Recherche et caractérisation des étoiles jeunes de faible masse dans le voisinage solaire

L'outil développé dans le cadre de cette thèse est disponible à l'adresse suivante: www.astro.umontreal.ca/~malo/banyan.php

Décisions et perspectives : de la théorie de l'utilité à la philosophie de la volonté.

Les implications philosophiques de la Théorie de la Perspective de 1979, notamment celles qui concernent l’introduction d’une fonction de valeur sur les résultats et d’un coefficient de pondération sur les probabilités, n’ont à ce jour jamais été explorées. Le but de ce travail est de construire une théorie philosophique de la volonté à partir des résultats de la Théorie de la Perspective. Afin de comprendre comment cette théorie a pu être élaborée il faut étudier la Théorie de l’Utilité Attendue dont elle est l’aboutissement critique majeur, c’est-à-dire les axiomatisations de la décision de Ramsey (1926), von Neumann et Morgenstern (1947), et enfin Savage (1954), qui constituent les fondements de la théorie classique de la décision. C’est entre autres la critique – par l’économie et la psychologie cognitive – du principe d’indépendance, des axiomes d’ordonnancement et de transitivité qui a permis de faire émerger les éléments représentationnels subjectifs à partir desquels la Théorie de la Perspective a pu être élaborée. Ces critiques ont été menées par Allais (1953), Edwards (1954), Ellsberg (1961), et enfin Slovic et Lichtenstein (1968), l’étude de ces articles permet de comprendre comment s’est opéré le passage de la Théorie de l’Utilité Attendue, à la Théorie de la Perspective. À l’issue de ces analyses et de celle de la Théorie de la Perspective est introduite la notion de Système de Référence Décisionnel, qui est la généralisation naturelle des concepts de fonction de valeur et de coefficient de pondération issus de la Théorie de la Perspective. Ce système, dont le fonctionnement est parfois heuristique, sert à modéliser la prise de décision dans l’élément de la représentation, il s’articule autour de trois phases : la visée, l’édition et l’évaluation. À partir de cette structure est proposée une nouvelle typologie des décisions et une explication inédite des phénomènes d’akrasie et de procrastination fondée sur les concepts d’aversion au risque et de surévaluation du présent, tous deux issus de la Théorie de la Perspective.

Documenter les façons de faire d'enseignants de la 6e année du primaire dans toutes les étapes de la démarche d'évaluation

Le changement de paradigme amené par l'approche par compétences dans le système éducatif québécois au début des années 2000 devait conduire les enseignants à adopter de nouvelles façons de faire prescrites par la Politique en évaluation des apprentissages (MEQ, 2003) qui s’inscrivent dans une évaluation au service de l’apprentissage. Brookhart (2004) pour sa part, considère que la recherche en ce qui concerne les apprentissages et l'évaluation au primaire sont limitées et Boutin (2007) se questionne sur le changement effectif des pratiques considérant les vives critiques suscitées quant à l'implantation de l'approche par compétences dans les écoles québécoises. Cette recherche vise à apporter un éclairage quant aux façons de faire d'enseignants de la 6e année du primaire à toutes les étapes de la démarche d'évaluation en lecture, écriture et mathématique en les situant dans des perspectives nouvelles ou traditionnelles de l'évaluation et en observant si la fréquence des énoncés reliés aux façons de faire diffère selon les caractéristiques personnelles des enseignants. Suivant une méthodologie de type simultanée imbriquée, 55 enseignants ont rempli un questionnaire et 14 d'entre eux ont participé à des entrevues semi-dirigées. L’analyse des données montre que tout au long de la démarche d'évaluation, les façons de faire des enseignants varient, et ce, dans les trois matières: ils utilisent des façons de faire qui sont situées tantôt dans un continuum allant des perspectives traditionnelles aux perspectives nouvelles de l'évaluation comme dans la planification, la collecte de données, l'interprétation et la communication et tantôt dans les nouvelles perspectives de l'évaluation comme dans l'étape du jugement, et ce, selon leurs caractéristiques sociodémographiques. Nous avons ainsi pu catégoriser les enseignants selon le modèle de Schwartz, Bransford et Sears (2005) en distinguant ceux qui sont efficients de ceux qui ne le sont pas, même s'ils innovent. Afin d’améliorer les pratiques des enseignants à chaque étape de la démarche d’évaluation, nous pensons qu'il serait intéressant de valider un tableau synthèse inspiré de Scallon (2004) et l'OCDE (2005) afin de créer une métagrille pour analyser la pertinence et la cohérence des façons de faire des enseignants en cours de cycle dans une optique d’évaluation intégrée à l’apprentissage.

