Graphic medicine from library to classroom

Introduction. Graphic medicine is defined as the use of comics in health sciences education and patient care. Graphic stories about personal experiences of illness from patients and their families can be used to illustrate distress, empathy and collaboration between family members and health professionals and thus give students a broader experience of disease. We present a collection of graphic novels and outline collaboration with professors from various faculties in order to use comics as teaching material in health sciences. Method. The university has health sciences faculties of Nursing, Medicine, Pharmacy, Dentistry, Veterinary Medicine and schools of Public Health, Optometry and Kinesiology. The Health Library is offering its patrons a collection of 40 comics mainly on the theme of patient and family illness experience. An ongoing survey gathers feedback from users; results will help us promote the collection. A librarian is working with professors from the facultiesof Nursing, Medicine and Pharmacy in order to integrate comics’ excerpts into e-learning modules for three health and social services interprofessional courses reaching more than 1000 students annually. Other courses teaching empathy and partnership with patients will be identified and professors will be approached to raise awareness of the collection’s potential as teaching material. Results. The collection has been available to patrons since October 2012. Survey responses collected so far are very positive and titles are regularly borrowed. The collection has been added as suggested reading in a physiotherapy course outline. Discussion. The comics’ collection is already widely used by our patrons. Steps are being taken to integrate the collection into more health sciences courses and thus define graphic medicine as teaching material in health sciences education at the university.

Le progiciel PoweR : un outil de recherche reproductible pour faciliter les calculs de puissance de certains tests d'hypothèses au moyen de simulations de Monte Carlo

Notre progiciel PoweR vise à faciliter l'obtention ou la vérification des études empiriques de puissance pour les tests d'ajustement. En tant que tel, il peut être considéré comme un outil de calcul de recherche reproductible, car il devient très facile à reproduire (ou détecter les erreurs) des résultats de simulation déjà publiés dans la littérature. En utilisant notre progiciel, il devient facile de concevoir de nouvelles études de simulation. Les valeurs critiques et puissances de nombreuses statistiques de tests sous une grande variété de distributions alternatives sont obtenues très rapidement et avec précision en utilisant un C/C++ et R environnement. On peut même compter sur le progiciel snow de R pour le calcul parallèle, en utilisant un processeur multicœur. Les résultats peuvent être affichés en utilisant des tables latex ou des graphiques spécialisés, qui peuvent être incorporés directement dans vos publications. Ce document donne un aperçu des principaux objectifs et les principes de conception ainsi que les stratégies d'adaptation et d'extension.

Calcul en n-dimensions sur GPU

Le code source de la libraire développée accompagne ce dépôt dans l'état où il était à ce moment. Il est possible de trouver une version plus à jour sur github (http://github.com/abergeron).

Les coulisses de la Toile : étude sur les demarches de conception de sites web

À l’ère du web 2.0, l’usage des sites web se multiplie et génère de nouveaux enjeux. La satisfaction en rapport à l’interactivité, facteur d’efficacité des sites, détermine la popularité, et donc la visibilité de ceux-ci sur la Toile. Par conséquent, dans cette étude, nous considérons que les utilisateurs ont un rôle à jouer lors du processus de conception de ces derniers. Certes, autant en théorie que dans la pratique, les concepteurs semblent bel et bien tenir compte des utilisateurs; toutefois, ils ne les intègrent pas comme participants actifs dans leurs démarches. Cette étude vise au moyen d’une recherche documentaire et d’observations sur le terrain à comprendre les principales catégories et morphologies des sites web ainsi que les usages qui en découlent. Une analyse des diverses démarches de conception et des perceptions et attentes des internautes est réalisée sur la base de ces résultats. Pour répondre à ces objectifs, cette analyse cible deux catégories de sites réalisés par des professionnels et par des amateurs. Celle-ci nous permet de démontrer que les résultats de chacune de ces démarches, exprimés à travers les interfaces graphiques des sites, diffèrent au niveau de la qualité perceptible. Cette étude souligne également l’importance d’un traitement efficace de la communication graphique des éléments des sites web, afin de structurer la lecture et transmettre au final un message clair et compréhensible aux internautes. Dans le but consolider nos propositions, nous faisons référence à deux théories de communication graphique, la Gestalt et la sémiotique, l’une s’intéressant à la perception visuelle, l’autre à l’interprétation des signes. Celles-ci se sont révélées pertinentes pour analyser la qualité et l’efficacité des éléments de contenus. Notre étude révèle que les participants ne sont pas satisfaits des deux sites testés car l’utilisabilité du site conçu par des professionnels est trop complexe et l’interface du site conçu par un amateur manque de professionnalisme et de cohérence. Ces résultats soulignent la pertinence d’une approche centrée sur l’utilisateur pour la conception de sites web, car elle permet d’identifier et de résoudre des erreurs de conception. Nos résultats permettent également de souligner que les professionnels ayant un savoir technique et théorique se démarquent des amateurs au niveau des intervenants, des outils et des limites. Des pistes de solution, via des critères de design centré sur l’utilisateur, sont proposées à la fin de cette étude dans le but d’optimiser la qualité et l’efficacité des interfaces graphiques web.

