Automaattisen nukleiinihappoeristyslaitteen ja reaaliaikaisen PCR-menetelmän soveltuvuus herpes simplex -virusten keskushermostoinfektiodiagnostiikkaan

Keskushermosto- ja neonataali-infektiot ovat herpes simplex -virusten aiheuttamista taudeista vakavimpia. Niihin on olemassa lääkitys, joka on tehokkain, kun se aloitetaan aivan sairauden alkuvaiheessa. Näiden infektioiden diagnostiikassa PCR-menetelmä on herkin. Tämä menetelmä on kuitenkin työläs ja aikaa vievä, joten uudet nopeammat menetelmät ovat tervetulleita. Opinnäytetyö tehtiin HUSLABin virologian osastolle. Työssä testattiin QIAGENIN artus®HSV-1/2 LC PCR-reagenssipakkausta, joka on tehty käytettäväksi Roche diagnosticsin reaaliaikaisella PCR-laitteella LightCyclerillä. Lisäksi työssä testattiin automaattista bioMérieuxin NucliSens easyMAG- nukleiinihappoeristyslaitetta. Referenssinä käytettiin HUSLABin virologian osastolla testaushetkellä käytössä olevia menetelmiä. Reaaliaikaisen PCR-menetelmän herkkyyttä testattiin positiivisilla HSV-1 ja HSV-2 kontrollilaimennussarjoilla. Menetelmän oikeellisuutta testattiin määrittämällä laaduntarkkailu- ja potilasnäytteitä, jotka olivat likvoria. Tuloksia verrattiin QCMD:n antamiin ja perinteisellä ”in house”- PCR-menetelmällä saatuihin referenssituloksiin. Spesifisyyttä testattiin muiden ihmisten herpesvirusten positiivisilla kontrolleilla. Automaattisen nukleiinihappoeristysmenetelmän toimivuutta testattiin HSV-positiivisilla ja -negatiivisilla likvornäytteillä, jotka oli aikaisemmin eristetty fenoli-kloroformiuutolla. Tulokset QIAGENIN artus®HSV-1/2 LC PCR-reagenssipakkauksesta olivat hyviä. Kont-rollilaimennussarjan määrityksessä reaaliaikainen PCR-menetelmä osoittautui perinteistä ”in house”- PCR-menetelmää herkemmäksi. Potilasnäytteiden määrityksessä tulokset olivat yhtenevät. EasyMAG- nukleiinihappoeristysmenetelmällä eristettyjen potilasnäytteiden määrityksistä saadut tulokset olivat myös hyviä. Kun tuloksia verrattiin fenoli-kloroformiuutolla saatuihin tuloksiin, olivat tulokset yhtä näytettä lukuun ottamatta yhtenevät. Molemmat testattavat menetelmät ovat nopeita ja virhelähteiden mahdollisuus on vähäisempi kuin perinteisessä ”in house”-PCR menetelmässä ja fenoli-kloroformiuutolla nukleiinihappoa eristettäessä. Tutkimusten tulokset osoittivat molempien menetelmien soveltuvan hyvin HSV:n eristykseen ja määritykseen likvornäytteistä.

Enterohemorraginen Escherichia coli (EHEC) ja sen osoittaminen PCR-menetelmällä

Summary: Enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC) and its detection with a PCR method

Luokatonta lyriikkaa? Yhteiskuntaluokka Asan, Palefacen ja Julman Henrin rap-sanoituksissa