Dynamiques de constitution de la communauté antiautoritaire au Québec, 2000-2010

Cette thèse par articles porte sur le processus de constitution de la communauté de mouvement social antiautoritaire au Québec, entre 2000 et 2010. Partant du constat de l’évolution de cet acteur politique d’inspiration anarchiste dans la province au cours de cette période, la thèse interroge les facteurs qui ont favorisé sa construction progressive autour de composantes diversifiées. Telles qu’elles se révèlent au grand jour vers la fin de la décennie, les composantes de cette communauté de mouvement social sont en effet hétérogènes au regard des enjeux qui retiennent leur attention, mais convergent néanmoins dans l’adoption de positions politiques, de stratégies d’action et de modes organisationnels caractéristiques de la perspective antiautoritaire contemporaine. Bien que l’environnement politique général dans lequel intervient la communauté antiautoritaire au Québec ait influencer son développement, la thèse démontre que les dynamiques internes à cette communauté sont celles qui ont assuré la pérennité de cet acteur politique en favorisant l’intégration de la diversité qui s’est exprimée en son sein au cours de la période étudiée. Le fait d’appréhender le mouvement antiautoritaire sous l’angle conceptuel de la communauté de mouvement social permet ainsi d’aborder le développement de cet acteur politique dans la continuité, au-delà des seuls moments publics d’interaction avec les autorités. Ce faisant, cette approche met également en lumière les facteurs endogènes qui ont contribué à son développement. Dans la lignée des travaux sur les mouvements sociaux qui proposent une perspective théorique synthétique liant la considération des aspects structurels et culturels dans l’analyse, l’étude du processus de constitution de la communauté antiautoritaire au Québec fait ressortir le rôle des dimensions organisationnelles et identitaires dans ce phénomène. Cette thèse par articles contribue à cette perspective théorique par l’application de l’approche mécanistique dans l’étude des mouvements sociaux. Celle-ci met en relief, d’une part, l’interaction de ces dimensions organisationnelles et identitaires dans la constitution de la communauté antiautoritaire et documente, d’autre part, les dynamiques qui leur sont inhérentes. Le passage graduel du mouvement antiautoritaire vers la configuration de communauté de mouvement social a ainsi été marqué, d’une part, par un processus de constitution organisationnelle qui a interagi avec le processus de démarcation identitaire en cours au sein du mouvement. D’autre part, la communauté antiautoritaire a pu se développer entre 2000 et 2010 grâce à un processus de conciliation identitaire réalisé par le travail identitaire des militants et des militantes. Ces processus ont favorisé la construction d’une identité collective fondée sur la lutte contre la pluralité des formes d’oppression, exprimée à la fois dans le discours et dans les pratiques des acteurs de la communauté antiautoritaire au Québec. La démonstration analytique proposée dans cette thèse repose sur une approche méthodologique de recherche-action participative combinant observation participante, analyse d’entretiens et étude de sources documentaires. L’interprétation empirique de la communauté antiautoritaire est basée sur un projet réalisé conjointement avec le Collectif de recherche sur l’autonomie collective (CRAC) de l’Université Concordia, à Montréal.

Du dialogue entre pensée et poésie chez le second Heidegger

Le réveil de la question de l’Être fut le grand leitmotiv de la pensée de Martin Heidegger. Or cette question ne trouve pas la même formulation de Sein und Zeit jusqu’aux derniers écrits. En effet, si l’œuvre maîtresse du penseur prépare le terrain pour un questionnement sur le langage et la parole authentique, elle ne rattache pas explicitement la problématique de l’Être à celle de la poésie. À partir du milieu des années trente, un tournant se fera jour : la poésie deviendra un partenaire privilégié dans la mise en œuvre de la question de l’Être. Cette tendance de pensée se radicalisera dans les décennies ultérieures, où la compréhension du langage véritable comme poème deviendra de plus en plus centrale. À quoi tient ce rôle imparti au discours poétique dans l’œuvre de Heidegger? Quelle place occupe le dire poétique dans le cadre plus large d’une herméneutique philosophique tournée vers l’aspect langagier de toute existence? Comment comprendre le lien entre une pensée de l’Ereignis, du Quadriparti et de la fondation de l’Être à travers le dire du poète? Enfin, quels parallèles faut-il dresser entre les tâches respectives du penseur et du poète dans le contexte d’un dialogue authentique? Ces questions guideront notre parcours et traceront la voie d’une interprétation dont l’accent portera sur les thèmes privilégiés du dépassement du langage conceptuel de la philosophie, de la place déterminante du Sacré et de la responsabilité insigne du poète et du penseur dans le projet de la garde de l’Être. Notre objectif sera d’éclaircir le sens de ce recours à la poésie afin de mieux comprendre en quoi Heidegger a pu trouver dans un tel dialogue les ressources nécessaires qui alimenteront l’élan de son unique quête : une approche authentique du sens de l’Être, de son alètheia et de son topos. On sait l’importance de ce dialogue : estimant que la métaphysique s’était caractérisée par un « oubli de l’être » (Seinsvergessenheit), Heidegger juge qu’une autre pensée (das andere Denken) reste malgré tout possible, mais qu’elle aurait à se déployer en tant que dialogue entre pensée et poésie.

