The Significance of Hydrogen Bonding Interactions in the Cleavage of RNA

RNA is essential for all living organisms. It has important roles in protein synthesis, controlling gene expression as well as catalyzing biological reactions. Chemically RNA is a very stable molecule, although in biological systems many agents catalyze the cleavage of RNA, such as naturally occurring enzymes and ribozymes. Much effort has been put in the last decades in developing highly active artificial ribonucleases since such molecules could have potential in the therapeutic field and provide tools for molecular biology. Several potential catalysts have emerged, but usually detailed cleavage mechanism remains unresolved. This thesis is aimed at clarifying mechanistic details of the cleavage and isomerization of RNA by using simpler nucleoside models of RNA. The topics in the experimental part cover three different studies, one concerning the mechanism of catalysis by large ribozymes, one dealing with the reactivity of modified and unmodified RNA oligonucleotides and one showing an efficient catalysis of the cleavage and isomerization of an RNA phosphodiester bond by a dinuclear metal ion complex. A review of the literature concerning stabilization of the phosphorane intermediate of the hydrolysis and isomerization of RNA phosphodiester bond is first presented. The results obtained in the experimental work followed by mechanistic interpretations are introduced in the second part of the thesis. Especially the significance of hydrogen bonding interactions is discussed.

Measles virus infection – Interplay between virus and host cells

Measles, caused by measles virus (MV), is a highly contagious viral disease causing severe respiratory infection and a typical rash. Despite the availability of a protective vaccine, measles is still the leading vaccine-preventable cause of childhood mortality worldwide. The high mortality associated with the disease is mainly due to an increased susceptibility to secondary infections during the period of immunosuppression that continues for several weeks after recovery. The present study was undertaken to elucidate the role of cytoskeletal components in the regulation of MV infection. The most interesting finding was that MV replication was activated in unstimulated peripheral blood mononuclear cells (PBMC) when globular actin was converted into the filamentous form with jasplakinolide. This provides a new aspect in our understanding of MV infection in PBMC. In the second part of the thesis we investigated MV-induced structural changes of cellular nuclear matrix, which is a proteinaceous framework of the nucleus similar to the cytoskeleton in the cytoplasm. We showed that cleavage of nuclear markers was virusspecific and a general caspase inhibitor rescued MV-infected cells from cell death. Furthermore, we studied MV-induced innate immune mechanisms in lung epithelial and endothelial cells. Our results showed that MV infection resulted in activation of the double stranded RNA (dsRNA) binding molecules melanoma differentiation-associated gene 5 (mda-5), retinoic acid inducible gene I (RIG-I), and toll-like receptor 3 (TLR3) gene expression, followed by high expression of antiviral cytokine mRNA.

”Kyllähän nyt pitäs olla jo semmonen aika, että pääsis niin kö keskustelemhan näistä asioista.” Tutkimus lappilaisten sotavankien, partisaanien uhrien ja huutolaisten elämänkulusta, voimavaroista, terveydestä ja sairauksista

Research into the course of life, mental stamina and health status of wartime prisoners, victims of Soviet partisan attacks, and paupers in Finnish Lapland The basis of this research comprised the issues raised during the interviews conducted in my work as a general practitioner in Lapland, regarding factors that have possibly affected the life stories and health conditions of Lappish people who had lived through the war as war prisoners, victims of partisan attacks, or paupers. The purpose of the study was to describe how the different life phases and experiences emerged from the interviewees’ stories and to identify their mental stamina. Another goal was to make observations on their health status, in which the main emphasis became to address mental symptoms. The cohort consisted of elderly Finns who lived in Lapland during the war and experienced war imprisonment, pauperism, or became victims of partisan attacks. All three groups consisted of 12 interviewees. The interview transcripts were read several times and then investigated using the content analysis methods applicable to the material. The research methodology was based on building awareness and understanding. Thematic tagging and data coding were used as structured analysis tools. In all three groups most of the interviewees clearly identified their mental stamina, the most fundamental of which were home, family and work. The war prisoners’ injuries and nervous sensibility symptoms had been shown in earlier studies on war prisoners, and on this basis they had been granted disability pensions. However, many of them had suppressed their traumatic experiences and mental difficulties, and they could not talk about these issues until at the time of these interviews held at old age. Four of them still suffered from a post-traumatic stress disorder. The victims of Soviet partisans had had to carry their mental load alone for decades before the cruel ravages on civilians in remote areas of Lapland became publicly known. Most of them still had disturbing nervous sensibility symptoms. Four interviewees had a post-traumatic stress disorder, and in addition to these, the mental symptoms of one had developed into a post-traumatic stress disorder during old age. Many of the interviewees who had been left paupers remembered their childhood as filled with grief and feelings of inferiority, and had nightmares relating to their wartime experiences. Yet none of them suffered from post-traumatic stress disorder. The results showed that the exceptional suffering caused by the war, the wartime imprisonment and the devastating attacks by Soviet partisans had led especially to mental difficulties. These were left almost completely unnoticed in the post-war conditions, and the war victims were unable to seek help on their own. Based on the results, our health care for the elderly should focus on familiarization with the individual experiences and life stories of each elderly person. This can facilitate geriatric diagnostics and individual therapy planning. Empathic familiarization with the life experiences of the elderly may strengthen their mental stamina and improve the quality of successful aging.

