Clustering algorithms and shape factor methods to discriminate among small GTPase phenotypes using DIC image analysis.

Naïvement perçu, le processus d’évolution est une succession d’événements de duplication et de mutations graduelles dans le génome qui mènent à des changements dans les fonctions et les interactions du protéome. La famille des hydrolases de guanosine triphosphate (GTPases) similaire à Ras constitue un bon modèle de travail afin de comprendre ce phénomène fondamental, car cette famille de protéines contient un nombre limité d’éléments qui diffèrent en fonctionnalité et en interactions. Globalement, nous désirons comprendre comment les mutations singulières au niveau des GTPases affectent la morphologie des cellules ainsi que leur degré d’impact sur les populations asynchrones. Mon travail de maîtrise vise à classifier de manière significative différents phénotypes de la levure Saccaromyces cerevisiae via l’analyse de plusieurs critères morphologiques de souches exprimant des GTPases mutées et natives. Notre approche à base de microscopie et d’analyses bioinformatique des images DIC (microscopie d’interférence différentielle de contraste) permet de distinguer les phénotypes propres aux cellules natives et aux mutants. L’emploi de cette méthode a permis une détection automatisée et une caractérisation des phénotypes mutants associés à la sur-expression de GTPases constitutivement actives. Les mutants de GTPases constitutivement actifs Cdc42 Q61L, Rho5 Q91H, Ras1 Q68L et Rsr1 G12V ont été analysés avec succès. En effet, l’implémentation de différents algorithmes de partitionnement, permet d’analyser des données qui combinent les mesures morphologiques de population native et mutantes. Nos résultats démontrent que l’algorithme Fuzzy C-Means performe un partitionnement efficace des cellules natives ou mutantes, où les différents types de cellules sont classifiés en fonction de plusieurs facteurs de formes cellulaires obtenus à partir des images DIC. Cette analyse démontre que les mutations Cdc42 Q61L, Rho5 Q91H, Ras1 Q68L et Rsr1 G12V induisent respectivement des phénotypes amorphe, allongé, rond et large qui sont représentés par des vecteurs de facteurs de forme distincts. Ces distinctions sont observées avec différentes proportions (morphologie mutante / morphologie native) dans les populations de mutants. Le développement de nouvelles méthodes automatisées d’analyse morphologique des cellules natives et mutantes s’avère extrêmement utile pour l’étude de la famille des GTPases ainsi que des résidus spécifiques qui dictent leurs fonctions et réseau d’interaction. Nous pouvons maintenant envisager de produire des mutants de GTPases qui inversent leur fonction en ciblant des résidus divergents. La substitution fonctionnelle est ensuite détectée au niveau morphologique grâce à notre nouvelle stratégie quantitative. Ce type d’analyse peut également être transposé à d’autres familles de protéines et contribuer de manière significative au domaine de la biologie évolutive.

Detection and quantification of staphylococcus aureus enterotoxin B in food product using isotopic dilution techniques and mass spectrometry

L’entérotoxine B staphylococcique (SEB) est une toxine entérique hautement résistante à la chaleur et est responsable de plus de 50 % des cas d’intoxication d’origine alimentaire par une entérotoxine. L’objectif principal de ce projet de maîtrise est de développer et valider une méthode basée sur des nouvelles stratégies analytiques permettant la détection et la quantification de SEB dans les matrices alimentaires. Une carte de peptides tryptiques a été produite et 3 peptides tryptiques spécifiques ont été sélectionnés pour servir de peptides témoins à partir des 9 fragments protéolytiques identifiés (couverture de 35 % de la séquence). L’anhydride acétique et la forme deutérée furent utilisés afin de synthétiser des peptides standards marqués avec un isotope léger et lourd. La combinaison de mélanges des deux isotopes à des concentrations molaires différentes fut utilisée afin d’établir la linéarité et les résultats ont démontré que les mesures faites par dilution isotopique combinée au CL-SM/SM respectaient les critères généralement reconnus d’épreuves biologiques avec des valeurs de pente près de 1, des valeurs de R2 supérieure à 0,98 et des coefficients de variation (CV%) inférieurs à 8 %. La précision et l’exactitude de la méthode ont été évaluées à l’aide d’échantillons d’homogénat de viande de poulet dans lesquels SEB a été introduite. SEB a été enrichie à 0,2, 1 et 2 pmol/g. Les résultats analytiques révèlent que la méthode procure une plage d’exactitude de 84,9 à 91,1 %. Dans l’ensemble, les résultats présentés dans ce mémoire démontrent que les méthodes protéomiques peuvent être utilisées efficacement pour détecter et quantifier SEB dans les matrices alimentaires. Mots clés : spectrométrie de masse; marquage isotopique; protéomique quantitative; entérotoxines

