Annotating the human genome

2 Abstract2.1 En françaisLe séquençage du génome humain est un pré-requis fondamental à la compréhension de la biologie de l'être humain. Ce projet achevé, les scientifiques ont dû faire face à une tâche aussi importante, comprendre cette suite de 3 milliards de lettres qui compose notre génome. Le consortium ENCODE (ENCyclopedia Of Dna Elements) fût formé comme une suite logique au projet du génome humain. Son rôle est d'identifier tous les éléments fonctionnels de notre génome incluant les régions transcrites, les sites d'attachement des facteurs de transcription, les sites hypersensibles à la DNAse I ainsi que les marqueurs de modification des histones. Dans le cadre de ma thèse doctorale, j'ai participé à 2 sous-projets d'ENCODE. En premier lieu, j'ai eu la tâche de développer et d'optimiser une technique de validation expérimentale à haut rendement de modèles de gènes qui m'a permis d'estimer la qualité de la plus récente annotation manuelle. Ce nouveau processus de validation est bien plus efficace que la technique RNAseq qui est actuellement en train de devenir la norme. Cette technique basée sur la RT-PCR, m'a notamment permis de découvrir de nouveaux exons dans 10% des régions interrogées. En second lieu j'ai participé à une étude ayant pour but d'identifier les extrémités de tous les gènes des chromosomes humains 21 et 22. Cette étude à permis l'identification à large échelle de transcrits chimères comportant des séquences provenant de deux gènes distincts pouvant être à une grande distance l'un de autre.2.2 In EnglishThe completion of the human genome sequence js the prerequisite to fully understand the biology of human beings. This project achieved, scientists had to face another challenging task, understanding the meaning of the 3 billion letters composing this genome. As a logical continuation of the human genome project, the ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements) consortium was formed with the aim of annotating all its functional elements. These elements include transcribed regions, transcription binding sites, DNAse I hypersensitive sites and histone modification marks. In the frame of my PhD thesis, I was involved in two sub-projects of ENCODE. Firstly I developed and optimized an high throughput method to validate gene models, which allowed me to assess the quality of the most recent manually-curated annotation. This novel experimental validation pipeline is extremely effective, far more so than transcriptome profiling through RNA sequencing, which is becoming the norm. This RT-PCR-seq targeted-approach is likewise particularly efficient in identifying novel exons, as we discovered about 10% of loci with unannotated exons. Secondly, I participated to a study aiming to identify the gene boundaries of all genes in the human chromosome 21 and 22. This study led to the identification of chimeric transcripts that are composed of sequences coming form two distinct genes that can be map far away from each other.

Pamphile et Eusèbe de Césarée. Apologie pour Origène. Suivi de Rufin d'Aquilée, Sur la falsification des livres d'Origène

Des six livres de l'« Apologie pour Origène », composée par Pamphile de Césarée avec la collaboration d'Eusèbe, il ne subsiste que le premier dans une traduction latine de Rufin. Cette version est une pièce importante pour les études origéniennes, non seulement parce qu'elle contient 70 citations de l'Alexandrin d'un grand intérêt théologique - dont 34 non transmises par ailleurs -, mais aussi parce qu'elle apporte un témoignage sur les controverses suscitées par l'enseignement d'Origène autour des années 300, soit peu avant le déclenchement de la crise arienne. Elle révèle en outre un écrivain de talent, Pamphile, aussi habile à mettre en évidence la méthode et la personnalité d'Origène qu'à fustiger ses adversaires. La version de cette « Apologie », qui reçoit ici sa première édition scientifique et sa première traduction dans une langue moderne, est encadrée par deux textes de Rufin, une courte préface et un curieux opuscule « Sur la falsification des livres d'Origène » qui est en fait un véritable traité sur l'histoire des faux littéraires dans la littérature chrétienne des quatre premiers siècles. Adressé en 397 à un certain Macaire, l'ensemble de ce dossier a sans doute été constitué par Rufin dans le dessein de défendre auprès du public latin son propre attachement à Origène et de légitimer sa traduction du « Peri Archôn » qu'il devait diffuser quelques mois plus tard.

