RNA recurrent motifs : identification and characterization

La détermination de la structure tertiaire du ribosome fut une étape importante dans la compréhension du mécanisme de la synthèse des protéines. Par contre, l’élucidation de la structure du ribosome comme tel ne permet pas une compréhension de sa fonction. Pour mieux comprendre la nature des relations entre la structure et la fonction du ribosome, sa structure doit être étudiée de manière systématique. Au cours des dernières années, nous avons entrepris une démarche systématique afin d’identifier et de caractériser de nouveaux motifs structuraux qui existent dans la structure du ribosome et d’autres molécules contenant de l’ARN. L’analyse de plusieurs exemples d’empaquetage de deux hélices d’ARN dans la structure du ribosome nous a permis d’identifier un nouveau motif structural, nommé « G-ribo ». Dans ce motif, l’interaction d’une guanosine dans une hélice avec le ribose d’un nucléotide d’une autre hélice donne naissance à un réseau d’interactions complexes entre les nucléotides voisins. Le motif G-ribo est retrouvé à 8 endroits dans la structure du ribosome. La structure du G-ribo possède certaines particularités qui lui permettent de favoriser la formation d’un certain type de pseudo-nœuds dans le ribosome. L’analyse systématique de la structure du ribosome et de la ARNase P a permis d’identifier un autre motif structural, nommé « DTJ » ou « Double-Twist Joint motif ». Ce motif est formé de trois courtes hélices qui s’empilent l’une sur l’autre. Dans la zone de contact entre chaque paire d’hélices, deux paires de bases consécutives sont surenroulées par rapport à deux paires de bases consécutives retrouvées dans l’ARN de forme A. Un nucléotide d’une paire de bases est toujours connecté directement à un nucléotide de la paire de bases surenroulée, tandis que les nucléotides opposés sont connectés par un ou plusieurs nucléotides non appariés. L’introduction d’un surenroulement entre deux paires de bases consécutives brise l’empilement entre les nucléotides et déstabilise l’hélice d’ARN. Dans le motif DTJ, les nucléotides non appariés qui lient les deux paires de bases surenroulées interagissent avec une des trois hélices qui forment le motif, offrant ainsi une stratégie élégante de stabilisation de l’arrangement. Pour déterminer les contraintes de séquences imposées sur la structure tertiaire d’un motif récurrent dans le ribosome, nous avons développé une nouvelle approche expérimentale. Nous avons introduit des librairies combinatoires de certains nucléotides retrouvés dans des motifs particuliers du ribosome. Suite à l’analyse des séquences alternatives sélectionnées in vivo pour différents représentants d’un motif, nous avons été en mesure d’identifier les contraintes responsables de l’intégrité d’un motif et celles responsables d’interactions avec les éléments qui forment le contexte structural du motif. Les résultats présentés dans cette thèse élargissent considérablement notre compréhension des principes de formation de la structure d’ARN et apportent une nouvelle façon d’identifier et de caractériser de nouveaux motifs structuraux d’ARN.

Là où il y a des gènes, il y a du plaisir: réalisation et évaluation d’une formation en bio-informatique

La consultation de bases de données publiques en bio-informatique est essentielle pour quiconque a un intérêt pour la biologie cellulaire, la génétique ou la biologie des systèmes. Les notices de ces bases contiennent surtout des données spécialisées: séquences de nucléotides ou d’acides aminés, structures de protéines en trois dimensions, ou encore composantes de sentiers biologiques. Cependant, il peut être difficile de localiser l’information souhaitée parmi les centaines de bases de données disponibles. La Bibliothèque de la santé de l’Université de Montréal offre depuis janvier 2010 une activité de découverte des bases de données du National Center for Biotechnology Information; on y explore une vingtaine de bases et d’outils à l’aide d’exercices pratiques. Les moyens utilisés pour réaliser, publiciser et évaluer cette nouvelle activité de formation seront présentés.

