Transition nutritionnelle et double fardeau de la malnutrition chez des adultes de Ouagadougou au Burkina Faso (Afrique de l’Ouest)

Cette étude s’inscrit dans le cadre du projet « Pôle francophone africain sur le Double Fardeau Nutritionnel » (DFN) du laboratoire TRANSNUT, centre collaborateur OMS sur la transition nutritionnelle du Département de Nutrition de l’Université de Montréal, en collaboration avec ses partenaires au Burkina Faso, à savoir l’Institut de Recherche en Sciences de la Santé (IRSS) et l’Institut Supérieur des Sciences de la Population (ISSP). Elle est l’une des premières à s’intéresser au double fardeau de la malnutrition en Afrique francophone. Cette étude avait pour objectif de démontrer l’existence du double fardeau de la malnutrition parmi les adultes de Ouagadougou au Burkina Faso, d’en donner l’ampleur et d’identifier ses liens avec les facteurs du mode de vie. Plus spécifiquement, elle visait à décrire les carences nutritionnelles, les facteurs de risque cardiométabolique (FRCM), et la typologie du double fardeau de la malnutrition; examiner les caractéristiques du mode de vie des adultes et leurs liens avec le double fardeau de la malnutrition selon les conditions économique, et enfin d’examiner l’association entre inflammation subclinique, les carences nutritionnelles et les FRCM selon les facteurs du mode de vie. Ces objectifs faisaient suite à nos principales hypothèses qui stipulaient que : parmi les adultes de Ouagadougou, le phénotype de double fardeau de la malnutrition le plus fréquemment observé est l’association de surpoids/obésité avec une ou plusieurs carences nutritionnelles, surtout chez les femmes, puis qu’une alimentation de piètre qualité, en lien avec de mauvaises conditions socioéconomiques et de vie est associée tant aux FRCM qu’aux carences nutritionnelles, contribuant ainsi au double fardeau de malnutrition, et enfin qu’un état d’inflammation subclinique joue un rôle de médiateur entre le mode de vie et aussi bien les carences nutritionnelles que les FRCM. Afin de répondre à ces objectifs, une étude transversale descriptive et analytique a été conduite auprès d’un échantillon aléatoire de 330 adultes âgés de 25 à 60 ans recrutés au sein de l’Observatoire de Population de Ouagadougou, situé à la partie nord de la ville. Cet échantillon a été subdivisé en terciles du score de possessions matérielles, proxy du statut socioéconomique, avec 110 personnes respectivement dans chaque strate de niveau socioéconomique bas, moyen et élevé. Chaque participant a fourni des données sociodémographiques, anthropométriques, cliniques et comportementales; il a aussi fourni un échantillon de sang. Les principales variables de l’étude étaient les suivantes : l’âge, les conditions socioéconomiques (insécurité alimentaire, éducation et proxy du revenu), le mode de vie (les apports alimentaires et la qualité de l’alimentation, l’activité physique, la consommation d’alcool et de tabac, la perception de l’image corporelle, le stress psychosocial); l’inflammation subclinique; les FRCM [surpoids/obésité, tension artérielle élevée (TAE) ou hypertension artérielle (HTA), hyperglycémie, dyslipidémie et insulino-résistance]; les carences nutritionnelles (maigreur, anémie, carence en fer et en vitamine A). Des phénotypes de double fardeau de la malnutrition ont été identifiés en combinant FRCM et carences nutritionnelles. Les résultats ont montré une prévalence élevée de surpoids/obésité, d’obésité abdominale, d’hypertension artérielle, d’hyperglycémie, de résistance à l’insuline et du taux de lipoprotéine de haute densité (HDL-C) bas, respectivement de 24,2 %, 12,5 %, 21,9 %, 22,3 %, 25,1 % et 30,0 %. En utilisant les seuils plus sensibles de la Fédération Internationale du Diabète (FID), l’obésité abdominale, la tension artérielle élevée (TAE), l’hyperglycémie était respectivement de 23,5 %; 36,1 % et 34,5 %. Des carences nutritionnelles étaient également présentes, l’anémie, la carence en fer et en vitamine A, ainsi que la maigreur atteignant respectivement 25,5 %, 15,4 %, 12,7 % et 9,7 % de la population étudiée. Les femmes étaient significativement plus touchées que les hommes autant par les FRCM que par les carences nutritionnelles. Le double fardeau de la malnutrition touchait 23,5 % des personnes et même 25,8 % avec les seuils de la FID pour l’obésité abdominale, la TAE, et l’hyperglycémie. Les deux principaux phénotypes observés étaient : l’association de « surpoids/obésité avec au moins une carence en micronutriment », touchant 7,8 % (11,8 % ♀ vs. 3,4 % ♂) des personnes et l’association d’au moins un FRCM autre que le surpoids/obésité avec au moins une carence en micronutriment, qui touchait 9.0 % (12,4 % ♀ vs. 5,4 % ♂) des personnes. La prévalence de ces phénotypes était plus élevée en utilisant les seuils de la FID plutôt que les seuils de l’OMS. Près de 72,9 % des personnes ou 81,2 % (seuils de la FID) avaient au moins un FRCM. Nous avons identifié à partir de l’analyse typologique, deux schémas alimentaires; « urbain » et « traditionnel », dans cette étude. Les carences nutritionnelles étaient davantage associées au schéma alimentaire « traditionnel », alors que les FRCM se retrouvaient dans les deux schémas alimentaires. Le schéma « urbain » regroupait significativement plus d’hommes et de personnes de niveau socioéconomique élevé, alors que les personnes de niveau socioéconomique bas et les femmes étaient proportionnellement plus nombreuses dans le schéma « traditionnel ». Le temps dévolu aux activités sédentaires était significativement plus important que celui consacré aux activités d’intensité modérée à vigoureuse. L’activité physique était inversement associée à l’indice de masse corporelle (IMC), au tour de taille (TT), à la masse grasse corporelle, à la tension artérielle systolique (TAS) et diastolique (TAD), à la triglycéridémie et au taux de lipoprotéine de faible densité (LDL-C). L’IMC et le TT augmentaient en outre avec le temps de sédentarité. Ainsi, le double fardeau de malnutrition était associé au statut socioéconomique bas, au sexe féminin et à la sédentarité. Nous avons aussi trouvé que 39,4 % des personnes avaient une inflammation subclinique qui était associée de façon indépendante et positive à la ferritinémie, à l’IMC, au TT et à la masse grasse corporelle, et négativement au HDL-C. L’exploration du stress psychosocial et de l’image corporelle a révélé une association entre le stress psychosocial, l’HTA et une perception positive de l’embonpoint. Les personnes ayant peut-être accusé un retard de croissance à l’enfance (d’après l’indice de Cormic) étaient significativement plus touchées par le surpoids/obésité, l’obésité abdominale et la résistance à l’insuline. Ces résultats nous ont permis d’atteindre nos objectifs, mais aussi de vérifier nos hypothèses de recherche. Comme on peut le constater, les FRCM sont une réalité à Ouagadougou, qui se compliquent par leur coexistence avec des carences en micronutriments dont la prévalence est tout aussi importante. Une transition nutritionnelle est en cours dans cette ville et contribue au bouleversement des comportements alimentaires et du style de vie favorisant l’émergence de ce double fardeau, dans un contexte où le passé nutritionnel de la population offre des conditions idéales pour un niveau de risque particulièrement élevé pour ces FRCM. Cependant, l’évolution de cette prévalence pourrait être inversée ou tout au moins ralentie si des actions étaient entreprises dès maintenant.