Attachment among Adoptive Families: Two Emipirical Studies in an International Context

The present dissertation analyzed the construct of attachment at different time points, specifically focusing on two phases of adoptive family life that have so far received little attention from investigators. Study 1 focused on the first months of adoption, and analyzed the development of the attachment relationship to new caregivers. The sample was composed of a small but homogeneous group (n=6) of Korean-born children, adopted by Italian parents. The Parent Attachment Diary (Dozier & Stovall, 1997) was utilized to assess the child's attachment behavior. We assessed these behavior for the first 3 months after placement into adoption. Results showed a double variability of attachment behavior: within subjects during the 3-months, and between subjects, with just half of the children developing a stable pattern of attachment. In order to test the growth trajectories of attachment behavior, Hierarchical Linear Models (Bryk & Raudenbush, 1992) were also applied, but no significant population trend was identified. Study 2 analyzed attachment among adoptees during the sensitive period of adolescence. Data was derived from an international collection (n= 104, from Belgium Italy, and Romania) of semi-structured clinical interviews (with adolescents and with their adoptive parents), as well as from questionnaires. The purpose of this study was to detect the role played by risk and protective factors on the adoptee's behavioral and socio-emotional outcomes. In addition, we tested the possible interactions between the different attachment representations within the adoptive family. Results showed that pre-adoptive risk predicted the adolescent's adjustment; however, parental representations constituted an important moderator of this relationship. Moreover, the adolescent's security of attachment partially mediated the relationship between age at placement and later behavioral problems. In conclusion, the two present attachment studies highlighted the notable rate of change of attachment behavior over time, which showed its underlying plasticity, and thus the possible reparatory value of the adoption practice. Since parents have been proven to play an important role, especially in adolescence, the post-adoption support acquires even more importance in order to help parents promoting a positive and stable relational environment over time. - L'objectif de cette thèse est de décrire la formation des relations d'attachement chez les enfants et les adolescents adoptés, lors de deux phases particulières de la vie de la famille adoptive, qui ont été relativement peu étudiées. L'Étude 1 analyse les premiers mois après l'adoption, avec le but de comprendre si, et comment, une relation d'attachement aux nouveaux parents se développe. L'échantillon est composé d'un petit groupe (n = 6) d'enfants provenant de Corée du Sud, adoptés par des parents Italiens. A l'aide du Parent Attachment Diary (Dozier & Stovall, 1997), des observations des comportements d'attachement de l'enfant ont été recueillies chaque jour au cours des 3 premiers mois après l'arrivée. Les résultats montrent une double variabilité des comportements d'attachement: au niveau inter- et intra-individuel ; au premier de ces niveaux, seuleme la moitié des enfants parvient à développer un pattern stable d'attachement ; au niveau intra-individuel, les trajectoires de développement des comportements d'attachement ont été testées à l'aide de Modèles Linéaires Hiérarchiques (Bryk et Raudenbush, 1992), mais aucune tendance significative n'a pu être révélée. L'Étude 2 vise à analyser l'attachement chez des enfants adoptés dans l'enfance, lors de la période particulièrement sensible de l'adolescence. Les données sont issues d'un base de données internationale (n = 104, Belgique, Italie et Roumanie), composée d' entretiens cliniques semi-structurées (auprès de l'adolescents et des ses parents adoptifs), ainsi que de questionnaires. Les analyses statistiques visent à détecter la présence de facteurs de risque et de protection relativement à l'attachement et aux problèmes de comportement de l'enfant adopté. En outre, la présence d'interactions entre les représentations d'attachement des membres de la famille adoptive est évaluée. Les résultats montrent que les risques associés à la période pré-adoptive prédisent la qualité du bien-être de l'adolescent, mais les représentations parentales constituent un modérateur important de cette relation. En outre, la sécurité de l'attachement du jeune adopté médiatise partiellement la relation entre l'âge au moment du placement et les problèmes de comportement lors de l'adolescence. En conclusion, à l'aide de multiples données relatives à l'attachement, ces deux études soulignent son évolution notable au fil du temps, ce qui sous-tend la présence d'une certaine plasticité, et donc la possible valeur réparatrice de la pratique de l'adoption. Comme les parents semblent jouer un rôle important de ce point de vue, surtout à l'adolescence, cela renforce la notion d'un soutien post-adoption, en vue d'aider les parents à la promotion d'un environnement relationnel favorable et stable. - Il presente lavoro è volto ad analizzare l'attaccamento durante le due fasi della vita della famiglia adottiva che meno sono state indagate dalla letteratura. Lo Studio 1 aveva l'obiettivo di analizzare i primi mesi che seguono il collocamento del bambino, al fine di capire se e come una relazione di attaccamento verso i nuovi genitori si sviluppa. Il campione è composto da un piccolo gruppo (n = 6) di bambini provenienti dalla Corea del Sud e adottati da genitori italiani. Attraverso il Parent Attachment Diary (Stovall e Dozier, 1997) sono stati osservati quotidianamente, e per i primi tre mesi, i comportamenti di attaccamento del bambino. I risultati hanno mostrato una duplice variabilità: a livello intraindividuale (nell'arco dei 3 mesi), ed interindividuale, poiché solo la metà dei bambini ha sviluppato un pattern stabile di attaccamento. Per verificare le traiettorie di sviluppo di tali comportamenti, sono stati applicati i Modelli Lineari Gerarchici (Bryk & Raudenbush, 1992), che però non hanno stimato una tendenza significativa all'interno della popolazione. Obiettivo dello Studio 2 è stato quello di esaminare l'attaccamento nelle famiglie i cui figli adottivi si trovavano nella delicata fase adolescenziale. I dati, provenienti da una raccolta internazionale (n = 104, Belgio, Italia e Romania), erano costituiti da interviste cliniche semi-strutturate (con gli adolescenti e i propri genitori adottivi) e da questionari. Le analisi hanno indagato il ruolo dei fattori di rischio sullo sviluppo socio-emotivo e sugli eventuali problemi comportamentali dei ragazzi. Inoltre, sono state esaminate le possibili interazioni tra le diverse rappresentazioni di attaccamento dei membri della famiglia adottiva. I risultati hanno mostrato che il rischio pre-adottivo predice l'adattamento dell'adolescente, sebbene le rappresentazioni genitoriali costituiscano un importante moderatore di questa relazione. Inoltre, la sicurezza dell'attaccamento dell'adolescente media parzialmente la relazione tra età al momento dell'adozione e problemi comportamentali in adolescenza. In conclusione, attraverso i molteplici dati relativi all'attaccamento, i due studi ne hanno evidenziato il cambiamento nel tempo, a riprova della sua plasticità, e pertanto sottolineano il possibile valore riparativo dell'adozione. Dal momento che i genitori svolgono un ruolo importante, soprattutto in adolescenza, il supporto nel post- adozione diventa centrale per aiutarli a promuovere un ambiente relazionale favorevole e stabile nel tempo.

