Intellectual Property Protection For Plant Derived Vaccine Technology: Here They Come Are We Ready or Not ?

Il existe une nouvelle catégorie de technologie, les vaccins dérivés de plantes («VDPs»), qui englobe des produits qui ont un grand potentiel pour l’amélioration de la santé à l’échelle globale. Bien qu’ils ne soient pas encore disponibles pour le public, le développement des VDPs a progressé de façon telle qu’ils devraient être prêts à être mis en marché et distribués sous peu. Ainsi, c’est le moment idéal pour lancer un débat sur la meilleure façon de protéger cette nouvelle catégorie de technologie. Vu leur nature, les VDPs ne se qualifient pas parfaitement pour aucune forme de protection de propriété intellectuelle. En effet, un VDP est à la fois une variété de plante, une biotechnologie, un médicament et un produit qui vise spécifiquement les besoins de pays en voie de développement. Chacune de ces caractéristiques soulève ses propres problématiques en ce qui a trait à la propriété intellectuelle. C’est pourquoi il appert difficile d’identifier la forme de protection la plus adéquate et appropriée pour les VDPs. Cet article traite de la nature d’un VDP, des différentes catégories dans lesquelles il pourrait être classé, des différents types de systèmes de protection de propriété intellectuelle auxquels il pourrait être éligible ainsi que des problèmes qui pourraient être soulevés par tous ces éléments. Ces discussions visent à mettre l’accent sur le fait que nous avons affaire à une toute nouvelle catégorie d’innovation technologique. L’auteure est donc d’avis qu’une approche proactive est nécessaire pour discuter d’un système de protection de propriété intellectuelle en relation avec les VDPs. En ce moment, c’est l’inventeur qui choisi comment il protègera son invention. Les moyens employés par ce dernier pourraient être subséquemment modifiés ou annulés par une décision judiciaire mais comme plusieurs autres inventeurs d’une même catégorie de technologie auront probablement déjà adopté une stratégie de protection similaire, ce type de mesures judiciaire, très tard dans le processus, pourra avoir des résultats néfastes sur les détenteurs de droits. Le développement de lignes directrices d’entrée de jeu, avec l’aide d’un panel d’experts de préférence, peut contribuer à éviter les situations de confusion qui ont déjà été vécues avec l’application d’autres nouvelles technologies et qui devraient servir de leçon pour l’encadrement des VDPs.

Le développement récent des trois "petites" télévisions francophones de Suisse, de Belgique et du Québec, convergence ou divergence?

Dans le cadre d’une sociologie des organisations portant sur les liens entre organisations télévisuelles et environnement, la présente thèse a pour objectif de cerner les modalités du développement récent de la télévision au Québec en le comparant à celui de la Belgique francophone et de la Suisse. Une telle comparaison repose sur un principe méthodologique simple: on cerne d’autant mieux la réalité que l’on étudie si on peut la comparer à une réalité équivalente d’autres sociétés. En s’appuyant sur des théories de développement organisationnel reliées au courant néo-fonctionnaliste et en adaptant des « histoires de cas » d’études organisationnelles à la réalité télévisuelle des années 90 et 2000, le chercheur a mis au point une grille de classification des données permettant d’étudier les composantes du développement de la télévision dans trois « petites » sociétés industrialisées. Dans un premier temps, il a pu constater une augmentation très importante du nombre de chaînes de télévision par rapport à ce qu’il était dans les années 50 à 70, le tout encadré par les autorités réglementaires en place. Par la suite, dans chacune de ces trois sociétés et sur une période de vingt-cinq ans, il a pu préciser les interactions et échanges entre organisations télévisuelles et environnement lesquels ont été, selon les cas, harmonieux, difficiles, voire même conflictuels. Après avoir comparé les modalités d’une telle augmentation entre les trois sociétés, le chercheur a pu constater une convergence de surface. On note bien quelques similitudes entre les trois sociétés, mais, surtout, chacune d’entre elles est restée sur son quant-à-soi. En Suisse, l’importance accordée au consensus social a favorisé un développement équilibré de l’augmentation des chaines. En Belgique, pays aux divisions profondes constamment réaffirmées, les oppositions ont permis, malgré tout, l’édification d’un ensemble audiovisuel relativement stable. Au Québec, avec une augmentation exponentielle du nombre de chaines, on a assisté à un véritable surdéveloppement de la télévision encouragé et planifié par les autorités gouvernementales canadiennes en réaction à un supposé envahissement culturel américain. Le CRTC, la régie des ondes canadiennes, a pesé de tout son poids pour favoriser l’augmentation du contenu canadien et de la production locale. Par ailleurs, cette augmentation s’est faite avec des ressources limitées. On en fait trop avec trop peu. C’est ce qui permettrait d’expliquer la baisse de qualité de la télévision québécoise contemporaine. Comme élément de solution aux problèmes que la télévision québécoise connait présentement, il faudrait considérer cette dernière pour ce qu’elle est véritablement: une petite télévision dans un univers industriellement hautement développé. Si une telle conception est très bien acceptée aussi bien en Belgique qu’en Suisse, elle ne l’est pas au Québec