Role of ErbB2 and ErbB4 in Cancer Growth, Prognosis and as Targets for Immunotherapy

ErbB receptors (EGFR, ErbB2, ErbB3 and ErbB4) are growth factor receptors that regulate signals of cell differentiation, proliferation, migration and survival. Inappropriate activation of these receptors is associated with the development and severity of many cancers and has prognostic and predictive value in cancer therapy. Drugs, such as therapeutic antibodies, targeted against EGFR and ErbB2, are currently used in therapy of breast, colorectal and head and neck cancers. The role of ErbB4 in tumorigenesis has remained relatively poorly understood. Alternative splicing produces four different isoforms of one ErbB4 gene. These isoforms (JM-a, JM-b, CYT-1 and CYT-2) are functionally dissimilar and proposed to have different roles in carcinogenesis. The juxtamembrane form JM-a undergoes regulated intramembrane proteolysis producing a soluble receptor ectodomain and an intracellular domain that translocates into the nucleus and regulates transcription. Nuclear signaling via JM-a isoform stimulates cancer cell proliferation. This study aimed to develop antibodies targeting the proposed oncogenic ErbB4 JM-a isoform that show potential in inhibiting ErbB4 dependent tumorigenesis. Also, the clinical relevance of ErbB4 shedding in cancer was studied. The currently used monoclonal antibody trastuzumab, targeting ErbB2, has shown efficacy in breast cancer therapy. In this study novel tissues with ErbB2 amplification and trastuzumab sensitivity were analyzed. The results of this study indicated that a subpopulation of breast cancer patients demonstrate increased shedding and cleavage of ErbB4. A JM-a isoform-specific antibody that inhibited ErbB4 shedding and consequent activation of ErbB4 had anti-tumor activity both in vitro and in vivo. Thus, ErbB4 shedding associates with tumor growth and specific targeting of the cleavable JM-a isoform could be considered as a strategy for developing novel ErbB-based cancer drugs. In addition, it was demonstrated that ErbB2 amplification is common in intestinal type gastric cancers with poor clinical outcome. Trastuzumab inhibited growth of gastric and breast cancer cells with equal efficacy. Thus, ErbB2 may be a useful target in gastric cancer.

The Integrin Tail: A Tale of Cell Motility and Division

Integrin transmembrane receptor functions are regulated by adaptor molecules binding to their alpha and beta subunit intracellular domains, or tails, thus affecting integrin traffic and adhesion during e.g. cell motility. Interestingly, many cellular proteins function in both cell motility and cell division, thus raising the possibility that integrins might be involved in regulating the cell cycle. A thorough understanding of cell division is essential in cell biology and in human malignancies. It is well established that failures to complete cell cycle can give rise to genetically unstable cells with tumorigenic properties. Transformed cells promote the disruption of intercellular adhesions such as tight junctions, and this correlates with the onset of cell motility, invasion and unfavorable prognosis in cancer. In this study, we analyzed integrin regulation, mediated by adaptor binding to the  subunit tail, during cell motility and cell division. We revealed a novel molecular mechanism by which Rab21, through association with the integrin alpha subunits, drives integrin endosomal traffic during mitotic phases. In addition, we found indications for this finding in vivo, as RAB21 gene deletions were mapped in ovarian and prostate cancer samples. Importantly, the multinucleated phenotype of cultured ovarian cancer cells could be reverted by Rab21 overexpression. In this thesis work, we also show how the tight junction protein ZO-1 unexpectedly interacts with the 5 integrin cytoplasmic domain in the lamellipodia to promote cell motility and at the cleavage furrow to support separation of the daughter cells. The alpha5-ZO-1 complex formation was dependent on PKC which regulates ZO-1 phosphorylation and its subcellular localization. In addition, by an in situ detection method, we showed that a subset of metastatic human lung cancers expressed the alpha5beta-ZO-1 complex. Taken together, we were able to identify new molecular pathways that regulate integrin functions in an alpha tail-mediated fashion. These findings firmly suggest that genetic alterations in integrin traffic may lead to progression of tumorigenesis as a result of failed cell division. Also, the interplay of integrins and ZO-1 in forming spatially regulated adhesive structures broadens our view of crosstalk between pathways and distinct adhesive structures that can be involved in cancer cell biology.

Nuclear Matrix in Apoptotic Cell Death and Cell Proliferation. The role of Nuclear Mitotic Apparatus (NuMA) Protein

The nucleus is a membrane enclosed organelle containing most of the genetic information of the cell in the form of chromatin. The nucleus, which can be divided into many sub-organelles such as the nucleoli, the Cajal bodies and the nuclear lamina, is the site for several essential cellular functions such as the DNA replication and its regulation and most of the RNA synthesis and processing. The nucleus is often affected in disease: the size and the shape of the nucleus, the chromatin distribution and the size of the nucleoli have remained the basis for the grading of several cancers. The maintenance of the vertebrate body shape depends on the skeleton. Similarly, in a smaller context, the shape of the cell and the nucleus are mainly regulated by the cytoskeletal and nucleoskeletal elements. The nuclear matrix, which by definition is a detergent, DNase and salt resistant proteinaceous nuclear structure, has been suggested to form the nucleoskeleton responsible for the nuclear integrity. Nuclear mitotic apparatus protein, NuMA, a component of the nuclear matrix, is better known for its mitotic spindle organizing function. NuMA is one of the nuclear matrix proteins suggested to participate in the maintenance of the nuclear integrity during interphase but its interphase function has not been solved to date. This thesis study concentrated on the role of NuMA and the nuclear matrix as structural and functional components of the interphase nucleus. The first two studies clarified the essential role of caspase-3 in the disintegration of the nuclear structures during apoptosis. The second study also showed NuMA and chromatin to co-elute from cells in significant amounts and the apoptotic cleavage of NuMA was clarified to have an important role in the dissociation of NuMA from the chromatin. The third study concentrated on the interphase function of NuMA showing NuMA depletion to result in cell cycle arrest and the cytoplasmic relocalization of NuMA interaction partner GAS41. We suggest that the relocalization of the transcription factor GAS41 may mediate the cell cycle arrest. Thus, this study has given new aspects in the interactions of NuMA, chromatin and the nuclear matrix.

Molecular markers for progression of squamous cell carcinoma of the skin

Incidence of nonmelanoma skin cancer (NMSC) is increasing. Ultraviolet (UV) –light is a major risk factor for the development of cutaneous SCC. Cutaneous SCCs that develop to chronic ulcers are known to progress and metastasize more easily than UV-induced SCCs. Matrix metalloproteinases (MMPs) are a group of proteolytic enzymes which are suggested to have a role in cancer growth and invasion. The molecular background for progression of cutaneous SCC was examined by immunohistochemistry (IHC) using tissue samples of recessive dystrophic epidermolysis bullosa (RDEB) –associated SCC, sporadic UV-induced SCC, and SCC precursors. IHC studies using tissue microarray (TMA) technique revealed overexpression of MMP-7 and MMP-13 in SCC tumor cells. MMP-7 expression was enhanced especially in the SCC tumor cells of the RDEB –associated SCCs. Studies with SCC cell lines showed that tumor cell derived MMP-7 activated heparin binding epidermal growth factor –like growth factor (HB-EGF) which enhanced the growth of SCC tumor cells. Further, it was shown that type VII collagen (COL7) is expressed in sporadic SCC tumor cells. Interestingly, it was shown that SCC –associated MMP-13 is capable of cleaving COL7 in vitro. COL7 cleavage may have a role in the progression of cutaneous SCC. Studies on serine proteinase inhibitor gene family using SCC tumor cell gene array, quantitative real-time PCR, SCC cell lines, normal human epidermal keratinocytes and IHC of TMA samples showed that serine proteinase inhibitor clade A, member 1 (serpinA1, alpha-1-antitrypsin) is expressed and produced by human SCC tumor cells but not by normal keratinocytes. Moreover, serpinA1 expression was shown to correlate with the progression of cutaneous SCC using transformed HaCaT-cell lines and mouse chemically induced skin SCC model. SerpinA1 may serve as a novel biomarker for the progression of cutaneous SCC. This study elucidated putative mechanisms of the progression of cutaneous SCC and revealed novel biomarker candidates for the progression of SCC of the skin.

Partisaanisodasta alueelliseen puolustusjärjestelmään : jugoslavialaisen sotataidollisen ajattelun kehittyminen toisen maailmansodan jälkeen

Väitöskirjan tavoitteena on ollut rakentaa kokonaiskuva aiheesta Jugoslavialaisen sotataidollisen ajattelun kehittyminen toisen maailmansodan jälkeen. Tutkimuksessa ei ole rajoituttu ainoastaan kuvailemaan sotataidollisen ajattelun kehittyminen, vaan on pyritty selvittämään kehittymiseen vaikuttaneet tekijät ja vastaamaan kysymykseen, miksi näin on tapahtunut? Aiemmat länsimaiset tutkimukset ovat tarkastelleet jugoslavialaista sotataitoa tai maanpuolustusta vain jostain tietystä rajallisesta näkökulmasta, kuten esimerkiksi Jugoslavian kansanarmeijaa, asevoimien vaikutusta maan poliittiseen elämään tai sotilaallista doktriinia koskien. Sotataidon kehittymiseen vaikuttavat tekijät huomioivaa kokonaisesitystä ole tehty. Myös jugoslavialainen sotataidollinen ajattelu on jäänyt pääosin pimentoon. Jugoslavialainen maan sotataitoon kohdistunut tutkimus on ollut laajaa ja monipuolista, mutta sen käytettävyyteen osittain vaikuttaa marxilais-leniniläinen materialistis-dialektinen, historialliseen materialismiin perustuva tutkimusmenetelmä. Väitöskirjan päätutkimusaineiston ovat muodostaneet alkuperäislähteet, ensisijaisesti jugoslavialaiset ohjesäännöt, käsikirjat, oppaat ja oppikirjat. Muu lähteistö on koostunut lähinnä arkistoasiakirjoista ja muusta kirjallisuudesta. Tutkimusmenetelmä on ollut historiatieteellinen käsittäen muun muassa ulkoisen ja sisäisen lähdekritiikin harjoittamisen, tietojen varmistamisen mahdollisimman useasta toisistaan riippumattomasta lähteestä sekä pyrkimyksen rekonstruoida ristiriidaton kokonaiskuva tutkimuskohteesta. Eri lähteistä ja lähderyhmistä saatuja tietoja on vertailtu, analysoitu sekä yhdistetty kriittisesti. Lähteiden käytettävyyden, lähdearvon ja luotettavuuden arviointi ovat olleet merkittävässä roolissa, näistä kaikista tärkeimpänä luotettavuuden arviointi. Sisäisen ja ulkoisen lähdekritiikin keinoin on pyritty luomaan oma ristiriidaton tulkinta kokonaisuudesta, jugoslavialaisen sotataidollisen ajattelun kehittymisestä toisen maailmansodan jälkeen. Tutkimuksessa on pitäydytty niin pitkälle kuin mahdollista jugoslavialaisen sotataidon alkuperäisessä terminologiassa. Jugoslavialaisia termejä ei ole muokattu vastaamaan paremmin esimerkiksi tällä hetkellä länsimaisessa sotataidossa käytettyjä käsitteitä. Väitöskirjan rakenne on temaattinen. Läpi koko tutkittavan ajanjakson jugoslavialaisen sotataidollisen ajattelun kehittymisessä on tunnistettavissa samat määräävät tekijät: historialliset taustatekijät, sotilaallinen uhka, sotilaallinen doktriini, lakiperusteet, kommunistiliiton ohjaus ja asevoimien sekä yhteiskunnan valmiuden kehittyminen. Jugoslaviassa puhuttiin aseelliseen kamppailuun vaikuttavista sodankäynnin faktoreista, joita olivat yhteiskunnalliset tekijät, materiaalis-tekniset tekijät ja sotilaalliset tekijät. Kaikista tärkeimpänä tekijänä pidettiin kuitenkin ihmistä itseään, vaikka ihmisen merkitys välillä tuntuikin hukkuvan ”moraalis-poliittiset tekijät”-sanahirviön alle. Tutkimuskysymyksiin on vastattu sotataitoon vaikuttaneiden edellä mainittujen tekijöiden kautta. Kuhunkin muutostekijään liittyvä kehitys on kuvattu kronologisena esityksenä. Kansan vapautussodassa vuosina 1941–1945 perustettujen partisaaniyksiköiden muodostamisessa sekä niiden toimintamenetelmissä on havaittavissa runsaasti yhtymäkohtia 1700- ja 1800-luvun hajdukkijoukkojen sekä 1800-luvun lopun ja 1900-luvun alun četnikkijoukkojen vastaaviin periaatteisiin. Samankaltaisuuksia ilmenee 1950-luvulta alkaen alueellisen puolustuksen joukkojen ja partisaaniyksiköiden toimintamenetelmien yhteydessä väliaikaisesti menetetyllä alueella toimittaessa. Kansan tukeen, karismaattisiin johtajiin ja yllätyselementtiin perustuva sissitoiminta on perinteistä eteläslaavilaista sotataitoa. Sodanjälkeinen jugoslavialainen sotataito oli jatkumoa eteläslaavien vuosisatoja vanhalle sotataidolliselle perinteelle, vaikka sitä ei julkisesti Jugoslaviassa muutamia poikkeuksia lukuun ottamatta myönnettykään. Jugoslavian sotilaallinen doktriini oli luotu kaikista suunnista kohdistuvia hyökkäyksiä vastaan, mutta sotilaallisen uhkan painotukset vaihtelivat usein, jopa vain muutaman vuoden välein. Tämä ei johtunut päättämättömyydestä eikä pelkästään koetun uhkan suunnan vaihtumisesta. Painottamalla sisäisen ja ulkoisen uhkan jatkuvuutta sekä uhkan suunnan vaihtelua pyrittiin pitämään maanpuolustuspiirit valppaina ja kansalaiset aktiivisina. Tällä tavalla myös perusteltiin maanpuolustuksen korkeita kustannuksia ja ennen kaikkea pyrittiin lisäämään maan sisäistä veljeyttä ja yhtenäisyyttä. On ilmeistä, että sekä lännestä että idästä kohdistui Jugoslavian suuntaan suurta poliittista ja sotilaallista intressiä kylmän sodan vuosina 1945–1990, mutta suoran sotilaallisen uhkan aukoton todistaminen olisi kuitenkin hankalaa. Oleellista onkin jugoslavialaisten oma käsitys maataan vastaan kohdistuneesta sotilaallisesta uhkasta. Sisäisen uhkan vaikutus alkoi kasvaa 1970-luvun alkupuolelta lähtien ja se johti lopulta 1980-luvulla alueellisen puolustuksen joukkojen esikuntien lakkauttamiseen ja taisteluvälineiden hajavarastointijärjestelmän purkamiseen. Yhteiskunnallisista tekijöistä merkittävimpinä sotataitoon ja sotataidolliseen ajatteluun vaikuttaneina osina olivat lait ja Jugoslavian kommunistiliitto. Perustuslakiin ja lakiin kansallisesta puolustuksesta sekä kommunistiliiton päätöslauselmiin sisällytetyt vaatimukset sotataidon kehittymiselle kuitenkin vain toistivat sotilaallisessa doktriinissa määritettyjä suuntaviivoja sekä määräyksiä. Maanpuolustukseen liittyneiden määräysten ja ohjeiden hyväksymiselle laillisen järjestyksen mukaisesti annettiin kuitenkin erittäin suuri arvo. Niiden toimeenpanon leviäminen maanlaajuisesti varmistettiin puolueen päätöksillä velvoittamalla muun muassa kommunistiliiton paikallisorganisaatiot, puoluesolut asevoimien sisällä sekä kaikki liittovaltion hallintotasot tekemään kaikkensa yleisen kansanpuolustuksen ja sitä ilmentävän sotataidon toteutumisen eteen. Materiaalis-teknisen tekijän kokonaisuus sisälsi aseet ja varusteet sekä niihin liittyviä muita seikkoja, kuten yhteiskunnan teollisuuden kehittymisen asteen sekä kyvyn suojautua vihollisen taisteluvälineitä vastaan ja luoda vihollisen aseita vastaan tehokkaampi vasta-ase. Siihen luettiin myös yksilöiden, taktisten ja yhdistettyjen taktisten yksiköiden sekä koko kansan koulutus aseiden ja varusteiden tarkoituksenmukaiseen käyttöön. Vaikka jugoslavialainen aseteollisuus kehittyi tutkimusperiodin aikana voimakkaasti, joutui maa taloudellisten resurssiensa rajallisuuden ja mahdollisen vihollishyökkäyksen ylivoimaisuuden havaittuaan toteamaan, että maanpuolustuksen ongelmia ei voida ratkaista materiaalin ja tekniikan määrällä tai laadulla. Ratkaisun oli löydyttävä sotilaallisista tekijöistä ja varsinkin sotataidosta. Sotilaalliset tekijät ja prosessit olivat jugoslavialaisen sotataidon ja sotataidollisen ajattelun kehittymisen kannalta tärkein muutostekijä. Sotilaallisten tekijöiden ytimen muodosti sotataito, joka Jugoslaviassa koostui teoriasta ja käytännöstä. Tämä jako koski sotataidon kolmea tasoa: strategiaa, operatiikkaa ja taktiikkaa. Sotataitoon kuuluvina osina pidettiin muun muassa taisteluvalmiutta, liikekannallepanovalmiutta, yhteiskunnallis-poliittisten yhteisöjen aseetonta vastarintaa, aseellisen kamppailun operatiivista ja taktista tasoa, materiaalista ja teknistä varustamista, sotatalouden valmistelujen organisointia sekä yhteiskunnallisia palveluja poikkeusoloissa. Osa näistä kuului edellä mainittuihin yhteiskunnallisiin tai materiaalis-teknisiin tekijöihin. Jugoslavialainen sotataito onkin nähtävä matriisinomaisena kokonaisuutena, jossa sotataidon kolmeen toiminnalliseen tasoon, strategiaan, operatiikkaan ja taktiikkaan vaikuttivat historialliset taustatekijät, sotilaallinen uhka, yhteiskunnalliset tekijät ja materiaalis-tekniset tekijät. Jugoslavialaisen sotataidon kokonaisuuteen kuului myös se, että mainitut muutostekijät vaikuttivat vielä toisiinsa. Lopputuloksena näin kokonaisvaltaisesta näkemyksestä sotataitoon ja sotataidolliseen ajatteluun Jugoslavia kykeni luomaan poikkeuksellisen tehokkaana pidetyn puolustusratkaisun, jossa koko yhteiskunnan kaikki resurssit pystyttiin suuntaamaan hyökkäyksen torjumiseen ja maahan tunkeutuneiden pois ajamiseen. Aiempi tutkimus on nähnyt jugoslavialaisen sotataidon kehittymisen keskeisimpänä vaikuttimena ja murroskohtana Varsovan liiton joukkojen toimeenpaneman Tšekkoslovakian miehityksen ja siitä seuranneen koetun uhkan merkittävän voimistumisen. Yleisen kansanpuolustuksen doktriiniin liittyvä taustatutkimus, teorianmuodostus ja doktriinin käyttöönotto tapahtuivat kuitenkin jo 1950-luvulla. Tšekkoslovakian miehitys toimi vain muutoksen toimeenpanoa vauhdittavana tekijänä. Jugoslavialaiset korostivat, että jugoslavialaisessa yhteiskunnassa keskeisessä asemassa ollut yhteisjohtoisuuden periaate ulottui myös maanpuolustukseen ja sotataitoon. Tutkimusaineistoon perehtyminen kuitenkin osoitti, että yleisen kansanpuolustuksen kokonaisuutta kuvaavat oppikirjat, laeissa asetetut määräykset ja Jugoslavian kommunistiliiton julkaisemat vaatimukset eivät olleet jalkautuneet sotataidon teoriaan tai käytäntöön operatiivisella tai taktisella tasolla. Strategisella tasolla yhteisjohtoisuus esiintyi näkyvämmin vain sotilaallisen konseptin ja strategian yhteydessä. Sotilaallisen doktriinin osalta yhteisjohtoisuus ilmeni lähinnä kahdessa asiassa. Alueellisen puolustuksen yksiköiden varustamisvelvoite oli asetettu siviilihallinnon eri tasojen vastuulle. Alueellisen puolustuksen esikunnat ja komentajat olivat vastuussa yleisen kansanpuolustuksen ja yhteiskunnallisen itsesuojelun komiteoille. Siviilihallinnon organisaatioiden kyky varustaa alueellisen puolustuksen yksiköt osoittautui kuitenkin heikoksi. Alueellisen puolustuksen esikunnatkin toimivat upseereiden johtamina sotilaallisina johtoportaina, ja yleisen kansanpuolustuksen ja yhteiskunnallisen itsesuojelun komiteoiden toiminta komentajien ja esikuntien suuntaan rajoittui vain nimelliseen ohjaukseen. Yhteisjohtoisuus osoittautuikin tutkimuksen kuluessa piirteeksi, joka julkisesta retoriikasta huolimatta ei toteutunut jugoslavialaisessa sotataidon praktiikassa. Jugoslavialaisen sotataidollisen ajattelun kehittymisen kaari käynnistyi partisaanisodasta ja päätyi alueelliseen puolustusjärjestelmään. Kansakunta ja sen useat eri kansallisuudet onnistuivat luomaan tieteelliseen ja tutkittuun tietoon perustuvan välineen, sotataidon teorian ja käytännön, joka suojeli maata yli puolen vuosisadan ajan. Yleinen kansanpuolustus sekä jugoslavialainen sotataito ovat toisiensa synonyymejä, seurauksia ja synnyttäjiä. Puolustusratkaisu lähti omista kansallisista lähtökohdista, siihen sulautettiin valikoiden ja jalostettuna hyviksi sekä menestyksekkäiksi koettuja ulkomaisia elementtejä sekä vaikutteita. Sitä perusteltiin monipuolisilla poliittisilla, ideologisilla, teoreettisilla, historiallisilla sekä nykyaikaisilla sotataidollisilla argumenteilla, mutta kaikesta tästä huolimatta sen ydin oli omintakeinen jugoslavialainen sotataidollinen ajattelu.

Cellular responses to stress and kinase signaling activation : apoptosis and differentiation

Stressignaler avkänns många gånger av membranbundna proteiner som översätter signalerna till kemisk modifiering av molekyler, ofta proteinkinaser Dessa kinaser överför de avkodade budskapen till specifika transkriptionsfaktorer genom en kaskad av sekventiella fosforyleringshändelser, transkriptionsfaktorerna aktiverar i sin tur de gener som behövs för att reagera på stressen. En av de mest kända måltavlorna för stressignaler är transkriptionsfaktor AP-1 familjemedlemen c-Jun. I denna studie har jag identifierat den nukleolära proteinet AATF som en ny regulator av c-Jun-medierad transkriptionsaktivitet. Jag visar att stresstimuli inducerar omlokalisering av AATF vilket i sin tur leder till aktivering av c-Jun. Den AATF-medierad ökningen av c-Jun-aktiviteten leder till en betydande ökning av programmerad celldöd. Parallellt har jag vidarekarakteriserat Cdk5/p35 signaleringskomplexet som tidigare har identifierats i vårt laboratorium som en viktig faktor för myoblastdifferentiering. Jag identifierade den atypiska PKCξ som en uppströms regulator av Cdk5/p35-komplexet och visar att klyvning och aktivering av Cdk5 regulatorn p35 är av fysiologisk betydelse för differentieringsprocessen och beroende av PKCξ aktivitet. Jag visar att vid induktion av differentiering fosforylerar PKCξ p35 vilket leder till calpain-medierad klyvning av p35 och därmed ökning av Cdk5-aktiviteten. Denna avhandling ökar förståelsen för de regulatoriska mekanismer som styr c-Jun-transkriptionsaktiviteten och c-Jun beroende apoptos genom att identifiera AATF som en viktig faktor. Dessutom ger detta arbete nya insikter om funktionen av Cdk5/p35-komplexet under myoblastdifferentiering och identifierar PKCξ som en uppströms regulator av Cdk5 aktivitet och myoblast differentiering.