Encore sexy au cinéma? De la série au film : étude médiatique de la réception de Sex and the City

Après le succès mondial de la série télévisée prolongé par les films, la franchise Sex and the City est devenue un phénomène de masse. Sujet de plusieurs études académiques qui mettent en évidence l’importance du post-féminisme pour le succès de la franchise, Sex and the City se distingue par la relation particulière qui s’instaure entre les spectateurs et les personnages, et qui est l’objet de la présente étude : relation qui passe par la représentation des thèmes et du quotidien féminins et surtout par la construction des personnages, principalement du personnage principal Carrie Bradshaw. De plus, elle est renforcée par des stratégies médiatiques utilisées pour rapprocher le public féminin à partir des processus de reconnaissance et d’identification qui dirigent la réception de masse.

Polyamides and polyesters made of bile acids in the main chain

La préparation de polymères à base d’acides biliaires, molécules biologiques, a attiré l'attention des chercheurs en raison des applications potentielles dans les domaines biomédicaux et pharmaceutiques. L’objectif de ce travail est de synthétiser de nouveaux biopolymères dont la chaîne principale est constituée d’unités d’acides biliaires. La polymérisation par étapes a été adoptée dans ce projet afin de préparer les deux principales classes de polymères utilisés en fibres textiles: les polyamides et les polyesters. Des monomères hétéro-fonctionnels à base d’acides biliaires ont été synthétisés et utilisés afin de surmonter le déséquilibre stoechiométrique lors de la polymérisation par étapes. Le dérivé de l’acide lithocholique modifié par une fonction amine et un groupement carboxylique protégé a été polymérisé en masse à températures élevées. Les polyamides obtenus sont très peu solubles dans les solvants organiques. Des polyamides et des polyesters solubles en milieu organique ont pu être obtenus dans des conditions modérées en utilisant l’acide cholique modifié par des groupements azide et alcyne. La polymérisation a été réalisée par cycloaddition azoture-alcyne catalysée par l'intermédiaire du cuivre(Ι) avec deux systèmes catalytiques différents, le bromure de cuivre(I) et le sulfate de cuivre(II). Seul le bromure de cuivre(Ι) s’est avéré être un catalyseur efficace pour le système, permettant la préparation des polymères avec un degré de polymérisation égale à 50 et une distribution monomodale de masse moléculaire (PDI ˂ 1.7). Les polymères synthétisés à base d'acide cholique sont thermiquement stables (307 °C ≤ Td ≤ 372 °C) avec des températures de transition vitreuse élevées (137 °C ≤ Tg ≤ 167 °C) et modules de Young au-dessus de 280 MPa, dépendamment de la nature chimique du lien.