Tutkimuksen tavoitteena on yhteiskuntaluokan näkökulmasta tutkia, miten ja miksi suomalaisissa rap-sanoituksissa tehdään eroa eri ihmisryhmien välille? Työssä tarkastellaan luokan tuottamista kolmen rap-artistin teksteissä. Asan Leijonaa metsästän (2005), Julman Henrin Al Queda Finland (2007) ja Palefacen Helsinki –Shangri-La (2010) ovat kaikki albumeita, joissa yhteiskuntaluokka nousee tavalla tai toisella korostuneesti esiin. Yhteistä albumien teksteille on vahva yhteiskunnallinen eetos, joka alleviivaa ihmisryhmien välisiä eroja ja valta-asetelmia. Luokka nähdään tutkimuksessa erona, joka nivoutuu yhteiskunnalliseen eriarvoisuuteen ja valtaan. Luokka on korostuneesti orgaaninen ilmiö. Se ei ole mikään jumalallinen ilmoitus, vaan se syntyy kerta toisensa jälkeen uudestaan kokemusten kautta. Tutkimuksessa tarkastellaankin sitä, millainen määräysvalta subjektilla on omaan luokkaansa. Yksilöllisyyden ja yhteisöllisyyden painottuminen sanoituksissa määrittää sitä, millaiseksi puhujien suhde omaan luokkaansa muodostuu. Rap-sanoitusten lisäksi työn aineistona toimivat 1970-luvun poliittisen laululiikkeen kärkiryhmän, Agit Propin sanoitukset. Agit-Propin kokoelmalevyn Agit-Prop 1970- 1977 (1995) tekstit luovat rap-sanoituksille niin sanotun ymmärtämisen kontekstin. Työväenlaulujen sanoitukset osoittavat, että 2000-luvun suomalaisen rap-musiikin luokkapuhe ei suinkaan ole historiatonta – rap-sanoitusten anti-kapitalistinen luokka käy vuoropuhelua poliittisen laululiikkeen työväenluokan kanssa. Rap-sanoitusten luokkapuhe kurottaa moneen suuntaan. Tarkoituksena on osoittaa, miten tekstien puhujien identiteetti on osin riippuvainen luokasta ja miten sanoitusten anti-kapitalistinen luokka syntyy vapaudettomuudesta, jonka puhujat kohtaavat. Kun kapitalistinen järjestelmä näyttää rap-tekstien alistetuille subjekteille nurjemman puolensa, syntyy oidipaalinen halu. Puhujat haluavat hyökätä heidät kuluttajina synnyttäneeseen kapitalistiseen järjestelmään ja suistaa kapitalistisen koneen raiteiltaan. Oidipaalinen halu kasvattaa vihan tunteen, joka toimii luokan koossapitävänä voimana. Yhteiskuntaluokkaa tuotetaan teksteissä monin tavoin. Keskeisiä kysymyksiä ovat, miten luokan rajat sanoituksissa kerrotaan ja miten subjektit merkitään symbolisen kamppailun myötä luokkiensa edustajiksi. Luokan tuottamisen erilaiset tavat tuovat esiin selkeitä eroja rap-sanoitusten luokkaprosesseissa.

Mull' on lupa – ainakin vielä” Puhuja ja valta Laineen Kasperin ja Palefacen rap-sanoituksissa

Tutkielman tavoitteena on analysoida suomenkielisten rap-sanoitusten sisältämiä valtasuhteita ja selvittää millä tavalla valta tuottaa sanoitusten puhujia ja minkälaiset puhujista rakentuvat. Tutkielman aineisto koostuu Laineen Kasperin ja Palefacen 2010-luvulla julkaistuista rap-sanoituksista. Laineen Kasperin tuotannosta aineestoon sisältyvät sanoitukset albumeilta Olet tässä / Du är här / You are here (2010), Pako-Laine (2012), Palava kaupunki (2015) sekä albumien ulkopuolelta eri esittäjien kappaleita sisältävällä OSW Mixtape (2012) -levyllä julkaistu kappale ”Totuutta ja tulta”. Palefacen tuotannosta aineistossa ovat albumit Helsinki–Shangri-La (2010), Maan tapa (2012) ja Luova tuho (2014). Aineisto on valikoitunut sen yhteiskuntakriittisen sisällön ja vallankäyttöön eri tavalla suhtautuvien puhujien vuoksi. Aineiston rajauksen 2010-luvulla julkaistuihin kappaleisiin on tarkoitus pitää tutkielma mahdollisimman ajankohtaisena, jotta se voisi kertoa myös jotain nykyaikaisesta yhteiskuntakriittisestä rap-musiikista ja yhteiskunnasta, jonka sisällä se on tehty. Tutkielmassa keskitytään erityisesti sanoituksissa representoidun yhteiskunnan instituutioiden ja puhujien välisiin valtasuhteisiin. Nuo valtasuhteet näyttäytyvät kamppailuina, joissa puhujien vastustus paljastaa heihin kohdistuvan vallankäytön. Vastarinta tuottaa puhujissa kriittisyyttä ja vastaukseksi yhteiskuntakritiikkiin syntyy unelma täydellisestä yhteiskunnasta, utopia. Vaikka eri puhujien vastarinnan kohteet ovat suurelta osin samoja, eroavat heidän tapansa vastustaa merkittävästi toisistaan. Syynä ovat puhujien erilaiset pääomat, jotka aiheuttavat sen, että mahdollisuudet vastarintaan ovat erilaiset. Toisinaan ainoa vaihtoehto on pakeneminen. Puhujat eivät kuitenkaan ole yksin vastarinnassa vaan osana suurempaa yhteisöllistä joukkkoa. Erottautumisen kautta puhujat tuottavat yhteiskunnallista luokkajakoa ja alakulttuuria. Tutkielman teoreettisena viitekehyksenä hyödynnetään Michel Foucault'n valtakäsitettä, jossa valtaa pidetään ensisijaisesti tuottavana. Näkökulmana tutkielmassa on se, miten valta tuottaa erityisesti aineiston puhujien ominaisuuksia ja toimintaa. Pierre Bourdieun distinktioteorian avulla analysoidaan, missä suhteessa puhujat ovat heihin valtaa käyttäviin instituutioihin ja minkälaiset mahdollisuudet puhujilla itsellään on vallankäyttöön. Tutkielmassa pohditaan lopuksi, minkälainen kuva vallankäytön mahdollisuuksista tai mahdottomuudesta yhteiskunnassa sanoituksissa rakennetaan.

