Probabilité et temps de fixation à l’aide de processus ancestraux

Ce mémoire analyse l’espérance du temps de fixation conditionnellement à ce qu’elle se produise et la probabilité de fixation d’un nouvel allèle mutant dans des populations soumises à différents phénomènes biologiques en uti- lisant l’approche des processus ancestraux. Tout d’abord, l’article de Tajima (1990) est analysé et les différentes preuves y étant manquantes ou incomplètes sont détaillées, dans le but de se familiariser avec les calculs du temps de fixa- tion. L’étude de cet article permet aussi de démontrer l’importance du temps de fixation sur certains phénomènes biologiques. Par la suite, l’effet de la sé- lection naturelle est introduit au modèle. L’article de Mano (2009) cite un ré- sultat intéressant quant à l’espérance du temps de fixation conditionnellement à ce que celle-ci survienne qui utilise une approximation par un processus de diffusion. Une nouvelle méthode utilisant le processus ancestral est présentée afin d’arriver à une bonne approximation de ce résultat. Des simulations sont faites afin de vérifier l’exactitude de la nouvelle approche. Finalement, un mo- dèle soumis à la conversion génique est analysé, puisque ce phénomène, en présence de biais, a un effet similaire à celui de la sélection. Nous obtenons finalement un résultat analytique pour la probabilité de fixation d’un nouveau mutant dans la population. Enfin, des simulations sont faites afin de détermi- nerlaprobabilitédefixationainsiqueletempsdefixationconditionnellorsque les taux sont trop grands pour pouvoir les calculer analytiquement.

Étude de l’évolution des génomes par duplications, pertes et réarrangements

La duplication est un des évènements évolutifs les plus importants, car elle peut mener à la création de nouvelles fonctions géniques. Durant leur évolution, les génomes sont aussi affectés par des inversions, des translocations (incluant des fusions et fissions de chromosomes), des transpositions et des délétions. L'étude de l'évolution des génomes est importante, notamment pour mieux comprendre les mécanismes biologiques impliqués, les types d'évènements qui sont les plus fréquents et quels étaient les contenus en gènes des espèces ancestrales. Afin d'analyser ces différents aspects de l'évolution des génomes, des algorithmes efficaces doivent être créés pour inférer des génomes ancestraux, des histoires évolutives, des relations d'homologies et pour calculer les distances entre les génomes. Dans cette thèse, quatre projets reliés à l'étude et à l'analyse de l'évolution des génomes sont présentés : 1) Nous proposons deux algorithmes pour résoudre des problèmes reliés à la duplication de génome entier : un qui généralise le problème du genome halving aux pertes de gènes et un qui permet de calculer la double distance avec pertes. 2) Nous présentons une nouvelle méthode pour l'inférence d'histoires évolutives de groupes de gènes orthologues répétés en tandem. 3) Nous proposons une nouvelle approche basée sur la théorie des graphes pour inférer des gènes in-paralogues qui considère simultanément l'information provenant de différentes espèces afin de faire de meilleures prédictions. 4) Nous présentons une étude de l'histoire évolutive des gènes d'ARN de transfert chez 50 souches de Bacillus.

Des bourreaux et des loups : les représentations du mal dans Dieu et nous seuls pouvons et Un loup est un loup de Michel Folco.

Les deux premiers romans de Michel Folco, Dieu et nous seuls pouvons (1991) et Un loup est un loup (1995), ont reçu un très bon accueil du public et de la presse, mais ont été pratiquement ignorés par la critique universitaire. Ces romans historiques méritent pourtant qu’on les étudie. Cet admirateur de Dumas propose des romans d’aventures d’inspiration historique, qui en apparence sont construits dans la plus pure tradition du genre. Or, les textes sont plus complexes qu’il n’y paraît : ils ont absorbé un intertexte fort et multiple, incorporé des fantasmatiques sociales inquiétantes, offrent une représentation originale du rapport entre l’être humain et la nature. Centrés autour des figures du bourreau et du loup, ils présentent un traitement singulier de ces symboles du mal et remettent en question la haine ancestrale dont ils sont l’objet. Dans un univers romanesque hanté par le motif de la vengeance, c’est l’ensemble de la société qui est représentée comme violente, intolérante et cruelle. La notion de mal est questionnée, redéfinie, déplacée. C’est ce déplacement qui est l’objet de ce mémoire, lequel se donne pour but de montrer comment les textes travaillent des récits historiques ainsi que des représentations mythiques et religieuses.