Seulamurskaimen murskausominaisuuksien tutkiminen ja kehittäminen

Työn tavoitteena oli kehittää seulamurskaimen murskausprosessia selvittämällä murskaukseen vaikuttavia tekijöitä. Murskausprosessin sisäistämisen myötä voidaan saavuttaa parempi jaekoon hallinta, parantaa kapasiteettia sekä luoda tehokkaampia murskaussovelluksia. Murskausprosessia tutkittiin aluksi murskaukseen vaikuttavien teorioiden kautta. Teoriapohjaista tietoa ja murskaustapahtumaa tutkittiin käytännön testeillä, joissa testattiin seulamurskainta useilla eri materiaaleilla ja erilaisilla tuotevariaatioilla. Testeissä kerättiin näytteitä jaekoon jatkotutkimusta varten sekä saatujen tulosten pohjalta vertailtiin eri tuotevariaatioiden keskeisiä eroja. Saavutettuja tuloksia analysoitiin ja kehitettiin uusia potentiaalisia ratkaisuja seulamurskaimiin. Seulamurskaimen nykyinen rakenne on kehitetty ennen kaikkea seulontasovelluksiin ja sen toiminta perustuu rungon sisällä materiaalin pyörivään liikkeeseen. Murskausprosessissa on kuitenkin oleellista pyrkiä vähentämään sisäistä pyörintäliikettä, joka on hidasteena kappaleiden murskaukselle. Lisäksi seulamurskaimessa on useita rakenteita, jotka on kehitetty erityisesti seulontaa varten ja niiden uudenlaisella rakennesuunnittelulla voitaisiin saavuttaa huomattavasti parempia tuloksia murskauksen kannalta. Nämä tekijät kuitenkin vaativat huomattavan paljon tehoa, mikä puolestaan saattaa asettaa uusia haasteita suunnitteluun, sillä seulamurskaimessa käytettävissä oleva teho on varsin rajallinen.

The expression of HLA-B27 modulates intracellular signaling in human monocytic macrophages

Reactive arthritis (ReA) is an inflammatory joint disease triggered by certain bacterial infections e.g. gastroenteritis caused by Salmonella. ReA is strongly associated to HLA-B27. However, the mechanism behind this association is unknown but it is suggested that the bacteria or bacterial compartments persist in the body. In this study, it was investigated whether the intracellular signaling is altered in HLA-B27- transfected U937 monocytic macrophages. Moreover, the contribution of HLA–B27 heavy chain (HC) misfolding was of interest. The study revealed that p38 activity plays a crucial role in controlling intracellular Salmonella Enteritidis in U937 cells. The replication of intracellular bacteria was dependent on p38 kinase and the activity of p38 was dysregulated in HLA-B27- transfected cells expressing misfolding heavy chains (HCs). Also the double-stranded RNA -dependent kinase (PKR) that modifies p38 signaling was overexpressed and hypophosphorylated upon infection and lipopolysaccharide stimulation. The expression of CCAAT enhancer binding protein beta (C/EBPβ) was found to be increased after infection and stimulation. Increased amount of full length human antigen R (HuR), disturbed HuR cleavage and reduced dependence on PKR after infection were observed. All the findings were linked to HLA-B27 HCs containing misfoldingassociated glutamic acid 45 (Glu45) at the peptide binding groove. The results indicate that the expression of HLA-B27 modulates the intracellular environment of U937 monocytic macrophages by altering signaling. This phenomenon is at least partially associated to the HLA-B27 misfolding. These observations offer a novel explanation how HLA-B27 may modulate inflammatory response induced by ReA-triggering bacteria.

