La technique de recommandation utilisée dans Papyres est originale. Sa particularité réside dans l'aspect multicritère introduit dans le processus de filtrage collaboratif, permettant ainsi aux chercheurs d'indiquer leur intérêt pour des parties spécifiques des articles. De plus, nous proposons de tester et de comparer plusieurs approches afin de déterminer le voisinage dans le processus de Filtrage Collaboratif Multicritère, de telle sorte à accroître la précision de la recommandation. Enfin, nous ferons un rapport global sur la mise en œuvre et la validation de Papyres.

La barre d'outils LibX : la recherche à un clic

Communication présentée le 11 novembre 2009 au Premier Congrès des milieux documentaires du Québec, au Palais des congrès de Montréal. Sur le même sujet, voir également http://hdl.handle.net/1866/2813.

Analyse des stratégies d’évaluation des technologies des corps policiers canadiens : le cas de l’Identité Judiciaire

Les innovations technologiques pullulent dans le milieu policier depuis quelques années. Devant cette abondance de choix technologiques, et dans une conjoncture de ralentissement économique, la police doit s’assurer de faire une sélection favorisant le meilleur retour sur investissement. L’évaluation des technologies est la meilleure méthode permettant d’atteindre cet objectif. Ce projet de recherche analyse les différentes stratégies d’évaluation des technologies des corps policiers fédéraux et provinciaux du Canada en se basant sur le domaine baromètre de l’identité judiciaire. Cette étude s’appuie sur plusieurs données qualitatives : 1) observation participative à la Sûreté du Québec; 2) entrevues semi-directives (n=11) avec des membres de l’Ontario Provincial Police et de la Gendarmerie Royale du Canada. L’analyse intégrée des données colligées permet de mieux comprendre la dynamique de l’évaluation technologique dans la police. Même si une évolution est perceptible, certaines améliorations pourraient accroître l’efficacité du mini-PTA (Police Technology Assessment) dans un contexte où l’opérationnel et le théorique doivent cohabiter en parfaite harmonie afin de faciliter le travail des utilisateurs. Le mini-PTA est un outil facilitant l’adaptation de l’évaluation des technologies aux réalités régionales, mais ne peut en aucun cas remplacer unilatéralement le PTA fait par les grosses organisations d’évaluation des technologies policières.

Recherche sur les effets de l'analgésie périopératoire optimale (RAPO) sur la douleur et la fonction après chirurgie de la main

Essai cinique randomisé

Recherche d’étoiles jeunes de faible masse dans le voisinage solaire

Formées lors de l’effondrement gravitationnel d’un nuage de gaz moléculaire, les étoiles naissantes auront différentes masses variant entre 0.08 et environ 100M . La majorité de la population stellaire de la Galaxie est constituée d’étoiles dont la masse est inférieure à environ 0.6 M . Le dernier évènement de formation stellaire dans le voisinage solaire s’est produit dans la bulle locale il y a au plus 100 millions d’années, vraisemblablement provoqué par le passage d’une onde de choc dans le bras local de la Galaxie. C’est ainsi que se formèrent de jeunes associations d’étoiles dont les membres se caractérisent en particulier par une vitesse spatiale et une position commune dans la Galaxie. Les associations jeunes étant peu densément peuplées et relativement proches du Soleil, leurs membres se font plutôt rares et dispersés sur toute la voûte céleste. Jusqu’à présent, surtout les étoiles les plus massives (brillantes) ont été répertoriées. Les étoiles jeunes de faible masse, constituant la majorité de la population, restent pour la plupart à être identifiées. Les étoiles jeunes de faible masse représentent une population clef pour contraindre les modèles évolutifs des étoiles M et des naines brunes. Elles sont également d’excellentes candidates pour chercher des exoplanètes via les techniques d’imagerie directe. Ce mémoire présente une nouvelle méthode utilisant un modèle cinématique enrichi d’une analyse statistique Bayesienne pour identifier des étoiles jeunes de faible masse dans les associations beta Pictoris, Tucana-Horologium et AB Doradus. À partir d’un échantillon de 1080 étoiles K et M, toutes comportant des indicateurs de jeunesse tels l’émission Halpha et une forte luminosité dans les rayons X, leurs propriétés cinématiques (mouvement propre) et photométriques sont analysées pour en extraire 98 candidates hautement probables membres d’une des trois associations. Une confirmation de leur statut comme membre nécessitera en particulier une mesure de leur vitesse radiale (prédit par notre analyse) et une mesure de la largeur équivalente du lithium à 6708 Å pour mieux contraindre leur âge.

Pour une utilisation optimale des données personnelles à des fins de recherche : vers un réseau de ressources collectives

Thèse par articles. Articles (4) annexés à la thèse en fichiers complémentaires.

