Role of Munc18c in SNARE-mediated exocytosis

Background: The SNARE (Soluble N-ethylmaleimide-sensitive factor Attachment protein Receptors) and SM (Sec1/Munc18) family of proteins form the core machinery that drives the fusion of vesicles in different membrane trafficking steps. They are highly conserved, implying a similar mode of binding and function. In vertebrates, Munc18a is essential for neuronal exocytosis. It binds to its partner syntaxin1a (Syx1a) at both its N-peptide and closed conformation, and thereby inhibits SNARE complex formation in vitro. By contrast, its close homolog Munc18c is thought to interact with only the N-peptide of its partner Syx4. Moreover, different effects of Munc18c on SNARE complex formation have been reported, suggesting that the two Munc18/Syx pairs act differently. Objective: The aim of the present study was to investigate whether the mechanism of action of Munc18c indeed deviates from that of Munc18a by using sensitive biochemical and biophysical methods. Results: I found that Munc18c does have a similar binding mode as Munc18a and interacts tightly with Syx4 at both the N-peptide and closed conformation. Moreover, I established, through a novel assay, that Munc18c inhibits SNARE complex assembly, with both the binding sites contributing to inhibition, similar to Munc18a. However, there were several subtle differences between the two Munc18/Syx pairs. Munc18a exerted stronger inhibition than Munc18c. Also their respective Syx partners were found to differ in the rate of binding to SNAP25, suggesting that the equilibrium of their open and closed conformations is different. Moreover, Munc18a was found to interact with Syx 1, 2, 3 but not 4, while Munc18c bound to Syx 2, 4 and 1 but not 3. By comparing the kinetics of interaction of Syx with either Munc18 or SNAP25, I found that the block of SNARE complex assembly by Munc18 is effective on a shorter time scale, but SNAP25 eventually binds to Syx resulting in SNARE complex formation. Nevertheless, these findings do not explain how Syx can escape the tight grip of Munc18, suggesting that other proteins or mechanisms are needed for this step. I also discovered that Munc18 is able to bind on the surface of the SNARE core complex; however, this observation needs to be tested more rigorously. Conclusion: Munc18c was found to be similar to Munc18a in its mode of binding to Syx and inhibition of SNARE complex assembly. However, differences in kinetics and interaction specificities were observed between the different Munc18/Syx pairs. -- Contexte : Les familles des protéines SNARE (Soluble N-ethylmaleimide-sensitive factor At- tachment protein Receptors) et SM (Sec1/Munc18) forment le coeur de la machinerie chargée de la fusion vésiculaire au cours des différentes étapes du trafic intracellulaire. Elles sont très conservées, suggérant un mode d'interaction et des fonctions semblables. Chez les Verté- brés, Munc18a est essentielle à l'exocytose neuronale. Elle se lie à sa partenaire d'interaction syntaxin1a (Syx1a) à la fois via un peptide N-terminal et la conformation fermée de celle-ci, inhibant ainsi la formation du complexe SNARE in vitro. Son homologue proche Munc18c au contraire, est supposée interagir seulement avec le peptide N-terminal de sa partenaire Syx4. En outre, différents effets de Munc18c sur la formation du complexe SNARE ont été décrits, suggérant que les deux paires Munc18/Syx fonctionnent différemment. Objectif : Le but de cette étude est de tester si les mécanismes de fonctionnement de Munc18c diffèrent vraiment de ceux de Munc18a par le biais de méthodes biochimiques et biophysiques très précises. Résultats : J'ai pu démontrer que Munc18c se comporte en effet de façon semblable à Munc18a, et interagit étroitement avec Syx4 à ses deux sites de liaison. J'ai pu de surcroît montrer par une nouvelle méthode que Munc18c inhibe l'assemblage du complexe SNARE en impliquant ces deux sites de liaison, comme le fait Munc18a. il existe cependant de subtiles différences entre les deux paires Munc18/Syx : Munc18a exerce une inhibition plus forte que Munc18c ; leurs Syx partenaires diffèrent également dans leur degré de liaison à SNAP25, ce qui suggère un équilibre different de leurs conformations ouverte et fermée. De plus, Munc18a interagit avec Syx 1, 2 et 3 mais pas Syx 4, alors que Munc18c se lie à Syx 2, 4 et 1 mais pas Syx 3. En comparant les cinétiques d'interaction de Syx avec Munc18 ou SNAP25, j'ai découvert que le blocage par Munc18 de l'assemblage du complexe SNARE est effectif de façon brève, bien que SNAP25 finisse par se lier à Syx et aboutir ainsi à la formation du complexe SNARE. Ces découvertes n'expliquent cependant pas comment Syx parvient à échapper à la solide emprise de Munc18, et suggèrent ainsi l'intervention nécessaire d'autres protéines ou mécanismes à cette étape. J'ai également découvert que Munc18 peut se lier à la surface de la partie centrale du complexe SNARE - cette observation reste à être testée de façon plus stringente. Conclusion : Il a pu être établi que Munc18c est semblable à Munc18a quant à son mode de liaison à Syx et d'inhibition de l'assemblage du complexe SNARE. Des différences de cinétique et de spécificité d'interaction entre les diverses paires Munc18/Syx ont cependant été identifiées.