L'entretien psychologique systématique pour les couples optant pour l'IAD: huit ans d'expérience clinique dans une législation prévoyant la levée de l'anonymat du donneur

La loi sur la procréation médicalement assistée (LPMA) est entrée en vigueur en Suisse en 2001. La PMA est subordonnée au bien de l'enfant, et seul un couple marié peut recourir au don de sperme. Concernant l'insémination artificielle avec sperme de donneur (IAD), la loi a prévu que l'enfant âgé de 18 ans révolu peut obtenir des données concernant l'identité du donneur, et même, en cas d'intérêt légitime, il a le droit d'obtenir toutes les données relatives au donneur. Il est précisé également qu'une assistance psychologique doit être offerte aux couples avant, pendant et après un traitement. L'Unité de médecine de la reproduction (UMR) et le Centre de procréation médicalement assistée (CPMA) à Lausanne ont développé depuis une douzaine d'années une assistance psychologique ajustée à chaque couple appelée « bilan des ressources ». Dans le cas des demandes d'IAD, des questions spécifiques sont discutées, entre autres: faut-il parler à son entourage, à l'enfant de l'origine de sa conception, comment et quand en parler ? Ces questions peuvent aussi être abordées dans des groupes de couples concernés par le sujet de manière fructueuse. Notre expérience nous montre que ces entretiens psychologiques systématiques aident les couples à cheminer tranquillement dans leur réflexion sur le thème du secret, de l'attachement, du droit de l'enfant à savoir d'où il vient.