Le problème de Coulomb-Dunkl dans le plan

Ce mémoire, composé d'un article en collaboration avec Monsieur Luc Vinet et Vincent X. Genest, est la suite du travail effectué sur les systèmes quantiques super-intégrables définis par des Hamiltoniens de type Dunkl. Plus particulièrement, ce mémoire vise l'analyse du problème de Coulomb-Dunkl dans le plan qui est une généralisation du système quantique de l'atome d'hydrogène impliquant des opérateurs de réflexion sur les variables x et y. Le modèle est défini par un potentiel en 1/r. Nous avons tout d'abord remarqué que l'Hamiltonien est séparable en coordonnées polaires et que les fonctions d'onde s'écrivent en termes de produits de polynômes de Laguerre généralisés et des harmoniques de Dunkl sur le cercle. L'algèbre générée par les opérateurs de symétrie nous a également permis de confirmer le caractère maximalement super-intégrable du problème de Coulomb-Dunkl. Nous avons aussi pu écrire explicitement les représentations de cette même algèbre. Nous avons finalement trouvé le spectre de l'énergie de manière algébrique.

La description de la pratique interprofessionnelle centrée sur le patient au cours de la trajectoire de soins en oncologie

Les orientations ministérielles du Québec encouragent une pratique interprofessionnelle centrée sur le patient (ICP), au cours de la trajectoire de soins, pour soutenir les patients diagnostiqués d’un cancer. Cette pratique assure une meilleure communication entre les professionnels et la sécurité des patients, et améliore les soins et l'accès aux services (Santé Canada, 2010). Cependant, les études rapportent généralement les perceptions des professionnels en regard des soins et des services et informent sur les facteurs organisationnels, procéduraux et relationnels liés à cette pratique. Considérant l’importance de celle-ci, il semble nécessaire de la documenter selon les perceptions de patients, de proches et de professionnels dans un contexte réel de soins. L’étude avait pour but de décrire la pratique ICP au cours de la trajectoire de soins en oncologie. Pour soutenir cette description, l’adaptation du cadre de référence Person centred nursing framework (PCNF) de McCormack et McCance (2010) a été réalisée en incluant l’interprofessionnalité, telle que définie par Couturier (2009) et utilisée. Une étude qualitative de cas multiples a été réalisée auprès de deux équipes interprofessionnelles d’un centre hospitalier universitaire de la région de Montréal. L’échantillon (N=31) était composé de 8 patients, 3 proches, 18 professionnels et 2 gestionnaires. Vingt-huit entrevues ont été réalisées ainsi que 57,6 heures d’observation d’activités cliniques auxquelles participait le patient (ex., rendez-vous, traitement). Les résultats suggèrent que la pratique ICP des équipes est empreinte d’un dualisme de cultures (culture centrée sur le traitement versus culture davantage centrée sur le patient). De plus, les équipes étudiées ont présenté une pratique ICP fluctuante en raison de l’influence de nombreux facteurs tels le « fonctionnement de l’équipe », l’« environnement physique » et le « positionnement » des patients et des professionnels. Les résultats ont aussi suggéré que le déploiement des équipes de soins se fait à intensité variable au cours de la trajectoire. Il a été soulevé que les patients ont pu faire l’expérience d’une pratique ICP changeante, de bris dans la continuité des soins et de transition difficile entre les différentes périodes de la trajectoire. De plus, la description d’une pratique ICP souhaitée par les patients, leurs proches et les professionnels propose un accompagnement respectant le rythme du patient, sans prédominance des valeurs du professionnel ainsi qu’une assiduité dans la collaboration des membres de l’équipe. Cette étude suggère que les sciences infirmières peuvent ajouter aux connaissances interprofessionnelles actuelles en utilisant une perspective centrée sur le patient, perspective cohérente avec ses valeurs disciplinaires. De plus, de nombreuses pistes de réflexion sont proposées pour la pratique, la recherche, la gestion et la formation.

Développement local comme stratégie de lutte contre la pauvreté : le cas du Programme de développement de zone implanté par World Vision en Haïti

Ce mémoire est une étude sur le développement local comme stratégie de lutte contre la pauvreté en Haïti. C'est une étude de cas sur une stratégie qui a été implantée par la WVI dans plusieurs communautés pauvres en Haïti, le Programme de Développement de zone (PDZ). Nous avons cherché à savoir comment le PDZ a permis de mettre en place un projet de développement local de lutte contre la pauvreté dans ces communautés. Plus spécifiquement, nous avons analysé, à l'aide de la perspective de Klein et al. (2011), le type de stratégie de développement local auquel le PDZ correspond et vu comment il implique les communautés visées. En effet, plusieurs dimensions, dont la majorité proposée par Klein et al. ont été analysées : le transfert de la stratégie aux leaders locaux ; le processus de leadership local (individuel, organisationnel et socio-territorial) ; la mobilisation des ressources endogènes et exogène ; l'utilisation créative des programmes publics ; la gestion locale des conflits et apprentissage collectif ; et la construction d'une identité positive et d'un sentiment d'appartenance. Ce mémoire fait ressortir une critique souvent adressée à l'endroit des interventions des ONGI, à savoir que la situation de dépendance qu'elles engendrent compte tenu de l'approche assistentialiste sur laquelle elles sont souvent échafaudées. Particulièrement, l'étude du PDZ, nous renseigne que dans un contexte de grande pauvreté, de cumulation de désavantages (en termes de ressources humaines, économiques, politiques), ou d'obstacles objectifs, le développement par initiatives locales soulève des défis et enjeux majeurs. Les données montrent que la stratégie du PDZ __ bien qu'elle soit parvenue à développer un leadership local ; à favoriser une circulation limité de ressources économiques ; à permettre la construction d'une identité positive chez certaines personnes ; __ ne permet pas une mobilisation locale co-construite qui viendrait maintenir les actions mises de l'avant en faveur des priorités dégagées par les communautés elles-mêmes. Enfin, à travers l'analyse nous avons pu conclure qu'elle correspond à un modèle top-down.

