Modeling protein evolution using secondary structures

L’évolution des protéines est un domaine important de la recherche en bioinformatique et catalyse l'intérêt de trouver des outils d'alignement qui peuvent être utilisés de manière fiable et modéliser avec précision l'évolution d'une famille de protéines. TM-Align (Zhang and Skolnick, 2005) est considéré comme l'outil idéal pour une telle tâche, en termes de rapidité et de précision. Par conséquent, dans cette étude, TM-Align a été utilisé comme point de référence pour faciliter la détection des autres outils d'alignement qui sont en mesure de préciser l'évolution des protéines. En parallèle, nous avons élargi l'actuel outil d'exploration de structures secondaires de protéines, Helix Explorer (Marrakchi, 2006), afin qu'il puisse également être utilisé comme un outil pour la modélisation de l'évolution des protéines.

Analyse de la corrélation conditionnelle dérivée de la coévolution d’un système de trois gènes par un modèle du maximum de vraisemblance

Les gènes codant pour des protéines peuvent souvent être regroupés et intégrés en modules fonctionnels par rapport à un organelle. Ces modules peuvent avoir des composantes qui suivent une évolution corrélée pouvant être conditionnelle à un phénotype donné. Les gènes liés à la motilité possèdent cette caractéristique, car ils se suivent en cascade en réponse à des stimuli extérieurs. L’hyperthermophilie, d’autre part, est interreliée à la reverse gyrase, cependant aucun autre élément qui pourrait y être associé avec certitude n’est connu. Ceci peut être dû à un déplacement de gènes non orthologues encore non résolu. En utilisant une approche bio-informatique, une modélisation mathématique d’évolution conditionnelle corrélée pour trois gènes a été développée et appliquée sur des profils phylétiques d’archaea. Ceci a permis d’établir des théories quant à la fonction potentielle du gène du flagelle FlaD/E ainsi que l’histoire évolutive des gènes lui étant liés et ayant contribué à sa formation. De plus, une histoire évolutive théorique a été établie pour une ligase liée à l’hyperthermophilie.

Diversité des champignons endophytes mycorhiziens et de classe II chez le pois chiche, et influence du génotype de la plante

réalisé en cotutelle avec la Faculté des Sciences de Tunis, Université Tunis El Manar.

Quitter les siens? : une analyse des trajectoires de sortie chez les juifs hassidiques

Ce mémoire analyse les trajectoires de sortie de communautés juives ultraorthodoxes. Plus précisément, il cherche à mettre en lumière le processus par lequel certains juifs hassidiques parviennent à s’affranchir de leur communauté d’origine. Dans une recherche alliant entrevues, notes de terrain et observation,notre étude montre comment malgré la présence d’un fort contrôle social au sein de ces communautés ultra-religieuses certains de leurs membres le déjouent. Ce mémoire vise à repérer et à analyser les stratégies d’adaptation et les ruses mises en place par les hassidim pour échapper au contrôle et ainsi enclencher le processus de sortie. À la lumière de la théorie goffmanienne nous montrons comment dans un environnement contrôlant,les individus réussissent à s’aménager des marges de manoeuvre. C’est en se créant des espaces de liberté durant le processus de sortie qu’ils parviennent à avoir les coudées franches pour s’en affranchir définitivement.

Espaces de timbre générés par des réseaux profonds convolutionnels

Il est avant-tout question, dans ce mémoire, de la modélisation du timbre grâce à des algorithmes d'apprentissage machine. Plus précisément, nous avons essayé de construire un espace de timbre en extrayant des caractéristiques du son à l'aide de machines de Boltzmann convolutionnelles profondes. Nous présentons d'abord un survol de l'apprentissage machine, avec emphase sur les machines de Boltzmann convolutionelles ainsi que les modèles dont elles sont dérivées. Nous présentons aussi un aperçu de la littérature concernant les espaces de timbre, et mettons en évidence quelque-unes de leurs limitations, dont le nombre limité de sons utilisés pour les construire. Pour pallier à ce problème, nous avons mis en place un outil nous permettant de générer des sons à volonté. Le système utilise à sa base des plug-ins qu'on peut combiner et dont on peut changer les paramètres pour créer une gamme virtuellement infinie de sons. Nous l'utilisons pour créer une gigantesque base de donnée de timbres générés aléatoirement constituée de vrais instruments et d'instruments synthétiques. Nous entrainons ensuite les machines de Boltzmann convolutionnelles profondes de façon non-supervisée sur ces timbres, et utilisons l'espace des caractéristiques produites comme espace de timbre. L'espace de timbre ainsi obtenu est meilleur qu'un espace semblable construit à l'aide de MFCC. Il est meilleur dans le sens où la distance entre deux timbres dans cet espace est plus semblable à celle perçue par un humain. Cependant, nous sommes encore loin d'atteindre les mêmes capacités qu'un humain. Nous proposons d'ailleurs quelques pistes d'amélioration pour s'en approcher.