Image de la femme transsexuelle dans Transamerica

La transsexualité et son image représentent pour plusieurs une subversion ou une transgression de la binarité du genre. L’image de la transsexualité est souvent considérée en termes de représentation. Afin de questionner cette image transsexuelle, sa subversivité, sa transgressivité et même sa représentabilité, on tentera de la regarder autrement. Ce mémoire propose d'étudier l'image audiovisuelle de la transsexualité comme figure. Pour définir la figure, on la distinguera d'un autre concept esthétique : la représentation. Par l'analyse d'un film, Transamerica (2005), réalisé par Duncan Tucker, on verra comment certaines modalités donnent à voir la figure trans. Suite à cette analyse de la figure au cinéma, on rendra compte de la manière avec laquelle on a poursuivi, au moyen de la vidéo, la recherche qui concerne la question de la figure trans.

L'image entre réflexion et représentation. Aby Warburg et Walter Benjamin

Pour la pensée humaine, l’image a toujours constitué une interrogation laissée sans réponse définitive : de l’interdit biblique à la possibilité technologique infinie, l’image a traversé des étapes conceptuelles complexes et hétérogènes. Aujourd’hui, on conçoit l’image comme une présence incontournable de l’existence quotidienne et comme une forme de réflexion mystérieuse. Cette thèse propose une analyse de la vision sur l’image chez Walter Benjamin et Aby Warburg à travers quelques concepts essentiels : image de pensée, survivance, espace de pensée, coupure, représentation de l’histoire. Située énigmatiquement entre les arts visuels et la pensée philosophique, l’image devient un sujet de réflexion à la fin du 19e siècle et au début du 20e siècle; les deux penseurs mentionnés ont été les premiers à interroger les valeurs conceptuelles de l’image et à chercher de l’évoquer en tant que spectre de la pensée. Les morceaux aphoristiques et les articles critiques de Benjamin rencontrent discrètement les études esthétiques de Warburg au point où l’idée de l’image amorce toute réflexion. Pour l’imaginaire contemporain, les structures conceptuelles bâties par Benjamin et Warburg constituent des éléments dominants dans l’engrenage réflexif atonal d’aujourd’hui. Lorsque le Denkraum (espace de pensée) et le Denkbild (image de pensée) gèrent la dynamique de la philosophie de Benjamin et Warburg, le Nachleben (survie) et la coupure nuancent le grand tableau de l’histoire (Geschichtsdarstellung). L’analyse comparatiste de ces concepts aboutit à la conclusion que l’image est intimement et paradoxalement liée à la vision de l’histoire; en fait, l’image n’est qu’une représentation de l’histoire qui, à son tour, se représente dans chaque image.

Murine et Listerine : la santé et la beauté comme arguments de vente dans les publicités commerciales au Québec, 1925-1950

Ce mémoire remonte aux premières années du phénomène publicitaire de masse et se penche sur les publicités des gouttes pour les yeux Murine et de l’antiseptique Listerine publiées dans les magazines au Québec entre 1925 et 1950. Les annonces de ces produits liés au corps et à ses soins insistent sur deux arguments de vente, soit la beauté et la santé. Comment ces idées sont-elles mises de l’avant par les créateurs des réclames motivés par l’objectif de vendre, telle est la question centrale ayant guidé nos recherches. Notre analyse porte plus particulièrement sur les stratégies publicitaires entourant les idées de la santé et de la beauté et montre qu’elles sont nombreuses et variées pour chaque produit. Notre étude vise aussi à faire ressortir l’évolution des arguments de vente selon le contexte des années 1920, 1930 et 1940, ainsi qu’à travers les normes et les valeurs alors en vigueur. Nous soutenons par ailleurs l’hypothèse qu’en misant tantôt sur la beauté, tantôt sur la santé, ou sur ces deux idées à la fois, il devenait possible pour les publicitaires de modifier l’image ou même la fonction de ces produits sans en changer les composantes, ajustant ainsi leur message aux événements socio-économiques et culturels.