Le jeu en ligne : une analyse comparative du statut juridique du jeu en ligne et des cadres juridiques adoptés pour règlementer et gérer ses risques.

Le jeu a toujours été perçu comme un vice, responsable de nombreux troubles sociaux. Par conséquent, les gouvernements ont adopté divers cadres juridiques pour contrôler et gérer ses conséquences négatives. Malgré qu'il soit omniprésent, le jeu en ligne est illégal au Canada, aux États Unis et dans plusieurs autres pays. La règlementation du jeu en ligne et la gestion de ses troubles sociaux présente un plus grand défi pour les gouvernements, particulièrement en raison de sa nature technologique et extraterritoriale. Ce mémoire identifiera les risques et conséquences liés au jeu, en particulier les problèmes de jeu, ainsi que les cadres juridiques adoptés pour les règlementer et minimiser. Nous examinerons le statut juridique du jeu en ligne dans différentes juridictions, dont le Canada, les États Unis, le Royaume-Uni et ailleurs dans l'Union européenne. Ces cadres juridiques comprennent l'interdiction du jeu en ligne aux États Unis, la légalisation, l’octroi de licences et taxation du jeu en ligne au Royaume Uni et les cadres juridiques employés au Canada et ailleurs, offrant du jeu en ligne exclusivement par l’entremise de monopoles d'état pour contrôler sa disponibilité et minimiser ses conséquences néfastes. Nous tirerons des conclusions quant à l'efficacité relative des différents cadres juridiques adoptées pour règlementer le jeu en ligne.

Développement du squelette du crinoïde Florometra serratissima et évolution des protéines de la matrice de spicules chez les ambulacraires

Les crinoïdes sont bien connus pour leurs fossiles, mais la biominéralisation de leurs stades larvaires n’est que peu documentée. La première partie du projet présente le développement des ossicules des trois stades larvaires du comatule Florometra serratissima : doliolaria, cystidienne et pentacrinoïde. Les ossicules du crinoïde démontraient de la plasticité phénotypique et de la désynchronisation dans leur développement. Les crinoïdes étant la classe basale des échinodermes modernes, ceci porte à croire que ces traits étaient aussi caractéristiques des échinodermes ancestraux et auraient joué un rôle dans la radiation hâtive et la grande disparité des échinodermes. Pour notre deuxième étude, comme les patrons de morphologie des crinoïdes et des autres échinodermes sont nombreux et sont régulés par des protéines spécifiques, nous avons vérifié la présence de quatre familles de protéines de la matrice de spicules (SMAP) connues chez les oursins dans les transcriptomes des autres échinodermes et d’autres deutérostomes. La famille des spicules matrix (SM) et l’anhydrase carbonique CARA7LA étaient absentes chez tout autre organisme que les oursins, les protéines spécifiques au mésenchyme (MSP130) étaient présentes en nombres différents chez tous les ambulacraires suggérant de multiples duplications et pertes, et les métalloprotéases étaient nombreuses chez chacun. Le développement des ossicules chez les échinodermes est un sujet qui a gagné en popularité au cours des dernières décennies, spécialement chez les oursins, et inclure les crinoïdes dans ce type d’étude permettra de nous renseigner sur l’origine et l’évolution des échinodermes modernes.

