Activation de la voie oncogénique mTOR par les formes mutées de l'isocitrate déshydrogénase 1/2 retrouvées chez les gliomes

Une des caractéristiques principales des cellules cancéreuses est la reprogrammation de leur métabolisme énergétique. Des mutations d’enzymes impliquées dans différentes voies métaboliques sont récurrentes chez plusieurs tumeurs, contribuant ainsi à la dérégulation de ces cellules et à l’oncogénèse. C’est le cas de l’isocitrate déshydrogénase 1 (IDH1) et 2 (IDH2), responsables de la conversion de l’isocitrate en α-kétoglutarate dans le cycle de l’acide citrique. Ces enzymes sont fréquemment mutées chez les gliomes, acquérant ainsi la capacité de convertir l’α-kétoglutarate en 2-hydroxyglutarate (2HG), un oncométabolite inhibant les oxygénases α-kétoglutarate dépendantes parmi lesquelles figure notamment KDM4A, une déméthylase de lysines. À la recherche de nouvelles voies oncogéniques potentiellement régulées par les formes mutées de IDH1/2, nous avons initialement observé que les mutations de ces deux enzymes et de PTEN, un régulateur négatif de la voie mTOR, étaient mutuellement exclusives chez les gliomes. Ceci suggère que les mutations de IDH1/2 reproduiraient certains effets engendrés par les mutations de PTEN, créant ainsi un environnement oncogénique similaire. Nous avons observé que les formes mutées de IDH1/2 stimulent l’activation de mTOR grâce à la production et l’accumulation de 2HG. Cette activation repose en partie sur l’inhibition de KDM4A par cet oncométabolite. KDM4A est impliqué dans la stabilisation de DEPTOR, un inhibiteur de mTOR. Ainsi, l’inhibition de KDM4A par le 2HG entraîne la déstabilisation de DEPTOR et, par conséquent, l’activation de mTOR. Nos travaux ont donc permis l’identification d’un nouveau mécanisme oncogénique régulé par les formes mutées de IDH1/2 retrouvées chez les gliomes, soit l’activation de mTOR.

Développements et applications de méthodes computationnelles pour l'étude de l'agrégation des protéines amyloïdes

Les protéines sont au coeur de la vie. Ce sont d'incroyables nanomachines moléculaires spécialisées et améliorées par des millions d'années d'évolution pour des fonctions bien définies dans la cellule. La structure des protéines, c'est-à-dire l'arrangement tridimensionnel de leurs atomes, est intimement liée à leurs fonctions. L'absence apparente de structure pour certaines protéines est aussi de plus en plus reconnue comme étant tout aussi cruciale. Les protéines amyloïdes en sont un exemple marquant : elles adoptent un ensemble de structures variées difficilement observables expérimentalement qui sont associées à des maladies neurodégénératives. Cette thèse, dans un premier temps, porte sur l'étude structurelle des protéines amyloïdes bêta-amyloïde (Alzheimer) et huntingtine (Huntington) lors de leur processus de repliement et d'auto-assemblage. Les résultats obtenus permettent de décrire avec une résolution atomique les interactions des ensembles structurels de ces deux protéines. Concernant la protéine bêta-amyloïde (AB), nos résultats identifient des différences structurelles significatives entre trois de ses formes physiologiques durant ses premières étapes d'auto-assemblage en environnement aqueux. Nous avons ensuite comparé ces résultats avec ceux obtenus au cours des dernières années par d'autres groupes de recherche avec des protocoles expérimentaux et de simulations variés. Des tendances claires émergent de notre comparaison quant à l'influence de la forme physiologique de AB sur son ensemble structurel durant ses premières étapes d'auto-assemblage. L'identification des propriétés structurelles différentes rationalise l'origine de leurs propriétés d'agrégation distinctes. Par ailleurs, l'identification des propriétés structurelles communes offrent des cibles potentielles pour des agents thérapeutiques empêchant la formation des oligomères responsables de la neurotoxicité. Concernant la protéine huntingtine, nous avons élucidé l'ensemble structurel de sa région fonctionnelle située à son N-terminal en environnement aqueux et membranaire. En accord avec les données expérimentales disponibles, nos résultats sur son repliement en environnement aqueux révèlent les interactions dominantes ainsi que l'influence sur celles-ci des régions adjacentes à la région fonctionnelle. Nous avons aussi caractérisé la stabilité et la croissance de structures nanotubulaires qui sont des candidats potentiels aux chemins d'auto-assemblage de la région amyloïde de huntingtine. Par ailleurs, nous avons également élaboré, avec un groupe d'expérimentateurs, un modèle détaillé illustrant les principales interactions responsables du rôle d'ancre membranaire de la région N-terminal, qui sert à contrôler la localisation de huntingtine dans la cellule. Dans un deuxième temps, cette thèse porte sur le raffinement d'un modèle gros-grain (sOPEP) et sur le développement d'un nouveau modèle tout-atome (aaOPEP) qui sont tous deux basés sur le champ de force gros-grain OPEP, couramment utilisé pour l'étude du repliement des protéines et de l'agrégation des protéines amyloïdes. L'optimisation de ces modèles a été effectuée dans le but d'améliorer les prédictions de novo de la structure de peptides par la méthode PEP-FOLD. Par ailleurs, les modèles OPEP, sOPEP et aaOPEP ont été inclus dans un nouveau code de dynamique moléculaire très flexible afin de grandement simplifier leurs développements futurs.

