Statistical potentials for evolutionary studies

Les séquences protéiques naturelles sont le résultat net de l’interaction entre les mécanismes de mutation, de sélection naturelle et de dérive stochastique au cours des temps évolutifs. Les modèles probabilistes d’évolution moléculaire qui tiennent compte de ces différents facteurs ont été substantiellement améliorés au cours des dernières années. En particulier, ont été proposés des modèles incorporant explicitement la structure des protéines et les interdépendances entre sites, ainsi que les outils statistiques pour évaluer la performance de ces modèles. Toutefois, en dépit des avancées significatives dans cette direction, seules des représentations très simplifiées de la structure protéique ont été utilisées jusqu’à présent. Dans ce contexte, le sujet général de cette thèse est la modélisation de la structure tridimensionnelle des protéines, en tenant compte des limitations pratiques imposées par l’utilisation de méthodes phylogénétiques très gourmandes en temps de calcul. Dans un premier temps, une méthode statistique générale est présentée, visant à optimiser les paramètres d’un potentiel statistique (qui est une pseudo-énergie mesurant la compatibilité séquence-structure). La forme fonctionnelle du potentiel est par la suite raffinée, en augmentant le niveau de détails dans la description structurale sans alourdir les coûts computationnels. Plusieurs éléments structuraux sont explorés : interactions entre pairs de résidus, accessibilité au solvant, conformation de la chaîne principale et flexibilité. Les potentiels sont ensuite inclus dans un modèle d’évolution et leur performance est évaluée en termes d’ajustement statistique à des données réelles, et contrastée avec des modèles d’évolution standards. Finalement, le nouveau modèle structurellement contraint ainsi obtenu est utilisé pour mieux comprendre les relations entre niveau d’expression des gènes et sélection et conservation de leur séquence protéique.

The political ethics of health

This paper seeks to provide an overview of some of the main areas of debate that have emerged in recent years at the interface between theories of justice and health care. First, the paper considers various positions as to what the index of justice with respect to health ought to be. It warns on practical and principled grounds against conceptual inflation of the notion of "health" as it appears in theories of distributive justice. Second, it considers how various standards according to which goods ought to be distributed in a just society apply to debates within health care.

The Ethics Of Reconciling : Learning From Canada’s Truth And Reconciliation Commission

In 2008, the Truth and Reconciliation Commission of Canada (TRC) was initiated to address the historical and contemporary injustices and impacts of Indian Residential Schools. Of the many goals of the TRC, I focus on reconciliation and how the TRC aims to promote this through public education and engagement. To explore this, I consider two questions: 1) who does the TRC include in the process of reconciliation? And 2) how might I, as someone who is not Indigenous (specifically, as someone who is “white”), be engaged by the TRC? Ethical queries arise which speak to broader concerns about the TRC’s capability to fulfill its public education goals. I raise several concerns about whether the TRC’s plan to convoke the col- lective will result in over-simplifying the process by relying on blunt, poorly defined identity categories that erase the heterogeneity of those residing in Canada, as well as the complexity of the conflict among us. I attempt to situate myself in-between proclamations of “success” or “failure” of the TRC, to better understand what can be learned from contested truths and experiences of uncertainty.

The Ethics of Refugee Aid

This paper examines the ethics of refugee aid, attempting to answer “Why do States engage in refugee aid?” Moving beyond the simplistic answer based on the notion of charity, which demonstrably fits ill with the essentially positivist methodology of conducting refugee aid, an ethical model is construed based on the Weberian concept of action as an instrument of rationality. This is supported with critical readings from Hannah Arendt, amongst others, and also my own experiences as a former UNHCR aid worker. However, although this model better captures ground realities, it negates the individuality and humanity of refugees. Thus refugee aid as a form of global, transnational justice will be presented, based on readings from Amartya Sen.