Altérations dans le cordon ombilical de nouveau-nés avec une restriction de la croissance intra-utérine

Introduction: Le retard de croissance intra-utérin (RCIU) est défini comme une incapacité du foetus à atteindre son plein potentiel de croissance. C'est une complication fréquente (affectant ~8% des grossesses), associée à un risque accru de mortalité et morbidité périnatales et de maladies chroniques à l'âge adulte, telles que les maladies coronariennes, l'hypertension, ou le diabète. Une croissance foetale adéquate est déterminée principalement par la disponibilité en oxygène et nutriments apportés au foetus par la circulation ombilico-placentaire. Chez l'homme, le tonus vasculaire ombilical est régulé majoritairement par la voie du monoxyde d'azote (NO)/GMPc. Nous avons émis l'hypothèse que le RCIU pourrait être associé à des altérations dans la régulation de la circulation ombilicale, en particulier dans la voie du NO/GMPc. Méthodes: Cette étude a été conçue pour identifier dans des cordons ombilicaux, les changements structurels, fonctionnels et moléculaires survenant en cas de RCIU, en particulier dans la veine om-bilicale. Résultats: De façon générale, le diamètre du cordon ombilical était significativement réduit chez les nouveau-nés avec RCIU par rapport aux contrôles. Les mesures histomorphométriques ont mis en évidence une diminution significative de la surface transversale totale ainsi que de muscle lisse dans la veine ombilicale en cas de RCIU. Les études pharmacologiques effectuées sur des anneaux vasculaires de veines ombilicales ont montré une diminution de la tension maximale induite par des vasoconstricteurs chez les garçons avec RCIU, et une réduction significative de la relaxation induite par le NO chez les filles avec RCIU. Cette altération de la relaxation s'accompagne de modifications de plusieurs composants de la voie du NO/GMPc au niveau du muscle lisse de la veine ombilicale des filles avec RCIU. Enfin l'addition d'un inhibiteur non-spécifique des phosphodiesterases (PDEs) a permis d'améliorer la réponse au NO dans tous les groupes et surtout de compenser la réduction de la relaxation induite par le NO chez les filles avec RCIU. Conclusion: Cette étude a permis de mettre en évidence des modifications structurelles dans le cordon ombilical de nouveau-nés présentant un RCIU, ainsi que des changements fonctionnels et moléculaires dans la veine ombilicale, en particulier dans la voie du NO/GMPc, qui pourraient contribuer au développement du RCIU. L'effet bénéfique de l'inhibition des PDEs sur la relaxation suggère qu'elles pourraient constituer des cibles thérapeutiques potentielles.

Stability of nanoparticle agglomerates under mechanical stress and its effects on their release into the air

L'exposition professionnelle aux nanomatériaux manufacturés dans l'air présente des risques potentiels pour la santé des travailleurs dans les secteurs de la nanotechnologie. Il est important de comprendre les scénarios de libération des aérosols de nanoparticules dans les processus et les activités associées à l'exposition humaine. Les mécanismes de libération, y compris les taux de libération et les propriétés physico-chimiques des nanoparticules, déterminent leurs comportements de transport ainsi que les effets biologiques néfastes. La distribution de taille des particules d'aérosols est l'un des paramètres les plus importants dans ces processus. La stabilité mécanique d'agglomérats de nanoparticules affecte leurs distributions de tailles. Les potentiels de désagglomération de ces agglomérats déterminent les possibilités de leur déformation sous énergies externes. Cela rend les changements possibles dans leur distribution de taille et de la concentration en nombre qui vont finalement modifier leurs risques d'exposition. Les conditions environnementales, telles que l'humidité relative, peuvent influencer les processus de désagglomération par l'adhérence de condensation capillaire de l'humidité. L'objectif général de cette thèse était d'évaluer les scénarios de libération des nanomatériaux manufacturés des processus et activités sur le lieu de travail. Les sous-objectifs étaient les suivants: 1. Etudier les potentiels de désagglomération des nanoparticules dans des conditions environnementales variées. 2. Etudier la libération des nano-objets à partir de nanocomposites polymères; 3. Evaluer la libération de nanoparticules sur le lieu de travail dans des situations concrètes. Nous avons comparé différents systèmes de laboratoire qui présentaient différents niveau d'énergie dans l'aérosolisation des poudres. Des nanopoudres de TiO2 avec des hydrophilicités de surface distinctes ont été testées. Un spectromètre à mobilité électrique (SMPS), un spectromètre à mobilité aérodynamique (APS) et un spectromètre optique (OPC) ont été utilisés pour mesurer la concentration de particules et la distribution de taille des particules. La microscopie électronique à transmission (TEM) a été utilisée pour l'analyse morphologique d'échantillons de particules dans l'air. Les propriétés des aérosols (distribution de taille et concentration en nombre) étaient différentes suivant la méthode employée. Les vitesses des flux d'air d'aérosolisation ont été utilisées pour estimer le niveau d'énergie dans ces systèmes, et il a été montré que les tailles modales des particules étaient inversement proportionnelles à la vitesse appliquée. En général, les particules hydrophiles ont des diamètres plus grands et des nombres inférieurs à ceux des particules hydrophobes. Toutefois, cela dépend aussi des méthodes utilisées. La vitesse de l'air peut donc être un paramètre efficace pour le classement de l'énergie des procédés pour des systèmes d'aérosolisation similaires. Nous avons développé un système laboratoire pour tester les potentiels de désagglomération des nanoparticules dans l'air en utilisant des orifices critiques et un humidificateur. Sa performance a été comparée à un système similaire dans un institut partenaire. Une variété de nanopoudres différentes a été testée. Le niveau d'énergie appliquée et l'humidité ont été modifiés. Le SMPS et l'OPC ont été utilisés pour mesurer la concentration de particules et la distribution de la taille. Un TEM a été utilisé pour l'analyse morphologique d'échantillons de particules dans l'air. Le diamètre moyen des particules a diminué et la concentration en nombre s'est accrue lorsque des énergies externes ont été appliquées. Le nombre de particules inférieures à 100 nm a été augmenté, et celui au-dessus de 350 nm réduits. Les conditions humides ont faits exactement le contraire, en particulier pour les petites particules. En outre, ils ont réduits les effets de la différence de pression due à l'orifice. Les résultats suggèrent que la désagglomération d'agglomérats de nanoparticules dans l'air est possible dans la gamme d'énergie appliquée. Cependant, l'atmosphère humide peut favoriser leur agglomération et améliorer leurs stabilités en réduisant la libération de nanoparticules dans l'environnement. Nous proposons d'utiliser notre système pour le test de routine des potentiels de désagglomération des nanomatériaux manufacturés et de les classer. Un tel classement faciliterait la priorisation de l'exposition et du risque encouru en fonction du niveau d'ENM. Un système de perçage automatique et un système de sciage manuel ont été développés pour étudier la libération de nanoparticules à partir de différents types de nanocomposites. La vitesse de perçage et taille de la mèche ont été modifiées dans les expériences. La distribution de taille des particules et leur concentration en nombre ont été mesurées par un SMPS et un miniature diffusion size classifier (DISCmini). Les distributions de nanoparticules dans les composites et les particules libérées ont été analysés par un TEM et un microscope électronique à balayage (SEM). Les tests de perçage ont libérés un plus grand nombre de particules que le sciage. Des vitesses de perçage plus rapide et les mèches plus grandes ont augmentés la génération de particules. Les charges de nanoparticules manufacturées dans les composites ne modifient pas leurs comportements de libération dans les expériences de perçage. Toutefois, le sciage différencie les niveaux de libération entre les composites et les échantillons blancs. De plus, les vapeurs de polymères ont été générées par la chaleur de sciage. La plupart des particules libérées sont des polymères contenant des nanoparticules ou sur leurs surface. Les résultats ont souligné l'importance du type de processus et paramètres pour déterminer la libération de nanoparticules de composites. Les émissions secondaires telles que les fumées polymères appellent à la nécessité d'évaluations de l'exposition et de risque pour de tels scénarios. Une revue systématique de la littérature sur le sujet de libérations de nanoparticules dans l'air dans les secteurs industriels et laboratoires de recherche a été effectuée. Des stratégies de recherche des informations pertinentes et de stockage ont été développées. Les mécanismes de libération, tels que la taille de particules d'aérosol et de leur concentration en nombre, ont été comparés pour différentes activités. La disponibilité de l'information contextuelle qui est pertinente pour l'estimation de l'exposition humaine a été évaluée. Il a été constaté que les données relatives à l'exposition ne sont pas toujours disponibles dans la littérature actuelle. Les propriétés des aérosols libérés semblent dépendre de la nature des activités. Des procédés à haute énergie ont tendance à générer des plus hauts niveaux de concentrations de particules dans les gammes de plus petite taille. Les résultats peuvent être utiles pour déterminer la priorité des procédés industriels pour l'évaluation les risques associés dans une approche à plusieurs niveaux. Pour l'évaluation de l'exposition, la disponibilité de l'information peut être améliorée par le développement d'une meilleure méthode de communication des données.