Optimisation du promoteur CR5 inductible au cumate.

Les produits biologiques représentent une avenue thérapeutique très prometteuse pour diverses maladies actuellement sans traitement, dont le cancer. La demande pour ces produits est donc très forte et des bioprocédés industriels efficaces et fiables doivent être mis en place pour y répondre. Le système inductible au cumate (CR5) développé par le groupe de Bernard Massie permet d’exprimer des protéines d’intérêt de façon finement régulable et à haut niveau dans les cellules CHO. Un travail d’optimisation est toutefois nécessaire afin de maximiser l’expression tout en améliorant l’étanchéité du système. Dans cette optique, diverses constructions du promoteur comportant des configurations différentes d’espacement entre ses constituants, des transactivateurs comportant des domaines d’activation différents, et une séquence opératrice synthétique ont été testées pour évaluer leur capacité à améliorer le rendement et l’étanchéité du CR5. Ainsi, un protomoteur comportant trois séquences opératrices avec six paires de bases entre chacune de ces dernières s’est montré plus efficace en termes de rendement et d’étanchéité que la configuration actuelle du CR5. De plus, une nouvelle configuration du CR5 où le transactivateur est régulé par le système inductible à la coumermycine a été étudiée et a montré une régulation très fine. Le travail d’optimisation effectué dans ce projet s’applique seulement dans le but d’optimiser un procédé dans des conditions spécifiques. Son application à d’autres lignées cellulaires et d’autres promoteurs reste à démontrer.

Deux formes de naturalisme antique : la nature comme fondement d’éthiques contradictoires

Les éthiques de Calliclès et de Diogène de Sinope sont brièvement mises en parallèle. Elles sont radicalement contradictoires sur les questions du contrôle des désirs et de la relation avec autrui : la première est hédoniste et prône la domination ; la seconde défend à la fois une ascèse anti-hédoniste et une éthique de l’adaptation. Or, ces deux discours normatifs se ressemblent en ce qu’ils font tous deux appel à la nature pour fonder leurs thèses. De surcroît, Diogène et Calliclès défendent de véritables naturalismes au sens où leur recours à la nature n’est pas uniquement rhétorique, mais bien justificatif. Cela se manifeste, d’une part, par l’anticonventionnalisme des deux penseurs et, d’autre part, par l’inscription en faux de ces positions contre la vision antinaturaliste de Socrate. C’est dire que l’entreprise naturaliste antique fait face à de sérieux problèmes.