Detection and quantification of staphylococcus aureus enterotoxin B in food product using isotopic dilution techniques and mass spectrometry

L’entérotoxine B staphylococcique (SEB) est une toxine entérique hautement résistante à la chaleur et est responsable de plus de 50 % des cas d’intoxication d’origine alimentaire par une entérotoxine. L’objectif principal de ce projet de maîtrise est de développer et valider une méthode basée sur des nouvelles stratégies analytiques permettant la détection et la quantification de SEB dans les matrices alimentaires. Une carte de peptides tryptiques a été produite et 3 peptides tryptiques spécifiques ont été sélectionnés pour servir de peptides témoins à partir des 9 fragments protéolytiques identifiés (couverture de 35 % de la séquence). L’anhydride acétique et la forme deutérée furent utilisés afin de synthétiser des peptides standards marqués avec un isotope léger et lourd. La combinaison de mélanges des deux isotopes à des concentrations molaires différentes fut utilisée afin d’établir la linéarité et les résultats ont démontré que les mesures faites par dilution isotopique combinée au CL-SM/SM respectaient les critères généralement reconnus d’épreuves biologiques avec des valeurs de pente près de 1, des valeurs de R2 supérieure à 0,98 et des coefficients de variation (CV%) inférieurs à 8 %. La précision et l’exactitude de la méthode ont été évaluées à l’aide d’échantillons d’homogénat de viande de poulet dans lesquels SEB a été introduite. SEB a été enrichie à 0,2, 1 et 2 pmol/g. Les résultats analytiques révèlent que la méthode procure une plage d’exactitude de 84,9 à 91,1 %. Dans l’ensemble, les résultats présentés dans ce mémoire démontrent que les méthodes protéomiques peuvent être utilisées efficacement pour détecter et quantifier SEB dans les matrices alimentaires. Mots clés : spectrométrie de masse; marquage isotopique; protéomique quantitative; entérotoxines

Pour boire il faut vendre : les publicités de bière au Québec dans les années 1920 et 1950

Ce mémoire s’intéresse aux campagnes publicitaires de bière diffusées dans divers journaux et magazines dans les années 1920 et 1950 au Québec, deux périodes d’après-guerre marquées par la prospérité économique et le développement de la consommation de masse. Cette étude comparative vise à faire ressortir l’évolution dans les représentations de la bière et les stratégies utilisées par les publicitaires pour la mettre en valeur afin de la rendre plus légitime dans la société. En plus de dégager les différents discours utilisés par les publicitaires pour mieux vendre ce produit, nous montrons que les thèmes et stratégies retenus sont directement influencés par les valeurs, les idées, les normes et le contexte législatif de la société québécoise pour chaque période étudiée. Nous soutenons d’ailleurs l’hypothèse selon laquelle le genre, mais plus particulièrement le discours dominant sur la masculinité, a fortement influencé la construction des campagnes publicitaires lors des deux périodes étudiées; la culture de l’alcool, mais plus particulièrement celle de la bière, est un bastion masculin qui tend à résister à l’intégration des femmes et de la féminité.

Recherche d'un neutrino lourd avec le détecteur ATLAS au LHC

Ce mémoire de maîtrise a pour objet une recherche de leptons lourds de quatrième génération avec les données prises par le détecteur ATLAS au LHC dans les collisions pp à $\sqrt{s}$ = 7 TeV et avec une luminosité intégrée de 1.02 fb$^{-1}$. Le processus étudié est la production au singulet de leptons lourds neutres de quatrième génération (N) par la voie du courant chargé suivi de la désintégration du celui-ci en un électron et un boson W : $ pp \to W \to N e \to e W e \to e e \nu_{\ell} \ell $ ($\ell$ = $e$ ou $\mu$), et dépend d'un paramètre de mélange $\xi^{2}$ avec un lepton léger. L'analyse passe par plusieurs étapes, soit l'utilisation de FeynRules pour construire le modèle pour ensuite générer des événements par MadGraph 5.1.2.4. Comme hypothèse de référence, on a choisi une masse de 100 GeV pour le lepton lourd neutre et $\xi_{Ne}^2$ = 0.19, donnant une section efficace de 0.312 pb pour une énergie au centre de masse de 7 TeV. Puisque la génération du signal s'est faite de manière privée à Montréal et non par la collaboration ATLAS, les résultats ne peuvent pas être reconnus officiellement. Sur la base de la simulation, avec des données correspondant à 1 fb$^{-1}$, la limite supérieure attendue à un niveau de confiance de $95\%$ sur la section efficace du signal est de 0.145 pb avec 0.294 pb pour un écart type($\sigma$) et 0.519 pb pour 2$\sigma$. La limite supérieure attendue à un niveau de confiance de $95\%$ sur $\xi_{Ne}^{2}$ de 0.09 pour une masse de 100 GeV.

