Cytochromes P450: génotypage et /ou phénotypage pour l'individualisation du traitement médicamenteux

La réponse aux traitements médicamenteux est affectée par de nombreux facteurs environnementaux et génétiques, dont une part importante est causée par les polymorphismes des cytochromes P450 (CYP). Ces derniers sont responsables, principalement au niveau du foie, du métabolisme de nombreux médicaments. Pour certains CYP, notamment les CYP2D6 et CYP2C19, des phénotypes de mauvais métaboliseurs et de métaboliseurs ultrarapides ont été décrits avec une influence sur la toxicité et/ou la réponse thérapeutique induites par certains médicaments tels que la codéine, le tramadol, le tamoxifen et le clopidogrel. Quelques exemples parmi les plus significatifs sont décrits ici, démontrant que le génotypage et/ou phénotypage des différents CYPs permet d'individualiser et d'améliorer la prescription médicamenteuse par sélection du principe actif et des doses les plus appropriés.

Thérapie par cryoablation percutanée ciblée : comment dois-je faire?

Objectifs: Etudier et décrire étape par étape les aspects techniques de la thérapie par cryoablation percutanée ciblée (CPC). Matériels et méthodes: CPC est réalisée par un : adiologue interventionnel sous guidage échographique et/ou tomodensitométrique. Résultats: CPC est un traitement peu invasif qui utilise un froid extrême pour geler et détruire des tumeurs localisées dans le foie, les reins, la prostate, les poumons, les os, les seins et la peau. L'imagerie est utilisée pour guider le placement d'un ou plusieurs applicateurs à travers la peau jusqu'au site cible et surveiller le processus de congélation. De l'azote liquide ou du gaz d'argon circule au sein d'une aiguille-applicateur (CryoPhobe) créant froid intense au contact de la cible. Une sonde indépendante surveille la température du tissu environnant. Le froid est maintenu pendant au moins 20 minutes suivi d'un dégel actif de la "boule de glace". La procédure est ensuite répétée pour maximiser la destruction tumorale. La procédure dure environ 1 heure et se fait de manière ambulatoire. Conclusion: CPC est un traitement alternatif efficace du cancer chez des patients sélectionnés. Les propriétés destructrices des tissus tumoraux sont bien établies pour le cancer du rein, cependant des investigations supplémentaires sont nécessaires pour déterminer l'efficacité de CPC à long terme dans d'autres indications.

Transolecranon anterior fracture dislocation.

Between January 1996 and July 2003, 93 consecutive patients operated on with a diagnosis of olecranon fractures were identified from our trauma unit files. Fourteen transolecranon fracture-dislocations were found after a retrospective X-radiographic evaluation. Eight patients were women and six were men, with a mean age of 54 years. There were 4 noncomminuted olecranon fractures, treated with K-wires and single tension-band wiring. The remaining 10 fractures were complex fractures, treated in 3 cases with multiple K-wires and single tension-band wiring, in 2 by use of one-third tubular plates, in 1 with a 3.5-mm dynamic compression plate, and in the remaining 4 with 3.5-mm reconstruction plates. Ligament repair was not performed in any case. Three patients needed reoperation because of early failure of primary fixation. Patients were reviewed at a mean follow-up of 3.6 years. Two reported difficulties in daily activities, none with any symptoms of elbow instability. According to the Broberg and Morrey score, 4 patients had excellent results, 6 had good results, 2 had fair results, and 2 had poor results. Four patients showed signs of degenerative arthritis on the radiographs obtained at follow-up. We conclude that transolecranon fracture-dislocation is an underreported and misdiagnosed injury. Various fixation techniques can restore the anatomic relationships and contour of the trochlear notch; the imperative goal is to obtain a good stable primary fixation and allow early active mobilization.

Exporting Contours to DICOM-RT Structure Set

This paper presents an ITK implementation for exportingthe contours of the automated segmentation results toDICOM-RT Structure Set format. The âeurooeradiotherapystructure setâeuro (RTSTRUCT) object of the DICOM standard isused for the transfer of patient structures and relateddata, between the devices found within and outside theradiotherapy department. It mainly contains theinformation of regions of interest (ROIs) and points ofinterest (E.g. dose reference points). In many cases,rather than manually drawing these ROIs on the CT images,one can indeed benefit from the automated segmentationalgorithms already implemented in ITK. But at present, itis not possible to export the ROIs obtained from ITK toRTSTRUCT format. In order to bridge this gap, we havedeveloped a framework for exporting contour data toRTSTRUCT. We provide here the complete implementation ofRTSTRUCT exporter and present the details of the pipelineused. Results on a 3-D CT image of the Head and Neck(H&N) region are presented.

Interactions between cells and functionalized nanoparticles

In this present thesis Superparamagnetic Iron Oxide Nanoparticles (SPIONs) with 9 nm in diameter were selected as nanocarriers in order to study their potential application as drug delivery systems. Therefore the aim of the study was to demonstrate the proof of concept by establishing an efficient system of drug delivery, which would be a valuable tool in biomedical applications, such as the treatement of cancer, by reducing the side effects due to administration of a high concentration of therapeutic agents. As demonstrated in a previous study, the uptake of SPIONs by tumoral human cells was enhanced by the presence of amino groups on their surface. The stabilization of SPIONs were then performed and optimized by the coating of poly(vinylalcohol) and poly(vinylalcohol/vinylamine). Such nanoparticles were known as aminoPVA-SPIONs. The toxicity and the inflammatory reaction of aminoPVA-SPIONs were evaluated in order to establish their potentiel use in the human body. The results demonstrated that the human cells were able to invaginate aminoPVA-SPIONS without revealing any toxicity and inflammatory reaction. The analysis by transmission electron microscopy (TEM), scanning electron microscopy (SEM), cryo-TEM, confocal microscopy and histological staining (i.e. Prussian Blue) showed that the iron oxide core of SPIONs were located in the cytoplasm of cells and concentrated in vesicles. The evaluation of the mechanism of uptake of aminoPVA-SPIONs revealed that their uptake by monolayer cell culture was performed via an active mechanism, which was achieved by a clathrin-mediated endocytosis. Consequently, it was suggested that aminoPVA-SPIONs were good candidates as nanocarriers in drug delivery systems, which were able to reach the cytoplasm of cells. Their incubation with three-dimensional models mimicing tissues, such as differentiated rat brain cell-derived aggregates and spheroids, revealed that aminoPVA-SPIONs were able to invade into deep cell layers according to the stage of growth of these models. In the view of these promising results, drug-SPIONs were prepared by the functionalization of aminoPVA-SPIONs via a biological labile chemical bond by one of these three antineoplastic agents, which are widely used in clinical practice: 5-fluorourdine (Fur) (an antimetabolite), or camptothecin (CPT) (a topoisomerase inhibitor) or doxorubicin (DOX) (an anthracycline which interfere with DNA). The results shown that drug-SPIONs were internalized by human melanoma cells, as it was expected due the previous results with aminoPVA-SPIONs, and in addition they were active as anticancer agents, suggesting the efficient release of the drug from the drug-SPIONs. The results with CPT-SPIONs were the most promising, whereas DOX- SPIONs did not demonstrate a prononced activity of DOX. In conclusion, the results demonstrated that functionalized iron oxide nanoparticles are a promising tool in order to deliver therapeutic agents. - Dans le cadre de ce travail de thèse, les nanoparticules superparamagnétiques d'oxyde de fer (SPIONs) ayant un diamètre de 9 nm ont été choisies, afin d'étudier leur éventuelle utilisation dans un système de délivrance d'agents thérapeutiques. Ainsi le but de la thèse est de démontrer la faisabilité de fabriquer un système efficace de délivrance d'agents thérapeutiques, qui serait un outil intéressant dans le cadre d'une utilisation biomédicale, par exemple lors du traitement du cancer, qui pourrait réduire les effets secondaires provoqués par le dosage trop élevé de médicaments. Comme il a été démontré dans une précédente étude, l'invagination des SPIONs par des cellules humaines cancéreuses est améliorée par la présence de groupes fonctionnels amino à leur surface. La stabilisation des SPIONs est ainsi effectuée et optimisée par l'enrobage de poly(vinylalcool) et de (poly(vinylalcool/vinylamine), qui sont connues sous le nom de aminoPVA-SPIONs. La toxicité et la réaction inflammatoire des aminoPVA-SPIONs ont été évaluées dans le but de déterminer leur potentielle utilisation dans le corps humain. Les résultats démontrèrent que les cellules humaines sont capables d'invaginer les aminoPVAS-SPIONs sans induire une réaction toxique ou inflammatoire. L'analyse par la microscopie électronique en transmission électronique (TEM), la microscopie électronique à balayage (SEM), le cryo-microscopie électronique (SEM), la microscopie confocale et la coloration histologique (par ex, le bleu de Prusse) a montré que l'oxyde de fer des SPIONs est localisé dans le cytoplasme des cellules et est concentré dans des vesicules. L'évaluation du méchanisme d'invagination des aminoPVA-SPIONs ont révélé que leur invagination par des monocultures de cellules est effectué par un méchanisme actif, contrôlé par une endocytose induite par les clathrins. Par conséquent, les aminoPVA-SPIONs sont de bons candidats en tant que transporteurs (nanocamers) dans un système de délivrance d'agents thérapeuthique, capable d'atteindre le cytoplasme des cellules. Leur incubation avec des modèles tridimenstionnels imitant les tissues, tels que les aggrégats de cellules de cerveau différenciées et les sphéroïdes, a montré que les aminoPVA-SPIONs sont capable de pénétrer dans les couches profondes des modèles, selon l'état d'avancement de leur croissance. En vue de ces résultats prometteurs, les drug-SPIONs ont été préparés en fonctionalisant les aminoPVA-SPIONs par le biai d'une liaison chimique labile par un des trois agents thérapeutiques, déjà utilisé en pratique : 5-fluorourdine (Fur) (un antimétabolite), or camptothecin (CPT) (un inhibiteur de la topoisomerase) or doxorubicin (DOX) (un anthracycline qui interfère avec le DNA). Les résultats ont montré que les drug-SPIONs sont capable d'être internalisés par les mélanomes, comme il a été attendu d'après les résultats obtenus précédemment avec les aminoPVA-SPIONs, et de plus, les drug-SPIONs sont actifs, ce qui suggère un relargage efficace de l'agent thérapeutique du drug-SPIONs. Les résultats obtenus avec les CPT-SPIONs sont les plus prometteurs, tandis que ceux avec les DOX-SPIONs, ce n'est pas le cas, dont l'activité thérapeutique de DOX n'a pas été aussi efficace. En conclusion, les résultats ont pu démontrer que les nanoparticules d'oxyde de fer fonctionnalisées sont un outil prometteur dans la délivrance d'agents thérapeutiques.