Perceptions des femmes exerçant différentes formes d'activités sexuelles rémunérées hors rue sur leur pratique

La présente recherche rend compte de la perception de leurs activités de huit femmes ayant pratiqué ou pratiquant toujours diverses formes d’activités sexuelles rémunérées dans un contexte hors rue. Les formes d’activités les plus souvent abordées sont la danse nue avec et sans contacts, l’escorte, le massage érotique et le phénomène communément appelé « sugar daddy », soit l’échange des services contre rémunération avec un client en particulier. Deux participantes de l’échantillon ont, parallèlement à leurs pratiques hors rue, exercé dans la rue. Le terme « pratiques sexuelles rémunérées » a été privilégié afin d’assurer une perspective neutre, c’est-à-dire sans parti pris a priori pour aucune des deux visions préexistantes par rapport au phénomène se situant à deux extrémités de ce que nous percevons plutôt être un continuum, soit la vision abolitionniste voulant que la « prostitution » soit une forme d’exploitation et de violence sexuelle commise principalement à l’égard des femmes, qui devrait être décriminalisée pour les femmes, mais criminalisée pour les clients et les proxénètes, et la vision soutenant que le « travail du sexe » est un choix qui constitue un travail comme un autre et, conséquemment, mérite d’être décriminalisé complètement, et ce, même pour les clients et les proxénètes. Notre approche visait essentiellement à permettre d’aller chercher les visions subjectives des femmes sur leur pratique, point de vue que nous retrouvons peu dans les écrits et les débats sur le sujet. La cadre théorique qui sous-tend notre analyse est celui de l’intersectionnalité. Les principales sources de discrimination ressorties sont l’âge, le statut socioéconomique, et l’origine ethnique pour une participante. Ces sources augmentent les facteurs de vulnérabilité faisant que les femmes se dirigent vers l’univers des pratiques sexuelles rémunérées, y demeurent ou parfois y retournent après un arrêt, ceci afin d’assurer leur subsistance, la consommation de substances psychoactives ou pour pouvoir rembourser des dettes et/ou se payer certains luxes. Le but de notre étude est de découvrir et de comprendre la perception des femmes quant à leur expérience associée à la pratique de différentes formes d’activités sexuelles rémunérées hors rue. Il s’agissait plus spécifiquement de décrire, comprendre et analyser la trajectoire ayant conduit les femmes vers la pratique d’activités sexuelles rémunérées; comprendre leurs trajectoires et leurs expériences en fonction des différents types de pratique, plus ou moins intense, plus ou moins variée et plus ou moins étendue dans le temps et, enfin, de situer leur perspective sur le continuum du débat social positionnant la pratique d’activités sexuelles rémunérées comme étant soit une forme d’exploitation ou une forme de travail comme un autre. Afin d’atteindre ces objectifs, une approche qualitative faite d’entretiens semi-dirigés auprès des femmes a été réalisée. Nous avons ainsi pu situer les perspectives des femmes sur un continuum où plusieurs trouvaient leur place dans des visions plus nuancées de leur réalité, alors que d’autres rejoignaient davantage une des deux visions polarisées. En effet, certaines ont vécu leur expérience essentiellement comme une forme d’exploitation et de violence à leur égard, alors que d’autres en traitent comme un choix et un travail comme un autre.

Portrait des difficultés des élèves du secondaire relativement à l’orthographe des formes homophones

Cette recherche descriptive vise à établir un portrait des principales difficultés rencontrées par les élèves du secondaire relativement à l’orthographe des homophones et cela à travers différents angles d’analyse. Nous avons d’abord fait ressortir l’importance des difficultés orthographiques chez les élèves du secondaire québécois et mis en relief la proportion de ces erreurs attribuée à l’orthographe des homophones. À partir des données recueillies par le groupe de recherche Projet grammaire-écriture qui s’est donné comme objectif, dans un premier temps, de recueillir de nombreuses données à travers deux instruments de collecte (une dictée et une production écrite), nous avons tout d’abord relevé les erreurs d’homophonie commises le plus fréquemment par les élèves pour ensuite analyser chacune des formes homophones problématiques en fonction de critères variés tels que leur fréquence lexicale dans la langue française, leur appartenance à une catégorie grammaticale particulière ou encore la structure syntaxique qui les sous-tend. Les erreurs les plus importantes ont fait l’objet d’une observation plus poussée : nous avons établi le pourcentage de graphies correctes versus erronées dans tous les textes des élèves. Finalement, nous avons aussi comparé nos résultats à ceux obtenus par McNicoll et Roy (1984) auprès d’une population de niveau primaire. Les résultats révélés par notre analyse montrent que ce sont principalement les finales verbales en /E/ qui posent problème aux élèves du secondaire, suivies par les formes homophones s’est/c’est/ces/ses et se/ce.