2003-2013 : bilan de dix anx de recherche sur la parentalité lors de la naissance d'un enfant avec une fente oro-faciale

La naissance d'un enfant avec une fente oro-faciale est souvent vécue comme un événement à portée traumatique pour les parents, pouvant avoir un impact sur les représentations de l'enfant et la mise en place de la relation. Cet article propose un bilan des dix années de recherche lausannoise sur le développement de la parentalité et des liens précoces, auprès des familles d'enfants naissant avec une fente, depuis l'annonce du diagnostic jusqu'à l'âge préscolaire. Des aspects tels que les représentations parentales. les interactions précoces, ainsi que la qualité de l'attachement sont investigués.

Un ancrage familial et social fort. Le cas de Dole

L'enquête menée à Dole (Franche-Comté), définie selon les modalités du projet KASS, permet de distinguer entre les liens intergénérationnels dont la solidarité entre les membres est vécue comme « naturelle », et ceux entre parents de même génération, dont le soutien est plus électif. Elle révèle surtout l'importance de la matérialisation du réseau familial dans des lieux. D'une manière générale, les ménages enquêtés valorisent la proximité géographique de la parenté, un attachement local et l'ancrage familial dans une maison de famille. Dans cette logique, ils font peu appel aux ressources publiques quand ils ont besoin d'aide, car leur choix s'exerce d'abord au sein du réseau familial.

Klassenkampf und Klassenkompromiss : Arbeit, Kapital und Staat in den Niederlanden und der Schweiz

Les Pays-Bas et la Suisse sont souvent décrits comme ayant des relations entre travail et capital similaires, marquées par des négociations et le compromis. La conviction est courante dans les deux pays qu'il y a une tendance constante au consensus et au compromis dans l'histoire nationale. Cette thèse livre une comparaison historique du développement des relations de classe dans la 1ers moitié du 20eme siècle. Une attention particulière est donnée aux confrontations sévères et partiellement violentes entre les classes qui ont eu lieu pendant et juste après la Première Guerre Mondiale. Dans la crise des années trente, les deux pays ont longtemps maintenu l'attachement à une politique de déflation, ce qui a mené à une nouvelle accentuation des tensions sociales. Dans ce contexte, loin d'être prêts à faire des concessions au mouvement ouvrier, d'importantes composantes du patronat néerlandais et suisse sympathisaient avec un corporatisme autoritaire comme il était prôné par les mouvements et régimes fascistes. Des alliances entre le mouvement ouvrier socialiste et des fractions importantes des classes moyennes étaient capables d'arrêter cette dérive autoritaire, sans avoir assez de force pour imposer leurs propres alternatives. C'est seulement après l'affaiblissement de la droite dure entre la deuxième moitié des années trente et l'immédiat après-guerre que des premiers fondements pour un compromis de classe stable ont été établis. Généralement, l'approche comparée de la thèse permet de mieux saisir les histoires nationales dans leur contexte européen et global et permet donc de dépasser une vue de l'histoire nationale comme «cas spécial».¦Die Beziehungen zwischen Arbeit und Kapital in Niederlande und die Schweiz werden oft als âhnlich und stark von Verhandlungen und von Kompromissen geprâgt beschrieben. In beiden Lândern ist die Auffassung weitverbreitet, dass es in der nationalen Geschichte eine konstante Tendenz zum Konsens und zum Kompromiss gebe. Diese Dissertation bietet einen historischen Vergleich der Entwicklung der Klassenbeziehungen in der ersten Hâlfte des 20. Jahrhunderts. Thematisiert werden insbesondere die ernsthaften und teilweise gewalttàtigen Zusammenstôsse zwischen den Klassen, die sich wàhrend und unmittelbar nach dem Ersten Weltkrieg ereigneten. In der Krise der Dreissigerjahre hielten beide Staaten lange an der Deflationspolitik fest, was erneut zu einer Verschârfung der sozialen Spannungen fïïhrte. Vor diesem Hintergrund lehnten weite Teile der schweizerischen und niederlândischen Grossunternehmer Konzessionen gegenuber der Arbeiterbewegung ab. Vielmehr sympathisierten sie mit einem autoritàren Korporatismus, wie er von den faschistischen Bewegungen und Regimes vertreten wurde. Allianzen zwischen der sozialistischen Arbeiterbewegung und Teilen der Mittelschichten gelang es zwar, diese autoritàren Tendenzen aufzuhalten, nicht aber ihre eigenen Alteraativkonzepte durchzusetzen. Erst nach der Schwâchung der radikalen Rechten in der Zeit zwischen der zweiten Hàlfte der 1930er Jahre und der unmittelbaren Nachkriegszeit nach dem Zweiten Weltkrieg fand sich eine¦Grundlage fur einen stabilen Klassenkompromiss. Generell ermôglicht es der vergleichende Ansatz der Dissertation, die nationale Geschichte in ihrem europâischen und globalen Kontext zu sehen und so eine Sicht auf die Geschichte eines einzelnen Landes als ,,Sonderfall" zu uberwinden.