L’abandon du traitement de jeunes toxicomanes ayant séjourné en communauté thérapeutique et leur condition post-traitement

De nombreux jeunes sont aux prises avec un problème de consommation de substances psychoactives. Bien que plusieurs traitements soient reconnus efficaces, les taux d’abandon chez les jeunes toxicomanes sont élevés et cela influence leur condition post-traitement. L’identification des caractéristiques des jeunes liés à l’abandon et à la condition post-traitement est donc nécessaire pour permettre d’adapter nos interventions en fonction des besoins des jeunes. La relation entre l’abandon du traitement ainsi que la condition post-traitement et diverses caractéristiques prétraitement a été examinée chez un échantillon de 215 clients adolescents admis à Portage entre 2003 et 2008, évalués avec l’instrument Indice de gravité d’une toxicomanie pour les adolescents (Germain, Landry, & Bergeron, 2003, 1999). Les relations entre l’abandon du traitement et des variables concernant leur consommation, leur état de santé, leurs problématiques liées à leurs occupations, leur état psychologique, leurs difficultés vécues auprès des proches et dans la famille ainsi que leurs difficultés socio-judiciaires ont été testées. Ces mêmes variables ont été utilisées pour chercher à prédire la condition post-traitement. Les régressions logistiques montrent qu’un premier séjour en communauté thérapeutique et les difficultés interpersonnelles prédisent l’abandon du traitement. Une fois les analyses réalisées de façon séparée selon le sexe, ces relations ne demeurent significatives que pour les filles. Les résultats des régressions linéaires multiples réalisées pour étudier la condition post-traitement ne permettent pas de retrouver les variables prévisionnelles rapportées dans les écrits scientifiques pour les clientèles adultes. Des questions sont soulevées quant à la pertinence de l’Indice de gravité d’une toxicomanie pour les adolescents (Germain, Landry, & Bergeron, 2003, 1999) pour prédire l’abandon et la condition post-traitement.

Mise à l’essai et évaluation qualitative d’une intervention inspirée de la pédagogie narrative destinée aux infirmières soignant des personnes âgées en état confusionnel aigu