L'oeil, aux carrefours de l'humain

« Les yeux sont du visage humain la partie la plus noble et la plus importante, les yeux sont composés de corps, d'âme et d'esprit, ou plutôt les yeux sont la fenêtre où l'âme et l'esprit viennent se montrer » (Alphonse Karr, 1853). L'oeil est le regard, mais pour l'ophtalmologue il est aussi une fenêtre ouverte et un regard possible sur le reste du corps. Prolongement du système nerveux central en contact direct avec le monde extérieur dont il est l'un des « senseurs » le plus subtil et le plus complexe, il est sujet à des réactions inflammatoires, allergiques et toxiques chez l'enfant et chez l'adulte. Alors que notre environnement visuel change (modification des systèmes d'éclairage domestique dans les villes, écrans, mode de vie et habitudes de travail), que les polluants se multiplient et se combinent et que les environnements climatisés deviennent la règle, le nombre de patients souffrant de pathologies de la surface oculaire atteint 30 % des motifs de nos consultations et le nombre des patients myopes est en hausse. L'oeil est l'un des « senseurs » le plus subtil et le plus complexe Si la surface oculaire peut aussi être le témoin des pathologies systémiques, c'est la rétine qui en est plus fréquemment le reflet. Les atteintes du lit vasculaire, du nerf optique ou de la rétine peuvent être des manifestations de pathologies générales ou d'effets secondaires ou toxiques de médicaments. L'examen du fond d'oeil et la rétinophotographie restent les examens de dépistage de référence en particulier pour la rétinopathie diabétique, véritable fléau mondial et première cause de cécité dans les pays industrialisés chez les jeunes adultes. Mais ce n'est que par la collaboration entre ophtalmologues, médecins traitants et autres spécialistes que les pathologies rétiniennes peuvent être prises en charge de façon optimale pour qu'à des traitements oculaires spécifiques soit associée la prise en charge globale des maladies causales ou interférentes. Au-delà du fond d'oeil, les progrès technologiques contribuent au développement de multiples méthodes d'exploration des différentes structures de l'oeil offrant ainsi la possibilité d'utiliser l'oeil comme témoin de manifestations précoces de maladies neurologiques périphériques ou centrales. L'imagerie cornéenne semble aujourd'hui capable de révéler et de suivre de façon longitudinale la neuropathie diabétique périphérique et il n'est pas impossible que la rétine devienne le site de détection précoce de la maladie d'Alzheimer. Sur le plan de la prise en charge, l'ophtalmologue ne peut pas se contenter de traiter l'oeil, il doit aussi assurer une prise en charge pluridisciplinaire et accompagner le patient qui, perdant la vision, est sujet à la dépression et à la majoration de tout autre handicap. La perte visuelle est le handicap le plus redouté des populations et la perte d'autonomie qu'il induit limite l'observance et le suivi thérapeutique (comparable en termes de gravité ressentie à un « alitement brutal dans les suites d'un AVC »). La médecine personnalisée et les interactions multidisciplinaires prennent ici tout leur sens. Les développements thérapeutiques ont été majeurs ces dernières années et la cécité n'est plus une fatalité, au moins dans certains cas. Mais la rétine étant un tissu nerveux post-mitotique, les traitements et donc le dépistage doivent être précoces pour prévenir la perte visuelle irréversible. Spécifiquement, les espoirs lointains comme la thérapie génique entrent dans les essais cliniques laissant entrevoir la lumière au bout du tunnel. A portée de vue, la rétine artificielle constitue une avancée concrète, encore perfectible mais accessible dès aujourd'hui. Si les progrès sont manifestes dans le domaine de l'ophtalmologie, il reste encore beaucoup à apprendre et à comprendre en particulier dans les mécanismes pathogéniques multifactoriels des maladies oculaires plus fréquentes. Seule une exploration approfondie des maladies humaines pourra nous permettre de mieux appréhender de nouvelles stratégies thérapeutiques. Comme le disait André Isaac (1893-1975), pour voir loin, il faut regarder de près.