Aspirations de la relève et nécessité de convaincre dans le culte du Teyyam

Le Teyyam est un rituel de possession hindouiste du Kerala (Inde du Sud) qui nécessite une pratique intransigeante : restrictions, jeûnes, exploits physiques, résistance à la chaleur du feu. Vêtus de costumes spectaculaires, des performeurs de caste intouchable dansent l’épée à la main, au son des tambours frénétiques, et font entendre la parole du dieu qu’ils incarnent; ils auront même le droit de critiquer le système des castes devant la communauté assemblée, le temps d’une inversion rituelle. Alors qu’autrefois il s’agissait d’un devoir de caste associé à une grande précarité, aujourd’hui il s’agit d’un métier que l’on peut choisir d’exercer ou non. Bien qu’on ait déploré un manque de relève à cause des conditions jugées trop difficiles, il y a toutefois de jeunes hommes qui ont décidé de poursuivre cette tradition ancestrale. Au Kerala, de nombreux jeunes aspirent à la classe moyenne et misent sur l’éducation pour espérer un bon emploi, il y a des opportunités, mais pas pour tous, et surtout beaucoup de compétition. C’est dans ce contexte que de jeunes hommes éduqués souhaitent poursuivre une tradition qu’ils admirent et dont ils sont fiers, mais sans avoir à sacrifier leurs chances de réussite sociale. Quelles sont leurs aspirations, quel sens donnent-ils à ce qu’ils souhaitent accomplir? Traditionnellement les relations de patronage dans le Teyyam ont été très dures sous le joug du système des castes, qu’en est-il aujourd’hui? Comment ces performeurs arrivent-il à négocier la réalisation de leurs aspirations dans les coulisses du Teyyam?

Phylogénie et biogéographie du genre Bauhinia s.l. (Leguminosae)

Bauhinia s.l. est le plus vaste genre de la tribu des Cercideae (Ceasalpinioideae, Leguminoseae), avec plus de 300 espèces. Il présente une distribution pantropicale et une grande variabilité morphologique. Ces deux caractéristiques ont limité les études taxonomiques sur le genre complet, résultant en plusieurs études taxonomiques de certains groupes seulement. En 1987, Wunderlin et al. proposent une vaste révision taxonomique de la tribu des Cercideae, basée sur des données morphologiques, et divisent le genre Bauhinia en quatre sous-genres. En 2005, Lewis et Forest publient une nouvelle classification préliminaire basée sur des données moléculaires, mais sur un échantillonnage taxonomique restreint. Leurs conclusions remettent en question le monophylétisme du genre Bauhinia et suggèrent plutôt la reconnaissance de huit genres au sein du grade Bauhinia s.l. Afin de vérifier les hypothèses de Lewis et Forest, et obtenir une vision plus claire de l’histroire de Bauhinia s.l., nous avons séquencé deux régions chloroplastiques (trnL-trnF et matK-trnK) et deux régions nucléaires (Leafy et Legcyc) pour un vaste échantillonnage représentatif des Cercideae. Une première phylogénie de la tribu a tout d’abord été réalisée à partir des séquences de trnL-trnF seulement et a confirmé le non-monoplylétisme de Bauhinia s.l., avec l’inclusion du genre Brenierea, traditionnellement reconnu comme genre frère de Bauhinia s.l. Afin de ne pas limiter notre vision de l’histoire évolutive des Cercideae à un seul type de données moléculaires et à une seule région, une nouvelle série d’analyse a été effectuée, incluant toutes les séquences chloroplastiques et nucléaires. Une phylogénie individuelle a été reconstruite pour chacune des régions du génome, et un arbre d’espèce ainsi qu’un arbre de supermatrice ont été reconstruits. Bien que certaines contradictions apparaissent entre les phylogénies, les grandes lignes de l’histoire des Cercideae ont été résolues. Bauhinia s.l. est divisée en deux lignées : les groupes Phanera et Bauhinia. Le groupe Bauhinia est constitué des genres Bauhinia s.s., Piliostigma et Brenierea. Le groupe Phanera est constitué des genres Gigasiphon, Tylosema, Lysiphyllum, Barklya, Phanera et Schnella. Les genres Cercis, Adenolobus et Griffonia sont les groupes-frères du clade Bauhinia s.l. Au minimum un événement de duplication de Legcyc a été mis en évidence pour la totalité de la tribu des Cercideae, excepté Cercis, mais plusieurs évènements sont suggérés à la fois par Legcyc et Leafy. Finalement, la datation et la reconstruction des aires ancestrales de la tribu ont été effectuées. La tribu est datée de 49,7 Ma et est originaire des régions tempérées de l’hémisphère nord, probablement autour de la mer de Thétys. La tribu s’est ensuite dispersée vers les régions tropicales sèches de l’Afrique, où la séparation des groupes Bauhinia et Phanera a eu lieu. Ces deux groupes se sont ensuite dispersés en parallèle vers l’Asie du sud-est au début du Miocène. À la même période, une dispersion depuis l’Afrique de Bauhinia s.s. a permis la diversification des espèces américaines de ce genre, alors que le genre Schnella (seul genre américain du groupe Phanera) est passé par l’Australie afin de rejoindre le continent américain. Cette dispersion vers l’Australie sera également à l’origine des genres Lysiphyllum et Barklya