Étude numérique des origines hémodynamiques des oscillations dans des réseaux de capillaires

En simulant l’écoulement du sang dans un réseau de capillaires (en l’absence de contrôle biologique), il est possible d’observer la présence d’oscillations de certains paramètres comme le débit volumique, la pression et l’hématocrite (volume des globules rouges par rapport au volume du sang total). Ce comportement semble être en concordance avec certaines expériences in vivo. Malgré cet accord, il faut se demander si les fluctuations observées lors des simulations de l’écoulement sont physiques, numériques ou un artefact de modèles irréalistes puisqu’il existe toujours des différences entre des modélisations et des expériences in vivo. Pour répondre à cette question de façon satisfaisante, nous étudierons et analyserons l’écoulement du sang ainsi que la nature des oscillations observées dans quelques réseaux de capillaires utilisant un modèle convectif et un modèle moyenné pour décrire les équations de conservation de masse des globules rouges. Ces modèles tiennent compte de deux effets rhéologiques importants : l’effet Fåhraeus-Lindqvist décrivant la viscosité apparente dans un vaisseau et l’effet de séparation de phase schématisant la distribution des globules rouges aux points de bifurcation. Pour décrire ce dernier effet, deux lois de séparation de phase (les lois de Pries et al. et de Fenton et al.) seront étudiées et comparées. Dans ce mémoire, nous présenterons une description du problème physiologique (rhéologie du sang). Nous montrerons les modèles mathématiques employés (moyenné et convectif) ainsi que les lois de séparation de phase (Pries et al. et Fenton et al.) accompagnés d’une analyse des schémas numériques implémentés. Pour le modèle moyenné, nous employons le schéma numérique explicite traditionnel d’Euler ainsi qu’un nouveau schéma implicite qui permet de résoudre ce problème d’une manière efficace. Ceci est fait en utilisant une méthode de Newton- Krylov avec gradient conjugué préconditionné et la méthode de GMRES pour les itérations intérieures ainsi qu’une méthode quasi-Newton (la méthode de Broyden). Cette méthode inclura le schéma implicite d’Euler et la méthode des trapèzes. Pour le schéma convectif, la méthode explicite de Kiani et al. sera implémentée ainsi qu’une nouvelle approche implicite. La stabilité des deux modèles sera également explorée. À l’aide de trois différentes topologies, nous comparerons les résultats de ces deux modèles mathématiques ainsi que les lois de séparation de phase afin de déterminer dans quelle mesure les oscillations observées peuvent être attribuables au choix des modèles mathématiques ou au choix des méthodes numériques.

Détection et caractérisation de naines brunes et exoplanètes avec un filtre accordable pour applications dans l'espace

Cette thèse porte sur la capacité à détecter des compagnons de faible intensité en présence de bruit de tavelures dans le contexte de l’imagerie à haute gamme dynamique pour l’astronomie spatiale. On s’intéressera plus particulièrement à l’imagerie spectrale différentielle (ISD) obtenue en utilisant un étalon Fabry-Pérot comme filtre accordable. Les performances d’un tel filtre accordable sont présentées dans le cadre du Tunable Filter Imager (TFI), instrument conçu pour le télescope spatial James Webb (JWST). La capacité de l’étalon à supprimer les tavelures avec ISD est démontrée expérimentalement grâce à un prototype de l’étalon installé sur un banc de laboratoire. Les améliorations de contraste varient en fonction de la séparation, s’étendant d’un facteur 10 pour les séparations supérieures à 11 lambda/D jusqu’à un facteur 60 à 5 lambda/D. Ces résultats sont cohérents avec une étude théorique qui utilise un modèle basé sur la propagation de Fresnel pour montrer que les performances de suppression de tavelures sont limitées par le banc optique et non pas par l’étalon. De plus, il est démontré qu’un filtre accordable est une option séduisante pour l’imagerie à haute gamme dynamique combinée à la technique ISD. Une seconde étude basée sur la propagation de Fresnel de l’instrument TFI et du télescope, a permis de définir les performances de la technique ISD combinée avec un étalon pour l’astronomie spatiale. Les résultats prévoient une amélioration de contraste de l’ordre de 7 jusqu’à 100, selon la configuration de l’instrument. Une comparaison entre ISD et la soustraction par rotation a également été simulée. Enfin, la dernière partie de ce chapitre porte sur les performances de la technique ISD dans le cadre de l’instrument Near-Infrared Imager and Slitless Spectrograph (NIRISS), conçu pour remplacer TFI comme module scientifique à bord du Fine Guidance Sensor du JWST. Cent quatre objets localisés vers la région centrale de la nébuleuse d’Orion ont été caractérisés grâce à un spectrographe multi-objet, de basse résolution et multi-bande (0.85-2.4 um). Cette étude a relevé 7 nouvelles naines brunes et 4 nouveaux candidats de masse planétaire. Ces objets sont utiles pour déterminer la fonction de masse initiale sous-stellaire et pour évaluer les modèles atmosphériques et évolutifs futurs des jeunes objets stellaires et sous-stellaires. Combinant les magnitudes en bande H mesurées et les valeurs d’extinction, les objets classifiés sont utilisés pour créer un diagramme de Hertzsprung-Russell de cet amas stellaire. En accord avec des études antérieures, nos résultats montrent qu’il existe une seule époque de formation d’étoiles qui a débuté il y a environ 1 million d’années. La fonction de masse initiale qui en dérive est en accord avec des études antérieures portant sur d’autres amas jeunes et sur le disque galactique.

Camp et Forêt suivi de Quatre objets de mémoire

Camp met en présence un officier nazi et ses Juifs : une petite fille s’appuyant sur sa vie d’avant afin de survivre dans sa vie d’après, une jeune femme d’une cinglante liberté intérieure et un groupe de prisonniers, la masse grise. Ce récit se déroule en quelques jours dans un camp d’extermination, en Pologne. Il y est question d’un projet insensé, imaginé et mis en œuvre par le Nazi dont le discours s’apparente à de confuses et dérisoires logorrhées. La recherche d’une humanité déniée, à la base du dévoilement de l’individualité des personnages (prisonniers), émane de la grâce, de l’authenticité et de la force vitale de la protagoniste, la petite fille, tendue vers son plan-de-quand-même-vie. Forêt, écrit en parallèle, puis à la fin de Camp, n’est pas sa suite, mais l’est aussi… Court récit poétique, il raconte la traversée d’une forêt par une femme à la recherche de ses édens. Le lieu, interpellé et très souvent conspué pour ce qu’il est devenu, devient un actant. Forêt, se servant de ses restes mythiques, contraint le pas-à-pas de la femme, perdue d’avance. L’essai, Quatre objets de mémoire, porte sur l’appropriation et la transmission de la mémoire de la Shoah, à partir de restes, de détails, de petits riens, perçus ici comme d’imaginables traces. J’interroge les signes singuliers d’improbables objets (feuillets administratifs du Troisième Reich, clichés fragmentaires d’Auschwitz-Birkenau et photographies de ses bois et de ses latrines) afin d’y débusquer de petits morceaux du caché, du secret et de l’innommable de la Solution finale. L’affect ressenti en présence de ces objets, par ce que je nomme, le nécessaire abandon, y est analysé dans le dessein d’en saisir leurs douleurs et de les rendre miennes. L’œuvre de l’artiste de la photo, Marie-Jeanne Musiol, sur Auschwitz-Birkenau, est à la base de ce désir de mémoire pérenne.

La guerre contre-insurrectionnelle guatémaltèque : sa généalogie, le déni des responsables et les sources historiques

L’Amérique centrale, théâtre des dernières batailles rangées de la guerre froide, est aujourd’hui la région la plus violente au monde, selon les Nations unies. Notre étude s’intéresse à la forme de guerre irrégulière livrée par l’État guatémaltèque contre sa propre population pendant la deuxième moitié du vingtième siècle. À la lumière de rares témoignages d’exécutants et d’archives militaires et policières, nous examinons un mécanisme clandestin de répression dont les trois principales composantes – les enlèvements, la torture et les exécutions sommaires – pouvaient s’abattre sur toute personne soupçonnée, à tort ou à raison, de conspirer contre un statu quo d’exclusion. Au moment de leur articulation, ces moyens répressifs ont constitué un dispositif qui, à partir de 1966, s’est avéré d’une redoutable efficacité. Arme de prédilection des adeptes de la guerre antisubversive pendant plus de vingt ans, le dispositif permettait, telle une chaîne de production, l’accumulation des renseignements jugés indispensables à cette forme de guerre, ainsi que les cadavres dont l’absence éternelle ou la présence outrageuse sur la place publique servaient d’avertissement funeste à l’ensemble du corps social. Où chercher les origines d’un tel dispositif? À partir des ouvrages de référence cités dans le manuel de guerre contre-subversive de l’armée guatémaltèque, la réponse à cette question nous fera découvrir des parachutistes français pour qui la défaite militaire en Indochine et en Algérie pendant les années 1950 n’était pas une option et pour qui la victoire justifiait absolument tous les moyens. Le penchant de ces pionniers de la guerre hors-norme pour les cours magistraux, les entrevues et les articles, nous a permis d’étudier les méthodes qu’ils préconisaient et de repérer leurs traces au Guatemala. Alors que la guerre qui avait servi de prétexte au maintien du dispositif est terminée, sa très réputée efficacité assure encore aujourd’hui sa pérennité auprès de ceux qui peuvent s’offrir le service. En ce sens, la contre-insurrection se poursuit, et ce, malgré l’absence depuis une quinzaine d’années d’un conflit armé. Cette thèse aborde l’histoire de la guerre irrégulière et son déroulement au Guatemala. Les archives et les témoignages à notre disposition contredisent le déni des crimes commis dans les villes et les campagnes guatémaltèques, dont le génocide de 1982. Finalement, certains signes avant-coureurs indiquent que la violence et l’impunité actuelles au pays pourraient mener à la répétition de tels crimes à l’avenir.

