Quantitative refinement of reaction-based biomodels

In the field of molecular biology, scientists adopted for decades a reductionist perspective in their inquiries, being predominantly concerned with the intricate mechanistic details of subcellular regulatory systems. However, integrative thinking was still applied at a smaller scale in molecular biology to understand the underlying processes of cellular behaviour for at least half a century. It was not until the genomic revolution at the end of the previous century that we required model building to account for systemic properties of cellular activity. Our system-level understanding of cellular function is to this day hindered by drastic limitations in our capability of predicting cellular behaviour to reflect system dynamics and system structures. To this end, systems biology aims for a system-level understanding of functional intraand inter-cellular activity. Modern biology brings about a high volume of data, whose comprehension we cannot even aim for in the absence of computational support. Computational modelling, hence, bridges modern biology to computer science, enabling a number of assets, which prove to be invaluable in the analysis of complex biological systems, such as: a rigorous characterization of the system structure, simulation techniques, perturbations analysis, etc. Computational biomodels augmented in size considerably in the past years, major contributions being made towards the simulation and analysis of large-scale models, starting with signalling pathways and culminating with whole-cell models, tissue-level models, organ models and full-scale patient models. The simulation and analysis of models of such complexity very often requires, in fact, the integration of various sub-models, entwined at different levels of resolution and whose organization spans over several levels of hierarchy. This thesis revolves around the concept of quantitative model refinement in relation to the process of model building in computational systems biology. The thesis proposes a sound computational framework for the stepwise augmentation of a biomodel. One starts with an abstract, high-level representation of a biological phenomenon, which is materialised into an initial model that is validated against a set of existing data. Consequently, the model is refined to include more details regarding its species and/or reactions. The framework is employed in the development of two models, one for the heat shock response in eukaryotes and the second for the ErbB signalling pathway. The thesis spans over several formalisms used in computational systems biology, inherently quantitative: reaction-network models, rule-based models and Petri net models, as well as a recent formalism intrinsically qualitative: reaction systems. The choice of modelling formalism is, however, determined by the nature of the question the modeler aims to answer. Quantitative model refinement turns out to be not only essential in the model development cycle, but also beneficial for the compilation of large-scale models, whose development requires the integration of several sub-models across various levels of resolution and underlying formal representations.

Ensimmäiset äänet : yhteissoittomateriaali klarinetinsoiton vasta-alkajille

Työ on kaksiosainen. Raporttiosassa esittelen tekemäni yhteissoittomateriaalin ja sen tekemisen vaiheita ja haasteita. Klarinetin rakennetta ja alkeisoppijaksoja koskeva alkuselvitykseni tekee työn ymmärrettäväksi myös niille, jotka eivät ole tekemisissä klarinetinsoiton kanssa. Työn toinen osa on erillinen vihko, joka sisältää sovituksia tutuista kappaleista sekä omia sävellyksiäni klarinettiryhmille. Kappaleista on sekä partituurit että erilliset stemmat soittajille. Kappaleissa on 3-4 b-klarinettia ja basso, lisäksi mahdolliselle c-klarinetille on oma stemmansa. Kappaleissa on erityisesti otettu huomioon vasta-alkajat ja heidän taitonsa. Omissa sävellyksissä on kantavana ajatuksena oleellisesti klarinetinsoittoon liittyviä asioita kuten yksittäinen sormitusyhdistelmä tai intervalli, jonka ympärille kappale on rakennettu. Työni on tarpeen, koska klarinetinsoiton alkeisoppilaille on vaikea löytää yhteissoittomateriaalia, varsinkin jos ryhmässä on hyvin eritasoisia oppilaita. Aivan vasta-alkajille mielekästä materiaalia ei juuri ole saatavilla. Opinnäytetyön tekemisen tuloksena on avautunut uusia näkökulmia sekä opetukseen että yhteismusiikkiin. Olen sovituksia tehdessäni joutunut miettimään esimerkiksi kaikki helpot ja vaikeat sormitusyhdistelmät ja äänen tuottamisen kannalta vaikeat hypyt. Tällaisten asioiden tunteminen auttaa itseäni ja muita klarinettipedagogeja paitsi itse tekemään yhteissoittomateriaalia myös valitsemaan muiden tekemästä materiaalista omiin tarkoituksiin sopivimmat kappaleet.