A la quête du « bout de papier» : les perceptions des expériences scolaires, des études et diplômes universitaires chez les lycéens guinéens du privé et du public

Ce mémoire porte sur les perceptions de l’université et des diplômes (universitaires) chez les lycéens guinéens du privé et du public en classe de terminale. L’atteinte de cet objectif exigeait une exploration de l’expérience scolaire et extrascolaire des élèves. La démarche privilégiée est qualitative et a consisté en des entrevues semi-dirigées auprès de 23 jeunes de deux lycées de la capitale, différents de par leur statut (privé/public) et l’origine sociale de leurs élèves. Les résultats de la recherche montrent que l’expérience scolaire et extrascolaire varie considérablement selon le type de lycée fréquenté. Si le parcours scolaire au privé s’est déroulé sans grands heurts, il est nettement plus chaotique parmi les élèves du public. Les premiers bénéficient d’un cadre d’apprentissage -tant au niveau infrastructurel que professoral- et d’un soutien familial clairement plus propices aux études que les seconds. Hors de l’école, si le temps est consacré aux loisirs pour les lycéens privés, il est marqué par une forte implication dans les activités économiques de survie pour les lycéens et lycéennes du public qui doivent tous se « battre » pour rester aux études. Les données révèlent en outre que la poursuite des études au-delà de la classe de terminale est perçue par les deux groupes de lycéens comme une suite logique de leur parcours scolaire. L’université attire et exerce une forme de « fascination » notamment pour le «bout de papier » qu’elle octroie. Le diplôme universitaire demeure perçu comme une marque distinctive et un symbole de prestige et, surtout dans des milieux populaires, comme un gage d’employabilité. Enfin, pour les jeunes filles du lycée privé, la poursuite des études est présentée comme un moyen d’acquérir une certaine indépendance même si, comme leurs homologues du public, la poursuite des études doit « coexister » avec le projet matrimonial.

Synthèse des connaissances de l’évaluation clinique de la marche en physiothérapie

Travail d'intégration réalisé dans le cadre du cours PHT-6113.

L’assainissement écologique des eaux usées domestiques : scénario d’aménagement type pour les résidences isolées de pays développés nordiques

L’aménagement des systèmes d’assainissement conventionnel des eaux usées domestiques entraine actuellement la déplétion de ressources naturelles et la pollution des milieux récepteurs. L’utilisation d’une approche écosystémique plus globale telle que l’Assainissement Écologique, visant la fermeture du cycle de l’eau et des éléments nutritifs (phosphore et azote), contenus dans les excréments, par leur réutilisation à travers l’agriculture, permettrait d’améliorer de façon écologique cette situation. Toutefois, ce paradigme émergent est peu enseigné aux professionnels de l’aménagement responsables de sa planification, surtout au niveau de son application dans les pays développés nordiques. C’est pourquoi, afin d’améliorer la planification de ce type de système, il faut informer ces derniers des pratiques les plus adéquates à adopter. Pour y arriver, un scénario d’aménagement type a été développé à partir d’une revue exhaustive de la littérature et de l’analyse des données en se basant sur les recommandations de l’approche en fonction du contexte étudié. Ce scénario aidera les professionnels à mieux comprendre l’Assainissement Écologique et son aménagement. Il représente alors un point de départ pour les discussions interdisciplinaires et participatives que celui-ci requiert. En conclusion, il y a encore de nombreux manques d’informations concernant l’utilisation de traitements alternatifs dans les climats nordiques et l’acceptation de ceux-ci par les usagers. De plus, les cadres législatifs demeurent un obstacle considérable à l’aménagement d’un tel système. Cette recherche permet cependant de démystifier l’approche auprès des professionnels et pourrait aider à modifier certains cadres législatifs afin d’y intégrer sa philosophie.

Exploration d'une méthodologie du diagnostic des difficultés dans le cadre d'un cours de méthodologie de la recherche en éducation

Thèse diffusée initialement dans le cadre d'un projet pilote des Presses de l'Université de Montréal/Centre d'édition numérique UdeM (1997-2008) avec l'autorisation de l'auteur.

À l’écoute du soignant : relation de soins et considérations éthiques dans la pratique des soins psychiatriques communautaires