Activité cérébrale reliée à la rétention des sons en mémoire à court-terme auditive

Une variété d’opérations cognitives dépend de la capacité de retenir de l’information auditive pour une courte période de temps. Notamment l’information auditive prend son sens avec le temps; la rétention d’un son disparu permet donc de mieux comprendre sa signification dans le contexte auditif et mène ultimement à une interaction réussite avec l’environnement. L’objectif de cette thèse était d’étudier l’activité cérébrale reliée à la rétention des sons et, ce faisant, parvenir à une meilleure compréhension des mécanismes de bas niveau de la mémoire à court-terme auditive. Trois études empiriques se sont penchées sur différents aspects de la rétention des sons. Le premier article avait pour but d’étudier les corrélats électrophysiologiques de la rétention des sons variant en timbre en utilisant la technique des potentiels reliés aux événements. Une composante fronto-centrale variant avec la charge mnésique a été ainsi révélée. Dans le deuxième article, le patron électro-oscillatoire de la rétention a été exploré. Cette étude a dévoilé une augmentation de l’amplitude variant avec la charge mnésique dans la bande alpha pendant la rétention des sons ainsi qu’une dissociation entre l’activité oscillatoire observée pendant la rétention et celle observée pendant la présentation des sons test. En démontrant des différentes modulations des amplitudes dans la bande alpha et la bande beta, cette étude a pu révéler des processus distincts mais interdépendants de la mémoire à court-terme auditive. Le troisième article a davantage visé à mieux connaître les structures cérébrales soutenant la rétention de sons. L’activité cérébrale a été mesurée avec la magnétoencéphalographie, et des localisations des sources ont été effectuées à partir de ces données. Les résultats ont dévoilé l’implication d’un réseau cérébral contenant des structures temporales, frontales, et pariétales qui était plus important dans l’hémisphère droit que dans l’hémisphère gauche. Les résultats des études empiriques ont permis de souligner l’aspect sensoriel de la mémoire à court-terme auditive et de montrer des similarités dans la rétention de différentes caractéristiques tonales. Dans leur ensemble, les études ont contribué à l’identification des processus neuronaux reliés à la rétention des sons en étudiant l’activité électromagnétique et l’implication des structures cérébrales correspondantes sur une échelle temporelle fine.

Le devoir syndical de représentation sous l'angle de la Charte des droits et libertés de la personne: le cas des clauses" orphelin"

En raison des présentes transformations du marché du travail, le mouvement syndical est à la recherche d’un nouvel équilibre. Dans ce contexte plutôt changeant, réorganisations et flexibilité se négocient en échange d’une protection accrue pour ceux qui demeurent en emploi. Si d’une part, ceci mène à une prolifération de nouvelles formes d’emploi atypiques et de disparités de traitement, d’autre part la constitutionnalisation du droit du travail change le rapport quant à l’universalisme syndical. Nous nous sommes alors interrogée sur les impacts que cela peut avoir sur le devoir syndical de représentation. Prenant cela en considération, nous avons voulu au cours de notre recherche faire la lumière tant sur certains impacts de la négociation de clauses de disparité de traitement dans les milieux de travail syndiqués que sur les défis contemporains du droit du travail et de l’emploi. Cette thèse propre au champ d’études que sont les relations industrielles se distingue des autres recherches dans le même domaine en se concentrant sur l’effet empirique de la mise en œuvre d’une norme, par l’étude de deux cas suggestifs. Plus précisément, notre thèse avait comme principal objectif de répondre à la question suivante : Quels sont les effets sur l’acteur (action) syndical du recours à la norme d’égalité, à la suite la négociation de clauses « orphelin »? Pour y parvenir, nous avons dû reconstituer comment les acteurs syndicaux s’étaient approprié l’espace ouvert par la constitutionnalisation du droit du travail. Nous avons utilisé une méthode qualitative, impliquant une revue de la littérature sociohistorique, théorique et juridique, une analyse de la jurisprudence existant à ce sujet et l’étude de deux cas portant sur la négociation d’une clause « orphelin » le tout représentant soixante entrevues semi-dirigées dans plusieurs casernes et palais de justice. Les connaissances acquises permettent au plan empirique une meilleure compréhension des interactions possibles entre acteurs, institutions et stratégies lors de la mise en œuvre de la norme d’égalité ainsi que des déterminants de l’action (ou de l’inaction) syndicale. Sur le plan pratique, nous espérons que notre thèse puisse guider toute personne ou tout groupe de personnes désirant mettre en œuvre des mesures égalitaires, tant pour éviter certains écueils reliés à ces actions ou réactions suscitées par la mise en œuvre du droit à l’égalité, que pour mesurer l’efficacité des actions entreprises. De surcroît, sur le plan théorique, nous croyons que de mettre à l’épreuve un modèle théorique recoupant stratégies et institutions permettra d’aborder les problèmes à la fois au niveau de l’acteur et au niveau structurel. Les résultats obtenus aident à comprendre en quoi et comment peut se construire l’action syndicale dans certains (2) cas de mise en œuvre de la norme d’égalité. Le choix de différentes stratégies ne peut pas être dissocié des différents contextes économiques, sociaux et juridiques, ni des capacités stratégiques des différents acteurs en cause. Les principales contraintes identifiées ont pu être imputées tant aux structures de l’association syndicale qu’aux différents univers normatifs mobilisés. Les sources de tensions vécues dans les milieux à l’étude ont été rattachées notamment aux perceptions d’injustice et à la méconnaissance des différentes normes juridiques. En conséquence, il faut conclure que pour les associations syndicales (sans se restreindre à celles à l’étude), la question d’iniquité pourrait avoir de graves conséquences et non seulement sur le devoir de représentation. Nous avons spécialement souligné la fragilisation de leurs assises, dans leurs deux pôles d’actions : d’acteur économique (faille dans la capacité d’action traditionnelle) et d’acteur politique (climat hostile au syndicalisme). Nous souhaitons que l’acteur syndical puisse mobiliser, à la lumière des résultats de notre recherche, des arguments concourant à repenser l’action syndicale, que nous croyons être plus pertinente que jamais. Nous croyons également que les différents acteurs du monde du travail pourraient s’approprier certaines de nos recommandations afin de favoriser une citoyenneté au travail plus inclusive.