Grain yield, net blotch and scald of barley in Finnish official variety trials

Selostus: Ohrasato ja verkko- ja rengaslaikku virallisissa lajikekokeissa

Effect of data acquisition accuracy on timing of stand harvests and expected net present value

Abstract

Implementing Microsoft .NET Framework for Bitumen-Extranet

Ohjelmistoprojektit pohjautuvat nykyään useasti osittain itsenäisesti suunniteltujen ja; toteutettujen ohjelmakomponenttien yhdistelemiseen. Tällä keinolla voidaan vähentää kehitystyön; viemää aikaa ja kustannuksia, jotta saadaan tuotettua kilpailukykyisempiä ohjelmistoja.; Tässädokumentissa käsitellään komponenttipohjaisen ohjelmistotuotannon näkökulmia ja; Microsoft .NET Framework ympäristöä, joka on kehitysympäristö komponenttipohjaisille; ohjelmistoille. Lisäksi esitellään tapauskohtainen ohjelmistoprojekti extranet-verkon; toteutukseen.

Ohjelmistokomponenttien käyttö .NET-sovelluskehityksen nopeuttajana

Diplomityön tavoitteena oli tutkia, miten uusi arkkitehtuurialusta soveltuu erään teolli-suusyrityksen tietojärjestelmien kehittämiseen ja sovellusten toteuttamiseen. Työssä keskeisin käsite oli ohjelmistoarkkitehtuuri ja siihen liittyvät suunnittelumallit sekä komponentit, jotka hyvin suunniteltuina toimivat perustana nopeammalle sovelluskehi-tykselle. Tutkimusmetodina käytettiin konstruktiivista (suunnittelutieteellistä) tutkimusmetodia. Sen vahvat ominaisuudet tukevat tutkimusaiheen innovatiivisuutta sekä soveltavan tie-teen käyttöä uuden tiedon tuottamiseksi. Heikkoutena voinee pitää tulosten analysoinnin vaikeutta, sillä evaluointi tapahtuu käytännöstä saatujen kokemusten perusteella. Työn tuloksena saatiin lisätietämystä komponenttiensuunnitteluun ja toteutukseen liit-tyvissä kysymyksissä. Lisäksi sovelluspalvelimelle luotiin joukko komponentteja, joita tullaan käyttämään jatkossa tietokantasovelluksissa: uusien komponenttien suunnittelua jatketaan ja järjestelmien suunnittelua muutetaan oliopohjaiseksi.

Cost Models for Routing and Wavelength Assignment in Wavelength-Division Multiplexing Optical Net

WDM (Wavelength-Division Multiplexing) optiset verkot on tällä hetkellä suosituin tapa isojen määrän tietojen siirtämiseen. Jokaiselle liittymälle määrätään reitin ja aallonpituus joka linkin varten. Tarvittavan reitin ja aallon pituuden löytäminen kutsutaan RWA-ongelmaksi. Tämän työn kuvaa mahdollisia kustannuksen mallein ratkaisuja RWA-ongelmaan. Olemassa on paljon erilaisia optimoinnin tavoitteita. Edellä mainittuja kustannuksen malleja perustuu näillä tavoitteilla. Kustannuksen malleja antavat tehokkaita ratkaisuja ja algoritmeja. The multicommodity malli on käsitelty tässä työssä perusteena RV/A-kustannuksen mallille. Myöskin OB käsitelty heuristisia menetelmiä RWA-ongelman ratkaisuun. Työn loppuosassa käsitellään toteutuksia muutamalle mallille ja erilaisia mahdollisuuksia kustannuksen mallein parantamiseen.