À l'écoute des patients : la bédé en sciences de la santé

Présentation de la collection de romans graphiques médicaux (graphic medicine) de la Bibliothèque de la santé de l'Université de Montréal

Improving sampling, optimization and feature extraction in Boltzmann machines

L’apprentissage supervisé de réseaux hiérarchiques à grande échelle connaît présentement un succès fulgurant. Malgré cette effervescence, l’apprentissage non-supervisé représente toujours, selon plusieurs chercheurs, un élément clé de l’Intelligence Artificielle, où les agents doivent apprendre à partir d’un nombre potentiellement limité de données. Cette thèse s’inscrit dans cette pensée et aborde divers sujets de recherche liés au problème d’estimation de densité par l’entremise des machines de Boltzmann (BM), modèles graphiques probabilistes au coeur de l’apprentissage profond. Nos contributions touchent les domaines de l’échantillonnage, l’estimation de fonctions de partition, l’optimisation ainsi que l’apprentissage de représentations invariantes. Cette thèse débute par l’exposition d’un nouvel algorithme d'échantillonnage adaptatif, qui ajuste (de fa ̧con automatique) la température des chaînes de Markov sous simulation, afin de maintenir une vitesse de convergence élevée tout au long de l’apprentissage. Lorsqu’utilisé dans le contexte de l’apprentissage par maximum de vraisemblance stochastique (SML), notre algorithme engendre une robustesse accrue face à la sélection du taux d’apprentissage, ainsi qu’une meilleure vitesse de convergence. Nos résultats sont présent ́es dans le domaine des BMs, mais la méthode est générale et applicable à l’apprentissage de tout modèle probabiliste exploitant l’échantillonnage par chaînes de Markov. Tandis que le gradient du maximum de vraisemblance peut-être approximé par échantillonnage, l’évaluation de la log-vraisemblance nécessite un estimé de la fonction de partition. Contrairement aux approches traditionnelles qui considèrent un modèle donné comme une boîte noire, nous proposons plutôt d’exploiter la dynamique de l’apprentissage en estimant les changements successifs de log-partition encourus à chaque mise à jour des paramètres. Le problème d’estimation est reformulé comme un problème d’inférence similaire au filtre de Kalman, mais sur un graphe bi-dimensionnel, où les dimensions correspondent aux axes du temps et au paramètre de température. Sur le thème de l’optimisation, nous présentons également un algorithme permettant d’appliquer, de manière efficace, le gradient naturel à des machines de Boltzmann comportant des milliers d’unités. Jusqu’à présent, son adoption était limitée par son haut coût computationel ainsi que sa demande en mémoire. Notre algorithme, Metric-Free Natural Gradient (MFNG), permet d’éviter le calcul explicite de la matrice d’information de Fisher (et son inverse) en exploitant un solveur linéaire combiné à un produit matrice-vecteur efficace. L’algorithme est prometteur: en terme du nombre d’évaluations de fonctions, MFNG converge plus rapidement que SML. Son implémentation demeure malheureusement inefficace en temps de calcul. Ces travaux explorent également les mécanismes sous-jacents à l’apprentissage de représentations invariantes. À cette fin, nous utilisons la famille de machines de Boltzmann restreintes “spike & slab” (ssRBM), que nous modifions afin de pouvoir modéliser des distributions binaires et parcimonieuses. Les variables latentes binaires de la ssRBM peuvent être rendues invariantes à un sous-espace vectoriel, en associant à chacune d’elles, un vecteur de variables latentes continues (dénommées “slabs”). Ceci se traduit par une invariance accrue au niveau de la représentation et un meilleur taux de classification lorsque peu de données étiquetées sont disponibles. Nous terminons cette thèse sur un sujet ambitieux: l’apprentissage de représentations pouvant séparer les facteurs de variations présents dans le signal d’entrée. Nous proposons une solution à base de ssRBM bilinéaire (avec deux groupes de facteurs latents) et formulons le problème comme l’un de “pooling” dans des sous-espaces vectoriels complémentaires.

