Targeting Adenoviral Gene Therapy Vectors to Head and Neck Squamous Cell Carcinoma and Heart

Gene therapy aims to treat diseases by introducing genetic material to the diseased tissue. For cancer treatment it is important to destroy cancerous cells; this can be achieved by introducing a gene, which induces cell death or by allowing viral vectors to replicate, which also results in destruction of cancerous cells. For cardiac diseases the approach is more like the former, except the gene produces beneficial effects, like angiogenesis. Adenoviruses have many beneficial qualities, which make the virus an interesting gene therapy vector; it can be produced relatively easily, its manipulation is quite easy and it has naturally broad tropism. By removing or replacing certain genes in the adenoviral genome, it can be made non-replicative. In this study, adenoviral receptor expression patterns were characterized in both head and neck squamous cell carcinoma and the human heart. Adenovirus serotype 5 receptor expression in head and neck cancer cell lines was found to be highly variable between cell lines and overall at lower levels, while Ad35 receptor expression was more uniform and at higher levels in all analyzed cell lines. It was also shown that a hybrid virus Ad5/35 is able to infect cells refractory to Ad5, which correlates with receptor expression in these cells. Furthermore, this difference in infection properties extends to cell killing efficiency in case of conditionally replicative viruses. Expression levels of adenoviral receptors CAR, CD46, CD86 and αv-integrins were found to be high both in normal and dilated cardiomyopathy heart tissue. The receptor levels also correlate with transduction efficiency after intracardiac injection. Ad5 showed superior transduction ability compared with Ad5/35, but evoked also a more profound immune reaction when administered this way. Adenoviral gene therapy vectors are the most used delivery vehicles in clinical trials to date. These vectors have proven to be well tolerated and positive results have been obtained when combined with traditional treatments, although poor transduction efficiency has often been reported due to low-level expression of viral receptors on target cells. In spite of this, the results are encouraging and merit for further research.

GPS-paikkatiedonliittäminen matkapuhelinpalveluihin

2000-luvun vaihteessa paikkatietoa hyödyntävistä matkapuhelinpalveluista odotettiin muodostuvan eräs merkittävimmistä kilpailuvalteista eri matkapuhelinoperaattoreiden välillä. Kiinnostusta paikkatietoa hyödyntäviin palveluihin lisäsi kaupallisten sovellusten lisäksi Yhdysvaltojen liittovaltioiden liikenneministeriön säätämä laki, joka velvoittaa paikantamaan yleiseen hätänumeroon soitetut puhelut. Erityisesti laite- ja verkkotoimittajat odottivat tämänluovan heille uusia markkinoita. Markkinoille tuli useita kilpailevia menetelmiä, joilla matkapuhelimia voitiin paikantaa. Suurin osa näistä menetelmistä hyödynsi GSM-verkon signalointia paikannuksen tekemiseen. Samaan aikaan kohonnut matkapuhelinten suorituskyky mahdollisti GPS-vastaanottimien integroinnin matkapuhelimiin ja ensimmäiset tällaiset matkapuhelimet ilmestyivät markkinoille. Matkapuhelinten paikantamiseen liittyvä standardointi on melko hajanaista. ETSI on standardoinut joukon erilaisia menetelmiä, joilla matkapuhelin paikkatieto voidaan selvittää. Nämä standardit eivät kuitenkaan määrittele sitä, kuinka paikkatieto siirretään sitä hyödyntävien palveluiden käyttöön. Paikkatiedonsiirtämiseen ja esittämiseen liittyvässä standardoinnissa eri laite- ja ohjelmistovalmistajat ovat tehneet liittoutumia keskenään ja esitelleet keskenään kilpailevia standardeja ja suosituksia. Tälläkään osa-alueella mikään liittoutuma ei ole saavuttanut määräävää markkina-asemaa. Tässä työssä suunniteltiin ja toteutettiin järjestelmä, jonka avulla voidaan paikantaa sellaisia GSM-päätelaitteita, joihin on integroitu GPS-vastaanotin. Toteutettu järjestelmä liitettiin uudeksi paikannusmenetelmäksi solupaikannuksen rinnalle Sonera Pointer paikannusjärjestelmään. Työn aikana testattiin joukko markkinoilla olleita GSM-puhelimia, joihin oli integroitu GPS-vastaanotin. Matkapuhelinten testauksessa erityinen huomio kiinnittyi siihen, kuinka GPS-paikkatieto saadaan siirrettyä matkapuhelimesta verkossa sijaitsevien sovellusten käyttöön. Toteutetun järjestelmän suunnittelussa täkein lähtökohta oli järjestelmän joustavuus. Standardien hajanaisuus ja osittainen puuttuminen aiheuttivat sen, että järjestelmästä oli tehtävä mahdollisimman helposti laajennettava. Toinen merkittävä suunnitteluun vaikuttanut tekijä oli operaattoririippumattomuus, koska Sonera Pointer järjestelmää oli tarkoitus myydä myös muille matkapuhelinoperaattoreille.

Removal of Cadmium, Lead and Arsenic from Water by Lactic Acid Bacteria

A number of contaminants such as arsenic, cadmium and lead are released into the environment from natural and anthropogenic sources contaminating food and water. Chronic oral ingestion of arsenic, cadmium and lead is associated with adverse effects in the skin, internal organs and nervous system. In addition to conventional methods, biosorption using inactivated biomasses of algae, fungi and bacteria has been introduced as a novel method for decontamination of toxic metals from water. The aim of this work was to evaluate the applicability of lactic acid bacteria as tools for heavy metal removal from water and characterize their properties for further development of a biofilter. The results established that in addition to removal of mycotoxins, cyanotoxins and heterocyclic amines, lactic acid bacteria have a capacity to bind cationic heavy metals, cadmium and lead. The binding was found to be dependent on the bacterial strain and pH, and occurred rapidly on the bacterial surface, but was reduced in the presence of other cationic metals. The data demonstrates that the metals were bound by electrostatic interactions to cell wall components. Transmission electron micrographs showed the presence of lead deposits on the surface of biomass used in the lead binding studies, indicating involvement of another uptake/binding mechanism. The most efficient strains bound up to 55 mg Cd and 176 mg Pb / g dry biomass. A low removal of anionic As(V) was also observed after chemical modification of the cell wall. Full desorption of bound cadmium and lead using either dilute HNO₃ or EDTA established the reversibility of binding. Removal of both metals was significantly reduced when biomass regenerated with EDTA was used. Biomass regenerated with dilute HNO3 retained its cadmium binding capacity well, but lead binding was reduced. The results established that the cadmium and lead binding capacity of lactic acid bacteria, and factors affecting it, are similar to what has been previously observed for other biomasses used for the same purpose. However, lactic acid bacteria have a capacity to remove other aqueous contaminants such as cyanotoxins, which may give them an additional advantage over the other alternatives. Further studies focusing on immobilization of biomass and the removal of several contaminants simultaneously using immobilized bacteria are required.

Liqum-järjestelmän optimointi eräällä paperikoneella

Tämän työn tarkoituksena oli jalkauttaa Liqum Oy:n kehittämä Chemistry Navi-gator (Chena) kunnossapidon ja tuotannon päivittäiseksi työkaluksi prosessin märän pään kemian seurantaan. Chena – analysaattorin mittausteknologia perustuu hapetus – pelkistysreaktioiden mittaamiseen. Analysaattori mittaa paperimassassa olevien ionien ja ionikombinaatioiden konsentraatioita ja aktiivisuuksia kuudella anturilla, joiden toiminta perustuu sähkökemiallisiin muutoksiin mitattavassa näytteessä. Diplomityön tarkoituksena oli erityisesti Chena – järjestelmän toimintakuntoon saattaminen sekä tutkia minkälaisia muutoksia märkäosan kemian tilassa analysaattorilla voidaan havaita. Työn kirjallisuusosassa esitellään yleisesti paperikoneen märkäosan kemiallisia ilmiöitä ja kemian tilan muuttujia. Lisäksi esitellään yleisimpiä prosessiin annosteltavia paperin laatuun sekä prosessin toimivuuteen vaikuttavia kemikaaleja. Kokeellisessa osassa optimoitiin järjestelmässä olevien ajoparametrien raja-arvoja vastaamaan nykypäivän ajo-olosuhteita sekä tutkittiin miten Chenan signaalit reagoivat eri massasuhteilla ja kemikaaliannoksilla. Kokeellisen osassa suoritettujen askelvastekokeiden tulosten perusteella havait-tiin, että peroksidi ja ditioniitti antoivat voimakkaimmat vasteet Chenan signaaleihin varsinkin suuremmilla pitoisuuksilla. Myös retentio- ja vaahdonestoaineen osalta oli havaittavissa selviä vasteita Chenan signaaleissa. Massasuhteiden osalta merkittävimmät vasteet Chenan signaaleihin PK4:n puolella aiheuttivat täysin hylytön massaseos sekä puolet kokonaistilavuudesta päällystämätöntä hylkyä sisältänyt massaseos. PK7:n puolella voimakkaimmat vasteet aiheutuivat alhaisen hylkypitoisuuden massoista. Chena avulla saadaan uutta