L'accélération de la rigidité vasculaire associée au diabète de type 1 : implication de la protéine Gla de la matrice

L'hypertension systolique isolée (HSI), amenée par une augmentation de la rigidité vasculaire, est la forme d'hypertension la plus fréquente chez les personnes âgées de plus de 60 ans. L'augmentation de la rigidité vasculaire, causée en partie par la calcification aortique médiale, est accélérée de 15 ans chez les diabétiques. Il est suggéré que la calcification aortique serait responsable de la résistance aux agents antihypertenseurs chez les patients souffrant d'HSI, d'où la nécessité de développer de nouvelles stratégies thérapeutiques ciblant la calcification artérielle. La protéine Gla de la matrice (MGP) est une protéine anti-calcifiante dépendante de la vitamine K, qui doit être γ-carboxylée pour être active. Deux enzymes sont responsables de la γ-carboxylation, soit la γ-glutamyl-carboxylase et la vitamine K époxyde réductase (VKOR). Plusieurs études récentes ont indiqué que la calcification vasculaire semblait être associée à une réduction de la γ-carboxylation de la MGP, et à un déficit en vitamine K. La modulation de l'expression et/ou de l'activité de la γ-carboxylase et de la VKOR et l'impact de cette modulation sur la γ-carboxylation de la MGP en présence de diabète n'est pas connue. L'objectif principal de cette thèse était de déterminer les mécanismes impliqués dans l'accélération de la rigidité artérielle causée par la calcification des gros troncs artériels dans le diabète. Nous avons ainsi confirmé, dans un modèle animal de rigidité artérielle en présence de diabète de type 1, que la γ-carboxylation de la MGP était bel et bien altérée au niveau aortique. En fait, nous avons démontré que la quantité de MGP active (i.e. MGP γ-carboxylée, cMGP) au sein de la paroi vasculaire est diminuée significativement. Parallèlement, l'expression de la γ-carboxylase était diminuée de façon importante, alors que ni l'expression ni l'activité de la VKOR n'étaient modifiées. La diminution de l'expression de la γ-carboxylase a pu être reproduite dans un modèle ex vivo d'hyperglycémie. À l'aide de ce modèle, nous avons démontré que la supplémentation en vitamine K dans le milieu de culture prévenait la diminution de l'expression de la γ-carboxylase, alors que les animaux diabétiques de notre modèle in vivo avaient des concentrations plasmatiques de vitamine K pratiquement triplées. D'autre part, l'étude des voies de signalisation impliquées a révélé que la voie PKCβ pourrait être responsable de l'altération de la γ-carboxylase. Ces résultats génèrent de nouvelles pistes de réflexion et de nouvelles idées de recherche. Par exemple, il serait important de vérifier l'effet de la supplémentation en vitamine K dans le modèle animal de rigidité artérielle en présence de diabète pour évaluer l'effet sur la γ-carboxylation de la MGP et par le fait même, sur la calcification vasculaire. De plus, l'évaluation de l'effet de l'administration de molécules ciblant la voie PKC chez ce même modèle animal permettrait de déterminer leur impact sur le développement de la calcification vasculaire et d'évaluer leur potentiel thérapeutique. Selon les résultats de ces études, de nouvelles options pourraient alors être à notre disposition pour prévenir ou traiter la calcification artérielle médiale associée au diabète, ce qui aurait pour effet de ralentir le développement de la rigidité artérielle et d'ainsi diminuer le risque cardiovasculaire associé à l'HSI.