Exploration des effets d’un programme de réadaptation visant l’amélioration des activités et la participation des personnes cérébrolésées. Application à l’activité cuisine

Thèse réalisée en cotutelle France- Québec

Distributed conditional computation

L'objectif de cette thèse est de présenter différentes applications du programme de recherche de calcul conditionnel distribué. On espère que ces applications, ainsi que la théorie présentée ici, mènera à une solution générale du problème d'intelligence artificielle, en particulier en ce qui a trait à la nécessité d'efficience. La vision du calcul conditionnel distribué consiste à accélérer l'évaluation et l'entraînement de modèles profonds, ce qui est très différent de l'objectif usuel d'améliorer sa capacité de généralisation et d'optimisation. Le travail présenté ici a des liens étroits avec les modèles de type mélange d'experts. Dans le chapitre 2, nous présentons un nouvel algorithme d'apprentissage profond qui utilise une forme simple d'apprentissage par renforcement sur un modèle d'arbre de décisions à base de réseau de neurones. Nous démontrons la nécessité d'une contrainte d'équilibre pour maintenir la distribution d'exemples aux experts uniforme et empêcher les monopoles. Pour rendre le calcul efficient, l'entrainement et l'évaluation sont contraints à être éparse en utilisant un routeur échantillonnant des experts d'une distribution multinomiale étant donné un exemple. Dans le chapitre 3, nous présentons un nouveau modèle profond constitué d'une représentation éparse divisée en segments d'experts. Un modèle de langue à base de réseau de neurones est construit à partir des transformations éparses entre ces segments. L'opération éparse par bloc est implémentée pour utilisation sur des cartes graphiques. Sa vitesse est comparée à deux opérations denses du même calibre pour démontrer le gain réel de calcul qui peut être obtenu. Un modèle profond utilisant des opérations éparses contrôlées par un routeur distinct des experts est entraîné sur un ensemble de données d'un milliard de mots. Un nouvel algorithme de partitionnement de données est appliqué sur un ensemble de mots pour hiérarchiser la couche de sortie d'un modèle de langage, la rendant ainsi beaucoup plus efficiente. Le travail présenté dans cette thèse est au centre de la vision de calcul conditionnel distribué émis par Yoshua Bengio. Elle tente d'appliquer la recherche dans le domaine des mélanges d'experts aux modèles profonds pour améliorer leur vitesse ainsi que leur capacité d'optimisation. Nous croyons que la théorie et les expériences de cette thèse sont une étape importante sur la voie du calcul conditionnel distribué car elle cadre bien le problème, surtout en ce qui concerne la compétitivité des systèmes d'experts.

Drawing in the margins : identity and subjectivity in contemporary autobiographical comics

Mon projet de thèse démontre comment le genre de la bande dessinée peut être mobilisé de façon à déstabiliser les idéologies identitaires dominantes dans un contexte autobiographique. À partir de théories contemporaines de récits de vie et de leurs emphase sur la construction du sujet au travers du processus autobiographique, j’explore les façons par lesquelles les propriétés formelles de la bande dessinée permettent aux artistes féminines et minoritaires d’affirmer leurs subjectivités et de s’opposer aux idéaux hégémoniques reliés à la représentation du genre, du traumatisme, de la sexualité, de l’ethnicité, et du handicap, en s’auto-incarnant à même la page de bande dessinée. Par une analyse visuelle formelle, ma thèse prouve que les esthétiques hyper-personnelles du dessin à la main découlant d’une forme ancrée dans l’instabilité générique et le (re)mixage continu des codes verbaux et visuels permettent aux artistes de déstabiliser les régimes de représentation conventionnels dans une danse complexe d’appropriation et de resignification qui demeure toujours ouverte à la création de nouveaux sens. Suite à l’introduction, mon second chapitre explique la résistance de Julie Doucet par rapport aux plaisirs visuels découlant de la contemplation des femmes dans la bande dessinée par son utilisation du concept originairement misogyne de la matérialité féminine grotesque comme principe génératif à partir duquel elle articule une critique de la forme et du contenu des représentations normatives et restrictives du corps féminin. Le troisième chapitre considère la capacité de la bande dessinée à représenter le traumatisme, et se penche sur les efforts de Phoebe Gloeckner visant à faire face aux abus sexuels de son enfance par l’entremise d’un retour récursif sur des souvenirs visuels fondamentaux. Le chapitre suivant maintient que la nature sérielle de la bande dessinée, sa multimodalité et son association à la culture zine, fournissent à Ariel Schrag les outils nécessaires pour expérimenter sur les codes visuels et verbaux de façon à décrire et à affirmer le sens identitaire en flux de l’adolescent queer dans sa quadrilogie expérimentale Künstlerroman. Le cinquième chapitre suggère que l’artiste de provenance Libanaise Toufic El Rassi utilise la forme visuelle pour dénoncer les mécanismes générateurs de préjugés anti-Arabes, et qu’il affirme son identité grâce au pouvoir de rhétorique temporaire que lui procure l’incarnation d’un stéréotype connu. Mon dernier chapitre démontre comment Al Davison emploie la bande dessinée pour mettre en scène des rencontres d’observations dynamiques avec le spectateur implicite pouvant potentiellement aider l’auteur à éviter le regard objectivant généralement associé à la perception du handicap.