Identification of novel factors during the establishment of the Casparian strip in the endodermis

Multicellular organisms rely on specialized tissues that allow for the controlled exchange of matter with their surrounding. In order to function properly, these tissues need to establish a tight connection between the individual cells to prevent uncontrolled passive diffusion across the extracellular space. In animals, these connections are called tight and adherens junctions and are a critical feature of epithelia. These connections, however, rely on direct protein-protein interaction of plasma membrane proteins of adjacent cells. Such a mechanism is not possible in plants due to the cell wall, which encases the individual cells. In order to absorb nutrients, while simultaneously preventing uncontrolled diffusion between cells, land plants have evolved the root endodermis, which is functionally equivalent to animal epithelia. Its cells are surrounded by a precisely localized and aligned, ring-like lignin deposition, called the Casparian strip, and therefore tightly connected between each other. Very little was known about the development of the endodermis and the Casparian strip until recently. In the meantime, however, we have identified a family of endodermis- specific proteins, the CASPs, which recruits extracellular proteins the specific Casparian strip membrane domain (CSD) to locally synthesize lignin in the cell wall. Yet, we hardly knew any specifics on how the CSD is initially defined and how the critically important CASPs are being recruited to it. We therefore conducted a forward genetic screen on the localization of CASPI-GFP in order to identify novel mutants, which lack a defined CSD. We identified 48 mutants, which fell into 15 different complementation groups. While some of the isolated genes had previously been identified through different approaches, nine novel genes, which had never been implicated in CSD development and maintenance, were identified. One of them, LORD OF THE RINGS 2 (.LOTR2) is described to greater detail in this work. LOTR2 encodes for EX070A1, a protein of the evolutionary conserved exocyst complex. This complex has frequently been implicated in various secretory processes across kingdoms. In Arabidopsis, it transiently defines the positioning of CASPI-GFP. We have performed a detailed analysis of the dynamics of EX070A1 and CASPI-GFP, including studies with other markers and propose a mechanism, by which the cytosolic EX070A1 transiently defines a plasma membrane domain to recruit transmembrane proteins, which then recruit extracellular enzymes for localized cell wall modification. Considering the ubiquitous expression of EX070A1, we think that this mechanism is potentially of importance not only for the endodermis and the Casparian strip but also for many other tissues, in which the cell wall becomes locally modified. In fact, many other tissues with secondary cell wall modifications contain proteins very similar to the CASPs. It will be interesting to see to which degree this mechanism is employed in other tissues. As for the endodermis, we have now identified the first gene, which is not specific to the endodermis but shows endodermis-specific dynamics. This might give us a better insight on how the plant modulates this ubiquitously present factor in a cell- or tissue-type specific manner. Considering the knowledge, mutants and tools, which are available to us for investigating the endodermis, the Casparian strip, the exocyst complex and EX070A1 might be just the right experimental system to address these questions. -- Les organismes multicellulaires dépendent des tissues spécialisé pour l'échange contrôlé entre eux et leur environnement. Pour leur bon fonctionnement, les cellules de ces tissus ont besoin d'être très étroitement assemblés afin de prévenir la diffusion non-contrôlée à travers l'espace extracellulaire. Chez les animaux, ces connexions sont appelées jonctions serrées et jonctions adhérentes. Ces jonctions dépendent des interactions directes entre les protéines des cellules voisines. Ceci n'est pas possible chez les plantes à cause de la paroi cellulaire qui recouvre chaque cellule individuellement. Pour absorber les nutriments et en même temps empêcher la diffusion non-contrôlé entre cellules, les plantes ont évolué 1'endoderme dans la racine, qui est fonctionnellement équivalent aux épithéliums des animaux. Les cellules de l'endoderme sont ceinturées par une déposition de lignine très précisément localisées comme un anneau et alignées entre les cellules, et qui, donc, connecte étroitement les cellules avoisinante: Le cadre de Caspary. Peu était connu sur le développement de l'endoderme et le cadre de Caspaiy jusqu'à il y a quelques années. Récemment, pourtant, nous avons identifié une famille de protéines spécifiques à l'endoderme, les CASPs, qui définissent le domaine membranaire du cadre de Caspaiy (CSD). Les CASPs recrutent les protéines extracellulaires nécessaire à la synthèse du cadre de Caspary vers une région limité dans la paroi cellulaire. Pourtant, on connaît très peu les processus spécifiques concernant la définition initiale du CSD et comment les CASPs, qui ont une importance cruciale, sont recrutées vers ce domaine. Par conséquent nous avons mené un crible génétique sur la localisation du CASPI- GFP, qui sert comme marqueur pour le CSD. Notre but étant d'isoler de nouveaux mutants affectés dans l'établissement du CSD. Nous avons identifié 48 mutants, en 15 groupes de complémentation. Bien que certains des gènes isolés étaient déjà impliqué dans la formation du cadre de Caspary, neuf nouveaux gènes n'ayant jamais été impliqués dans le développement ou la maintenance du CSD ont pu être identifiés. Un de ces gènes, LORD OF THE RINGS2 (LOTR2) sera décrit plus en détail dans cette étude. LOTR2 code pour EX070A1, qui est une protéine, du complexe exocyste. Ce complexe de protéines a très bien été conservé au cours de l'évolution. Il était souvent impliqué dans plusieurs processus de sécrétion dans toutes les branches de la vie. Chez Arabidopsis, EX070A1 définit la position du CSD d'une façon transitoire et recrute CASP1- GFP. Nous avons mené une analyse détaillée des dynamiques d'EX070Al et CASPI-GFP ainsi que, des études avec des autres mutants. Nous proposons un mécanisme, d'après lequel EX070A1, recruté du cytosol, définit un domaine dans la membrane plasmique pour localiser des protéines transmembranaires, ces dernières ensuite recruteront des enzymes extracellulaires pour la modification locale de la paroi cellulaire. Vu qu'EX070A1 est exprimé dans toute dans la plante, nous pensons que ce mécanisme est potentiellement important non seulement pour l'endoderme et le cadre de Caspary, mais aussi pour les autres tissus où la paroi cellulaire doit être localement modifiée. En effet, plusieurs autres tissus contiennent des protéines très similaires aux CASPs. Il serait intéressant de voir à quelle dégrée ce mécanisme est également utilisé dans ces tissues. En ce qui concerne l'endoderme, nous avons maintenant identifié le premier gène qui n'est pas exprimé spécifiquement dans l'endoderme, mais qui montre tout de même une dynamique caractéristique dans ce tissu. Il serait intéressant de voir comment la plante peut moduler ce facteur omniprésent d'une façon spécifique. Vu les connaissances, les mutants et les outils qu'on a maintenant à notre disposition, l'endoderme et son cadre de Caspary, le complexe exocyste et EX070A1 sont probablement des bons systèmes expérimentaux pour étudier ces questions. -- Identification des nouveaux facteurs pendant l'établissement du cadre de Caspary dans l'endoderme. Lothar Kalmbach, Département de Biologie Moléculaire Végétale (DBMV), Université de Lausanne. Comme tous les autres organismes multicellulaires, les plantes terrestres dépendent de tissus spécialisés pour l'échange contrôlé avec leur environnement. Ces tissus sont importants pour l'absorption des nutriments mais également pour éviter l'influx de composés toxiques. Chez les plantes, ce tissu se trouve dans la racine. C'est l'endoderme. Grâce au cadre de Caspary, qui permet une forte connexion entre les cellules au niveau de leur paroi, l'endoderme empêche les éléments toxiques d'entrer dans le système vasculaire. Depuis quelques années, nous comprenons de plus en plus la nature et la biosynthèse, ainsi que les protéines impliquées dans l'ancrage des enzymes à la membrane plasmique. Nous n'avons eu, par contre, aucune idée sur le mécanisme qui d'abord définit cet endroit dans la membrane plasmique. Nous avons mené un crible génétique sur la localisation de CASPI-GFP, une protéine, qui recrute les enzymes extracellulaires pour la synthèse du cadre de Caspary. Nous avons identifié plusieurs nouveaux gènes qui sont impliqués dans l'intégrité du cadre de Caspary. L'un de ces gènes est EX070A1, qui est un facteur ayant un rôle important lors de la sécrétion des protéines dans tous les organismes eukaryotes. Ces mutants sont gravement affectés au niveau du cadre de Caspary, mais surtout ils ne sont plus capables de localiser CASPI-GFP. Nous avons suivi la dynamique d'EX070Al et de CASP1-GFP en combinaison avec d'autres marqueurs. Nous avons pu montrer que l'accumulation d'EX070Al est spécifique pour l'endoderme et essentielle pour bien localiser CASPI-GFP et donc, le cadre de Caspary. Ces résultats nous aident à mieux comprendre le développement de l'endoderme mais peuvent potentiellement aussi être utilisés pour étudier les modifications de la paroi cellulaire dans d'autres cellules de la plante.