Systématique et biogéographie du groupe Caesalpinia (famille Leguminosae)

Parmi les lignées des Caesalpinioideae (dans la famille des Leguminosae), l’un des groupes importants au sein duquel les relations phylogénétiques demeurent nébuleuses est le « groupe Caesalpinia », un clade de plus de 205 espèces, réparties présentement entre 14 à 21 genres. La complexité taxonomique du groupe Caesalpinia provient du fait qu’on n’arrive pas à résoudre les questions de délimitations génériques de Caesalpinia sensu lato (s.l.), un regroupement de 150 espèces qui sont provisoirement classées en huit genres. Afin d’arriver à une classification générique stable, des analyses phylogénétiques de cinq loci chloroplastiques et de la région nucléaire ITS ont été effectuées sur une matrice comportant un échantillonnage taxonomique du groupe sans précédent (~84% des espèces du groupe) et couvrant la quasi-totalité de la variation morphologique et géographique du groupe Caesalpinia. Ces analyses ont permis de déterminer que plusieurs genres du groupe Caesalpinia, tels que présentement définis, sont polyphylétiques ou paraphylétiques. Nous considérons que 26 clades bien résolus représentent des genres, et une nouvelle classification générique du groupe Caesalpinia est proposée : elle inclut une clé des genres, une description des 26 genres et des espèces acceptées au sein de ces groupes. Cette nouvelle classification maintient l’inclusion de douze genres (Balsamocarpon, Cordeauxia, Guilandina, Haematoxylum, Hoffmanseggia, Lophocarpinia, Mezoneuron, Pomaria, Pterolobium, Stenodrepanum, Stuhlmannia, Zuccagnia) et en abolit deux (Stahlia et Poincianella). Elle propose aussi de réinstaurer deux genres (Biancaea et Denisophytum), de reconnaître cinq nouveaux genres (Arquita, Gelrebia, Hererolandia, Hultholia et Paubrasilia), et d’amender la description de sept genres (Caesalpinia, Cenostigma, Coulteria, Erythrostemon, Libidibia, Moullava, Tara). Les résultats indiquent qu’il y aurait possiblement aussi une 27e lignée qui correspondrait au genre Ticanto, mais un échantillonage taxonomique plus important serait nécéssaire pour éclaircir ce problème. Les espèces du groupe Caesalpinia ont une répartition pantropicale qui correspond presque parfaitement aux aires du biome succulent, mais se retrouvent aussi dans les déserts, les prairies, les savanes et les forêts tropicales humides. À l’échelle planétaire, le biome succulent consiste en une série d’habitats arides ou semi-arides hautement fragmentés et caractérisés par l’absence de feu, et abrite souvent des espèces végétales grasses, comme les Cactacées dans les néo-tropiques et les Euphorbiacées en Afrique. L’histoire biogéographique du groupe Caesalpinia a été reconstruite afin de mieux comprendre l’évolution de la flore au sein de ce biome succulent. Ce portrait biogéographique a été obtenu grâce à des analyses de datations moléculaires et des changements de taux de diversification, à une reconstruction des aires ancestrales utilisant le modèle de dispersion-extinction-cladogenèse, et à la reconstruction de l’évolution des biomes et du port des plantes sur la phylogénie du groupe Caesalpinia. Ces analyses démontrent que les disjonctions trans-continentales entre espèces sœurs qui appartiennent au même biome sont plus fréquentes que le nombre total de changements de biomes à travers la phylogénie, suggérant qu’il y a une forte conservation de niches, et qu’il est plus facile de bouger que de changer et d’évoluer au sein d’un biome différent. Par ailleurs, contrairement à nos hypothèses initiales, aucun changement de taux de diversification n’est détecté dans la phylogénie, même lorsque les espèces évoluent dans des biomes différents ou qu’il y a changement de port de la plante, et qu’elle se transforme, par exemple, en liane ou herbacée. Nous suggérons que même lorsqu’ils habitent des biomes très différents, tels que les savanes ou les forêts tropicales humides, les membres du groupe Caesalpinia se retrouvent néanmoins dans des conditions écologiques locales qui rappellent celles du biome succulent. Finalement, bien que la diversité des espèces du biome succulent ne se compare pas à celle retrouvée dans les forêts tropicales humides, ce milieu se distingue par un haut taux d’espèces endémiques, réparties dans des aires disjointes. Cette diversité spécifique est probablement sous-estimée et mérite d’être évaluée attentivement, comme en témoigne la découverte de plusieurs nouvelles espèces d’arbres et arbustes de légumineuses dans la dernière décennie. Le dernier objectif de cette thèse consiste à examiner les limites au niveau spécifique du complexe C. trichocarpa, un arbuste des Andes ayant une population disjointe au Pérou qui représente potentiellement une nouvelle espèce. Des analyses morphologiques et moléculaires sur les populations présentes à travers les Andes permettent de conclure que les populations au Pérou représentent une nouvelle espèce, qui est génétiquement distincte et comporte des caractéristiques morphologiques subtiles permettant de la distinguer des populations retrouvées en Argentine et en Bolivie. Nous décrivons cette nouvelle espèce, Arquita grandiflora, dans le cadre d’une révision taxonomique du genre Arquita, un clade de cinq espèces retrouvées exclusivement dans les vallées andines.