Écriture autobiographique et sceau cicatriciel dans L’Ascension du Haut Mal de David B.

Le présent mémoire vise à détailler les particularités du discours autobiographique dans L’Ascension du Haut Mal afin de saisir la poétique de David B. comme un sceau cicatriciel permettant de rendre compte de la maladie fraternelle et d’y faire face, au moyen de stratégies autobiographiques qui consolident textuellement et visuellement l’identité de l’auteur-personnage au sein du récit. Le premier chapitre consiste en une étude sur les récits de soi en bande dessinée. Un survol historique de l’évolution de la bande dessinée autobiographique dans la francophonie européenne inscrit L’Ascension du Haut Mal dans le mouvement de contestation mené par les maisons d’édition alternatives du début des années 1990. Puis, l’état des lieux en matière de théories portant sur l’autobiographie en bande dessinée établit les critères selon lesquels cette œuvre répond au genre autobiographique. Les deux chapitres suivants correspondent aux grands axes du discours autoréférentiel de L’Ascension du Haut Mal: le postulat d’un pacte autobiographique et le récit de la construction identitaire de l’auteur. Le deuxième chapitre explique par quels moyens l’hybridité formelle, la dimension fantasmatique et le foisonnement intertextuel de l’œuvre étudiée altèrent le pacte autobiographique sans toutefois le rompre. Le troisième chapitre démontre que le développement identitaire du personnage de David B. répond à une logique d’opposition, en regard de son frère, de la société et même de la réalité, visible jusque dans l’esthétique de l’auteur. L’analyse des marques graphiques et thématiques symptomatiques des défenses élevées par David B. contre la tyrannie du Haut Mal, l’épilepsie, est effectuée.

From Word Embeddings to Large Vocabulary Neural Machine Translation

Dans ce mémoire, nous examinons certaines propriétés des représentations distribuées de mots et nous proposons une technique pour élargir le vocabulaire des systèmes de traduction automatique neurale. En premier lieu, nous considérons un problème de résolution d'analogies bien connu et examinons l'effet de poids adaptés à la position, le choix de la fonction de combinaison et l'impact de l'apprentissage supervisé. Nous enchaînons en montrant que des représentations distribuées simples basées sur la traduction peuvent atteindre ou dépasser l'état de l'art sur le test de détection de synonymes TOEFL et sur le récent étalon-or SimLex-999. Finalament, motivé par d'impressionnants résultats obtenus avec des représentations distribuées issues de systèmes de traduction neurale à petit vocabulaire (30 000 mots), nous présentons une approche compatible à l'utilisation de cartes graphiques pour augmenter la taille du vocabulaire par plus d'un ordre de magnitude. Bien qu'originalement développée seulement pour obtenir les représentations distribuées, nous montrons que cette technique fonctionne plutôt bien sur des tâches de traduction, en particulier de l'anglais vers le français (WMT'14).

La mémoire discursive dans Allah n’est pas obligé ou la poétique de l’explication du “blablabla” de Birahima

Cette étude vise à dégager certaines des traces des discours antérieurs (cotextuels) qui sont la matière même du roman « Allah n’est pas obligé », à la fois sur le plan de l’écriture et sur celui d’une mémoire douloureuse. Il s’agit de montrer que la « poétique de l’explication » qui caractérise le roman constitue une stratégie de dévoilement des rhétoriques fallacieuses destinées à occulter l’inadmissible. En effet, le recours constant aux dictionnaires n’est que l’effet le plus visible d’une poétique englobante qui consiste à confronter les uns aux autres les discours sur le monde, discours en deçà des mots inscrits dans le texte comme une mémoire en palimpseste, afin de faire ressortir leur incapacité à expliquer des réalités aussi inhumaines que le sort que subissent les enfants-soldats. Le roman de Kourouma met ainsi en évidence deux attitudes possibles face aux atrocités indicibles des guerres oubliées des temps présents : soit on en nie le caractère insensé en multipliant les discours d’explication, soit l’on dénonce toute tentative de manipulation des discours visant à rendre sensé l’insensé. La première posture est illustrée par le « blablabla » du narrateur Birahima ; la deuxième est celle du roman lui-même.

Le pilocentrisme de la France d’Ancien Régime : évolution des représentations de la pilosité de François 1er à Louis XVI

Thèse réalisée en cotutelle avec la direction de Jean-Jacques Courtine à l'Université de Paris III Sorbonne Nouvelle sous la discipline anthropologie et avec la direction de Dominique Deslandres à l'Université de Montréal sous la discipline histoire

La loi applicable aux transferts de biens virtuels

Thèse réalisée en cotutelle avec l'université Paris1-Sorbonne