Habiletés inférentielles et contribution des hémisphères cérébraux

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Étude de techniques d'apprentissage non-supervisé pour l'amélioration de l'entraînement supervisé de modèles connexionnistes

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Modéliser la polarisation électronique par un continuum diélectrique intramoléculaire vers un champ de force polarisable pour la chimie bioorganique

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Constructions de l'intervention par des travailleuses sociales et infirmières en C.L.S.C. et possibles interdisciplinaires

Thèse diffusée initialement dans le cadre d'un projet pilote des Presses de l'Université de Montréal/Centre d'édition numérique UdeM (1997-2008) avec l'autorisation de l'auteur.

La diversité culturelle sous l'égide de la Convention de l'Unesco, une analyse du rôle des États-nations et du marché

Ce mémoire traite de la diversité culturelle sous l’optique de la notion d’exception culturelle. Dans la Convention sur la protection et la promotion de la diversité des expressions culturelles, la diversité culturelle acquiert le statut de notion pivot entre les politiques culturelles promulguées à l’échelle nationale, européenne et internationale. L’objectif de ce mémoire a été de déterminer la conception de la diversité culturelle dans l’intention de montrer les tensions qui résultent de la formulation du rôle des États-nations et du pouvoir dévolu à la libre circulation des biens et produits culturels à l’échelle supranationale. D’où l’hypothèse que la notion de diversité culturelle est sujette à des glissements de sens afin de rallier les parties en présence. Selon ces constats et l’hypothèse de Bourdieu selon laquelle on assiste à l’homogénéisation des cultures, nous avons répondu aux questions suivantes : comment la Convention peut-elle concilier l’ouverture des marchés des biens et services culturels et la protection de la diversité culturelle ? Comment la diversité culturelle s’orchestre-t-elle sous l’égide de la Convention de l’UNESCO ? Sous la tutelle de l’État-nation chargé de défendre les couleurs de la culture nationale ? Ou par l’intermédiaire du marché capable de réguler l’offre et la demande en matière de culture ? La Convention a donc fait l’objet d’une analyse de discours dans l’intention d’exhiber les tensions sous-jacentes à la conception de la diversité culturelle. En effet, la diversité culturelle est sujette à des glissements de sens, car elle est orchestrée en partie par le droit souverain des États-nations qui sont en mesure de protéger et promouvoir la diversité des expressions culturelles sur leur territoire, mais aussi, elle est basée sur des principes de libre échange et de libre circulation des produits, activités, biens et services culturels découlant de la coopération régionale, bilatérale et internationale mise de l’avant par la Convention. La Convention permet jusqu’à un certain point une conciliation entre l’ouverture du marché des biens et services culturels et la protection de la diversité culturelle grâce à ces mécanismes et ces organes.

Biographie sociologique de Marcel Rioux

Ce mémoire propose une étude du parcours de vie de Marcel Rioux qui cherche à saisir les conditions qui l’ont amené à incarner la figure de l’intellectuel au Québec à son époque. En effet, cette étude propose l’analyse de l’itinéraire social, tel que le suggère Bernard Lahire dans sa biographie sociologique, à l’origine de dispositions mentales et sociales, puis de ressources — héritées ou acquises au fil de l’itinéraire biographique de Rioux —, qui lui confère une position privilégiée dans la société; position en vertu de laquelle se forment l’autonomie et la liberté d’expression propres à l’engagement social et politique digne de lui conférer la qualité d’être intellectuel. C’est sur la base de la mobilisation de dispositions et de ressources particulières, qui prend la forme d’un rapport habitus et capital chez Pierre Bourdieu, propre à générer l’autonomie nécessaire à faire exister l’intellectuel dans son orbite et apte à légitimer sa position sur la scène publique, qu’il sera démontré en termes théoriques que n’est pas intellectuel qui veut.

Les gangs de rue : vers une compréhension du processus d'identification des membres juvéniles par des policiers, des cliniciens et des étudiants universitaires de la région de Montréal

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Récits d'appartenance : mémoire et identité dans la littérature québécoise

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Analyse lexicale de l'histoire de la Nouvelle-France de Marc Lescarbot

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Modélisation de détecteurs à base de semiconducteurs pour la spectroscopie et l'imagerie des rayons-[y] ?

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal