A non-linear Bayesian approach for upscaling local-scale hydraulic conductivity measurements based on local- and regional-scale geophysical data

Significant progress has been made with regard to the quantitative integration of geophysical and hydrological data at the local scale. However, extending the corresponding approaches to the regional scale represents a major, and as-of-yet largely unresolved, challenge. To address this problem, we have developed an upscaling procedure based on a Bayesian sequential simulation approach. This method is then applied to the stochastic integration of low-resolution, regional-scale electrical resistivity tomography (ERT) data in combination with high-resolution, local-scale downhole measurements of the hydraulic and electrical conductivities. Finally, the overall viability of this upscaling approach is tested and verified by performing and comparing flow and transport simulation through the original and the upscaled hydraulic conductivity fields. Our results indicate that the proposed procedure does indeed allow for obtaining remarkably faithful estimates of the regional-scale hydraulic conductivity structure and correspondingly reliable predictions of the transport characteristics over relatively long distances.

Update on the non-prewhitening model observer in computed tomography for the assessment of the adaptive statistical and model-based iterative reconstruction algorithms.

The state of the art to describe image quality in medical imaging is to assess the performance of an observer conducting a task of clinical interest. This can be done by using a model observer leading to a figure of merit such as the signal-to-noise ratio (SNR). Using the non-prewhitening (NPW) model observer, we objectively characterised the evolution of its figure of merit in various acquisition conditions. The NPW model observer usually requires the use of the modulation transfer function (MTF) as well as noise power spectra. However, although the computation of the MTF poses no problem when dealing with the traditional filtered back-projection (FBP) algorithm, this is not the case when using iterative reconstruction (IR) algorithms, such as adaptive statistical iterative reconstruction (ASIR) or model-based iterative reconstruction (MBIR). Given that the target transfer function (TTF) had already shown it could accurately express the system resolution even with non-linear algorithms, we decided to tune the NPW model observer, replacing the standard MTF by the TTF. It was estimated using a custom-made phantom containing cylindrical inserts surrounded by water. The contrast differences between the inserts and water were plotted for each acquisition condition. Then, mathematical transformations were performed leading to the TTF. As expected, the first results showed a dependency of the image contrast and noise levels on the TTF for both ASIR and MBIR. Moreover, FBP also proved to be dependent of the contrast and noise when using the lung kernel. Those results were then introduced in the NPW model observer. We observed an enhancement of SNR every time we switched from FBP to ASIR to MBIR. IR algorithms greatly improve image quality, especially in low-dose conditions. Based on our results, the use of MBIR could lead to further dose reduction in several clinical applications.

Short-term stability of testosterone and epitestosterone conjugates in urine samples: quantification by liquid chromatography-linear ion trap mass spectrometry.

A simple method using liquid chromatography-linear ion trap mass spectrometry for simultaneous determination of testosterone glucuronide (TG), testosterone sulfate (TS), epitestosterone glucuronide (EG) and epitestosterone sulfate (ES) in urine samples was developed. For validation purposes, a urine containing no detectable amount of TG, TS and EG was selected and fortified with steroid conjugate standards. Quantification was performed using deuterated testosterone conjugates to correct for ion suppression/enhancement during ESI. Assay validation was performed in terms of lower limit of detection (1-3ng/mL), recovery (89-101%), intraday precision (2.0-6.8%), interday precision (3.4-9.6%) and accuracy (101-103%). Application of the method to short-term stability testing of urine samples at temperature ranging from 4 to 37 degrees C during a time-storage of a week lead to the conclusion that addition of sodium azide (10mg/mL) is required for preservation of the analytes.

Métropolisation, morphologie urbaine et développement durable : transformations urbaines et régulation de l'étalement : le cas de l'agglomération lausannoise

Résumé Métropolisation, morphologie urbaine et développement durable. Transformations urbaines et régulation de l'étalement : le cas de l'agglomération lausannoise. Cette thèse s'inscrit clans la perspective d'une analyse stratégique visant à un définir et à expliciter les liens entre connaissance, expertise et décision politique. L'hypothèse fondamentale qui oriente l'ensemble de ce travail est la suivante : le régime d'urbanisation qui s'est imposé au cours des trente dernières années correspond à une transformation du principe morphogénétique de développement spatial des agglomérations qui tend à alourdir leurs bilans écologiques et à péjorer la qualité du cadre de vie des citadins. Ces enjeux environnementaux liés aux changements urbains et singulièrement ceux de la forme urbaine constituent un thème de plus en plus important dans la recherche de solutions d'aménagement urbain dans une perspective de développement durable. Dans ce contexte, l'aménagement urbain devient un mode d'action et une composante de tout premier ordre des politiques publiques visant un développement durable à l'échelle locale et globale. Ces modalités de développement spatial des agglomérations émergent indiscutablement au coeur de la problématique environnementale. Or si le concept de développement durable nous livre une nouvelle de de lecture des territoires et de ses transformations, en prônant le modèle de la ville compacte et son corollaire la densification, la traduction à donner à ce principe stratégique reste controversée, notamment sous l'angle de l'aménagement du territoire et des stratégies de développement urbain permettant une mise en oeuvre adéquate des solutions proposées. Nous avons ainsi tenté dans ce travail de répondre à un certain nombre de questions : quelle validité accorder au modèle de la ville compacte ? La densification est-elle une réponse adéquate ? Si oui, sous quelles modalités ? Quelles sont, en termes de stratégies d'aménagement, les alternatives durables au modèle de la ville étalée ? Faut-il vraiment densifier ou simplement maîtriser la dispersion ? Notre objectif principal étant in fine de déterminer les orientations et contenus urbanistiques de politiques publiques visant à réguler l'étalement urbain, de valider la faisabilité de ces principes et à définir les conditions de leur mise en place dans le cas d'une agglomération. Pour cela, et après avoir choisi l'agglomération lausannoise comme terrain d'expérimentation, trois approches complémentaires se sont révélées indispensables dans ce travail 1. une approche théorique visant à définir un cadre conceptuel interdisciplinaire d'analyse du phénomène urbain dans ses rapports à la problématique du développement durable liant régime d'urbanisation - forme urbaine - développement durable ; 2. une approche méthodologique proposant des outils d'analyse simples et efficaces de description des nouvelles morphologies urbaines pour une meilleure gestion de l'environnement urbain et de la pratique de l'aménagement urbain ; 3. une approche pragmatique visant à approfondir la réflexion sur la ville étalée en passant d'une approche descriptive des conséquences du nouveau régime d'urbanisation à une approche opérationnelle, visant à identifier les lignes d'actions possibles dans une perspective de développement durable. Cette démarche d'analyse nous a conduits à trois résultats majeurs, nous permettant de définir une stratégie de lutte contre l'étalement. Premièrement, si la densification est acceptée comme un objectif stratégique de l'aménagement urbain, le modèle de la ville dense ne peut être appliqué saris la prise en considération d'autres objectifs d'aménagement. Il ne suffit pas de densifier pour réduire l'empreinte écologique de la ville et améliorer la qualité de vie des citadins. La recherche d'une forme urbaine plus durable est tributaire d'une multiplicité de facteurs et d'effets de synergie et la maîtrise des effets négatifs de l'étalement urbain passe par la mise en oeuvre de politiques urbaines intégrées et concertées, comme par exemple prôner la densification qualifiée comme résultante d'un processus finalisé, intégrer et valoriser les transports collectifs et encore plus la métrique pédestre avec l'aménagement urbain, intégrer systématiquement la diversité à travers les dimensions physique et sociale du territoire. Deuxièmement, l'avenir de ces territoires étalés n'est pas figé. Notre enquête de terrain a montré une évolution des modes d'habitat liée aux modes de vie, à l'organisation du travail, à la mobilité, qui font que l'on peut penser à un retour d'une partie de la population dans les villes centres (fin de la toute puissance du modèle de la maison individuelle). Ainsi, le diagnostic et la recherche de solutions d'aménagement efficaces et viables ne peuvent être dissociés des demandes des habitants et des comportements des acteurs de la production du cadre bâti. Dans cette perspective, tout programme d'urbanisme doit nécessairement s'appuyer sur la connaissance des aspirations de la population. Troisièmement, la réussite de la mise en oeuvre d'une politique globale de maîtrise des effets négatifs de l'étalement urbain est fortement conditionnée par l'adaptation de l'offre immobilière à la demande de nouveaux modèles d'habitat répondant à la fois à la nécessité d'une maîtrise des coûts de l'urbanisation (économiques, sociaux, environnementaux), ainsi qu'aux aspirations émergentes des ménages. Ces résultats nous ont permis de définir les orientations d'une stratégie de lutte contre l'étalement, dont nous avons testé la faisabilité ainsi que les conditions de mise en oeuvre sur le territoire de l'agglomération lausannoise. Abstract This dissertation participates in the perspective of a strategic analysis aiming at specifying the links between knowledge, expertise and political decision, The fundamental hypothesis directing this study assumes that the urban dynamics that has characterized the past thirty years signifies a trans-formation of the morphogenetic principle of agglomerations' spatial development that results in a worsening of their ecological balance and of city dwellers' quality of life. The environmental implications linked to urban changes and particularly to changes in urban form constitute an ever greater share of research into sustainable urban planning solutions. In this context, urban planning becomes a mode of action and an essential component of public policies aiming at local and global sustainable development. These patterns of spatial development indisputably emerge at the heart of environmental issues. If the concept of sustainable development provides us with new understanding into territories and their transformations, by arguing in favor of densification, its concretization remains at issue, especially in terms of urban planning and of urban development strategies allowing the appropriate implementations of the solutions offered. Thus, this study tries to answer a certain number of questions: what validity should be granted to the model of the dense city? Is densification an adequate answer? If so, under what terms? What are the sustainable alternatives to urban sprawl in terms of planning strategies? Should densification really be pursued or should we simply try to master urban sprawl? Our main objective being in fine to determine the directions and urban con-tents of public policies aiming at regulating urban sprawl, to validate the feasibility of these principles and to define the conditions of their implementation in the case of one agglomeration. Once the Lausanne agglomeration had been chosen as experimentation field, three complementary approaches proved to be essential to this study: 1. a theoretical approach aiming at definying an interdisciplinary conceptual framework of the ur-ban phenomenon in its relation to sustainable development linking urban dynamics - urban form - sustainable development ; 2. a methodological approach proposing simple and effective tools for analyzing and describing new urban morphologies for a better management of the urban environment and of urban planning practices 3. a pragmatic approach aiming at deepening reflection on urban sprawl by switching from a descriptive approach of the consequences of the new urban dynamics to an operational approach, aiming at identifying possible avenues of action respecting the principles of sustainable development. This analysis approach provided us with three major results, allowing us to define a strategy to cur-tail urban sprawl. First, if densification is accepted as a strategic objective of urban planning, the model of the dense city can not be applied without taking into consideration other urban planning objectives. Densification does not suffice to reduce the ecological impact of the city and improve the quality of life of its dwellers. The search for a more sustainable urban form depends on a multitude of factors and effects of synergy. Reducing the negative effects of urban sprawl requires the implementation of integrated and concerted urban policies, like for example encouraging densification qualified as resulting from a finalized process, integrating and developing collective forms of transportation and even more so the pedestrian metric with urban planning, integrating diversity on a systematic basis through the physical and social dimensions of the territory. Second, the future of such sprawling territories is not fixed. Our research on the ground revea-led an evolution in the modes of habitat related to ways of life, work organization and mobility that suggest the possibility of the return of a part of the population to the center of cities (end of the rule of the model of the individual home). Thus, the diagnosis and the search for effective and sustainable solutions can not be conceived of independently of the needs of the inhabitants and of the behavior of the actors behind the production of the built territory. In this perspective, any urban program must necessarily be based upon the knowledge of the population's wishes. Third, the successful implementation of a global policy of control of urban sprawl's negative effects is highly influenced by the adaptation of property offer to the demand of new habitat models satisfying both the necessity of urbanization cost controls (economical, social, environ-mental) and people's emerging aspirations. These results allowed us to define a strategy to cur-tail urban sprawl. Its feasibility and conditions of implementation were tested on the territory of the Lausanne agglomeration.

A random linear functional approach to efficiency bounds

This paper suggests a method for obtaining efficiency bounds in models containing either only infinite-dimensional parameters or both finite- and infinite-dimensional parameters (semiparametric models). The method is based on a theory of random linear functionals applied to the gradient of the log-likelihood functional and is illustrated by computing the lower bound for Cox's regression model

Des maux et des cures : les transformations du champ thérapeutico-religieux en Suisse romande

Cette thèse présente les pratiques sociales et les parcours d'apprentissage d'un corps de spécialistes rituels, qui se donnent le nom générique de « médiums guérisseurs », à partir d'une ethnographie des modes de résolution des crises existentielles et des dispositifs de production de croyance permettant les moyens d'objectivation d'une « autre réalité », proposés par trois configurations en Suisse romande. L'enquête explore d'abord la structuration du champ thérapeutico-religieux en Suisse romande pour en révéler les niches favorisant les inscriptions sociales des médiums guérisseurs. Elle s'est portée ensuite sur la manière dont ces praticiens inscrivent les différents épisodes de leur vie dans un cursus de reconnaissance de compétences particulières. Et comment ces moments de vie s'articulent et s'enchaînent pour construire l'autobiographie de la métamorphose de leur personnalité en celle d'un « médium guérisseur » apaisant les souffrances des vivants et les âmes des « morts ». L'enquête a pris en compte les discours de ces médiums guérisseurs et aussi les modalités de transmissions de ces savoirs en ce qu'elles contribuent à leur construction et à leur développement. Cette recherche participe d'une interrogation plus générale, en contexte de modernité et de globalisation, sur l'« émiettement du religieux », tout en proposant de nuancer cette assertion en regard d'une stratégie d'enquête ethnographique qui met l'accent sur les logiques d'action plutôt que de représentations et privilégie l'apprentissage dialogique et la co-construction des données afin de cerner les modalités d'un travail symbolique et syncrétique.

Mutations in NDUFB11, Encoding a Complex I Component of the Mitochondrial Respiratory Chain, Cause Microphthalmia with Linear Skin Defects Syndrome.

Microphthalmia with linear skin defects (MLS) syndrome is an X-linked male-lethal disorder also known as MIDAS (microphthalmia, dermal aplasia, and sclerocornea). Additional clinical features include neurological and cardiac abnormalities. MLS syndrome is genetically heterogeneous given that heterozygous mutations in HCCS or COX7B have been identified in MLS-affected females. Both genes encode proteins involved in the structure and function of complexes III and IV, which form the terminal segment of the mitochondrial respiratory chain (MRC). However, not all individuals with MLS syndrome carry a mutation in either HCCS or COX7B. The majority of MLS-affected females have severe skewing of X chromosome inactivation, suggesting that mutations in HCCS, COX7B, and other as-yet-unidentified X-linked gene(s) cause selective loss of cells in which the mutated X chromosome is active. By applying whole-exome sequencing and filtering for X-chromosomal variants, we identified a de novo nonsense mutation in NDUFB11 (Xp11.23) in one female individual and a heterozygous 1-bp deletion in a second individual, her asymptomatic mother, and an affected aborted fetus of the subject's mother. NDUFB11 encodes one of 30 poorly characterized supernumerary subunits of NADH:ubiquinone oxidoreductase, known as complex I (cI), the first and largest enzyme of the MRC. By shRNA-mediated NDUFB11 knockdown in HeLa cells, we demonstrate that NDUFB11 is essential for cI assembly and activity as well as cell growth and survival. These results demonstrate that X-linked genetic defects leading to the complete inactivation of complex I, III, or IV underlie MLS syndrome. Our data reveal an unexpected role of cI dysfunction in a developmental phenotype, further underscoring the existence of a group of mitochondrial diseases associated with neurocutaneous manifestations.

Du retraité méritant au senior actif : genèse et transformations de la figure sociale de la vieillesse en Suisse

«Crise de l'assurance-vieillesse », «déséquilibre démographique», «vieillissement de la population », « faillite des systèmes de retraite », voilà des expressions qui occupent une place prépondérante dans tes discours portant sur l'avenir de la sécurité sociale aujourd'hui. Les autorités politiques suisses comme européennes font part de leur inquiétude face à la situation d'urgence que présenteraient les « sociétés vieillissantes ». En effet, alors que F assurance-vieillesse s'adressait initialement à une catégorie résiduelle de personnes qui parvenait à vivre plusieurs années au-delà de 65 ans, elle couvre maintenant près d'un cinquième de la population globale. Partant, les autorités fédérales appellent à une restriction des conditions d'accès à la rente de vieillesse. À première vue, les débats qui portent sur cette question dans l'arène politique relèvent de considérations essentiellement techniques liées aux conditions économiques de perpétuation de l'assurances-vieillesse. Il s'agit de modifier les règles d'accès à l'assurance ainsi que le montant des prestations afin d'assainir les caisses tout en faisant face à l'augmentation du nombre de retraités. Ce travail de thèse aborde cette question par une autre approche. Nous partons du postulat que les débats portant sur l'avenir de la politique de la vieillesse sont révélateurs d'une lutte entre acteurs du champ de régulation sociale qui participent d'un travail d'élaboration d'une pensée d'Etat, au sens de P Bourdieu. Cette lutte a pour objet l'imposition de catégories de pensées, soit la définition de ce qu'est un âgé aujourd'hui et de ce qu'il est moralement acceptable d'attendre de lui Nous montrons que cette question peut être comprise à l'aune de l'histoire du traitement social de la vieillesse dont nous relatons ici la genèse et les transformations. Nous soulignons également combien cette pensée d'Etat marque la manière dont les retraités aujourd'hui cherchent à se valoriser face à la déstabilisation de leur statut social. Summary "Crisis of social insurance for older people", "demographic imbalance", "aging of the population", "bankruptcy of pensions systems" ; these are some of the many expressions that today play a importance part in discussion about the future of social security. The Swiss and European political authorities show they are concerned about the crisis that "aging societies" are said to be facing. Indeed, while social insurance for old age used to concern a residual category of people who managet! to live to more than 65 years old, it now covers about a fifth of the global population. Hence, the Federal authorities are calling for a tightening of the conditions for access to retirement benefits. At first glance, the debates in the political arena »elated to (his question mainly deal with technical considerations linked to the economic conditions for the perpetuation of the insurance for old age. Ease of access and the level of the benefits have to be reduced in order to balance the funds, in the face of the rise of the number beneficiaries. This thesis study addresses this question through a different approach. We start from the proposition that debates concerning the future of social policy for old age reveal a struggle between those involved in (he field of social regulation ; this struggle is part of the development of the thought of the State as conceived by P. Bourdieu. The aim of this fight is to impose normative categories of thought, that is to say in relation to our subject, the definition of what an older person is today and what is morally acceptable to expect of him or her. We show that this question can be understood in the light of the the history of the social treatment of old age that we report here. Moreover, we show that this thought of the State explains the way retired people seek to value themselves and confront the destabilisation of their social status.