La romanisation en question: vaisselle céramique et processus d'acculturation à la fin de l'âge du fer en Gaule interne.

Fruit d'une thèse de doctorat, cet ouvrage se propose de comparer les rythmes et les modalités de l'acculturation des populations de Gaule interne, de la première moitié du iie s. av. J.-C. au début du ier siècle de notre ère au moyen de l'étude de la céramique fine, dont le répertoire évolue très rapidement pendant la période. Basée sur les données d'une vingtaine de sites urbains (oppida, capitales de cité, vici) répartis en trois aires géographiques (Centre, Est et Centre-Ouest), cette étude propose une présentation céramologique classique, mais aussi des modes d'analyse nouveaux comme le calcul d'un indice de romanisation pour évaluer et comparer le degré d'acculturation des ensembles retenus. Différentes méthodes statistiques, comme des sériations graphiques ou des analyses factorielles des correspondances, sont par ailleurs employées pour mettre en évidence les aspects qualitatifs du phénomène d'acculturation et décomposer son processus en trois niveaux principaux. Illustrés par des tableaux synoptiques et par des cartes, les résultats des calculs d'indices de romanisation permettent d'identifier différents facteurs favorisant de manière évidente la romanisation de la vaisselle dite de table, comme la proximité de la Provincia, une localisation sur un axe majeur (Rhône/Saône, Loire) ou le dynamisme de grands centres d'échanges fréquentés par les mercatores romains (l'oppidum de Bibracte, notamment). Ces traitements statistiques permettent également de mettre en évidence des retards dans l'acculturation de certains peuples qui pourraient s'expliquer par leur hostilité envers Rome. Le phénomène est notamment illustré par les Helvètes, voisins de la Transalpina depuis 120 av. J.-C., dont la vaisselle fine est très peu romanisée avant l'intégration de ce peuple dans l'Empire, puis atteint rapidement après cet événement des niveaux particulièrement élevés. L'auteur propose enfin des réflexions sur la portée réelle des phénomènes observés en termes de romanisation de la vie quotidienne, une mutation technique et stylistique des récipients n'impliquant pas forcément l'adoption de nouvelles pratiques alimentaires.

La relation thérapeutique centrée sur les motifs. Comment individualiser l'offre relationnelle sous l'angle de la responsivité appropriée

Un cas exemplaire, un cas d'école, un beau cas, un cas de figure, un cas extrême, un cas particulier, un cas épineux, un cas limite ... Les modalités de l'étude de cas sont multiples et expriment le fait que tout raisonnement suivi, toute explication, toute théorie bute une fois ou l'autre sur la nécessité d'explorer et d'approfondir les propriétés d'une singularité accessible à l'observation. Publier un ouvrage sur la question du cas unique, c'est participer à ce moment de réflexion sur les méthodes scientifiques en psychologie. C'est aussi oeuvrer à un repositionnement constructif de cette modalité de faire science, en donnant la parole aux auteurs spécialistes de ces questions ou directement concernés par celles-ci à travers leurs recherches ou leurs pratiques.