Un phénomène de résistance au traitement pharmacologique chez les personnes souffrant de maladies psychiatriques graves et persistantes comme la schizophrénie, tel que révélé par la pratique des soins psychiatriques communautaires de première ligne, sert de point de départ pour poser une distinction fondamentale entre les notions de traitement et de soins. Conséquemment, la question du consentement selon qu’il est attribué au traitement ou aux soins suggère des formes de consentement distinctes susceptible d’affecter la façon de faire face à des problèmes particuliers sur le plan de l’éthique. L’analyse conceptuelle d’un certain modèle d’interventions psychiatriques de crise, qui regroupe des travailleurs de la santé et des policiers au sein d’une même équipe de travail, permet de circonscrire des catégories de problèmes éthiques qui conduiront éventuellement à la formalisation d’une approche de résolution de problème. Trois façons d’approcher un problème d’éthique clinique sont proposées sous la forme d’enjeux, de dilemmes, puis de défis éthiques. L’intervention de crise y est catégorisée selon quatre niveaux d’intensité de crise, donnant lieu à une appréciation subjective par le soignant de la capacité de la personne soignée d’établir et de maintenir une relation de soins en situation de crise. Des parallèles entre les soins psychiatriques et les soins palliatifs permettent d’approfondir la question de la souffrance en lien avec la douleur et de distinguer à nouveau les notions de soins et de traitement. La relation de soins est présentée comme une occasion de normaliser les rapports entre soignants et soignés, de valoriser un état de souffrance à l’origine de la rencontre de soins, tout en mettant à profit la dimension relationnelle d’une condition qui appelle à être non pas traitée mais soignée. Ces considérations permettent de dégager une responsabilité nouvelle pour le soignant : celle de se faire le gardien de la relation de soins. Une transition du primum non nocere au primum non excludere : d’abord ne pas exclure est suggérée comme une maxime pour guider la relation de soins vers un consentement aux soins plus authentique.

L’encadrement juridique des biobanques populationnelles et leurs obligations au Québec

La mise en banque d’échantillons humains et de données connexes n’est pas une pratique récente. Toutefois, dans les dernières décennies, ce phénomène a pris une ampleur sans précédent avec la création des biobanques populationnelles. Défini comme étant des infrastructures de recherche conçues pour durer plusieurs décennies, ce type de biobanques invite des milliers et, dans certains cas, des centaines de milliers de personnes à y participer en fournissant des échantillons, en se soumettant à des tests physiques et biochimiques, et en répondant à diverses questions sur leur santé et leur environnement sociodémographique. Mais quelles sont les obligations des biobanques et de leurs chercheurs face aux participants? Considérant leur longue durée, quel est l’encadrement juridique de ces biobanques populationnelles au Québec? Ce sont les deux questions que pose ce mémoire. Quant à l’encadrement, nous utilisons trois axes d’analyse : i) les lois, les règlements, la déontologie professionnelle et les normes applicables; ii) la qualification juridique de l’acte de mise en banque d’échantillons et de données; et iii) les obligations découlant de la nature même de l’objet de la relation juridique. Notre analyse révèle que cet encadrement est une mosaïque législative, contractuelle, déontologique et normative qui, malgré ses complexités et ses défis d’accessibilité pour les participants, assure une certaine protection pour ces derniers. Quant aux obligations incombant à la biobanque et à ses chercheurs, elles sont pour la majorité teintées par des caractéristiques particulières aux biobanques populationnelles. Ainsi, il existe des défis particuliers en ce qui concerne notamment le consentement, le devoir d’information, le retour de résultats et la sécurité des échantillons et des données. Étant donné la nature évolutive de ces obligations, nous proposons une approche basée sur le meilleur intérêt du participant pour déterminer la nature et l’intensité des obligations incombant à une biobanque et à ses chercheurs.

Carbon metabolism in transgenic roots with altered levels of hexokinase and triosephosphate isomerase and growing under different nitrogen status

Ce projet a pour but d’évaluer la capacité de la voie des pentoses phosphates (VPP) dans les racines transgéniques de pomme de terre (Solanum tuberosum) modifiées pour exprimer différents niveaux de l'hexokinase (HK) et de la triosephosphate isomérase cytosolique (cTPI). Dans les racines, la VPP alimente la voie de l’assimilation de l’azote en equivalents réducteurs et permet donc la biosynthèse des acides aminés. Le glucose-6-phosphate produit par l’HK est consommé par la partie oxydative de la VPP catalysée par la glucose-6-phosphate déshydrogénase (G6PDH) et la 6-phosphogluconate déshydrogénase (6PGDH). Les changements dans l'expression de HK et cTPI peuvent affecter le fonctionnement de la VPP et les mécanismes qui sont liés à l’utilisation des équivalents réducteurs produits par la VPP, comme l'assimilation de l’azote et la synthèse des acides aminés. Afin d’évaluer l’effet des manipulations génétiques de l’HK et de la cTPI sur l’assimilation de l’azote, nous avons cultivé les racines transgéniques sur des milieux contenant des concentrations élevées (7 mM) ou basses (0,7 mM) de nitrate d’ammonium comme source d’azote. Les résultats montrent que la culture sur un milieu riche en azote induit les activités G6PDH et 6PGDH. Les données montrent que la capacité de la VPP est plus grande avec des niveaux élevés en HK ou en cTPI. Nous avons aussi pu démontrer une plus grande activité spécifique de l’HK dans les conditions pauvres en azote. Ces données ont été complémentées par des mesures des pools d’acides aminés dans les racines transgéniques cultivées sur différents niveaux d’azote. Aucune tendance notable des pools d’acides aminés n’a été remarquée dans les racines modifiées pour leur contenu en HK suggèrant que la manipulation de HK n’affecte pas l'assimilation de l’azote. Dans les racines transgéniques modifiées pour la cTPI, les ratios Gln/Glu et Asn/Asp sont plus élevés chez les clones antisens, indiquant une assimilation de l’azote plus élevée. Ces résultats ont démontré l'activation de l'assimilation de l’azote chez les clones antisens cTPI dans les conditions élevées et basses d’azote alors que la manipulation de l’HK n’affecte pas l’assimilation de l’azote.