Comprendre l'image de Mérida vue par ses habitants : un lieu et ses représentations

Cette recherche vise à connaître et comprendre la province de Mérida au Venezuela, en analysant l’image que ses habitants construisent de celle-ci à l’aide de photographies de promotion touristique de la province, issues du matériel produit par l’office de tourisme de Mérida, CORMETUR. La recherche est conçue dans une perspective de méthodologie créative. Les participants ont été invités à élaborer –et à commenter- un collage en se servant, à leur guise, des photos fournies pour récréer leur image de leur province. C’est sur la base de ce travail que je cherche à comprendre la manière dont Mérida est perçue par ses habitants. Mon questionnement est théoriquement supporté par la notion d’ « image » ainsi que par le concept de « représentation », entendue dans l’approche constructiviste de Hall (1997), qui me permet ultérieurement d’interpréter les propos des Merideños rencontrés. Dans et à travers les représentations qu’ils construisent, il est possible de comprendre Mérida en tant qu’un « lieu », tel que défendu par Escobar (2001), au sein duquel convergent le « milieu de vie » et le « milieu touristique » qui le composent. De même, il est possible de saisir des enjeux identitaires, tels que Cuche (1996) et Hall (2007) entendent l’ « identité culturelle », dans leurs représentations.

Être et image : une approche de la notion de sujet chez Maître Eckhart

Le présent mémoire constitue une tentative de circonscrire - par l’étude d’un corpus textuel principalement emprunté à l’œuvre vernaculaire (allemande) de Maître Eckhart de Hochheim (1260-1328) – le rôle joué par certains motifs conceptuels caractérisant la notion moderne de sujet-agent au sein de la pensée de ce philosophe, théologien et prédicateur. Plus précisément, il y est question de déterminer en quoi le « je » (ich) décrit en plusieurs lieux textuels de l’œuvre d’Eckhart présente les caractères d’autonomie et de transparence à soi qui sont l’apanage de la subjectivité telle que la conçoit majoritairement une certaine modernité postcartésienne. Notre argument, qui se déploie sur trois chapitres, adopte sur le corpus faisant l’objet de cette étude et la conceptualité qu’il déploie, trois perspectives différentes – lesquelles perspectives sont respectivement d’ordre ontologique (premier chapitre), existentiel ou éthique (second chapitre) et anthropologique (troisième chapitre). La première approche – ontologique – explicite le sens que donne Eckhart aux notions d’être, de néant, d’intellect et d’image, ainsi que la manière dont elles se définissent dialectiquement en rapport les unes avec les autres. Le second chapitre, dont l’approche est existentielle, expose les applications éthiques des concepts abordés au chapitre précédent, analysant la méthode de détachement prescrite par Eckhart pour parvenir à l’état de béatitude. Le troisième et dernier chapitre cherche, quant à lui, à définir de quelle manière l’homme se définit par rapport à l’union à laquelle l’invite Eckhart, et ce autant sur le plan spécifique que sur le plan individuel.

Image et survivance en anthropologie visuelle : Ernesto De Martino et l’ethnographie interdisciplinaire