L'étude de cas : dialogue entre recherche et pratique en psychologie clinique et en psychothérapie

Un cas exemplaire, un cas d'école, un beau cas, un cas de figure, un cas extrême, un cas particulier, un cas épineux, un cas limite ... Les modalités de l'étude de cas sont multiples et expriment le fait que tout raisonnement suivi, toute explication, toute théorie bute une fois ou l'autre sur la nécessité d'explorer et d'approfondir les propriétés d'une singularité accessible à l'observation. Publier un ouvrage sur la question du cas unique, c'est participer à ce moment de réflexion sur les méthodes scientifiques en psychologie. C'est aussi oeuvrer à un repositionnement constructif de cette modalité de faire science, en donnant la parole aux auteurs spécialistes de ces questions ou directement concernés par celles-ci à travers leurs recherches ou leurs pratiques.

A new alternative method for testing skin irritation using a fresh human skin model

La dermatite irritative est décrite comme une réaction réversible, non immunologique caractérisée par des lésions d'aspect très variable, allant de la simple rougeur jusqu'à la formation de bulles voire d'une nécrose, accompagnée de prurit ou d'une sensation de brûlure suite à I' application d'une substance chimique. Le teste de prédiction d'irritation cutanée est traditionnellement depuis les années 1940 le Test de Draize. Ce test consiste en l'application d'une substance chimique sur une peau rasée de lapin pendant 4h et de regarder à 24h si des signes cliniques d'irritations sont présents. Cette méthode critiquable autant d'un point de vue éthique que qualitative reste actuellement le teste le plus utilisé. Depuis le début des années 2000 de nouvelles méthodes in vitro se sont développées tel que le model d'épiderme humain recombiné (RHE). Il s agit d'une multicouche de kératinocyte bien différencié obtenu depuis une culture de don d'ovocyte. Cependant cette méthode en plus d'être très couteuse n'obtient au mieux que 76% de résultat similaire comparé au test in vivo humain. Il existe donc la nécessité de développer une nouvelle méthode in vitro qui simulerait encore mieux la réalité anatomique et physiologique retrouvée in vivo. Notre objectif a été de développer cette nouvelle méthode in vitro. Pour cela nous avons travaillé avec de la peau humaine directement prélevée après une abdominoplastie. Celle ci après préparation avec un dermatome, un couteau dont la lame est réglable pour découper l'épaisseur souhaitée de peau, est montée dans un système de diffusion cellulaire. La couche cornée est alors exposée de manière optimale à 1 ml de la substance chimique testée pendant 4h. L'échantillon de peau est alors fixé dans du formaldéhyde pour permettre la préparation de lames standards d'hématoxyline et éosine. L'irritation est alors investiguée selon des critères histopathologiques de spongioses, de nécroses et de vacuolisations cellulaires. Les résultats de ce.tte première batterie de testes sont plus que prometteurs. En effet, comparé au résultat in vivo, nous obtenons 100% de concordance pour les 4 même substances testes irritantes ou non irritantes, ce qui est supérieur au model d épiderme humain recombiné (76%). De plus le coefficient de variation entre les 3 différentes séries est inférieur à 0.1 ce qui montre une bonne reproductibilité dans un même laboratoire. Dans le futur cette méthode va devoir être testée avec un plus grand nombre de substances chimiques et sa reproductibilité évaluée dans différents laboratoires. Mais cette première evaluation, très encourageante, ouvre des pistes précieuses pour l'avenir des tests irritatifs.

Estimation de l'impact économique de l'introduction d'un test diagnostique rapide pour le dépistage des MRSA au CHUV

Contexte : Parmi les infections nosocomiales, le Staphylocoque méticilline résistant (MRSA) est le germe pathogène le plus couramment identifié dans les hôpitaux du monde entier. La stratégie de contrôle des MRSA au CHUV implique le dépistage des patients à risque. Avec la méthode de dépistage par culture, le temps d'attente est de plusieurs jours. Ceci occasionne des problèmes dans la gestion des flux des patients, principalement à cause des mesures d'isolement. Pour réduire le temps d'attente, l'hôpital envisage d'utiliser une méthode de diagnostic rapide par "polymerase chain reaction" (PCR). Méthodologie : Les données concernant les dépistages réalisés, dans trois services durant l'année 2007, ont été utilisées. Le nombre de jours d'isolement a d'abord été déterminé par patient et par service. Ensuite une analyse des coûts a été effectuée afin d'évaluer la différence des coûts entre les deux méthodes pour chaque service. Résultats : Le principal impact économique de la méthode par PCR dépend principalement du nombre de jours d'isolements évités par rapport à la méthode de culture. Aux services de soins, l'analyse a été menée sur 192 dépistages. Quand la différence de jours d'isolement est de deux jours, le coût des dépistages diminue de plus de 12kCHF et le nombre de jours d'isolement diminue de 384 jours. Au centre interdisciplinaire des urgences, sur 96 dépistages, le gain potentiel avec la méthode PCR est de 6kCHF avec une diminution de 192 jours d'isolement. Aux soins intensifs adultes, la méthode de dépistage par PCR est la méthode la plus rentable avec une diminution des coûts entre 4KCHF et 20K CHF et une diminution des jours d'isolement entre 170 et 310. Pour les trois services analysés, les résultats montrent un rapport coût-efficacité favorable pour la méthode PCR lorsque la diminution des jours d'isolement est supérieure à 1.3 jour. Quand la différence de jours d'isolement est inférieure à 1.3, il faut tenir compte d'autres paramètres, comme le coût de matériel qui doit être supérieur à 45.5 CHF, et du nombre d'analyses par dépistage, qui doit être inférieur à 3, pour que la PCR reste l'alternative la plus intéressante. Conclusions : La méthode par PCR montre des avantages potentiels importants, tant économiques qu'organisationnels qui limitent ou diminuent les contraintes liées à la stratégie de contrôle des MRSA au CHUV. [Auteure, p. 3]

Urban environments and situated institutions : everyday governance in west Bengal

How do processes of power shape the urban environment in small Indian cities? On a day-to-day basis, who actually controls access to and the use of environmental resources? How is this done? Answering these questions contributes to our ability to develop a nuanced understanding the urban condition. In order to investigate these questions an actor-oriented approach is developed, drawing on the anthropological literatures on everyday governance and the everyday state. This conceptual framework informs an urban political ecology approach oriented towards everyday practices and the micro-politics of the (re)production of urban socio-natures. This thesis employs a mixed methods approach to qualitative research. Three cases are presented to explore: para (neighbourhood) clubs as governance actors, the governance of the urban pondscape, and the urban political ecology of solid waste management. These case studies serve to highlight how power shapes the (re)production of urban socio-natures through the everyday environmental governance practices of a complex network of governance actors. This work further demonstrates how multiple intersectionalities, including class, caste and access to political and social authority, shape these practices and their outcomes. Finally, the manner in which balances of power, place making and the formation of subject positions may both result from and shape everyday environmental governance practices and their outcomes is explored. This empirical investigation makes a number of contributions to the literature. It has explores the hereto-understudied topics of environmental governance in small cities in India, the urban political ecologies of non-piped water and of solid waste, and the role of clubs as governance actors. It further contributes to conversations within the literature on how to deepen and broaden Urban Political Ecology by engaging with everyday practices, and cases of ordinary, not-openly contested socio-natures. -- Comment les processus de pouvoir influencent-ils l'environnement urbain dans les petites villes indiennes ? Au quotidien, qui contrôle l'accès et l'utilisation des ressources environnementales ? Comment ce contrôle s'exerce-t-il ? Répondre à ces questions contribue au développement d'une compréhension nuancée de la condition urbaine. Afin d'explorer ces questions une approche actor-oriented de la gouvernance quotidienne est développée, faisant appel aux littératures anthropologiques de la gouvernance quotidienne et de l'everyday state. Ce cadre conceptuel établit ainsi une approche d'Urban Political Ecology orientée vers les pratiques quotidiennes et la micro- politique de la (re) production des socio-natures urbaines. Cette thèse emploie des méthodes qualitatives mixtes. Trois cas sont présentés afin d'étudier : les clubs para (quartier) comme acteurs de la gouvernance; la gouvernance de la pondscape urbaine; et l'urban political ecology de la gestion des déchets solides. Ces études de cas permettent de mettre en lumière la façon dont le pouvoir influence la (re)production des socio-natures urbaines par le biais des pratiques quotidiennes de gouvernance environnementale d'un réseau complexe d'acteurs. Ce travail démontre également comment plusieurs intersectionnalités, y compris la classe, la caste et l'accès au pouvoir politique et social, façonnent ces pratiques de gouvernance et leurs produits. Finalement, cette recherche explore la manière dont les équilibres de pouvoir, la fabrication de lieux et la formation de la position du sujet peuvent à la fois résulter de et contribuer à façonner les pratiques quotidiennes de gouvernance environnementale et leurs produits. Cette investigation empirique fait ainsi plusieurs contributions à la littérature. Elle explore les questions jusque-là sous-étudiées de la gouvernance environnementale dans les petites villes en Inde, de l'urban political ecology de l'eau non courante et des déchets solides, ainsi que du rôle des clubs comme acteurs de la gouvernance. Celle-ci contribue également à des débats sur la façon d'approfondir et d'élargir l'urban political ecology en travaillant sur les pratiques quotidiennes, et sur des cas de socio-natures ordinaires, pas ouvertement contestées.

Prévention et dépistage du cancer en Suisse : fréquence et déterminants

Contexte : Après les maladies cardiovasculaires, le cancer est la deuxième cause de mortalité en Suisse. Les cancers de la prostate, du sein, du côlon-rectum, du col utérin et le mélanome cutané représentent, en termes d'incidence et de mortalité, la moitié du fardeau du cancer en Suisse. Des moyens de prévention primaire et/ou secondaire contribuent à réduire la fréquence et la mortalité due à ces cinq cancers. Cependant, l'attitude face à la prévention diffère selon les individus et dépend de multiples facteurs socio-économiques, environnementaux, culturels et comportementaux. Objectif : Évaluer la fréquence et identifier les déterminants des pratiques de dépistage des cancers de la prostate, du sein, du côlon-rectum, du col utérin et du mélanome cutané en Suisse. Matériel et méthode : Les données utilisées sont issues de l'Enquête suisse sur la santé 2007. Une pondération statistique permet d'extrapoler les résultats à la population générale. Des modèles de régression logistique multivariée ont été construits afin de décrire l'association entre pratique du dépistage et facteurs sociodémographiques, style de vie, état de santé, recours aux prestations de santé et soutien social. Résultats : En 2007, selon les méthodes et fréquences recommandées en Suisse et dans les tranches d'âge concernées, 49% des hommes ont effectué un dépistage du cancer prostatique, 13% du cancer colorectal et 33,7% du mélanome cutané. Chez les femmes, 17,9% ont réalisé un dépistage du cancer du sein, 8,7% du cancer colorectal, 36,8% du mélanome cutané et 50,2% du cancer du col utérin. Globalement et pour les deux sexes, l'âge, le lieu de résidence, le niveau de formation, la classe socioprofessionnelle, le revenu d'équivalence du ménage, la pratique d'autres dépistages des cancers, le nombre de visites médicales et de jours d'hospitalisation au cours des 12 mois précédents déterminent le recours au dépistage des cancers d'intérêt. Chez les hommes, la présence d'un médecin de famille et, chez les femmes, la franchise annuelle, influencent aussi la pratique du dépistage. Conclusion : Les prévalences du dépistage varient notablement selon le type de cancer. Le recours aux dépistages des cancers dépend de facteurs sociodémographiques, de l'utilisation des services de santé et de la pratique d'autres dépistages, mais peu, voire pas, du style de vie, de l'état de santé et de la sécurité et du soutien sociaux. Les facteurs identifiés sont souvent communs aux différents types de cancer et rendent possible l'établissement d'un profil général d'utilisateurs du dépistage des cancers. Les stratégies visant à améliorer la compliance aux examens de dépistage devraient considérer les facteurs qui en déterminent le recours et mieux cibler les segments de la population qui les sous-utilisent.