Les personnes âgées occupent une proportion importante des lits dans les centres hospitaliers de soins de courte durée québécois et leur présence est en augmentation. Parmi ces personnes, plusieurs présentent un état confusionnel aigu (ÉCA), voire un délirium, au cours de leur hospitalisation. Les soins infirmiers qu’elles requièrent sont complexes et les études portant sur la formation continue des infirmières tiennent peu compte de cette réalité. Les approches utilisées dans les études sont surtout centrées sur l’acquisition de connaissances et d’habiletés techniques et négligent les aspects créatifs, relationnels, critiques, réflexifs et éthiques essentiels à une prestation de soins infirmiers de qualité. On y retrouve également peu d’informations sur la conception de l’intervention éducative et sur son évaluation. C’est dans cette perspective que le but de l’étude était de mettre à l’essai et d’évaluer qualitativement le processus et les résultats d’une intervention éducative auprès d’infirmières soignant des personnes âgées hospitalisées en ÉCA. Plus particulièrement, ce sont les conditions facilitant et contraignant l’intervention, les aspects les plus utiles pour la pratique, les différents savoirs exprimés et les résultats de soins perçus par les participantes qui étaient recherchés. C’est en s’inspirant de la pédagogie narrative de Diekelmann (2001) et des savoirs infirmiers de Chinn et Kramer (2008) que l’intervention a été conçue et évaluée. La description d’expériences de soins vécues par les infirmières et la création d’un environnement d’apprentissage favorisant l’interprétation, en groupe, de ces expériences à l’aide d’informations théoriques et empiriques caractérisent la pédagogie narrative à la base de cette intervention. Pour atteindre le but, une étude de cas a été retenue. La stratégie d’échantillonnage par choix raisonné a permis de sélectionner des participantes travaillant sur les trois quarts de travail, ayant différents niveaux de formation et une expérience comme infirmière variant de huit mois à 36 ans, dont l’âge variait de 23 à 64 ans. L’échantillon, composé de 15 infirmières soignant fréquemment des personnes en ÉCA et travaillant sur des unités de soins chirurgicaux cardiologiques et orthopédiques, était réparti dans trois groupes égaux de cinq participantes. L’intervention éducative comprenait quatre journées de formation offertes à intervalle de trois semaines pour une durée totale de 12 semaines. Au cours de chacune de ces journées, les participantes devaient effectuer un travail écrit réflexif concernant une situation de soins vécue avec une personne en ÉCA et, par la suite, partager, interpréter et s'interroger sur ces situations en faisant des liens avec des informations théoriques et empiriques sur l’ÉCA dans le cadre d’un atelier de groupe. Une triangulation de méthodes de collecte de données, incluant des notes de terrain de l’investigatrice, les travaux réflexifs des participantes, des questionnaires complétés par les participantes après chaque journée de formation et une entrevue individuelle avec chaque participante réalisée par une intervieweuse externe à la fin de l’intervention, a permis de décrire la mise à l’essai de l’intervention et d’évaluer qualitativement son processus et ses résultats. Une analyse de contenu des données qualitatives intra et inter participante a été effectuée. La mise à l’essai de l’intervention a mis en évidence l’importance de tenir compte des besoins variés des participantes et d’ajuster l’intervention éducative d’un groupe à l’autre, notamment eu égard aux contenus théoriques et empiriques sur l’ECA. L’évaluation du processus souligne que l’intervention a été facilitée par les attitudes et la diversité des expériences des participantes, ainsi que par l’utilisation de situations de soins réelles permettant d’intégrer la théorie dans la pratique. L’accès à de nouveaux outils d’évaluation des personnes en ÉCA a été perçu particulièrement utile par les participantes. Quant à l’évaluation des résultats, elle a permis de rendre visibles de nombreux savoirs empiriques, éthiques et esthétiques et certains savoirs personnels et émancipatoires exprimés par les participantes. Les participantes ont, entre autres, réalisé des évaluations plus approfondies des personnes en ÉCA, ont réduit ou évité les mesures de contrôle physiques des personnes atteintes et ont impliqué davantage les familles dans les soins. L’évaluation a aussi permis de décrire certains résultats perçus par les participantes sur le bien-être physique et psychologique des personnes soignées et sur les familles. Les personnes en ECA étaient, entre autres, rassurées, plus calmes et soulagées et les familles moins inquiètes et davantage impliquées dans les soins. Les résultats de l’étude mettent en évidence l’applicabilité d’une intervention éducative narrative basée sur un cadre de référence en sciences infirmières et son utilité pour la formation continue dans les milieux de soins. L’étude ouvre la porte à des possibilités de transfert de l’intervention à d’autres populations d’infirmières soignant des clientèles ayant des besoins complexes, notamment en gériatrie, en oncologie ou en soins palliatifs. Des études visant à évaluer l’intervention auprès d’un échantillon plus important et à explorer ses effets sur les personnes soignées et leurs familles sont proposées.