Modernisierung der kantonalen Verwaltungen 1990-2008 : Wandel von Administrativstrukturen und Einführung von Verwaltungsreformen = Modernisation des administrations cantonales 1990-2008 : transformations structurelles et gouvernance administrative

De nombreuses études ont été consacrées en Suisse à la promotion de la nouvelle gestion publique (NGP) au niveau des cantons, puis à son évaluation. Or, les chercheurs se sont peu intéressés jusqu'ici aux effets de son introduction sur les structures administratives et les effectifs de la fonction publique. Ils n'ont pas non plus expliqué suffisamment les facteurs ayant favorisé ou freiné la modernisation de l'Etat au-delà de la NGP. Les réformes de l'Etat menées au sein des administrations cantonales dans le cadre de la revitalisation du fédéralisme ont des causes multiples. Cette étude exploratoire tente de décrire les transformations au niveau des structures et de l'organisation de l'Etat depuis le début des années 1990 en analysant le niveau et l'impact des principes NGP ou d'autres facteurs ayant pu jouer un rôle dans la modernisation des administrations: force des partis, degré de professionnalisation des législatifs, taille de la population et des administrations, RPT et revitalisation de la collaboration intercantonale. Il ressort de l'étude qu'un groupe de cantons essentiellement alémaniques, plutôt de taille moyenne à grande (AG, BE, LU, SO, TG, VS, ZH) ont réussi à davantage réformer les administrations selon les principes de la NGP alors que d'autres ont choisi des voies différentes ou médianes (tels que BS, GE, JU, SG, TI, VD). Ces réformes se sont traduites pratiquement partout par un resserrement des structures décisionnelles (modèle ministériel 5/7), par une variation du nombre de services (hausse dans une première phase puis réduction) mais aussi du personnel (plutôt hausse à l'exception de BS et ZH) allant dans le sens d'une convergence des modèles institutionnels déterminée autant par des facteurs externes qu'internes aux cantons. Notre étude montre que la professionnalisation des parlements, davantage développée dans les cantons où le système représentatif est étendu (cantons latins, Bâle-Ville), retarde ou empêche l'essor des principes NGP alors que les cantons alémaniques à démocratie directe plus prononcée favorisent l'autonomisation des processus de réformes administratives avec une capacité de blocage moins grande des parlements.

Vaccine-Induced Linear Epitope-Specific Antibodies to Simian Immunodeficiency Virus SIVmac239 Envelope Are Distinct from Those Induced to the Human Immunodeficiency Virus Type 1 Envelope in Nonhuman Primates.

To evaluate antibody specificities induced by simian immunodeficiency virus (SIV) versus human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) envelope antigens in nonhuman primate (NHP), we profiled binding antibody responses to linear epitopes in NHP studies with HIV-1 or SIV immunogens. We found that, overall, HIV-1 Env IgG responses were dominated by V3, with the notable exception of the responses to the vaccine strain A244 Env that were dominated by V2, whereas the anti-SIVmac239 Env responses were dominated by V2 regardless of the vaccine regimen.