Structural aspects of the ribosome evolution and function

Les résultats ont été obtenus avec le logiciel "Insight-2" de Accelris (San Diego, CA)

À l'écoute des patients : la bédé en sciences de la santé

Présentation de la collection de romans graphiques médicaux (graphic medicine) de la Bibliothèque de la santé de l'Université de Montréal

Les conceptions et préférences des infirmières quant aux modalités de l'organisation de leur travail.

Problématique : De par les fonctions qu’elles exercent à différentes étapes du continuum de soins, les infirmières jouent un rôle de premier plan dans l’offre des services de santé. La qualité des services repose en grande partie sur du personnel infirmier motivé, judicieusement déployé et travaillant dans des conditions qui permettent d’optimiser leur expérience de travail. Cependant, différentes études suggèrent que les modalités actuelles d’organisation du travail ne permettent pas toujours de créer des conditions et des environnements susceptibles d’optimiser le travail des infirmières et leur qualité de vie au travail (Institute of Medicine, 2001; Hickam & al., 2003; Shojania, Duncan, McDonald, & Wachter, 2001). Une meilleure compréhension des conceptions et préférences des infirmières est utile pour guider les actions dans les milieux de soins visant à améliorer l’organisation du travail infirmier. Objectifs : Cette recherche qualitative descriptive a pour but d’explorer les conceptions et préférences des infirmières par rapport aux modalités d’organisation de leur travail pouvant améliorer leur qualité de vie au travail, dans un contexte de centre hospitalier et plus spécifiquement, dans une unité de médecine. Méthodologie : Des entrevues semi-dirigées ont été effectuées auprès de huit infirmières. La technique d’analyse de contenu a été utilisée pour analyser les résultats de l’étude. Le modèle conceptuel de l’organisation du travail de Filion-Côté qui a été utilisé s’oriente autour des processus de soins, la dotation en personnel et l’environnement de travail. Résultats : Cette étude a établi que les conceptions de l’organisation du travail partagées par les infirmières touchent deux principales dimensions soit la définition des rôles et la répartition des tâches ainsi que l’organisation du travail en temps que modes de coordination du travail et d’interaction entre les membres de l’équipe de travail. Cette analyse a aussi démontré que les principales préférences des infirmières sont exprimées à propos des éléments ayant trait à la disponibilité adéquate du personnel nécessaire à l’exécution des différentes tâches, le soutien du supérieur immédiat, le soutien de l’administration au développement professionnel et de la pratique ainsi que l’aménagement des conditions matérielles de travail. On peut aussi constater que plusieurs préférences exprimées par les infirmières donnent écho à leurs conceptions de l’organisation du travail. Conclusion : Cette étude a permis de comprendre les conceptions et les préférences des infirmières par rapport à l’organisation de leur travail. Elle aura ainsi permis d’identifier plusieurs modalités sur lesquels les gestionnaires peuvent agir pour développer des projets d’organisation du travail, soit la dotation en personnels des milieux des soins, le soutien des équipes, la communication et l’aménagement de l’environnement physique des soins. De plus, les infirmières ont elles-mêmes un rôle à jouer pour modifier positivement leur milieu de travail et peuvent influencer plusieurs de ces modalités.