Searching for novel gene functions in yeast : identification of thousands of novel molecular interactions by protein-fragment complementation assay followed by automated gene function prediction and high-throughput lipidomics

La compréhension de processus biologiques complexes requiert des approches expérimentales et informatiques sophistiquées. Les récents progrès dans le domaine des stratégies génomiques fonctionnelles mettent dorénavant à notre disposition de puissants outils de collecte de données sur l’interconnectivité des gènes, des protéines et des petites molécules, dans le but d’étudier les principes organisationnels de leurs réseaux cellulaires. L’intégration de ces connaissances au sein d’un cadre de référence en biologie systémique permettrait la prédiction de nouvelles fonctions de gènes qui demeurent non caractérisées à ce jour. Afin de réaliser de telles prédictions à l’échelle génomique chez la levure Saccharomyces cerevisiae, nous avons développé une stratégie innovatrice qui combine le criblage interactomique à haut débit des interactions protéines-protéines, la prédiction de la fonction des gènes in silico ainsi que la validation de ces prédictions avec la lipidomique à haut débit. D’abord, nous avons exécuté un dépistage à grande échelle des interactions protéines-protéines à l’aide de la complémentation de fragments protéiques. Cette méthode a permis de déceler des interactions in vivo entre les protéines exprimées par leurs promoteurs naturels. De plus, aucun biais lié aux interactions des membranes n’a pu être mis en évidence avec cette méthode, comparativement aux autres techniques existantes qui décèlent les interactions protéines-protéines. Conséquemment, nous avons découvert plusieurs nouvelles interactions et nous avons augmenté la couverture d’un interactome d’homéostasie lipidique dont la compréhension demeure encore incomplète à ce jour. Par la suite, nous avons appliqué un algorithme d’apprentissage afin d’identifier huit gènes non caractérisés ayant un rôle potentiel dans le métabolisme des lipides. Finalement, nous avons étudié si ces gènes et un groupe de régulateurs transcriptionnels distincts, non préalablement impliqués avec les lipides, avaient un rôle dans l’homéostasie des lipides. Dans ce but, nous avons analysé les lipidomes des délétions mutantes de gènes sélectionnés. Afin d’examiner une grande quantité de souches, nous avons développé une plateforme à haut débit pour le criblage lipidomique à contenu élevé des bibliothèques de levures mutantes. Cette plateforme consiste en la spectrométrie de masse à haute resolution Orbitrap et en un cadre de traitement des données dédié et supportant le phénotypage des lipides de centaines de mutations de Saccharomyces cerevisiae. Les méthodes expérimentales en lipidomiques ont confirmé les prédictions fonctionnelles en démontrant certaines différences au sein des phénotypes métaboliques lipidiques des délétions mutantes ayant une absence des gènes YBR141C et YJR015W, connus pour leur implication dans le métabolisme des lipides. Une altération du phénotype lipidique a également été observé pour une délétion mutante du facteur de transcription KAR4 qui n’avait pas été auparavant lié au métabolisme lipidique. Tous ces résultats démontrent qu’un processus qui intègre l’acquisition de nouvelles interactions moléculaires, la prédiction informatique des fonctions des gènes et une plateforme lipidomique innovatrice à haut débit , constitue un ajout important aux méthodologies existantes en biologie systémique. Les développements en méthodologies génomiques fonctionnelles et en technologies lipidomiques fournissent donc de nouveaux moyens pour étudier les réseaux biologiques des eucaryotes supérieurs, incluant les mammifères. Par conséquent, le stratégie présenté ici détient un potentiel d’application au sein d’organismes plus complexes.

Molecular characterization of the contribution of autophagy to antigen presentation using quantitative proteomics