Estimation des corrélations phylogénétiques entre paramètres d'évolution moléculaire et Traits d'histoire de vie

Depuis quelques années, l'évolution moléculaire cherche à caractériser les variations et l'intensité de la sélection grâce au rapport entre taux de substitution synonyme et taux de substitution non-synonyme (dN/dS). Cette mesure, dN/dS, a permis d'étudier l'histoire de la variation de l'intensité de la sélection au cours du temps ou de détecter des épisodes de la sélection positive. Les liens entre sélection et variation de taille efficace interfèrent cependant dans ces mesures. Les méthodes comparatives, quant a elle, permettent de mesurer les corrélations entre caractères quantitatifs le long d'une phylogénie. Elles sont également utilisées pour tester des hypothèses sur l'évolution corrélée des traits d'histoire de vie, mais pour être employées pour étudier les corrélations entre traits d'histoire de vie, masse, taux de substitution ou dN/dS. Nous proposons ici une approche combinant une méthode comparative basée sur le principe des contrastes indépendants et un modèle d'évolution moléculaire, dans un cadre probabiliste Bayésien. Intégrant, le long d'une phylogénie, sur les reconstructions ancestrales des traits et et de dN/dS nous estimons les covariances entre traits ainsi qu'entre traits et paramètres du modèle d'évolution moléculaire. Un modèle hiérarchique, a été implémenté dans le cadre du logiciel coevol, publié au cours de cette maitrise. Ce modèle permet l'analyse simultané de plusieurs gènes sans perdre la puissance donnée par l'ensemble de séquences. Un travail deparallélisation des calculs donne la liberté d'augmenter la taille du modèle jusqu'à l'échelle du génome. Nous étudions ici les placentaires, pour lesquels beaucoup de génomes complets et de mesures phénotypiques sont disponibles. À la lumière des théories sur les traits d'histoire de vie, notre méthode devrait permettre de caractériser l'implication de groupes de gènes dans les processus biologique liés aux phénotypes étudiés.

Identification de modifications post-traductionnelles de Staufen1 et étude de leur fonction régulatrice

La régulation post-transcriptionnelle joue un rôle de premier plan dans le contrôle fin de l’expression génique en permettant une modulation de la synthèse de protéines dans le temps et l’espace, en fonction des besoins de la cellule. Ainsi, des protéines reconnaissant des éléments d’ARN présents sur des transcrits peuvent influencer toutes les étapes de leur existence, soit leur épissage, leur export nucléaire, leur localisation subcellulaire, leur traduction et leur dégradation. Staufen1 (Stau1) est un membre de la famille des protéines liant l’ARN double-brin qui contribue à la régulation post-transcriptionnelle par son implication dans des mécanismes qui vont promouvoir l’épissage alternatif, le transport, la dé-répression de la traduction et l’induction de la dégradation d’ARN messagers (ARNm) spécifiques. L’identité des cibles potentielles de Stau1 est maintenant connue puisqu’une étude à l’échelle du génome a montré que la protéine s’associe à près de 7% du transcriptome des cellules HEK293T. Ces ARNm se classent dans un large éventail de catégories fonctionnelles, mais il est tout de même intéressant de noter qu’une grande proportion d’entre eux code pour des protéines reliées au métabolisme cellulaire et à la régulation de processus cellulaires. En considérant toutes ces informations, nous avons émis l’hypothèse que les différentes activités de Stau1 puissent être modulées afin de contrôler adéquatement l’expression des transcrits liés par la protéine. Dans la mesure où certains ARNm faisant partie des complexes définis par la présence de Stau1 codent pour des régulateurs clés de la prolifération cellulaire, nous avons voulu examiner si l’expression de la protéine varie au cours du cycle de division cellulaire. Nous avons montré que l’abondance de Stau1 est maximale en début de mitose et qu’elle diminue ensuite lorsque les cellules complètent la division cellulaire. Nous avons ensuite découvert que cette baisse d’expression de Stau1 en sortie de mitose dépend du complexe promoteur d’anaphase/cyclosome (APC/C). En soutien à l’idée que Stau1 soit une cible de cette ubiquitine ligase de type E3, nous avons de plus démontré que Stau1 est ubiquitiné et dégradé par le protéasome. Ce contrôle des niveaux de Stau1 semble important puisque la surexpression de la protéine retarde la sortie de mitose et entraîne une diminution importante de la prolifération cellulaire. Par ailleurs, nous avons supposé que les différentes fonctions de Stau1 puissent également être sujettes à une régulation. Compte tenu que les activités de nombreuses protéines liant l’ARN peuvent être contrôlées par des modifications post-traductionnelles telles que la phosphorylation, nous avons voulu tester la possibilité que Stau1 soit phosphorylé. L’immunopurification de Stau1 et son analyse par spectrométrie de masse nous a permis d’identifier trois phosphosites dans la protéine. L’évaluation du rôle de ces événements de phosphorylation à l’aide de mutants phoshomimétiques ou non-phoshorylables a révélé que la modification de Stau1 pourrait compromettre son association à la protéine UPF1. Comme cette interaction est nécessaire pour déstabiliser les transcrits liés par Stau1, nos résultats suggèrent fortement que la fonction de Stau1 dans la dégradation d’ARNm est régulée négativement par sa phosphorylation. Toutes ces données mettent en lumière l’importance des modifications post-traductionnelles telles que l’ubiquitination et la phosphorylation dans la modulation de l’expression et des fonctions de Stau 1. Somme toute, il est vraisemblable que ces mécanismes de contrôle puissent avoir un impact significatif sur le destin des ARNm liés par Stau1, particulièrement dans un contexte de progression dans le cycle cellulaire.