Intervention précoce en Guidance Interactive et modification de la réactivité neuroendocrinienne chez l'ancien grand prématuré âgé de 12 mois et sa mère

L'étude a pour objectif de mettre en évidence les effets d'une intervention précoce inspirée des thérapies en Guidance Interactive sur la qualité de l'attachement ainsi que sur la réactivité neuroendocrinienne de stress chez des grands prématurés âgés de 12 mois ainsi que chez leurs mères. La population étudiée comprend 48 grands prématurés (<33 semaines de gestation) et leurs mères. Un programme d'intervention précoce a été proposé aléatoirement à la moitié des dyades incluses dans l'étude. Des mesures de cortisol salivaire ont été effectuées à 12 mois lors d'un épisode de stress modéré (la Situation Étrange) tant chez la mère que chez l'enfant. Les mères ayant bénéficié de l'intervention précoce montrent des taux de cortisol plus élevés que celles n'ayant pas bénéficié de l'intervention. Les auteurs font l'hypothèse que ces mères ont pu développer leur sensibilité envers leur enfant et se montrent, par conséquent, plus concernées lors de l'épisode de stress modéré. The present project aims to assess the effects of an early intervention inspired from Interactive Guidance therapy, on later attachment quality and stress reactivity of prematurely born infants and their mothers. The studied population contends 48 preterm born infants (< 33 weeks og gestational age). Half of the dyads receive an intervention program aiming at promoting the parents' responsivity-sensitivity to infant's cues. Infant's and mother's stress reactivity (salivary cortisol) to mild stressors (Strange Situation) will be assessed at 12 months. Mothers with intervention program show higher cortisol levels than the others. The authors postulate that these mothers enhance their caregiving quality and, subsequently, are more prone to be sensitive to infant's cues and to be concerned during the mild stress episode.

Campaign effects in direct-democratic votes in Switzerland

The purpose of this article is to analyse the conditions under which referendum campaigns have an impact on voting choices. Based on a model of opinion formation that integrates both campaign effects and partisan effects, we argue that campaign effects vary according to the context of the popular vote (size and type of conflict among the party elite and intensity and direction of the referendum campaign). We test our hypotheses with two-step estimations for hierarchical models on data covering 25 popular votes on foreign, European and immigration policy in Switzerland. Our results show strong campaign effects and they suggest that their strength and nature are indeed highly conditional on the context of the vote: the type of party coalition pre-structures the patterns of individual voting choices, campaign effects are higher when the campaign is highly intense and they are more symmetric when it is balanced.

GENETIC AND BIOCHEMICAL ANALYSIS OF THE TESTIS-SPECIFIC ZINC FINGER PROTEIN CTCFL/BORIS

Abstract en FrançaisCTCFL a d'abord été identifié comme un paralogue de la protéine ubiquitaire CTCF en raison de sa forte homologie entre leurs onze « zinc fingers », un domaine de liaison à l'ADN. Parmi ses nombreux rôles, la liaison des zinc fingers de CTCF à la région de contrôle de l'empreinte (ICR) maternelle non-méthylée Igf2/H19, contrôle l'expression empreinte (monoallélique) de H19 et IGF2 dans les cellules somatiques. La méthylation de l'ICR Igf2/H19 paternelle est nécessaire à l'expression empreinte de ces deux gènes. Bien que le mécanisme par lequel l'ICR est méthylé soit mal compris, il est connu que l'établissement de la méthylation se produit pendant le développement des cellules germinales mâles et que les ADN méthyltransférases de novo DNMT3A et DNMT3L sont essentiels. Par conséquent, CTCFL fournit un bon candidat pour un rôle dans la méthylation de l'ICR paternelle Igf2/H19 en raison de son expression restreinte à certains types de cellules où la méthylation de l'ICR a lieu (spermatogonies et spermatocytes) ainsi qu'en raison sa capacité à lier les ICR lgf2/HÎ9 dans ces cellules. Les premiers travaux expérimentaux de cette thèse portent sur le rôle possible des mutations de CTCFL chez les patients atteints du syndrome de Silver-Russell (SRS), où une diminution de la méthylation de l'ICR IGF2/H19 a été observée chez 60% d'entre eux. Admettant que CTCFL pourrait être muté chez ces patients, j'ai examiné les mutations possibles de CTCFL chez 35 d'entre eux par séquençage de l'ADN et analyse du nombre de copies d'exons. N'ayant trouvé aucune mutation chez ces patients, cela suggère que les mutations de CTCFL ne sont pas associées au SRS. Les travaux expérimentaux suivants ont porté sur les modifications post-traductionnelles de CTCFL par la protéine SU MO « small ubiquitin-like modifier » (SUMO). La modification de protéines par SU MO change les interactions avec d'autres molécules (ADN ou protéines). Comme CTCFL régule sans doute l'expression d'un certain nombre de gènes dans le cancer et que plusieurs facteurs de transcription sont régulés par SUMO, j'ai mené des expériences pour déterminer si CTCFL est sumoylé. En effet, j'ai observé que CTCFL est sumoylated in vitro et in vivo et j'ai déterminé les deux résidus d'attachement de SUMO aux lysines 181 et 645. Utilisant les mutants de CTCFL K181R et K645R ne pouvant pas être sumoylated, j'ai évalué les conséquences fonctionnelles de la modification par SUMO. Je n'ai trouvé aucun changement significatif dans la localisation subcellulaire, la demi-vie ou la liaison à l'ADN, mais ai constaté que la sumoylation module à la fois {'activation CTCFL-dépendante et la répression de l'expression génique. Il s'agit de la première modification post-traductionnelle décrite pour CTCFL et les conséquences possibles de cette modification sont discutées pour le cancer et les testicules normaux. Avec cette thèse, j'espère avoir ajouté des résultats importants à l'étude de CTCFL et donné quelques idées pour de futures recherches.AbstractJeremiah Bernier-Latmani, Institute of Pathology, University of Lausanne, CHUVCTCFL was first identified as a paralog of the ubiquitous protein CTCF because of high homology between their respective eleven zinc fingers, a DNA binding domain. Among its many roles, CTCF zinc finger-mediated binding to the unmethylated maternal Igf2/H19 imprinting control region (ICR), controls the imprinted (monoallelic) expression of Igf2 and H19 in somatic cells. Methylation of the paternal Igf2/H19 ICR is necessary for the imprinted expression of the two genes. Although the mechanism by which the ICR is methylated is incompletely understood, it is known that establishment of methylation occurs during male germ cell development and the de novo DNA methyltransferases DNMT3A and DNMT3L are essential. Therefore, CTCFL provided a good candidate to play a role in methylation of the paternal Igf2/H19 ICR because of its restricted expression to cell types where ICR methylation takes place (spermatogonia and spermatocytes) and its ability to bind the Igf2/H19 ICR in these cells. The first experimental work of this thesis investigated the possible role of CTCFL mutations in Silver-Russell syndrome (SRS) patients, where it has been observed that 60% of the patients have reduced methylation of the IGF2/HÎ9 ICR. Reasoning that CTCFL could be mutated in these patients, I screened 35 patients for mutations in CTCFL by DNA sequencing and exon copy number analysis, I did not find any mutations in these patients suggesting that mutations of CTCFL are not associated with SRS. The next experimental work of my thesis focused on posttranslational modification of CTCFL by small ubiquitin-like modifier (SUMO) protein. SUMO modification of proteins changes the interactions with other molecules (DNA or protein). As CTCFL arguably regulates the expression of a number of genes in cancer and many transcription factors are regulated by SUMO, I conducted experiments to assess whether CTCFL is sumoylated. I found that CTCFL is sumoylated in vitro and in vivo and determined the two residues of SUMO attachment to be lysines 181 and 645. Using K181R, K645R mutated CTCFL- which cannot be detected to be sumoylated-1 assessed the functional consequences of SUMO modification. I found no significant changes in subcellular localization, half-life or DNA binding, but found that sumoylation modulates both CTCFL-dependent activation and repression of gene expression. This is the first posttranslational modification described for CTCFL and possible consequences of this modification are discussed in both cancer and normal testis. With this thesis, I hope I have added important findings to the study of CTCFL and provide some ideas for future research.