Aikaerotteisesti fluoresenssia mittaavan reaaliaikaisen PCR-laitteen kehitys

Kvantitatiivinen reaaliaikainen polymeraasiketjureaktio (engl. polymerase chain reaction, PCR) on osoittautunut käyttäjäystävällisimmäksi menetelmäksi nukleiinihapposekvenssien kvantitoimisessa. Tätä menetelmää voidaan herkistää pienempien DNA-pitoisuuksien havaitsemiseen käyttämällä hyväksi aikaerotteista fluorometriaa (engl. time-resolved fluorometry, TRF) ja luminoivia lantanidileimoja, joiden fluoresenssin pitkän eliniän ansiosta emission mittaus voidaan suorittaa vasta hetki virittävän valopulssin jälkeen, jolloin lyhytikäinen taustasäteily ehtii sammua. Tuloksena saadaan korkea signaali-taustasuhde. Tämän diplomityön tarkoituksena oli rakentaa TRF:än pystyvä reaaliaikainen PCR-laite, sillä tällaista laitetta ei ole markkinoilla tarjolla. Laite rakennettiin kehittämällä lämpökierrätin ja yhdistämällä se valmiiseen TRF:än kykenevään mittapäähän. Mittapään ja lämpökierrättimen hallitsemiseksi kehitettiin myös tietokoneohjelma. Valon tuottamiseksi ja mittaamiseksi haluttiin käyttää edullisia komponentteja, joten työssä käytettiin valmiin mittapään optiikkaa, jossa viritys tapahtuu hohtodiodilla (engl. light-emitting diode, LED) ja lantanidileiman emission mittaus fotodiodilla (engl. photodiode, PD) tai valomonistinputkella (engl. photomultiplier tube, PMT). Myös mittapään suorituskykyä tutkittiin. Työtä varten kehitettiin lämpökierrätin, joka koostui Peltier-elementillä lämmitettävästä PCR-putkitelineestä ja lämpökannesta. Mittalaitteen suorituskyvyn tutkimiseen käytettiin kelaattikomplementaatioon perustuvaa PCR-tuotteen havaitsemismenetelmää. Kelaattikomplementaatio perustuu kahteen erilliseen oligonukleotidimolekyyliin, joista toiseen on sidottu lantanidi-ioni ja toiseen valoa absorboiva ligandirakenne, jotka yhdessä muodostavat fluoresoivan kokonaisuuden. Kehitetyn lämpökierrättimen todettiin olevan tarpeeksi tarkka sekä tehokas ja sen lämmitys- ja jäähdytysnopeuden maksimeiksi saatiin 2,6 °C/sekunti. Detektorina käytetyn PD:n ei todettu olevan tarpeeksi herkkä emission havainnoimiseksi ja se korvattiin laitteessa PMT:llä. Käytetyllä PCR-määrityksellä kynnyssykleiksi (engl. threshold cycle, Ct) sekä kehitetylle että referenssilaitteelle saatiin 28,4 käyttämällä samaa 100 000 kopion DNA:n aloitusmäärää. Työssä osoitettiin, että on mahdollista kehittää edullisia komponentteja käyttävä, TRF:än pystyvä, reaaliaikainen PCR-laite, joka kykenee vastaavaan Ct-arvoon kuin vertailulaite. PD:n herkkyys ei kuitenkaan riittänyt. Tulokset olivat lupaavia, sillä LED- ja PD-teknologiat kehittyvät ja markkinoille on tullut myös muita komponentteja, joiden avulla on tulevaisuudessa mahdollista kehittää vielä herkempi laite.