Développement d’une méthode bio-informatique permettant de relier les gènes aux métabolites

L’objectif de ce projet était de faire le lien entre gènes et métabolites afin d’éventuellement proposer des métabolites à mesurer en lien avec la fonction de gènes. Plus particulièrement, nous nous sommes intéressés aux gènes codant pour des protéines ayant un impact sur le métabolisme, soit les enzymes qui catalysent les réactions faisant partie intégrante des voies métaboliques. Afin de quantifier ce lien, nous avons développé une méthode bio-informatique permettant de calculer la distance qui est définie comme le nombre de réactions entre l’enzyme encodée par le gène et le métabolite dans la carte globale du métabolisme de la base de données Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG). Notre hypothèse était que les métabolites d’intérêt sont des substrats/produits se trouvant à proximité des réactions catalysées par l’enzyme encodée par le gène. Afin de tester cette hypothèse et de valider la méthode, nous avons utilisé les études d’association pangénomique combinées à la métabolomique (mGWAS) car elles rapportent des associations entre variants génétiques, annotés en gènes, et métabolites mesurés. Plus précisément, la méthode a été appliquée à l’étude mGWAS par Shin et al. Bien que la couverture des associations de Shin et al. était limitée (24/299), nous avons pu valider de façon significative la proximité entre gènes et métabolites associés (P<0,01). En somme, cette méthode et ses développements futurs permettront d’interpréter de façon quantitative les associations mGWAS, de prédire quels métabolites mesurer en lien avec la fonction d’un gène et, plus généralement, de permettre une meilleure compréhension du contrôle génétique sur le métabolisme.

Les études littéraires et la fin de l’Histoire

La critique américaine a produit, ces dernières années, un genre nouveau, que les convenances fondamentales qui règlent la discipline depuis ses débuts auraient dû interdire. Un genre où s'entremêlent, d 'une façon qui ne va pas sans scandale pour beaucoup, l'analyse des textes et l 'autobiographie, parfois assez impudique. Cependant, disent certains, la littérature - occasion de ces anamnèses - n'est-elle pas elle-même issue d 'une plongée comparable et tout lecteur n 'est-il pas appelé par elle à retrouver le lieu privé où repose, selon Proust, son propre livre intérieur? Et nombre d'universitaires de s'en autoriser pour travailler à leurs mémoires ou pour livrer les détails de leur OEdipe, par où ils croient ressembler à Flaubert. Parallèlement, la critique française, si longtemps insuffisante et frivole, mais qui s'était convertie non sans arrogance dans les années soixante à la théorie et à la scientificité, semble s'être faite depuis quelques années toute modestie et humilité. La voilà qui maintenant s'ensevelit volontiers dans les tâches ingrates de l'érudition, arpentant les austères et parfois désolants chantiers de la génétique ou de l'histoire, férue tout à coup de biographie et de bibliométrie, éditant à qui mieux mieux des textes de plus en plus lointains. Là où la critique américaine, entichée de « cultural studies », parcourt l'archive de façon très personnelle, à la recherche de toutes les étrangetés tout en rêvant de subversion, la critique française affecte l'air absorbé des comptables balzaciens dont tes minuties font un monde. Le divorce va s'accentuant de saison en saison. C'est de cette incompréhension réciproque croissante que je m'autoriserai pour introduire à mon tour dans les réflexions qui vont suivre une légère touche d'autobiographie, nécessaire pour saisir en quoi les évolutions séparées des deux traditions critiques posent problème à ceux qui, comme je le fais, ont beaucoup voyagé entre elles, tout en pensant longtemps les rapprocher. [Introduction]

Modélisation de l’activité électrique des oreillettes avant et après ablation par cathéter

- Réalisé au centre de recherche de l'hospital du Sacré-Coeur de Montréal. - Programme conjoint entre Université de Montréal et École Polytechnique de Montréal.

Le train est l'ancêtre d'Internet

Nous sommes fascinés par le train et le cinéma, fascination provoquée parce que tous les deux donnent l’impression du mouvement réel, un mouvement technique qu’on est capable de gérer : lorsqu’on regarde un film, on peut toujours faire un arrêt sur image. L’approche philosophique nous permet aussi de relier Internet dans ce mouvement qui va du train au cinéma. Le Web est un flux de données, ses contenus ne sont jamais stables à l’opposé des contenus des autres médias. Et ce qui nous passionne dans le numérique et fait la force d’Internet, c’est qu’il nous donne l’illusion du réel et que nous pouvons facilement le gérer. Cela pose le problème de la mission de créer des archives du Web, qui peut sembler irréaliste tant le matériel concerné est vaste et non structuré : ne serait-ce pas trahir ce mouvement perpétuel ? Ou alors, on peut considérer que le Web est une trahison du continu du réel et les archives la structure la plus appropriée pour appréhender ce nouveau média…