Le rôle et la régulation du pyroglutamylated RF-amide peptide dans le tissu adipeux lors de l’obésité

L’obésité est définie comme un surplus de masse adipeuse. Cette condition représente un problème de santé publique devenu pandémique dans les pays industrialisés. Elle prédispose à des maladies potentiellement mortelles comme le diabète de type 2, les maladies cardiovasculaires et la stéatose hépatique non-alcoolique. L’accumulation du tissu adipeux intra-abdominal, formé d’adipocytes, est corrélée avec la résistance à l’insuline. L’augmentation de la masse adipeuse se fait par l’hyperplasie des préadipocytes, la différenciation des préadipocytes en adipocytes et l’hypertrophie des adipocytes. La différenciation des préadipocytes se fait selon l’adipogenèse qui est régulée par une multitude de facteurs, mais qui est inhibée pas les stimuli inflammatoires qui sont aussi responsables de la résistance à l’insuline et de l’apparition des problèmes de santé liés à l’obésité. Nous avons identifié un nouveau système de régulation autocrine/paracrine de l’adipogenèse dans les cellules du tissu adipeux. Le pyroglutamylated RF-amide peptide (QRFP), qui était connu pour son rôle dans la régulation de l’appétit, est un activateur de l’adipogenèse par l’activation de son récepteur, le G protein-coupled receptor 103 (GPR103). Le QRFP est exprimé dans les macrophages et les adipocytes alors que le GPR103 de sous-type b est exprimé dans les adipocytes seulement. Un traitement des adipocytes avec le QRFP augmente le captage des acides gras, l’accumulation de lipides ainsi que l’expression et l’activité de l’enzyme LPL. Le QRFP augmente aussi l’expression des gènes des transporteurs d’acides gras CD36 et FATP1, de l’enzyme activatrice d’acides gras ACSL1 et des facteurs de transcription PPAR-γ et C/EBP-α, qui sont tous impliqués dans l’adipogenèse. En plus de ses effets sur l’adipogenèse, le QRFP possède aussi un effet inhibiteur sur l’activité lipolytique induite par les catécholamines. Nous avons montré que l’expression du QRFP est diminuée dans le tissu adipeux des souris obèses. Selon nos résultats, cette diminution pourrait être expliquée par une augmentation des endotoxines circulantes chez les obèses, appelée endotoxémie métabolique, qui agirait, entre autres, par l’induction des interférons dans les macrophages. Les voies de signalisation de ces effets ont aussi été identifiées. Nous avons montré un autre exemple de stimulus inflammatoire qui régule les signaux adipogènes à la baisse.