Political representation in Switzerland : democratic or plutocratic ?

Les inégalités économiques se traduisent-elles dans des inégalités politiques à travers le processus de représentation électorale? Telle est la question centrale de cette thèse qui s'attache, par ailleurs, à investiguer les mécanismes qui tendent à produire une représentation biaisée des préférences politiques des citoyens en fonction de leur statut économique. Focalisé sur le cas de la Suisse et faisant usage des données de l'enquête postélectorale Selects de 2007, ce travail démontre que sur les rares sujets qui divisent les citoyens selon des clivages économiques - la redistribution des richesses et la sécurité sociale en particulier - les élus à l'Assemblée fédérale ont des préférences qui reflètent mieux les opinions des citoyens les plus riches. Cette sous-représentation des opinions des citoyens modestes et de ceux faisant partie du centre de la distribution des revenus peut en partie être attribuée à des différences dans les taux de participation et de connaissance politiques entre ces groupes de citoyens. La thèse met également en évidence le rôle joué par la représentation descriptive - autrement dit, la similitude en termes de statut économique entre les représentants et les représentés - dans la représentation des opinions et intérêts des citoyens. Par ailleurs, la structure du système partisan en Suisse ne reflétant pas la multidimensionnalité des préférences politiques des citoyens, les électeurs ne parviennent pas à traduire la complexité de leurs préférences politiques dans un choix de vote, ce qui, dans la configuration actuelle des forces politiques, tend à favoriser l'élection de représentants aux opinions proches de la droite sur les questions économiques. Enfin, une analyse de la représentation politique au niveau cantonal tend à soutenir la thèse selon laquelle le manque de régulation en matière de financement des partis en Suisse pourrait partiellement expliquer les inégalités dans la représentation des opinions politiques des citoyens aux revenus distincts. - Do economic inequalities translate into political inequalities through electoral representation? This is the central research question of this thesis, which also investigates the mechanisms that lead to potential economically based inequalities in the representation of citizens' policy preferences. Focusing on the case of Switzerland and making use of data provided by the post- electoral survey Selects 2007, this research demonstrates that regarding the rare policy domains in which the preferences of citizens are clearly linked to economic cleavages - redistribution and social security in particular - members of the Federal Assembly have policy preferences that best reflect the policy preferences of richer citizens. The under-representation of the opinions of relatively poor citizens and of those being the in the middle of the income distribution can be to some extent be explained by differences in political participation and political information across income groups. The thesis also puts forward the role played by descriptive representation - the similarity between representatives and represented in terms of their socioeconomic status - for the representation of citizens' preferences and interests. In addition, the structure of the party system in Switzerland does not reflect the multidimensionality of policy preferences among citizens who, as a result, have a hard time translating their complex preferences into a vote choice. Given the configuration of political actors, this tends to favour the election of representatives from the right who do not represent the preferences of their voters on economic issues. Finally, an analysis of representation at the cantonal level tends to confirm that the lack of party finance regulations in Switzerland may partially explain inequalities in the representation of citizens with different levels of income.

Biosphere/lithosphere interface : microbially-mediated CaCO3 precipitation in hypersaline and freshwater environments

Abstract: Microbial mats very efficiently cycle elements, such as C, 0, N, S and H, which makes them key players of redox processes at the biosphere-lithosphere interface. They are characterized by high metabolic activities and high turnover rates (production and consumption) of biomass, which mainly consists of cell material and of extracellular organic matter (EOM). The EOM forms a matrix, embedding the microbial cells and fulfilling various functions within the microbial mat, including: mat attachment to surfaces; creation of micro-domains within the mat; physical stabilization under hy- drodynamic stress and the protection of the cells in multiple other stress conditions. EOM mainly consists of polysaccharides, amino acids, and a variety of chemical func-tional groups {e.g., -C00H, - SH -OH). These groups strongly bind cations such as Ca2+ and Mg2+ and thus exert a strong control on carbonate mineral formation within the microbial mat. A feedback mechanism between community metabolisms, their prod¬ucts, and the surrounding physicochemical microenvironment thus influences the de¬gree of carbonate saturation favoring either carbonate precipitation or dissolution. We investigated the driving forces and mechanisms of microbialite formation in the Sari ne River, FR, Switzerland, the hypersaline lake, Big Pond, Bahamas and in labo¬ratory experiments. The two fundamentally different natural systems allowed us to compare the geochemical conditions and microbial metabolisms, necessary for car¬bonate formation in microbial mats. Although carbonates are oversaturated in both environments, precipitation does not occur on physicochemical substrates (i.e. out¬side the microbial mats). In the Sarine a high crystal nucleation threshold exceeds the carbonate saturation, despite the high carbonate alkalinity in the water column. Cyanobacterial photosynthesis strongly locally enhances the carbonate alkalinity, whereas the EOM attract and immobilize calcium, which increases the saturation state and finally leads to carbonate precipitation within the EOM (in this case the cyanobacterial sheath) as nucleation template. In Big Pond, the presence of calcium- chelating anions (i.e. sulfate) and EOM, as well as the presence of magnesium, lowers the calcium activity in the water column and mat, and thus inhibits carbonate pre¬cipitation. Coupled with other heterotrophic metabolisms, sulfate reduction uses the EOM as carbon source, degrading it. The resulting EOM consumption creates alkalin¬ity, releases calcium and consumes sulfate in mat-micro domains, which leads to the formation of carbonate layers at the top of the microbial mat. Résumé: Interface biosphère/lithosphère: médiation microbienne de la précipitation de CaC03 dans des environnements en eaux douces et hypersalines Les tapis microbiens engendrent une circulation très efficace des éléments, tels que C, 0, N, S et H, ce qui en fait des acteurs clé pour les processus d'oxydoréduction à l'inter¬face biosphère-lithosphère. Ils sont caractérisés par des taux élevés d'activité méta¬bolique, ainsi que par la production et la consommation de biomasse, principalement constituée de cellules microbiennes et de matière organique extracellulaire (MOE). Dans un tapis microbien, les cellules microbiennes sont enveloppées par une matrice de MOE qui a différentes fonctions dont l'attachement du tapis aux surfaces, la créa¬tion de micro-domaines dans le tapis, la stabilisation physique en situation de stress hydrodynamique, et la protection des cellules dans de multiples autres conditions de stress. La MOE se compose principalement de polysaccharides, d'acides aminés, et d'une variété de groupes fonctionnels chimiques (par exemple, COOH, -SH et -OH). Ces groupes se lient fortement aux cations, tels que Ca2+ et Mg2+, et exercent ainsi un contrôle fort sur la formation de CaC03 dans le tapis microbien. Un mécanisme de rétroaction, entre les métabolismes de la communauté microbienne, leurs produits, et le microenvironnement physico-chimique, influence le degré de saturation de car¬bonate, favorisant soit leur précipitation, soit leur dissolution. Nous avons étudié le moteur et les mécanismes de minéralisation dans des tapis de la Sarine, FR, Suisse et du lac hypersalin, Big Pond, aux Bahamas, ainsi que durant des expériences en laboratoire. Les deux systèmes naturels, fondamentalement dif¬férents, nous ont permis de comparer les conditions géochimiques et les métabolis¬mes nécessaires à la formation des carbonates dans des tapis microbiens. Bien que les carbonates soient sursaturés dans les deux environnements, la précipitation ne se produit pas sur des substrats physico-chimiques (en dehors du tapis microbien). Dans la Sarine, malgré un taux d'alcalinité élevé, les valeurs de seuil pour la nucléa- tion de carbonates sont plus hautes que la saturation du carbonate. La photosynthèse cyanobactérienne augmente localement l'alcalinité, alors que la MOE attire et immo¬bilise le calcium, ce qui augmente l'état de saturation et conduit finalement à la pré¬cipitation des carbonates, en utilisant la MOE comme substrat de nucléation. À Big Pond, la présence de chélateurs de calcium, notamment les anions (p.ex. le sulfate) et la MOE, ainsi que la présence de magnésium, réduit l'activité du calcium et inhibe en conséquence la précipitation des carbonates. Couplée avec d'autres métabolismes hétérotrophes, la réduction des sulfates utilise la MOE comme source de carbone, en la dégradant. Cette consommation de MOE crée l'alcalinité, consomme des sulfates et libère du calcium dans des micro-domaines, conduisant à la formation de couches de carbonates dans le haut du tapis microbien.