Analysis of space-time environmental data in complex regions

This thesis develops a comprehensive and a flexible statistical framework for the analysis and detection of space, time and space-time clusters of environmental point data. The developed clustering methods were applied in both simulated datasets and real-world environmental phenomena; however, only the cases of forest fires in Canton of Ticino (Switzerland) and in Portugal are expounded in this document. Normally, environmental phenomena can be modelled as stochastic point processes where each event, e.g. the forest fire ignition point, is characterised by its spatial location and occurrence in time. Additionally, information such as burned area, ignition causes, landuse, topographic, climatic and meteorological features, etc., can also be used to characterise the studied phenomenon. Thereby, the space-time pattern characterisa- tion represents a powerful tool to understand the distribution and behaviour of the events and their correlation with underlying processes, for instance, socio-economic, environmental and meteorological factors. Consequently, we propose a methodology based on the adaptation and application of statistical and fractal point process measures for both global (e.g. the Morisita Index, the Box-counting fractal method, the multifractal formalism and the Ripley's K-function) and local (e.g. Scan Statistics) analysis. Many measures describing the space-time distribution of environmental phenomena have been proposed in a wide variety of disciplines; nevertheless, most of these measures are of global character and do not consider complex spatial constraints, high variability and multivariate nature of the events. Therefore, we proposed an statistical framework that takes into account the complexities of the geographical space, where phenomena take place, by introducing the Validity Domain concept and carrying out clustering analyses in data with different constrained geographical spaces, hence, assessing the relative degree of clustering of the real distribution. Moreover, exclusively to the forest fire case, this research proposes two new methodologies to defining and mapping both the Wildland-Urban Interface (WUI) described as the interaction zone between burnable vegetation and anthropogenic infrastructures, and the prediction of fire ignition susceptibility. In this regard, the main objective of this Thesis was to carry out a basic statistical/- geospatial research with a strong application part to analyse and to describe complex phenomena as well as to overcome unsolved methodological problems in the characterisation of space-time patterns, in particular, the forest fire occurrences. Thus, this Thesis provides a response to the increasing demand for both environmental monitoring and management tools for the assessment of natural and anthropogenic hazards and risks, sustainable development, retrospective success analysis, etc. The major contributions of this work were presented at national and international conferences and published in 5 scientific journals. National and international collaborations were also established and successfully accomplished. -- Cette thèse développe une méthodologie statistique complète et flexible pour l'analyse et la détection des structures spatiales, temporelles et spatio-temporelles de données environnementales représentées comme de semis de points. Les méthodes ici développées ont été appliquées aux jeux de données simulées autant qu'A des phénomènes environnementaux réels; nonobstant, seulement le cas des feux forestiers dans le Canton du Tessin (la Suisse) et celui de Portugal sont expliqués dans ce document. Normalement, les phénomènes environnementaux peuvent être modélisés comme des processus ponctuels stochastiques ou chaque événement, par ex. les point d'ignition des feux forestiers, est déterminé par son emplacement spatial et son occurrence dans le temps. De plus, des informations tels que la surface bru^lée, les causes d'ignition, l'utilisation du sol, les caractéristiques topographiques, climatiques et météorologiques, etc., peuvent aussi être utilisées pour caractériser le phénomène étudié. Par conséquent, la définition de la structure spatio-temporelle représente un outil puissant pour compren- dre la distribution du phénomène et sa corrélation avec des processus sous-jacents tels que les facteurs socio-économiques, environnementaux et météorologiques. De ce fait, nous proposons une méthodologie basée sur l'adaptation et l'application de mesures statistiques et fractales des processus ponctuels d'analyse global (par ex. l'indice de Morisita, la dimension fractale par comptage de boîtes, le formalisme multifractal et la fonction K de Ripley) et local (par ex. la statistique de scan). Des nombreuses mesures décrivant les structures spatio-temporelles de phénomènes environnementaux peuvent être trouvées dans la littérature. Néanmoins, la plupart de ces mesures sont de caractère global et ne considèrent pas de contraintes spatiales com- plexes, ainsi que la haute variabilité et la nature multivariée des événements. A cet effet, la méthodologie ici proposée prend en compte les complexités de l'espace géographique ou le phénomène a lieu, à travers de l'introduction du concept de Domaine de Validité et l'application des mesures d'analyse spatiale dans des données en présentant différentes contraintes géographiques. Cela permet l'évaluation du degré relatif d'agrégation spatiale/temporelle des structures du phénomène observé. En plus, exclusif au cas de feux forestiers, cette recherche propose aussi deux nouvelles méthodologies pour la définition et la cartographie des zones périurbaines, décrites comme des espaces anthropogéniques à proximité de la végétation sauvage ou de la forêt, et de la prédiction de la susceptibilité à l'ignition de feu. A cet égard, l'objectif principal de cette Thèse a été d'effectuer une recherche statistique/géospatiale avec une forte application dans des cas réels, pour analyser et décrire des phénomènes environnementaux complexes aussi bien que surmonter des problèmes méthodologiques non résolus relatifs à la caractérisation des structures spatio-temporelles, particulièrement, celles des occurrences de feux forestières. Ainsi, cette Thèse fournit une réponse à la demande croissante de la gestion et du monitoring environnemental pour le déploiement d'outils d'évaluation des risques et des dangers naturels et anthro- pogéniques. Les majeures contributions de ce travail ont été présentées aux conférences nationales et internationales, et ont été aussi publiées dans 5 revues internationales avec comité de lecture. Des collaborations nationales et internationales ont été aussi établies et accomplies avec succès.

La formulation de cas dans la formation à la psychothérapie. Enjeux pédagogiques du recours à un support filmique.

Un cas exemplaire, un cas d'école, un beau cas, un cas de figure, un cas extrême, un cas particulier, un cas épineux, un cas limite ... Les modalités de l'étude de cas sont multiples et expriment le fait que tout raisonnement suivi, toute explication, toute théorie bute une fois ou l'autre sur la nécessité d'explorer et d'approfondir les propriétés d'une singularité accessible à l'observation. Publier un ouvrage sur la question du cas unique, c'est participer à ce moment de réflexion sur les méthodes scientifiques en psychologie. C'est aussi oeuvrer à un repositionnement constructif de cette modalité de faire science, en donnant la parole aux auteurs spécialistes de ces questions ou directement concernés par celles-ci à travers leurs recherches ou leurs pratiques.