Identification de nouveaux substrats des kinases Erk1/2 par une approche bio-informatique, pharmacologique et phosphoprotéomique

La phosphorylation est une modification post-traductionnelle omniprésente des protéines Cette modification est ajoutée et enlevée par l’activité enzymatique respective des protéines kinases et phosphatases. Les kinases Erk1/2 sont au cœur d’une voie de signalisation importante qui régule l’activité de protéines impliquées dans la traduction, le cycle cellulaire, le réarrangement du cytosquelette et la transcription. Ces kinases sont aussi impliquées dans le développement de l’organisme, le métabolisme du glucose, la réponse immunitaire et la mémoire. Différentes pathologies humaines comme le diabète, les maladies cardiovasculaires et principalement le cancer, sont associées à une perturbation de la phosphorylation sur les différents acteurs de cette voie. Considérant l’importance biologique et clinique de ces deux kinases, connaître l’étendue de leur activité enzymatique pourrait mener au développement de nouvelles thérapies pharmacologiques. Dans ce contexte, l’objectif principal de cette thèse était de mesurer l’influence de cette voie sur le phosphoprotéome et de découvrir de nouveaux substrats des kinases Erk1/2. Une étude phosphoprotéomique de cinétique d’inhibition pharmacologique de la voie de signalisation Erk1/2 a alors été entreprise. Le succès de cette étude était basé sur trois technologies clés, soit l’enrichissement des phosphopeptides avec le dioxyde de titane, la spectrométrie de masse haut débit et haute résolution, et le développement d’une plateforme bio-informatique nommée ProteoConnections. Cette plateforme permet d’organiser les données de protéomique, évaluer leur qualité, indiquer les changements d’abondance et accélérer l’interprétation des données. Une fonctionnalité distinctive de ProteoConnections est l’annotation des sites phosphorylés identifiés (kinases, domaines, structures, conservation, interactions protéiques phospho-dépendantes). Ces informations ont été essentielles à l’analyse des 9615 sites phosphorylés sur les 2108 protéines identifiées dans cette étude, soit le plus large ensemble rapporté chez le rat jusqu’à ce jour. L’analyse des domaines protéiques a révélé que les domaines impliqués dans les interactions avec les protéines, les acides nucléiques et les autres molécules sont les plus fréquemment phosphorylés et que les sites sont stratégiquement localisés pour affecter les interactions. Un algorithme a été implémenté pour trouver les substrats potentiels des kinases Erk1/2 à partir des sites identifiés selon leur motif de phosphorylation, leur cinétique de stimulation au sérum et l’inhibition pharmacologique de Mek1/2. Une liste de 157 substrats potentiels des kinases Erk1/2 a ainsi été obtenue. Parmi les substrats identifiés, douze ont déjà été rapportés et plusieurs autres ont des fonctions associées aux substrats déjà connus. Six substrats (Ddx47, Hmg20a, Junb, Map2k2, Numa1, Rras2) ont été confirmés par un essai kinase in vitro avec Erk1. Nos expériences d’immunofluorescence ont démontré que la phosphorylation de Hmg20a sur la sérine 105 par Erk1/2 affecte la localisation nucléocytoplasmique de cette protéine. Finalement, les phosphopeptides isomériques positionnels, soit des peptides avec la même séquence d’acides aminés mais phosphorylés à différentes positions, ont été étudiés avec deux nouveaux algorithmes. Cette étude a permis de déterminer leur fréquence dans un extrait enrichi en phosphopeptides et d’évaluer leur séparation par chromatographie liquide en phase inverse. Une stratégie analytique employant un des algorithmes a été développée pour réaliser une analyse de spectrométrie de masse ciblée afin de découvrir les isomères ayant été manqués par la méthode d’analyse conventionnelle.

Les systèmes super intégrables d’ordre trois séparables en coordonnées paraboliques

Ce mémoire est une poursuite de l’étude de la superintégrabilité classique et quantique dans un espace euclidien de dimension deux avec une intégrale du mouvement d’ordre trois. Il est constitué d’un article. Puisque les classifications de tous les Hamiltoniens séparables en coordonnées cartésiennes et polaires sont déjà complétées, nous apportons à ce tableau l’étude de ces systèmes séparables en coordonnées paraboliques. Premièrement, nous dérivons les équations déterminantes d’un système en coordonnées paraboliques et ensuite nous résolvons les équations obtenues afin de trouver les intégrales d’ordre trois pour un potentiel qui permet la séparation en coordonnées paraboliques. Finalement, nous démontrons que toutes les intégrales d’ordre trois pour les potentiels séparables en coordonnées paraboliques dans l’espace euclidien de dimension deux sont réductibles. Dans la conclusion de l’article nous analysons les différences entre les potentiels séparables en coordonnées cartésiennes et polaires d’un côté et en coordonnées paraboliques d’une autre côté. Mots clés: intégrabilité, superintégrabilité, mécanique classique, mécanique quantique, Hamiltonien, séparation de variable, commutation.