Las políticas lingüísticas en Quebec y Cataluña : un reflejo de las dinámicas sociales

Le but de cette recherche est de mieux comprendre les fondements et enjeux sociopolitiques d’un processus d’aménagement linguistique, ainsi que de cerner le rôle que le fait linguistique peut avoir dans le processus de construction d’un système national et dans son fonctionnement et de quelle manière l’application d’une politique linguistique se révèle efficace. Pour ce faire, nous procéderons à une étude comparative des cas concrets de la planification linguistique de la Catalogne et du Québec. Le choix des deux régions se base principalement sur le fait qu’elles représentent toutes les deux un type de nation « subétatique » au sein de laquelle la langue propre (le catalan et le français respectivement) s’est révélée être un élément clé de la représentation de l’identité collective, et qu’elle y possède à la fois un rôle symbolique et participatif. Cependant, la nature du conflit linguistique engendré par la cohabitation entre la langue propre et la langue de l’état (français-anglais/ catalan-espagnol) est visiblement perçu et traité de manière différente dans les deux régions. Donc, les environnements sociopolitiques et linguistiques québécois et catalans offrent à la fois des similitudes et des divergences qui mettent en relief certaines caractéristiques essentielles à la compréhension des mécanismes dans le développement d’une politique linguistique. Les étapes de l’étude se divisent en trois : après une exposition de l’évolution de la théorie de la planification linguistique, seront abordés les moments et évènements historiques marquants, intimement liés au développement du sentiment nationaliste dans les deux régions, ce qui permettra par le fait même d’explorer les relations entre les entités « subétatiques » et étatiques: Québec/Canada et Catalogne/Espagne. Puis seront passés en revue les textes législatifs et juridiques et leur portée. C’est-à-dire que sera vue plus spécifiquement l’application concrète des politiques linguistiques dans les domaines de l’éducation, de l’immigration et des médias de communication. Finalement, au regard des recensements sociolinguistiques les plus récents, les relations seront établies entre les résultats statistiques de l’usage des langues dans les régions respectives et les moyens ayant été déployés dans le cadre de la planification linguistique.

L’épistémologie de Marcel Proust dans À la recherche du temps perdu : littérature et savoirs en 1900 : une pensée de l’imprévisible

La somme romanesque que représente À la recherche du temps perdu se constitue au prix d’une « recherche » qui est à prendre au pied de la lettre, et qui instaure le sujet connaissant en savant-chercheur face à son objet de savoir. Proust fait en effet du « savoir » la condition même du talent, et fait entreprendre à son héros une exploration qui se présente en priorité comme étant une quête de savoirs. Ce travail se situe dans le sillage de l’épistémocritique qui étudie l’inscription dans le texte littéraire des savoirs en général, tout en insistant sur les savoirs qui relèvent de la science. Notre but est de dégager la posture épistémique qui caractérise le narrateur de la Recherche face aux divers savoirs qu’il récolte au cours de ses observations. Le parcours cognitif du narrateur est examiné suivant les quatre grandes étapes de sa recherche, que nous redéfinissons en termes de paradigmes : le paradigme de l’Exploration, qui définit une « épistémologie de l’observateur » ; le paradigme de la Communication, qui définit une « épistémologie de l’homme social » et une « épistémologie de l’homme moderne » ; le paradigme de l’Introspection, qui prépare à l’élaboration d’une « épistémologie du personnage intérieur » ; et enfin, le paradigme de la Vocation, qui rassemble les réponses trouvées par le narrateur à la plupart des questionnements qui auront jalonné son parcours cognitif. Ce dernier paradigme se présente sous la forme d’une « épistémologie de la création », d’une « épistémologie du réel » et d’une « épistémologie du hasard ». Car en dépit d’une démarche qui apparaît soumise aux médiations culturelles, la recherche du héros proustien se présente comme une « pensée de l’imprévisible » : fortement déterminée par la recherche cognitive du protagoniste, elle demeure pourtant irréductible à cette seule recherche. Nous dégageons, pour terminer, le statut réservé à la science et aux savoirs positifs en regard de la découverte de la vocation, mais aussi par rapport à l’élaboration d’une théorie de la création littéraire : ces deux grands domaines du savoir sont-ils considérés par Proust comme inconciliables avec une priorité évidente de l’un sur l’autre ou, au contraire, participent-ils tous deux d’une manière égale à la connaissance et à la création artistique ?

Recherche économique en santé cardiovasculaire

Les nouvelles technologies médicales contribuent aux dépenses en santé qui ne cessent de croître, alors que les budgets se trouvent limités. L’évaluation économique des technologies devraient permettre d’identifier quelles sont celles qui sont les plus rentables. Malgré cela, plusieurs technologies dont le rapport coût-efficacité reste plutôt limite ou défavorable sont utilisées en médecine moderne et remboursées par notre système public de santé. Ce mémoire se concentre sur deux technologies en santé cardiovasculaire dont le rapport coût-efficacité est plutôt limite mais qui sont fréquemment utilisées au Canada; les tuteurs médicamentés ou pharmaco-actifs et les défibrillateurs cardiaques implantables (DCI). Nous avons fait une évaluation contingente de ces technologies dans le but d’examiner si ce type d’évaluation économique complémentaire pouvait procurer un point de vue nouveau sur la valeur économique et sociétaire des ces technologies. Les résultats de ces deux évaluations indiquent que les patients accordent une grande importance aux bénéfices que procurent ces deux technologies. Nos résultats soutiennent les politiques de santé actuelles de rembourser de façon libérale ces deux technologies.