Ce projet analyse le rôle des images – photographies, films, dessins – produites dans le cadre des recherches ethnographiques « interdisciplinaires » menées par l’anthropologue italien Ernesto De Martino en Italie méridionale dans les années 1950. Ces expéditions ont donné lieu à des documents multiformes puisqu’elles regroupent des chercheurs de formations différentes : historien des religions, ethnomusicologue, psychiatre, photographe, et occasionnellement cinéaste. Plus spécifiquement, il s’agit d’étudier le rôle des matériaux visuels dans la recherche sur le tarentisme, rituel de possession observé dans les Pouilles en 1959 par De Martino et son équipe, matériaux dont une partie constitue l’annexe photographique de son œuvre célèbre La terra del rimorso (1961). Nous portons également attention à l’atlas iconographique de son ouvrage sur la lamentation funèbre, Morte e pianto rituale nel mondo antico. Dal lamento pagano al pianto di Maria (1958), fruit d’une étude de terrain dans la région sud italienne de la Lucania (Basilicata). Tout en considérant les relations intermédiales entre les images, le texte, le son et le corps, ce mémoire identifie les rapports dialectiques entre les techniques d’enregistrement et les logiques répétitives, rythmiques et performatives des rituels en question. Chez De Martino, l’image est point de tension en matière de temporalité et de ressemblance : elle suggère une anthropologie de la « survivance » nous permettant de relever plusieurs correspondances avec l'oeuvre de l’historien de l’art Aby Warburg.

Une approche fréquentielle pratique pour l'échantillonnage adaptatif en espace image

En synthèse d'images réalistes, l'intensité finale d'un pixel est calculée en estimant une intégrale de rendu multi-dimensionnelle. Une large portion de la recherche menée dans ce domaine cherche à trouver de nouvelles techniques afin de réduire le coût de calcul du rendu tout en préservant la fidelité et l'exactitude des images résultantes. En tentant de réduire les coûts de calcul afin d'approcher le rendu en temps réel, certains effets réalistes complexes sont souvent laissés de côté ou remplacés par des astuces ingénieuses mais mathématiquement incorrectes. Afin d'accélerer le rendu, plusieurs avenues de travail ont soit adressé directement le calcul de pixels individuels en améliorant les routines d'intégration numérique sous-jacentes; ou ont cherché à amortir le coût par région d'image en utilisant des méthodes adaptatives basées sur des modèles prédictifs du transport de la lumière. L'objectif de ce mémoire, et de l'article résultant, est de se baser sur une méthode de ce dernier type[Durand2005], et de faire progresser la recherche dans le domaine du rendu réaliste adaptatif rapide utilisant une analyse du transport de la lumière basée sur la théorie de Fourier afin de guider et prioriser le lancer de rayons. Nous proposons une approche d'échantillonnage et de reconstruction adaptative pour le rendu de scènes animées illuminées par cartes d'environnement, permettant la reconstruction d'effets tels que les ombres et les réflexions de tous les niveaux fréquentiels, tout en préservant la cohérence temporelle.

Suzanne Lilar : configurations d'une image auctoriale

Cette thèse pose la question du positionnement identitaire difficile qui marque la trajectoire littéraire de l’écrivaine belge Suzanne Lilar (1901-1992). Le tiraillement vécu par l’écrivaine entre sa vocation artistique et la nécessité de préserver une image de soi conforme aux normes du milieu social dans lequel elle s’inscrit se reflète dans les scénographies construites par ses œuvres littéraires, mais également dans son discours réflexif et paratextuel ainsi que dans la manière dont son œuvre est accueilli par la presse de l’époque. Le premier volet de cette analyse s’attache à circonscrire la position occupée par Suzanne Lilar sur la scène littéraire belge, dont la proximité avec le centre parisien a toujours entretenu la menace de l’assimilation, et sur la scène de l’écriture féminine. Le deuxième volet de cette thèse porte sur l’analyse des scénographies construites par les textes de fiction et les textes à tendance autobiographique de Suzanne Lilar. Les doubles scénographies que donnent à lire ces œuvres montrent que la démarche esthétique de Suzanne Lilar, sous-tendue par le besoin de légitimation de son entreprise, est basée principalement sur la multiplication des perspectives et des moyens d’expression. Le dédoublement de la scène énonciative des récits, la mise en abyme de la figure auctoriale ainsi que le travail d’autoréécriture témoignent de la nécessité de se positionner dans le champ littéraire, mais également de la méfiance de l’écrivaine envers l’écriture littéraire. Le troisième volet de cette recherche analyse l’éthos et la posture que Lilar construit à l’aide du discours réflexif et paratextuel par lequel elle assoit sa légitimité sur la scène littéraire et sociale. Enfin, la dernière partie de cette thèse capte les échos de l’œuvre de Lilar dans la presse de son temps. L’image de l’auteure construite par les médias permet de placer Lilar au sein de l’institution et du champ littéraire, mais également au sein du groupe social dans lequel elle s’inscrit. L’accueil réservé à l’écrivaine par la presse de son époque semble suivre les fluctuations de la posture construite par l’écrivaine elle-même. Cela confirme l’hypothèse selon laquelle Lilar est une auteure qui a éprouvé de la difficulté à assumer pleinement son rôle. Le positionnement en porte-à-faux – dont témoigne la figure du trompe-l’œil qui définit sa poétique – semble avoir représenté, pour Lilar, la seule manière d’assumer l’incontournable paratopie créatrice.