Impact of (pro)renin receptor deficiency in adipose tissue using a genetically engineered mouse model

La stimulation du récepteur de la rénine/prorénine [(P) RR], un membre récemment découvert du système rénine-angiotensine (SRA), augmente l'activité du SRA et des voies de signalisation angiotensine II-indépendante. Pour étudier l'impact potentiel du (P)RR dans le développement de l`obésité, nous avons émis l'hypothèse que les souris déficientes en (P)RR uniquement dans le tissus adipeux (KO) auront une diminution du poids corporel en ciblant le métabolisme du tissu adipeux, l'activité locomoteur et/ou la prise alimentaire. Ainsi, des souris KO ont été générées en utilisant la technologie Cre/Lox. Le gain de poids et la prise alimentaire ont été évalués hebdomadairement dans les mâles et femelles KO et de type sauvage (WT) pendant 4 semaines alors qu’ils étaient maintenu sur une diète normal. De plus, un groupe de femelles a été placé pour 6 semaines sur une diète riche en gras et en glucides (HF/HC). La composition corporelle et l'activité ambulatoire ont été évaluées par l’EchoMRI et à l’aide de cages Physioscan, respectivement. Les tissus adipeux ont été prélevés et pesés. De plus, les gras péri-gonadaux ont été utilisés pour le microarray. Finalement, le niveaux d'expression d'ARNm du (P)RR ont été évalués. Comme le gène du (P)RR est situé sur le chromosome X, les mâles étaient des KOs complets et les femelles étaient des KOs partielles. Les souris KO avaient un poids corporel significativement plus petit par rapport à WT, les différences étant plus prononcées chez les mâles. De plus, les femelles KOs étaient résistantes à l'obésité lorsqu'elles ont été placées sur la diète HF/HC et donc elles avaient significativement moins de masse grasse par rapport aux WTs. L’analyse histologique des gras péri-gonadaux des KOs nous ont dévoilés qu’il avait une réduction du nombre d'adipocytes mais de plus grande taille. Bien qu'il n'y ait eu aucun changement dans la consommation alimentaire, une augmentation de près de 3 fois de l'activité ambulatoire a été détectée chez les mâles. De plus, nous avons observé que leurs tibias étaient de longueur réduite ce qui suggère fortement l'affection de leur développement. Les gras péri-gonadaux des souris KO avaient une expression réduite de l`ABLIM2 (Actin binding LIM protein family, member 2) qui est associé avec le diabète de type II chez l'humain. Ainsi, les données recueillies suggèrent fortement que le (P)RR est impliquée dans la régulation du poids corporelle.

Mesure des champs de radiation dans le détecteur ATLAS et sa caverne avec les détecteurs au silicium à pixels ATLAS-MPX

Les collisions proton-proton produites par le LHC imposent un environnement radiatif hostile au détecteur ATLAS. Afin de quantifier les effets de cet environnement sur la performance du détecteur et la sécurité du personnel, plusieurs simulations Monte Carlo ont été réalisées. Toutefois, la mesure directe est indispensable pour suivre les taux de radiation dans ATLAS et aussi pour vérifier les prédictions des simulations. À cette fin, seize détecteurs ATLAS-MPX ont été installés à différents endroits dans les zones expérimentale et technique d'ATLAS. Ils sont composés d'un détecteur au silicium à pixels appelé MPX dont la surface active est partiellement recouverte de convertisseurs de neutrons thermiques, lents et rapides. Les détecteurs ATLAS-MPX mesurent en temps réel les champs de radiation en enregistrant les traces des particules détectées sous forme d'images matricielles. L'analyse des images acquises permet d'identifier les types des particules détectées à partir des formes de leurs traces. Dans ce but, un logiciel de reconnaissance de formes appelé MAFalda a été conçu. Étant donné que les traces des particules fortement ionisantes sont influencées par le partage de charge entre pixels adjacents, un modèle semi-empirique décrivant cet effet a été développé. Grâce à ce modèle, l'énergie des particules fortement ionisantes peut être estimée à partir de la taille de leurs traces. Les convertisseurs de neutrons qui couvrent chaque détecteur ATLAS-MPX forment six régions différentes. L'efficacité de chaque région à détecter les neutrons thermiques, lents et rapides a été déterminée par des mesures d'étalonnage avec des sources connues. L'étude de la réponse des détecteurs ATLAS-MPX à la radiation produite par les collisions frontales de protons à 7TeV dans le centre de masse a montré que le nombre de traces enregistrées est proportionnel à la luminosité du LHC. Ce résultat permet d'utiliser les détecteurs ATLAS-MPX comme moniteurs de luminosité. La méthode proposée pour mesurer et étalonner la luminosité absolue avec ces détecteurs est celle de van der Meer qui est basée sur les paramètres des faisceaux du LHC. Vu la corrélation entre la réponse des détecteurs ATLAS-MPX et la luminosité, les taux de radiation mesurés sont exprimés en termes de fluences de différents types de particules par unité de luminosité intégrée. Un écart significatif a été obtenu en comparant ces fluences avec celles prédites par GCALOR qui est l'une des simulations Monte Carlo du détecteur ATLAS. Par ailleurs, les mesures effectuées après l'arrêt des collisions proton-proton ont montré que les détecteurs ATLAS-MPX permettent d'observer la désintégration des isotopes radioactifs générés au cours des collisions. L'activation résiduelle des matériaux d'ATLAS peut être mesurée avec ces détecteurs grâce à un étalonnage en équivalent de dose ambiant.