"The nothing that is" : An Ethics of Absence Within the Poetry of Wallace Stevens

Cette thèse se concentre sur ce que j'appelle «l’espace négatif» de la représentation dans la poésie de Stevens comme étant un véritable espace d'engagement politique, une interprétation qui se distingue de la plus grande partie de la critique sur Stevens. En suivant les écrits philosophiques d'Emmanuel Levinas, j'affirme que l'emphase que Stevens place sur la représentation de la représentation elle-même ouvre un espace au-delà des limites rigides de l'identité-ce que Levinas appelle « le je [sujet] semblable », permettant un contact authentique avec « l'Autre» ainsi qu’avec le concept de « l'infini ». Bien que Stevens s’est farouchement opposé à la notion Romantique de la sublime transcendance, c’est-à-dire d'un espace censé exister en dehors des limites de l'imagination humaine, il se concerne néanmoins avec l'exploration d'un espace au-delà de l'identité individuelle. Pour Stevens, cependant, « la transcendance» est toujours, nécessairement, liée par les restrictions reconnues du langage humain et de l'imagination, et donc par la réalité du monde perceptible. Toute « transcendance» qui est recherchée ou atteinte, dans la poésie de Stevens ne devrait donc pas - ma thèse affirme - être entendu dans le sens sublime déterminé auparavant par les Romantiques. Une connexion plus appropriée peut plutôt être faite avec la transcendance concrète et immédiate décrit par Lévinas comme le «face à face ». L’attention que Stevens accordent aux notions concrètes et immédiates est souvent exprimé à travers son attention sur les qualités esthétiques de la langue. Sa poésie a en effet la poésie pour sujet, mais pas dans le sens solipsiste qui lui est souvent attribué. En se concentrant sur le processus actif et créateur inhérent à l'écriture et à la lecture de la poésie, Stevens explore la nature de l'Etre lui-même. Je compare cette exploration dans le travail de Stevens à celle du dessinateur, ou de l'artiste, et dans ma conclusion, je suggère les liens entre l'approche d'enquête de Stevens et celle d’artistes visuels contemporains qui se sont également engagés à la figuration du processus créatif. L’ artiste sud-africain William Kentridge est mon exemple principal , en raison de sa conviction que la méthode est intrinsèquement liée à l'engagement politique et social.

La diffusion d'archives à l'aide des technologies du Web 2.0 : le cas du Musée McCord

Ce mémoire explore le concept de diffusion des archives à l’ère du Web 2.0. Dans le contexte nord-américain, la diffusion en archivistique englobe les aspects de promotion, de mise en valeur et de communication des archives. Le Web 2.0 offre un potentiel très intéressant pour la diffusion d’archives. Ce moyen de diffusion est défini comme étant un ensemble de principes et de technologies qui crée et facilite l’interaction entre plusieurs individus. Peu d’études ont été menées sur la diffusion des archives à l’ère du Web 2.0, c’est pourquoi notre recherche s’est intéressée à un milieu qui a intégré le Web 2.0 afin d’instaurer un dialogue avec ses usagers, connus et potentiels, pour exploiter ses archives et augmenter sa visibilité, soit le Musée McCord. Dans cette étude de cas simple certains membres du personnel du Musée McCord ont été rencontrés, afin de découvrir les motivations de l’institution à se lancer dans l’utilisation d’outils issus de ces technologies. De plus, l’étude a permis d’observer quels outils ont été choisis, comment et pourquoi. Ensuite, les avantages et les désavantages de cette nouvelle utilisation ont été mis en lumière. Enfin, les étapes de la mise en place d’outils du Web 2.0 sont exposées.

Illustration non-photoréaliste de séquences de captures de mouvements

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

(en chemin) Pénélope suivi de : paysages de l'absence : apparition et disparition chez Jean-Aubert Loranger, Fernand Leduc et Jacques Brault

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Études des enjeux de la représentation de l'artiste moderne au cinéma à l'occasion d'une analyse du film de Peter Watkins sur le peintre Edvard Munch

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Le personnage arabe dans le cinéma français

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

De l'espace narratif au dehors : deux histoires théoriques du hors-champ

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Les métaphores d'Hypnos dans la peinture européenne du dix-neuvième siècle : de la crise du dispositif classique au jeu identitaire

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

L'impact de l'universalisation dans Grand Theft Auto VICE CITYtm

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

D'un régime de l'image à l'autre. Réflexions à partir de la notion d'indécidable chez Jacques Rancière

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

L'equus eroticus ou l'image de la femme qui chevauche l'homme dans la gravure européenne au XVIe siècle : érotisme ou propagande antiféministe ?

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Le cinéma militant à l'ère des sociétés masmédiatiques : le cas de l'Argentine

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

La musicalité filmique : de l'avant-garde au cinéma contemporain, transformations temporelles et rythmiques

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal