VAP-1 as drug target in inflammation : structural features determining ligand interactions

Vascular adhesion protein-1 (VAP-1), which belongs to the copper amine oxidases (CAOs), is a validated drug target in inflammatory diseases. Inhibition of VAP-1 blocks the leukocyte trafficking to sites of inflammation and alleviates inflammatory reactions. In this study, a novel set of potent pyridazinone inhibitors is presented together with their X-ray structure complexes with VAP-1. The crystal structure of serum VAP-1 (sVAP-1) revealed an imidazole binding site in the active site channel and, analogously, the pyridazinone inhibitors were designed to bind into the channel. This is the first time human VAP-1 has been crystallized with a reversible inhibitor and the structures reveal detailed information of the binding mode on the atomic level. Similarly to some earlier studied inhibitors of human VAP-1, the designed pyridazinone inhibitors bind rodent VAP-1 with a lower affinity than human VAP-1. Therefore, we made homology models of rodent VAP-1 and compared human and rodent enzymes to determine differences that might affect the inhibitor binding. The comparison of the crystal structures of the human VAP-1 and the mouse VAP-1 homology model revealed key differences important for the species specific binding properties. In general, the channel in mouse VAP-1 is more narrow and polar than the channel in human VAP-1, which is wider and more hydrophobic. The differences are located in the channel leading to the active site, as well as, in the entrance to the active site channel. The information obtained from these studies is of great importance for the development and design of drugs blocking the activity of human VAP-1, as rodents are often used for in vivo testing of candidate drugs. In order to gain more insight into the selective binding properties of the different CAOs in one species a comprehensive evolutionary study of mammalian CAOs was performed. We found that CAOs can be classified into sub-families according to the residues X1 and X2 of the Thr/Ser-X1-X2-Asn-Tyr-Asp active site motif. In the phylogenetic tree, CAOs group into diamine oxidase, retina specific amine oxidase and VAP-1/serum amine oxidase clades based on the residue in the position X2. We also found that VAP-1 and SAO can be further differentiated based on the residue in the position X1. This is the first large-scale comparison of CAO sequences, which explains some of the reasons for the unique substrate specificities within the CAO family.

Testing of Access Network's Internet Protocol Television Features

Testaus on tänä päivänä olennainen osa tuotekehitysprosessia koko tuotteen elinkaaren ajan, myös tietoliikennetekniikassa. Tietoverkoille asetetut tiukat vaatimukset ympärivuorokautisen toimivuuden suhteen nostavatmyös niiden testauksen tason ja laadun merkitystä. Erityisesti verkkojen uudet toiminnallisuudet, joilla ei ole vielä vuosia kestäneen käytön ja kehityksen tuomaa varmuus- ja laatutasoa, tuovat haasteita testauksen toteutukselle. Televisiokuvan välityksen Internetin yli mahdollistavat ominaisuudet ovat esimerkki tällaisista toiminnallisuuksista. Tässä diplomityössä käsitellään Tellabs Oy:n tuotekehitysosastolla vuosina 2005 ja 2006 toteutetun, erään operaattorin laajakaistaliityntäverkon päivitysprojektin testausosuutta. Kattavamman tarkastelun kohteena ovat erityisesti verkkoon lisättyjen laajakaistatelevisio- eli IPTV-toiminnallisuuksien integraatio- ja systeemitestausmenetelmät.

Standardizing Customized Features of a Configurable Product

Työn päätavoitteena on arvioida hissien automaattiovien usein toistuvien asiakaskohtaisesti räätälöityjen tuoteominaisuuksien vakioimisen kannattavuutta KONEen Hyvinkään tehtaalla. Työssä arvioidaan myös massaräätälöinnin periaatteiden soveltuvuutta erikoisovien toimitusprosessiin sekä toimintoperusteisen kustannustiedon tarpeellisuutta tuoteominaisuuksia koskevien päätösten teossa. Asiakaskohtaisesti räätälöity ovituotanto jaettiin kategorioihin, joiden volyymeja ja tuotemuutosten tekoon käytettyjä suunnittelutuntimääriä analysoimalla selvitettiin, muodostaako jokin räätälöitävä tuoteominaisuus riittävän suuren kappalemääräisen kysynnän tai suunnittelutuntien kulutuskohteen, jotta ominaisuuden vakiointi olisi kannattavaa. Ovien kustannusrakenne-esimerkkien avulla selvitettiin myös suunnittelun osuus kokonaiskustannuksista. Analyysien perusteella todettiin asiakaskohtaisten muutosten olevan hajanaisia ja vain muutaman ominaisuuden osalta muodostuvan tarpeeksi suuri ja yhtenäinen kokonaisuus, joka olisi taloudellisesti kannattavaavakioida. Monimutkaisen tuoterakenteen vuoksi massaräätälöinnin opit eivät ole suoraan kopioitavissa hissien erikoisovien toimitusprosessiin, mutta sisältävät hyödyllisiä toimintamalleja prosessin kehittämiseen.

Contact Center Functionality - Collecting and Prioritizing Features of Modern Contact Center.

Tässä diplomityössä pohditaan call centereiden asemaa tämän päivän palveluympäristössä ja myöskin call centereiden tulevaisuutta contact centereinä. Tämä työ tutkii kuinka asiakastarpeita ja uusia toiminnallisuuksia voidaan etsiä olemassaolevaan, mutta vielä keskeneräiseen call center tuotteeseen. Tutkimus on tehty lukemalla artikkeleita ja kirjoja tulevaisuuden contact centereistä, haastattelemalla asiakkaita ja järjestämällä ideointisessio yrityksen asiantuntijoille. Näin saadut tulokset priorisoitiin tätä tarkoitusta varten kehitellyllä matriisilla. Lopullisena tuloksena on lista toiminnallisuuksista tärkeysjärjestyksessä ja tuote roadmap kaikkein tärkeimmistä toiminnallisuuksista. Tämä roadmap antaa tuotekehitykselle ehdotuksen mitä tulisi implementoida nykyiseen tuotteeseen ja mitkä ovat prioriteetit. Tässä työssä pohdiskellaan myös tuotteen modulaarista rakennetta.

The Key Features of Knowledge and Knowledge Management in Product Development Process

Tutkimusongelmana oli kuinka tiedon johtamisella voidaan edesauttaa tuotekehitysprosessia. Mitkä ovat ne avaintekijät tietoympäristössä kuin myös itse tiedossa, joilla on merkitystä erityisesti tuotekehitysprosessin arvon muodostumiseen ja prosessien kehittämiseen? Tutkimus on laadullinen Case-tutkimus. Tutkimusongelmat on ensin selvitetty kirjallisuuden avulla, jonka jälkeen teoreettinen viitekehys on rakennettu tutkimaan rajattua ongelma-aluetta case-yrityksestä. Empiirisen tutkimuksen materiaali koostuu pääasiallisesti henkilökohtaisten teemahaastattelujen aineistosta. Tulokset merkittävimmistä tiedon hyväksikäytön haittatekijöistä, kuten myös parannusehdotukset on lajiteltu teoreettisessa viitekehyksessä esitettyjen oletustekijöiden mukaan. Haastatteluissa saadut vastaukset tukevat kirjallisuudesta ja alan ammattilaiselta saatua käsitystä tärkeimmistä vaikuttavista tekijöistä. Tärkeimmät toimenpiteet ja aloitteet joilla parannettaisiin tiedon muodostumista, koskivat ennnen kaikkea työnteon ulkoisia olosuhteita, eikä niinkään tiedon muodostumisen prosessia itseään. Merkittävimpiä haittatekijöitä olivat kultturiin, fyysiseen ja henkiseen tilaan ja henkilöstöresursseihin liittyvät ongelmat. Ratkaisuja ongelmiin odotettiin saatavan lähinnä tietotekniikan, henkilöstöresurssien ja itse tiedon muokkaamisen avulla. Tuotekehitysprosessin ydin tietovirtojen ja –pääomien luokittelu ja tulkitseminen tiedon muodostusta kuvaavan Learning Spiralin avulla antoi lähinnä teoreettisia viitteitä siitä millaisia keinoja on olemassa tiedon lisäämiseen ja jakamiseen eri tietotyypeittäin. Tulosten perusteella caseyrityksessä pitäisi kiinnittää erityistä huomiota tiedon dokumentointiin ja jakamiseen erityisesti sen tiedon osalta, joka on organisaatiossa vain harvalla ja/tai luonteeltaan hyvin tacitia.

Franchisingyrittäjien rekrytointimalli Case: Kymppiposti-ketju

Tutkimuksen tavoitteena oli tehdä Kymppiposti-ketjulle franchisingyrittäjien rekrytointimalli: Kymppiposti-yrittäjän profiili, rekrytointikanavat ja -keinot, rekrytointi-prosessi ja rekrytoinnissa huomioitavat asiat. Tutkimuksen teoriaosuudessa analysoitiin kattavasti ja huolellisesti lähdekirjallisuus yli 30 vuoden ajalta tutkimusilmiön ymmärtämiseksi. Empiirinen osa koostui kolmen suomalaisen franchising-ketjun ja kolmen franchisingasiantuntijan haastatteluista sekä Kymppiposti-ketjun pilottikokemuksista. Tutkimus on kvalitatiivinen tapaustutkimus ja tutkimusote on konstruktiivinen. Luotu rekrytointimalli testataan ottamalla se käyttöön Kymppiposti-ketjussa (ns. heikko testi). Kymppipostin yrittäjävalinnan perusedellytyksenä on, että hakijalla ei ole rikosrekisteriä ja että hänen luottotiedot ovat kunnossa ts. hakijalla on kyky tehdä tarvittavat investoinnit. Tärkeitä yrittäjäpiirteitä ja -ominaisuuksia ovat motivaatio, halu menestyä, hyvät asiakaspalvelu- ja vuorovaikutustaidot, innovatiivisuus, halu ja kyky panostaa työhön, siisteys ja terveys. Rekrytointikeinoina suositellaan monikanavaisuutta, jossa rekrytointisanoma on erilaistettu hakijatyypeittäin. Rekrytointiprosessi kestää 3–6 kk ja siihen osallistuu useita henkilöitä. Prosessiin kuuluu 3 haastattelua, 2 testiä, ketjuyrittäjän haastattelu, työhön tutustuminen, koulutus- ja työharjoittelu sekä koeaika. Rekrytoinnissa on erityisesti huomioitava, että valinta-kriteereistä pidetään kiinni, hakijan oltava aktiivinen, harkinnalle on annettava aikaa ja konseptin ja ketjuyrittämisen keskeiset asiat (sopimus, pelisäännöt, laskelmat, investoinnit) on käytävä tarkkaan läpi hakijan kanssa.

Generic features of eighteenth-century American runaway slave advertisements

Pro-gradu –tutkielmani aiheena ovat 1700-luvun ”karanneet orjat” – sanomalehtiilmoitusten genrelle ominaiset piirteet. Tutkimusaineisto koostuu 190 ilmoituksesta, jotka ovat alkuperäisesti ilmestyneet virginialaisissa, pennsylvanialaisissa ja newyorkilaisissa sanomalehdissä 1730-luvulta 1770-luvulle. Tutkimuksen kohteeksi on rajattu ilmoitukset, joissa yksityishenkilöt ilmoittavat orjan/orjien karanneet ja lupaavat kiinniottajalle palkkion. Tutkielman tarkoituksena on tarkastella, millaisia ovat tyypilliset kielelliset piirteet näissä teksteissä ja millainen on prototyyppinen genren edustaja. Genreteorian lisäksi teoriaosuudessa käsittelen jonkin verran 1700- luvun englannin kielen yleisiä piirteitä sekä orjuuden ja sanomalehtien syntyhistoriaa Amerikassa taustoittaakseni tutkimusta. Analyysissa hyödynnän mm. Swalesin ja Bhatian käyttämää käsitettä siirroista (moves). Tutkin ilmoituksien tyypillistä rakennetta jakamalla ne yhdeksään siirtoon, joilla kaikilla on oma tehtävänsä ilmoituksessa. Jotkut siirrot, kuten karkulaisen kuvailu ja palkkion lupaaminen, esiintyvät kaikissa ilmoituksissa, kun taas toiset siirrot ovat läsnä harvemmin. Muita tälle genrelle tyypillisiä ominaisuuksia ovat esim. ilmoituksissa toistuvat kiinteät fraasit ja tietyt sanastolliset erikoisuudet. Lisäksi tutkin ilmoituksissa käytettäviä tapoja viitata asiaan liittyviin henkilöihin, sekä erilaisia toimia, joita ilmoitusten jättäjät ilmoituksien avulla suorittavat. Genressä on havaittavissa pieniä reilun neljänkymmenen vuoden kuluessa tapahtuneita muutoksia, mutta myös eroavaisuuksia eri siirtokuntien ilmoitusten välillä. Yleisesti voidaan todeta, että vaikka ”karanneet orjat” –ilmoitukset voivat vaihdella rakenteeltaan ja sanavalinnoiltaan, suuri osa ilmoituksista seuraa kuitenkin melko prototyyppistä muottia.

Designing features for supporting social interactions in online communities

This Master's thesis studies the development of interaction and socialization in online communities. A large number of online communities fade away even before they really get started. In many occasions the reason is that the community does not give anything new, or even if they do, the delivery does not satisfy the users. In this thesis guidelines were developed to help to see important things, which might be forgotten when developing an online community. The thesis goes through the characteristic of an online community and human behaviour related to them and also compares behaviour in the Internet and real life. In addition, usability is an important part of the online communities and thus it is also covered in this thesis. As a result of this thesis an 8-step guideline was developed to ease the design of an online community. Guidelines were also applied to two real life cases which are described as one part of this work.

Bag-of-Features Approach to Unsupervised Visual Object Categorisation

The large and growing number of digital images is making manual image search laborious. Only a fraction of the images contain metadata that can be used to search for a particular type of image. Thus, the main research question of this thesis is whether it is possible to learn visual object categories directly from images. Computers process images as long lists of pixels that do not have a clear connection to high-level semantics which could be used in the image search. There are various methods introduced in the literature to extract low-level image features and also approaches to connect these low-level features with high-level semantics. One of these approaches is called Bag-of-Features which is studied in the thesis. In the Bag-of-Features approach, the images are described using a visual codebook. The codebook is built from the descriptions of the image patches using clustering. The images are described by matching descriptions of image patches with the visual codebook and computing the number of matches for each code. In this thesis, unsupervised visual object categorisation using the Bag-of-Features approach is studied. The goal is to find groups of similar images, e.g., images that contain an object from the same category. The standard Bag-of-Features approach is improved by using spatial information and visual saliency. It was found that the performance of the visual object categorisation can be improved by using spatial information of local features to verify the matches. However, this process is computationally heavy, and thus, the number of images must be limited in the spatial matching, for example, by using the Bag-of-Features method as in this study. Different approaches for saliency detection are studied and a new method based on the Hessian-Affine local feature detector is proposed. The new method achieves comparable results with current state-of-the-art. The visual object categorisation performance was improved by using foreground segmentation based on saliency information, especially when the background could be considered as clutter.

Mild developmental dyslexia in university students: diagnosis and performance features in L1, L2, and L3

Avhandling visar att lindrig dyslexi påverkar läs- och skrivprestationer hos högpresterare. Särdrag träder tydligast fram i främmande språk och vid hantering av språkljud i krävande testuppgifter. Även om dyslexirelaterade problem vanligtvis är lindriga hos universitetsstudenter, är det centralt att dessa identifieras, eftersom de ses påverka akademiska prestationer. Avhandlingen lägger fram det första finlandssvenska dyslexitestet normerat för universitetsnivå (FS-DUVAN) och ger verktyg för utredning av läs- och skrivsvårigheter hos unga vuxna i Svenskfinland. Avhandlingen utforskar också språkspecifika särdrag av dyslexi hos högpresterande finlandssvenska universitetsstudenter i läs- och skrivuppgifter i svenska, finska och engelska. Detaljerade felanalyser visar att studenter med dyslexi speciellt har problem med kopplingar mellan språkljud och bokstav i det främmande språket engelska, som också i detta avseende är komplext. Resultat i komplexa kognitiva testuppgifter som förutsätter hantering av språkljud pekar på svikt i fonologisk processering, som betecknas som den huvudsakliga underliggande kognitiva nedsättningen vid utvecklingsbetingad dyslexi.

Interactions between genes and alcohol on aggressive behavior and anger related traits : the oxytocin receptor gene as a candidate

Alkoholberusning är en av de starkaste riskfaktorerna för aggressivt beteende. Alla individer blir dock inte aggressiva under alkoholberusning. I sin doktorsavhandling undersökte Johansson ifall individens genetiska uppsättning kan förklara skillnader i vem som reagerar på alkohol med ökat aggressivt beteende och ilska och vem som inte gör det. Resultaten visade att individer som är bärare av en viss variant av genen som kodar för oxytocinets receptorer är i högre grad benägna att uppvisa aggressivt beteende än andra när de är alkoholberusade. Sambandet mellan alkohol och ilska påverkades även av individens genetiska uppsättning av två oxytocinreceptorgenvarianter, vilket antyder att dessa genvarianter även påverkar benägenheten att känna ilska under alkoholberusning. Oxytocinet, som fungerar både som ett hormon och en neurotransmittor, har i tidigare studier visats ha breda effekter på sociala förmågor hos människan, såsom förmåga till igenkännande av andras känslouttryck. Resultaten är de första att hos människan experimentellt påvisa att vissa individer beter sig mer aggressivt än andra när de är berusade, beroende på individens genetiska uppsättning. ”Det är viktigt att komma ihåg att genens effekt i det här fallet inte är av en sådan natur att den direkt och ofrånkomligen orsakar aggressivt beteende. Med andra ord är det orimligt i detta fall att tänka att en individ skulle tillmätas ansvarsfrihet i exempelvis ett våldsbrottmål om hon bär på en viss variant av denna gen”, påpekar Johansson. Oxytocinreceptorgenens effekter analyserades i två olika urval. I ett experimentellt upplägg indelades 116 män slumpässigt i två grupper: en grupp som tilldelades alkoholhaltiga drycker, och en kontrollgrupp som tilldelades alkoholfria drycker. Aggressivt beteende mättes med ett laboratorietest där försökspersonerna fick bestraffa en fiktiv motspelare genom att spela upp motbjudande ljud för denne. Resultaten replikerades i ett populationsbaserat urval av män och kvinnor (n = 3755) vilka besvarat frågor om deras aggressiva beteenden, ilska, och alkoholanvändning.