L’autophagie est une voie hautement conservée de dégradation lysosomale des constituants cellulaires qui est essentiel à l’homéostasie cellulaire et contribue à l’apprêtement et à la présentation des antigènes. Les rôles relativement récents de l'autophagie dans l'immunité innée et acquise sous-tendent de nouveaux paradigmes immunologiques pouvant faciliter le développement de nouvelles thérapies où la dérégulation de l’autophagie est associée à des maladies auto-immunes. Cependant, l'étude in vivo de la réponse autophagique est difficile en raison du nombre limité de méthodes d'analyse pouvant fournir une définition dynamique des protéines clés impliquées dans cette voie. En conséquence, nous avons développé un programme de recherche en protéomique intégrée afin d’identifier et de quantifier les proteines associées à l'autophagie et de déterminer les mécanismes moléculaires régissant les fonctions de l’autophagosome dans la présentation antigénique en utilisant une approche de biologie des systèmes. Pour étudier comment l'autophagie et la présentation antigénique sont activement régulés dans les macrophages, nous avons d'abord procédé à une étude protéomique à grande échelle sous différentes conditions connues pour stimuler l'autophagie, tels l’activation par les cytokines et l’infection virale. La cytokine tumor necrosis factor-alpha (TNF-alpha) est l'une des principales cytokines pro-inflammatoires qui intervient dans les réactions locales et systémiques afin de développer une réponse immune adaptative. La protéomique quantitative d'extraits membranaires de macrophages contrôles et stimulés avec le TNF-alpha a révélé que l'activation des macrophages a entrainé la dégradation de protéines mitochondriales et des changements d’abondance de plusieurs protéines impliquées dans le trafic vésiculaire et la réponse immunitaire. Nous avons constaté que la dégradation des protéines mitochondriales était sous le contrôle de la voie ATG5, et était spécifique au TNF-alpha. En outre, l’utilisation d’un nouveau système de présentation antigènique, nous a permi de constater que l'induction de la mitophagie par le TNF-alpha a entrainée l’apprêtement et la présentation d’antigènes mitochondriaux par des molécules du CMH de classe I, contribuant ainsi la variation du répertoire immunopeptidomique à la surface cellulaire. Ces résultats mettent en évidence un rôle insoupçonné du TNF-alpha dans la mitophagie et permet une meilleure compréhension des mécanismes responsables de la présentation d’auto-antigènes par les molécules du CMH de classe I. Une interaction complexe existe également entre infection virale et l'autophagie. Récemment, notre laboratoire a fourni une première preuve suggérant que la macroautophagie peut contribuer à la présentation de protéines virales par les molécules du CMH de classe I lors de l’infection virale par l'herpès simplex virus de type 1 (HSV-1). Le virus HSV1 fait parti des virus humains les plus complexes et les plus répandues. Bien que la composition des particules virales a été étudiée précédemment, on connaît moins bien l'expression de l'ensemble du protéome viral lors de l’infection des cellules hôtes. Afin de caractériser les changements dynamiques de l’expression des protéines virales lors de l’infection, nous avons analysé par LC-MS/MS le protéome du HSV1 dans les macrophages infectés. Ces analyses nous ont permis d’identifier un total de 67 protéines virales structurales et non structurales (82% du protéome HSV1) en utilisant le spectromètre de masse LTQ-Orbitrap. Nous avons également identifié 90 nouveaux sites de phosphorylation et de dix nouveaux sites d’ubiquitylation sur différentes protéines virales. Suite à l’ubiquitylation, les protéines virales peuvent se localiser au noyau ou participer à des événements de fusion avec la membrane nucléaire, suggérant ainsi que cette modification pourrait influer le trafic vésiculaire des protéines virales. Le traitement avec des inhibiteurs de la réplication de l'ADN induit des changements sur l'abondance et la modification des protéines virales, mettant en évidence l'interdépendance des protéines virales au cours du cycle de vie du virus. Compte tenu de l'importance de la dynamique d'expression, de l’ubiquitylation et la phosphorylation sur la fonction des proteines virales, ces résultats ouvriront la voie vers de nouvelles études sur la biologie des virus de l'herpès. Fait intéressant, l'infection HSV1 dans les macrophages déclenche une nouvelle forme d'autophagie qui diffère remarquablement de la macroautophagie. Ce processus, appelé autophagie associée à l’enveloppe nucléaire (nuclear envelope derived autophagy, NEDA), conduit à la formation de vésicules membranaires contenant 4 couches lipidiques provenant de l'enveloppe nucléaire où on retrouve une grande proportion de certaines protéines virales, telle la glycoprotéine B. Les mécanismes régissant NEDA et leur importance lors de l’infection virale sont encore méconnus. En utilisant un essai de présentation antigénique, nous avons pu montrer que la voie NEDA est indépendante d’ATG5 et participe à l’apprêtement et la présentation d’antigènes viraux par le CMH de classe I. Pour comprendre l'implication de NEDA dans la présentation des antigènes, il est essentiel de caractériser le protéome des autophagosomes isolés à partir de macrophages infectés par HSV1. Aussi, nous avons développé une nouvelle approche de fractionnement basé sur l’isolation de lysosomes chargés de billes de latex, nous permettant ainsi d’obtenir des extraits cellulaires enrichis en autophagosomes. Le transfert des antigènes HSV1 dans les autophagosomes a été determine par protéomique quantitative. Les protéines provenant de l’enveloppe nucléaire ont été préférentiellement transférées dans les autophagosome lors de l'infection des macrophages par le HSV1. Les analyses protéomiques d’autophagosomes impliquant NEDA ou la macroautophagie ont permis de decouvrir des mécanismes jouant un rôle clé dans l’immunodominance de la glycoprotéine B lors de l'infection HSV1. Ces analyses ont également révélées que diverses voies autophagiques peuvent être induites pour favoriser la capture sélective de protéines virales, façonnant de façon dynamique la nature de la réponse immunitaire lors d'une infection. En conclusion, l'application des méthodes de protéomique quantitative a joué un rôle clé dans l'identification et la quantification des protéines ayant des rôles importants dans la régulation de l'autophagie chez les macrophages, et nous a permis d'identifier les changements qui se produisent lors de la formation des autophagosomes lors de maladies inflammatoires ou d’infection virale. En outre, notre approche de biologie des systèmes, qui combine la protéomique quantitative basée sur la spectrométrie de masse avec des essais fonctionnels tels la présentation antigénique, nous a permis d’acquérir de nouvelles connaissances sur les mécanismes moléculaires régissant les fonctions de l'autophagie lors de la présentation antigénique. Une meilleure compréhension de ces mécanismes permettra de réduire les effets nuisibles de l'immunodominance suite à l'infection virale ou lors du développement du cancer en mettant en place une réponse immunitaire appropriée.