«Tout perdre» : causes sociales des problèmes de santé mentale à travers le récit de vie de personnes en situation d’itinérance.

Alors que, dans les années soixante, l’étude des conditions sociales dans leurs conséquences sur la santé mentale semblait une voie d’avenir pour la recherche psychiatrique (Sicot, 2001), il semble que, dans le contexte actuel, elle soit redevenue « hors propos ». Dans ce contexte où la plupart reconnaissent l’hégémonie de l’approche biologique en psychiatrie, quelle place peut être réservée aux conditions sociales pour expliquer l’origine des problèmes de santé mentale? Plusieurs auteurs, issus de la psychiatrie et des sciences humaines, se sont attardés à cette question. De leur avis, certaines conditions sociales, comme celles vécues par les bonnes à tout faire, les assistés sociaux, les immigrants, seraient particulièrement propices au développement de problèmes de santé mentale. Il est proposé dans ce mémoire de se concentrer sur l’impact d’une condition sociale particulière, l’itinérance, sur la santé mentale des personnes qui la vivent. Au terme d’une recension des écrits, des auteurs comme Furtos (2007) ont conclu que l’itinérance, en tant que forme extrême d’exclusion sociale, est à même d’engendrer des problèmes de santé mentale. Toujours avec l’objectif de répondre à la question de l’impact des conditions sociales sur la santé mentale, ce mémoire s’intéresse au point de vue des premières concernées, c’est-à-dire celui des personnes en situation d’itinérance ayant des problèmes de santé mentale. Sur le plan méthodologique, il se fonde sur 10 récits de vie de participants au projet Chez soi, projet de recherche et démonstration sur la santé mentale et l’itinérance de Montréal. Ce mémoire met en lumière les facteurs explicatifs soulignés par les participants au fil de leurs récits de vie et les compare à ceux identifiés dans la littérature se situant dans le courant sociogénétique.

Rapport d'intervention du programme Vivre la diversité! (Ateliers de formation sur les relations interculturelles en contexte d'intervention de crise)

Rapport d'analyse d'intervention présenté à la Faculté des arts et sciences en vue de l'obtention du grade de Maîtrise ès sciences (M. Sc.) en psychoéducation.

Le théâtre de la mémoire olfactive : le pouvoir des odeurs à modeler notre perception spatiotemporelle de l'environnement

pour plus d'informations concernant l'auteure et sa recherche veuillez consulter le http://www.natalieb.ca

Les pratiques parentales maternelles et la symptomatologie des enfants victimes d’agression sexuelle d’âge préscolaire

Les enfants victimes d’agression sexuelle (AS) peuvent présenter divers problèmes psychologiques (Beitchman, Zucker, Hood, DaCosta et al., 1991; Briere & Elliott, 1994). Ces difficultés peuvent d’ailleurs perdurer jusqu’à l’âge adulte (Putnam, 2003). Afin de favoriser le rétablissement de ces enfants et prévenir le cycle intergénérationnel de la maltraitance sexuelle, il est important de s’intéresser aux facteurs de protection pouvant diminuer leurs séquelles. Les pratiques parentales représentent un facteur clé dans le développement de l’enfant de façon générale (Campbell, 1995) et peuvent jouer un rôle important dans la capacité des victimes à s’adapter à l’AS qu’elles ont subie (Ullman, 2003; Yancey & Hansen, 2010). Des pratiques parentales moins étudiées dans ce domaine de recherche ont été examinées dans la présente étude, soit le contrôle psychologique (CP), le contrôle limitatif (CL) et le soutien de l’autonomie (SA). Par ailleurs, l’évaluation des variables pouvant être liées à la conduite parentale et des impacts de celle-ci sur le développement de l’enfant permettra de mieux comprendre les difficultés que peuvent présenter ces familles et d’intevenir adéquatement auprès de celles-ci. Les objectifs de cette thèse étaient : 1) de valider une grille de codification des comportements parentaux auprès d’enfants d’âge préscolaire, 2) de documenter le lien entre le CP, le CL, un concept que nous avons proposé dans la présente étude, et le SA afin de clarifier des incohérences conceptuelles et des failles méthodologiques notées dans les études passées, 3) de comparer les pratiques parentales de mères d’enfants victimes d’AS avec celles de mères dont l’enfant n’a pas vécu d’AS, 4) d’examiner le lien entre les mauvais traitements et les événements traumatiques subis par les mères, leur détresse psychologique et leurs pratiques parentales et 5) d’évaluer la relation entre les pratiques parentales et l’adaptation psychologique des enfants de l’échantillon. Un échantillon formé de 22 enfants d’âge préscolaire victimes d’AS recrutés au Centre d’expertise Marie-Vincent (CEMV) et de 79 enfants n’ayant pas vécu un tel événement recrutés dans des Centres de la petite enfance (CPE) de milieux défavorisés de Montréal, de même que leurs mères, a participé à l’étude. La détresse psychologique des mères, les mauvais traitements subis dans leur l’enfance, les expériences traumatiques vécues avant et après 18 ans et les comportements inductifs et coercitifs ont été mesurés à l’aide de questionnaires auto-rapportés par la mère. Les mères et les éducateurs-trices de garderie ont aussi complété un questionnaire sur la symptomatologie de l’enfant. Finalement, une grille de codification des comportements parentaux a permis de mesurer les pratiques des mères et ce, lors d’une procédure d’observation. Les résultats démontrent que la grille élaborée présente des qualités psychométriques satisfaisantes. Par ailleurs, les corrélations entre les échelles principales de la grille de même que les résultats de l’analyse factorielle révèlent que le CP, le CL et le SA constituent des construits indépendants, tel que prévu. La comparaison des comportements maternels montre que les mères d’enfants victimes d’AS présentent des pratiques similaires à celles des mères dont l’enfant n’a pas subi d’AS. De plus, des liens ont été obtenus entre les expériences traumatiques et les mauvais traitements passés de la mère, sa détresse psychologique et les pratiques qu’elle adopte envers son enfant. Finalement, l’utilisation de stratégies inductives est associée marginalement à moins de troubles extériorisés chez l’enfant alors que l’utilisation de stratégies coercitives est reliée à plus de troubles intériorisés, selon l’éducateur-trice de l’enfant. Afin d’augmenter les possibilités que l’enfant se développe de façon optimale et de prévenir la transmission intergénérationnelle des mauvais traitements sexuels, il est important de comprendre le fonctionnement et les pratiques parentales des mères non-agresseurs. Les résultats de cette étude ont permis de mieux documenter la conduite des mères d’enfants victimes d’AS. Par ailleurs, des explications sont proposées concernant les facteurs distincts associés à l’utilisation d’une conduite centrée sur l’enfant (inductive) versus sur le parent (coercitive). L’identification de ceux-ci peut permettre une prévention et une intervention plus adéquate auprès de ces familles et est d’autant plus cruciale compte tenu de l’impact négatif de certaines pratiques sur l’adaptation de l’enfant, tel que démontré dans la présente recherche.

Histoire(s) et historiographie du cinéma en France : 1896-1953

Thèse de doctorat effectuée en cotutelle au Département d’histoire de l’art et d’études cinématographiques de la Faculté des arts et des sciences de l'Université de Montréal et à la Section d’histoire et esthétique du cinéma de la Faculté des lettres de l'Université de Lausanne.

«Comment je suis devenu toxicomane» : le point de vue d’hommes ayant une dépendance aux drogues

La toxicomanie est un problème bien réel dans la société québécoise. Cette problématique touche autant les hommes que les femmes, de tous les âges et de toutes les sphères de la société. Toutefois, les hommes adultes étant plus nombreux à utiliser les services en réadaptation des toxicomanies, le but de ce mémoire est de donner une voix à ces hommes, afin de connaitre leurs visions sur les trajectoires qui les ont menées vers cette problématique. Les témoignages de six hommes adultes ayant une dépendance à l’alcool ou aux drogues ont donc été recueillis à l’aide d’entrevues de type récit de vie. Les résultats qui se dégagent de ces histoires de vie viennent, d’un côté, corroborer certaines données de la littérature, mais mettent aussi en lumière de nouveaux éléments. En effet, les facteurs de risque de la littérature tel que l’influence des pairs, des parents consommateurs et un début précoce de la consommation font partie intégrante de la trajectoire des répondants de cette recherche. Par contre, certains éléments dont l’impulsivité qui est fortement ressortie comme facteurs de risque de la toxicomanie dans la recension des écrits n’a pas été soulevée comme notion principale par ces hommes. Les similitudes de certains éléments entre chacun des récits de vie des participants lèvent toutefois le voile sur de nouveaux facteurs de risque. Les liens pauvres avec la figure paternelle doivent être pris en considération comme facteurs puisqu’ils font partie de la majorité des histoires de vie des répondants. De plus, le revenu est aussi un élément qui a grandement été relaté par les participants puisqu’il influence la quantité ainsi que la substance consommée. Cette recherche permet de prendre davantage conscience de la réalité des hommes toxicomanes ainsi que des particularités de leur trajectoire de vie.

Le sens de la croyance à l’âge séculier chez Charles Taylor : une herméneutique de l’expérience religieuse

Ce mémoire se propose d’étudier la manière nouvelle dont se présente la croyance religieuse à l’âge séculier dans la philosophie de la religion du philosophe Charles Taylor. Plus précisément, nous cherchons à démontrer que la croyance et l’incroyance possèdent les mêmes fondements phénoménologiques, qui sont à trouver du côté des questions identitaires. Afin d’y arriver, nous commençons par analyser sa redéfinition de la sécularité afin de comprendre pourquoi l’âge séculier n’est pas en soi un âge irréligieux. Nous montrerons en quoi, selon Taylor, les Occidentaux partagent un même « arrière-plan » moral et spirituel – le « cadre immanent », que nous appréhendons comme le contexte au sein duquel émergent les positions croyantes et athées. Nous présentons ensuite une brève analyse des éléments historiques et phénoménologiques du cadre immanent ainsi que de sa fonction « transcendantale », ce qui nous permet d’expliquer la raison pour laquelle Taylor soutient que la croyance et l’incroyance relèvent avant tout de l’identité morale et des considérations éthiques qui soutiennent notre vision du monde. Ici nous suivons Taylor en affirmant que ce sont toutes deux des expériences vécues qui a priori s’équivalent sur le plan rationnel. Enfin, au cœur de notre réflexion se trouve la mise en valeur d’un concept très important que Taylor développe à partir des travaux de William James, à savoir l’« espace ouvert jamesien ». Cette ouverture, rendue possible par la sécularité elle-même, vise à rendre compte d’un état de lucidité par lequel nous pouvons ressentir la force des deux options.

Le traitement de l'oubli : épreuve de l'incorporation des antirétroviraux et temporalités des traitements du sida en Centrafrique.

Réalisé en co-tutelle avec le laboratoire Santé-Individu-Société, Ecole doctorale Interdisciplinaire Sciences et Santé, Université de Lyon, avec l'obtention du grade de docteur en sociologie.

Recherches sur la plasticité du discours oraculaire: l'exemple de l'oracle du "Mur de bois" (Hérodote, 7, 140-146)

Ce mémoire vise à appliquer l’étude des oracles en Grèce au cas longtemps malmené de l’oracle du rempart de bois. Alors que les historiens modernes deviennent de plus en plus critiques face à la littérature oraculaire grâce aux découvertes de l’épigraphie, cet oracle semble résister à cette nouvelle vague : tout et son contraire ont été allégué afin de le préserver de l’étiquette de post eventum. À la lumière du cadre historique dans lequel Hérodote a conçu ses Histoires, nous serons en mesure de décortiquer les éléments constitutifs de cet oracle qui prédit l’issue de la Seconde Guerre médique et selon lequel les Athéniens trouvèrent leur salut derrière le désormais célèbre « rempart de bois ». Nous nous attarderons finalement au dit « Décret de Thémistocle », trouvé à Trézène et commandant l’évacuation d’Athènes. Au terme de ce mémoire, l’épisode du rempart de bois apparaîtra définitivement comme post eventum.

Étude de l’évolution des génomes par duplications, pertes et réarrangements

La duplication est un des évènements évolutifs les plus importants, car elle peut mener à la création de nouvelles fonctions géniques. Durant leur évolution, les génomes sont aussi affectés par des inversions, des translocations (incluant des fusions et fissions de chromosomes), des transpositions et des délétions. L'étude de l'évolution des génomes est importante, notamment pour mieux comprendre les mécanismes biologiques impliqués, les types d'évènements qui sont les plus fréquents et quels étaient les contenus en gènes des espèces ancestrales. Afin d'analyser ces différents aspects de l'évolution des génomes, des algorithmes efficaces doivent être créés pour inférer des génomes ancestraux, des histoires évolutives, des relations d'homologies et pour calculer les distances entre les génomes. Dans cette thèse, quatre projets reliés à l'étude et à l'analyse de l'évolution des génomes sont présentés : 1) Nous proposons deux algorithmes pour résoudre des problèmes reliés à la duplication de génome entier : un qui généralise le problème du genome halving aux pertes de gènes et un qui permet de calculer la double distance avec pertes. 2) Nous présentons une nouvelle méthode pour l'inférence d'histoires évolutives de groupes de gènes orthologues répétés en tandem. 3) Nous proposons une nouvelle approche basée sur la théorie des graphes pour inférer des gènes in-paralogues qui considère simultanément l'information provenant de différentes espèces afin de faire de meilleures prédictions. 4) Nous présentons une étude de l'histoire évolutive des gènes d'ARN de transfert chez 50 souches de Bacillus.

Évolution moléculaire : un modèle Markov-modulé pour les processus de substitution

Les processus Markoviens continus en temps sont largement utilisés pour tenter d’expliquer l’évolution des séquences protéiques et nucléotidiques le long des phylogénies. Des modèles probabilistes reposant sur de telles hypothèses sont conçus pour satisfaire la non-homogénéité spatiale des contraintes fonctionnelles et environnementales agissant sur celles-ci. Récemment, des modèles Markov-modulés ont été introduits pour décrire les changements temporels dans les taux d’évolution site-spécifiques (hétérotachie). Des études ont d’autre part démontré que non seulement la force mais également la nature de la contrainte sélective agissant sur un site peut varier à travers le temps. Ici nous proposons de prendre en charge cette réalité évolutive avec un modèle Markov-modulé pour les protéines sous lequel les sites sont autorisés à modifier leurs préférences en acides aminés au cours du temps. L’estimation a posteriori des différents paramètres modulants du noyau stochastique avec les méthodes de Monte Carlo est un défi de taille que nous avons su relever partiellement grâce à la programmation parallèle. Des réglages computationnels sont par ailleurs envisagés pour accélérer la convergence vers l’optimum global de ce paysage multidimensionnel relativement complexe. Qualitativement, notre modèle semble être capable de saisir des signaux d’hétérogénéité temporelle à partir d’un jeu de données dont l’histoire évolutive est reconnue pour être riche en changements de régimes substitutionnels. Des tests de performance suggèrent de plus qu’il serait mieux ajusté aux données qu’un modèle équivalent homogène en temps. Néanmoins, les histoires substitutionnelles tirées de la distribution postérieure sont bruitées et restent difficilement interprétables du point de vue biologique.