La portée épistémique de l’axiomatisation de la physique chez Hilbert

L'objectif du présent texte est de discuter de la portée épistémique de la méthode axiomatique. Tout d'abord, il sera question du contexte à partir duquel la méthode axiomatique a émergé, ce qui sera suivi d'une discussion des motivations du programme de Hilbert et de ses objectifs. Ensuite, nous exposerons la méthode axiomatique dans un cadre plus moderne afin de mettre en lumière son utilité et sa portée théorique. Finalement, il s'agira d'explorer l'influence de la méthode axiomatique en physique, surtout en ce qui a trait à l'application de la méthode par Hilbert. Nous discuterons de ses objectifs et de l'épistémologie qui accompagnait sa vision du 6 e problème, ce qui nous amènera à discuter des limites épistémiques de la méthode axiomatique et de l'entreprise scientifique en général.

La critique de l’idée du bien entre l’EN et l’EE

Notre étude a pour objectif de mettre en relief une différence considérable, et trop peu soulignée, qui survient entre l’EN et l’EE au sujet de la critique de l’idée platonicienne du bien. Laissant de côté le problème de la chronologie de l’œuvre d’Aristote, qui peut avoir tendance à rapporter trop rapidement les divergences entre les deux éthiques sur le seul plan d’une hypothétique évolution doctrinale, nous portons notre attention essentiellement sur la situation théorique dans laquelle advient la réfutation de la position platonicienne dans chacune des éthiques. Nous croyons ainsi montrer que l’EE surpasse de loin l’EN en regard de la pertinence philosophique de la critique de Platon, ce qui s’explique, non pas par une variation au sein du contenu de la critique, mais par une différence significative au niveau de l’organisation interne des deux traités.

Comment vivre en vue du sens ? L’acte libre selon Jan Patočka

Dans cet exposé, l’auteur tente de montrer que le sens que le phénoménologue tchèque Jan Patočka (1907-1977) donne primordialement à « l’action » n’est pas un sens politique, mais plutôt un sens phénoménologique et existentiel. Pris sur ce plan d’analyse, le problème de l ’ agir libre doit être posé au départ de la question la plus fondamentale : Comment vivre en vue du sens ? – question qui concerne en premier lieu l’être individuel et non l’agir-ensemble. En analysant le sens que Patočka donne au monde naturel de la vie, au problème du vital, aux termes « possibilité » et « liberté », l’auteur montre que l’action au sens le plus fondamental, que Patočka nomme « action tragique », est ce qui fait de l’existence humaine un mouvement vivant ouvert sur la totalité du monde.

L'environnementalisme aporétique : les limites du libertarisme

Dans un contexte de crise écologique mondiale, la justice sociale ne peut plus être pensée sans la justice environnementale. L'environnementalisme libertarien pose problème dès l'articulation de ses prémisses, car le droit à l'intégrité de sa personne et de sa propriété semble être incompatible avec un droit minimal de polluer : une seule personne pourrait paralyser l'ensemble de l'activité économique en invoquant son droit à l'intégrité physique. La pollution est pourtant conçue comme un mal nécessaire – ce qui constitue un écart conséquentialiste dans le raisonnement libertarien. Le problème de l'arbitrage entre droits concurrents est contourné par le recours au marché, qui doit permettre de définir un niveau minimal de pollution. Si cela semble fonctionner relativement bien pour la catégorie des biens environnementaux directement utiles, un dilemme se pose dans le cas de la biodiversité, un bien environnemental indirectement utile : soit on assure la protection de l'environnement, soit on respecte l'autonomie des personnes. Il est impossible de parvenir à satisfaire ces deux objectifs fondamentaux en même temps.

Perception, aperception et conscience chez Leibniz

Cet article propose une interprétation de certains passages qui posent un problème de cohérence dans la théorie leibnizienne de la perception et de l’aperception. C’est le cas notamment d’un passage des Nouveaux essais sur l’entendement humain (1704), qui accorde aux animaux l’aperception, et du quatrième paragraphe des Principes de la Nature et de la Grâce (1710), où Leibniz semble plutôt faire coïncider aperception et réflexion, celle-ci étant pourtant réservée aux esprits raisonnables ailleurs dans son œuvre. Afin d’éviter la contradiction, notre interprétation donne une crédibilité particulière au passage des Nouveaux essais en défendant l’idée que Leibniz accorde l’aperception aux animaux, mais réserve la réflexion aux esprits. Nous tâcherons aussi de rendre évident comment certains passages semblant contredire cette position peuvent néanmoins être interprétés en ce sens.