Entsyymien talteenotto ja kierrätys selluloosaetanolin valmistuksessa

Bioetanolin valmistus selluloosapitoisista raaka-aineista vaatii selluloosapolymeerien pilkkomisen liukoisiksi sokereiksi. Tämä voidaan toteuttaa entsymaattisella hydrolyysillä. Selluloosan pilkkomiseen tarkoitetut entsyymit, sellulaasit, ovat entsymaattisen hydrolyysin jälkeen sitoutuneet joko kiintoainefaasiin tai ovat nestemäisessä faasissa ns. vapaina entsyymeinä. Prosessin taloudellisuuden kannalta on erityisen tärkeää minimoida siinä käytettävien entsyymien tarve, sillä tehokkaat entsyymivalmisteet ovat suhteellisen kalliita. Yksi varteenotettava vaihtoehto bioetanoliprosessin saamiseksi taloudellisemmaksi on käytettyjen entsyymien talteenotto ja kierrätys. Työn tarkoituksena oli selvittää kirjallisuudesta, millaisia menetelmiä on kehitetty entsyymien talteenottoon ja kierrätykseen lignoselluloosasta valmistettavan bioetanolin valmistuksessa. Työssä on keskitytty tuoreisiin tutkimuksiin ja menetelmien käyttökelpoisuuteen ja taloudellisuuteen. Viime vuosina sellulaasien talteenotto- ja kierrätysmenetelmiä koskevat tutkimukset ovat keskittyneet pääasiassa käsittelemään nanopartikkelien avulla tapahtuvaa entsyymien immobilisointia, ultrasuodatusta, erilaisia desorptiomenetelmiä, kiinteän hydrolyysijäännöksen kierrättämistä, tuoreen substraatin lisäämistä sekä myös tislausvaiheen jälkeistä entsyymien kierrättämistä. Jotta kierrätysmenetelmä olisi tehokas, tulisi sen pyrkiä säilyttämään entsyymien aktiivisuuksia, sokerisaantoa menettämättä ja sisältää sekä neste-, että kiintoainefaasista tapahtuva kierrätys. Jokaisella kierrätysmenetelmällä on hyvät ja huonot puolensa. Entsyymien talteenottoastetta saadaan kuitenkin parannettua yhdistämällä erilaisia menetelmiä. Useista tutkimuksista huolimatta, taloudellisinta ja käyttökelpoisinta entsyymien talteenotto- ja kierrätysmenetelmää ei ole vielä saavutettu.

Cleavages in contemporary Finland : a study on party-voter ties

Cleavages have been central in understanding the relationship between political parties and voters but the credibility of cleavage approach has been increasingly debated. This is because of decreasing party loyalty, fewer ideological differences between the parties and general social structural change amongst other factors. By definition, cleavages arise when social structural groups recognize their clashing interests, which are reflected in common values and attitudes, and vote for parties that are dedicated to defend the interests of the groups concerned. This study assesses relevance of cleavage approach in the Finnish context. The research problem in this study is “what kind of a cleavage structure exists in Finland at the beginning of the 21st century? Finland represents a case that has traditionally been characterized by a strong and diverse cleavage structure, notable ideological fragmentation in the electorate and an ideologically diverse party system. Nevertheless, the picture of the party-voter ties in Finland still remains incomplete with regard to a thorough analysis of cleavages. In addition, despite the vast amount of literature on cleavages in political science, studies that thoroughly analyze national cleavage structures by assessing the relationship between social structural position, values and attitudes and party choice have been rare. The research questions are approached by deploying statistical analyses, and using Finnish National Election Studies from 2003, 2007 and 2011as data. In this study, seven different social structural cleavage bases are analyzed: native language, type of residential area, occupational class, education, denomination, gender and age cohorts. Four different value/attitudinal dimensions were identified in this study: economic right and authority, regional and socioeconomic equality, sociocultural and European Union dimensions. This study shows that despite the weak overall effect of social structural positions on values and attitudes, a few rather strong connections between them were identified. The overall impact of social structural position and values and attitudes on party choice varies significantly between parties. Cleavages still exist in Finland and the cleavage structure partly reflects the old basis in the Finnish party system. The cleavage that is based on the type of residential area and reflected in regional and socioeconomic equality dimensions concerns primarily the voters of the Centre Party and the Coalition Party. The linguistic cleavage concerns mostly the voters of the Swedish People’s Party. The classic class cleavage reflected in the regional and socioeconomic equality dimension concerns in turn first and foremost the blue-collar voters of the Left Alliance and the Social Democratic Party, the agricultural entrepreneur voters of the Centre Party and higher professional and manager voters of the Coalition Party. The conflict with the most potential as a cleavage is the one based on social status (occupational class and education) and it is reflected in sociocultural and EU dimensions. It sets the voters of the True Finns against the voters of the Green League and the Coalition Party. The study underlines the challenges the old parties have met after the volatile election in 2011, which shook the cleavage structure. It also describes the complexity involved in the Finnish conflict structure and the multidimensionality in the electoral competition between the parties.