Ethics in Health Policy for Allergy : A Practical Approach for Decision-Makers

Comme à l’approche d’un tsunami, l’incidence grandissante des allergies affecte maintenant plus de 30% de la population des pays développés. Étant la cause de nombreuses morbidités et un risque significatif de mortalité, les allergies nécessitent des dépenses exorbitantes au système de santé et constituent une des plus importantes sources d’invalidité. Cette thèse a pour but de contribuer à faciliter la prise de décision éclairée dans le développement de politiques en santé en lien avec cette maladie immunitaire chronique en utilisant des principes d’éthique comme outils pour guider le développement de politiques en santé. Le premier chapitre démontre le présent déficit d’analyses des enjeux éthiques en allergologie et démontre de quelle façon les réflexions en éthique peuvent guider le développement de politiques et l’élaboration de stratégies appliquées aux allergies. Les chapitres qui suivront présentent des applications spécifiques des principes d’éthiques ciblant des contextes précis comme des méthodes qui fournissent des outils de réflexion et des cadres théoriques qui peuvent être appliqués par les décideurs pour guider des interventions en santé concernant les allergies et les conditions de co-morbidité reliées. Le second chapitre présente un cadre théorique pour l’évaluation et la priorisation d’interventions en santé publique par la diminution des allergènes présents dans l’environnement basées sur des théories de justice sociale. Les critères entourant les politiques d’évaluation se concentrent sur les enjeux éthiques référant aux populations vulnérables, sur une distribution plus égale des bénéfices pour la santé, et sur le devoir d’éviter la stigmatisation. Le troisième chapitre offre aux administrateurs et au personnel infirmier du réseau scolaire un cadre décisionnel pour guider le développement de politiques efficaces et éthiquement justifiables concernant les allergies alimentaires pour les écoles. Dans ce contexte, les principes de base d’éthique en santé publique et en bioéthique - par exemple, l’empowerment des populations vulnérables dans la prise en charge de leur santé et la protection de la confidentialité du dossier médical - servent d’outils pour évaluer les politiques. Le dernier chapitre emploie les principes de base de recherche en éthique comme méthode pour développer un argumentaire en faveur de la réforme des réglementations entourant la production de médicaments immunothérapeutiques. La nécessité éthique d’éviter les risques de méfait à l’endroit du sujet humain dans la recherche permettra de servir de guide pour structurer de futures politiques en santé publique en égard à la production d’immunothérapeutiques à l’échelle mondiale.

"The nothing that is" : An Ethics of Absence Within the Poetry of Wallace Stevens

Cette thèse se concentre sur ce que j'appelle «l’espace négatif» de la représentation dans la poésie de Stevens comme étant un véritable espace d'engagement politique, une interprétation qui se distingue de la plus grande partie de la critique sur Stevens. En suivant les écrits philosophiques d'Emmanuel Levinas, j'affirme que l'emphase que Stevens place sur la représentation de la représentation elle-même ouvre un espace au-delà des limites rigides de l'identité-ce que Levinas appelle « le je [sujet] semblable », permettant un contact authentique avec « l'Autre» ainsi qu’avec le concept de « l'infini ». Bien que Stevens s’est farouchement opposé à la notion Romantique de la sublime transcendance, c’est-à-dire d'un espace censé exister en dehors des limites de l'imagination humaine, il se concerne néanmoins avec l'exploration d'un espace au-delà de l'identité individuelle. Pour Stevens, cependant, « la transcendance» est toujours, nécessairement, liée par les restrictions reconnues du langage humain et de l'imagination, et donc par la réalité du monde perceptible. Toute « transcendance» qui est recherchée ou atteinte, dans la poésie de Stevens ne devrait donc pas - ma thèse affirme - être entendu dans le sens sublime déterminé auparavant par les Romantiques. Une connexion plus appropriée peut plutôt être faite avec la transcendance concrète et immédiate décrit par Lévinas comme le «face à face ». L’attention que Stevens accordent aux notions concrètes et immédiates est souvent exprimé à travers son attention sur les qualités esthétiques de la langue. Sa poésie a en effet la poésie pour sujet, mais pas dans le sens solipsiste qui lui est souvent attribué. En se concentrant sur le processus actif et créateur inhérent à l'écriture et à la lecture de la poésie, Stevens explore la nature de l'Etre lui-même. Je compare cette exploration dans le travail de Stevens à celle du dessinateur, ou de l'artiste, et dans ma conclusion, je suggère les liens entre l'approche d'enquête de Stevens et celle d’artistes visuels contemporains qui se sont également engagés à la figuration du processus créatif. L’ artiste sud-africain William Kentridge est mon exemple principal , en raison de sa conviction que la méthode est intrinsèquement liée à l'engagement politique et social.