Merleau-Ponty et la connaissance de soi

Notre objectif est d’habiliter la conception merleau-pontienne de la connaissance de soi. La difficulté consiste en ce que Merleau-Ponty fait reposer tout savoir sur un contexte perceptif que le sujet est par principe incapable d’appréhender dans sa totalité. La connaissance s’appuie ainsi sur un contexte comportant des zones d’ombre qui éludent la réflexion. Nous éclairons d’abord cette affirmation générale à partir de deux principes fondamentaux empruntés à la Gestalttheorie, dont le premier stipule que la donnée de base de la perception est une figure sur un fond et le second que nos structures mentales cherchent l’équilibre. Nous appliquons ensuite ces prémisses au problème spécifique de la connaissance de soi. Cette présentation nous permet de cibler deux obstacles à notre prétention : l’irréductibilité du sujet à ce qu’il donne à voir dans l’effort réflexif, ainsi que sa liberté fondamentale, contaminant la vérité de son caractère arbitraire. Finalement, nous montrons que ces deux obstacles ne sont qu’apparents, à condition toutefois de renoncer à une connaissance de soi absolue, et de ménager un espace entre le déterminisme et la liberté.

Processus causal et intrication quantique

La notion de causalité repose sur une grande prétention : rendre intelligibles l’origine, la constitution et le devenir du monde. On lui attribue donc une portée universelle : tout événement a une cause. La majeure partie des débats philosophiques sur la causalité a concerné nos jugements intuitifs selon deux types de conceptions causales, soit la conception probabiliste et la conception processuelle. Chacune d’elles fait face à d’importants obstacles conceptuels dont les principaux sont la préemption, l’inaboutissement (fizzling), la déconnexion et la méconnexion. Or, afin de rendre compte de certains phénomènes physiques et d’éviter le problème classique des régularités fallacieuses – comme quoi, par exemple, la chute du baromètre ne saurait être la cause de la tempête – l’approche processuelle est généralement privilégiée. Max Kistler (1998 ; 2006), entre autres, offre ainsi une théorie causale processuelle basée sur la notion de transfert d’énergie. Cependant, les cas paradigmatiques d’intrication quantique imposent de sérieuses contraintes aux approches processuelles, dont celle de Kistler.

L’infini dans la théorie ergodique

En mécanique statistique, un système physique est représenté par un système mécanique avec un très grand nombre de degrés de liberté. Ce qui est expérimentalement accessible, croit-on, se limite à des moyennes temporelles sur de longues périodes. Or, il est bien connu qu’un système physique tend vers un équilibre thermodynamique. Ainsi, les moyennes temporelles censées représenter les résultats de mesure doivent être indépendantes du temps. C’est pourquoi elles sont associées à des temps infinis. Ces moyennes sont par contre difficilement analysables, et c’est pourquoi la moyenne des phases est utilisée. La justification de l’égalité de la moyenne temporelle infinie et de la moyenne des phases est le problème ergodique. Ce problème, sous une forme ou une autre, a fait l’objet d’études de la part de Boltzmann (1868 ; 1872), les Ehrenfest (1912), Birkhoff (1831), Khinchin (1949), et bien d’autres, jusqu’à devenir une théorie à part entière en mathématique (Mackey 1974). Mais l’introduction de temps infinis pose des problèmes physiques et philosophiques d’importance. En effet, si l’infini a su trouver une nouvelle place dans les mathématiques cantoriennes, sa place en physique n’est pas aussi assurée. Je propose donc de présenter les développements conceptuels entourant la théorie ergodique en mécanique statistique avant de me concentrer sur les problèmes épistémologiques que soulève la notion d’infini dans ces mêmes développements.

Intérêt et droit à la liberté des animaux non‐humains

Dans le cadre d’une théorie des droits basée sur les intérêts, la question du droit à la liberté des animaux non-humains nécessite de déterminer préalablement si ces animaux ont un intérêt intrinsèque à être libres. Cet article vise à faire le point sur le lien entre liberté et bien-être animal au moyen d’une analyse détaillée de deux positions opposées sur la question, celles d’Alasdair Cochrane et de Valéry Giroux. Après avoir soulevé les faiblesses de chacune des argumentations présentées par ces auteurs, je soutiendrai que, pour les animaux sentients, la liberté n’est qu’un bien instrumental à l’absence de souffrance et donc, qu’un droit à ne pas souffrir suffirait à protéger leur intérêt à être libres.

Les besoins spécifiques des femmes immigrantes victimes de violence conjugale en maison d'hébergement

Rapport de stage présenté à la Faculté des études supérieures et posdoctorales en vue de l'obtention du grade de Maître (M. Sc.) en criminologie

Association entre les affections buccodentaires et le cancer colorectal : une revue et synthèse de la littérature

Position du problème: La parodontite chronique et l’édentement sont des affections buccodentaires chroniques qui, depuis quelques décennies, sont incriminées dans la survenue de différents types de cancers. Cette revue de littérature avait pour but d’examiner l’association entre le cancer colorectal et ces affections buccodentaires. Résultats: Les études épidémiologiques évaluant une association potentielle entre la parodontite, l’édentement et le cancer colorectal sont peu nombreuses. Cependant, plusieurs mécanismes plaident en faveur de cette association, notamment l’inflammation, la nutrition et possiblement l’infection par certains pathogènes, comme le suggère cette revue de la littérature.