L’infirmière libanaise et le sens au travail en milieu hospitalier

Cette étude vise à étoffer la base conceptuelle du phénomène de sens au travail permettant ainsi de mieux le comprendre et le saisir et cherche à proposer un modèle théorique pouvant expliquer le processus de construction d’un sens au travail par des infirmières libanaises. Le sens au travail se présente à la fois en tant qu’un processus qui émerge suite aux interactions dynamiques qui s’établissent entre un individu et son contexte de travail et en tant que produit qui s’exprime chez un individu au niveau de la satisfaction, la motivation, l’engagement organisationnel, la performance et la santé au travail. L’étude de ce phénomène constitue une nouvelle voie permettant d’apporter un nouvel éclairage à un contexte de travail, tel que le contexte libanais, qui souffre depuis des années d’un problème de pénurie du personnel infirmier. L’interactionnisme symbolique a constitué le cadre épistémologique et méthodologique de cette étude qui a adopté une approche qualitative par théorisation ancrée. L’étude s’est déroulée dans une région libanaise auprès de neuf infirmières hospitalières exerçant la profession dans des contextes de travail variés. La collecte des données a été faite par le recours à des entrevues individuelles enregistrées sur un support numérique ; les données ont été par la suite transcrites et analysées suivant la méthode constructiviste de Charmaz (2006). Les résultats ont permis de proposer un modèle théorique qui explique le processus de construction d’un sens au travail qui découle des interactions des infirmières libanaises avec les divers éléments du contexte de travail. Ces infirmières ont développé une représentation du contexte de travail marquée par une surcharge de travail, un salaire inadéquat, des opportunités de développement et d’avancement professionnel réduites, un comportement inéquitable des supérieurs et un image publique dévalorisée de l’infirmière. Ce contexte porte atteinte à la satisfaction de trois objectifs recherchés par ces infirmières à travers leur travail et qui sont : 1) prendre soin des patients ; 2) subvenir à ses propres besoins ; et 3) être reconnue en tant que professionnelle. Afin de construire un sens au travail et composer avec ce contexte contraignant, les infirmières se basent sur leurs ressources intrinsèques. La valorisation de l’infirmière et du travail infirmier, la satisfaction de l’effort fourni, l’actualisation de soi et l’avancement professionnel permettent à ces infirmières de protéger et de maintenir un sens au travail. Finalement, il était possible de conceptualiser le sens au travail en tant qu’un phénomène subjectif et multidimensionnel, nourri par l’amour de la profession et se traduisant par un travail qui répond aux attentes des infirmières. Les connaissances qui ont émergé de cette étude pourront aider à mettre en place des stratégies personnelles et contextuelles permettant de favoriser le processus de construction de sens au travail chez les infirmières libanaises afin de réduire le problème de pénurie du personnel infirmier. Des pistes de recherches sont encore avancées et des recommandations pour la formation sont proposées.