The bridging of pluralistic visions of science and ethics for bioethics - Tibetan medicine as compared with the Western research on longevity and human genetic enhancement

La thèse examine les liens entre la vision pluraliste de la science et l’éthique de la médecine tibétaine et les nouvelles pratiques en médecine occidentale, soit la longévité et la recherche sur la génétique amélioratrice. Elle cherche à cerner l’apport que la médecine tibétaine peut apporter aux recherches occidentales sur la longévité et la génétique humaine amélioratrice. Elle traite donc d’un enjeu social clé et du débat qui s’y rattache. La découverte et la description sont centrales à la méthodologie et informent l’analyse. Nous avons examiné dans un premier temps, les travaux de recherche sur la longévité reliée à la génétique amélioratrice (mémoire et muscles). Nous nous sommes penchés également sur les fondements de la médecine tibétaine en tant que système intégré. Pour ce faire, nous avons traité des notions telles que la santé, l’identité, la perfection et l’immortalité. Notre cadre conceptuel repose sur la théorie bouddhiste de l’interdépendance qui se caractérise par la formulation de catégories qui ensuite sont synthétisées dans l’essence; les deux niveaux d’interprétation de la théorie sont décrits en détail avant de passer à une comparaison avec la notion de complexité occidentale. La médecine tibétaine de fait présente un système où l’éthique et la science sont intégrées et se prête bien à une comparaison avec la vision pluraliste de la science à partir d’une perspective éthique/bioéthique. Les commentaires recueillis auprès des experts nous ont permis de cerner comment la science, l’éthique et l’amélioration de la longévité sont définies au sein des deux paradigmes de l’Est et de l’Ouest. Nos résultats montrent six points qui se dégagent au terme de cette recherche permettent de jeter un pont sur la vision pluraliste de ces paradigmes. Ceux-ci transcendent les points de vue doctrinaux individuels de religions ainsi que du monde scientifique occidental. Plus que tout, ils laissent entrevoir un cadre de références novatrices qui contribuera à la prise de décision à l’égard de questionnements bioéthiques.

Adam Smith, Moral Motivation and Business Ethics

This paper shows how Adam Smith’s concept of moral motivation applies to business ethics and ethical consumption. Moral motivation for Smith is embedded in his moral psychology and his theory of virtue, particularly in terms of socialization and our social interactions and in his view that people always seek approval for their conduct, either though actual or ideal spectators. It follows that right conduct depends on the spectator’s awareness of one’s conduct. Thus concerning business ethics, transparency and accountability are essential, as opposed to anonymity which is detrimental. Applying Smith’s theory of motivation to consumption entails two further points: One, information concerning business conduct without consumers seeking it and acting accordingly will only have a limited effect. Two, people’s concern for the propriety of their action can and should include consumption, such that purchasing behavior becomes a moral issue rather than a mere economic one.

Bob and Jane go to Argentina: The Ethics of Cross-Border Care

Étude de cas / Case study

Ethics at War: Review of Elizabeth Scannell-Desch and Mary Ellen Doherty, Nurses in War: Voices from Iraq and Afghanistan

Compte-rendu / Review

L'éthique à l'écran. Compte-rendu de What's Good on TV? – Understanding Ethics Through Television, de Jamie Watson et Robert Arp, et de Seeing the Light – Exploring Ethics Through Movies, de Wanday Teays

Compte-rendu / Review

Variance in Bioethics Services: Challenges and Opportunities in Canada with a Focus on In-house vs. Outsourced Health Care Ethics Consultations

Étude de cas / Case study