La scène musicale populaire autochtone au Québec : dynamiques relationnelles et identitaires

La musique, pour les Autochtones au Québec, joue un rôle fondamental pour l’expression et la consolidation identitaire, la mise en relation interpersonnelle, interculturelle et spirituelle ainsi que pour exercer un pouvoir d’action et de transformation sur soi et le milieu environnant. Cette thèse dresse un panorama de la scène musicale populaire autochtone contemporaine au Québec, en s’attardant plus particulièrement au milieu algonquien du Nord, tout en démontrant un lien de continuité évident avec le sens des traditions musicales et des rassemblements ancestraux. La musique populaire autochtone y est considérée comme un mode d’affirmation identitaire et de relation au monde, la scène de la musique populaire autochtone au Québec comme un réseau relationnel, et les événements musicaux comme des points de rencontre et de convergence (foyers) d’une communauté autochtone s’y reconnaissant et s’y reliant de façons différenciées. Le cadre théorique arrime les concepts de scène dans le contexte de culture populaire, des politiques/poétiques de l’identité, d’intersubjectivité, de résonance, de nomadisme, d’ontologie relationnelle, de poétiques de l’habiter (of dwelling), d’indigénisation et de transformation des identités et des modes d'être au monde autochtones dans le contexte contemporain. Selon les traditions algonquiennes, les actes musicaux servent à s’identifier en tant que personne particulière et membre d’une collectivité et du cosmos ainsi qu’à entretenir des relations avec les autres personnes du cosmos (humains et non humains) afin de vivre bien et de se donner du pouvoir sur soi et son environnement. Cette thèse démontre que les musiques populaires contemporaines et ses événements associés, bien que sous d’autres formes, poursuivent ce sens relationnel et identitaire des traditions musicales ancestrales et de leurs contextes de manifestation. Le réseau contemporain de la scène musicale populaire autochtone est ainsi formé d’espaces investis par les Autochtones de différentes nations, où ils se créent un chez-nous, un « espace à nous » et se redéfinissent des identités. Chanter, notamment dans leur langue, est ainsi un acte d’« habitation » du monde, de cohabitation, de communication, une inscription identitaire dans un environnement ainsi habité et senti.