Valeur pronostique de CD73 et des lymphocytes T CD8 et optimisation de la vaccination de type GVAX dans le cancer de la prostate

CD73 est un ecto-enzyme qui a été associé à la suppression de l'immunité anti-tumorale. Ses valeurs pronostiques et thérapeutiques ont été mises de l'avant dans plusieurs types de cancer. La première hypothèse du projet est que l'expression de CD73 dans la tumeur prédit le pronostic des patients atteints du cancer de la prostate. L'expression de CD73 a été étudiée par immunofluorescence dans des échantillons de tumeur. Puis, des analyses univariées et multivariées ont été conduites pour déterminer si l'expression de CD73 permet de prédire la récidive biochimique des patients. Nous avons déterminé que CD73 prédit indépendamment le pronostic des patients atteints du cancer de la prostate. De plus, nous avons déterminé que son expression dans le tissu normal adjacent ou dans la tumeur prédit différemment la survenue de la récidive biochimique. La deuxième hypothèse est que l'inhibition de CD73 permet d'améliorer l'efficacité d'un vaccin thérapeutique contre le cancer de la prostate. L'effet d'un vaccin de type GVAX a été étudié dans des souris CD73KO ou en combinaison avec un anticorps ciblant CD73. Nous avons observé que l'efficacité du vaccin était augmentée dans les souris où CD73 était absent. Cependant, la combinaison avec l'anti-CD73 n'a pas permis d'améliorer l'efficacité.

Analyse simultanée des hormones stéroïdiennes et leurs formes chimiques dans les matrices d'eau et d'urine par SPE-LC-MS/MS en ligne.

Dans les dernières années, les perturbateurs endocriniens ont été observés dans les rivières qui reçoivent des entrées importantes d’eaux usées. Parmi les perturbateurs endocriniens, les hormones stéroïdiennes naturelles et synthétiques sont des composés dont le potentiel d'imiter ou d'interférer avec les fonctions hormonales normales (développement, croissance et reproduction), est reconnu même au niveau ultra-traces (ng L-1). Bien que les hormones conjuguées soient moins actives que les hormones libres, elles peuvent être clivées et redevenir libres une fois exposées aux processus microbiens avant ou pendant le traitement des eaux usées. En raison de la nécessité d'identifier et de quantifier ces composés dans l'eau, une nouvelle méthode, entièrement automatisée, a été développée pour la détermination simultanée des deux formes de plusieurs hormones stéroïdiennes (conjuguées et libres) dans les matrices d'eau et dans l’urine des femmes. La méthode est basée sur l'extraction en phase solide couplée en ligne à la chromatographie liquide et la spectrométrie de masse en tandem (SPE-LC-MS/MS). Plusieurs paramètres ont été évalués dans le but d'optimiser l'efficacité de la méthode, tels que le type et le débit de la phase mobile, des différentes colonnes de SPE et de chromatographie, ainsi que différentes sources et modes d'ionisation des échantillons pour la MS. La méthode démontre une bonne linéarité (R2 > 0.993), ainsi qu'une précision avec un coefficient de variance inférieure à 10%. Les limites de quantification varient d’un minimum de 3 à 15 ng L-1 pour un volume d'injection entre 1 mL et 5 mL et le recouvrement des composés varie de 72 % à 117 %.

Symétrie : réflexions sur les formes naturelles

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Étude de l'enseignement et de l'apprentissage des formes indéterminées

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Variabilité spatiale et temporelle des flux de carbone organique et des formes d'azote dissous dans le bassin versant de l'Hermine

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Décomposition automatique de signaux EMG intramusculaires

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.