Net communication strategy planning and management

Tutkielman tavoitteena on selvittää kuinka suunnitella ja hallita tehokasta verkkoviestintää, joka vastaa kohdeyleisön ja palvelun ylläpitäjien kasvaviin vaatimuksiin. Tutkielma on normatiivinen tapaustutkimus, jonka tuloksena syntyy konstruktiivinen askelmalli kokonaisvaltaisen verkkoviestintäprojektin toteuttamiseen. Tutkimus esittää myös teoreettisesti merkittävän näkökulman verkkopalvelujen sisällön hallintaongelmien ratkaisemiseen. Tosielämän verkkoviestintäprojektin toteutusta seurataan TietoEnator Forestissa, jossa tutkielman kirjoittaja työskentelee. Tutkimusmateriaalina käytetään 11 TietoEnator Forestissa toteutettua haastattelua, TietoEnator konsernin dokumentaatiota ja osallistuvaa havainnointia. Haastattelulomake sisältää 13 avointa kysymystä, jotka käsittelevät verkkoviestintästrategian perusasioita. Tunnistetut verkkoviestinnän avainmenestystekijät ovat vahva sisäinen sitoutuminen hajautettuihin ylläpitorooleihin ja perinpohjainen asiakastarpeiden tunnistaminen. Teknisesti on tärkeää, että eritason verkkoympäristöt, Internet, Intranet ja Extranet, hallitaan samoilla sisällönhallinta työkaluilla. Näin pystytään rationalisoimaan ylläpitotoiminnot.

De vita et meritis Petri Brahe

Arkit: 1 arkintunnukseton lehti, A-B4.

De vita et meritis Petri Brahe

Painovuosi nimekkeestä.

The role of power relations in strategic supply management – A value net approach

Supplier relationships are key elements of supply management and thus have attracted substantial research interest among academics and practitioners. The collaborative nature of relationships has been the focus of the mainstream research, and limited interest has been channelled towards power in buyer–supplier relationships. However, power is one of the key factors determining the outcomes in many business relations. Hence, one of the main objectives of this dissertation is to clarify how power may influence the nature of buyer–supplier relationships and, moreover, the depth of collaboration. Another main objective is to clarify the role of power relations in strategic supply management. Given the different nature of relationships, the firm needs divergent strategies in its supply management in order to handle them efficiently. Power has been identified as one of the factors that affect the nature of buyer–supplier relationships, and firms should thus develop strategies for handling power relations. Three research questions are addressed in pursuit of these objectives, the aim being to clarify the sources of power, the influence of power on collaboration, and the role of buyer–supplier relationships in the firm’s supply strategy. This dissertation has two parts. The first part provides a synthesis of the overall dissertation, and the second part comprises five complementary research papers. The qualitative research method is applied in an empirical case study from the Finnish food industry. The main contribution of this dissertation is that it clarifies the role of power relations in strategic supply management in value nets, and discloses the nature of power as an influencing factor in supplier relationships. It extends the discussion on power in buyer– supplier relationships in highlighting the context of networks and raising the question of network effects on power relations. It also illustrates how power positions and power relations in value nets can be determined based on the sources of power of the network actors, and shows their influence on collaboration.

Metsähakkeeseen liittyvä liiketoiminta Keski-Suomessa

Tämän työn ensisijaisena tavoitteena on keskisuomalaisen metsähakeliiketoiminnan arvoverkon kuvaaminen, sisältäen keskeiset toimijat ja toiminnot sekä näkemyksiä innovaatiokyvykkyydestä ja informaatiosta. Toinen tavoite on uusien liiketoimintamallien esittäminen. Työ jakautuu teoreettiseen ja empiiriseen osaan. Teoreettisessa osiossa esitetään Porterin (1984) arvojärjestelmä ja Parolinin (1999) arvoverkko. Näiden avulla kuvaillaan empiirisessä osiossa selvitettyjä arvoverkon keskeisiä ominaisuuksia. Innovaatioon liittyvä teoria pohjautuu pääosin innovaatiojärjestelmän, avoimen innovaation ja käytäntölähtöisen innovaatioteorian pohjalle (Harmaakorpi ja Melkas 2008). Liiketoimintamahdollisuuksien tarkastelu perustuu usean erillisen teoreettisen viitekehyksen yhdistelmään. Empiirisen osuuden materiaali on kerätty yritys- ja asiantuntijahaastattelut. Haastattelut on suoritettu kvalitatiivisen tapaustutkimuksen tyyliin, teemahaastatteluin. Laadullisesta materiaalista rakennetut kuvaukset nojaavat vankasti työn teoreettiseen osuuteen.