Budgeting rockfall and modeling sedimentary delivery in torrent systems

This thesis is a compilation of projects to study sediment processes recharging debris flow channels. These works, conducted during my stay at the University of Lausanne, focus in the geological and morphological implications of torrent catchments to characterize debris supply, a fundamental element to predict debris flows. Other aspects of sediment dynamics are considered, e.g. the coupling headwaters - torrent, as well as the development of a modeling software that simulates sediment transfer in torrent systems. The sediment activity at Manival, an active torrent system of the northern French Alps, was investigated using terrestrial laser scanning and supplemented with geostructural investigations and a survey of sediment transferred in the main torrent. A full year of sediment flux could be observed, which coincided with two debris flows and several bedload transport events. This study revealed that both debris flows generated in the torrent and were preceded in time by recharge of material from the headwaters. Debris production occurred mostly during winter - early spring time and was caused by large slope failures. Sediment transfers were more puzzling, occurring almost exclusively in early spring subordinated to runoffconditions and in autumn during long rainfall. Intense rainstorms in summer did not affect debris storage that seems to rely on the stability of debris deposits. The morpho-geological implication in debris supply was evaluated using DEM and field surveys. A slope angle-based classification of topography could characterize the mode of debris production and transfer. A slope stability analysis derived from the structures in rock mass could assess susceptibility to failure. The modeled rockfall source areas included more than 97% of the recorded events and the sediment budgets appeared to be correlated to the density of potential slope failure. This work showed that the analysis of process-related terrain morphology and of susceptibility to slope failure document the sediment dynamics to quantitatively assess erosion zones leading to debris flow activity. The development of erosional landforms was evaluated by analyzing their geometry with the orientations of potential rock slope failure and with the direction of the maximum joint frequency. Structure in rock mass, but in particular wedge failure and the dominant discontinuities, appear as a first-order control of erosional mechanisms affecting bedrock- dominated catchment. They represent some weaknesses that are exploited primarily by mass wasting processes and erosion, promoting not only the initiation of rock couloirs and gullies, but also their propagation. Incorporating the geological control in geomorphic processes contributes to better understand the landscape evolution of active catchments. A sediment flux algorithm was implemented in a sediment cascade model that discretizes the torrent catchment in channel reaches and individual process-response systems. Each conceptual element includes in simple manner geomorphological and sediment flux information derived from GIS complemented with field mapping. This tool enables to simulate sediment transfers in channels considering evolving debris supply and conveyance, and helps reducing the uncertainty inherent to sediment budget prediction in torrent systems. Cette thèse est un recueil de projets d'études des processus de recharges sédimentaires des chenaux torrentiels. Ces travaux, réalisés lorsque j'étais employé à l'Université de Lausanne, se concentrent sur les implications géologiques et morphologiques des bassins dans l'apport de sédiments, élément fondamental dans la prédiction de laves torrentielles. D'autres aspects de dynamique sédimentaire ont été abordés, p. ex. le couplage torrent - bassin, ainsi qu'un modèle de simulation du transfert sédimentaire en milieu torrentiel. L'activité sédimentaire du Manival, un système torrentiel actif des Alpes françaises, a été étudiée par relevés au laser scanner terrestre et complétée par une étude géostructurale ainsi qu'un suivi du transfert en sédiments du torrent. Une année de flux sédimentaire a pu être observée, coïncidant avec deux laves torrentielles et plusieurs phénomènes de charriages. Cette étude a révélé que les laves s'étaient générées dans le torrent et étaient précédées par une recharge de débris depuis les versants. La production de débris s'est passée principalement en l'hiver - début du printemps, causée par de grandes ruptures de pentes. Le transfert était plus étrange, se produisant presque exclusivement au début du printemps subordonné aux conditions d'écoulement et en automne lors de longues pluies. Les orages d'été n'affectèrent guère les dépôts, qui semblent dépendre de leur stabilité. Les implications morpho-géologiques dans l'apport sédimentaire ont été évaluées à l'aide de MNT et études de terrain. Une classification de la topographie basée sur la pente a permis de charactériser le mode de production et transfert. Une analyse de stabilité de pente à partir des structures de roches a permis d'estimer la susceptibilité à la rupture. Les zones sources modélisées comprennent plus de 97% des chutes de blocs observées et les bilans sédimentaires sont corrélés à la densité de ruptures potentielles. Ce travail d'analyses des morphologies du terrain et de susceptibilité à la rupture documente la dynamique sédimentaire pour l'estimation quantitative des zones érosives induisant l'activité torrentielle. Le développement des formes d'érosion a été évalué par l'analyse de leur géométrie avec celle des ruptures potentielles et avec la direction de la fréquence maximale des joints. Les structures de roches, mais en particulier les dièdres et les discontinuités dominantes, semblent être très influents dans les mécanismes d'érosion affectant les bassins rocheux. Ils représentent des zones de faiblesse exploitées en priorité par les processus de démantèlement et d'érosion, encourageant l'initiation de ravines et couloirs, mais aussi leur propagation. L'incorporation du control géologique dans les processus de surface contribue à une meilleure compréhension de l'évolution topographique de bassins actifs. Un algorithme de flux sédimentaire a été implémenté dans un modèle en cascade, lequel divise le bassin en biefs et en systèmes individuels répondant aux processus. Chaque unité inclut de façon simple les informations géomorpologiques et celles du flux sédimentaire dérivées à partir de SIG et de cartographie de terrain. Cet outil permet la simulation des transferts de masse dans les chenaux, considérants la variabilité de l'apport et son transport, et aide à réduire l'incertitude liée à la prédiction de bilans sédimentaires torrentiels. Ce travail vise très humblement d'éclairer quelques aspects de la dynamique sédimentaire en milieu torrentiel.

A post-processing pipeline to reconstruct the developing fetal brain using low-resolution MRI

Introduction. Development of the fetal brain surfacewith concomitant gyrification is one of the majormaturational processes of the human brain. Firstdelineated by postmortem studies or by ultrasound, MRIhas recently become a powerful tool for studying in vivothe structural correlates of brain maturation. However,the quantitative measurement of fetal brain developmentis a major challenge because of the movement of the fetusinside the amniotic cavity, the poor spatial resolution,the partial volume effect and the changing appearance ofthe developing brain. Today extensive efforts are made todeal with the âeurooepost-acquisitionâeuro reconstruction ofhigh-resolution 3D fetal volumes based on severalacquisitions with lower resolution (Rousseau, F., 2006;Jiang, S., 2007). We here propose a framework devoted tothe segmentation of the basal ganglia, the gray-whitetissue segmentation, and in turn the 3D corticalreconstruction of the fetal brain. Method. Prenatal MRimaging was performed with a 1-T system (GE MedicalSystems, Milwaukee) using single shot fast spin echo(ssFSE) sequences in fetuses aged from 29 to 32gestational weeks (slice thickness 5.4mm, in planespatial resolution 1.09mm). For each fetus, 6 axialvolumes shifted by 1 mm were acquired (about 1 min pervolume). First, each volume is manually segmented toextract fetal brain from surrounding fetal and maternaltissues. Inhomogeneity intensity correction and linearintensity normalization are then performed. A highspatial resolution image of isotropic voxel size of 1.09mm is created for each fetus as previously published byothers (Rousseau, F., 2006). B-splines are used for thescattered data interpolation (Lee, 1997). Then, basalganglia segmentation is performed on this superreconstructed volume using active contour framework witha Level Set implementation (Bach Cuadra, M., 2010). Oncebasal ganglia are removed from the image, brain tissuesegmentation is performed (Bach Cuadra, M., 2009). Theresulting white matter image is then binarized andfurther given as an input in the Freesurfer software(http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/) to provide accuratethree-dimensional reconstructions of the fetal brain.Results. High-resolution images of the cerebral fetalbrain, as obtained from the low-resolution acquired MRI,are presented for 4 subjects of age ranging from 29 to 32GA. An example is depicted in Figure 1. Accuracy in theautomated basal ganglia segmentation is compared withmanual segmentation using measurement of Dice similarity(DSI), with values above 0.7 considering to be a verygood agreement. In our sample we observed DSI valuesbetween 0.785 and 0.856. We further show the results ofgray-white matter segmentation overlaid on thehigh-resolution gray-scale images. The results arevisually checked for accuracy using the same principlesas commonly accepted in adult neuroimaging. Preliminary3D cortical reconstructions of the fetal brain are shownin Figure 2. Conclusion. We hereby present a completepipeline for the automated extraction of accuratethree-dimensional cortical surface of the fetal brain.These results are preliminary but promising, with theultimate goal to provide âeurooemovieâeuro of the normal gyraldevelopment. In turn, a precise knowledge of the normalfetal brain development will allow the quantification ofsubtle and early but clinically relevant deviations.Moreover, a precise understanding of the gyraldevelopment process may help to build hypotheses tounderstand the pathogenesis of several neurodevelopmentalconditions in which gyrification have been shown to bealtered (e.g. schizophrenia, autismâeuro¦). References.Rousseau, F. (2006), 'Registration-Based Approach forReconstruction of High-Resolution In Utero Fetal MR Brainimages', IEEE Transactions on Medical Imaging, vol. 13,no. 9, pp. 1072-1081. Jiang, S. (2007), 'MRI of MovingSubjects Using Multislice Snapshot Images With VolumeReconstruction (SVR): Application to Fetal, Neonatal, andAdult Brain Studies', IEEE Transactions on MedicalImaging, vol. 26, no. 7, pp. 967-980. Lee, S. (1997),'Scattered data interpolation with multilevel B-splines',IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics,vol. 3, no. 3, pp. 228-244. Bach Cuadra, M. (2010),'Central and Cortical Gray Mater Segmentation of MagneticResonance Images of the Fetal Brain', ISMRM Conference.Bach Cuadra, M. (2009), 'Brain tissue segmentation offetal MR images', MICCAI.

Advanced Kernel Methods For Remote Sensing Image Classification

Résumé Suite aux recentes avancées technologiques, les archives d'images digitales ont connu une croissance qualitative et quantitative sans précédent. Malgré les énormes possibilités qu'elles offrent, ces avancées posent de nouvelles questions quant au traitement des masses de données saisies. Cette question est à la base de cette Thèse: les problèmes de traitement d'information digitale à très haute résolution spatiale et/ou spectrale y sont considérés en recourant à des approches d'apprentissage statistique, les méthodes à noyau. Cette Thèse étudie des problèmes de classification d'images, c'est à dire de catégorisation de pixels en un nombre réduit de classes refletant les propriétés spectrales et contextuelles des objets qu'elles représentent. L'accent est mis sur l'efficience des algorithmes, ainsi que sur leur simplicité, de manière à augmenter leur potentiel d'implementation pour les utilisateurs. De plus, le défi de cette Thèse est de rester proche des problèmes concrets des utilisateurs d'images satellite sans pour autant perdre de vue l'intéret des méthodes proposées pour le milieu du machine learning dont elles sont issues. En ce sens, ce travail joue la carte de la transdisciplinarité en maintenant un lien fort entre les deux sciences dans tous les développements proposés. Quatre modèles sont proposés: le premier répond au problème de la haute dimensionalité et de la redondance des données par un modèle optimisant les performances en classification en s'adaptant aux particularités de l'image. Ceci est rendu possible par un système de ranking des variables (les bandes) qui est optimisé en même temps que le modèle de base: ce faisant, seules les variables importantes pour résoudre le problème sont utilisées par le classifieur. Le manque d'information étiquétée et l'incertitude quant à sa pertinence pour le problème sont à la source des deux modèles suivants, basés respectivement sur l'apprentissage actif et les méthodes semi-supervisées: le premier permet d'améliorer la qualité d'un ensemble d'entraînement par interaction directe entre l'utilisateur et la machine, alors que le deuxième utilise les pixels non étiquetés pour améliorer la description des données disponibles et la robustesse du modèle. Enfin, le dernier modèle proposé considère la question plus théorique de la structure entre les outputs: l'intègration de cette source d'information, jusqu'à présent jamais considérée en télédétection, ouvre des nouveaux défis de recherche. Advanced kernel methods for remote sensing image classification Devis Tuia Institut de Géomatique et d'Analyse du Risque September 2009 Abstract The technical developments in recent years have brought the quantity and quality of digital information to an unprecedented level, as enormous archives of satellite images are available to the users. However, even if these advances open more and more possibilities in the use of digital imagery, they also rise several problems of storage and treatment. The latter is considered in this Thesis: the processing of very high spatial and spectral resolution images is treated with approaches based on data-driven algorithms relying on kernel methods. In particular, the problem of image classification, i.e. the categorization of the image's pixels into a reduced number of classes reflecting spectral and contextual properties, is studied through the different models presented. The accent is put on algorithmic efficiency and the simplicity of the approaches proposed, to avoid too complex models that would not be used by users. The major challenge of the Thesis is to remain close to concrete remote sensing problems, without losing the methodological interest from the machine learning viewpoint: in this sense, this work aims at building a bridge between the machine learning and remote sensing communities and all the models proposed have been developed keeping in mind the need for such a synergy. Four models are proposed: first, an adaptive model learning the relevant image features has been proposed to solve the problem of high dimensionality and collinearity of the image features. This model provides automatically an accurate classifier and a ranking of the relevance of the single features. The scarcity and unreliability of labeled. information were the common root of the second and third models proposed: when confronted to such problems, the user can either construct the labeled set iteratively by direct interaction with the machine or use the unlabeled data to increase robustness and quality of the description of data. Both solutions have been explored resulting into two methodological contributions, based respectively on active learning and semisupervised learning. Finally, the more theoretical issue of structured outputs has been considered in the last model, which, by integrating outputs similarity into a model, opens new challenges and opportunities for remote sensing image processing.

Bayes factor for investigative assessment of selected handwriting features

This paper extends previous research [1] on the use of multivariate continuous data in comparative handwriting examinations, notably for gender classification. A database has been constructed by analyzing the contour shape of loop characters of type a and d by means of Fourier analysis, which allows characters to be described in a global way by a set of variables (e.g., Fourier descriptors). Sample handwritings were collected from right- and left-handed female and male writers. The results reported in this paper provide further arguments in support of the view that investigative settings in forensic science represent an area of application for which the Bayesian approach offers a logical framework. In particular, the Bayes factor is computed for settings that focus on inference of gender and handedness of the author of an incriminated handwritten text. An emphasis is placed on comparing the efficiency for investigative purposes of characters a and d.

Conflits politiques et réseaux sociaux au XVIIIe siècle

Abstract: On Sunday 1745-8-29 a small upheaval occurred in Bagnes, a rather marginal mountain valley in the Swiss Alps, against the abbot of St-Maurice, the local feudal lord. In our perspective, this movement was nothing but one element in a long-term struggle, carried out by a stable and quite well organized political faction. The detailed analysis of the conflicts, of their protagonists as well as an analysis of the mobilization networks allows to highlight crucial aspects of local political life and reveals the active role of working classes. The micro-historical approach leads to some conclusions which challenge classical interpretation of pre-modern rural revolts. The case of Bagnes sheds light on the active and innovative character of popular politics, still underestimated in studies about pre-modern rural societies. The participants in the struggle against the abbot had a political program which was not limited to the quest for local autonomy. They fought for an opening of local corporations and a weakening of the control mechanism, for economic, political and cultural evolution of their valley. Bagnes rebels were decidedly "innovative rebels" Résumé: Le dimanche 29 août 1745, une petite émeute éclate à Bagnes, une vallée marginale des Alpes suisses, contre le seigneur, l'abbé de St-Maurice. Dans notre perspective, cette révolte n'est qu'un élément d'une lutte de longue haleine, pendant laquelle l'opposition au seigneur représente une partie active et bien organisée du conflit. L'analyse détaillée des protagonistes des luttes politiques, ainsi que des réseaux sociaux qui influencent la mobilisation, permet de mieux comprendre les dynamiques d'organisation de la vie politique locale et le rôle actif des couches populaires. Cette perspective autorise quelques conclusions, qui remettent en question les interprétations classiques des révoltes rurales d'Ancien Régime. Dans le cas de Bagnes, le caractère actif et novateur de la « politique populaire » encore négligé dans les études sur la période moderne, apparaît évident. Les protagonistes de la lutte contre l'abbé soutiennent un projet politique qui ne se réduit pas à une autonomie maximale de la région. Au contraire, ils prônent une ouverture des corporations locales, une transformation des structures économiques, politiques et culturelles de la vallée. Les émeutiers du Châble étaient décidément des « rebelles-novateurs ».

Apprendre dans l'urgence

Nous avons effectué une étude dans le but d'investiger les stratégies utilisées par les ambulanciers pour préserver leur santé. Parmi les stratégies que nous avons identifiées, celles contribuant au maintien et au développement des compétences nous ont semblé particulièrement intéressantes car elles permettent de réduire le stress lié à la peur de l'erreur. Elles permettent aussi aux ambulanciers "d'apprivoiser l'urgence" en leur donnant la possibilité de jouer un rôle actif face aux difficultés rencontrées. Nous présentons quelques-unes de ces stratégies dans cet article.

Looking for factors involved in the light-dependent degradation of phytochrome A

SUMMARY : Phytochromes constitute a family of red/far-red photoreceptors regulating all the major transitions during the life cycle of plants. In Arabidopsis, five members: phyA,_ B, C, D and E, were identified. Phytochromes are synthesized in their inactive red-light absorbing form called Pr. Upon light absorbance they convert to the far-red light absorbing Pfr form. The Pfr form is the active conformer which converts back to the Pr form either rapidly upon far-red perception or in a slower process called dark reversion. ph~A represents an exception, in that it does not significantly dark-revert and two specific processes have been developed by the plants to decrease the amount of biologically active phyA. The first one is alight-dependent repression of the PHYA gene expression and the second one is alight-dependent degradation of the phyA protein. The latter is the most efficient process to rapidly decrease the level of active phyA. The ability of plants to regulate the amount of active phyA is critical in a far-red rich environment, a situation observed under a canopy. In these conditions, phyA is essential to induce the germination and the deetiolation of the young seedling. Later in the development the ability of phyA to repress growth counteracts the shade avoidance response. Therefore decreasing the amount of phyA allows stem growth and to compete with neighbours for the light. In this thesis, I investigate the light-dependent degradation of phyA. I developed a reverse genetic approach based on the systematic analysis of the light-dependent accumulation of phyA in the different cullin mutant cull, cul3a; cul3b and cul4. This analysis allowed me to show that CUL1 and CUL3A-based E3 ligase complexes are involved in the regulation of phyA degradation. Surprisingly, our results also demonstrate that cu14 is not affected in the degradation of phyA whereas constitutive Photomorphogenic 1 (COP1) a subunit of one CUL4based E3 complex was reported to be involved. Further investigations showed that the phenotype of cop1 is conditional, the mutant being defective in phyA degradation only in the presence of metabolisable sugars. I also showed that phyA is degraded by a proteasome-dependent mechanism both in the cytoplasm and in the nucleus using mutants and transgenic lines affected in the localization of phyA. Interestingly, I observed that phyA degradation was faster in the nucleus than in the cytosol and that rapid degradation of Pr also occurred in the nucleus suggesting that cytosolic accumulation of phyA in the dark is a way to regulate its proteolysis. Finally, we identify a short region similar to a PEST sequence required for phyA stability and we developed a unbiased genetic screen to identify new components involved in the regulation of the light-dependent degradation of phyA. The significance of these results are discussed. RESUME : Les phytochromes (phy) constituent une famille de photorécepteurs absorbant la lumière rouge et rouge lointaine et régulant toutes les étapes de transitions majeures dans la vie des plantes. Chez Arabidopsis, cinq membres : phyA, B, C, D et E ont été identifiés. Les phytochromes sont synthétisés sous une forme inactive appelée Pr absorbant la lumière rouge. Après perception de lumière ils passent sous une forme active Pfr absorbant dans le rouge lointain. La forme Pfr peut retourner sous la forme Pr après absorption de lumiëre rouge lointaine ou dans un processus lent appelé «réversion à l'obscurité ». phyA représente une exception à cette règle car il ne retoune pas significativement sous sa forme inactive dans le noir. Deux processus spécifiques ont donc été développés pour diminuer le taux de phyA actif. Le premier consiste en la répression du gène PHYA en condition de lumière et le second en une dégradation induite par la lumière de la protéine phyA. Ce dernier processus est le plus efficace pour diminuer rapidement le niveau de phyA. La capacité des plantes à réguler le taux de phyA actifs est critique dans un environnement riche en lumière rouge lointaine, une situation observée sous une canopée. Sous une canopée, phyA est essentiel pour induire la germination et la dé-étiolation de la jeune pousse. Plus tard dans le développement la capacité de phyA de réprimer la croissance freine la «réponse à l'évitement de l'ombre ». Par conséquent diminuer le taux de phyA permet la croissance de la tige et donc de rentrer en compétition pour la lumière avec les plantes avoisinantes. Dans cette thèse, j'ai étudié la dégradation de phyA. J'ai développé une approche génétique inverse basée sur l'analyse systématique de l'accumulation de phyA en condition de lumière dans les différents mutants cullin, cul1, cul3a, cul3b et cul4. Ces analyses nous ont permis d'identifier qu'un complexe E3 ligase CUL1 et un complexe E3 ligase CUL3A sont impliqués dans la régulation de la dégradation de phyA. Mes résultats démontrent aussi que le mutant cul4 n'est pas affecté dans la dégradation de phyA alors que Çonstitutive Photomorphogenic 1 (COPI) une sous unité d'un complexe CUL4 à été identifier dans la régulation de cette dégradation. Des analyses supplémentaires suggèrent que l'effet de la mutation cop1 est dépendante dë la présence de sucres métabolisables. J'ai aussi montré que phyA est dégradé dans le noyau et dans le cytoplasme par un mécanisme dépendant du protéasome et que la dégradation dans le.noyau est non seulement aspécifique de la forme Pr ou Pfr mais aussi est plus rapide que dans le cytoplasme. Ceci suggère que l'accumulation de phyA dans le cytoplasme permet son accumulation à des niveaux élevés à l'obscurité. Enfin j'ai identifié une région similaire à un motif PEST requise pour la stabilité de phyA et j'ai aussi développé un criblage génétique non biaisé pour identifier de nouveaux composants impliqués dans la régulation de la dégradation de phyA. L'importance de ces résultats est discutée dans le dernier chapitre de cette thèse.

Model-based Segmentation and Image Fusion of 3D Computed Tomography and 3D Ultrasound of the Eye for Radiotherapy Planning

For radiotherapy treatment planning of retinoblastoma inchildhood, Computed Tomography (CT) represents thestandard method for tumor volume delineation, despitesome inherent limitations. CT scan is very useful inproviding information on physical density for dosecalculation and morphological volumetric information butpresents a low sensitivity in assessing the tumorviability. On the other hand, 3D ultrasound (US) allows ahigh accurate definition of the tumor volume thanks toits high spatial resolution but it is not currentlyintegrated in the treatment planning but used only fordiagnosis and follow-up. Our ultimate goal is anautomatic segmentation of gross tumor volume (GTV) in the3D US, the segmentation of the organs at risk (OAR) inthe CT and the registration of both. In this paper, wepresent some preliminary results in this direction. Wepresent 3D active contour-based segmentation of the eyeball and the lens in CT images; the presented approachincorporates the prior knowledge of the anatomy by usinga 3D geometrical eye model. The automated segmentationresults are validated by comparing with manualsegmentations. Then, for the fusion of 3D CT and USimages, we present two approaches: (i) landmark-basedtransformation, and (ii) object-based transformation thatmakes use of eye ball contour information on CT and USimages.

Correlation of photodynamic activity and fluorescence signaling for free and pegylated mTHPC in mesothelioma xenografts

Rapport de synthèse : Introduction : Les premières applications cliniques de la thérapie photodynamique (PDT) remontent à plus d'une vingtaine d'années. Basée sur l'activation d'un médicament photosensibilisateur par une source lumineuse à une longueur d'onde spécifique, la PDT permet la destruction sélective de tissus contenant le produit actif. Ce procédé a été expérimenté dans le traitement de cancers en raison de la propriété du médicament à se concentrer dans les tumeurs tout en épargnant les structures normales contigües. Cependant, les photosensibilisateurs utilisés jusqu'à ce jour n'ont pas démontré une accumulation exclusive dans les tissus néoplasiques mais également dans les structures saines avoisinantes induisant une destruction tissulaire non sélective. Notamment, d'importantes complications ont été rapportées suite à l'utilisation de la PDT dans la cavité thoracique après la résection de mésothéliomes pleuraux, et ce malgré l'arrivée de photosensibilisateurs de secondes générations. De ce fait, plusieurs études expérimentales ont été menées afin d'améliorer la sélectivité tumorale du médicament en modulant différentes conditions de traitement et en modifiant la structure du photosensibilisateur par pégylation. Le but de cette étude expérimentale est de corréler l'activité photodynamique, la phototoxicité et la distribution du m-tetrahydroxyphenylchlorin (mTHPC) et de sa forme pégylée, le PEG-mTHPC. De ce fait, un modèle de souris nues porteur de xenogreffes de mésothéliome humain a été utilisé pour étudier les deux photosensibilisateurs. De récents travaux avec ce modèle ont montré que la mesure de la concentration tissulaire du mTHPC et de sa forme pégylée par HPLC restait limitée afin de prédire l'activité photodynamique. De ce fait, nous pensons que les mesures de fluorescence peuvent être plus appropriée. Le signalement fluorescent est mesuré dans le tissu tumoral et dans une région contrôle de la peau afin d'étudier la distribution et l'intensité des deux sensibilisateurs. Méthode : Des souris nues (cd1nu/nu mice) de 8 semaines ont été transplantées avec des fragments de mésothéliome malin humain (H-meso-1). Ces derniers ont été obtenus à partir d'une suspension cellulaire. Au moins trois passages ont été faits dans les animaux, avant que le traitement soit initié. Deux groupes de 6 souris chacun ont été utilisés pour l'injection intraveineuse par la queue du mTHPC à 0.15 mg/kg et du PEG-mTHPC à dose équimolaire. Après trois jour, la tumeur ainsi qu'une région contrôle de la cuisse ont été illuminées sur une surface d'un diamètre de 1.2 cm et pendant 133 secondes avec un laser à une longueur d'onde à 652 nm (fluence 20 J/cm2, fluence rate 150 mW/cm2). Les animaux ont été ensuite sacrifiés 72 heures après l'illumination. L'étendue de la nécrose tumorale et de la région contrôle ont été déterminées en aveugle par histomorphometrie par un pathologue (HJA). La fluorescence microscopique a été évaluée dans 12 souris à une concentration de 0.15 et 0.5 mg/kg pour le mTHPC, et à doses équimolaires pour le PEG-mTHPC. Trois animaux ont été injectés avec le mTHPC à 0.15 mg/kg, 3 autres à dose équimolaire avec la forme pégylée et 6 souris avec le mTHPC à 0.5 mg/kg et à dose équimolaire. Les animaux ont été sacrifiés 72 heures après injection. L'intensité fluorescente des sensibilisateurs a été mesurée dans la tumeur et la région contrôle. Suite à cela, les coupes ont été fixées par H&E et superposées aux images fluorescentes, afin de localiser la distribution des deux photosensibilisateurs dans les différents compartiments tissulaires. Six souris transplantées n'ayant ni été injectées avec les sensibilisateurs ou illuminées ont servi de groupe contrôle. Résultats : Trois jours après l'illumination, la PDT provoque une nécrose tumorale de 10 ±5.4 mm2 pour le mTHPC à 0.15mg/kg et 5.2 ± 4.6 mm2 pour sa forme pégylée à dose équimolaire. Cependant, la nécrose tumorale induite par les deux formulations du sensibilisateur est significativement plus élevée que dans le groupe contrôle (0.33 ± 0.58 mm2) (P=0.02). Toutefois, le mTHPC pégylé provoque une photosensibilité cutanée moins importante que la forme non-pegylée. Dans les deux groupes, aucune nécrose n'a été observée dans la cuisse des animaux. Trois jours après l'injection du mTHPC et de la forme pégylée à 0.15 mg/kg, aucune activité fluorescente n'a été détectée. Cependant, à 0.5 mg/kg, la fluorescence microscopique révèle une distribution hétérogène des deux photo-sensibilisateurs dans le tissu tumoral avec une accumulation prédominante dans les régions peri-vasculaires. Les deux médicaments montrent une distribution intracellulaire homogène dans le cytoplasme et une absence de signalement dans le nucleus. La mesure de l'intensité fluorescente du mTHPC à 0.5mg/kg ne montre pas de différence significative entre le tissu tumoral et la région contrôle. Par contre, le PEG-mTHPC montre une intensité fluorescente supérieure dans le tissu tumoral que dans la peau (ratio tumeur- peau 0.94 pour le mTHPC et 1.73 pour le PEG-mTHPC). Conclusion : L'utilisation du mTHPC à 0.15mg/kg induit une nécrose tumorale similaire à celle du PEG-mTHPC à dose équimolaire. Cependant, ce dernier démontre une photo-toxicité plus atténuée de la peau. La fluorescence microscopique permet de localiser les deux sensibilisateurs dans les différents compartiments tissulaires à partir d'une dose de 0.5 mg/kg. Le PEG-mTHPC induit un signalement fluorescent supérieur dans le tissu tumoral par rapport à la peau. La mesure du signalement fluorescent a le potentiel de prédire l'activité photodynamique du mTHPC et de sa forme pégylée dans les xénogreffes de mésothéliome humain dans un modèle de souris nue.

Accuracy and predictability in use of AO three-dimensionally preformed titanium mesh plates for posttraumatic orbital reconstruction: a pilot study.

The aim of this study was to prospectively evaluate the accuracy and predictability of new three-dimensionally preformed AO titanium mesh plates for posttraumatic orbital wall reconstruction.We analyzed the preoperative and postoperative clinical and radiologic data of 10 patients with isolated blow-out orbital fractures. Fracture locations were as follows: floor (N = 7; 70%), medial wall (N = 1; 1%), and floor/medial wall (N = 2; 2%). The floor fractures were exposed by a standard transconjunctival approach, whereas a combined transcaruncular transconjunctival approach was used in patients with medial wall fractures. A three-dimensional preformed AO titanium mesh plate (0.4 mm in thickness) was selected according to the size of the defect previously measured on the preoperative computed tomographic (CT) scan examination and fixed at the inferior orbital rim with 1 or 2 screws. The accuracy of plate positioning of the reconstructed orbit was assessed on the postoperative CT scan. Coronal CT scan slices were used to measure bony orbital volume using OsiriX Medical Image software. Reconstructed versus uninjured orbital volume were statistically correlated.Nine patients (90%) had a successful treatment outcome without complications. One patient (10%) developed a mechanical limitation of upward gaze with a resulting handicapping diplopia requiring hardware removal. Postoperative orbital CT scan showed an anatomic three-dimensional placement of the orbital mesh plates in all of the patients. Volume data of the reconstructed orbit fitted that of the contralateral uninjured orbit with accuracy to within 2.5 cm(3). There was no significant difference in volume between the reconstructed and uninjured orbits.This preliminary study has demonstrated that three-dimensionally preformed AO titanium mesh plates for posttraumatic orbital wall reconstruction results in (1) a high rate of success with an acceptable rate of major clinical complications (10%) and (2) an anatomic restoration of the bony orbital contour and volume that closely approximates that of the contralateral uninjured orbit.