Activité physique et insatisfaction de l'image corporelle chez un groupe d'adolescentes

Essai doctoral présenté à la Faculté des études supérieures en vue de l’obtention du grade de Docteur en psychologie (D.Psy.), option clinique

L'éducation morale des spectateurs face à l'image dans le cinéma de Michael Haneke

Michael Haneke est reconnu pour la froideur de sa mise en scène depuis ses premiers films. Le cinéaste a mis en scène plusieurs personnages dans des situations violentes, personnages entourés de média. Le présent projet vise à identifier l’évolution de la démarche du cinéaste dans la représentation des média au sein de ses œuvres. Pour ce faire, j’ai déterminé trois phases dans sa filmographie. À l’aide de trois cadres théoriques distincts, je préciserai ces trois étapes : l’observation, à l’aide des écrits de Marshall McLuhan ; son passage à l’acte, avec les théories d’interaction du microsociologue Erving Goffman et ; l’affirmation, une possible solution par l’accompagnement avec les écrits de Serge Tisseron et Marie-José Mondzain. Je tenterai de déterminer, par l’analyse des films de Michael Haneke, que ces différentes phases dans sa filmographie visent l’éducation morale des spectateurs face à l’image.

Multimodal image registration of the scoliotic torso for surgical planning

Background This paper presents a method that registers MRIs acquired in prone position, with surface topography (TP) and X-ray reconstructions acquired in standing position, in order to obtain a 3D representation of a human torso incorporating the external surface, bone structures, and soft tissues. Methods TP and X-ray data are registered using landmarks. Bone structures are used to register each MRI slice using an articulated model, and the soft tissue is confined to the volume delimited by the trunk and bone surfaces using a constrained thin-plate spline. Results The method is tested on 3 pre-surgical patients with scoliosis and shows a significant improvement, qualitatively and using the Dice similarity coefficient, in fitting the MRI into the standing patient model when compared to rigid and articulated model registration. The determinant of the Jacobian of the registration deformation shows higher variations in the deformation in areas closer to the surface of the torso. Conclusions The novel, resulting 3D full torso model can provide a more complete representation of patient geometry to be incorporated in surgical simulators under development that aim at predicting the effect of scoliosis surgery on the external appearance of the patient’s torso.

Le gouvernement du Québec, les relations internationales et l'environnement économique international (1973-1994)

L'objectif de ce mémoire est de jeter les bases d'un nouveau récit historique portant sur les relations internationales du Québec, en rupture partielle avec le récit traditionnel, essentiellement issu des écrits provenant de la science politique, qui décrit l'activité internationale du gouvernement québécois en cherchant dans les particularités de l'histoire québécoise elle-même les forces de changement. Ce faisant, nous tentons plutôt de montrer que l'histoire des relations internationales du Québec est inexorablement enchâssée dans l'histoire canadienne, dans l'histoire nord-américaine et surtout dans l'histoire du capitalisme et du néolibéralisme. Depuis le début de son existence en tant qu'entité politique moderne, le gouvernement québécois entretient des liens avec des gouvernements étrangers, l'intensité de ceux-ci étant function des grandes transformations affectant le système capitaliste international au grand complet. Vers la fin de la période 1867-1973, la politique internationale du gouvernement québécois est institutionnalisée politiquement et juridiquement grâce à la formulation de la doctrine Gérin-Lajoie, qui s'appuie sur les dispositions constitutionnelles propres au Canada pour élaborer la politique internationale québécoise. Dans la période 1973-1981, les relations internationales du Québec se focalisent davantage sur des questions économiques, telles que la quête de capitaux étrangers et la projection d'une image de marque positive sur les marchés étrangers. Puis, dans la période 1981-1994, l'activité internationale du Québec est marquée par le virage néolibéral qui affecte tous les gouvernements capitalistes dans le monde. Ainsi, l'appareil diplomatique du Québec est de plus en plus perçu comme un outil de promotion des exportations des entreprises québécoises et d'adaptation à l'augmentation de l'interdépendance économique, et de moins en moins comme un réseau de contacts politiques et culturels. Afin de faire cette démonstration, nous puisons essentiellement dans deux types de sources primaires : d'une part, des sources gouvernementales, dont les rapports annuels des différents ministères associés aux relations internationales du Québec et du Canada au fil de la période et les livres blancs de politique internationale qu'ils ont publié, et d'autre part, des publications issues du milieu des affaires, dont la revue Les Affaires, excellent baromètre de la mentalité dominante de la classe entrepreneuriale du Québec et du Canada francophone.