MicroRNAs as novel regulators of skeletal homeostasis

The human skeleton is composed of bone and cartilage. The differentiation of bone and cartilage cells from their bone marrow progenitors is regulated by an intrinsic network of intracellular and extracellular signaling molecules. In addition, cells coordinate their differentiation and function through reciprocal cell‐to‐cell interactions. MicroRNAs (miRNAs) are small, single‐stranded RNA molecules that inhibit protein translation by binding to messenger RNAs (mRNAs). Recent evidence demonstrates the involvement of miRNAs in multiple biological processes. However, their role in skeletal development and bone remodeling is still poorly understood. The aim of this thesis was to elucidate miRNA‐mediated gene regulation in bone and cartilage cells, namely in osteoblasts, osteoclasts, chondrocytes and bone marrow adipocytes. Comparison of miRNA expression during osteogenic and chondrogenic differentiation of bone marrow‐derived mesenchymal stem cells (MSCs) revealed several miRNAs with substantial difference between bone and cartilage cells. These miRNAs were predicted to target genes essentially involved in MSC differentiation. Three miRNAs, miR‐96, miR‐124 and miR‐199a, showed marked upregulation upon osteogenic, chondrogenic or adipogenic differentiation. Based on functional studies, these miRNAs regulate gene expression in MSCs and may thereby play a role in the commitment and/or differentiation of MSCs. Characterization of miRNA expression during osteoclastogenesis of mouse bone marrow cells revealed a unique expression pattern for several miRNAs. Potential targets of the differentially expressed miRNAs included many molecules essentially involved in osteoclast differentiation. These results provide novel insights into the expression and function of miRNAs during the differentiation of bone and cartilage cells. This information may be useful for the development of novel stem cell‐based treatments for skeletal defects and diseases.

Hitsaustuotannon kehittäminen tuulivoimalan tornin valmistuksessa

Tuulivoima on Euroopassa nopeimmin kasvava energian tuotantomuoto. Tuulivoimateollisuuden arvioidaan kasvavan Suomessa huomattavasti lähivuosien aikana ennakoidun syöttötariffipäätöksen myötä, jolloin kilpailu alalla tulee kasvamaan. Tavoitteena oli kehittää tuulivoimalan tornin valmistusta Levator Oy:ssä hitsaustuotantoa tehostamalla ja tuotannon ohjattavuutta parantamalla. Kehitystyöhön kuului toisen hitsauslinjan käyttöönoton suunnittelu ja ohjeiston laatiminen työnjohdolle. Toisen hitsauslinjan käyttöönoton suunnittelun tarkoituksena oli suunnitella muutokset nykyiseen tuotantoon uuden linjan käyttöönoton mahdollistamiseksi. Suunnittelu aloitettiin valitsemalla hitsausprosessit, jonka jälkeen suunniteltiin laitetarpeet työvaihe-analyysien pohjalta. Tuotantolayout muutettiin nykyisestä funktionaalisesta tuotannosta tuotantosoluista koostuvaksi tuotantolinjaksi, jolloin materiaalien virtautus parani huomattavasti. Tuotannon ohjaustavaksi valittiin kapeikko-ohjaus. Ohjeiston laatimisen tarkoituksena oli kerätä ja dokumentoida kaikki tuotannossa tarvittava tieto. Ohjeiston sisältää laadunohjaus, materiaalivirtojen ohjaus ja työnohjaus osiot, joiden tarkoituksena on helpottaa työnjohtamista. Ohjeisto määrittelee yhtenäiset tuotannon toimintatavat, jolloin tuotannon ohjattavuus helpottuu. Tavoitteet täyttyivät, kun toisen tuotantolinjan käyttöönoton vaatimat muutokset aloitettiin suunnitelmien mukaisesti syyskuussa 2009. Ohjeiston sisältö saatiin määriteltyä ja eri osioiden pilotit saatiin valmiiksi joulukuun aikana. Tuotannon ohjattavuus kehittyi huomattavasti ja samalla tuottavuus parani merkittävästi.

The Chromatoid body entourage: Molecular characterization of the Chromatoid body‐associated cytoplasmic vesicles

Spermatogenesis is a unique process compared to cell differentiation in somatic tissues. Germ cells undergo a considerable number of metabolic and morphological changes during their differentiation: they initially proliferate by mitosis to increase in number; at some point they scramble their genetic material by meiosis, to create new genetic combinations that are the basis for evolution through natural selection and, finally, they change their shape and produce specialized structures characteristic of the mature sperm. Germ cells display an astonishingly broad transcription of their genome compared to differentiated somatic cells. Moreover, the different RNAs need to be specifically regulated in space and time for sperm production to occur appropriately. Different proteins localized in specific subcellular compartments, along with regulatory small RNAs, have an essential role in the proper execution of the different steps of spermatogenesis. These ribonucleoprotein granules interact with cytoplasmic vesicles and organelles to accomplish their role during sperm development. In this study, we characterized the most prominent ribonucleoprotein granule found in germ cells, the Chromatoid body (CB). For the first time we investigated the interaction of the CB with the cytoplasmic vesicles that surround it. These studies directed us to the description of Retromer proteins in germ cells and their involvement with the CB and the acrosome formation. Moreover, we discovered the interplay between the CB and the lysosome system in haploid round spermatids, and identified FYCO1, a new protein central to this interaction. Our results suggest that the vesicular transport system participates in the CB-mediated RNA regulation during sperm development.