Étude du syncrétisme de l’assiko à travers le geste et le foyer socioculturel d’un guitariste Bassa.

Ce mémoire porte sur le rôle du geste musical dans le développement de styles musicaux devenus syncrétiques. Il s’attarde à définir dans le détail le style de guitare populaire assiko propre aux Bassa du Cameroun du Sud lequel est représenté internationalement par le guitariste et percussionniste traditionnel Atna Njock. Grâce à une approche dialogique et participative, les techniques du jeu assiko sont explorées et comparées à des exemples de jeu de guitare européenne, afro-américaines et africaines. Les influences qui définissent le jeu d’Atna découlent de la culture Bassa et de son histoire marquée par l’influence coloniale et missionnaire, mais sont aussi alimentées par la «philosophie» (voire la spiritualité) et le passé musical de l’artiste. L’approche participative fournit une perspective émique, c’est-à-dire interne à la culture, de la gestuelle et de la structure du jeu assiko même si nous confrontons les propos du musicien à notre propre regard analytique. La comparaison avec divers instruments de percussion auxquels Atna a été initié montre comment ceux-ci ont forgé son jeu guitaristique. Son rôle de « garant » de la tradition musicale Bassa influence son approche et se manifeste par une préoccupation particulière pour l’« authenticité » dans la reproduction des rythmes d’un « langage » musical donné. Ses liens avec la culture Bassa, s’expriment notamment par le biais de sa reproduction du style de jeu de son maître, Jean Bikoko « Aladin ». La contribution particulière d’Atna à la technique de guitare de Bikoko est comprise comme un ajout à la lignée ancestrale. Une analyse d’un morceau du répertoire assiko issu du plus récent album d’Atna illustre d’ailleurs comment son incorporation de styles « modernes » reproduit les processus traditionnels en intégrant des éléments culturels étrangers.

Analyse comparative de l’approche bioclimatique et de la méthode LEED en architecture

Motivé par l’évolution de la production architecturale durable dans les pays d’Amérique latine, et plus particulièrement en Colombie, mon projet de recherche porte sur l’adaptation de l’architecture à ce nouveau contexte. L’approche architecturale traditionnelle à la prise en compte de l’énergie et du climat est l’architecture bioclimatique : reproduite à partir de connaissances et techniques ancestrales remontant à la conception de l’abri, cette dernière étudie les phénomènes physiques associés au confort thermique afin de les reproduire dans une nouvelle architecture. De nouvelles méthodes d’évaluation environnementale se sont développées dans les dernières décennies pour améliorer l’intégration environnementale des bâtiments. Ces méthodes privilégient la normalisation des solutions et utilisent des systèmes de certification pour reconnaître la performance environnementale et énergétique des bâtiments. Le résultat visé est la conformité aux standards internationaux de durabilité. Ce mémoire porte sur l’analyse comparative de l’architecture bioclimatique et de la certification environnementale à partir de la structure des sujets abordés par LEED, une des méthodes les plus connues d’une telle certification. Cette comparaison permet de constater que les deux approches sont motivées par les mêmes préoccupations environnementales mais que leurs méthodes d’intégration de ces préoccupations diffèrent, en particulier quant à la prise en compte des facteurs locaux et globaux.