Au carrefour de l’intégration socio-professionnelle : perspectives et questionnements de personnes vivant avec des problèmes de santé mentale

Ce travail de mémoire porte sur le processus d’insertion sociale et économique des personnes vivant des problèmes de santé mentale. Le travail est devenu un important véhicule d’intégration sociale. En effet, on prétend que la pratique d’un métier serait pour les personnes souffrant de problèmes de santé un outil de rétablissement et de mieux-être, car elle permet de réduire les symptômes et l’incidence des hospitalisations. Le travail permet, également, d’augmenter les interactions sociales et de contribuer activement à la société. Il existe, toutefois, d’autres véhicules d’intégration qui semblent, sous certains angles, apporter les mêmes avantages. Les activités bénévoles améliorent la qualité de vie, favorisent les interactions sociales et donnent, à l’individu, l’occasion de contribuer à sa communauté. Par ailleurs, le retrait social peut être un moyen de s’éloigner des pressions sociales et de s’accorder une pause bénéfique. On soutient que les personnes ayant un problème de santé mentale qui ont une lecture positive de leur situation de marginalité tendent à être moins hospitalisées. S’appuyant sur une démarche qualitative, ce travail de recherche a tenté de cerner les perspectives, les questionnements et les perceptions des personnes ayant un trouble mental à l’égard d’un processus d’intégration socioprofessionnelle, de participation sociale et de retrait social. Des entrevues semi-dirigées ont été menées auprès de onze personnes, et grâce à ces entretiens, un portrait au regard de leurs parcours social et professionnel a pu être brossé. Les entretiens ont permis d’explorer l’impact des problèmes de santé mentale sur leur réalité et sur leur identité, leurs représentations du marché de l’emploi et les motifs qui justifient le choix de s’engager ou de renoncer à un processus d’intégration socioprofessionnelle. Les résultats de cette recherche ont permis d'identifier cinq facteurs qui peuvent influencer la décision des personnes qui sont le rapport à l'environnement social, l'identité, le rapport aux institutions de l'État, les discours de légitimation et les perspectives d'avenir. Les résultats démontrent que l'on ne peut isoler les notions de vulnérabilité, d'autonomie, de bien-être ou de stabilité dans une phase spécifique. La vulnérabilité, l'autonomie, le bien-être et la stabilité sont des états que l’on peut vivre en situation de retrait social, de participation sociale et d’intégration socioprofessionnelle. Selon les circonstances et l’état émotif, ils peuvent être des modes adaptés ou inadaptés.

Assemblage moléculaire régi par la formation de bifluorènes : vers la formation de réseaux organiques covalents retenus par des liaisons carbone-carbone

Les réseaux organiques covalents (COFs) sont des réseaux bidimensionnels et tridimensionnels assemblés seulement par des atomes légers, c’est-à-dire de la première et deuxième rangée du tableau périodique. Ceux-ci ont montré des propriétés de porosité pouvant être exploitées dans le stockage, dans la catalyse et dans la séparation moléculaire. La plupart de ces matériaux ont été obtenus par une réaction finale de condensation, ce qui nuit à leurs cristallisations, donc à l’homogénéité et à la caractérisation détaillée de ces matériaux. Les p-xylylènes de Thiele et Tschitschibabin sont des molécules qui ont suscité l’intérêt pour leurs structures et leurs propriétés magnétiques. Subséquemment, Wittig a démontré que le remplacement des fragments diphénylméthylène par des fragments fluorénylidène sur le p-xylylène de Thiele donne des molécules pouvant s’oligomériser pour former un tétramère. Dans notre étude, nous avons examiné l’assemblage de dérivés fluorénylidène dans le but d’obtenir un COF. Tout d’abord, un dérivé linéaire similaire à ce que Wittig a obtenu a été synthétisé afin de vérifier l’assemblage à partir d’un cœur spirobifluorényle. Ces molécules se sont assemblées en tétramère, comme prévu, et en hexamère. Ces deux résultats ont pu être rationalisés par une étude à l’état solide par diffraction des rayons-X. L’empilement tridimensionnel a également été étudié pour ces deux molécules. Subséquemment, des dérivés tétraédriques ont été synthétisés afin d’étudier leurs assemblages. Un premier dérivé est resté sous sa forme quinoïdale et ne s’est pas assemblé, alors qu’un second dérivé a mené à un dimère partiellement assemblé. La structure de ce dernier suggère la formation d’un polymère linéaire pour ce composé dans le cas où il aurait été possible de l’assembler complètement.