Effects of Socioeconomic Status and Sociodemographic Features on Cardiovascular Disease. Mortality and Morbidity in Finland

Despite declining trends in morbidity and mortality, cardiovascular diseases have a considerable impact on Finnish public health. A goal in Finnish health policy is to reduce inequalities in health and mortality among population groups. The aim of this study was to assess inequalities in cardiovascular diseases according to socioeconomic status (SES), language groups and other sociodemographic characteristics. The main data source was generated from events in 35-99 year-old men and women registered in the population-based FINMONICA and FINAMI myocardial infarction registers during the years ranging from 1988-2002. Information on population group characteristics was obtained from Statistics Finland. Additional data were derived from the FINMONICA and FINSTROKE stroke registers and the FINRISK Study. SES, measured by income level, was a major determinant of acute coronary syndrome (ACS) mortality. Among middle-aged men, the 28-day mortality rate of the lowest group of six income groups was 5.2 times and incidence 2.7 times as high when compared to the highest income group. Among women, the differences were even larger. Among the unmarried, the incidence of ACS was approximately 1.6 times as high and their prognosis was significantly worse than among married persons - both in men and women and independent of age. Higher age-standardized attack rates of ACS and stroke were found among Finnish-speaking compared to Swedish-speaking men in Turku and these differences could not be completely explained by SES. In these language groups, modest differences were found in traditional risk factor levels possibly explaining part of the found morbidity and mortality inequality. In conclusion, there are considerable differences in the morbidity and mortality of ACS and stroke between socioeconomic and sociodemographic groups, in Finland. Focusing measures to reduce the excess morbidity and mortality, in groups at high risk, could decrease the economic burden of cardiovascular diseases and thus be an important public health goal in Finland.

Features of a Ziegler-Natta catalyst prepared with the Sirius emulsion-based catalyst production technology

Traditionellt har man ansett att Ziegler-Natta katalysatorer för framställning av polypropen bör ha stor inre yta och hög porositet för att ge hög aktivitet och bra polymerpartikelmorfologi. Den av Borealis utvecklade Sirius emulsionsbaserade katalysatortillverkningsteknologin ger katalysatorer utan mätbar inre yta och porositet. Katalysatorn ger, trots sin kompakthet, polymerpartiklar med utmärkt morfologi och har hög aktivitet. Sirius katalysatorns prestanda, beträffande polymerisationskinetik och polymerstruktur, undersöktes i detta doktorsarbete. En jämn och kontrollerad tidig fragmentering av katalysatorn är av största vikt för att uppnå bra partikelmorfologi i en kommersiell process. Det visades att fragmenteringen av Sirius katalysatorn under de första sekunderna och minuterna av reaktionen framskred på ett homogent sätt. Oligomerhalten i den slutliga produkten är viktig i många applikationer, tex. i applikationer där polymeren kommer i kontakt med mat. Polymerer producerade med Sirius katalysatorn hade en låg oligomerhalt på grund av den smala molekylviktsfördelningen. Analys av kedjeändorna avslöjade att Sirius katalysatorn hade en hög frekvens av kedjeöverföring till monomer, vilket förklarade Sirius katalysatorns något begränsade förmåga att producera polymerer med hög molekylvikt. Sampolymerer av propen och eten producerade med Sirius uppvisade jämnare eten fördelning mellan långa och korta kedjor samt en mera randomiserad fördelning av eten längs med kedjorna än med den konventionella referenskatalysatorn. Tillsammans med den smala molekylviktsfördelningen indikerade resultaten att fördelningen av typer av aktiva centrum i Sirius katalysatorn är smal. Då man producerar polypropen med hög slagseghet skall polymerpartiklarna ha hög porositet för att kunna ackumulera eten/propen gummit. SiO2 nanopartiklar tillsatta under framställningen av Sirius katalysatorn ökade polymerpartikelns porositet, vilket möjliggjorde en dramatisk ökning av gummihalten.

Coping with international atrocities through criminal law : a study into the typical features of international criminality and the reflection of these traits in international criminal law

-