Évaluation économique des services écosystémiques dans la région de Montréal : analyse spatiale et préférences exprimées

Les services écosystémiques (SE) réfèrent aux bénéfices que produisent et soutiennent la biodiversité et les écosystèmes et qui profitent à l’être humain. Dans beaucoup de cas, ils ne sont pas pris en compte dans le système économique. Cette externalisation des SE engendre des décisions sur l’utilisation du territoire et des ressources naturelles qui ignorent leur contribution à la qualité de vie des communautés. Afin notamment de sensibiliser l’opinion publique à l’importance des SE et de mieux les intégrer dans les processus décisionnels, ont été développées des démarches d’évaluation économique des SE. Dans cette thèse, nous avons cherché à comprendre à la fois comment l’utilisation passée et actuelle des sols dans la région de Montréal affecte la valeur des SE et comment ces aménités naturelles sont perçues et valorisées par la population, dans une perspective d’aménagement futur du territoire. Pour ce faire, nous avons utilisé deux approches : l’analyse spatiale recourant aux systèmes d’information géographique et l’analyse des préférences exprimées par des techniques d’enquête. Pour l’analyse spatiale, nous avons combiné des analyses cartographiques à des valeurs monétaires associées aux SE publiées dans la littérature. Nous avons alors estimé la valeur des écosystèmes d’un territoire par le transfert de bénéfices, de prix de marchés directs et de coûts évités. Cette démarche nous a permis de comprendre la relation entre l’utilisation actuelle du territoire du Grand Montréal écologique et la valeur des services fournis par les écosystèmes, que nous avons estimée à 2,2 milliards de dollars par année. Elle nous a permis aussi de mesurer les effets sur la valeur des SE du changement d’utilisation des sols entre les années 1960 et 2010. Nous avons montré que malgré différentes politiques de contrôle et d’encadrement de l’étalement urbain au cours de cette période, les pertes économiques non marchandes liées aux SE s’élèvent à 236 millions de dollars par année. Pour l’analyse des préférences exprimées, nous avons utlilisé deux méthodes, l’évaluation contingente et le choix multi-attributs, avec l’objectif de mesurer le consentement à payer de répondants pour des variations dans l’aménagement du territoire. Nous avons montré d’une part que les répondants valorisent significativement l’incidence des pratiques agro-environnementales sur la qualité de l’environnement et des paysages en consentant à payer entre 159 et 333 dollars par ménage par année pour une amélioration de la diversité du paysage agricole. D’autre part, leur volonté à payer pour l’amélioration de l’état des milieux humides du Québec est estimée entre 389 et 455 dollars par ménage par année. L’utilisation conjointe des deux méthodes nous a permis d’en comparer les résultats. Nous avons en outre démontré que le choix du format de question de valorisation de l’évaluation contingente affecte la convergence des résultats. Enfin, nous avons proposé des pistes de recherches futures portant sur l’intégration des démarches d’analyse biophysique, économique et politique dans des outils de prise de décision mieux adaptés à la dynamique des écosystèmes, de la biodiversité et des communautés humaines.

Le soutien au développement de la pratique des infirmières praticiennes spécialisées de première ligne au Québec

Bien qu'il existe une abondante littérature scientifique sur les infirmières praticiennes spécialisées de première ligne (IPSPL), le soutien et les modalités d’encadrement de cette pratique restent très peu explorés. Au Québec, ces questions semblent d’autant plus importantes à étudier car la diversité des milieux de pratique, l’éloignement physique entre les acteurs-clés, le partage de l’encadrement et le cadre légal complexifient l’opérationnalisation de ce soutien. Par le biais d’une étude de cas multiples, ce mémoire propose une analyse des différentes structures d’encadrement et des mécanismes déployés pour soutenir le développement de la pratique IPSPL au Québec. Issu d’un projet de recherche plus large et multicentrique, ce mémoire de maîtrise a étudié trois milieux distincts par le biais de 18 entrevues auprès de professionnels de la santé et de gestionnaires. Grâce à un modèle en trois niveaux, les besoins en termes de soutien des IPSPL et des équipes ont été identifiés. Les principaux résultats de cette recherche démontrent la pertinence d’un encadrement par les acteurs de la Direction des soins infirmiers. De plus, le soutien aux professionnels des équipes qui incluent des IPSPL semble bonifié lorsque certaines structures organisationnelles sont présentes. Finalement, les comités décisionnels autour de l’implantation des IPSPL s’avèrent davantage bénéfiques lorsqu’ils tiennent compte de l’environnement et de l’expérience acquise par les milieux.

Preuves empiriques des liens entre des indicateurs de performance processuels et les résultats sensibles aux soins infirmiers

Travail dirigé présenté à la Faculté des sciences infirmières en vue de l’obtention du grade de Maître ès sciences (M.Sc.) en sciences infirmières option administration des services infirmiers